12064 research outputs found
Sort by
Structural analysis of deformational structures in the hinterland of the Mt. Biokovo
No full textCilj završnog rada bio je izvršiti strukturnu analizu deformacijskih struktura u neposrednom zaleđu Biokova na temelju prikupljenih terenskih podataka i postojećih geoloških podataka. Područje istraživanja je dominantno prekriveno karbonatnim i klastičnim slijedom mezozojskih i paleogenskih naslaga koje su formirani kao rezultat tektonske evolucije Jadranske mikroploče. Kako bi se dobio bolji uvid u geološke značajke područja, svi su geološki podaci organizirani u programu QGIS. Na temelju terenskih prikupljenih geoloških i strukturnih podataka o građi terena, kinematskim obilježjima te orijentacijama slojeva, folijacija, pukotina, klivaža i rasjeda proračunato je polje paleonaprezanja s orijentacijama glavnih osi paleonaprezanja te su određene orjentacije kogenetskih struktura (npr. osi bora). Podaci su prikazani odgovarajućim stereografskim prikazom pomoću programa Stereonet i WinTensor. Prikupljeni podaci slojevitosti i folijacije prikazani su u programu Stereonet te njihove orijentacije su sukladne dinaridskom pravcu pružanja struktura tj. SZ-JI dok su proračunate osi bora ukazivale na blago tonjenje struktura prema SZ koje su nastale u kompresijskom polju naprezanja s pružanjem najveće osi naprezanja SI-JZ. U sklopu proračuna polja paleonaprezanja rasjedi su podijeljeni u tri kinematske grupe. Prva kinematska grupa obuhvaća reversne rasjede koji su nastali u kompresijskom polju naprezanja (kompresija SI-JZ), Drugu kinematsku grupu obuhvaćaju normalni rasjedi nastali ekstenzijom po pravcu SI-JZ. Treću kinematsku grupu obuhvaćaju strike-slip rasjedi orjentacije SI-JZ a koji su nastali kao rezultat transpresije/transtenzije po pravcu ISI – ZJZ.The aim of the BSc Theisis was to perform structural analysis of the deformation structures in the hinterland of Mt. Biokovo based on collected field data and existing geological data. The research area is dominantly covered by a carbonate and clastic sequence of Mesozoic and Paleogene deposits that formed as a result of the tectonic evolution of the Adria microplate. In order to get a better insight into the geological features of the area, all geological data are organized in QGIS software. Based on geological and structural field data collected along existing structures, including kinematic characteristics and orientations of bedding, foliations, fracture systems, cleavages and faults. The paleostress field was calculated with the orientations of principal axes of paleostress, and the orientations of cogenetic structures (e.g., the fold axes) were determined. The data are corroborated in a suitable stereographic projection using Stereonet and WinTensor software. The collected bedding and foliation data are presented in the Stereonet program and their orientations are consistent with the dinaric strike of the structures, i.e., NW-SE, while the calculated stress axes of the fold axes indicates a gentle dipping towards the NW, formed in the compressional stress field governed by principal stress axis oriented NE-SW. As part of the computation of the paleostress field, the faults are divided into three kinematic groups. The first kinematic group includes reverse faults that were formed in a compressional stress field (NE-SW compression), while the second kinematic group includes normal faults formed by extension in the NE-SW direction. The third kinematic group includes strike-slip faults of general strike NE-SW, which were formed as a result of transpression/transtension along the direction ENE–SWS
Plan upravljanja istraživačkim podacima za HRZZ projekt IP-2022-10-7874 : Alternativno prekrajanje gena BPM2 kao mehanizam uspostave funkcionalne raznolikosti porodice proteina MATH-BTB u uročnjaku Arabidopsis thaliana
No full textObrazac definira upravljanje prikupljenim podacima u sklopu HRZZ projekta Alternativno prekrajanje gena BPM2 kao mehanizam uspostave funkcionalne raznolikosti porodice proteina MATH-BTB u uročnjaku Arabidopsis thaliana voditeljice prof.dr.sc. Nataša Bauer.
