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Les compléments alimentaires
No full textProduits – Filière – Process industriels – Plan de Maîtrise Sanitair
Les substituts végétaux aux produits laitiers
No full textProduits – Filière – Process industriels – Plan de Maîtrise SanitaireProduits – Filière – Process industriels – Plan de Maîtrise Sanitair
Mécanobiologie des biofilms : influence de facteurs mécaniques sur la prolifération bactérienne par une approche expérimentale in-vitro
No full textPostoperative infection is a dreaded complication in human and veterinary orthopedics which can be associated with significant consequences in terms of morbidity, costs and recurrence. Its eradication is difficult, especially due to the development of biofilms on implants used. As a matter of fact, bacteria within a biofilm are tolerant to antibiotics, thus explaining the high number of therapeutic failures when antibiotic therapy alone is used. Investigating factors that could affect biofilm development, and particularly exploring the impacts of the solid and fluid mechanical stresses to which a healing bone is permanently submitted, could allow developing therapeutic strategies alternative to antibiotics and minimize the risk of antibiotic resistances. The main hypothesis of this work consisted in supposing that a mechanical stimulus could modify bacterial proliferation and biofilm formation. The first part of this work is based on describing the clinical aspects of bacterial infection in human and veterinary orthopedic surgery, as well as the mechanisms of biofilm formation. A multiscale approach of the mechanobiology underlying biofilm development is then discussed, starting from the bacterium to reach the biological tissue, and the therapeutic strategies alternative or additional to antibiotics are presented. In the second part, the original experimental workbench developed in this study is presented. A microfluidic device capable of sustaining a bending moment while still allowing bacterial biofilm growth was conceived. It consisted in a chip containing a microchannel molded into PDMS bonded to a flexible PETG coverslip. A mechanical system capable of generating a cyclic bending moment of controlled frequency and amplitude (0 – 2.5 Hz and 0 – 3.10 mm, respectively) was also conceived. The equations governing the kinematical response of the device were provided. The third part of the document presents and discusses the preliminary results of the in vitro study. To quantify biofilm development, PDMS chips were inoculated with a strain of P. aeruginosa containing a fluorescent protein-expressing plasmid. The microfluidic devices thus inoculated were then submitted to a bending moment (dynamic condition), and the static response was used as control. Imaging with epifluorescence microscopy was performed to compare fluorescence in the static chips with that in the dynamic chips. Preliminary results showed that cyclic bending may influence biofilm development. On the one hand, biofilms formed rather randomly along the microchannels submitted to bending, contrary to those formed in the static microchannels during the same period of time. On the other hand, biofilms size and fluorescence intensity were also affected by bending, with intensity remaining unchanged between microscopic images obtained at 24h and at 48h and size increasing. Compared to static results, this latter observation suggests that bending may alter biofilm composition, especially by decreasing bacterial concentration. In conclusion, the methodology presented in this thesis tends towards validating the initial hypothesis regarding the mechanobiological susceptibility of biofilms, in particular under steady state dynamical stimuli. This work suggests a reproducible experimental framework allowing to assess the impact of a dynamic cycle on bacterial biofilm development, and eventually to test therapeutic strategies in a controlled environment.L’infection postopératoire est une complication redoutée tant en chirurgie orthopédique humaine que vétérinaire, pouvant avoir des conséquences lourdes en termes de morbidité, de coûts et de récidives. Son éradication est particulièrement difficile, notamment à cause du développement de biofilms sur les implants utilisés. Les bactéries au sein d’un biofilm sont en effet tolérantes aux antibiotiques, ce qui explique les nombreux échecs thérapeutiques lorsqu’une antibiothérapie seule est utilisée. L’exploration des facteurs influant sur le développement de ces biofilms, en particulier l’impact de contraintes mécaniques fluides et solides auxquelles l’os en cours de cicatrisation est en permanence soumis, permettrait de développer des stratégies thérapeutiques alternatives aux antibiotiques, et de minimiser les risques d’antibiorésistances. L’hypothèse centrale de ce travail a consisté à supposer qu’un stimulus mécanique pouvait modifier la prolifération bactérienne et la formation du biofilm. La première partie de cette thèse s’attache à décrire les aspects cliniques de l’infection bactérienne en chirurgie orthopédique humaine et vétérinaire, ainsi que les mécanismes de formation d’un