Opin visindi
Not a member yet
2982 research outputs found
Sort by
Útskýringar fyrir gervigreinda leikjaspilunar agenta
No full textArtificial intelligence (AI)- based systems increasingly affect our daily lives. Such intelligent computer agents are becoming increasingly complex; for example, they employ learned machine learning models and extensive lookahead search, often exploring millions of possibilities. Unfortunately, as the complexity of those systems grows, it becomes more difficult to understand the rationality behind their decisions.
In this dissertation, we researched how to incorporate explainability into the game-playing domain. Furthermore, we also evaluated to what extent the game-playing domain suits the development of explanations, where we showed that using the game-playing domain enables quantification of many aspects that otherwise are costly or infeasible. We used three games as our testbed: Sudoku, Breakthrough, and Chess. We primarily focused on model explainability, with a secondary focus on the search part of game-playing.
For model explainability, we investigated three approaches for explaining the evaluation of the model: saliency maps, surrogate models and concept probing.
First, we developed evaluation methods for saliency maps to understand the reliability of the methods and quantified to what extent we can interpret them in a way we are likely to do. Furthermore, we also introduced a second explainability layer using a surrogate model, where we explain the explanation. This way, we can, on a higher level, interpret what a high saliency means for the explainability methods. Second, we developed methods to compare concept probing results and assess to what extent we can interpret the results as concept importance. We showed that concept probing results and concept importance are only moderately correlated. Third, we unveiled the concepts learned by the world-class chess-playing agent, Stockfish, and exposed differences between its neural network and hand-crafted methods.
On the search front, we altered a search-based reasoning process to generate solutions that were more explainable to humans, using the domain of Sudoku puzzles as our test bed. It is a hybrid of a heuristic- and constrained-based solver that biases the search towards finding solutions easily explainable to humans.Tölvukerfi sem byggja á gervigreind eru í síauknu mæli að hafa áhrif á okkar daglega líf. Flækjustig slíkra kerfa er einnig sífellt að aukast, m.a. vegna þess að þau nota oft flókin líkön (s.s. tauganet) og meta milljónir mögulegra lausna við ákvarðanatöku sína. Eftir því sem flækjustigið eykst, því erfiðara verður fyrir okkur að skilja rökin að baki ákvörðunum kerfanna, sem getur haft áhrif á
það traust sem við berum til þeirra.
Í þessari ritgerð könnuðum við hvernig hægt er að innleiða útskýringar fyrir leikjaspilunar agenta. Ennfremur mátum við hve vel leikjaspilunaragentar henta fyrir þróun útskýringa og sýndum fram á að með þeim er hægt að mæla marga þætti sem annars eru kostnaðarsamir eða óframkvæmanlegir. Við notuðumst við þrjá leiki: Sudoku, Breakthrough, og skák. Við einbeittum okkur fyrst og fremst að útskýringum líkana, með aukaáherslu á leit.
Við rannsökuðum aðallega þrjár tegundir af útskýringum: "saliency maps", "surrogate model" og "concept probing". Við þróuðum matsaðferðir til að meta áreiðanleika "saliency maps" og mátum hvort við gætum túlkað niðurstöður þeirra á þann hátt sem við mannfólkið erum líkleg til að gera. Ennfremur þróuðum við annað útskýringarlag með "surrogate model", þar sem við útskýrum útskýringuna. Þannig getum við betur áttað okkur á því hvað felst í því þegar útskýringaraðferð metur eitthvað mikilvægt. Til að skilja betur notagildi "concept probing" aðferða þróuðum við aðferðir til að athuga hvort hægt sé að meta mikilvægi hugtakanna (e. concepts) út frá "concept probing" niðurstöðum. Þar sýndum við fram á fylgni milli mikilvægi hugtakanna og niðurstöðum "concept probing" tilraunanna. Þá afhjúpuðum við einnig þau hugtök sem heimsklassa skákagentinn Stockfish hafði lært, og vörpum ljósi muninn á þeirri þekkingu sem býr í tauganeti og handgerðu matslíkani.
Hvað leitarhlutann varðar, þá breyttum við leit agents svo hann skili frá sér lausnum sem er auðveldara fyrir okkur mannfólkið að skilja. Það gerðum við með blöndu af brjóstsvits- og skorðunarnálgun sem aðlagar leitina svo agentinn taki ekki ákvarðanir sem er erfitt eða ómögulegt að útskýra
Designing capital-ratio triggers for Contingent Convertibles
Get PDFContingent Convertible (CoCo) bonds represent a novel category of debt financial instruments, recently introduced into the financial landscape. Their primary role is to bolster financial stability by maintaining healthy capital levels for the issuing entity. This is achieved by converting the bond principal into equity or writing it down once the minimum capital ratios are violated. CoCos aim to recapitalize the bank before it is on the brink of collapse, to avoid a state bailout at a huge cost to the taxpayer. Under normal circumstances, CoCo bonds operate as ordinary coupon-paying bonds, which only in case of insufficient capital ratios are converted into equity of the issuer.
However, the CoCo market has struggled to expand over the years, and the recent tumult involving Credit Suisse and its enforced CoCo write-off has underscored these challenges. The focus of this research work is on the first hand to understand the reasons for this failure, and, on the other hand, to modify its underlying design in order to restore its intended purpose: to act as a liquidity buffer, strengthening the capital structure of the issuing firm.
The cornerstone of the proposed work is the design of a self-adaptive model for leverage. This model features an automatic conversion that does not hinge on the judgment of regulatory authorities. Notably, it allows the issuer's debt-to-assets ratio to remain within predetermined boundaries, where the likelihood of default on outstanding liabilities remains minimal. The pricing of the proposed instruments is difficult as the conversion is dynamic. We view CoCos
essentially as a portfolio of different financial instruments. This treatment makes it easier to analyze their response to different market events that may or may not trigger their conversion to equity.
We provide evidence of the model's effectiveness and discuss it
implications of its implementation, in light of the regulatory environment and best market practices.Skilyrt breytanleg (e. Contingent Convertible, skammstafað CoCo) skuldabréf eru nýstárleg gerð af fjármálagerningum sem nýlega komu fram á sjónarsvið fjármálamarkaða. Helsta hlutverk þeirra er að e a fjármálastöðugleika með því að viðhalda hæfilegum eiginfjárgrunni fyrir útgefendur þeirra. Þetta er gert með því að umbreyta höfuðstól skuldabréfs í hlutafé eða með því færa þau niður þegar krafa um eiginfjárhlutföll eru rofin. CoCo hefur það markmið að endurfjármagna bankann áður en hann fellur og þar með koma í veg fyrir björgunaraðgerðir af hálfu ríkisins, sem hefur í för með sér mikinn kostnað fyrir skattgreiðendur. Undir venjulegum kringumstæðum virka CoCo skuldabréf eins og hefðbundin arðgreiðslu- skuldabréf, sem einungis er breytt í hlutafé þegar eiginfjárhlutföll útgefanda þeirra eru ekki nægjanleg. Eigi að síður hefur markaður fyrir CoCo átt erfitt uppdráttar í gegnum tíðina og hefur nýlegur titringur í kringum Credit Suisse og þvingaðar afskriftir þeirra á CoCo skuldabréfum ýtt enn frekar undir erfiðleikana. Helsti tilgangur þessarar rannsóknar er tvíþættur. Annars vegar er ætlunin að skilja hvers vegna CoCo hefur ekki átt meiri velgengni að fagna en raun ber vitni. Hins vegar er henni ætlað að breyta grundvallarhönnun CoCo í þeim tilgangi að endurheimta upprunalegan tilgang þeirra: sem er að vera stuðpúði lausafés sem styrkir fjármagnsskipan útgáfu fyrirtækisins. Hornsteinn verkefnisins er hönnun á líkani með sjálfaðlögunarhæfni með tilliti til skuldsetningarhlutfalls. Líkanið býr yfir sjálfvirkri umbreytingu sem ræðst því ekki af reglum eftirlitsyfirvalda. Það gerir útgefanda því kleift að viðhalda hlutfalli skulda á móti eignum innan fyrirfram skilgreindra marka, þar sem líkur á vanskilum vegna útistandandi skuldbindinga haldast í lágmarki. Verðlagning gerninganna sem lagðir eru til í rannsókninni er þó vandasöm þar sem umbreytingin er dýnamísk. Í meginatriðum verður litið á CoCos sem safn ólíkra fjármálagerninga. Með þessari aðferð er hægt að greina viðbrögð þeirra við mismunandi markaðsatburðum sem geta mögulega hrint af stað umbreytingu yfir í hlutafé. Sýnt verður fram á skilvirkni líkansins ásamt því að álykta um innleiðingu þess með tilliti til regluverks og bestu markaðsvenja.RU Research Fund
Icelandic Research Fun
Áhrif utangenaerfða á kælisvar spendýrafrumna.
