12064 research outputs found
Sort by
The neuroprotective potential of brain-derived neurotrophic factor in an in vitro model of Alzheimer's disease
No full textAlzheimerova bolest (AB) je neurodegenerativna bolest koju karakterizira izvanstanično
nakupljanje amiloidnih plakova i unutarstanično nakupljanje neurofibrilarnih snopića. Moždani
neurotrofni čimbenik (BDNF) je najrašireniji neurotrofni čimbenik rasta u središnjem živčanom
sustavu. Eksprimira se u hipokampusu, korteksu i bazalnom prednjem mozgu, područjima koja
su vitalna za učenje, pamćenje i izvršnu funkciju. Primarna uloga BDNF-a u mozgu je
promicanje preživljavanja postmitotskih neurona te rast i diferencijacija novih neurona i sinapsi.
Dosadašnja istraživanja ukazuju na ulogu smanjene razine BDNF-a u AB-u gdje su gubitak
sinapsi i neurona te oslabljeno pamćenje bitan dio patologije. Beta amiloid (Aβ) utječe na razine
BDNF-a direktno, inhibicijom proteolitičke konverzije prekursora u konačnu formu te indirektno
– interferencijom s aksonalnim transportom. S obzirom na zaštitne učinke BDNF-a na
neurotoksičnost izazvanu Aβ u uvjetima in vitro i in vivo, primjena BDNF-a predstavlja
potencijalnu strategiju liječenja AB-a. Cilj ovog rada je ispitati potencijalni učinak BDNF-a u
prevenciji stanične smrti, odnosno promicanju preživljenja neurona, primjenom primarne kulture
mišjih neurona tretiranih oligomerima Aβ kao in vitro modelom AB-a. Rezultati istraživanja
potvrđuju neuroprotektivno djelovanje BDNF-a te upućuju na to da njegova primjena smanjuje
apoptotsku aktivnost u modelu AB-a in vitro.Alzheimer's disease (AD) is a neurodegenerative disease characterized by extracellular
accumulation of amyloid plaques and intracellular accumulation of neurofibrillary tangles. Brain
derived neurotrophic factor (BDNF) is the most abundant neurotrophic growth factor in the central
nervous system. It is expressed in the hippocampus, cortex and basal forebrain, areas vital
for learning, memory and executive function. The primary role of BDNF in the brain is to
promote the survival of postmitotic neurons and the growth and differentiation of new neurons and
synapses. Previous studies suggest the role of decreased BDNF levels in AD, where synapse and
neuron loss and impaired memory are an essential part of the pathology. Amyloid beta (Aβ)
affects BDNF levels directly, by inhibiting the proteolytic conversion of precursors to the final
form, and indirectly by interfering with axonal transport. Given the protective effects of BDNF on
neuronal toxicity induced by Aβ in vitro and in vivo, the use of BDNF represents a potential strategy
for the treatment of AD. The aim of this study was to examine the potential effect of BDNF in the
prevention of cell death, i.e. promoting the survival of neurons, using a primary culture of mouse
cortical neurons treated with Aβ oligomers as an in vitro model of AD. The results of the study
confirm the neuroprotective effect of BDNF and suggest that its use reduces apoptotic activity in
an in vitro model of AD
Mrežni utjecaj u propagaciji sistemskog rizika
No full textThe role of the network in the systemic risk propagation is investigated from two different perspectives, one being the detection of the default propagation from available data and the other the quantification of its effect on the value of debt. In the first part of this thesis, a methodology that uses causal network motifs is devised to distinguish the existence of network propagation from the minimal required data on the process. It is extensively tested against artificial data and the conditions when it is applicable are found. An example with the real Croatian default data is provided. In addition to that, analytical results on the temporal evolution of the causal motifs are obtained for a better understanding of the methodology. In the second part, we study the valuation of debt in a credit exposure network that is also exposed to external shocks on equity, when default propagation is taken into account. From the default process with external shocks, which is both simulated and theoretically modeled, we obtain the expected