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Escobase
No full textCompiling the Escobase (EScherichia COli dataBASE) was part of Lucile Martin's Internship for her MSc-1 at the University of Clermont-Auvergne, who PS supervised from May-August 2023.
The E. coli genomes were downloaded or assembled with SPADES (when only reads were present), and after examination of the metadata to select only the genomes of isolates from cattle, the Escobase was put together. We compared the predicted ORFs (identified with Prodigal) of all genomes to the virulence factor database (VFdb), the ResFinder AMR database, and a custom-made database using genes which have been shown to contribute to bacterial acid resistance (AcR_AA_nr_latest30Dec2024.faa )
Plan de Gestion de Données plateforme Silvatech V2
No full textPlan de Gestion de données de la plateforme INRAE Silvatec
Dataset (Air Contamination and Mass Fractionation Correction in Groundwater from a Hydrocarbon System)
No full textDataset for the manuscript submitted to the AGU Journal - Geochemistry, Geophysics, Geosystems - (G-Cubed):
(Air Contamination and Mass Fractionation Correction in Groundwater from a Hydrocarbon System)
[Paper # 2025GC012673]) November 2025 - 2nd revision
Authors:
S. Diniz (1), A. Battani (1), J. Scott (2), G. Galliero (1) , S. Gillfillan (3) and M. Pujol (2)
(1) Université de Pau et des Pays de l’Adour, Laboratoire des Fluides Complexes et leurs Réservoirs (LFCR), E2S UPPA, CNRS, 64000, Pau, France.
(2) TotalEnergies, Centre Scientifique et Technique Jean Féger (CSTJF), 64000, Pau, France
(3) School of GeoSciences, The University of Edinburgh, Grant Institute, James Hutton Road, Edinburgh, EH9 3FE, U
Forêt Quatre Montagnes (dendrological and airborne laser scanning mesures on 96 forest plots, 2011 and 2021)
No full textThe dataset contains measures on 96 forests plots of 15 m radius located in the Quatre Montagnes area, Vercors mountain range, French Alps.
Data consists in field measurements and airborne laser scanning data. Both types of data are available for two acquisition periods: 2011-2012 and 2021-2022.
Full data description is available at :
https://forge.inrae.fr/lessem/database/foret-4-montagnes.
Provided files are:
plot data : "db_plots_4_montagnes.csv"
tree level data : "db_trees_4_montagnes.csv"
first ALS campaign report : "201X_9086_Rapport lidar.pdf" (french)
ALS point clouds extracted on the field plots, in copc LAZ format: one folder for each flight campaign, files are named after "plot_id.copc.laz"
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Indicateurs des séries par horizons temporels issus des projections hydrologiques Explore2 pour le modèle GRSD sous RCP 4.5
No full textIndicateurs des séries par horizons temporels issus des débits journaliers simulés par le modèle hydrologique GRSD pour l'ensemble des projections climatiques Explore2 sous RCP 4.5. Ces fichiers résultent de l'agrégation temporelle des simulations hydrologiques sous runs historiques (avant 2005) et des projections hydrologiques (post 2005), fichiers NetCDF disponibles au téléchargement dans la collection Explore2 - Projections hydrologiques.
Ce dépôt regroupe un tableau par indicateur et chaîne de simulation, c'est-à-dire, scénario d'émission RCP, couple GCM/RCM, correction de biais BC et modèle hydrologique HM. Ces données sont brutes et contiennent donc des chaînes de projections jugées aberrantes / horsains qu'il est possible de filtrer grâce à des métadonnées supplémentaires. Pour des raisons techniques, ces indicateurs sont regroupés par dossiers compressés selon les différentes phases du régime hydrologique.
La description des chaines de modélisation du climat et celle des modèles hydrologiques sont, respectivement, disponibles dans le rapport https://doi.org/10.57745/PUR7ML et dans les annexes du rapport https://doi.org/10.57745/S6PQXD. Retrouvez le diagnostic des modèles hydrologiques résumé à l'échelle des régions hydrologiques dans les fiches téléchargeables ici : https://doi.org/10.57745/DMFUXW.