No full textÞekkt er að kæling frumna (32-36°C) eykur tjáningu fáeinna þekktra gena. Margt
er á huldu um þá innanfrumu- og millifrumuferla sem kæling snertir við og
kallaðir hafa verið kælisvarið. Kæling er notuð í læknisfræðilegum tilgangi til að
fá fram taugaverndandi áhrif hjá sjúklingum sem hafa orðið fyrir miklum
taugaskaða, svo sem eftir hjartastopp eða vegna súrefnisþurrðar í fæðingu.
Kælivísar (mild hypothermia indicators (MHI)) voru búnir til en þeir segja til um
tjáningu þriggja gena (SP1, CIRBP, RBM3) sem þegar eru þekkt að því að gegna
hlutverki í kælisvarinu. Kælivísarnir voru nýttir við framkvæmd skimana fyrir
áhrifaþáttum kælisvarsins. Kælivísarnir sýna mestu svörunina við 32°C í
mismunandi frumulínum, og þeir hafa takmarkaða virkni við hátt hitastig (40°C)
og lágt hitastig (˂30°C), en þetta bendir til sértækni kælivísanna. Framkvæmdar
voru þrenns konar skimanir fyrir þáttum sem hafa áhrif á kælisvarið; lyfjaskimun,
CRISPR-Cas9-stökkbreytiskimun og ENU-stökkbreytiskimun. Auk þess var RNA-mengi
kældra og ókældra frumna úr músum raðgreint, bæði frá frumum úr heilum
lífverum og ræktuðum músafrumum.
Við framkvæmd skimana var SP1+MCRE-MHI kælivísirinn notaður í leit að virkjun
kælisvarsins meðal 1953 lyfja. Tvö lyf (Poziotinib og Entacapone) fundust sem
bæði virðast geta virkjað kælisvarið. Næst voru kælivísarnir, SP1-MHI og LentiRBM3-MHI, notaðir með framsýnni CRISPR-Cas9-stökkbreytiskimun til þess að
finna gen sem virkja eða bæla kælisvarið. Við fundum mörg gen sem virðast
geta virkjað eða bælt kælisvarið en eitt þeirra gena sem bælir kælisvarið,
SMYD5 skoðuðum við frekar. SMYD5 færir metýlhópa á histón sem gegnir
hlutverki í stjórnun genatjáningar. Utangenaerfðamerki eru þekktir miðlar
hitastigsáhrifa á erfðamengi í öðrum lífverum. Í óháðu gangasetti sést að við
37°C er SMYD5 bundið við stjórnraðir SP1 og CIRBP en ekki við stjórnröð RBM3.
Á sama stað og SMYD5 bindst við erfðamengið kemur H3K36me3
utangenaerfðamerkið fram. Ef SMYD5 er slegið út má sjá aukningu SP1 og
CIRBP við 37°C með próteinmagnmælingu og einnig sjáum við aukningu á
virkjun SP1-MHI kælivísins við 37°C og 32°C. SMYD5 minnkar við 32°C í
mannafrumum og heila músa ásamt SMYD5 bindingu við erfðamengið í
mannafrumum. Við framkvæmdum framsýna ENU stökkbreytiskimun á músum, til
þess að finna gen sem valda afbrigðilegri hitastigsstjórnun við kæliáreiti. Fyrstu
niðurstöður þeirrar skimunar lofar góðu og hafa listar verið birtir yfir þau gen
sem hugsanlega valda afbrigðilegri hitastigsstjórnun í lífverum.
v
Einnig var RNA raðgreining framkvæmd á taugastofnfrumum úr músum í rækt
við 37°C og 32°C, og frumum úr dreka ásamt heilaberki músa sem annars vegar
höfðu innra hitastig 37°C og hins vegar innra hitastig við 32°C. Í ljós kom að
mörg gen breyta tjáningu sinni við kælingu. Þrjátíu og sjö önnur gen fundust
sem SMYD5 virðist bæla við 37°C og haga sér því á svipaðan máta og SP1.
Þetta verkefni hefur aukið skilning á kælisvari spendýrafrumna, en mörg gen
breyta tjáningu sinni við kælingu eða hafa áhrif á grunnlíkamshitastig lífvera eftir
kælingu. Í þessari doktorsritgerð kemur fram hvernig kæling fyrir tilstuðlan
utangenaerfða, getur haft áhrif á genatjáningu. Einnig fundust tvö lyf sem
mögulega geta haft áhrif á kælisvörun, en það býður upp á frekari möguleika til
rannsókna á lyfjameðferðum hjá sjúklingum sem þurfa á kælimeðferð að halda.In humans, the expression of several genes is increased with mild hypothermia
(32-36°C), however, the precise nature of this mild hypothermia response (MHR)
is unknown. In clinical practice MHR is often utilized as a neuroprotective agent
in catastrophic events such as after neonatal hypoxic ischemia and cardiac arrest.
In this thesis there were several methods used to gain deeper understanding of
some of the characteristics of the MHR. To study these effects there were created
and validated arrays of fluorescent mild hypothermia indicators (MHI) which
measure regulatory activity of three genes (SP1, CIRBP, RBM3) which have
previously been shown to be part of the MHR. The MHIs show maximum
activation at 32°C in diverse cell systems with limited response in hyperthermia
or moderate hypothermia (˂30°C), which indicates specificity. Here, three different
types of screens were performed; a drug screen, CRISPR-Cas9 KO (knock out)
mutagenesis screen and an ENU mutagenesis screen. RNA-Sequencing of in vivo
and in vitro mouse cells that had been exposed to hypothermia was also
performed.
To gain further insight into the MHR the MHIs were utilized for two of three
different screening strategies. The SP1+MCRE-MHI was used to look for MHR
activation after medication exposure to 1953 FDA-approved compounds. This
yielded two agents (Poziotinib and Entacapone) that could activate the MHR.
Next, a forward CRISPR-Cas9 mutagenesis screen was combined with two MHIs,
SP1-MHI and Lenti-RBM3-MHI, to identify a list of potential activators/repressors
of SP1 and RBM3. Which led to the identification of numerous activators and
repressors, including the repressor SMYD5 which was studied further. SMYD5 is
a histone methyltransferase known to play a role in gene regulation. In other
species, histone modifications as well as epigenetic regulators are used to
integrate temperature cues into regulatory networks. Independent datasets show
temperature (37°C) dependent SMYD5 binding at promoters of both SP1 and
CIRBP but not RBM3. At the site of SMYD5 genomic binding there is an
overlapping H3K36me3 modification peak. SMYD5 expression and genomic
binding decreases at 32°C in vivo and in vitro, as quantified by Western blotting,
CUT&RUN and Immunofluorescence. Next, a dominant ENU mutagenesis screen
was performed to look for genes that cause abnormality in core temperature
under hypothermic stimulus. The first results are promising, and this thesis
vii
provides a list of candidate genes that could cause core temperature
abnormality, although the list needs further validation.
RNA-Sequencing was performed of in vitro mouse Neural Progenitor cells
(mNPCs) at 37°C and 32°C as well as RNA-sequencing of in vivo mouse
hippocampal and cortical cells that had their core temperature either kept at
37°C or lowered to 32°C. There are many genes that have altered expression
under hypothermic conditions. A list of additional 37 temperature responsive
genes were identified; these genes seem to be regulated in a similar
temperature dependent manner as SP1 and CIRBP by SMYD5.
This project expands the current knowledge of the mild hypothermia pathway in
mammalian cells and mammals. Here in this thesis, there is a mammalian
example provided of how the epigenetic machinery incorporates the influence of
environmental cues into the genome of mammalian cells. Also, potential novel
therapeutic avenues for targeted temperature management/therapeutic
hypothermia are identified.Tækniþróunarsjóður Rannís, Göngum saman styrktarsjóður, Fulbright Iceland, Félag háskólakvenna, Krabbameinssjóður, Doktorsstyrktarsjóður Háskóla Ísland
Notkun raðgreiningargagna til að finna erfðafræðilegar orsakir óútskýrðra sjaldgæfra sjúkdóma og fósturláta
No full textIntroduction and aims: Although individually, Mendelian disorders are considered rare, collectively they make up a large group of individuals requiring diagnosis and treatment. Because of their individual rarity, many of these disorders are understudied and there is a paucity of diagnosis, resulting in added burden on the health care system. Mendelian disorders can range in severity from adult-onset diseases with phenotypic variability, to onset in the womb leading to congenital diseases, early death, or pregnancy loss. Recent advances in next-generation sequencing technologies have contributed heavily to resolution of the overall diagnostic odyssey, but many rare diseases remain unexplained. Three studies form the basis of this thesis, where the overall aim was to elucidate causes of previously unexplained rare diseases and pregnancy loss.
Methods: The studies use whole-genome sequence (WGS) data from more than 50,000 Icelanders (papers I and II), 764 patients who have undergone clinical WGS analysis (papers I and II) and 1,041 fetal samples from 481 Danish pregnancy loss trios (mother, father, and fetus) (paper III). WGS data from the set of Icelanders (papers I and II) was used as a reference set for subsequent imputation into more than 150,000 SNP chip-genotyped Icelanders to identify additional carriers of rare genotypes.
