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Explorer les données transcriptomiques grâce à une analyse de sur-représentation nourrie par l’agrégation de connaissances biologiques existantes
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Ultrasound assisted natural deep eutectic solvents based sustainable extraction of Spirulina platensis and orange peel extracts for the development of strawberry-cantaloupe based novel clean-label functional drink
No full textInternational audienceThe consumer demand for sustainable, nutrient-rich, and clean-label beverages is growing rapidly, so there is an urgent need to meet this demand. In response, the present study introduced the new concept of clean-label functional foods and beverages. The objective of the research was to develop novel ready-to-serve clean-label functional drink formulations by blending strawberry and cantaloupe juices (35 % each), with the addition of Spirulina platensis and orange peel extracts as clean-label functional ingredients, either alone or in combination, at concentrations of 2.5 % and 5.0 %, without any chemical additives or preservatives. Ultrasound-assisted extraction under optimized conditions, pulsating mode (10 s on, 5 s off), power 300 W, frequency 25 kHz, extraction time 30 min, and temperature 40 degrees C, with natural deep eutectic solvent composed of lactic acid and choline chloride (2:1) was used to obtain S. platensis and orange peel extracts. This innovative method achieved the highest extract yield compared to other extraction techniques, making these extracts ideal clean-label functional ingredients due to their highly efficient, sustainable, and eco-friendly extraction process. The formulations were subsequently homogenized via ultrasonication with mild parameters (power 100 W, frequency 25 kHz, time 5 min, temperature 25 degrees C) to improve the overall stability of the drink. Comprehensive analysis revealed that the T6 formulation, containing 5.0 % S. platensis and 5.0 % orange peel extract, exhibited the most promising results across various parameters, including improved proximate composition, enriched mineral content, elevated bioactive compounds, enhanced antioxidant activity, potent antimicrobial properties, and superior sensory acceptance. By introducing and validating the concept of clean-label functional beverages, this study paves the way for future innovations that align with the evolving demands of health-conscious consumers, and environmental sustainability
Impact of amoxicillin/clavulanic acid on the gut microbiota composition of calves and on selection of antibiotic resistance genes
No full textInternational audienceAmoxicillin/clavulanic acid (AMC) is an important antibiotic to treat infections in humans and animals. In calves, AMC can be administered to treat omphalitis. AMC can cause dysbiosis in the gut microbiota (GM) and select antibiotic resistance genes (ARGs). Calves’ GM is a reservoir of ARGs. The impact of AMC on calves’ GM and ARGs has been poorly investigated. In this study, calves (n = 15) suffering from omphalitis and treated with AMC were enrolled, together with control calves (n=15) not receiving AMC. Stools were collected before AMC treatment (T0), at AMC withdrawal (T1), one month (T2) and two months (T3) after AMC withdrawal. 16S rDNA sequencing (V1-V9) was performed using Oxford Nanopore Technologies. Reads, alpha-diversity and the GM composition were analyzed using epi2me pipeline and R. Quantification of copies’ number of the blaTEM gene, relatively to the 16S gene was performed by qPCR. At T1, a significant decrease of bacterial alpha-diversity was observed in AMC treated calves compared to untreated calves. A restoration of the initial diversity was observed for the treated group at T2 and T3. The blaTEM gene was present in both treated and untreated calves at similar levels at T0. At T1, a 20-fold and a 100-fold increase was observed in the untreated and treated group, respectively, compared to T0, suggesting that the AMC treatment selected blaTEM carriers in the GM of the treated calves. Further analyses are ongoing on fecal samples collected at T2 and T3 and on more ARGs, such as intI1, blaCTX-M, tet(A)
L'otite externe proliférative et nécrosante féline