Sažetak projekta: Funkcionalna karakterizacija nekoliko članova porodice proteina MATH-BTB razotkrila je njihovu ulogu u širokom spektru važnih bioloških procesa, od regulacije stanične diobe, segregacije kromosoma u reproduktivnom razvoju i embriogenezi, do globalne kontrole metilacije DNA i regulacije transkripcije. Zanimljiva značajka porodice je ekspanzija članova u travama, kod kojih većina MATH-BTB gena ne sadrži introne. Nasuprot tome, samo šest MATH-BTB gena (BPM1-6) uročnjaka sadrži introne te neki od njih kodiraju nekoliko alternativnih varijanti transkripata te eventualno i proteina s potencijalno različitim funkcijama. Ciljevi ovog projekta su identifikacija novih varijanti alternativnog prekrajanja gena BPM2, specifičnih za različita tkiva/razvojne faze i temperature okoliša te njihova funkcionalna karakterizacija na temelju identifikacije proteinskih partnera. Nadalje, najunikatnija varijanta transkripta bit će odabrana za identifikaciju specifičnih partnerskih proteina koji će ukazati na moguće nove biološke funkcija gena BPM2 i porodice MATH-BTB, općenito
Black hole shadows
No full textPremda je teorijsko proučavanje crnih rupa tema vezana za opću teoriju relativnosti još od ranih dana, tek nedavni promatrački uspjesi Event Horizon Telescope kolaboracije omogućili su direktno opažanje njihova izgleda. U ovom radu napravljen je pregled analitičkih studija vizualnih profila crnih rupa, poznatih pod nazivom ”sjena”, konkretno za statični sferno simetrični i Kerrov slučaj. Predstavljena je fizikalna pozadina pojave sjene, a zatim i razloženi osnovni koraci potrebni za njezinu konstrukciju, uz osvrt na dvije klase degeneracije sjene predstavljene u literaturi. Metodologija pronalaska oblika i veličine sjene oprimjerena je za nekoliko različitih metrika crnih rupa. Usporedbom slučajeva idealne sferne i ravne pozadine istaknuta je razlika između sjene i vizualnih efekata koji su posljedica samo konkretne raspodjele okolnih izvora elektromagnetskog zračenja.Although black holes have been theoretically studied since the early days of the general theory of relativity, only recently have the observational successes of the Event Horizon Telescope collaboration made it possible to directly observe them. We provide an overview of current analytical studies of the visual appearance of black holes, also known as black hole shadows. We examine the shadows of spherically symmetric, static black hole spacetimes, as well as the Kerr spacetime. We explore the physical background of the phenomenon, explain the basic steps necessary to construct the shadow, and briefly review two shadow degeneracy classes presented in the literature. We derive the size of the shadow and show how the methodology may be used on the examples of several black hole spacetimes. Finally, we highlight the fundamental differences between the shadow and the visual effects of the specific distribution of the surrounding sources of electromagnetic radiation by comparing two idealized cases for a Schwarzschild black hole: a uniformly bright spherical background and an infinite uniformly bright planar background
Antimicrobial activity and the mode of action of the peptide newly-identified in the flatworm Mesocestoides corti
No full textRastuća otpornost bakterija na postojeće antibiotike predstavlja globalni problem posljednjih desetljeća. Antimikrobni peptidi ističu se kao potencijalno rješenje zahvaljujući potentnom antimikrobnom djelovanju i multimodalnom mehanizmu djelovanja na koji bakterije teško pronalaze odgovor. Posebnu pozornost privukli su antimikrobni peptidi koje parazitski crvi luče kao dio svog urođenog imunološkog sustava na koji se oslanjaju u obrani od mikroorganizama prisutnih u okolišu domaćina kojeg nastanjuju. U sklopu ovog istraživanja, analizom genoma trakavice Mesocestoides corti identificiran je peptid mesco-2, koji je odabran za sintezu i daljnje istraživanje na temelju provedene bioinformatičke analize. Ispitana je sekundarna struktura ovog peptida u izotropnim i anizotropnim uvjetima te njegova antimikrobna aktivnost prema gram-negativnim i gram-pozitivnim bakterijama, kao