biofilm. La mécanobiologie sous-jacente au développement d’un biofilm est ensuite discutée dans une approche multi-échelle, de la bactérie au tissu biologique, et les stratégies thérapeutiques complémentaires ou alternatives aux antibiotiques sont présentées. La deuxième partie présente le dispositif expérimental original développé dans cette étude. Un dispositif microfluidique pouvant être soumis à un moment de flexion et permettant la formation d’un biofilm bactérien a été conçu. Ce dispositif a consisté en l’assemblage d’une puce contenant un micro-canal moulé dans du PDMS, et d’une lamelle flexible en PETG. Un système mécanique générant une force de flexion cyclique de fréquence et d’amplitude contrôlables (0 – 2.5 Hz et 0 – 3.10 mm, respectivement) a également été conçu. Les équations gouvernant la réponse cinématique du dispositif ont été fournies. La troisième partie du document présente et discute les résultats préliminaires obtenus dans l’étude in vitro. Afin de quantifier le développement du biofilm, les puces en PDMS ont été inoculées avec une souche de P. aeruginosa contenant un plasmide exprimant une protéine fluorescente. Les dispositifs microfluidiques ainsi inoculés ont ensuite été soumis à un moment de flexion (condition dynamique), et la réponse statique a été utilisée comme contrôle. La microscopie en épifluorescence a permis de comparer la fluorescence des puces dynamiques à celle des puces statiques. Les résultats préliminaires ont montré que la flexion cyclique pouvait impacter le développement des biofilms. D’une part, les biofilms se sont formés de façon aléatoire le long des micro-canaux soumis à la flexion, contrairement à ceux formés dans les micro-canaux statiques pendant ce même laps de temps. D’autre part, la taille et l’intensité de la fluorescence des biofilms formés ont également été impactées par la flexion, l’intensité restant inchangée entre les images capturées à 24h et 48h mais la taille augmentant. En comparaison avec les résultats statiques, cette dernière observation suggère que la flexion pourrait altérer la composition des biofilms, en particulier en diminuant la concentration bactérienne. En conclusion, la méthodologie proposée dans ce travail de thèse tend à valider l’hypothèse initiale au regard de la sensibilité mécanobiologique des biofilms bactériens, en particulier sous stimuli mécaniques à l’état d’équilibre. Ce document propose un cadre expérimental reproductible permettant d’évaluer l’impact d’un cycle dynamique sur le développement d’un biofilm bactérien, et éventuellement de tester des stratégies thérapeutiques dans un environnement contrôlé
Amputation métacarpophalangienne d'un doigt chez le chien
No full textNational audienceL'amputation de doigt est indiquée lors de néoplasie, d'ostéomyélite, de non-union de fracture à la suite d'un traitement chirurgical ou conservateur, d'un traumatisme ou d'un déformation sévère du doigt à l'origine d'une boiterie ou d'une douleur.Cette chirurgie consiste à retirer les trois phalanges par désarticulations métacarpophalangiennes (cas illustré) ou métatarsophalangiennes avec retrait du coussinet digital associé. L'amputation des doigts non porteurs (doigts II et V) est mieux tolérée que cette des doigts porteurs (doigts III et IV).En cas de néoplasie, il est important de réaliser une biopsie ou des cytoponctions de la masse sur le doigt associées à un bilan d'extension si nécessaire, préalablement à la chirurgie pour optimiser la prise en charge
Capsular Polysaccharide Production in Bacteria of the Mycoplasma Genus: A Huge Diversity of Pathways and Synthases for So‐Called Minimal Bacteria
No full text2International audienceABSTRACT Mycoplasmas are wall‐less bacteria with many species spread across various animal hosts in which they can be pathogenic. Despite their reduced anabolic capacity, some mycoplasmas are known to secrete hetero‐ and homopolysaccharides, which play a role in host colonization through biofilm formation or immune evasion, for instance. This study explores how widespread the phenomenon of capsular homopolysaccharide secretion is within mycoplasmas, and investigates the diversity of both the molecules produced and the synthase‐type glycosyltransferases responsible for their production. Fourteen strains representing 14 (sub)species from four types of hosts were tested in vitro for their polysaccharide secretion using both specific (immunodetection) and nonspecific (sugar dosage) assays. We evidenced a new, atypical homopolymer of β‐(1 → 6)‐glucofuranose (named glucofuranan) in the human pathogen Mycoplasma (M.) fermentans , as well as a β‐(1 → 6)‐glucopyranose polymer for the turkey pathogen M. iowae and galactan (β‐(1 → 6)‐galactofuranose) and β‐(1 → 2)‐glucopyranose for M. bovigenitalium infecting ruminants. Sequence and phylogenetic analyses revealed a huge diversity of synthases from varied Mycoplasma species. The clustering of these membrane‐embedded glycosyltransferases into three main groups was only partially correlated to the structure of the produced homopolysaccharides
Les filières dans un contexte de reterritorialisation de l'alimentation : des approches renouvelées ?