Variants detected from WGS were categorized and analyzed based on their frequency (using the Icelandic chip-genotype database and gnomAD as references), predicted effect on protein, relevance of the associated gene with disease, and other aspects relevant to pathogenicity classification as suggested by the American college of medical genetics (papers I-III). In paper I, genotype-based recall for in-depth phenotyping was performed for carriers of interest. In paper II we used deficit of homozygosity, calculated from the minor allele frequency of the variants in the imputed Icelandic chip-genotype database, to outline missense variants of interest. In paper III we used phase-informative sequence variants to assign parental origin to genetic variants detected in the fetal samples.
Phenotype data on inflammatory bowel disease (paper I), height (paper I), and miscarriage (papers II and III) was used to further our understanding of the sequence variants highlighted in the studies.
Results: Paper I. Chronic granulomatous disease (CGD) is a primary immunodeficiency that results from defects in the phagocyte NADPH oxidase complex, leading to severe and recurrent bacterial and fungal infections. Previously, sequence variants in five genes encoding subunits of NADPH oxidase had been recognized to cause CGD; CYBB, CYBA, NCF1, NCF2 and NCF4. In the study we found that deficiency of CYBC1, a previously uncharacterized protein in humans (previously C17orf62), leads to reduced expression of the main subunit of NADPH oxidase and results in CGD. Through whole-genome sequencing of two young brothers with CGD we identified a homozygous predicted loss-of-function variant in CYBC1; NM_001033046.3:c.6C>G / p.Tyr2Ter. Through imputation of the variant into a population set of 155,250 chip-genotyped Icelanders we found six additional homozygous carriers. We performed genotype-based recall of these individuals for in-depth phenotyping, and discovered that all eight homozygous carriers had symptoms consistent with CGD, either colitis, severe infections, or an impaired neutrophil oxidative burst. We showed that homozygosity for p.Tyr2Ter results in complete loss of CYBC1 function, and a substantial reduction in gp91phox, a key component of the NADPH oxidase complex encoded by CYBB. Our results indicate that CYBC1 likely acts as a chaperone for successful formation of the NADPH oxidase complex.
Paper II. The pathogenic effect of missense variants can be difficult to predict as their impact on protein structure and function is not always clear. We used a deficit of observed versus expected homozygous carriers in a population set of 153,054 chip-genotyped Icelanders to identify potentially pathogenic missense variants. We overlayed the identified variants to a set of 764 clinically whole-genome sequenced Icelanders, and found homozygous carriers of five of these variants in that set, including two patients homozygous for a variant in a gene not previously linked to disease; NM_016207.3:c.1403G>A / p.(Gly468Glu) in CPSF3. Through the Icelandic genealogy database, we identified couples that were both heterozygous carriers of the CPSF3 p.(Gly468Glu) variant and whose offspring each had a 25% probability of being homozygous. Among these offspring, four had died before ten years of age. Archival sampling and sequencing of two of these offspring confirmed a homozygous status in them. Additionally, through GeneMatcher, we found two homozygous carriers of another missense variant in CPSF3; NM_016207.3:c.1061T>C / p.(Ile354Thr). All six homozygous carriers had severe intellectual disability, seizures, microcephaly, and abnormal muscle tone. In addition to this novel neurodevelopmental disorder, we also discovered a novel pathogenic effect for two other missense variants that displayed a deficit of homozygous carriers. We found that one of these variants, NM_005476.5:c.1132G>T / p.(Asp378Tyr) in GNE, causes a drastic early-onset myopathic disease in homozygous state, resulting in neonatal death. We also noted an elevated rate of miscarriage among GNE p.(Asp378Tyr) heterozygous carrier couples. We found that the second variant, NM_001003722.2:c.1706G>A / p.(Arg569His) in GLE1, causes embryonic lethality in homozygous carriers, presenting as early miscarriage (week 5-8). Both GNE and GLE are known autosomal recessive disease genes, but a phenotypic effect to this degree has not been reported before.
Paper III (manuscript). To gain a better understanding of the genetic landscape underlying early pregnancy loss we sequenced 1,041 samples from 481 pregnancy loss trios from Denmark. Based on the WGS data, we characterized the contribution of different fetal genetic abnormalities to early pregnancy loss (mean gestational age of 10.3 weeks), finding a likely genetic cause in 250 of the losses. The majority of identified causes were aneuploidies (N=200) followed by triploidies (N=30). The genetic causes identified in the remaining euploid pregnancy losses were de novo copy number variants (CNVs) (N=6) and pathogenic genotypes (N=14). We thus found that 9.8% of the euploid pregnancy losses could be explained by pathogenic genotypes affecting single genes. We also detected a variant in homozygous state in one of the pregnancy losses, DHCR7 NM_001360.2:c.964-1G>C, that exhibits an extreme deficit of homozygous carriers in large reference sets. Using phase informative variants, we were able to determine the parent of origin for the majority of these identified genetic causes. We demonstrate an enrichment of pathogenic genotypes in the pregnancy loss trios when comparing to unaffected trios, supporting the overall role of pathogenic genotypes in early pregnancy losses.
Conclusions: Taken together, we have identified a novel cause of the rare autosomal recessive disease CGD, by demonstrating that lack of the CYBC1 protein results in a CGD-like phenotype in homozygous loss-of-function carriers. With that conclusion in mind, we investigated the deficit of homozygous missense variants from a large population set and found that it could be used to elucidate causes of a previously undiagnosed autosomal recessive neurodevelopmental disease and unexplained pregnancy losses. Finally, we expanded our study to investigate the role of pathogenic genotypes in early pregnancy losses. We confirmed the role of a homozygous deficit genotype in early pregnancy loss, and found an overall enrichment of pathogenic genotypes in early pregnancy losses compared to healthy trios, confirming the contribution of pathogenic genotypes to early pregnancy loss.Inngangur og markmið: Þó svo að Mendelskir sjúkdómar séu álitnir sjaldgæfir á einstaklingsgrunni, eru samlegðaráhrif þeirra töluverð. Fjöldinn allur af sjúklingum þarfnast greiningar og meðferðar, en vegna þess hve sjaldgæfir þeir eru getur greiningarferlið verið erfitt, sem skilar sér í óþarfa álagi á heilbrigðiskerfið. Alvarleiki Mendelskra sjúkdóma er á breiðu rófi, þeir geta komið fram á fullorðinsaldri með breytilegri sýnd, en geta einnig átt upptök sín í móðurkviði og birst sem meðfæddir sjúkdómar, ungbarnadauði, andvana fæðingar eða sem fósturlát.
Nýleg framþróun í raðgreiningartækni hefur lagt mikið af mörkum í þeirri vegferð að draga úr greiningarerfiðleikum, en þó eru margir sjaldgæfir sjúkdómar enn óútskýrðir. Þrjár rannsóknir liggja til grundvallar þessari ritgerð, þar sem heildarmarkmiðið var að finna orsakir áður óútskýrðra sjaldgæfra sjúkdóma og fósturláta.
Aðferðir: Í rannsóknunum er notast við heilraðgreiningargögn frá meira en 50,000 Íslendingum (greinar I og II), 764 sjúklingum sem hafa gengist undir klíníska heilraðgreiningu (greinar I og II) og 1,041 fóstursýnum úr 481 dönskum fjölskyldum sem hafa upplifað fósturmissi (móðir, faðir, og fóstur) (grein III). Íslensk heilraðgreiningargögn (greinar I og II) voru notuð til að bera kennsl á sjaldgæfa erfðabreytileika, og með tilreiknun arfgerða fyrir stærra sett 150,000 örflögugreindra Íslendinga var hægt að finna fleiri bera þessara ákveðnu erfðabreytileika.
Erfðabreytileikar sem fundust í heilraðgreiningargögnum voru flokkaðir og greindir miðað við tíðni þeirra (íslenski arfgerðargrunnurinn og gnomAD gagnagrunnurinn voru notaðir til viðmiðunar), áætluð áhrif þeirra á prótein, tengsl gensins við sjúkdóma, og aðra þætti sem skipta máli við flokkun sjúkdómsvaldandi breytileika samkvæmt Amerísku erfðafræðistofnuninni (e. the American college of medical genetics) (greinar I-III). Í grein I var arfgerðarbundin innköllun einstaklinga með ákveðna sjúkdómsvaldandi breytileika framkvæmd, til ítarlegrar svipgerðargreiningar. Í grein II nýttum við skort á arfhreinum arfgerðum, reiknaðan út frá tíðni erfðabreytileika í íslenska arfgerðargrunninum, sem tól til að finna áhugaverðar mislestursbreytingar (e. missense variants). Í grein III notuðum við fasaupplýsandi breytileika til að áætla foreldrauppruna erfðaafbrigða sem greindust í fóstursýnunum.
Svipgerðargögn um langvinna bólgusjúkdóma í þörmum og ristli (grein I), hæð (grein I), og fósturlát (greinar II og III) voru notuð til að auka skilning okkar á þeim breytileikum sem voru rannsakaðir.