fraction of defaulted banks. We provide the result depending on the process and network parameters and compare it to the case where the network propagation is not taken into account. We show that the introduction of correlation on the shocks makes diversification of risk less efficient, and a network contribution to the probability of default exists even in the case of an infinite fully diversified network. We draw a direct parallel with the calculation of the Credit Valuation Adjustment and stress the need for including the network effects into the existing methodology.U ovoj doktorskoj disertaciji proučavali smo mrežne efekte u širenju sistemskog rizika iz dvije različite perspektive. Jedna se odnosila na detektiranje mrežne propagacije iz podataka, dok je druga imala naglasak na kvantifikaciji doprinosa mreže vrijednosti duga. U prvom dijelu razvili smo metodologiju za detektiranje endogene propagacije iz podataka koji se mogu prikazati kao temporalna mreža. Testirali smo metodologiju na velikom rasponu parametara simuliranih procesa, te dobili statistički značajne rezultate do ζ ∼ 1, za mreže od 1000 čvorova. Razliku simuliranih distribucija smo prvo testirali Kolmogorov- Smirnov testom te potvrdili njeno postojanje. Zatim smo uspoređivali individualne procese s odgovarajućim RRM ansamblima te koristili z-statistiku i Mahalanobisovu udaljenost za detekciju endogene komponente procesa. U slučajevima koji su na granici prostora parametara gdje je detekcija bila moguća, signifikantnost rezultata ovisi o postotku mreže koji je bankrotirao, srednjem stupnju čvora, te veličini mreže. Povećanjem mreže, povećava se i raspon parametra ζ za koji je moguće detektirati endogeno širenje. Kao najbolje testne statistike, pokazali su se kauzalni motiv s jednim bridom kad se koristi z-statistika, te kauzalni motiv s dva brida kad se koristi Mahalanobisova udaljenost. Na prostoru parametara, ove dvije mjere pokazale su se komplemetarnima; dok motiv s jednim bridom najbolje funkcionira u srednjim fazama procesa, motiv s dva brida postaje signifikantan pri kraju procesa. Kako bismo bolje razumjeli vremensku evoluciju testnih statistika, proširili smo aproksimativne master jednadžbe na usmjerene mreže s vremenskim uređenjem, te dobili ovisnost očekivane vrijednosti kauzalnih motiva o vremenu, koja se slaže sa simulacijama. Metoda je također primjenjena na empirijskim podacima hrvatskih firmi u predstečajnim nagodbama, te je ukazala na mogućnost mrežne propagacije predstečajnih nagodbi, koju bi trebalo dalje istražiti u financijskim izvještajima firmi. Drugi dio disertacije sadrži istraživanje strukture vjerojatnosti bankrota, te kvantifikaciju doprinosa toj vjerojatnosti od strane mreže kreditnih izlaganja na kojoj se institucije nalaze. Ovo istraživanje donosi popravku na račun prilagodbe kreditne valuacije, koji trenutno ne uzima u obzir moguću propagaciju bankrota po mreži. Simulirali smo sustav koji se sastoji od svih informacija o mreži kreditnih izlaganja. Nakon izlaganja mreže nekoreliranim šokovima, sustav je nakon diverzifikacije zauzeo ili nadkritično stanje, gdje su sve institucije bankrotirale, ili podkritično stanje, u kojem se vjerojatnost bankrota smanjila do određenog nivoa. Uvođenjem korelacija na šokove, ponašanje sustava se mijenja, te više nije moguće potpuno ukloniti mrežni utjecaj diverzifikacijom. Također, za sustave koji su prethodno bili u nadkritičnom stanju, uvođenjem korelacija vjerojatnost bankrota se smanjuje. Provjeren je i utjecaj veličine sustava na ove efekte, te je pokazano da nisu posljedica konačne veličine sustava. Uz simulirane rezultate, dobili smo i analitičko rješenje, pomoću modela praga te distribucija vanjskih šokova koje smo izveli. Iz analitičkih rezultata izveli smo i asimptotsko ponašanje za beskonačne mreže. Konačno, možemo potvrditi da postoje slučajevi kad nije moguće zanemariti utjecaj mreže na vjerojatnost bankrota, te bi ih trebalo uvrstiti u formalizam za računanje CVA
Synthesis of ferrocene esters of mannosylated desmuramyl dipeptide
No full textU sklopu diplomskog rada opisana je priprava triju ferocenskih estera manoziliranog
