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Conception et mise en conformité règlementaire d'un projet de coprothèque intégrant l'animal de compagnie et son propriétaire
No full textThis thesis is part of the ANIMAGUT project, which aims to establish a cross-species “coprobank” combining human and companion animal (dogs, cats) fecal samples to study microbial fluxes between species and their potential impact on health. The gut microbiome, a central regulator of metabolic and immune balance, remains unexplored within a One Health perspective that includes companion animals. The high prevalence of human-animal cohabitation in France gives this research of major societal and scientific relevance. The work carried out consisted of establishing the scientific, legal and logistical foundations required to launch the project. Methodologically, a matched cross-sectional household design was defined, including a human control group without close contact with animals. Procedures for participant inclusion, clinical metadata collection, sampling, transport and storage of fecal material were standardized to ensure the quality of metagenomic, functional and statistical analyses. From a regulatory standpoint, the study was classified as non-interventional research involving humans, category 3 (RIPH-3) and is governed by the French Public Health Code, the General Data Protection Regulation (GDPR) and CNIL's reference Method MR-003 (Commission nationale de l'informatique et des libertés). The roles of the various stakeholders were defined, and the corresponding administrative procedures were completed. This work also highlights the project's limitations and perspectives : the need for a pilot phase o validate feasibility, estimate actual variance and adjust statistical power, as well as the transition tiward longitudinal and multi-omic cohort studies. The success of ANIMAGUT will ultimately depend on the mobilizing sufficient human, technical and financial resources to ensure its sustainable implementation. By laying the scientific, logistical, administrative and legal foundations for ANIMAGUT, this thesis contributes to the creation of an integrated human-animal research model consistent with the One Health approach.Cette thèse s’inscrit dans le cadre du projet ANIMAGUT, visant à constituer une « coprothèque » associant échantillons fécaux humains et animaux domestiques (chiens, chats) afin d’étudier les flux microbiens inter-espèces et leur impact potentiel sur la santé. Le microbiote intestinal, acteur central des équilibres métaboliques et immunitaires, demeure encore peu exploré dans une perspective One Health intégrant l’animal de compagnie. La forte prévalence de la cohabitation homme-animal en France confère à cette recherche un intérêt sociétal et scientifique majeur. Le travail réalisé a constitué à établir les fondations scientifiques, juridiques et logistiques nécessaires au lancement du projet. Sur le plan méthodologique, un design transversal apparié intra-foyer a été défini, incluant un groupe témoin humain sans contact rapproché avec des animaux. Les procédures d’inclusion, recueil des métadonnées cliniques, de prélèvement, transport et conservation des échantillons ont été standardisées pour garantir la qualité des analyses métagénomiques, fonctionnelles et statistiques. Sur le plan réglementaire, l’étude a été qualifiée de recherche impliquant la personne humaine d catégorie 3 (RIPH-3), encadrée par le Code de la santé publique, le Règlement général sur la protection des données (RGPD) et la méthodologie de référence MR-003 de la Commission nationale de l’informatique et des libertés (CNIL). Les rôles des acteurs ont été précisés et les démarches administratives détaillées. Ce travail souligne également les limites et perspectives du dispositif : la nécessité d’un pilote pour valider la faisabilité, estimer la variance réelle et ajuster la puissance statistique, ainsi que l’évolution vers des études de cohortes longitudinales et multi-omiques. La réussite d’ANIMAGUT reposera enfin sur la mobilisation de ressources humaines, techniques et financières nécessaires pour assurer son déploiement durable. En posant les bases scientifiques, logistiques, administratives et juridiques d’ANIMAGUT, cette thèse contribue à la création d’un modèle de recherche intégrée homme-animal conforme aux principes du One Health
Création de ressources pédagogiques en anatomopathologie : développement d'un cas nécropsique virtuel sur la maladie rénale chronique chez le chat