Métadonnées supplémentaires : Récapitulatif de l'ensemble des indicateurs hydrologiques : https://doi.org/10.57745/JVNHQL Récapitulatif de l'ensemble des chaînes de simulation : https://doi.org/10.57745/R6HG5X Description de l'ensemble des points de simulation : https://doi.org/10.57745/UTKWR5 Liste des chaînes de modélisation jugées aberrantes / horsains : https://doi.org/10.57745/YZNENQ Récapitulatif des années pivots utilisées pour la TRACC : https://doi.org/10.57745/DCOQM6
Décomposition des chaînes de caractères formant le nom des fichiers parquet, séparées par des "_" : {1} Indicateur : Le nom de l’indicateur, du type de statistique calculée {2} Échantillonnage : Échantillonnage temporel sur laquelle est calculé l’indicateur → {1}_{2} Variable : Variable résultante d'un indicateur temporellement contextualisé {3} HX : Horizon futur (H[123]) → {1}_{2}_{3} Série : Série d'une variable pour un horizon temporel, défini dans le récapitulatif des indicateurs hydrologiques {4} EXP : Identifiant de l’expérience historique (post 2005) ou future (post 2005) {5} GCM : Identifiant du GCM forçeur {6} RCM : Identifiant du RCM {7} BC : Identifiant de la méthode de correction de biais statistique {8} HM : Identifiant du modèle hydrologique {9} Futur : Période futur (fut-YYYYMMDD-YYYYMMDD)
Les colonnes des fichiers parquet sont : EXP : Voir ci-dessus GCM : Voir ci-dessus RCM : Voir ci-dessus BC : Voir ci-dessus HM : Voir ci-dessus code : Code à 10 caractères du point de simulation fourni dans la description des points de simulation date : (optionnelle) Date associée à l'agrégation (plus d'information dans les métadonnées de variable) *Série* : Voir ci-dessus
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Microstructure optimization by combinatorial approach applied to Duplex Medium Manganese steels
No full textThe aim of the study was to introduce a combinatorial approach to optimize the microstructure of duplex medium-manganese (Mn) steels using in situ high-energy X-ray diffraction (HEXRD) during intercritical annealing. A controlled temperature gradient (680–720 °C) was applied across a single sample, allowing real-time monitoring of phase transformations over a broad thermal range in one single experiment. The present dataset was obtained during in situ High Energy X-Ray Diffraction experiments performed at the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF) at ID31 beamline during two sessions of experiments: February 2024 and July 2024
Indicateurs des changements par horizons temporels issus des projections hydrologiques Explore2 pour le modèle MORDOR-SD sous RCP 2.6 (référence 1976-2005)
No full textIndicateurs des changements par horizons temporels issus des débits journaliers simulés par le modèle hydrologique MORDOR-SD pour l'ensemble des projections climatiques Explore2 sous RCP 2.6. Ces fichiers résultent de l'agrégation temporelle des simulations hydrologiques sous runs historiques (avant 2005) et des projections hydrologiques (post 2005), fichiers NetCDF disponibles au téléchargement dans la collection Explore2 - Projections hydrologiques.
Ce dépôt regroupe un tableau par indicateur, horizon temporel et chaîne de simulation, c'est-à-dire, scénario d'émission RCP, couple GCM/RCM, correction de biais BC et modèle hydrologique HM. Ces données sont brutes et contiennent donc des chaînes de projections jugées aberrantes / horsains qu'il est possible de filtrer grâce à des métadonnées supplémentaires. Pour des raisons techniques, ces indicateurs sont regroupés par dossiers compressés selon les différentes phases du régime hydrologique.
La description des chaines de modélisation du climat et celle des modèles hydrologiques sont, respectivement, disponibles dans le rapport https://doi.org/10.57745/PUR7ML et dans les annexes du rapport https://doi.org/10.57745/S6PQXD. Retrouvez le diagnostic des modèles hydrologiques résumé à l'échelle des régions hydrologiques dans les fiches téléchargeables ici : https://doi.org/10.57745/DMFUXW.