desmuramil-dipeptida, L-Ala-D-isoGln. Konvergentnim pristupom sintezi najprije su zasebno
pripravljena tri fragmenta: manozna podjedinica s razmaknicom od dva atoma ugljika (C2
razmaknica), dipeptid te ferocenski alkoholi, koji su zatim povezani u jednu cjelinu. Benzilima
zaštićena manozna podjedinica s C2 razmaknicom pripremljena je u dva sintetska koraka iz
2,3,4,6-tetra-O-benzil-α-D-manopiranoze. Kao polazni dipeptid korišten je komercijalno
dostupni zaštićeni desmuramil-dipeptid, Boc-L-Ala-D-isoGln(OBn), kojem je najprije
uklonjena benzilna esterska skupina s bočnog ogranka isoGln. Ferocenski alkoholi,
pripremljeni na Prehrambeno-biotehnološkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu, sadrže alkilnu
poveznicu s različitim brojem metilenskih skupina (n = 2, 4 i 5). Navedeni alkoholi u uvjetima
Steglichove esterifikacije vezani su esterskom vezom na karboksilnu skupinu bočnog ogranka
izoglutamina. Pripravljenim ferocenskim esterima desmuramil-dipeptida uklonjena je Boczaštitna skupina s amino-skupine alanina te su amidnom vezom vezani na karboksilnu skupinu
benzilima zaštićene manozne podjedinice. U posljednjem sintetskom koraku uklonjene su
zaštitne skupine s manoze, čime su dobivene ciljne molekule pogodne za ispitivanje in vitro
adjuvatnog učinka.In this diploma thesis, preparation of three ferrocene esters of mannosylated desmuramyldipeptide, L-alanyl-D-isoglutamine, is described. Using a convergent approach, fragments, a
mannose subunit with a C2 spacer, a dipeptide and ferrocene alcohols were prepared separately,
which were subsequently combined into one unit. Commercially available Boc-L-Ala-DisoGln-OBn was used as starting dipeptide. Ferrocene alcohols, that were prepared at the
Faculty of Food Techology and Biotechnology, University of Zagreb, contain an alkyl linker
with a different number of methylene groups (n = 2, 4 and 5). The alcohols are bound by an
ester bond under the conditions of Steglich esterification to the carboxyl group of isoglutamine
side chain, which was previously deprotected. The prepared ferrocene esters of desmuramyldipeptide were additionally mannosylated by binding of the -amino group of alanine, which
was previously deprotected, to the carboxyl group of the mannose subunit. The benzylprotected mannose subunit with a C2 spacer was prepared in two synthetic steps from 2,3,4,6-
tetra-O-benzyl-α-D-mannopyranose. In the last step, protective groups were removed from
mannose, which resulted in target molecules suitable for testing the in vitro adjuvant effect
Geomorphological characteristics of larger karst poljes in the Dinarides
No full textPolje u kršu može se definirati kao velika depresija ravnog dna i strmih padinskih strana s pripadajućim krškim drenažnim sustavom. U Dinaridima, kao i u svijetu, postoji velik broj polja u kršu od kojih su tek poneka detaljnije istražena. Cilj ovog rada je doprinijeti spoznajama o poljima u kršu te na odabranim poljima utvrditi njihove granice odnosno rubove dna i zavale, provesti analizu morfometrijskim metodama te izraditi pregledne geomorfološke karte. U radu su analizirana tri polja u kršu: Krbavsko, Livanjsko i Duvanjsko polje. Određeni su glavni parametri za definiranje rubova dna i zavale polja, a to su: nagib padina, profilna zakrivljenost i topografski pozicijski indeks (TPI). Preklapanjem spomenutih parametara te njihovom usporedbom s pomoćnim podlogama (topografska karta, hipsometrijska karta, karta ekspozicija i sjenčani reljef) digitalizirane su granice ruba dna i zavale gledanih polja. Provedena je analiza morfometrijskih parametara prema njihovoj klasifikaciji i udjelu površine koji zauzimaju u dnu i u zavali polja. Nakon toga, provedena je geomorfološka analiza te je izrađena pregledna geomorfološka karta promatranih polja s prikazom odabranih oblika.A karst polje can be defined as a large depression with flat bottom and a steep basin with an associated karst drainage system. Both in the Dinarides, as well as in the world, there are a large number of karst poljes, only a few of which have been explored in detail. The aim of this thesis was to contribute