Niðurstöður: Grein I. Ættgengt hnúðager (e. chronic granulomatous disease, CGD) er meðfæddur ónæmisbrestur sem kemur til vegna galla í próteinflóka sem kallast NADPH oxidasi, og veldur alvarlegum og síendurteknum bakteríu- og sveppasýkingum. Áður hefur verið staðfest að stökkbreytingar í einhverjum þeirra fimm gena sem kóða undireiningar NADPH oxidasa valda CGD, þ.e. genunum CYBB, CYBA, NCF1, NCF2, eða NCF4. Í rannsókninni komumst við að því að skortur á CYBC1, próteini með áður óskilgreinda virkni í mönnum (áður C17orf62), leiðir til minni tjáningar á aðalundireiningu NADPH oxidasa og veldur CGD. Í raðgreiningargögnum tveggja ungra bræðra með CGD fundum við arfhreina stökkbreytingu sem er talin valda tapi á virkni CYBC1 próteinsins: NM_001033046.3:c.6C>G / p.Tyr2Ter. Með tilreiknun breytingarinnar í arfgerðargrunni sem samanstóð af 155,250 Íslendingum, fundum við sex arfhreina einstaklinga til viðbótar. Við framkvæmdum arfgerðarbundna innköllun á þeim og komumst að því að allir átta arfhreinu einstaklingarnir voru með einkenni í samræmi við CGD, annaðhvort ristilbólgur, alvarlegar sýkingar, eða skert drápspróf (e. neutrophil oxidative burst test). Við sýndum fram á að arfhrein arfgerð p.Tyr2Ter veldur algjöru tapi á CYBC1 próteininu, sem og verulegri lækkun í tjáningu á gp91phox, einni aðalundireiningu NADPH oxidasa, sem genið CYBB kóðar fyrir. Niðurstöður okkar benda til þess að CYBC1 virki sem hjálparprótein, og sé nauðsynlegt til þess að NADPH próteinflókinn myndist á réttan hátt.
Grein II. Erfitt getur reynst að spá fyrir um sjúkdómsvaldandi áhrif mislestursbreytinga, þar sem áhrif þeirra á uppbyggingu og virkni próteina eru ekki alltaf ljós. Við nýttum okkur skort á arfhreinum arfgerðum í gagnasetti 153,054 arfgerðargreindra Íslendinga, miðað við áætlaðan fjölda arfhreinna arfgerða, til að bera kennsl á hugsanlega sjúkdómsvaldandi mislestursbreytingar. Við flettum þessum arfgerðum upp í gagnasetti sem innihélt heilraðgreiningargögn 764 einstaklinga sem höfðu verið raðgreindir í klínískum tilgangi, og fundum þar fimm arfhreina einstaklinga, þar á meðal tvo einstaklinga sem voru arfhreinir berar stökkbreytingar í geni sem hafði ekki verið tengt við sjúkdóm: NM_016207.3:c.1403G>A / p.(Gly468Glu) í geninu CPSF3. Í gegnum Íslendingabók fundum við pör sem bæði voru arfblendin fyrir CPSF3 p.(Gly468Glu) breytingunni, og afkvæmi þeirra því með 25% líkur á að vera arfhrein. Meðal þessara afkvæma höfðu fjögur látist fyrir tíu ára aldur. Heilraðgreining á paraffin sýnum, úr meinafræðisafni, frá þessum afkvæmum staðfesti arfhreina stöðu stökkbreytingarinnar í tveimur þeirra. Við fundum tvo arfhreina einstaklinga til viðbótar í gegnum GeneMatcher forritið, en þeir voru með aðra mislestursbreytingu í CPSF3: NM_016207.3:c.1061T>C / p.(Ile354Thr). Allir þessir sex arfhreinu einstaklingar voru með alvarlega greindarskerðingu, flogaveiki, höfuðsmæð, og óeðlilega vöðvaspennu. Til viðbótar þessari nýskilgreindu taugaþroskaröskun, sýndum við einnig fram á ný sjúkdómsvaldandi áhrif tveggja annarra mislestursbreytinga sem sýndu líka skort á arfhreinum arfgerðum. Við komumst að því að ein þessara breytinga, NM_005476.5:c.1132G>T / p.(Asp378Tyr) í GNE geninu, veldur alvarlegum vöðvakvilla á arfhreinu formi, sem leiðir til ungbarnadauða. Við tókum líka eftir aukinni tíðni fósturláta meðal para þar sem bæði voru arfblendnir berar GNE p.(Asp378Tyr) breytingarinnar. Við komumst að því að hinn breytileikinn, NM_001003722.2:c.1706G>A / p.(Arg569His) í GLE1 geninu, veldur snemmbúnu fósturláti á arfhreinu formi (á viku 5-8 á meðgöngu). Bæði GNE og GLE eru þekkt víkjandi sjúkdómsgen, en svipgerðaráhrifum á þessu alvarleikastigi hefur ekki verið lýst fyrr en nú.
Grein III (handrit). Til þess að öðlast betri yfirsýn yfir erfðafræðilegar orsakir snemmbúinna fósturláta heilraðgreindum við 1,041 sýni úr 481 dönskum fósturlátsfjölskyldum (sem samanstóðu af móður, föður og fósturvef). Byggt á heilraðgreiningargögnunum, greindum við framlag mismunandi erfðafræðilegra orsaka snemmbúinna fósturláta (meðalmeðgöngulengd 10.3 vikur), og fundum líklega erfðafræðilega skýringu á 250 þessara fósturláta. Meirihluti greindra orsaka voru ójafnlitnun (e. aneuploidies) (N=200) og þar á eftir þrílitnun (e. triploidies) (N=30). Þær erfðafræðilegu orsakir sem greindust í jafnlitna (e. euploid) fóstursýnum voru annarsvegar nýir (e. de novo) eintakabreytileikar (e. copy number variants) (N=6) og hins vegar sjúkdómsvaldandi eingena arfgerðir (N=14). Sjúkdómsvaldandi breytileikar bundnir við einstaka gen voru þar af leiðandi líkleg útskýring á alls 9.8% fósturláta jafnlitna fóstra. Einn þessara breytileika var arfhrein arfgerð í geninu DHCR7, en þessi breytileiki sýnir umtalsverðan skort arfhreinna arfgerða í stóru viðmiðunargagnasetti, og endurspeglar þannig niðurstöður okkar úr grein II. Með því að nota fasaupplýsandi breytileika frá foreldrum gátum við í framhaldinu áætlað foreldrauppruna meirihluta þessara erfðafræðilegu orsaka. Við sýndum fram á aukna tíðni sjúkdómsvaldandi eingena arfgerða í fósturlátunum, borið saman við heilbrigða einstaklinga, sem rennir stoðum undir það að sjúkdómsvaldandi eingena arfgerðir gegni veigamiklu hlutverki í snemmbúnum fósturlátum.
Ályktanir: Í þessari rannsókn höfum við borið kennsl á nýja orsök sjaldgæfa víkjandi sjúkdómsins CGD, með því að sýna fram á að skortur á CYBC1 próteini leiðir til CGD-líkrar svipgerðar hjá arfhreinum einstaklingum. Með þessa niðurstöðu að leiðarljósi, könnuðum við skort á arfhreinum mislestursbreytingum í stórum íslenskum arfgerðargrunni og sýndum fram á að hægt er að nota skort slíkra arfgerða til að bera kennsl á áður óútskýrða víkjandi sjúkdóma og fósturlát. Að lokum útvíkkuðum við rannsóknina til að kanna hlutverk sjúkdómsvaldandi eingena arfgerða í snemmbúnum fósturlátum. Við fundum arfhreina arfgerð í einu fósturlátanna sem sýnir skort á arfhreinum arfgerðum í stórum viðmiðunargagnasettum. Við fundum einnig aukna tíðni á sjúkdómsvaldandi arfgerðum í snemmbúnum fósturlátum, og staðfestum þannig hlutverk þeirra í snemmbúnum fósturlátum
The TTbar deformation and zeta functions in 3D gravity
No full textThis thesis explores two topics in three-dimensional gravity, the \ttb deformation and zeta functions of three-dimensional quotient manifolds.
The \ttb deformation is an irrelevant deformation of a two-dimensional translationally invariant quantum field theory which is well-behaved in the UV.
We consider the case of two-dimensional holographic Warped Conformal Field theories (WCFTs), which are dual to gravity in three-dimensional anti-de Sitter (AdS) spacetime with Compere, Song, Strominger (CSS) boundary conditions.
WCFTs are non-relativistic quantum field theories which have a Virasoro Kac-Moody symmetry algebra.
We compute the boundary conditions and asymptotic symmetry algebra for a \ttb deformed WCFT.
We find that the Kac-Moody algebra survives the deformation if one allows the boundary metric to transform appropriately under the asymptotic symmetries, however the Virasoro sector becomes highly deformed and is no longer chiral.
The Selberg zeta function is defined by the Euler product over prime geodesics on a hyperbolic quotient manifold.
It provides a simpler way to compute functional determinants of kinetic operators compared to traditional means.
We introduce a new construction of a zeta function, which generalizes the Selberg zeta function to non-hyperbolic quotient manifolds.
