Aperta Turkish Open Archive
Not a member yet
83692 research outputs found
Sort by
İlaç tasarımında yapay sinir ağları potansiyelleri kullanılarak bağlanma/çözünme serbest enerjileri ve diğer fizikokimyasal özellikleri için hesaplama metotlarının geliştirilmesi
No full text<p>İlaç keşfi ve tasarımı, çeşitli hastalıklarla mücadele eden yeni tedavileri tanımlayarak sağlık alanında ilerlemenin önemli bir<br>
rolünü oynamaktadır. Ancak, bu süreç biyolojik sistemlerin karmaşıklığı ve geleneksel laboratuvar yaklaşımlarının yüksek<br>
maliyetleri nedeniyle zorluklarla doludur. Deneylere değerli bilgiler ve tahminler sunarak bu zorlukları hafifleten hesapsal<br>
yöntemler, kimyasal kütüphanelerin hızlıca taranmasına, protein etkileşimlerine ve ilaç-hedef bağlanmasına olanak<br>
tanıyarak ilaç keşfi sürecini hızlandırır. Hesapsal yöntemlerle ilaç tasarımında, aday molekülün hedeflenen biyomoleküle<br>
bağlanma kuvvetinin doğru ve hızlı bir şekilde tahmin edilmesi en önemli sorunlardan bir tanesidir. Bağlanma veya çözünme<br>
serbest enerji hesaplamaları mevcut klasik yöntemlerle tahmin etmek hesapsal doğruluk ve performans açısından oldukça<br>
güçtür. Bu bağlamda, ilaç adayı küçük bir molekülün biyolojik makro molekülle olan etkileşimlerini anlamak ve ilacın<br>
bağlanmasıyla birlikte mikro çevresindeki temel değişimleri tahmin etmek (çözünme ve bağlanma serbest enerji değişimi)<br>
ya performansı yüksek, doğruluğu düşük moleküler mekanik (MM) düzeyde ya da doğruluğu yüksek, performansı düşük<br>
şekilde kuantum mekanik (QM) seviyede modellenerek hesaplanabilmesini (simüle edilebilmesini) içermektedir. Son yıllarda<br>
kimya alanında oldukça fazla uygulama alanı buymaya başlayan makine ögrenmesi ve yapay sinir ağları doğruluk-<br>
performans boşluğunu doldurmada çığır açıcı alternatif bir yöntem olmaktadır.<br>
Önerilen projede en güncel ve yenilikçi araştırma teknikleri olan yapay sinir ağları potansiyelleri (NNP) geliştirilerek, MM ve<br>
mevcut ML potansiyellerdeki eksiklikleri giderilmesi serbest çözünme/bağlanma enerjisi ve diğer fizikokimyasal özelliklerin<br>
hesaplanabilmesi hedeflenmektedir. Proje önerisiyle, ilk defa atomik yüklerin ve elektrostatik/van der Waals etkileşimlerinin<br>
içerildiği, 10 ağır atoma kadar tüm nötral ve iyonların dikkate alındığı, aktif öğrenmeyle geniş bir molekül kütüphanesinin<br>
kullanıldığı yeni nesil yapay sinir ağları potansiyellerinin (NNP) geliştirilecektir. Daha sonra bu potansiyellerden<br>
faydalanarak, dinamik yük değişiminin hesaba katıldığı serbest çözünme/bağlanma enerjisi ve diğer fizikokimyasal özellikler<br>
belirlenecektir.<br>
Proje önerisi kapsamında ilk defa, yaklaşık dört milyon farklı bileşiğin içerildiği bir veri havuzu oluşturulacak, bu havuzdan<br>
etkin şekilde çekilen milyonlarca yapı, wB97X-D3 DFT tek nokta enerji ve kısmi atomik yükler hesaplanarak veri seti<br>
oluşturulacak, güncel ve yenilikçi makine öğrenmesi algoritmalarıyla yeni nesil NNP’ler inşa edilecektir. Geliştirilen bu yeni<br>
nesil NNP’lerle, ilaç keşfinde kritik öneme sahip QM doğruluğunda geometri optimizasyonları, konformer analizi, titreşim<br>
analizleri yüksek performansla elde edilebilecektir. Hesapsal ilaç tasarımında kritik öneme sahip çözünme ve bağlanma<br>
serbest enerjileri, LIE, MMPBSA ve MMGBSA son-durum metotları modifiye edilerek en doğru ve yüksek performansla<br>
hesaplanması mümkün hale gelecektir. Ayrıca bu proje önerisiyle birlikte, ilaç tasarımında önemli diğer fizikokimyasal<br>
özellikler olan pKa ve log(P) değerleri NNP bazlı olarak kapsamlı olarak hesaplanacaktır.<br>
Yürütücüsü olarak her aşamasında yer alacağım proje önerisinde, yeni nesil NNP’lerin geliştirilmesinde ve hesapsal<br>
yöntemlerin uygulanacağı kodların üretilmesinde sahip olduğu bilgi ve deneyim ile University of Basel’den Dr. Omer<br>
TAYFUROĞLU, yine simülasyonların yürütülmesinde ve analizlerinin gerçekleştirilmesinde sahip olduğu deneyim ile<br>
Bahçeşehir Üniversitesi’nden Dr. Ismail EROL projede araştırmacı olarak destek vereceklerdir. Proje yürütücüsü,<br>
araştırmacılar, iki (2) yüksek lisans öğrencisi ve bir (1) doktora öğrencisinden oluşacak araştırma ekibi, planlanan üç iş<br>
paketi ve iş bölümü ile önerilen projenin üç yıl sonunda tamamlanması hedeflenmektedir.<br>
