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New microplate disc volatilization assay for in vitro evaluation of toxicity and antimicrobial activity of volatiles in vapour phase
No full textInternational audienceIn this study, a novel microplate disc volatilization method for in vitro screening of cytotoxic and antibacterial potential of volatile agents in the vapour phase was designed with the aim to assess their therapeutic potential for development of new inhalation therapies. The toxicity and antibacterial activity of plant-derived volatiles (allyl isothiocyanate, 8-quinolinol, thymohydroquinone, thymoquinone) and essential oils (EOs) from Colebrookea oppositifolia leaf and Neolitsea cassia bark were evaluated against human lung fibroblasts MRC-5 and respiratory pathogens. Allyl isothiocyanate and C. oppositifolia EO did not affect the cell viability (IC50 >160 μg/cm3), on the other hand thymohydroquinone exhibited the highest cytotoxic effect (IC50 = 5.85 μg/cm3) followed by thymoquinone and N. cassia EO (IC50 = 7.95 and 18.58 μg/cm3, respectively). 8-Quinolinol possessed the strongest antibacterial effect against Staphylococcus aureus and Heamophilus influenzae with respective minimum inhibitory concentrations of 0.625 and 1.25 μg/cm3. Calculated therapeutic index (>21.05) suggests relative inhalation safety of this compound. Using a gas chromatography/mass spectrometry analysis, E-cinnmaldehyde, benzaldehyde, and eucalyptol were identified as major components of N. cassia bark oil, while leaf oil of C. oppositifolia consisted predominantly of thunbergene, β-caryophyllene, and m-camphorene. Moreover, chemical profile of N. cassia EO in the vapour phase showed E-cinnamaldehyde, o-cymene, and α-pinene as the most abundant volatiles. The results suggest 8-quinolinol for further research focused on development of inhalation therapies. Additionally, the results demonstrate validity of the microplate disc volatilization method, which allows cost and labour effective high-throughput screening of cytotoxicity and antimicrobial activity of volatiles in vapour phase
Le suivi populationnel à long terme du Busard de Maillard (Circus maillardi), une espèce en danger endémique de la Réunion, révèle un déclin alarmant
No full textInsular species are disproportionately vulnerable to extinction due to small population sizes, geographic isolation, and high susceptibility to stochastic and anthropogenic pressures. The endemic Réunion Harrier ( Circus maillardi ), the last breeding raptor on La Réunion (Indian Ocean), is currently listed as “endangered” (EN) on the IUCN Red List. Concerns have recently emerged regarding the demographic impacts of secondary poisoning from anticoagulant rodenticides used for rat control in agricultural landscapes, in addition to other threats such as habitat loss and fragmentation, and reduced genetic diversity. Here, we analysed data from three standardized island-wide breeding censuses (1998–2000, 2009–2010, 2017–2019), encompassing 355 sampling points and totalising ~ 1,500 h of observations, to quantify overall population trends and spatial variation within those. Using generalized additive mixed models accounting for spatial variation in the different census designs, we estimated a significant decrease of -46% (95% CI: -61% to -28%) in the relative abundance of breeding pairs at the island scale over 21 years (equivalent to three generations), which supports its current endangered (EN) status. Decline was more pronounced in the eastern part of the island (-56%, 95% CI: -69% to -40%) compared to the western part (-29%, 95% CI: -52% to +0.3%). Combined with previous work on inbreeding and mutational load, exposure to anticoagulant rodenticides and ongoing threats (habitat changes), these results suggest this harrier population is undergoing an extinction vortex that requires immediate and targeted, spatially explicit, conservation actions. We also recommend that population size continues to be monitored and that knowledge of demographic parameters be improved to guide adaptive management for the species.Les espèces insulaires sont exposées de manière disproportionnée au risque d'extinction en raison de la petite taille de leurs populations, de leur isolement géographique et de leur grande susceptibilité aux pressions stochastiques et anthropiques. Le Busard de Maillard (Circus maillardi), endémique et dernier rapace nicheur de La Réunion (océan Indien), est actuellement classé « en danger » (EN) sur la Liste rouge de l'UICN. Des préoccupations ont récemment émergé concernant les impacts démographiques de l'empoisonnement secondaire dû aux rodenticides anticoagulants utilisés pour le contrôle des rats dans les paysages agricoles. S'ajoutent à cela d'autres menaces telles que la perte et la fragmentation de l'habitat, ainsi qu'une diversité génétique réduite. Nous avons analysé les données de trois recensements standardisés de la reproduction à l'échelle de l'île (1998-2000, 2009-2010, 2017-2019), comprenant 355 points d'échantillonnage et totalisant environ 1 500 heures d'observations, afin de quantifier les tendances démographiques globales et leurs variations spatiales. En utilisant des modèles mixtes additifs généralisés (GAMM) tenant compte de la variation spatiale dans les différents protocoles de recensement, nous avons estimé une diminution significative de -46 % (IC à 95 % : -61 % à -28 %) de l'abondance relative des couples nicheurs à l'échelle de l'île sur 21 ans (soit l'équivalent de trois générations), qui conforte son statut actuel d'espèce en danger (EN). Le déclin est plus prononcé dans la partie orientale de l'île (-56 %, IC à 95 % : -69 % à -40 %) par rapport à la partie occidentale (-29 %, IC à 95 % : -52 % à +0,3 %). Combinés aux travaux antérieurs sur la consanguinité, la charge mutationnelle, l'exposition aux rodenticides anticoagulants et les menaces persistantes (changements d'habitat), ces résultats suggèrent que cette population de busards subit un vortex d'extinction qui nécessite des actions de conservation immédiates, ciblées et spatialement explicites. Nous recommandons également que la taille de la population continue d'être surveillée et que les connaissances sur les paramètres démographiques soient améliorées pour guider une gestion adaptative de l'espèce