to the knowledge about karst poljes and to determine their borders, i.e. the edges of the bottom and the basin, to carry out an analysis using morphometric methods and to create a geomorphological map overview. Three karst poljes were analyzed: Krbavsko, Livanjsko and Duvanjsko polje. The main parameters for defining the edges of the bottom and the basin of the polje were determined, namely: slope inclination, profile curvature and topographic position index (TPI). By overlaying the mentioned parameters and comparing them with the auxiliary ones (topographic map, hypsometric map, exposure map and shadow relief), the borders of the edge of the bottom and the basin of the poljes were digitized. An analysis of morphometric parameters was carried out according to their classification and the share of the area they occupy in the bottom and on the basin of the polje. After that, a geomorphological analysis was carried out and an overview geomorphological map of the observed poljes was created, showing the selected forms
The impact of concrete on Adriatic sea
No full textSredozemno more kao značajna točka bioraznolikosti je od samih početaka mjesto
razvoja ljudske civilizacije. Antropogenim pritiskom obalne urbanizacije, turizmom,
prekomjernim izlovom, zagađivanjem i klimatskim promjenama ekosustav Sredozemlja ima
smanjene mogućnosti pružanja dobara i usluga društvu. U Jadranskom moru kao najsjevernijem
ogranku Sredozemnog mora također su vidljivi štetni utjecaji čovjeka na morski okoliš.the Mediterranean Sea as one of the important biodiversity hotspots was the cradle
of western civilization. With anthropogenic pressures such as coastal urbanisation, tourism,
over-fishing, pollution and climate change there is a reduced capacity for the Mediterranean
ecosystem to provide essential goods and services to society. In the Adriatic Sea the
northernmost arm of the Mediterranean Sea we can also see a human deteriorating effect on
the marine ecosystem
PHYSIOLOGICAL AND PROTEOMIC RESPONSES OF TOBACCO (Nicotiana tabacum) SEEDLINGS EXPOSED TO DIFFERENTLY COATED SILVER NANOPARTICLES
No full textNegativan utjecaj nanočestica srebra (AgNP) potvrđen je na mnogim organizmima, no
mehanizam njihove toksičnosti još uvijek nije poznat. U biološkim sustavima AgNP su sklone
agregaciji i disocijaciji, pa se za stabilizaciju koriste omotači koji utječu na njihove fizikalnokemijske karakteristike. U ovome radu ispitala sam utjecaj AgNP stabiliziranih s dva različita omotača (PVP i CTAB) na isklijavanje i rani rast, pojavu oksidacijskog stresa i promjene u proteomu klijanaca duhana (Nicotiana tabacum). Kako bih utvrdila je li njihova toksičnost
posljedica samih nanočestica ili iona Ag+, provela sam usporednu analizu s AgNO3 i
kombiniranim tretmanima s cisteinom, snažnim ligandom iona Ag+. AgNP-CTAB pokazale su jači utjecaj pri svim ispitivanim parametrima u odnosu na AgNP-PVP i AgNO3. Dodatak cisteina umanjio je utjecaj AgNP-PVP i AgNO3, ali ne i AgNP-CTAB, što dovodi do zaključka da je toksični učinak AgNP-PVP većim dijelom posljedica otpuštanja iona Ag+, dok toksičnost AgNP-CTAB proizlazi iz intrinzičnih svojstava samih nanočesticaDetrimental effects of silver nanoparticles (AgNPs) have been confirmed in many organisms, but the mechanism of their toxicity is still unknown. In biological systems, AgNPs are prone to aggregation and dissolution, so they are often stabilized by coatings that affect their physicochemical properties. In this study I have examined effects of AgNPs with different coatings
(PVP and CTAB) on germination and early growth, oxidative stress appearance and proteome changes in tobacco (Nicotiana tabacum) seedlings. To determine if AgNP toxicity is nanoparticle-specific or it derives from dissolved Ag+, I have employed a comparative analysis with AgNO3 and combined treatments with cysteine, a strong silver ligand. AgNP-CTAB had a stronger influence in all examined parameters compared to AgNP-PVP and AgNO3. Cysteine addition alleviated negative effects of AgNP-PVP and AgNO3, but not AgNP-CTAB, suggesting that AgNP-PVP toxic effects are mostly due to the release of Ag+