No full textInternational audienceThe “filière” concept, developed in the late 1950s in the field of industrial economics, has been widely used in agricultural and agri-food economics. In the 1980s, changes in the political and economic environment of food systems led to a semantic shift ((global) value chain, supply chain), reflecting an evolution in the issues explored and analysis frameworks, and less reliance on “traditional filières approaches”. However, since the end of the 2010s and the attention paid to the reterritorialization of food systems movement, filières approaches have once again been widely used in France, both by researchers and by socio-economic stakeholders. However, this is associated with the questioning the agro-industrial development model, the search for alternatives for more sustainable development and the building of territorialized food systems. This context of transition prompts us to consider how this work is renewing approaches that were once associated with an agro-industrial development model. An exploratory analysis of various guides aimed at industry and regional players sheds light on what the diverse terms covers (local, regionalized, regional food chains, local value chains, etc.). This also leads to think about the way these changes lead to renew traditional filières approaches and research issues about the structuration and the governance of supply chains.La notion de filière, développée dès la fin des années 1950 dans le champ de l’économie industrielle, a été largement mobilisée dans celui de l’économie agricole et agro-alimentaire. Dans les années 1980, l’évolution du contexte politico-économique des systèmes alimentaires a conduit à un glissement sémantique ((global) value chain, supply chain), qui traduit une évolution des questionnements explorés et des cadres d’analyse et un moindre recours aux approches « traditionnelles » des filières. Pourtant, depuis la fin des années 2010 et l’attention portée aux dynamiques de reterritorialisation des systèmes alimentaires, les approches en termes de filières sont de nouveau largement mobilisées en France, tant par les chercheurs que par les acteurs socio-économiques. En revanche, cette remobilisation s’effectue avec la remise en cause du modèle de développement agro-industriel, la recherche d’alternatives pour un développement plus soutenable et de structuration de Systèmes alimentaires territorialisés. Ce contexte de transition pousse à s’interroger sur la façon dont ces travaux viennent renouveler des approches qui pouvaient être associées à un modèle de développement agroindustriel. Une analyse exploratoire de différents guides à destination des acteurs des filières et des territoires permet d’éclairer ce que le foisonnement sémantique que l’on peut noter recouvre (filières locales, territorialisées, territoriales, chaînes de valeurs locales …). Cela permet également d’initier une réflexion sur la façon dont ces évolutions conduisent à un renouvellement des « approches filières » et des questions de recherche sur la structuration et la gouvernance des filières
Les veaux sont séparés de leur mère dès la naissance : VRAI ou FAUX ?