No full textInternational audienceProliferative and necrotising otitis externais a dermatological condition affecting young cats. it is caused by a lymphocyte cytotoxicity reaction leading to keratinocyte apoptosis. Clinically, thick and friable crusts cover ulcerated plaques at the base of the ear pinna, the ear opening, and the vertical part of the ear canal. The diagnosis is based on a thorough clinical observation and the results of histopathological examination of skin biopsies. The treatment of choice is the use of immunomodulatory agents topically, but sometimesit requires a combination of topical and systemic forms. The prognosis is good, and cured cats generally do not relapse. These ear infections are often accompanied by infectious complications, which should be identified and treated.L'otite externe proliférative et nécrosante est une dermatose qui affecte généralement le jeune chat. Elle est due à une réaction cytotoxique lymphocytaire entraînant une apoptose des kératinocytes. Cliniquement, des croûtes épaisses et friables surmontent des plaques ulcérées de la base du pavillon de l'oreille, de l'ouverture de l'oreille et de la partie verticale du conduit auditif. Le diagnostic repose sur un aspect clinique évocateur et le résultat de l'examen histopathologie que biopsies cutanées. Le traitement de choix consiste en l'utilisation de molécules immunomodulatrices topiques, mais nécessite parfois leur association avec des immunomodulateurs systémiques. Le pronostic est bon et les chats guéris ne récidivent généralement pas. Des complications infectieuses sont souvent présentes et doivent donc être recherchées et traitées
<i>Dipylidium caninum</i> : importance médicale, morphologie et biologie
No full textInternational audienceDipylidium caninum, ver plat du genre Taenia, est un parasite intestinal fréquent chez les carnivores domestiques, pourtant rarement détecté par les tests classiques de coproscopie
Clarifying grazing management methods: a data-driven review
No full textInternational audienceGrasslands, particularly permanent grasslands, provide vital ecosystem services and, therefore, focus a number of management challenges. Grassland management revolves around organizing how livestock graze in both space and time, using various grazing methods. However, international research describes these grazing methods using diverse and sometimes inconsistent terminologies. This lack of standardization may create ambiguity and hinder comparative research on grazing methods. Here, to address this issue, we conducted a literature review aiming to identify common patterns of grazing methods based on shared grazing management criteria. Through multivariate analysis, we analyzed 249 experimental datapoints derived from 102 studies. We ran principal component analysis followed by hierarchical clustering on principal components on seven management criteria. This review identified 4 broad families of grazing methods: continuous grazing, conventional rotational grazing, deferred rotational grazing, adaptative multi-paddock grazing. This work distinguishes rotational from continuous grazing methods, as commonly described in the literature. Furthermore, it identifies adaptative multi-paddock grazing as a distinct and innovative group of rotational grazing. The approach developed here could serve as support to characterize and compare different grazing methods
Utilisation de capteurs commerciaux non invasifs pour le suivi quotidien des bovins laitiers en ferme expérimentale
No full textInternational audienceDans les fermes expérimentales aussi bien que dans les fermes commerciales, le suivi du comportement des animaux est un élément essentiel à la conduite du troupeau. Les personnels des établissements détenteurs et utilisateurs de bovins à des fins scientifiques utilisent l’observation visuelle pour ce suivi et peuvent la compléter par l’utilisation de données issues de capteurs, par exemple, des accéléromètres, développés pour le pilotage de l’élevage de fermes commerciales. Les accéléromètres Axel (Medria, France) sont des dispositifs commerciaux, non invasifs et bon-marché, couramment utilisés à cette fin. Afin de vérifier la qualité des données générées par ces capteurs, nous avons réalisé deux études de validation de données. Ces études montrent que la détection des activités (ingestion, rumination, activité, repos) est fiable ; on peut donc utiliser les données pour suivre les individus au cours de leurs activités journalières, détecter des anomalies de comportement et agir pour les corriger si on considère qu’elles sont susceptibles de relever de problèmes de santé ou de bien-être. Toutefois, les données générées par les capteurs ne sont pas utilisables telles qu’elles et nécessitent d’être retravaillées avant de pouvoir être utilisées pour le suivi du comportement au quotidien. À cet effet, l’interface Farmlife (outil d’aide à la décision développé par ITK/Medria) permet une analyse rapide et facile grâce à des graphiques générés automatiquement, mais les données ne sont pas disponibles sur le long terme. Automne, l’application développée par INRAE, permet, quant à elle, d’obtenir des informations plus fines, disponibles sur le long terme, mais nécessite un travail de mise en forme et d’analyse plus poussé. Dans cet article, nous illustrons l’utilisation des deux outils FarmLife et Automne pour le suivi des activités des animaux et l’analyse de leur comportement en ferme expérimentale
Quelles sont les périodes et zones les plus à risque d’exposition des ruminants aux tiques ?
