12064 research outputs found
Sort by
Change in the expression of methionine sulfoxide reductase B3 in rat kidney samples depending on age and sex
No full textOksidativni stres predstavlja stanje narušene oksido-redukcijske ravnoteže unutar stanice uzrokovano neravnotežom nastajanja i uklanjanja reaktivnih vrsta kisika (ROS). U fiziološkim uvjetima ROS predstavlja važnu kariku u održavanju života stanice, dok su povišene koncentracije ROS jedan od preduvjeta starenja jer se narušava integritet svih makromolekula. Senescencija ili starenje nastupa nakon oštećenja kao stanje postupnog neuravnoteženja staničnih fizioloških i metaboličkih funkcija. Stanica ulazi u senescenciju poglavito zbog oštećenja molekule DNA koja se, ako nisu pretjerana, popravljaju. Inače, pokreću se mehanizmi stanične smrti. Djelovanjem ROS dolazi do oksidacije aminokiseline metionina (Met, M), koja sadrži sumpor, unutar proteina. Oksidacijom Met nastaje spoj metionin sulfoksid (MetO) u dva epimera – S i R, koje reduciraju enzimi članovi obitelji metionin sulfoksid reduktaze (Msr), MsrA i MsrB. Stereospecifičnost uzrokuje da MsrA reducira S-epimer, a MsrB R-epimer MetO. Cilj ovog rada bio je utvrditi postoje li dobne i spolne razlike analogne promjenama ekspresije metalotioneina koji dominira u ženkama, raste starenjem i koji je potencijalno uključen u regeneraciju MsrB3. Na nivou ekspresije enzima MsrB3 u bubrezima štakora odredili smo ciljanu mRNA RT-PCR tehnikom, prisutnost proteina u tkivnim homogenatima western blot analizom te raspodjelu proteina u tkivnim narescima metodom imunofluorescencije. Granične pozitivne spolne razlike u korist ženki na razini nukleinskih kiselina potvrđene su i western blot analizom. Izrazito snažan intenzitet vakuoliziranog imunofluorescencijskog obojenja u mužjaka unio je nedosljednost u rezultate te zahtjeva provjeru samog protutijela do konačne interpretacije dobivenih rezultata, koji su suprotni od očekivanih i za sada ne potvrđuju povezanost promjena ekspresije metalotioneina sa MsrB3 enzimom u bubrezima.Oxidative stress is a state of an altered redox balance caused by unequal production and depletion of reactive molecular species. In physiological conditions, reactive oxygen species (ROS) serve as important signaling molecules and are involved in cell viability. When their concentration is heightened, they are considered to be the main drivers of the aging process due to their ability to disrupt the integrity of all macromolecules. Senescence or aging is a state in which a cell progressively falls into metabolic and physiological disbalance caused by extensive damage to its components. A cell usually enters senescence due to irreparable DNA damage. If the damage is not extensive, the cell is subjected to repair. Otherwise, the damage will lead to the activation of mechanisms involved in cell death. The effect of ROS molecules on proteins is observed through the sulfur-containing amino acid methionine (Met, M), which is readily oxidized in said conditions. Methionine sulfoxide (MetO) is present in two epimers - S and R. The two epimers are reduced by enzymes, part of the methionine sulfoxide reductase (Msr) family, Msr A and Msr B. Because of stereospecificity, MsrA reduces the S-epimer while MsrB reduces the R-epimer of MetO. The main goal of this master's thesis was to elucidate the existence of possible sex and age differences consistent with the changes found in methalotionein expression. Methalotionein expression is dominant in females, heightens with age and is potentially involved in MsrB3 regeneration. On the basis of MsrB3 expression in rat kidneys, we produced the target mRNA using the RT-PCR method, established the presence of proteins in tissue homogenates with western blot analysis and the overall distribution of proteins in tissue samples via imunnofluorescent staining. Borderline positive differences were confirmed in females following the nucleic acid analysis and western blot analysis, but the immunofluorescent staining produced inconsistent results with intense vacuolar staining in males, so antibody specificity has to be reviewed.. The final results were contrary to the ones expected and at present do not confirm the correlation between metalothionein and MsrB3 expression in the kidneys