Proje sonuçlarının yüksek etki faktörlü dergilerde bilimsel makaleler ve bildiriler olarak yayınlanması, projenin disiplinler<br>
arası yapısı kapsamında genç araştırmacıların yetiştirilmesi ve lisansüstü tezlerin üretilmesi hedeflenmektedir. Önerilen<br>
proje, 11. Kalkınma Planı kapsamında 24, 62, 355, 364 ve 416 maddelerinde biyoteknoloji alanında stratejik hedeflere katkı<br>
sunması beklenmektedir. Ayrıca yine bu kalkınma planı kapsamında 85, 206, 278, 283, 355 maddelerinde yenilikçi dijital<br>
teknolojiler alanında stratejik hedeflere katkı sunması beklenmektedir.</p>
Proaktif Yaklaşım Tabanlı Kavşak Risk Değerlendirme Sisteminin Geliştirilmesi - İHA Video Bölüm 2
No full text<p>İnsansız Hava Aracı (İHA) ile kaydedilmiş ve farklı sürelerdeki trafik akış videolarını içermektedir. İHA’ya ait teknik ve operasyonel detaylara '.srt' uzantılı dosya üzerinden ulaşılabilir. Videolar, 123M640 numaralı TÜBİTAK 1005 programı kapsamında yürütülen 'Proaktif Yaklaşım Tabanlı Kavşak Risk Değerlendirme Sisteminin Geliştirilmesi' adlı proje çerçevesinde elde edilmiştir. Görüntülere ilişkin önemli bilgiler MetaTablo dosyasında yer almaktadır.</p>
Performance Evaluation of Photovoltaic Panels in Extreme Environments: A Machine Learning Approach on Horseshoe Island, Antarctica
No full text<p>Due to the supply problems of fossil-based energy sources, the tendency towards alternative energy sources is relatively high. For this reason, the use of solar energy systems is increasing today. This study combines experimental data and machine learning algorithms to evaluate the energy performance of four different photovoltaic (PV) panel designs (monocrystalline, polycrystalline, flexible, and transparent) under harsh environmental conditions on Horseshoe Island (Antarctica). In this research, the effects of environmental factors, such as solar radiation, temperature, humidity, and wind speed, on the panels were analyzed. Electrical power output of the PV panels are analyzed using six machine learning models. Random forest (RF) and CatBoost (CB) models showed the highest accuracy and reliability among these models. According to the experimental results, Monocrystalline PV provided the highest electrical power (20.5 Watts on average), and Flexible PV provided the highest energy efficiency (19.67%). However, Flexible PV was observed to have higher surface temperatures compared to the other panel types. Furthermore, using Monocrystalline PV resulted in an average reduction of 4.1 tons of CO<sub>2</sub> emissions per year, demonstrating the positive environmental impact of renewable energy systems. Thanks to this study, renewable energy research for temporary stations in Antarctica will focus on explainable and interpretable artificial intelligence models that will provide an understanding of the factors affecting the energy performance of PV panels. The research results will be an important guide for optimizing energy consumption, management, and demand forecasting in temporary research stations in Antarctica.</p>This dataset consists of experimental data obtained from the TAE-8 Antarctic expedition. This dataset is not a raw dataset organized into 30-minute intervals. The artificial intelligence modeling part of your work was performed using this dataset
HORIZON EUROPE RIA PROJECT - CULTURATI_Deliverable D6.10 Policy Brief 3
No full text<p><span lang="TR">This deliverable addresses</span><span lang="TR"> the need for clear, evidence-based guidance for policy- and decision-makers in the cultural and creative industries (CCIs) on the responsible use of AI and digital technologies. Policy Brief 3 focuses on challenges related to AI-generated and co-created content, including intellectual property, copyright, and ethical considerations. It translates research findings into practical recommendations that support informed, future-oriented policy development.</span></p>
Proaktif Yaklaşım Tabanlı Kavşak Risk Değerlendirme Sisteminin Geliştirilmesi - İHA Video Bölüm 4