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A dataset of the abundance of Ixodes spp. ticks in forests of the Auvergne-Rhône-Alpes Region (France)
No full textInternational audienceIn Europe, Ixodes ticks are major vectors for both human and livestock pathogens, with the most widespread species, Ixodes ricinus, being responsible for the transmission of the pathogenic agent of Lyme disease, Borrelia burgdorferi sensu lato. The disease is endemic in France, where the number of new human cases per year was estimated at 39,052 in 2023. I. ricinus is widely distributed in France, particularly in Auvergne-Rhône-Alpes, where its abundance is not always well known. Often, estimation of questing tick abundance is based on a single observation from several sites; moreover, depending on sampling conditions, the efficiency of sampling with cloth dragging is variable, but is generally low. Even when standardised protocols are used, abundance indicators and sampling rates are influenced by various factors including population dynamics, ground vegetation, soil layers and meteorology. One approach that can be employed to account for the impact of these factors on variations in sampling rate is the use of removalsamplings, i.e. several successive samplings
Évaluation approfondie du bien-être des bovins en unités expérimentales INRAE : le protocole Welfare Quality®
No full textInternational audienceIn order to assess and improve the level of welfare of the cattle in the INRAE experimental facilities (EFs), it was decided to carry out a one-off in-depth assessmentin addition to the regular use of monitoring grids. Thus, the SBEA Bovine working group therefore proposes that each EU should host staff from another EFwith the aim of assessing and establishing a diagnosis of the welfare status of the animals at the time of this in-depth assessment. To improve animal welfare, thisassessment will be followed by an advice phase to identify the measures to be implemented to overcome the weak points while maintaining the positive points.Instead of creating a new cattle assessment tool, it is proposed to use the Welfare Quality® protocols. This assessment tool was developed as part of a Europeanresearch project and has become a reference tool. Adaptations will nevertheless be necessary to cover all the types of cattle present in the INRAE facilities (theWelfare Quality® protocols having been designed only for lactating dairy cows, fattening young cattle and veal calves) and the various contexts (e.g. assessment of animals on pasture) encountered in the EFs.Afin d'évaluer et d'améliorer le niveau de bien-être des bovins présents dans les unités expérimentales (UE) INRAE, il a été décidé de réaliser une évaluation approfondie ponctuelle en complément de l'utilisation de grilles de suivi régulier. Ainsi, le groupe de travail SBEA Bovins propose que chaque UE accueille des agents d'une autre UE avec pour objectif d'évaluer et d'établir un diagnostic de l'état de bien-être des animaux au moment de l'évaluation approfondie. Pour améliorer le bien-être des animaux, cette évaluation sera suivie d'une phase de conseil pour identifier les mesures à mettre en oeuvre pour pallier les points faibles tout en maintenant les points positifs. Plutôt que de créer un nouvel outil d'évaluation des bovins, il est proposé d'utiliser les protocoles Welfare Quality ® . Cet outil d'évaluation a été développé dans le cadre d'un projet de recherche européen et est devenu un outil de référence. Des adaptations seront néanmoins nécessaires pour couvrir tous les types de bovins présents dans les UE INRAE (les protocoles Welfare Quality ® ayant été conçus seulement pour les vaches laitières en lactation, les jeunes bovins à l'engraissement et les veaux de boucherie) et les différents contextes (ex. évaluation des animaux au pâturage) rencontrés dans les UE