No full texthttps://chaire-bea.vetagro-sup.fr/wp-content/uploads/2024/07/24-05-Les-veaux-sont-separes-de-leur-mere-des-la-naissance-VRAI-ou-FAUX.pdfD'après vous les veaux sont-ils tous séparés de leur mère dès leur naissance ? On vous en dit plus avec cet article! Les veaux sont séparés de leur mère dès la naissance : VRAI ou FAUX ?FAUXEn élevage bovin, on distingue deux types d’élevage :• L’élevage laitier, où les veaux sont souvent séparés de leur mère dès la naissance, même si de nouvelles pratiques se développent.• L’élevage allaitant, où les veaux restent avec leurs mères pendant plusieurs mois
Relationship between milk intrinsic quality scores and the environmental impact scores of dairy farms
No full textCollaboration internationaleInternational audienceThis study aimed to study the relationship between milk quality for cheese manufacturing and farm's environmental impacts in grass-based mountain systems. Beforehand, the multi-criteria evaluation methodology proposed by Botreau et al. and Rey-Cadilhac et al. was adapted to a routine use. Milk quality scores were constructed by weighing traits possibly predicted by spectroscopic analyses currently available in milk labs into 4 dimensions: health, nutritional, technological and sensory. Environmental impact scores were constructed by combining 6 indicators of the CAP'2ER (R) software in 5 dimensions: greenhouse gas emissions, eutrophication, air acidification, consumption of space and non-renewable energies and ecosystem biodiversity. The study sample included 15 dairy farms located in the French Massif Central mountains. An analysis of variance was carried out to study the effect of system's types on milk quality and environmental impact scores. A principal component analysis was used to study the relationship between milk quality and environmental impact dimensions scores. No correlation has been established between overall milk quality and overall environmental impact scores. High scores for the nutritional and biodiversity dimensions and low scores for the resource consumption dimension, were associated with farming practices such as a high proportion of grasslands in the usable agricultural area, low stocking rate and low productivity per cow. This demonstrates the importance of defining specific priority objectives, on a farm-by-farm basis, in order to drive changes in agricultural practices. The multi-criteria evaluation model tested here appeared sensitive, but it needs to be tested on a larger scale and in different contexts
Tiques et risque tique dans une démarche One Health : Projet EPPAT
No full textInternational audienceDepuis une dizaine d’années, des témoignages de la population et des professionnels de santé en vallée d’Aspe (Pyrénées-Atlantiques) posent la question de l’évolution des populations de tiques et du nombre de personnes piquées et infectées. La Maison de Santé Pluridisciplinaire (MSP) de la vallée d’Aspe a initié en 2018 une démarche « Une seule santé » (« One Health ») pour améliorer les connaissances sur les tiques et prévenir les maladies vectorielles à tiques dans la vallée. Le projet EPPAT, Etude Participative Pluridimensionnelle dans la vallée d’Aspe sur le vecteur Tique, vise à comprendre, avec les témoignages d’usagers de la montagne de la vallée, la perception du risque de piqûre de tique, vecteur potentiel de pathogènes. Les hypothèses sont que les modifications du paysage, comme l’évolution des pratiques agro-pastorales et forestières en montagne, peuvent être à l’origine de l’augmentation du nombre de tiques, que le tourisme et les loisirs peuvent expliquer l’augmentation du nombre de cas de maladie de Lyme du fait de contacts plus nombreux entre usagers de la montagne et la tique. Le projet propose trois actions : 1) préciser le risque tique en mesurant l’abondance des tiques et la prévalence des pathogènes dans les tiques collectées en fonction de l’altitude et la saisonnalité, 2) réaliser une enquête ethnoécologique sur l’évolution des pratiques agropastorales en lien avec le risque tique, et 3) proposer une méthode d’organisation de la diffusion des connaissances en lien avec l’exercice coordonné mené par la MSP dans la vallée d’Aspe. Les connaissances acquises avec la participation des citoyens, bénévoles participants aux collectes de tiques, seront diffusées aux pouvoirs publics et aux citoyens via le partenariat pluridisciplinaire et complémentaire composé du CNRS-MNHN, d’INRAE-VetAgro Sup, de la Maison de Santé Pluridisciplinaire (MSP) de la vallée d’Aspe, du Centre Permanent d’Initiatives pour l’Environnement Béarn, ainsi que des professionnels de la vallée, l’Office National des Forêts, le Parc National des Pyrénées et le Centre Départemental de l’Elevage Ovin. Ces informations et ces intervenants aideront la MSP à mieux coordonner la prise en charge des patients et la prévention
Les dynamiques territoriales en Dombes : Contribution d'un projet collectif de valorisation de la carpe de Dombes dans la restauration collective