Métadonnées supplémentaires : Récapitulatif de l'ensemble des indicateurs hydrologiques : https://doi.org/10.57745/JVNHQL Récapitulatif de l'ensemble des chaînes de simulation : https://doi.org/10.57745/R6HG5X Description de l'ensemble des points de simulation : https://doi.org/10.57745/UTKWR5 Liste des chaînes de modélisation jugées aberrantes / horsains : https://doi.org/10.57745/YZNENQ Récapitulatif des années pivots utilisées pour la TRACC : https://doi.org/10.57745/DCOQM6
Décomposition des chaînes de caractères formant le nom des fichiers parquet, séparées par des "_" : {1} Indicateur : Le nom de l’indicateur, du type de statistique calculée {2} Échantillonnage : Échantillonnage temporel sur laquelle est calculé l’indicateur → {1}_{2} Variable : Variable résultante d'un indicateur temporellement contextualisé {3} HX : Horizon futur (H[123]) → {1}_{2}_{3} Changement : Changement d'une variable pour un horizon temporel par rapport à une période de référence, défini dans le récapitulatif des indicateurs hydrologiques {4} EXP : Identifiant de l’expérience historique (post 2005) ou future (post 2005) {5} GCM : Identifiant du GCM forçeur {6} RCM : Identifiant du RCM {7} BC : Identifiant de la méthode de correction de biais statistique {8} HM : Identifiant du modèle hydrologique {9} Référence : Période de référence (ref-YYYYMMDD-YYYYMMDD) {10} Futur : Période futur (fut-YYYYMMDD-YYYYMMDD)
Les colonnes des fichiers parquet sont : EXP : Voir ci-dessus GCM : Voir ci-dessus RCM : Voir ci-dessus BC : Voir ci-dessus HM : Voir ci-dessus code : Code à 10 caractères du point de simulation fourni dans la description des points de simulation *Changement* : Voir ci-dessus
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The role of Trees of Fragmenting Granules (TFG) in the formation of the solar supergranulation: a comparison between the MHD simulation and three Hinode observations
No full textWe present an exceptional scientific dataset allowing to investigate the structure and evolution of the interior of the solar supergranulation cells. Trees of Fragmenting Granules (TFG) and associated horizontal flows were evidenced from a 27 H MHD numerical simulation and an 3 sequences from Hinode (JAXA/NASA) observations, respectively of 48 H, 25 H and 24 H duration, at disk centre (2007, 2013 and 2014). The simulation and observations are in agreement and show that the TFG generate horizontal flows (less than 1 km/s) with lifetime of a few hours over a scale of 10 arcsec (the mesogranulation pattern). These flows act on the diffusion of the intra-network magnetic elements. We introduced corks in the flow and they migrate towards the cell boundaries. Hence, the TFG appear as one of the major agent involved in supergranular cell formation and evolution. The dataset contains FITS files for scientific processing; our results are illustrated by associated MP4 movies
ModuloStat
No full textModuloStat is a framework (3D parametric models, electronics and programs) for computer controlled continuous culture of micro-organisms
Indicateurs des séries annuelles issus des projections hydrologiques Explore2 pour le modèle GRSD sous RCP 2.6
No full textIndicateurs des séries annuelles issus des débits journaliers simulés par le modèle hydrologique GRSD pour l'ensemble des projections climatiques Explore2 sous RCP 2.6. Ces fichiers résultent de l'agrégation temporelle des simulations hydrologiques sous runs historiques (avant 2005) et des projections hydrologiques (post 2005), fichiers NetCDF disponibles au téléchargement dans la collection Explore2 - Projections hydrologiques.
Ce dépôt regroupe un tableau par indicateur et chaîne de simulation, c'est-à-dire, scénario d'émission RCP, couple GCM/RCM, correction de biais BC et modèle hydrologique HM. Ces données sont brutes et contiennent donc des chaînes de projections jugées aberrantes / horsains qu'il est possible de filtrer grâce à des métadonnées supplémentaires. Pour des raisons techniques, ces indicateurs sont regroupés par dossiers compressés selon les différentes phases du régime hydrologique.
La description des chaines de modélisation du climat et celle des modèles hydrologiques sont, respectivement, disponibles dans le rapport https://doi.org/10.57745/PUR7ML et dans les annexes du rapport https://doi.org/10.57745/S6PQXD. Retrouvez le diagnostic des modèles hydrologiques résumé à l'échelle des régions hydrologiques dans les fiches téléchargeables ici : https://doi.org/10.57745/DMFUXW.
Métadonnées supplémentaires : Récapitulatif de l'ensemble des indicateurs hydrologiques : https://doi.org/10.57745/JVNHQL Récapitulatif de l'ensemble des chaînes de simulation : https://doi.org/10.57745/R6HG5X Description de l'ensemble des points de simulation : https://doi.org/10.57745/UTKWR5 Liste des chaînes de modélisation jugées aberrantes / horsains : https://doi.org/10.57745/YZNENQ Récapitulatif des années pivots utilisées pour la TRACC : https://doi.org/10.57745/DCOQM6
Décomposition des chaînes de caractères formant le nom des fichiers parquet, séparées par des "_" : {1} Indicateur : Le nom de l’indicateur, du type de statistique calculée {2} Échantillonnage : Échantillonnage temporel sur laquelle est calculé l’indicateur → {1}_{2} Variable : Variable résultante d'un indicateur temporellement contextualisé {3} EXP : Identifiant de l’expérience historique (post 2005) ou future (post 2005) {4} GCM : Identifiant du GCM forçeur {5} RCM : Identifiant du RCM {6} BC : Identifiant de la méthode de correction de biais statistique {7} HM : Identifiant du modèle hydrologique
Les colonnes des fichiers parquet sont : EXP : Voir ci-dessus GCM : Voir ci-dessus RCM : Voir ci-dessus BC : Voir ci-dessus HM : Voir ci-dessus code : Code à 10 caractères du point de simulation fourni dans la description des points de simulation date : Date du début de la période annuelle d'agrégation (i.e. 2042-05-01 indique que l'année hydrologique commence en mai, plus d'information dans les métadonnées de variable) *Variable* : Voir ci-dessus
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