We employ our generalization to quotients of three-dimensional Warped AdS and three-dimensional flat spacetime.
We find that the zeroes of the zeta function accurately predicts the quasi-normal mode spectrum in these non-hyperbolic cases, providing evidence for the proposed construction of the zeta function.Ritgerð þessi fjallar um tvö viðfangsefni í þyngdarfræði í þrívíðu tímarúmi. Annars vegar
svonefnda TT¯-bjögun og hins vegar zetaföll fyrir þrívíð deildarúm.
TT¯-bjögun á tvívíðu skammtasviðslíkani með hliðrunarsamhverfu er víkjandi bjögun, í skilningi endurstöðlunar, sem leiðir ekki til ósamleitni á stuttum lengdarkvarða. Í fyrri hluta
rigerðarinnar er sjónum beint að TT¯-bjögun á undinni hornrækinni sviðsfræði, sem hefur
þyngdarfræðilega framsetningu í þrívíðu tímarúmi með neikvæðan heimsfasta. Undin hornrækin sviðsfræði hefur Virasoro×U(1) Kac-Moody samhverfualgebru. Kannað er hvaða
áhrif TT¯-bjögun slíkrar kenningar hefur á jaðarskilyrði og samhverfu í tilsvarandi þyngdarfræðilíkani. Helstu niðurstöður eru að U(1) samhverfan er óbreytt en Virasoroalgebran bjagast
og er ekki lengur hendin.
Selberg zetafall er skilgreint sem Eulermargfeldi yfir frumgagnvegi á breiðgerðu deildarúmi.
Með hjálp þess er mun auðveldara að reikna róf hreyfiorkuvirkja í skammtasviðlíkönum
heldur en með hefðbundnum aðferðum. Í seinni hluta ritgerðarinnar er kynnt til sögunnar nýtt
zetafall sem er alhæfing á Selberg zetafallinu fyrir fleiri deildarúm en þau sem eru breiðgerð.
Nýja zetafallið er ákvarðað annars vegar fyrir deildarúm af undnu þrívíðu tímarúmi með
neikvæðan heimsfasta og hins vegar fyrir deildarúm af flötu þrívíðu tímarúmi. Í báðum
tilvikum fæst samsvörun milli núllstöðva zetafallsins og tvinngilds eiginrófs á viðkomandi
deildarúmi, sem er í samræmi við eldri niðurstöður fyrir breiðgerð deildarúm.Icelandic Research Fund Grants No. 228952-053, 195970-053, University of Iceland doctoral grant
Diversity of DNA methylation signals in teleosts with focus on the sympatric Arctic charr (Salvelinus alpinus) morphs of Thingvallavatn
No full textFor their sensitivity to environmental variables, their impact on early developmental
processes and their importance to the establishment of multiple phenotypes, epigenetic
mechanisms have been increasingly studied during the last decades. Like other molecular
processes at play in building and shaping adaptive diversity, they can be studied over a
wide range of species at different taxonomic levels. Broader levels, such as within
vertebrate groups, allow for the identification of signals that have over time become
assimilated while narrower levels, such as within species morphotypes, allow for the
identification of molecular signals in the first stages of speciation, which might get lost
over longer evolutionary periods. The four Arctic charr morphs of Lake Thingvallavatn are
an example of morphotypes within species, and are a useful tool to assess molecular
differences between recently diverged groups. In this thesis, I investigated DNA
methylation and gene expression differences between these four morphs during early
development (Paper I), I identified correlations between the divergence of genome,
transcriptome, and methylome in three of these morphs (Paper II) and I reviewed the state
of knowledge about DNA methylation reprogramming in teleosts (Paper III). This jointly
adds an important perspective to the field of evolutionary and developmental epigenetics.Þegar svipgerðareinkenni erfast án þess að vera beinlínis skráð í DNA er talað um
umframerfðir. Það hversu næmir ferlarnir að baki umframerfðum eru fyrir
umhverfisþáttum, áhrif þeirra á snemmþroskun, og þar af leiðandi mikilvægi þeirra fyrir
myndun svipgerðar hefur á síðustu áratugum vakið athygli þróunarfræðinga, sem hafa í
auknum mæli leitast við að samþætta þessi ferli inn í viðteknar kenningar
þróunarfræðinnar. Til að mögulegt sé að greina og skilja hin ýmsu lífefnaferli sem tengjast
tilurð aðlaganna er nauðsynlegt að rannsaka margar bæði fjarskylda og náskylda hópa
lífvera. Breiðari flokkunareiningar, eins og t.d. innan hryggdýra, gera það kleift að greina
ferli sem orðin eru hluti af sameiginlegum þroskunarferlum þessara lífveruhópa. Þrengri
samanburður, t.d. á afbrigðum innan tegunda, gefur færi á að greina sameindamerki á
fyrstu stigum aðskilnaðar, sérstaklega umframerfðamerki sem gætu tapast vegna
náttúrulegs vals á þróunarfræðilegum tímaskala. Bleikjuafbrigðin fjögur í Þingvallvatni eru
einstakt dæmi um svipgerðarfjölbreytileika sem skapar kjörið tækifæri til að rannsaka
sameindagrunn breytileika á milli einstaklinga af erfðafræðilega náskyldum hópum. Í
þessari doktorsritgerð rannsaka ég í fyrsta lagi DNA methylmerkingar og mismun á
genatjáningu allra fjögura afbrigðanna snemma í fósturþroskun (Grein I). Í öðru lagi greini
ég fylgni milli methylmerkinga, erfðabreytileika og breytilegrar genatjáningar í þremur
afbrigðum (Grein II) og í þriðja lagi tek ég saman yfirlit yfir rannsóknir á erfðum og
endurstillingu DNA methylmerkja í beinfiskum (Grein III). Niðurstöðurnar gefa með því
mikilvæga innsýn í stöðu þekkingar á sviði þróunar- og þroskunalegrar umframerfðafræði.Icelandic Research Fund (grant number 163477-051 to Zophonías O. Jónsson)
Teaching Assistant Scholarship (from University of Iceland to Sebastien Matlosz
Polynomial Approximation and Pluripotential Theory
Get PDFWe study the rings of polynomials in several complex variables whose exponents are restricted to the dilates of a compact convex set that contains the origin. We study the properties of weighted extremal functions associated to these polynomial rings, that are generalizations of the Siciak function and the pluricomplex Green function. We prove that these functions satisfy a Siciak-Zakharyuta Theorem. We also show versions of the Runge-Oka-Weil Theorem on the approximation of holomorphic functions by polynomials from these rings.Við skoðum nálganir á fáguðum föllum með margliðum af mörgum tvinnbreytistærðum með vísa sem einskorðaðir eru við stríkkanir kúpts þjappaðs
mengis S ⇢ Rn
+ sem inniheldur núll. Þessi einskorðun skilgreinir stigaðan hlutbaug PS(Cn) í margliðunum á Cn. Við skoðum eiginleika útgildisfallanna S
K,q
og V S
K,q sem ákvarðast af þessum margliðubaugum. Þessi föll eru alhæfingar
Siciak fallsins og Green fallsins í tvinnfallagreiningu af mörgum breytistærðum.
Við sönnum alhæfingu Siciak-Zakharyuta setningarinnar, sem kveður á um
að V S
K,q = log S
K,q á C⇤n. Auk þess sönnum við útgáfur af Runge-Oka-Weil
setningunni um nálganir á fáguðum föllum með margliðum úr PS(Cn).Rannís styrkur no. 207236-051: Holomorphic Approximations and Pluripotential Theory.
Aðstoðarkennarastyrkur frá Háskóla Íslands.
Minningarsjóður Helgu og Sigurliða.
Soroptimist International Europe scholarship grant
Við erum að verða líkari ykkur hinum: Innlimanir og útilokanir á skurðpunkti hinseginleika, nýfrjálshyggju og þjóðernis á Íslandi 1990–2010
No full textÞessi ritgerð greinir nýlega íslenska hinsegin sögu með áherslu á árin 1990–2010. Á þessu tímabili færðust íslenskir hommar og lesbíur frá því að vera utangarðs utan þjóðarímyndarinnar og tóku sér stöðu innan hennar. Löggjöf um staðfesta samvist milli samkynja para tók gildi árið 1996, vernd gegn mismunun og rétturinn til ættleiðinga fylgdi á hæla hennar, en jafnrétti til hjónabands náðist árið 2010 undir ríkisstjórn fyrsta samkynhneigða forsætisráðherra heims. Þessi saga er orðin hluti af sjálfsmynd Íslendinga sem sjá þjóðina sem „hinsegin útópíu“ eða „hinsegin paradís“: hún er merki um einstakt umburðarlyndi, fjölbreytileika og framfarir þjóðarinnar.