GIS analysis of the posibility of improving the existing cycling network in the city of Zadar
No full textBiciklistički promet sve je poželjniji oblik prijevoza zbog pozitivnog utjecaja na okoliš, a samim time i na kvalitetu života ljudi. Razvijanje ovog oblika prometa idealan je put ka održivoj mobilnosti, no da bi se isti razvio potrebno je uspostaviti odgovarajuću biciklističku mrežu i pripadajuću infrastrukturu koja bi biciklistima jamčila sigurnost i nesmetano kretanje. U gradu Zadru postoji mreža biciklističkih staza, no ona nije adekvatno razvijena. To dokazuje činjenica kako tek neznatan dio građana koristi bicikl kao prijevozno sredstvo. Zadarskoj su biciklističkoj mreži stoga potrebna poboljšanja koja bi potaknula veći broj građana na učestalije korištenje bicikla. U ovom radu je uz pomoć GIS alata analizirano trenutno stanje te mogućnosti poboljšanja postojeće biciklističke mreže na području grada Zadra. Rezultati istraživanja pokazali su kako grad Zadar ima značajan potencijal za proširenje mreže biciklističkih staza i traka. Također je ustanovljeno kako je uz korištenje GIS alata potrebno dodatno provjeriti stvarno stanje na terenu kako bi se identificirali okolni faktori koji uvelike mogu utjecati na proces planiranja biciklističkog prometa.Cycling is becoming an increasingly desirable mode of transportation due to its positive impact on the environment and consequently on people's quality of life. Developing this form of transport is an ideal pathway towards sustainable mobility, but in order for it to develop it is essential to establish an appropriate cycling network and associated infrastructure that would ensure safety and unhindered movement for cyclists. In the city of Zadar, there exists a network of cycling paths, but it is not adequately developed. This is evidenced by the fact that only a insignificant part of the population uses bicycle as a mean of transport. Therefore, improvements are needed in Zadar's cycling infrastructure to encourage a greater number of citizens to engage in frequent cycling. This thesis analyzes the current state and potential improvements of the existing cycling infrastructure in the city of Zadar with the help of GIS tools. Results of the analysis have shown that the city of Zadar has a significant potential for expanding the network of cycling paths and lanes. It is also established that, along with the use of GIS tools, it is necessary to further check the actual conditions in reality in order to identify surrounding factors that could significantly impact the process of planning the cycling traffic
Transformation of business functions of the centre of Zagreb in the context of urban renewal and revitalisation
No full textKoncentracija i raznolikost poslovnih funkcija smatraju se značajnim čimbenicima centraliteta, kvalitete života i identiteta središta Zagreba. Poslovne funkcije u centru Zagreba tijekom posljednja dva desetljeća suočavaju se s izazovima zbog čega se pokazuje potreba za mjerama njihove revitalizacije. Svrha rada je doprinos razumijevanju faktora transformacije. U kvantitativnom su dijelu istraživanja identificirani utjecaji transformacije na strukturu i prostornu distribuciju poslovnih funkcija na temelju usporedbe
podataka iz 1966. godine i kartiranja provedenog 2021. godine. U kvalitativnom su dijelu istraživanja provedeni intervjui s voditeljima obrtničkih radionica i nezavisnih prodavaonica. Kao ključan faktor transformacije poslovnih funkcija detektiran je gubitak pješačkog prometa prouzročen suburbanizacijom funkcija opskrbe za dugoročne potrebe. Ipak, središte grada u sve segmentiranijoj potrošačkoj kulturi posjeduje snažnu atraktivnost za specijalizirane funkcije opskrbe, što predstavlja priliku za buduće strategije revitalizacije.The concentration and diversity of business functions are seen as significant contributors to the centrality, quality of life and identity of the centre of Zagreb. Over the last two decades they have faced certain challenges, raising interest in their revitalisation. The purpose of this thesis is to contribute to the understanding of factors underlying their transformation processes. The quantitative part of the study identified the effects of this transformation on the structure and spatial distribution of various functions by comparing historical data from 1966 and a field survey conducted in 2021. The qualitative part