i njegov mehanizam djelovanja. Rezultati su pokazali da peptid mesco-2 ima širok spektar antimikrobnog djelovanja, čime se otvara mogućnost njegove buduće kliničke primjene.The growing resistance of bacteria to existing antibiotics has become a global problem in recent decades. Antimicrobial peptides stand out as a potential solution due to their potent antimicrobial activity and multimodal mode of action making it difficult for bacteria to elicit resistance. Special attention has been drawn to antimicrobial peptides secreted by helminths as part of their innate immune system, which they rely on to defend against microorganisms present in the host environment they inhabit. In this study, a peptide named mesco-2 was identified through genomic analysis of the tapeworm Mesocestoides corti and selected for synthesis and further investigation based on bioinformatic analysis. The secondary structure of this peptide was examined under isotropic and anisotropic conditions, along with its antimicrobial activity against gram-negative and gram-positive bacteria, as well as its mechanism of action. The results showed that mesco-2 has a broad spectrum of antimicrobial activity, suggesting its potential for future clinical application
Tumor Necrosis Factor-alpha and Interferon-gama induced changes of REL, PDL1, and CXCL10 expression in human cervical carcinoma and primary mediastinal B-cell lymphoma cell lines
No full textPrimarni medijastinalni B-stanični limfom (PMBCL, od eng. primary mediastinal B-cell
lymphoma), limfom koji dijeli neke značajke s difuznim velikim B-staničnim limfomom
(DLBCL, od eng. diffuse large B-cell lymphoma) i klasičnim Hodgkinovim limfomom (cHL,
od eng. classical Hodgkin lymphoma), obilježen je konstitutivnom aktivnošću signalnih putova
NF-κB i JAK-STAT, koji dovode do transkripcije gena uključenih u imunosnu modulaciju i
preživljavanje stanica. Cilj ovog istraživanja bio je analizirati obrasce ekspresije specifičnih
gena u staničnim linijama PMBCL-a MedB-1 i Karpas 1106p te u staničnoj liniji HeLa, koja
potječe iz ljudskog karcinoma vrata maternice, nakon tretmana različitim dozama proupalnih
citokina TNF-α i IFN-γ. Osnovne razine ekspresije gena REL, CXCL10 i PDL1 bile su više u
staničnim linijama modelima PMBCL-a nego u stanicama HeLa. 48 sati nakon tretmana
citokinom TNF-α, stanice MedB-1 pokazale su značajno povećanje ekspresije gena REL i PDL1
pri dozama od 10, 20 i 50 ng/ml. Stanice HeLa pokazale su značajno povećanje ekspresije gena
CXCL10 24 sata nakon tretmana s 5, 10 i 20 ng/ml TNF-α, za razliku od stanica MedB-1 i
Karpas 1106p, koje nisu pokazale promjene u ekspresiji gena CXCL10. Nakon tretmana IFN-
γ, sve stanične linije pokazale su značajno povećanje ekspresije gena CXCL10 i PDL1, pri čemu
su stanice HeLa pokazale najveći porast ekspresije gena PDL1.Primary mediastinal B-cell lymphoma (PMBCL), a type of lymphoma that shares some features
with diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) and classical Hodgkin lymphoma (cHL), is
marked by constitutive activity of the NF-κB and JAK-STAT signaling pathways, which lead
to the transcription of genes involved in immune modulation and cell survival. The aim of this
research was to analyze the expression patterns of specific genes in the PMBCL cell lines
MedB-1 and Karpas 1106p and in the HeLa cell line, which originates from human cervical
cancer, after treatment with different doses of the pro-inflammatory cytokines TNF-α and IFN-
γ. Baseline gene expression levels of REL, CXCL10, and PDL1 were higher in PMBCL-derived
cell lines than in HeLa cells. 48 hours after TNF-α treatment, MedB-1 cells showed a significant
increase in REL and PDL1 gene expression at doses of 10, 20 and 50 ng/ml. HeLa cells showed
a significant increase in CXCL10 gene expression 24 hours after treatment with 5, 10 and 20
ng/ml TNF-α, in contrast to MedB-1 and Karpas 1106p cells, which did not show changes in
CXCL10 gene expression. After IFN-γ treatment, all cell lines showed a significant increase in
CXCL10 and PDL1 gene expression, with HeLa cells showing the highest increase in PDL1
gene expression