Þessi ritgerð gagnrýnir þessa viðteknu frásögn í gegnum kenningar Benedicts Anderson um þjóðir og þjóðernishyggju, kenningar Michel Foucault um kynverund og nýfrjálshyggju, kenningar Lisu Duggan um samkynhneigð viðmið, kenningar Jasbir Puar um samkynhneigða þjóðernishyggju og kenningar Söru Ahmed um hrif. Með sifjafræðilegri greiningu og orðræðugreiningu á opinberum heimildum—greinum í dagblöðum og tímaritum, opinberum skýrslum, predikunum, þingræðum, heimildamyndum, viðtölum—birtist önnur sýn á nýlega íslenska hinsegin sögu þar sem hinsegin fólk endurstaðsetur sig gagnvart risi stjórnvaldstækni nýfrjálshyggjunnar á Íslandi á 10. áratugnum. Sumir urðu hluti af hinu endurímyndaða samfélagi þjóðarinnar sem hafði umfaðmað samkynhneigð viðmið og samkynhneigða þjóðernishyggju en aðrir—sérstaklega trans, tvíkynhneigt og kynsegin fólk—hurfu sjónum.
Þessi ritgerð setur fram röksemdafærslu sína með fjórum greinum. Sú fyrsta rannsakar sameiginlegu minninguna um sögu réttindabaráttu homma og lesbía sem tók að mótast upp úr aldamótum. Þessi minning sléttir út allt sem gæti flækt línulegu framfarafrásögnina af innlimun homma og lesbía inn í þjóðina. Útilokanir á öðrum hinsegin hópum falla utan minningarinnar og virkt hlutverk ríkisins í því að ná þessum innlimunum og útilokunum fram er gleymt og grafið. Sögulegu samhengi aðlagana að nýfrjálshyggju er haldið utan sviðs og skilyrðin sem lögð voru fyrir homma og lesbíur—eðlileiki og þjóðerni í skiptum fyrir hjónaband og virðuleika—eru skilin eftir ósögð.
Önnur greinin færir rök fyrir því að baráttan um jafnrétti til hjónabands hafi orðið að miðpunkti stjórnvaldstækni og sjálfsverusköpunar nýfrjálshyggjunnar á rannsóknartímabilinu. Þegar bæði ríkið og samfélag homma og lesbía tók að samsama sig kröfunni um jafnrétti til hjónabands á 10. og 1. áratugnum tók samband þeirra að breytast. Á Íslandi er hægt að rannsaka þetta ferli óvenjulega grannt út af „norræna samrunanum“ sem finnst þar milli þjóðkirkjunnar, ríkisins og þjóðarinnar, en það var hefð fyrir því að sjá þetta þrennt sem svo gott sem eitt. Þegar þjóðkirkjan snerist gegn jafnrétti til hjónabands á grundvelli andstöðu sinnar gegn nýfrjálshyggju, þá færðist hún í átt að jaðri þjóðarímyndarinnar á meðan sá hluti samfélags homma og lesbía sem sóttist eftir hjónabandi færðist nær ríkinu í miðju hennar. Í þessu ferli styrkti nýfrjálshyggjan tök sín á fólki og stofnunum með því að vera tengd framförum, jafnrétti og sjálfri þjóðinni.
Þriðja greinin færir fyrir því rök að ris gleðinnar sem táknmyndar Reykjavík Pride-göngunnar—eða “gleðigöngunnar” eins og hún er svo oft kölluð—hafi virkað sem aðferð til að innleiða samkynhneigð viðmið og samkynhneigða þjóðernishyggju. Með notkun hrifakenninga skoðar greinin orðræðurnar í kringum gleðigönguna sem kynna hana sem afl sem sameinar í gleði hinsegin fólkið í göngunni annarsvegar og þjóðina sem horfir á hana hins vegar. Þar með þurrkar gangan út eða kemur í staðinn fyrir liðna fordóma og sár sem voru til milli þeirra tveggja. Í staðinn birtist gleði og þakklæti göngufólksins í garð þjóðarinnar fyrir veitt samþykki sitt í samtímanum. Á þennan hátt gerir gleðigangan Íslendinga glaða og stolta af sameiningu sinni en afneitar fortíðinni og blæs nýju lífi í íslenska þjóðernishyggju á nýrri öld, sem jafnframt felur í sér útilokanir á útlendingum og innflytjendum.
Fjórða greinin sýnir hvernig sjálfsverustaða nýfrjálshyggjunnar laumaðist inn í sjálfsframsetningar homma á rannsóknartímabilinu. Með hliðsjón af orðræðugreiningu á lífsstílsviðtölum við homma í glanstímaritum heldur greinin því fram að hommarnir hafi sett sig sjálfa fram og verið mótaðir sem ábyrgir, hamingjusamir nýfrjálshyggjuborgarar. Þetta gera þeir í gegnum orðræður sem ganga út á jákvæðni, hamingju, sjálfsvinnu og athafnamennsku, en einnig með því að færa ábyrgðina á sárum og fordómum fortíðarinnar frá hómófóbískum samfélagsstrúktúrum og yfir á þá sjálfa og þeirra eigin fordóma fyrir sjálfum sér. Þetta frelsar þjóðina undan sök og gerir innlimun í hana mögulega, innlimun sem er laus við átök, yfirbót eða skilning á fortíðinni.
Saman sýna greinarnar fjórar hvernig orðræður um þjóðerni, hinseginleika og nýfrjálshyggju sköruðust á rannsóknartímabilinu og mótuðu nýjar hugmyndir, bæði um hið eðlilega og jafnframt um hinseginleika og framandleika. Nýfrjálshyggja öðlaðist nýja stöðu sem mælistika þjóðernis og hins eðlilega. Með því að tengja sig við gleði og framfarir þjóðarinnar hafnaði hin nýja, nýfrjálshyggjuvædda þjóðarímynd gagnrýnu, reiðu hinsegin fólki og öðrum, sérstaklega innflytjendum, sem voru settir fram sem vanþróaðir, ómóttækilegir fyrir nýfrjálshyggju og hómófóbískir í senn.
Á þessari stundu, þegar róttækar breytingar eru að verða á virkni stjórnvaldstækni nýfrjálshyggjunnar með risi öfgahægrisins á Vesturlöndum, þá sýnir þessi saga hversu fallvölt réttindi og samþykki hinsegin fólks eru ef þau eru byggð á því að aðlaga sig nýfrjálshyggjunni. Þetta sýnir einnig hver leiðin fram á við gæti verið: gagnrýni, samtakamáttur og andstaða sem beinist gegn nýfrjálshyggjunni í sjálfri sér.This thesis examines recent Icelandic queer history, focusing on the years 1990–2010.
During this period, Icelandic gays and lesbians moved from an outsider to an insider
position within the national imaginary. A law allowing civil partnership between samesex couples was passed in 1996, protection against discrimination and adoption rights
soon followed, while full marriage equality was reached in 2010 under the government
of the world’s first openly homosexual prime minister. This story has become a part of
Icelanders’ self-representation of their nation as a “queer utopia” or “queer paradise”,
a sign of the nation’s exceptional tolerance, diversity, and progressiveness.
This thesis critiques this received narrative through the theoretical positions of Benedict
Anderson’s critique of nation and nationalism, Michel Foucault’s critique of sexuality
and neoliberalism, Lisa Duggan’s critique of homonormativity, Jasbir Puar’s critique of
homonationalism, and Sara Ahmed’s theory of affect. Through genealogical and
discourse analysis of public sources—newspaper and journal articles, official reports,
church sermons, parliamentary speeches, documentaries, interviews—another view of
recent Icelandic queer history emerges, in which LGBTQ+ subjects reposition
themselves in response to the rise of neoliberal governmentality in Iceland in the
1990s, with some becoming part of the reimagined community of the homonormative,
homonationalist nation, while others—especially trans, bisexual, and genderqueer
people and radical gays and lesbians—receded from the national view.
This thesis makes its argument through four papers. The first analyses the collective
memory of the history of the gay and lesbian rights struggle which started to emerge in
the 2000s. This memory smoothed out anything that could complicate the progressive
linearity of gay and lesbian inclusion into the nation. Exclusions of other queer groups
were overlooked and the active role of the state in bringing about the
inclusions/exclusions was buried. The historical context of adaptations to neoliberalism
was kept out of view and the conditions laid for gays and lesbians—normality and
nationality through marriage and respectability—left out.
The second paper argues that the struggle for marriage equality became a nexus of
neoliberal governmentality and subjectivization during the research period. As both the
state and the gay and lesbian community came to identify themselves with the cause of
marriage equality in the 1990s and 2000s, their relationship shifted. In Iceland, this
process can be studied in unusual detail because of the “Nordic fusion” found there
between National Church, state, and nation, the three traditionally being seen almost as
one. As the National Church opposed marriage equality on anti-neoliberal terms, it
moved towards the margins of the national imaginary while the marriage-aspiring gay
vi
and lesbian community moved towards the state in the centre. In the process,
neoliberalism strengthened its hold on people and institutions as it became identified
with progress, equality, and the nation.