No full textInternational audienceDans un contexte mondial marqué par des défis environnementaux et socio-économiques (Bricas, 2021 ; IPES Food, 2023), il devient de plus en plus urgent de promouvoir des systèmes alimentaires locaux considérés comme plus durables et plus équitables (Impact Capital for Development, 2021 ; Rastoin, 2015). Ces systèmes sont appelés circuits alimentaires locaux (Praly et al., 2014), systèmes alimentaires du milieu (SyAM) et VTFN, qui signifie Values-based territorial food networks (Nemes et al., 2023 ; Reckinger, 2022). Ils favorisent une agriculture respectueuse de l'environnement, renforcent les liens entre les acteurs locaux et facilitent une répartition plus équitable des avantages économiques pour les agriculteurs (Chazoule et al., 2022 ; Reckinger, 2022). En tant que tels, les systèmes alimentaires hybrides se caractérisent par leur approche innovante, car ils impliquent la collaboration d'acteurs en amont et en aval. Ces acteurs s'engagent dans des activités distinctes mais complémentaires au sein de circuits intermédiaires, tous oeuvrant à la réalisation d'un objectif commun. Ces circuits ont le potentiel de diminuer l'impact environnemental de la production alimentaire, de renforcer l'économie locale, d'assurer l'autosuffisance alimentaire et d'encourager des modes de consommation plus durables (Chazoule et al., 2018). Grâce à la loi EGalim et au développement des projets alimentaires territoriaux (PAT), un nombre croissant de territoires et d'opérateurs économiques en leur sein cherchent à développer des chaînes alimentaires locales, durables et de qualité, comme décrit précédemment. Notre recherche s'inscrit dans le cadre des projets "A Table " (Dinai) et TRAACT (Transition agricole et alimentaire concertée dans les territoires) (Tetrae), et porte sur l'analyse de la filière piscicole de la Dombes. L'élevage de la carpe est une pratique patrimoniale et historique en Dombes, qui emploie 350 producteurs et transformateurs de carpes. Cette activité, secondaire pour la majorité des propriétaires et gestionnaires d'étangs, contribue à la préservation des étangs et de leurs écosystèmes particuliers, supports de la biodiversité. En effet, l'entretien des étangs et le maintien d'un niveau d'eau constant permettent à la végétation, au phytoplancton, aux espèces tropicales et aux insectes de se développer. Il contribue également à l'économie locale en créant des emplois et constitue une attraction touristique traditionnelle. Ce réseau, qui fait partie du projet "À Table ", nous intéresse particulièrement parce qu'il représente une initiative de localisation d'une chaîne alimentaire au sein des services de restauration collective. Ce qui est encore plus remarquable, c'est que, malgré son ancrage local, ce produit traditionnel n'a pas été positionné sur le marché local, en raison d'une mauvaise réputation locale du produit, de problèmes logistiques et de son prix perçu comme élevé. Il dispose cependant d'un débouché important sur le marché alsacien. La dynamique est relancée en 2022 avec l'émergence d'un projet collectif qui réunit des acteurs politiques, techniques et logistiques régionaux dans le but de promouvoir la carpe auprès des gestionnaires de cantines scolaires. Après de multiples étapes d'élaboration et d'expérimentation de recettes, de mobilisation d'acteurs et d'animation, ainsi que le rôle critique d'intermédiaire et d'interprète pour les acteurs porteurs, cette initiative est devenue réalisable. En utilisant une approche qualitative, notre analyse vise à comprendre les obstacles et les moteurs de la structuration de cette industrie impliquant divers partenariats afin d'atteindre une plus grande durabilité. Elle vise également à identifier le rôle des acteurs de soutien ainsi que les innovations et les apprentissages mis en œuvre au sein du collectif. Basée sur les résultats des entretiens semi-structurés avec les différentes parties prenantes, notre étude commencera par une narration détaillée de la trajectoire exemplaire du projet et de son évolution, mettant en évidence les tournants, les besoins, ainsi que les réussites et les échecs. Nous noterons également les forces motrices et les obstacles qui apparaissent tout au long du projet. Nous déterminerons également les éléments essentiels nécessaires pour atteindre une performance durable et pérenne. Enfin, nous élaborerons un diagramme illustratif de la trajectoire mettant en évidence les éléments mentionnés. La réalisation de cette analyse permettra d'acquérir des connaissances essentielles et fournira des indications précieuses pour reproduire des modèles et des processus similaires dans d'autres territoires. La réussite de ce projet collectif est évidente dès le début. Les résultats démontrent que le facteur humain joue un rôle crucial. La motivation et la volonté des partenaires font avancer le projet. Le réseau d'acteurs permet de mobiliser les partenaires nécessaires et d'utiliser les expériences techniques et professionnelles de chacun. Le partenariat entre les partenaires en amont et en aval a permis de surmonter plusieurs difficultés liées à l'élaboration des recettes, au coût du produit par repas pour la restauration scolaire et à la logistique associée à la livraison d'un produit surgelé à base de poisson. D'autres résultats concernant les outils et les ressources mobilisés, les interactions entre les acteurs ainsi que les changements organisationnels seront présentés