Description of distribution of quarks and gluons in proton using Gaussian processes
No full textPartonske distribucijske funkcije protona opisuju raspodjelu impulsa njegovih sastavnica te stoga nose važnu informaciju o njegovoj kvarkovsko-gluonskoj dinamici. S obzirom na to da su fundamentalno neperturbativna veličina kvantne kromodinamike, određuju se posredno prilagodbom modela na eksperimentalne podatke. Diferencijalni udarni presjeci dubokih neelastičnih raspršenja ovise upravo o njima te se mogu smisliti razne metode ekstrakcije tih funkcija iz eksperimentalnih podataka različitih procesa. U ovom radu ispituje se metoda strojnog učenja za ekstrakciju spomenutih distribucijskih funkcija njihovim modeliranjem kao gausijanskih procesa te Monte Carlo dropout metoda neuronskih mreža za usporedbu. U svrhu ispitivanja metode uvedena su određena nefizikalna pojednostavljenja. Također, s istim ciljem zadane su nefizikalne partonske distribucijske funkcije koje služe za simulaciju podataka diferencijalnih udarnih presjeka nefizikalnih procesa. Distribucijske funkcije ekstrahirane iz simuliranih podataka mogu se tada usporediti s onim zadanim kako bi se na taj način mogla procijeniti uspješnost metode kao i potencijalno zaključiti nešto o njenoj primjenjivosti na stvarne eksperimentalne podatke. Također, određeni zaključci doneseni su usporedbom rezultata metode gausijanskih procesa s rezultatima Monte Carlo dropout metode neuronskih mreža.Parton distribution functions of proton describe the distribution of momenta of its components and thus provide an important information about its quark-gluon dynamics. Considering they are fundamentally non-perturbative quantity of quantum chromodynamics, they are determined indirectly by fitting the model to experimental data. Differential cross sections of deep inelastic scatterings depend on those functions and various methods of their extraction can be devised from experimental data of different processes. This thesis examines the machine learning method for extraction of the mentioned distribution functions by modeling them as Gaussian processes and the Monte Carlo dropout method of neural networks for comparison. For testing purposes of the method certain non-physical simplifications were introduced. Likewise, with the same goal there are given non-physical parton distribution functions which serve to simulate differential cross section data of different nonphysical processes. Distribution functions extracted from the simulated data can then be compared with the given ones in order to evaluate the efficacy of the method and potentially conclude something on its applicability to real experimental data. Also, certain conclusions were drawn by comparing the results of the Gaussian processes method with the results from Monte Carlo dropout method of neural networks
Determination of the main phase transition temperature of neutral lipids by UV/Vis spectroscopy
No full textLipidi u vodenom mediju tvore liposome, sferične strukture u kojima se slažu u dvosloje. Faza,
odnosno način slaganja lipida u dvosloje, funkcija je temperature. Glavni fazni prijelaz je
prijelaz lipida iz faze gela u fazu fluida i opaža se pri temperaturi mekšanja Tm. Uz razlikovnu
pretražnu kalorimetriju kao rutinsku tehniku određivanja Tm odnedavno se ističe i UV/Vis
spektroskopija. U sklopu ovog rada pripremljene su suspenzije 1,2-dipalmitoil-sn-glicero-3-
fosfokolina (DPPC), 1,2-dipalmitoil-sn-glicero-3-fosfoetanolamina (DPPE), 2-oleil-1-
palmitoil-glicero-3-fosfoetanolamina (POPE) i sfingomijelina (SM) u acetatnom, fosfatnom i
karbonatnom puferu (pH = 4,09; 7,01; 9,19). Razlikovnom pretražnom kalorimetrijom i
temperaturno-ovisnom UV/Vis spektroskopijom određene su vrijednosti Tm lipida te je ispitan
utjecaj pH medija na Tm. Pokazano je da je temperaturno-ovisna UV/Vis spektroskopija
prikladna za određivanje Tm te da promjena pH najviše utječe na DPPE i POPE liposome.Lipids form liposomes in which they arrange into bilayers. The transition of lipids from the gel
to the fluid phase, namely the main phase transition, is observed at the melting temperature Tm.
