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Evaluation de l'impact d'un changement de protocole de tarissement sur l'utilisation d'antibiotiques en élevage bovin laitier conduit en Agriculture Biologique
No full textFace aux événements sanitaires et politiques durant ces dernières années, l’usage des antibiotiques s’est invité au cœur des débats sociaux et politiques. L’antibiorésistance devient un problème sanitaire mondial qui ne cesse de croître au cours des années. En élevage bovin laitier, les éleveurs utilisent les antibiotiques pour traiter des maladies et parfois de manière systématique notamment lors du processus de tarissement, afin de s’assurer que la vache ne déclenche pas de mammites à l’arrêt de la traite et au cours de la période sèche. Cependant, cette pratique traite toutes les vaches y compris celles considérées comme saines. Des traitements sélectifs au tarissement ont donc été proposés afin de réduire cette consommation d’antibiotiques en ne traitant uniquement que les quartiers ou les animaux infectés, sur la base d’un comptage cellulaire (CL) ou bien d’un California Mastitis Test (CMT). Il a été testé l’effet de ces deux méthodes sur la consommation d’antibiotique à partir des données disponibles sur le troupeau expérimental bovin de l’Institut National de recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) de Mirecourt, et notamment à l’occasion du passage du troupeau à la monotraite. La méthode CMT apparait comme la plus économe en matière d’utilisation d’antibiotique (moins de quartiers traités), en particulier en monotraite, bien que le nombre de vaches recevant de l’antibiotique soit plus important. Ce mode de traitement présente donc des intérêts certains du point de vue de la consommation d’antibiotiques de la limitation de l’antibiorésistance mais également financier pour les éleveurs.
Le jeu de données reprend les données ayant permis de faire ce travail de projection d’utilisation d’antibiotiques en fonction de la méthode de tarissement utilisée
XAS data associated with article "Electronic structure of light-induced nitrosyl linkage isomers revealed by X-ray absorption spectroscopy at Ru L3,2-edges"
No full textThe X-ray absorption spectroscopyc data collected before and after light irradiation allow for examining changes of the electronic and molecular structure of the photoinduced nitrosyl linkage isomers in a ruthenium nitrosyl compound
RPG sol et climat 2015
No full textInformation sur le sol et le climat des parcelles du RPG 2015Ce jeu de données contient, pour chaque parcelle du RPG, identifiée par son identifiant public source IGN : - la commune dans laquelle se situe la majeure partie de sa surface, le département, la région - son altitude (moyenne, min et max), sa pente moyenne et son orientation, source Bd-Alti de l'IGN - les coordonnées et le numéro de maille SAFRAN dont le centroïde est le plus proche de celui de la parcelle, source grille SAFRAN Météo-France - la ou les unités cartographiques de sols dans lesquelles se situent la parcelle, source European Soil Data Base (ESDB) . Ces données visent à faciliter le rapprochement entre les parcelles du RPG, les données climatiques passées ou futures, ainsi que les caractéristiques de sols. <br
Data for Compact Models of GaN-on-Si HEMTs Driven by Wide-Range Current
No full textIn order to create compact models for circuit simulations in LTspice, a characterization protocol was established, as shown in the Characterization_flowchart. This procedure was applied to two different transistors, named TLN2 and GS65030.
This folder is divided into three parts:
01) A flowchart for the procedure of HEMT transistor characterization using a B1505A curve tracer.
02) A dataset containing static (I–V) and dynamic (C–V) measurements for both HEMT transistors TLN2 and GS65030
03) A set of scripts designed to:
- Process measurement data (Id–Vgs, Id–Vds, Id–Vsd)
- Fit mathematical models to the different I–V functions
- Process measurement data (Crss–Vds, Coss–Vds, Ciss–Vds)
- Fit mathematical models to the different C–V functions
- Generate a “.lib” file that allows the component to be reused in LTspice
A file named "README_HEMT_Modeling.txt" is available for further details on the various functions.
All datasets and scripts are fully reusable and are provided to support transparency, reproducibility, and further research. They accompany a journal paper that is currently under preparation
Fied data
No full textField measurement data were collected during the summer of 2022. The first dataset includes 10 plots chosen as representative of local stand diversity.