The third paper argues that the emergence of joy as the emblem of the Reykjavík Pride
Parade—popularly called “the March of Joy”—served as a technology for the
implementation of homonormativity and homonationalism. Through the use of affect
theory, the paper analyses the discourses around the March of Joy which present it as
unifying in joy the marching, LGBTQ+ people on the one hand and the spectating
nation on the other. Thereby, the march erases or overrides past hurts and prejudices
between the two, replacing them with the marchers’ joyous gratitude towards the nation
for its acceptance in the present. Thus, the March of Joy makes Icelanders joyfully
proud of their past-denying unity and serves to revitalize Icelandic nationalism for a new
century, with concomitant exclusions of foreigners and immigrants. The fourth paper shows how neoliberal subjectivity crept into gay men’s selfrepresentations during the research period. Through discourse analysis of lifestyle interviews with gay men in glossy magazines, the article argues that the men came to represent themselves and be constructed as responsible, happy, neoliberal citizens through discourses of positivity and happiness, self-work and entrepreneurialism, and the displacement of past hurts and prejudices from homophobic social structures onto the men themselves and their own self-prejudice. This frees the nation from blame and allows for inclusion without confrontation, compensation, or understanding of the past. Taken together, the four papers show how discourses of nationality, queerness, and neoliberalism intersected over the research period to construct radically new ideas of the normal and the national and thus of the queer and the foreign. Neoliberalism came to occupy a new position as the arbiter of nationality and normality. Associated with the emotion of joy and the progress of the nation, the new, neoliberal national imaginary rejected critical, angry queers and national others, especially immigrants, who were constructed as at once anti-neoliberal, backwards, and homophobic. In the current moment of radical shifts in the functioning of neoliberal governmentality, with the rise of the far right in the West, this shows the precarity of LGBTQ+ people’s rights and social acceptance based on adaptations to neoliberalism, while indicating the way forward: critique, alliance, and resistance against the neoliberal project itself.RANNÍ
Ný líkön af þverbrotabelti Suðurlands og Reykjaness og nærsviðsáhrifum jarðskjálfta
No full textLarge earthquakes up to ~Mw7 repeatedly take place in the two transform zones of Iceland:
the Tjörnes Fracture Zone (TFZ) in the north and the South Iceland Seismic Zone (SISZ)
in the south. Of these, only the SISZ is entirely on land, and with a large part of the
population in close proximity to it. Therefore, the seismic risk in Iceland is highest in the
south and a reliable assessment of such risk is crucial. The basis for such an assessment is a
meticulous and formal evaluation of probabilistic seismic hazard assessment (PSHA). Past
PSHA in Iceland have, however, been based on statistical analyses of various historical
earthquake catalogues and limited ground motion models (GMMs), all subject to varying
types and degrees of uncertainties. Moreover, they relied on simplistic source descriptions
and largely ignored that the unique ‘bookshelf’ strike-slip fault system of the SISZ extends
along the plate margins towards the west and all over the Reykjanes Peninsula Oblique Rift
(RPOR). This system plays a dominant role in the strain release from transcurrent plate
motion, having potentially important implications for PSHA. Fortunately, the above
limitations have effectively been addressed in this dissertation through the development of
a physics-based bookshelf fault system model of the SISZ-RPOR. The rate of tectonic
plate motion along with the fault system geometry have been used to calibrate the model
that also captures the variation of seismogenic depth along the zone. It allows random
realizations of the fault system configuration where each fault is completely specified by
its dimensions, maximum magnitude, and long-term slip rate, and moment rate. It also
allows the derivation of subzone specific magnitude-frequency distributions (MFDs), the
cumulative seismic activity of which is not only consistent with, but effectively explains
the earthquake catalogue of the SISZ-RPOR. In particular, the model helps to generate
realizations of long-term finite-fault earthquake catalogues for a physics-based Monte
Carlo stochastic approach to PSHA. One realization of the synthetic earthquake catalogue
has recently been implemented in CyberShake, resulting in thousands of two-component
horizontal velocity time histories on a dense grid of hypothetical stations in southwest
Iceland. In this study, we took advantage of the parameterization of this vast synthetic
dataset and augmented one of the latest Bayesian GMM for the region with a near-fault
directivity term. We recalibrated the regression coefficients to the synthetic data using
advanced Bayesian inference techniques. The Bayesian approach quantifies the probability
distribution of each regression coefficient along with their uncertainties. The results of this
study will therefore not only enable the efficient, yet physically realistic and consistent
revision of conventional time-independent PSHA for the SISZ-RPOR in the future using,
for example, the new empirical GMM in both the near- and far-field region, but also a
more comprehensive physics-based PSHA that will be based on the same physical
bookshelf fault system model.Sterkir jarðskjálfar eiga sér endurtekið stað á tveimur brotabeltum Íslands og valda miklum
áhrifum og tjóni. Þau eru brotabelti Norðurlands og brotabelti Suðurlands og Reykjaness.
Það síðarnefna er staðsett á Suðurlandsundirlendinu og fjalllendi Reykjanesskaga og liggur
þannig um eitt stærsta landbúnaðarsvæði landsins og í næsta nágrenni við
höfuðborgarsvæðið þar sem meirihluti þjóðarinnar býr. Jarðskjálftaáhætta er því hæst á
suðvesturhorni landsins og áreiðanlegt mat á slíkri áhættu er mikilvægt. Grundvöllur þess
er vandað og formlegt mat á jarðskjálftavá í formi skjálftavárlíkinda, helst byggt á
eðlisfræðilegum forsendum. Fyrri skjálftavármöt hafa hins vegar byggst á ólíkum
forsendum varðandi jarðskjálftavirkni, hvernig yfirborðshreyfingar jarðskjálfta dvína með
fjarlægð frá upptökum, og formleg óvissugreining þessara þátta ekki verið framkvæmd.
Enn fremur var gert ráð fyrir einföldum upptakalíkönum jarðskjálfta og ekki tekið tillit til
þess að hið þekkta sprungukerfi Suðurlandsundirlendisins, bókahillusprungukerfið, er
samfellt frá Suðurlandi, yfir Hengilskerfið og út allan Reykjanesskagann þar sem það
myndar brotabelti Reykjaness. Í þessari doktorsritgerð hefur verið ráðin bót á þessum
annmörkum og eðlisfræðilegt líkan af bókahillusprungukerfinu útvíkkað og þróað fyrir
brotabelti Suðvesturlands í heild. Sprunguvirkni líkansins ræðst af hraða landreks yfir
brotabeltið, afstöðu bókahillusprungnanna ásamt hámarklengd þeirra og breiddar, sem
breytist kerfisbundið frá vestri til austurs eftir brotabeltinu. Líkanið gerir ráð fyrir
breytilegri hámarksstærð jarðskjálfta eftir brotabeltinu og ákvarðar skriðhraða sprungnanna
sem tilgreinir virkni þeirra til langs tíma. Líkanið gefur einnig líkindadreifingar á tíðni
jarðskjálfta eftir staðsetningu frá vestri til austurs á brotabeltinu ásamt heildartíðni
jarðskjálfta á brotabelti Suðvesturlands. Sú jarðskjálftavirkni sem líkanið tilgreinir er í
miklu samræmi við virkni út frá sögulegum jarðskjálftaskrám og getur líkanið þannig í
raun útskýrt nánar jarðskjálftavirkni svæðisins. Með líkaninu má ákvarða slembiúrtök
sprungustaðsetninga sem nýtast við eðlisfræðilegra mat á skjálftavárlíkindum en áður hefur
verið gert á Íslandi. Líkanið hefur verið nýtt til að herma þúsundir jarðskjálfta á
brotabeltinu og tilsvarandi jarðskjálftahreyfingar yfir allt suðvesturland. Greining á þeim
gerviskjálftaritum sem liggja í nærsviði sterkra jarðskjálfta hefur einnig verið gerð í þeim
tilgangi að þróa nærsviðslíkan fyrir dvínunarlíkingar jarðskjálftahreyfinga, en slíkar
líkingar eru ein af grundvallarstærðum í formlegu mati á skjálftavárlíkindum. Aðferðum
Bayesískrar tölfræði hefur verið beitt í aðhvarfsgreiningu á þeim gerviskjálftaritum.
Doktorsritgerð þessi leggur þannig grunn að skilvirku og eðlisfræðilegu endurmati á
skjálftavárlíkindum á brotabelti Suðvesturlands, sér í lagi í nærsviði jarðskjálftasprungna,
bæði út frá hefðbundinni verkfræðilegri nálgun en einnig út frá háþróuðum
jarðskjálftafræðilegum líkönum af brotferli jarðskjálfta og útbreiðslu yfirborðshreyfinga
þeirra
Framfarir í mati á mjúkum vefjaskemmdum hjá mönnum með aðstoð gervigreindar í læknisfræðilegri myndgreiningu
No full textArtificial Intelligence (AI) has revolutionized various fields by automating complex tasks, uncovering patterns in large datasets, and making accurate predictions. Machine learning, particularly deep learning, plays a pivotal role in enabling AI to emulate human intelligence for tasks such as image segmentation, classification, and recognition. In the realm of medical imaging, modalities like Magnetic Resonance Imaging (MRI), Computed Tomography (CT), and Ultrasound are indispensable tools for diagnosing pathologies, detecting abnormalities, guiding treatment plans, and monitoring disease progression. The integration of AI with medical imaging offers the potential to enhance the accuracy and efficiency of these processes.