No full text<p>İnsansız Hava Aracı (İHA) ile kaydedilmiş ve farklı sürelerdeki trafik akış videolarını içermektedir. İHA’ya ait teknik ve operasyonel detaylara '.srt' uzantılı dosya üzerinden ulaşılabilir. Videolar, 123M640 numaralı TÜBİTAK 1005 programı kapsamında yürütülen 'Proaktif Yaklaşım Tabanlı Kavşak Risk Değerlendirme Sisteminin Geliştirilmesi' adlı proje çerçevesinde elde edilmiştir. Görüntülere ilişkin önemli bilgiler MetaTablo dosyasında yer almaktadır.</p>
Blinking without eyelids: First video-documented evidence of a blink-like reflex in Ophisops elegans (Reptilia: Lacertidae)
No full textSarcopenia in atrial fibrillation: a prospective study_Supplementary methods, figures and tables
No full text<p><strong>Background/Aim:</strong> The link between atrial fibrillation (AF) and lean body mass is unclear. In this study, the effects of AF on sarcopenia indices including ultrasonographic muscle architecture are presented.</p>
<p><strong>Materials and methods:</strong> In this study conducted in neurology units, 72 subjects with AF (mean age:71±11years, 49% female) were compared with 538 without AF (mean age:66±12years; 53% female) in terms of sarcopenia indices [anthropometry; short physical performance battery (SPPB); hand grip strength (HGS); bioimpedance analysis (BIA) indices (Skeletal muscle mass index (SMMI) normalized to weight, height and body-mass index (BMI) and phase angle-PhA)]; muscle ultrasonography [thickness, cross-section area (CSA), fiber length (fL) and pennation angle (PeA) of rectus femoris (RF), biceps brachi (BB), vastus lateralis (VL), vastus intermedius (VIM) and gastrocnemius medialis (GCM)]; possible causes of sarcopenia such as malnutrition; and consequences of sarcopenia [fall, fatigue, sarcopenia-related quality of life scale (SarQol)] along with sarcopenia screening (SARC-F).Possible associations were tested in multiple exploratory linear models and partial r(pr) ve p were reported.</p>
<p><strong>Results: </strong>Participants with AF exhibited significantly higher SARC-F and SarQol scores. In multivariable models adjusted for age, sex, height and body weight, AF was independently linked to lower mean and maximum HGS (pr=-0.137, p=0.014; pr=-0.130, p=0.02), reduced PhA (pr=-0.193, p<0.001), decreased RF thickness (pr=-0.120; p=0.004), and diminished RF+VIM thickness (pr=-0.098; p=0.019). Additional muscle ultrasound parameters including BB-CSA, RF-CSA, BB-brachialis thickness, VL fL and PeA and BIA-indices including SMMI(height), SMMI(weight), SMMI(BMI) tended to be lower in AF.</p>
<p><strong>Conclusion:</strong> AF is linked to impaired muscle health and reduced quality of life. Management should include thigh muscle ultrasound and strategies to prevent malnutrition.</p>
FreeSolv_Isole_NNP
No full text<p>Esma Mutlu, Gebze Teknik Üniversitesi Kimya Doktora öğrencisi ve TÜBİTAK 1001 projesinde proje asistanı olup hesaplamalı kimya, yapay zekâ tabanlı nöral ağ potansiyelleri ve moleküler modelleme üzerine çalışmaktadır.</p>
DIŞA AÇIK EKONOMİLERDE SÜRDÜRÜLEBİLİR DENGESİZLİK: JONGLÖR DENGE MODELİ VE TÜRKİYE ÖRNEĞİ
No full text<p>Geleneksel Walrasgil Genel Denge Teorisi, piyasaların dışsal müdahaleler olmaksızın, bir <br>bilyenin çukurun dibinde durması gibi statik bir denge noktasına (static equilibrium) <br>yakınsayacağını varsayar. Ancak sermaye hareketlerinin serbest olduğu gelişmekte olan <br>ekonomilerde "denge", durağan bir hal değil; sürekli enerji harcanarak yerçekimine karşı <br>koyulan dinamik bir "eylem"dir. Bu çalışma, makroekonomik istikrarı, bir jonglörün topları <br>havada çevirmesine benzeten **"Jonglör Denge Modeli"**ni önermektedir. Modelde denge, <br>piyasanın doğal huzur hali değil; yönetimin (Jonglörün) sürekli müdahaleleriyle sağlanan <br>"yönetilebilir bir dengesizlik" (sustainable disequilibrium) halidir. Çalışma, 1989-2026 <br>dönemi Türkiye ekonomisi verileriyle; krizlerin anlık şoklardan ziyade, jonglörün "enerjisinin" <br>(rezervlerin) tükenmesi ve elleri arasındaki senkronizasyonun (Sağ El: Maliye, Sol El: Para <br>Politikası) bozulması sonucu, topların yerçekimine yenik düşmesiyle oluştuğunu ortaya <br>koymaktadır. </p>
Ceviz (Juglans regia)'de Antraknoz (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığına Dayanıklılık Genleri ile İlişkili SNP Markörlerinin Exom Capture Array ve GWAS Yolu ile Geliştirilmesi
No full text<p>Ceviz (<em>Juglans regia</em>) exom sekanslama verisi.</p>