Measurements such as Diameter at Breast Height (DBH), stem, length, and wood volume for a subset of trees and total plot wood volume were collected to
establish reliable allometric equations for A. mearnsii in Réunion Island (Dalle, 2022).
The second dataset encompasses 100 plots, covering 200-hectare area in "Hauts sous le Vent." A uniform grid of potential plot locations, with a sampling rate of 2 plots per hectare, was defined. Then, 100 locations were randomly selected. Plots are circular, mostly with a 10-meter radius, except for plots 1 and 3 with a 5-meter radius. This dataset encompasses diverse forest attributes, including species, DBH, tree length, health conditions, and environmental factors. The plots exhibit notable variety in species composition, stand types, and densities, ranging from 1 to 229 individuals per plot. Acacia mearnsii stands range in age from one-year young to 20 years, with an average tree diameter of 7.75 cm, ranging from 2.5 cm to 70.5 cm
Seasonal Physico-Chemical and High-Frequency Monitoring of Lake Tignes for Mecanistic Model Calibration and Climate Change Impact Assessment (2022-2023)
No full textThis dataset, collected by CARRTEL-INRAE in collaboration with the municipality of Tignes, is part of a study on climate change impacts on the thermal structure and water quality of Lake Tignes. Monthly physico-chemical measurements (temperature, conductivity, pH, salinity, oxygen concentration, and oxygen saturation) were conducted from May 2022 to March 2023 at the deepest points of the lake's two basins using a KorEXO multi-parameter probe. Additional high-frequency data on temperature, oxygen, and light were gathered at various depths near the outlet sub-basin from May 2022 to September 2023. Laboratory analyses focused on the chemical composition of the water in the euphotic and deeper layers (e.g., nutrients, ions, chlorophylls, and pigments) following standardized protocols. Phytoplankton community counts were also conducted. Lake tributary parameters were measured with a multiparameter probe. Detailed methodology and data descriptions are available in the scientific report: Prospective et effets du changement climatique sur le lac de Tignes (CARRTEL, 2024, ⟨hal-04722121⟩)
Multi-annual spectral data of Chardonnay grapevine leaves
No full textLeaves of Chardonnay vine were collected each September or October from 2020 to 2024 (2020 = 0, 2021 = 1, 2022 = 2, 2023 = 3, 2024 = 4, in the Year column), around the grape harvest period, on the Comité Champagne experimental site in Plumecoq, France. The sampling was carried out in five regions within Plumecoq domain: Garennes = 0, Genetic = 1, la Meule = 2 (in a neighboring plot belonging to a champagne producer), les Bases = 3, Luzerne = 4, and Terroir = 5, in the Zone column.
Five classes of vine leaves are considered: Leafroll = 0, Esca = 1, Jaundice = 2 (both Flavescence dorée and Blackwood), Healthy = 3, and Discoloration = 4 (manganese deficiency, chlorosis, magnesia deficiency, punctate, and bubaline) in the Class column.
Vine classification were performed by experts from Comité Champagne through a prospecting process. Prospection consisted of walking through the vineyard plots to identify these five classes and to mark the plants with different labels. For each vine, we typically collected 16 leaves, with a few exceptions due to insufficient leaf availability. The leaves were selected from two height categories: A = 0 (apical height) and M = 1 (median height) in the Position column.
Once collected in the field, the leaves were quickly transported in plastic bags to the manipulation room, with a semi-controlled acquisition environment to ensure standardized measurement condition, spectra acquisitions being carried out in less than 20 minutes after collection.
Each leaf was placed on a white plate and spectral reflectance data was acquired using a LabSpec® 4i ASD spectrometer and a probe AK100500 with a fixed spot size of 10 mm and operating length of 25.4 cm with an average of 50 individual spectra. The spectral range vary from 350 nm to 2500 nm each 1 nm, columns A to CDS. Note that we first acquired a baseline spectrum on the white plate support before collecting the spectra of the 4 leaves on that plate.<br
Phenotypic analysis of petunia plants exposed to chronic drought throughout more than 25 clonal generations
No full textThis archive reports the data analysis of a 5-year experiment designed to assess whether training petunia plants to drought, through recurrent exposure to water deficit within and across clonal generations (cutting propagation during more than 25 generations), may provide them with transgenerational and adaptive drought memory. The archive contains .xlsx datasets with phenotypic and environmental data, .Rmd scripts for their analysis, and corresponding .html reports
Impact of Transposable Elements in introns on the functional annotation of C. sempervirens genes. GO term enrichment analysis.