In particular, AI’s application in the assessment of tendon-related conditions, such as tendinopathy, presents a promising avenue for improving patient care. Tendinopathy an significantly impact a patient’s quality of life, and early detection is crucial to optimize treatment outcomes. This thesis focuses on the development of advanced AI-driven methods for analyzing human soft tissue pathologies, with a primary emphasis on tendon segmentation, pathology detection (classification), and tendon reflex response assessment. By automating the analysis of tendons and other human soft tissues, these methods aim to reduce human error and variability, thereby enabling more consistent and reliable clinical decisions. Ultimately, the goal is to support earlier, more accurate diagnoses and interventions, leading to better patient outcomes and more personalized treatment strategies.
This thesis begins with a study that analyzes MRI and CT scans from 47 participants to investigate the relationships between the tendons, cartilage, and muscles in the knee. This study has two primary objectives: first, to predict knee cartilage degeneration, and second, to predict patellar tendinopathy. For both objectives, predictions are made using features extracted solely from the patellar tendon and quadriceps, rather than directly from the cartilage itself. This approach explores the potential of using features from surrounding tissues as indirect predictors of knee-related pathologies. This study demonstrates that both knee cartilage degeneration and patellar tendinopathy can be predicted using these features from adjacent structures, highlighting the importance of surrounding tissues as potential indicators of pathology. Traditional machine learning models are employed to identify the most relevant features for each prediction task, highlighting their importance in the diagnosis of these conditions. This foundational research deepens our understanding of the interrelationships between knee soft tissues, contributing to more accurate diagnostic approaches in musculoskeletal health and enhancing clinical decision-making and treatment strategies.
A central focus of this thesis is the development of an end-to-end tendon segmentation module. This system integrates a superpixel-based coarse segmentation step that serves as a foundation for the final, more precise segmentation. In this approach, the segmentation task is framed as a superpixel classification problem. To achieve this, two distinct approaches are developed: (1) Random Forest (RF) and Support Vector Machine (SVM) classifiers for superpixel categorization, and (2) a Graph Convolutional Network (GCN) for transforming superpixels into graph structures for node classification. The RF and SVM classifiers demonstrate exceptional performance, achieving Area Under the Curve (AUC) scores of 0.992 and 0.987, respectively, with high sensitivity, indicating their effectiveness in accurately classifying superpixels. Although the GCN approach yields slightly lower performance, it showcases the potential of deep learning methods for improving segmentation by leveraging the structural relationships between superpixels. The findings suggest that both traditional machine learning and deep learning techniques offer promising avenues for advancing tendon segmentation, with superpixel-based methods offering a pathway to more reliable and automated segmentation in medical imaging.
Another key component of this thesis is the development of an end-to-end tendon pathology detection module, utilizing the same MRI dataset. This module adopts a graph-based approach, where superpixels are treated as nodes and connected by edge relationships. Each MRI scan is transformed into a graph, with the task framed as a graph classification problem to determine the presence or absence of pathology. To achieve this, a Graph Echo State Network (GESN) is employed. Known for its ability
to efficiently represent data without the need for iterative backpropagation, the GESN leverages both temporal and structural dependencies in the data, enhancing classification performance. In this study, the GESN outperforms traditional machine learning models, achieving a mean accuracy of 0.953 and sensitivity of 0.943. These results underscore the potential of the GESN to significantly enhance diagnostic accuracy, offering a powerful tool for early detection and clinical decision-making in tendon pathology assessment. Moreover, the GESN’s ability to handle complex, high-dimensional data suggests its broad applicability to other medical imaging tasks, further expanding its potential clinical utility.
The final study of this thesis explores the impact of demographic factors, including age, height, weight, and gender, on reflex response times in healthy individuals. This analysis is based on electromyography (EMG) recordings from 40 participants. The results reveal that elderly individuals, particularly those who are taller, heavier, and male, exhibit delayed reflex onsets. Even after normalizing for height, older participants still demonstrate slower reflex responses. These findings highlight the role of demographic factors in neuromuscular reflexes, aiding in the diagnosis and early detection of related disorders.
In conclusion, this research demonstrates the potential of AI, particularly superpixel based and graph-based models, to advance tendon pathology assessment and exploratory tendon reflex studies, leading to better patient outcomes and musculoskeletal health management.Gervigreind (AI) hefur umbreytt mörgu með því að sjálfvirknivæða flókin verkefni,
bera kennsl á sérkennandi mynstur í stórum gagnasöfnum og veita þannig nákvæmari
spár. Vélanám, sérstaklega djúpnám, gerir AI kleift að líkja eftir mannlegri greind í
verkefnum eins og myndasneiðingu, flokkun og kennslum stórra gagnasafna. Í læknisfræðilegum
myndrannsóknum eru aðferðir eins og segulómun (MRI), sneiðmynd (CT)
og ómun (US) lykilatriði við greiningu á vandamálum í stoðkerfinu, uppgötvun frávika,
leiðbeiningum um meðferð og eftirlit með framvindu sjúkdóma og heilsu almennt. Samþætting
AI við læknisfræðilegar myndrannsóknir getur bætt mat og meðferð á sinatengdum
vandamálum eins og margvíslegum sinasjúkdómum, sem geta haft veruleg
áhrif á lífsgæði. Snemmbær greining er því mikilvæg til að hámarka árangur meðferðar.
Þess vegna er ritgerðarmarkmið mitt að þróa hátækni aðferðir til að greina
mjúkvefjasjúkdóma, sérstaklega skiptingu sina, flokkun vandamála og meta mat á
sinaviðbrögðum. Með því að sjálfvirknivæða greiningu á mjúkvefjavandamálum miða
þessar aðferðir að því að draga úr mannlegum mistökum og breytileika, sem styður við
áreiðanlegri klínískar ákvarðanir og snemmbærari inngripum.
Fyrsta rannsóknin greinir MRI- og CT- myndir 47 einstaklinga til að kanna tengsl milli
sina, brjósks og vöðva. Rannsóknin sýnir að hægt er að spá fyrir um hrörnun í liðbrjóski
í hnjám með því að nota eiginleika einungis úr Fjórhöfða læris og hnéskeljarsin.
Hefðbundin vélanámslíkön eru notuð til að bera kennsl á lykileiginleika sem tengjast
bæði spám um sinasjúkdóma og brjóskhrörnun. Þessi grunnrannsókn eykur skilning á
samböndum mjúkvefja, sem stuðlar að betri greiningaraðferðum í stoðkerfisheilsu.
Annað lykilatriði þessarar ritgerðar er þróun kerfi fyrir sneiðingu sina. Kerfið inniheldur
grófa sneiðingu byggða á ofurdílum til að auðvelda loka sneiðinguna. Tvær aðferðir
eru bornar saman: (1) slembiskógur (RF) og stuðningsvigurvél (SVM) fyrir flokkun
ofurdíla og (2) vafið tauganet net (GCN) til að breyta ofurdílum í samsafn línurita.
RF og SVM- aðferðirnar ná svæðum undir línuferli (AUC) með gildum upp á 0,992
og 0,987, í sömu röð og með mikilli næmni. GCN- aðferðin, þótt hún sé aðeins minna
áhrifarík, sýnir möguleika ofurdíla til að bæta sneiðinguna.
Þriðja rannsóknin einbeitir sér að þróun á kerfi fyrir flokkun sinasjúkdóma með notkun
sama MRI- gagnasafns. Línuritalíkan, þar sem ofurdílar virka sem hnútar, er útfært
með endurómunartauganeti (GESN) fyrir flokkun. GESN, sem lýsir gögnum á skilvirkan
hátt án endurtekinna bakútreikninga, skarar fram úr hefðbundnum vélanámslíkönum
og nær meðalnákvæmni upp á 0,953 og næmni upp á 0,943, sem undirstrikar
möguleika þess til að bæta greiningarnákvæmnina.
Síðasta rannsóknin skoðar hvernig aldur, hæð, þyngd og kyn hafa áhrif á viðbragðstíma
hjá heilbrigðum einstaklingum með notkun á rafvöðvariti (EMG) frá 40 einstaklingum.
Niðurstöður sýna að eldri einstaklingar, sérstaklega þeir sem eru hærri, þyngri og
karlkyns, hafa seinkun á viðbragðstíma. Jafnvel með hæðarjöfnun sýna eldri þátttakendur
hægari viðbrögð. Yngri þátttakendur hafa lengri heildarviðbragðstíma, líklega
vegna hæðar, mynstur sem er samræmt á milli kynja. Þessar niðurstöður leggja áherslu
á áhrif lýðfræðilegra þátta á taugavöðvaviðbrögðum og geta hjálpað við greiningu á
tauga-vöðvasjúkdómum.
Að lokum sýnir þessi ritgerð möguleika AI, sérstaklega ofurdíla og línuritsbyggðra
líkana, til að auka greiningu á sinasjúkdómum og kanna sinaviðbrögð, sem leiðir til
betri útkomu fyrir sjúklinga og betri stjórnun á stoðkerfisheilsu