Alongside differential scanning calorimetry (DSC), a routine technique for Tm determination,
UV/Vis spectroscopy recently stood out. As part of this thesis, suspensions of 1,2-dipalmitoylsn-glycero-3-phosphocholine (DPPC), 1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
(DPPE), 2-oleyl-1-palmitoyl-glycero-3-phosphoethanolamine (POPE) and sphingomyelin
(SM) in three buffers (pH = 4.09; 7.01; 9.19) were prepared. Using DSC and temperaturedependent UV/Vis spectroscopy, Tm of lipids were determined and the influence of pH on Tm
was examined. It was shown that temperature-dependent UV/Vis spectroscopy is suitable for
determining Tm and that DPPE and POPE liposomes are affected by the change in the pH
Characterization of sulfonylureas by biomimetic chromatography and computational methods
No full textSvakim danom se istražuju nove i naprednije metode za određivanje farmakodinamičkih i farmakokinetičkih
parametara u svrhu dizajna novih lijekova. Jedne od modernih metoda su biomimetička kromatografija u kojoj se
koriste kolone koje imitiraju biološke uvjete te računalne (in silico) metode koje predviđaju razne ADME
(Adsorpcija, Distribucija, Metabolizam, Ekskrecija) i QSPR (Kvantitativni odnos strukture i svojstava molekule)
parametre. U ovom radu provedena je karakterizacija tri (3) sulfonilureje ((N-metilkarbamoil)-4-
metilbenzosulfoamid, N-(benzilkarbamoil)-4-metilbenzosulfoamid, 1,1’-trimetilenbis[3-p-tolilsulfonil)-urea]))
biomimetičkom kromatografijom pri čemu se eksperimentalno odredila lipofilnost, fosfolipofilnost te vezanje na
AGP (α-1-kiseli glikoprotein) i HSA (humani serumski albumin) proteine plazme. Računalnim programima
predviđena su različita svojstva poput topljivosti, lipofilnosti, fosfolipofilnosti, vezanja na proteine plazme,
koeficijenta distribucije, oralne bioraspoloživosti, gastrointestinalne apsorpcije i sukladnosti sa Lipinskijevim
pravilom „broja pet“. Za parametre za koje je bilo moguće, napravljena je korelacija eksperimentalno dobivenih
vrijednosti sa računalno izračunatim vrijednostima.