No full textL’anatomopathologie vétérinaire mobilise des compétences variées, allant de l’observation des lésions à leur interprétation et à leur mise en relation avec les données cliniques et physiopathologiques. Pour accompagner cet apprentissage, cette thèse présente la conception d’un cas virtuel d’autopsie basé sur un cas réel de maladie rénale chronique (MRC) chez le chat, développé comme outil interactif pour les étudiants. Ce cas perme d’explorer librement les organes atteints, d’observer les lésions macroscopiques et histologiques et de formuler des hypothèses diagnostiques à partir d’un contexte clinique. Des quiz avec des feedbacks progressifs complètent l’activité et aident l’étudiant à confronter ses observations aux corrections proposées. Le projet reprend les objectifs de l’enseignement de l’anatomopathologie à Oniris VetAgroBio, en particulier l’identification et l’interprétation des lésions, leur mise en contexte physiopathologique et leur intégration dans une démarche diagnostique. Il met également en avant les liens avec d’autres disciplines, telles que la physiologie ou la pathologie des carnivores, fin de renforcer la compréhension globale du cas étudié. Au-delà de cet aspect pluridisciplinaire, ce cas virtuel illustre l’intérêt des supports numériques interactifs dans l’enseignement vétérinaire en proposant aux étudiants une ressource complémentaire et non un substitut aux séances pratiques. Il vise à se rapprocher des conditions réelles tout en favorisant un apprentissage autonome, et en offrant certaines possibilités pédagogiques difficilement accessibles lors des séances présentielles
Computed tomography shows limited accuracy in differentiating histological types of canine ear canal masses
No full textInternational audienceAbstract Objective To describe the epidemiological characteristics and CT features in dogs with external ear canal (EEC) masses and assess the ability of CT to predict histopathological diagnosis. Methods This was a retrospective, single-center study including 70 dogs that underwent otoendoscopic examination, head CT imaging, and histopathological analysis. Masses were categorized into 5 groups according to histopathological diagnosis. Computed tomography images were reviewed, and features were compared between groups. Results 71 EEC masses were studied, including inflammatory polyps (31 of 71 [44%]), malignant tumors (17 of 71 [24%]), inflammatory masses in a context of chronic otitis externa (15 of 71 [21%]), benign tumors (4 of 71 [6%]), and unclassified masses (4 of 71 [6%]). French Bulldogs were overrepresented (26 of 70 [37%]) and mainly affected by inflammatory masses (22 of 26 [85%]). Fifty-nine of 71 masses (83%) visualized on otoendoscopy were delineated on CT. Partial or total obliteration of the ipsilateral tympanic bulla by soft tissue–attenuating material was noticed in 53 of 71 dogs (75%). An enhancing pedicle at the medial aspect of the masses was only seen in the polyp group (11 of 31 [35%]), and 9 of 11 pedicles were mineralized. No other CT variable allowed differentiation between histopathological groups. Conclusions CT delineates EEC masses with a moderate sensitivity and shows a limited ability to predict histopathological diagnosis. Clinical Relevance A variably mineralized enhancing pedicle at the medial aspect of an EEC mass is strongly suggestive of an inflammatory polyp
Analytical challenges related to the measurement of chlorothalonil in serum in the perspective of human biomonitoring studies
No full textInternational audienceChlorothalonil (CTN) is a popular fungicide widely used in the world. However, its determination in serum samples is highly challenging, preventing a reliable investigation of human CTN internal exposure. We first investigated CTN's behaviour all along this analytical process on spiked serum samples. We used a radiolabelled 14C-CTN standard to monitor CTN in spiked serum samples and observed (1) a complete degradation of CTN in deproteinised serum samples after 4 h of contact; (2) a strong interaction between serum proteins and CTN byproducts, with only 20 % of the radioactivity found to be extractable after 24 h of contact and (3) a slightly improved stability of CTN in serum following a first step of acidification or EDTA addition to samples. Using liquid chromatography coupled to high resolution mass spectrometry, 4-hydroxy-2,5,6-trichloroisophthalonitrile (HCTN) was identified as the major serum by-product of CTN. A protocol was developed to monitor both extractable CTN and HCTN from serum. This method was implemented on 36 human adult serum samples from the French "Esteban" Cohort. No free CTN was identified in these serum samples. Conversely, HCTN was detected in all samples at concentrations around 15 +/- 2 ng mL- 1, corresponding to the extractable fraction of CTN. Thus, HCTN may constitute a relevant biomarker of human internal exposure. Of note, the potential CTN contamination during blood collection could also be a source of HCTN detection in serum samples. Finally, blood sampling in EDTA tubes would seem more appropriate than in dry tubes for any future internal exposure studies on CTN