ions, while the toxicity of AgNP-CTAB derives from the intrinsic properties of nanoparticles
Optical conductivity of a two-dimensional insulator with valence band inversion
No full textNa temelju izmjerenih transportnih veličina, poput električne vodljivosti, možemo dobiti nekoliko informacija o elektronskim vrpcama. U ovom radu razmatramo obrnuti proces: polazeći od mikroskopskog modela dvodimenzionalnog materijala s inverzijom valentnih vrpci računamo odzivne funkcije poput istosmjerne i optičke vodljivosti. Pod materijalima s inverzijom valentnih vrpci smatramo posebnu klasu dvodimenzionalnih polumetala čije valentne vrpce posjeduju elektron-šupljina simetriju i oblikom podsjećaju na meksički šešir. Da bismo pobliže proučili transportna svojstva takvih materijala, definirali smo minimalni elektronski efektivni hamiltonijan s dvama slobodnim parametrima. Dijagonalizacijom takvog hamiltonijana dobivene su vrpce oblika meksičkog šešira i mogućnost opisa dviju različitih osnovnih elektronskih faza. To su faza s energetskim procijepom i faza čvorne petlje. Cijeli je rad usmjeren k tom da na temelju općeg oblika tenzora vodljivosti, kojeg smo izveli u formalizmu jednadžbi gibanja za neravnotežnu Landauovu funkciju distribucije, te kojeg smo podijelili na unutarvpčane i međuvrpčane doprinose, pokažemo jedinstveni otisak dviju navedenih elektronskih faza; u istosmjernom i optičkom odzivu. U istosmjernoj vodljivosti, u kojoj glavni doprinosi dolaze od unutarvrpčanih procesa na temelju ovisnosti efektivne koncentracije elektrona o dopiranju, moguće je utvrditi razliku između faze s procijepom i faze čvorne petlje. Ta je razlika među fazama očita i na primjeru gustoće elektronskih stanja, koja za slučaj faze s procijepom ima korijenski singularitet, dok je gustoća stanja u fazi čvorne petlje konstantna funkcija energije. Konačna potvrda u identifikaciji faza dolazi iz međuvrpcane tj. optičke vodljivosti jer je pokazano da optički odziv faze s čvorinom petljom iščezava.Based on the measured transport quantities, such as electrical conductivity, we can obtain some information about electronic bands. In this paper, we consider the reverse process, starting from a microscopic model of a two-dimensional material with inversed valence bands, we calculate response functions such as DC (direct current) and optical conductivity. Under the inversion of the valence bands we consider a special class of two-dimensional semimetals valence bands that have electron-hole symmetry and are shaped like a Mexican hat. In order to study the transport properties of such materials in more detail, we defined minimal electronic effective Hamiltonian with two free parameters. Diagonalization of such a Hamiltonian, Mexican hat-shaped bands were obtained and the possibility to describe two different basic electronic phases. These are the gapped phase and the nodal surface semimetal phase. The entire paper is aimed at the fact that, based on the general form of the conductivity tensor, which we derived in the formalism the equations of motion for the non-equilibrium Landau distribution function, and which we have divided into intraband and interband excitation, we will show the unique footprint of the two mentioned electronic phases; in DC and optical response. In DC conduction, where the main excitations come from intraband processes based on the dependence of the effective electron concentration on doping, it is possible to determine the difference between the gapped phase and the nodal surface phase. This difference between phases can also be seen in the example of the density of electronic states, which for the case of a gapped phase has a root singularity, while the density of states in the nodal surface phase is a constant function of energy. The final confirmation in the identification of phases comes from interband, i.e. optical conductivity because it was shown that the optical response of the phase with the nodal surface vanishes
Molekularno modeliranje koordinacijskih spojeva paladija(II)
No full textCisplatin se upotrebljava u medicinske svrhe za liječenje različitih vrsta malignih tumora.