Construire une méthode complète et efficiente pour encadrer la gestion de projets et accélérer la conception et la mise sur le marché de nouvelles solutions de capteurs low-tech pour l’agriculture
No full textThis thesis presents the work carried out during a six-month final-year engineering internship at FURGO, a start-up specialized in the development and interoperability of connected sensors for agriculture. It first introduces the company and the agricultural IoT sector, before outlining the internship’s research question and the methods implemented to address it. The study focuses on analyzing FURGO’s R&D performance from both budgetary and time perspectives, and presents tools specifically designed to improve it. These tools were built from scratch to serve as a methodological framework for R&D project management and monitoring at FURGO. This framework provides significant added value for the company in its efforts to optimize R&D, while being designed to remain flexible and easily adaptable should FURGO wish to make further adjustments. The thesis then tests these tools against real company projects in order to assess their relevance to the initial objectives and to identify possible improvements for future iterations. The final discussion reflects on the limitations of this work in light of FURGO’s context and ongoing evolution.Ce mémoire présente des travaux réalisés pendant un stage de fin d’études niveau ingénieur de 6 mois chez FURGO, une start-up spécialisée dans la fabrication et l’interopérabilité de capteurs connectés pour l’agriculture. Il présente le contexte de l’entreprise et du secteur de l’IoT agricole, avant de dérouler la problématique du stage et les moyens mis en place pour y répondre. Le sujet s’attache à l’étude de la performance R&D de FURGO, en fait son analyse sur les plans budgétaire et temporel et présente les outils conçus pour l’améliorer. Ces derniers ont été construits de zéro, pour servir de cadre méthodologique à la gestion et au suivi de projet R&D dans l’entreprise. Ce cadre apporte une valeur ajoutée importante pour cette dernière qui cherche à optimiser sa R&D, et il est conçu pour rester flexible et facilement améliorable si l’équipe souhaite y apporter des modifications. Le mémoire confronte enfin ces outils avec des projets réels de l’entreprise pour vérifier leur adéquation avec la demande initiale et trouver des suggestions d’amélioration pour les faire évoluer par la suite. La discussion finale prend en compte les limites de ce travail selon le contexte et l’évolution de FURGO
Anticiper et préparer les territoires au risque de rupture alimentaire par le jeu sérieux
No full textNational audienceThe purpose of this proposal is to present the design and experimentation of a serious game in a research-action project, the ATLASS 2 project ("Territorial Action for Food Solidarity and Sustainability"). More specifically, the aim is to discuss the relevance of the serious game as a tool for raising awareness and mobilizing the various food system stakeholders to plan collective actions that will enhance the food resilience of their territory.La présente proposition vise à présenter la conception et l’expérimentation d’un jeu sérieux dans le cadre du projet de recherche-action ATLASS 2 (Action territoriale pour l’alimentation solidaire et soutenable). Plus spécifiquement, il s’agira de discuter de la pertinence du jeu sérieux comme outil de préparation collective face au risque de rupture alimentaire et de son potentiel rôle de déclencheur pour initier des actions renforçant la résilience alimentaire territoriale
Une expérience alimentaire enrichie. Circuits courts et transmission des savoir-faire agricoles dans les montagnes du Guangxi
No full textComplete genome sequences of Plantago lanceolata latent virus isolated from asymptomatic ribwort plantain plants in France, Italy, and Spain
No full textSource Agritrop Cirad (https://agritrop.cirad.fr/615322/)International audiencePlantago lanceolata latent virus (PlLV) that infects ribwort plantain, initially discovered in Finland, is also present in Western Europe. Four complete genome sequences of PlLV from France, Italy, and Spain were obtained that shared 94.17%–97.85% genome-wide pairwise identity with complete genomes of PlLV previously obtained from Finland
Cambodian rice field soils infested by Meloidogyne spp. unveil a potential source of natural pest biocontrol agents