of the study used interviews conducted with the owners of artisanal workshops and independent retail outlets to interpret the identified changes. The loss of foot traffic due to the decentralisation of retail was identified as the key factor of the transformation. Nevertheless, the centre of Zagreb remains attractive to specialised functions due to demands of an increasingly segmented consumer culture, which provides opportunities for future revitalisation strategies
Accessible tourism in protected areas in the City of Zagreb and Zagreb County
No full textPristupačnost gradova i ostalih područja postaje sve važnija, ne samo zbog turističke valorizacije, već i zbog olakšavanja svakodnevnih života. Zaštićena područja od velike su važnosti za rekreaciju ljudi, međutim, nije u potpunosti istraženo koliko su i jesu li ona pristupačna cijeloj populaciji. Rekreacija je jedan od glavnih motiva za putovanje kod osoba s invaliditetom radi održavanja fizičkog zdravlja, a zaštićena područja imaju veliki potencijal to im omogućiti. Također, sve je veći broj turista koji posjećuju Grad Zagreb i njegovu okolicu. Putem polustrukturiranih dubinskih intervjua s osobama s invaliditetom u ovom diplomskom radu je utvrđeno koliko često oni posjećuju zaštićena područja te koje aktivnosti pritom izvršavaju. Dodatno, na temelju dobivenih rezultata, zaštićena područja u Gradu Zagrebu i Zagrebačkoj županiji klasificirana su po pristupačnosti.The accessibility of different areas is becoming increasingly important, not only for tourism valorization, but also to facilitate daily life. Protected areas are of great importance for people's recreation, but it still needs to be thoroughly analysed whether and to what extent they are accessible for people with disabilities. Recreation is one of the main motivations for people with disabilities to travel in order to maintain their physical health, and protected areas have great potential to enable them to do so. Moreover, the number of tourists visiting the City of Zagreb and its surroundings is constantly increasing. Through semi-structured in-depth interviews with people with disabilities, this thesis determined how often they visit protected areas and what activities they do there. Furthermore, based on the results, protected areas in the City of Zagreb and Zagreb County were categorised according to their level of accessibility
The effects of the demographic development of the Osijek-Baranja County on the network of schools and the dynamics of employment of geography teachers
No full textU radu su analizirani učinci demografskog kretanja stanovništva i njegov kontinuirani pad, te na koji način utječe na razvoj mreže škola i dinamiku zapošljavanja učitelja i nastavnika geografije. Pozornost se stavlja na čimbenike koji su prouzročili negativne promjene broja stanovnika, kao što su ratovi, brojna iseljavanja, nepovoljna gospodarska i ekonomska situacija, ulazak Republike Hrvatske u Europsku uniju te epidemija COVID-19. Također se u radu donosi problematika sve većeg pada broja učenika u osnovnim školama Osječko- baranjske županije te promjena kategorija pojedinih škola u Županiji. Iznosi se ozbiljnost problema s kojima se sve više susreću učitelji i nastavnici geografije zbog nezadovoljstva svojim statusom, straha od gubitka norme te mogućnosti promjena ne samo radne sredine, već i potpunog odlaska iz sustava obrazovanja.The paper analyzes the effects of the demographic movement of the population and its continuous decline, and how it affects the development of the school network and the dynamics of employment of geography teachers. Attention is paid to the factors that caused negative changes in the number of inhabitants, such as wars, numerous emigrations, unfavorable economic and economic situation, the entry of the Republic of Croatia into the European Union and the COVID-19 epidemic. The paper also presents the problem of the increasing number of students in the primary schools of the Osijek-Baranja County and the change in the categories of individual schools in the County. The seriousness of the problems that geography teachers are increasingly facing in the form of dissatisfaction with their status, fear of losing the norm, and the possibility of changes not only in the working environment, but also of leaving the education system altogether