Stereoizomer cisplatina, transplatin, puno je manje biološki aktivan te se zbog toga ne koristi u
liječenju. U ovome radu opisana je povezanost različitog utjecaja cisplatina i transplatina na
uređenost strukture DNA molekule i jačine citostatičkog djelovanja ovih izomera.
Budući da se paladij pokazao kao dobra zamjena platini u lijekovima protiv raka, novija
istraživanja često uključuju pripravu i ispitivanje biološke aktivnosti novih spojeva paladija(II).
U ovome radu dan je kratak pregled paladijevih spojeva koji pokazuju citostatička svojstva.
U sintezi i dizajnu novih citostatika često se koristi računalna kemija kako bi se ispitala
strukturna, elektronska, a kasnije modelirala i biološka aktivnost ovih spojeva. U ovom je radu
računalnim metodama istražena relativna stabilnost cis/trans izomera nekoliko koordinacijskih
spojeva paladija(II) koji su pripravljeni i okarakterizirani u grupi doc. dr. sc. Borisa-Marka
Kukovca sa Zavoda za fizikalnu kemiju, Odsjeka za kemiju Kemijsko-tehnološkog fakulteta
Sveučilišta u Splitu. Na dobivenim kristalnim strukturama provedena su istraživanja kako bi se
usporedila stabilnost konfiguracijskih stereoizomera te odredile ključne interakcije između
molekula u kristalnoj strukturi
The effect of the temperature and StpA protein on the antiCas transcript in the CRISPR-Cas mediated protection of Escherichia coli
No full textMnoge bakterije i većina arheja koriste funkcionalne sustave CRISPR-Cas u obrani protiv
strane invazivne DNA. Ekspresija komponenata sustava CRISPR-Cas u E. coli regulirana je s
četiri promotora i moguća je samo ako je transkripcijski represor H-NS inaktiviran (Δhns). S
promotora anti-Pcas se prepisuje transkript gena antiCas koji nepoznatim mehanizmom utječe
na aktivnost sustava CRISPR-Cas. Paralog proteina H-NS, protein StpA u suvišku ukida
otpornost na infekciju λvir fagom u Δhns stanicama na 30℃ tako što se ponaša kao dodatni
represor. U ovom radu istražena je mogućnost da protein StpA svojom ulogom RNA šaperona
utječe na tercijarnu strukturu transkripta antiCas u ovisnosti o temperaturi i time na nukleaznu
aktivnost proteina Cas3. Praćenjem otpornosti stanica na infekciju fagom λvir utvrđeno je da
suvišak transkripta antiCas pri 31°C inhibira aktivnost CRISPR-Cas sustava neovisno o
proteinu StpA, dok je pri suvišku proteina Cas3 na 37°C potreban RNA šaperon StpA kako bi
očuvao negativni učinak. Povećana ekspresija transkripta antiCas u mutantima s inducibilnim
genima cas uzrokuje lizu stanica i na 31°C i 37°C.Many bacteria and most archaea use functional CRISPR-Cas systems in defense against
invading DNA. The expression of CRISPR-Cas system components in E. coli is regulated by
four promoters and is only possible if the transcriptional repressor H-NS is inactivated (Δhns).
The antiCas gene transcript is transcribed from the anti-Pcas promoter, which affects the
activity of the CRISPR-Cas system by an unknown mechanism. A paralog of H-NS protein,
StpA protein in excess abolish resistance to λvir phage infection in Δhns cells at 30℃ by acting
as an additional repressor. In this paper it was investigated whether the protein StpA, with its
role as an RNA chaperone, affects the tertiary structure of the antiCas transcript in temperature
dependent manner and consequently affects the nuclease activity of the Cas3 protein. By
monitoring the resistance to phage λvir infection, it was determined that the excess of antiCas
transcript at 31°C inhibits the activity of the CRISPR-Cas system independently of the StpA
protein, while the excess of the Cas3 protein at 37°C requires RNA chaperone StpA to preserve
the negative effect. Increased expression of antiCas transcripts in mutants with inducible genes
cas causes cell lysis at both 31°C and 37°C