Rezultati analize biomimetičkom kromatografijom pokazuju kako su sve tri sulfonilureje lipofilne, stupaju u
interakciju sa fosfolipidima te se vežu na AGP i HSA proteine plazme. Računalnim programima dobivene su
relativno dobre vrijednosti svojstava koje spoj mora slijediti da bi bio dobar lijek. Za većinu računalno
izračunatih parametara koje je bilo moguće korelirati sa eksperimentalnim vrijednostima dobiven je visok
koeficijent korelacije (R2>0,9). Naposljetku, rezultati eksperimentalnih i računalno dobivenih vrijednosti za
ispitane parametre su vrlo korisne u daljnjem istraživanju analiziranih sulfonilureja kao potencijalnih lijekova.New and more advanced methods of determining pharmacodynamic and pharmacokinetic parameters are being
researched daily for the purpose of drug design. Examples of the modern methods are biomimetic
chromatography which uses columns that mimic biological conditions and computer (in silico) methods that
predict various ADME (Adsorption, Distribution, Metabolism, Elimination) and QSPR (Quantitative StructureProperty Relationship) parameters. In this research, three (3) sulfonylureas (N-methylcarbamoyl)-4-
methylbenzenesulfonamide, N- benzylcarbamoyl)-4-methylbenzenesulfonamide, 1,1’-trimethylenebis[3-(ptolylsulfonyl)-urea]) were characterized by biomimetic chromatography to determine lipophilicity,
phospholipophilicity and binding to AGP (α-1-acid glycoprotein) and HSA (human serum albumin) plasma
proteins. Computer programs were used to predict properties such as solubility, lipophilicity,
phospholipophilicity, protein plasma binding, distribution coefficient, oral bioavailability, gastrointestinal
absorption, and compliance with Lipinski’s “rule of five”. For the parameters for which it was possible, the
experimentally obtained values were correlated with the computer calculated values.
The results of biomimetic chromatography analysis showed that all three sulfonylureas are lipophilic, interact
with phospholipids, and bind to AGP and HSA plasma proteins. Computer programs predicted relatively good
values of the properties that the compound must follow in order to be a good drug. For most of the computercalculated parameters that could be correlated with the experimental values a high correlation coefficient
(R2>0,9) was obtained. Finally, the results of experimental and computer obtained values for the tested
parameters are very useful in further research of the analyzed sulfonylureas as potential drugs
Influence of social environment on boldness of Italian wall lizards (Podarcis siculus) raised in captivity
No full textSocijalno okruženje može utjecati na različite značajke temperamenta životinja, ali malo je toga
poznato o njegovom utjecaju na odvažnost. Kod gmazova je odvažnost najčešće promatrana
značajka, dok je utjecaj socijalnog okruženja na ponašanje guštera općenito vrlo slabo istražen.
Cilj ovog rada bio je utvrditi postoji li razlika u odvažnosti primorske gušterice (Podarcis
siculus) između jedinki koje su kroz period od mjesec dana bile u socijalnom kontaktu s drugom
jedinkom istog spola i onih koji su bili u socijalnoj izolaciji. Istraživanja su provedena na 76
jedinki uzgojenih u zatočeništvu, u testu otvorenog polja s ponuđenim skloništima i u testu
simuliranog napada predatora. Uspoređena su vremena provedena u skloništu i u centralnoj
zoni, latencija sakrivanja u skloništu i vrijednost odvažnosti izražena reakcijama na simulirani
napad testiranih guštera. Rezultati nisu pokazali statistički značajne razlike između testiranih
skupina guštera, ali je otvorena rasprava o smjerovima daljnjih istraživanja.Social environment can influence different temperament traits in animals, yet little is known
about its influences on boldness. In reptiles, boldness is the most often researched trait, while
the social environment influences on lizard behaviour are not well studied. The aim of this study
was to determine the differences in boldness of the Italian wall lizard (Podarcis siculus)
between individuals who have been exposed to social contact with a conspecific of the opposite
sex in a period of one month and the individuals who were socially isolated. 76 lizards raised
in captivity were tested using the open field test with refuges and simulated predatory attack
test. Time spent in refuge and in central zone, as well as latency to hide and a boldness score
expressed through simulated predatory attack reactions were compared between the tested
lizard groups. While the results did not show a statistically significant difference, new future
research directions are discussed