Oslikavanje trodimenzijske kvarkovsko-gluonske strukture protona analizom duboko virtualnih raspršenja elektrona
No full textThe study of the structure of the proton has been an ongoing effort ever since its first experimental discovery in 1917 by Rutherford. As experimental methods progressed, and the properties of the proton, such as its mass, spin and charge, were uncovered, the question of its underlying structure arose. Experiments conducted in 1969 at SLAC undoubtedly confirmed the fact that the proton is not an elementary particle, but that it consists of smaller particles, which we now recognize as quarks and gluons. From that point on, physicists tried to understand how exactly the interplay of quarks and gluons inside the proton gives rise to its properties. One of the ways we can experimentally study the proton is through hard exclusive processes, such as deeply virtual Compton scattering (DVCS) and deeply virtual meson production (DVMP), which give access to a class of functions called generalized parton distributions (GPDs). GPDs describe the three dimensional structure of the proton, and they are a potential solution to the proton spin puzzle. It is currently not possible to extract GPDs from measurements directly, since they are convoluted with hard scattering amplitudes inside cross sections, and deconvolution is in itself an ill-posed problem. These functions are also not possible to calculate from first principles due to the non-perturbative nature of QCD, so we rely on modeling and machine learning methods in order to extract them from measurements. In this work we present recent results on the extraction of GPDs and relevant form factors from DVCS and DVMP data. Using the more recent proton DVCS data, we extract the set of leading Compton form factors (CFFs) with uncertainties and, by adding neutron DVCS data, we separate the contributions of up and down quarks to the CFF H. We make simultaneous fits to high energy deep inelastic scattering, DVCS and DVMP data at low x and study the impact of next-to-leading order (NLO) corrections, as well as the possibility of a unique description of these processes with twist-2 GPDs. We demonstrate a sizeable impact of NLO corrections and that extraction of unique GPDs becomes possible at NLO.Proučavanje strukture protona započelo je prije više od 100 godina. Od prvog Rutherfordovog otkrića 1917., kada se smatralo da je proton točkasta čestica, preko razumijevanja da ipak ima podstrukturu, pa do mjerenja dubokog neelastičnog raspršenja 1969. na SLAC-u, gdje se potvrdilo da je ta podstruktura netrivijalna, proučavanje protona, osnovne građevne jedinice svemira, predstavlja uzbudljivo i rastuće područje u fizici. U ovom radu bavit ćemo se strukturom protona kroz proučavanje generaliziranih partonskih distribucija (GPD-ova). GPD-ovi predstavljaju interesantno područje istraživanja utoliko što objašnjavaju trodimenzijsku raspodjelu kvarkova i gluona u protonu, daju rješenje zagonetke protonskog spina, kao i mnoga druga svojstva. Povijesni tijek eksperimentalnog ispitivanja svojstava protona krenuo je s elastičnim raspršenjem. Nabijena proba, tipično elektron, sudara se s protonom i raspršuje se na njemu. Elektromagnetska interakcija probe s protonom, koja se prenosi virtualnim fotonima, daje nam uvid u raspodjelu električnog naboja protona. Već se ovakvim eksperimentom može vidjeti da proton nije točkasta čestica, nego da posjeduje prostornu protežnost. Povećavanjem energije elektrona dolazimo u režim neelastičnog raspršenja, gdje struktura protona apsorbira dio energije elektrona. Elektromagnetska svojstva protona razotkrivena ovim eksperimentom ne mogu doći od elementarne čestice, čime se nazire netrivijalna podstruktura protona
GENETIC DIVERSITY AND PHYLOGEOGRAPHY OF COMMON SAGE (Salvia officinalis L.)