PROCÉDÉ D'HYDROPHOBATION D'UN SUBSTRAT EN MATÉRIAU POLYSACCHARIDIQUE
No full textL'invention concerne un procédé de traitement de surface d'un substrat solide en matériau polysaccharidique, visant à l'hydrophobation de cette surface. Ce procédé comprend l'application, sur cette surface, d'un réactif comprenant au moins un acide gras hydroxylé et/ou oligomère de cet acide gras hydroxylé et/ou un ester de cet acide gras hydroxylé, puis le traitement thermique du substrat dans des conditions provoquant la réalisation de réactions d'estérification entre des groupements carboxyle de l'acide gras hydroxylé, et des groupements hydroxyle du polysaccharide et des groupements hydroxyle de l'acide gras hydroxylé
Culture de la cyanobactérie Anabaena cylindrica en mode biofilm sur support de biochar
No full textInternational audienceFace à la forte demande alimentaire, l’agriculture s’est intensifiée en propageant dans le sol de grandes quantités d’engrais synthétiques. L’objectif de l’étude est de proposer un amendement organique à base de cyanobactéries en remplacement des intrants synthétiques aux effets néfastes sur l’eutrophisation, l’acidification des sols et l’émission de GES. Les travaux sont basés sur la culture d’une souche de cyanobactérie, Anabaena cylindrica, (Kholssi 2018) en utilisant les nutriments présents dans les effluents de méthanisation et un biochar comme support de culture (Li 2023). La fixation sur support solide permettant un relargage progressif des nutriments extraits du digestat lors de l’épandage tout en réduisant les opérations de récolte (Mantzorou 2010). Caractérisation du biochar. Le biochar utilisé pour ces expériences est un biochar commercial (Elémenterre), issu de la pyrolyse de bois non traité de feuillus. Il est composé de 166,8 g de carbone organique, 8 g d’oxyde de calcium, 2,24 g d’oxyde de potassium, 0,47 g de pentoxyde de phosphore ; 0,86g d’oxyde de magnésium et 0,43 g d’oxyde de sodium, avec un pH de 8,11. Les isothermes d’adsorption par le biochar des ions contenus dans un milieu de culture BG11 sont déterminés par chromatographie ionique à différentes concentrations initiales. Le magnésium montre une courbe avec une adsorption faible jusqu’à un seuil de concentration 40 mgL-1 suivie d’une forte adsorption à concentration élevée tandis que l’adsorption du calcium se montre instable : aux plus grandes concentrations, aucun ion calcium n’est adsorbé laissant supposer une désorption. Les nitrates comme les phosphates sont adsorbés dès les faibles concentrations. Ces mesures d’adsorption sont importantes : les éléments adsorbés constituant une réserve de nutriments pour une culture fixée sur biochar. Conditions de culture. La souche Anabaena cylindrica (PCC122) est cultivée en fioles d’Erlenmeyer, sous illumination continue et sur agitateur orbital (120-150 rpm). La croissance de Anabaena cylindrica a été suivie dans 3 conditions de culture : dans un milieu synthétique de type BG11, dans un milieu naturel (digestat) complémenté et en présence de biochar. BG11 est le milieu de culture synthétique. Pour le test en milieu naturel, 225 mL d’une solution diluée 2,5 fois de digestat issu de la méthanisation de boues de station d’épuration et dans lequel 225 µL de microéléments ont été ajoutés. Pour le test en présence de biochar, 250 mg de biochar (granulométrie entre 630 µm et 1 mm) sont ajoutés aux 225 mL de BG11. Le suivi de la culture est obtenu par observation au microscope optique, dosage des pigments par la méthode d’extraction au méthanol, mesure de la matière sèche et de la densité optique à 750 nm. Fig. 1. Observation des filaments d’A. cylindrica cultivée avec BG11 (a) (Grt*200), avec présence d’un hétérocyste (b) ou dans du digestat (c) (Grt*500). Fig. 2. Observation de filaments d'A. cylindrica enchevêtrées dans les particules de biochar (à gauche et milieu Grt*200 ; à droite Grt*500) Fig. 3. Evolution de la population cellulaire d’A. cylindrica cultivée en milieu synthétique (BG11), en milieu synthétique + biochar, ou avec du digestat dilué additivé.En absence de biochar, par comparaison avec un milieu synthétique standard, la culture sur digestat conduit à une diminution progressive des mesures d’absorbance, du comptage cellulaire et une diminution de la longueur des filaments probablement liée à une augmentation du pH (Markou, 2014). La présence du digestat inhibe la croissance de la cyanobactérie. Dans des cultures en milieu synthétique, les observations microscopiques confirment l’attachement des filaments cellulaires aux particules de biochar. Bien que la formation de ces amas rende compliqué le suivi des cultures en présence du biochar, la méthode du dénombrement cellulaire a permis de montrer une stimulation de la production de biomasse A. cylindrica
Structural soil tree pits: how much good can this Nature-Based Solution provide to the urban environment?