No full textWe investigated the impact of TE in genes by comparing their functional annotation with those of the whole Cupressus genome. Among the 42,980 C. sempervirens genes, 18,257 genes are associated with at least one GO term. Among the 18,224 genes with TE in introns, a total of 8,339 genes were associated with at least one GO term. We performed a GO terms enrichment analysis using the topGO R package 2.58.0 with R 4.3.3. We considered the Molecular Function (MF) section of the GO graph structure and we used Fisher's exact statistical test based on gene count to identify the most significant GO terms. GO terms associated with at least 10 genes were kept for the analysis.
In total, 210 GO terms were found significantly more frequent in genes containing TE (pvalue < 0.01)
Données zootechniques de veaux laitiers non destinés au renouvellement
No full textLe projet CASDAR VALOVBIO (Améliorer la VALOrisation des Veaux en BIO : accompagner les éleveurs bio dans la mise en place de systèmes innovants et rémunérateurs pour valoriser les bovins non destinés au renouvellement) est mené par la FNAB (Fédération Nationale d’Agriculture Biologique) entre 2024 et 2027. La première action de ce projet consiste à rassembler les savoirs et les données disponibles sur la valorisation des veaux laitiers surnuméraires afin de créer des références techniques et de pouvoir outiller les conseillers dans l’accompagnement des éleveurs.
Les données collectées et traitées dans le cadre de ce projet concernent des veaux laitiers surnuméraires élevés dans des fermes de l’Ouest (Mayenne, Maine et Loire) et du Nord-Est (Nord, Pas de Calais, Aisne, Ardennes, Vosges). Elles ont été produites dans le cadre de deux études sur la valorisation de veaux laitiers non destinés au renouvellement : VALOMALEBIO (Pays de la Loire - https://www.biopaysdelaloire.fr/valomale-valorisation-des-males-en-agriculture-biologique/) et PREVEAU (Hauts-de-France). Les données de suivi (races, sexe, dates de naissance, sevrage, abattage, pesées, traitements sanitaires, etc.) ont été collectées par les partenaires des projets (réseau CAB - Coordinnation AgroBiologistes des pays de la Loire, CRAPAL - Conservatoire des races animales en Pays de la Loire, Bio en Haut de France) et synthétisées par les animateurs respectifs des groupes VALOMALEBIO et PREVEAU.
D’autre part, 20 entretiens semi-directifs (autorisation Adéquacy 674 – utilisation de Sygade pour la conservation des données d’entretien : enquête n° 1f01f5ac-31eb-6764-a517-5b0e7d56b0d6) ont été réalisés entre avril et mai 2025, auprès de 20 éleveurs valorisant des veaux laitiers en veaux gras ou en bœufs herbagers, en partenariat ou sur la ferme de naissance, en bio ou en conventionnel. 18 d’entre eux appartenaient aux deux groupes susmentionnés (12 en Pays de la Loire, 6 en Hauts de France), complétés par un éleveur des Ardennes et un ingénieur de l’unité de recherche INRAE ASTER à Mirecourt, qui ont transmis les données de leurs fermes. Ces entretiens ont permis de recueillir les pratiques d’élevage et de les associer aux animaux.
Ces bases de données permettent d’établir des liens entre les pratiques d’élevage (choix de races, modes de phase lactée, âge au sevrage, conduite en engraissement) et les performances zootechniques des animaux (croissances, abattages).
Tous les animaux n’ont pas des données complètes :
- Certaines fermes ne pesaient pas leurs animaux : leurs animaux ont seulement des données d’abattage
- Certains animaux n’étaient, à date, pas sevrés, d’autres ont été vendus en veaux gras : ils ont des données de croissance en phase lactée uniquement.
- Certains animaux en engraissement n’étaient pas encore abattus : ils ont des données de croissance en phase lactée et engraissement, mais pas de données d’abattage.
De ce fait, trois typologies ont été établies (phase lactée, engraissement, conduite globale), basées sur les trois bases de données référencées. Afin de garantir l’anonymisation des données, le nom de chaque ferme a été remplacé par un code