No full textZa utvrđivanje genetičke raznolikosti jedinki i populacija ljekovite kadulje na cjelokupnom prirodnom arealu te za rekonstrukciju evolucijske povijesti i filogeografije vrste upotrijebljeni su mikrosatelitni biljezi DNA i analiza sekvencija dvije regije kloroplastne DNA. Genetičke analize je obuhvatila procjene unutarpopulacijske i međupopulacijske genetičke raznolikosti, određivanje strukture i broja izvornih populacija, utvrđivanje najvjerojatnijeg scenarija demografske povijesti te procjenu nukleotidne i haplotipske raznolikosti vrste. Najveća genetička raznolikost i najveći broj privatnih alela zabilježen je kod populacija iz središnjeg dijela Balkanskog poluotoka, što uz rezultate modeliranja rasprostranjenosti dovodi do zaključka da je ovo području centar rasprostranjenja i vjerojatno utočište vrste tijekom glacijacijskog maksimuma. Nepostojanje drevnih kloroplastnih haplotipova u populacijama Apeninskog poluotoka ukazuje na dužu prisutnost ljekovite kadulje na Balkanskom poluotoku. Modeliranjem rasprostranjenosti vrste potvrđeno je postojanje ekološki povoljnog kopnenog mosta između Balkana i Apenina te introgresija s Balkanskog na Apeninski poluotok. Prvim kolonizacijskim događajem nastala je južna, genetički jedinstvena, skupina apeninskih populacija, dok se druga kolonizacija dogodila vjerojatno tijekom posljednjeg glacijacijskog perioda formiranjem sjeverne apeninske skupine populacija.GENETIC DIVERSITY AND PHYLOGEOGRAPHY OF COMMON SAGE (Salvia officinalis L.
Višekomponentne reakcije s izocijanidima
No full textVišekomponentne reakcije razlikuju se od klasičnih reakcija s dvije komponente zato što nije potrebno imati više koraka pri sintezi neke molekule. Sinteze se mogu provesti koristeći tri do sedam ili osam reaktanata, koji reagiraju u istoj reakcijskoj posudi. Neke od važnih višekomponentnih reakcija su npr. Streckerova, Hantschova i Mannichova reakcija. Među višekomponentne reakcije spadaju i neke reakcije s izocijanidima. Najpoznatije višekomponentne reakcije s izocijanidima su Passerinijeva (P-3CR) i Ugijeva (U-4CR) reakcija. U Passerinijevoj reakciji reakcijom tri komponente – aldehida, izocijanida i karboksilne kiseline, nastaje α-aciloksikarboksamid. Uporabom različitih polaznih spojeva dobivaju se knjižnice raznovrsnih produkata. Moguće je koristiti i reaktant s dvije funkcijske skupine pri čemu se dobivaju ciklički spojevi. Ugijevom reakcijom se iz četiri komponente, karbonilnog spoja (aldehida ili ketona), amina, izocijanida i karboksilne kiseline, dobiva αacilaminoamid. Kao i kod Passerinijeve reakcije, moguće su varijacije produkta korištenjem različitih polaznih spojeva. Ugijev produkt sadrži dvije amidne veze, te su razvijene metode sinteze peptidomimetika koristeći Ugijevu reakciju. Intenzivno se istražuje i korištenje višekomponentnih reakcija pri sintezi prirodnih spojeva i lijekova, budući da se sinteza provodi u jednom koraku, a dobiveni produkti su podložni i dodatnim modifikacijama
Michelinove zvjezdice i kemija
No full textHrana čini velik dio raznih kultura i općenito ljudskih života. Također, mnogi su u pripremi hrane pronašli način izražavanja te se svakodnevno radi na poboljšanju spojeva okusa, mirisa i tekstura. Veliku ulogu u tome pronašla je kemija. Molekularna gastronomija je tehnika koja se neprestano razvija i predstavlja spoj između kuhinje i znanosti. Tijekom pripreme jela, fizikalnom i termičkom obradom, dolazi do kemijskih reakcija, poput Maillardove. Nastaju hlapljivi spojevi koji su odgovorni za karakteristične okuse koji restorane čine privlačne ljudima iz raznih dijelova svijeta. Za to je, također, zaslužan Michelinov sustav ocjenjivanja, koji zvjezdicama, u rasponu od jedne do tri, rangira restorane prema kvaliteti te ih čini konkurentnijima na tržištu. Uz okuse bitan je i vizualan izgled hrane. Za boju mesa odgovoran je protein mioglobin, koji ovisno o prisutnosti kisika i o oksidacijskom stanju željeza, mijenja boju, a za boju voća i povrća odgovorni su biljni pigmenti. Razumijevanjem kemije postiže se kontrola okusa, tekstura i boje