No full textInternational audienc
La contractualisation : Soutenir le partenariat éleveur vétérinaire pour améliorer la santé en élevage
No full textInternational audienc
Approche système pour la conception de serres de culture durables
No full textAlthough greenhouse cultivation has some advantages for plants such as tomato, the current practices have some drawbacks such as an important energy consumption with a high dependency on fossil fuels. In order to evaluate numerically the feasibility of new sustainable and competitive greenhouse concepts, highly coupled phenomena shall be taken into account. The assessment of solutions can only be done using a global multiphysics model and various indicators: indoor climate, energy and mass flux (water, CO2), yield and biology. This thesis applies a systematic approach, within the framework of greenhouse climate and energy dynamic models in the literature. Starting from recent implementations, evolutions have been done taking benefits from other domains. New models have also been developed to account for some specific phenomena. In a prospective context, calibration has been avoided and dedicated methodologies were set for parametrization. Then, the systemic approach was validated through the development and the simulation of the global model of an experimental greenhouse at a full production year time scale, for which a sizeable dataset was available. Since systems control is not only an important lever to evaluate the impact of changes in cultivation practices, but also a prerequisite to assess the integration of new equipment, a realistic and generic control implementation was done and used in some examples illustrating the resulting simulation tool possibilities.La culture sous serre de plantes comme la tomate offre un certain nombre d’avantages pour les producteurs, mais elle s’accompagne d’une importante consommation énergétique en très large majorité d’origine fossile. Afin d’évaluer numériquement la faisabilité de nouveaux concepts d’enceintes de production végétale durables et compétitives, il est nécessaire de prendre en compte un ensemble de phénomènes fortement couplés. L’intégration de solutions ne peut être examinée qu’à l’aide d’un modèle multiphysique global et d’indicateurs variés : climat intérieur, flux d’énergie et de matière (eau, CO2), production agronomique. Cette thèse met en œuvre une approche système s’inscrivant dans la continuité des développements de modèles climatiques et énergétiques de serre de la littérature. Des évolutions ont été apportées et de nouveaux modèles spécifiques à la prise en compte de certains aspects et phénomènes, ont également été implémentés. Dans un contexte prospectif, la calibration a été évitée autant que possible, au profit de la mise en œuvre de méthodologies particulières de paramétrage. À l’issue de ces développements, l’approche système a été validée par la simulation d’un modèle de compartiment de serre expérimentale à l’échelle d’une année de production. La régulation des systèmes constituant non seulement un levier important dans l’évaluation d’évolutions des pratiques de conduite de culture, mais aussi un prérequis pour celle de l’intégration de nouveaux équipements, une implémentation réaliste et générique du contrôle a donc été réalisée et exploitée à travers quelques exemples illustrant les possibilités d’utilisation de l’outil de simulation
Diversité génétique des deux espèces parasitaires responsables de la piroplasmose équine en France Métropolitaine (PiroGoTick)
No full textInternational audienceLa piroplasmose équine, maladie transmise par les tiques, est causée par deux parasites apicomplexes Theileria equi et Babesia caballi. Cette affection est répandue presque mondialement, avec quelques zones indemnes : Japon, USA, Canada… La multiplication de ces parasites intra-érythrocytaires entrainent chez l’équidé une forte hyperthermie associée à une anémie importante voire à l’apparition d’un état de fatigue généralisée, engendrant des problèmes à la fois d’un point de vue sanitaire et économique.Actuellement, l’identification moléculaire de ces agents pathogènes repose essentiellement sur l'analyse du gène codant l'ARNr 18S mettant en évidence une forte diversité au sein de chacune des deux espèces et la présence de plusieurs génotypes (cinq chez T. equi, trois chez B. caballi). Afin d’affiner le génotypage de ces agents, des gènes neutres et non neutres de chacun des 3 génomes (apicoplaste, mitochondrie et noyau) ont été étudiés. Les objectifs sont de 1) mieux comprendre la diversité génétique de ces deux parasites, 2) clarifier leur classification phylogénétique et la taxonomie des génotypes présents en France métropolitaine, et 3) analyser avec ces données la fiabilité des tests diagnostiques moléculaires et sérologiques disponibles sur le marché.Pour les deux parasites, six gènes ont été amplifiés et séquencés (tufA, cox1, hsp70, kelch13, ama-1, clamp), pour trois génotypes de T. equi (A, C et E) et deux génotypes de B. caballi (A et B1). Les comparaisons génétiques des séquences concaténées de ces six gènes (> 4000 pb) ont révélé que, au sein d'une même espèce, la variabilité intra-génotypique est extrêmement faible (identité supérieure à 99%), tandis que la conservation inter-génotypique varie fortement selon le gène étudié (entre 70% et 90%). Cette analyse a également permis d'identifier des sous-génotypes au sein du génotype A de T. equi.En outre, notre étude révèle que les tests de diagnostic actuellement utilisés pour détecter la piroplasmose équine peuvent conduire à un nombre significatif de faux négatifs, en fonction du génotype retrouvé chez l’hôte.L’obtention de ces nouvelles connaissances ouvre la voie à une meilleure compréhension des liens vecteurs/génotypes et virulence/génotypes et permet aussi d’envisager des pistes d’amélioration des tests diagnostiques et d’identifier des cibles vaccinales potentielles