No full textSource Agritrop Cirad (https://agritrop.cirad.fr/615302/)International audienceRice is a key staple crop and economic resource in Cambodia. Yet national yields are below regional averages due to the prevalence of persistent biotic stressors, including the rice root-knot nematode Meloidogyne graminicola. This pathogen is highly prevalent in Cambodian rice cropping systems, where current control measures primarily rely on water management and chemical nematicide treatment approaches that are often environmentally detrimental and unsustainable. Microbial biocontrol agents could offer a promising alternative for long-term nematode suppression. This study focused on soils from 13 rice fields in three Cambodian provinces to assess their suppressiveness against M. graminicola. An in vitro bioassay assessing second-stage juvenile (J2) mobility responses to soil suspensions revealed 30–95 % antagonistic activity. Nematofaunal communities were characterized alongside microbial community profiled using 16S and 18S metabarcoding. Threshold Indicator Taxa ANalysis (TITAN) was conducted to identify taxa associated with suppressive activity. Suppressive soils were found to be enriched with 105 bacterial and fungal taxa overall, along with several site-specific indicator taxa associated with localized antagonistic activity. These included known nematode antagonist taxa such as Saccharopolyspora, Kitasatospora, Lysinibacillus and Mortierella, as well as potential keystone taxa like Ohtaekwangia. Several previously unreported taxa were also associated with nematode inhibition. These findings revealed diverse microbial candidates with potential biocontrol activity against M. graminicola, thereby offering a stepping stone for the development of sustainable microbe-based rice nematode management strategies
Étude microscopique de la distribution bactérienne au cours du temps au sein des turricules de vers de terre
No full textInternational audienceLes déjections des vers de terre, ou turricules, sont des hotspots d’activité microbienne du sol caractérisés par une dynamique très prononcée de la transformation des matières organiques qu’ils renferment. L’objectif de ce travail était de localiser finement les bactéries au sein de ces turricules, par rapport aux différentes matières organiques, au cours de leur vieillissement. Pour ce faire, la conservation de la structure 3D est essentielle. Nous avons testé différents protocoles d’enrobage, d’inclusion ainsi que de marquage des bactéries [1].L’observation au microscope en épifluorescence a permis d’identifier différentes structures dans les turricules, basé sur les autofluorescences de différentes molécules. Une approche par PCR in situ[2] ciblant l’ADN 16S a été développée pour visualiser les bactéries présentes au sein de ces structures. Cette méthodologie a permis également de quantifier les différents signaux tout en les localisant dans le turricule. Ce travail ouvre de nouvelles perspectives notamment pour l’étude des interactions entre espèces microbiennes au sein des turricules
Development, Reproducibility, and Validity of a Semiquantitative Food Frequency Questionnaire for Use among the Adult Population in Reunion Island
No full textInternational audienceTo date, there is no specific food frequency questionnaire (FFQ) to assess dietary habits in any of the French overseas regions. Objectives: This study aimed to describe the development of a culture and context-specific semiquantitative FFQ for use among the adult population in Reunion Island, to assess its reproducibility and its relative validity compared with 24-h dietary recalls (DRs). Methods: The CARI (observatoire des Comportements Alimentaires à la RéunIon) FFQ was adapted from the NutriNet-Santé FFQ, with a revised list of 181 food and beverage items reflecting local dietary practices and nutritional concerns. To assess its reproducibility, the FFQ was administered twice, 4 wk apart, to a purposive sample of 108 adults in Reunion Island. During the same period, participants also completed a weekly DR to evaluate the FFQ's validity. Reproducibility and validity were assessed for 18 food groups, energy, and 38 nutrients using correlations, cross-classification, and weighted κ. Results: Regarding reproducibility, we found a median rank correlation of 0.56 (nutrients) and 0.64 (food groups). Most participants were correctly classified with a median of 78% (nutrients) and 83% (food group), whereas gross misclassification was low (2.8% and 0.9%, respectively). We found a median weighted κ of 0.44 (nutrients) and 0.47 (food groups). Regarding validity, we found a median crude rank correlation of 0.51 (nutrients) and 0.43 (food groups). Most participants were correctly classified with a median agreement of 71% for nutrients and of 68% for food groups, whereas gross misclassification was low (1.9% and 0.9%, respectively). We found a median weighted κ of 0.32 (nutrients) and 0.27 (food groups). Conclusions: The CARI FFQ has a moderate to good level of validity for ranking food and nutrient intakes, and a good level of reproducibility, supporting its use for dietary assessment in Reunion Island
Journées Scientifiques du Département Sciences de la Vie et Santé - AgroParisTech
No full textThe "AgroParisTech Life Science and Health division scientific symposium " took place on April 25 and 26, 2024, on the AgroParistech's Palaiseau campus. This event aimed to present, share, and discuss the current research conducted by the department’s scientific teams. It provided an opportunity for everyone to explore ongoing scientific work in SVS, discuss its connections to current challenges in life sciences and agronomy, and see how this research enriches the courses offered at the institution.Les "Premières Journées Scientifiques du Département des Sciences de la Vie et de la Santé" on eu lieu les 25 et 26 avril 2024 sur le campus de Palaiseau. Cet événement visait à présenter, partager et discuter des recherches actuellement menées par les équipes scientifiques du département. Afin de permettre à tous et toutes de découvrir les travaux en cours des scientifiques de SVS, à discuter des liens avec les enjeux actuels en sciences du vivant et en agronomie, et à voir comment ces recherches enrichissent les enseignements dispensés dans l’établissement