ADP-ribosylation target proteins from bacterium Streptomyces coelicolor
No full textADP-ribozilacija je reverzibilna posttranslacijska modifikacija u kojoj se adenozin-difosfat-riboza (ADP-riboza) iz nikotinamid-adenin-dinukleotida (NAD) prenosi na ciljni protein. Enzimi koji prenose ADP-ribozu na ciljne proteine su ADP-ribozil-transferaze, a enzimi koji ovu modifikaciju uklanjaju su ADP-ribozil-hidrolaze. ADP-ribozilacija kontrolira brojne važne stanične procese u eukariota i prokariota. Bakterije iz roda Streptomyces, a posebno S. coelicolor, dobri su modelni organizmi za proučavanje ADP-ribozilacije kod bakterija, jer posjeduju gene za nekoliko vrsta enzima koji bi mogli biti uključeni u reakcije ADP-ribozilacije i de-ADP-ribozilacije. K tome, ADP-ribozilacija regulira proizvodnju antibiotika, sekundarnih metabolita koje ove bakterije proizvode.
Kod S. coelicolor identificirano je nekoliko ciljnih proteina za ADP-ribozilaciju. U sklopu ovoga rada iz genoma bakterije S. coelicolor tehnologijom rekombinantne DNA klonirani su geni pet odabranih proteina za koje je pokazano da su mete ADP-ribozilacije. Geni su prekomjerno eksprimirani, a rekombinantni proteini pročišćeni afinitetnom kromatografijom. Provedeno je testiranje pročišćenih ciljnih proteina kao supstrata u reakciji ADP-ribozilacije in vitro pomoću enzima ADP-ribozil-transferaze SCO5461, čija je aktivnost od prije poznata, ali nisu poznati njeni proteinski supstrati. Reakcijom ADP-ribozilacije in vitro potvrđena je sposobnost enzima SCO5461 da modificira samoga sebe te je pokazano da ADP-ribozilira tri odabrana ciljna proteina.
Ovaj rad doprinosi istraživanju ADP-ribozilacije kod streptomiceta koje će omogućiti bolje razumijevanje i kontrolu metaboličkih puteva ovih važnih proizvođača velikog broja bioaktivnih spojeva.ADP-ribosylation is a reversible post-translational modification in which adenosine-diphosphate-ribose (ADP-ribose) is transferred from nicotinamide-adenine-dinucleotide (NAD) to the target protein. The enzymes which transfer ADP-ribose onto target proteins are ADP-ribosyl-transferases, while the enzymes which reverse this modification are ADP-ribosyl hydrolases. ADP-ribosylation controls many important cellular processes in eukaryotes and prokaryotes. Bacteria of the genus Streptomyces, in particular S. coelicolor, are good model organisms for studying ADP-ribosylation in bacteria because they have genes for several enzyme types that might be included in ADP-ribosylation and de-ADP-ribosylation reactions. In addition, ADP-ribosylation regulates the production of antibiotics which are secondary metabolites produced by these bacteria.
Several target proteins for ADP-ribosylation have been identified in S. coelicolor. In this research recombinant DNA technology has been used to clone the genes from five selected proteins from genome of S. coelicolor bacterium, which have been proven to be ADP-ribosylated. Genes are overexpressed, while recombinant proteins are purified by affinity chromatography. The testing was carried out on purified target proteins as substrates in reaction of ADP-ribosylation in vitro by using the enzyme ADP-ribosyl-transferase SCO5461 of which activity has been previously known, but its protein substrates have been unknown. ADP-ribosylation reaction in vitro has confirmed the ability of SCO5461 enzyme to modify itself and also demonstrated its ability to modify three selected target proteins.
This work contributes to the research of ADP-ribosylation in streptomyces, which will provide better understanding and control of metabolic pathways of these important producers of numerous bioactive compounds