eKhSACIR інституційному репозитарії Харківської державної академії культури
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Sak4 of phage HK620 is an SSB-stimulated annealase that is involved in the lytic development of the phage
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Profiling the landscape of transcription, chromatin accessibility and chromosome conformation of cattle, pig, chicken and goat genomes [FAANG pilot project]
No full textFunctional annotation of livestock genomes is a critical and obvious next step to derive maximum benefit for agriculture, animal science, animal welfare and human health. The aim of the Fr-AgENCODE project is to generate multi-species functional genome annotations by applying high-throughput molecular assays on three target tissues/cells relevant to the study of immune and metabolic traits. An extensive collection of stored samples from other tissues is available for further use (FAANG Biosamples ‘FR-AGENCODE’). From each of two males and two females per species (pig, cattle, goat, chicken), strand-oriented RNA-seq and chromatin accessibility ATAC-seq assays were performed on liver tissue and on two T-cell types (CD3+CD4+&CD3+CD8+) sorted from blood (mammals) or spleen (chicken). Chromosome Conformation Capture (in situ Hi-C) was also carried out on liver. Sequencing reads from the 3 assays were processed using standard processing pipelines. While most (50–70%) RNA-seq reads mapped to annotated exons, thousands of novel transcripts and genes were found, including extensions of annotated protein-coding genes and new lncRNAs (see abstract #69857). Consistency of ATAC-seq results was confirmed by the significant proportion of called peaks in promoter regions (36–66%) and by the specific accumulation pattern of peaks around gene starts (TSS) v. gene ends (TTS). Principal Component Analyses for RNA-seq (based on quantified gene expression) and ATAC-seq (based on quantified chromatin accessibility) highlighted clusters characterised by cell type and sex in all species. From Hi-C data, we generated 40kb-resolution interaction maps, profiled a genome-wide Directionality Index and identified from 4,100 (chicken) to 12,100 (pig) topologically-associating do- mains (TADs). Correlations were reported between RNA-seq and ATAC-seq results (see abstract #71581). In summary, we present here an overview of the first multi-species and -tissue annotations of chromatin accessibility and genome architecture related to gene expression for farm animals
Microbiota abnormalities in autism spectrum disorders: a pilot comparison in a cohort of adult patients and healthy controls
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Modélisation des dépôts atmosphériques d’ammoniac dans les territoires à partir de typologies paysagères
No full textNational audienceLes activités agricoles sont les principales sources d'ammoniac (NH3) émis dans l'atmosphère (706 kton/an, CITEPA, 2016). Les fortes concentrations et les taux élevés de dépôts de NH3 sur le sol et la végétation peuvent avoir un impact sur les écosystèmes sensibles situés à proximité des zones d’émissions. La grande variabilité spatiale des flux de NH3 rend difficile la production de cartes de dépôts de NH3 sur des échelles spatiales larges sans utiliser un grand nombre de mesures ou des modèles à haute résolution spatiale. Les impacts environnementaux des flux de NH3 sur les écosystèmes peuvent varier selon le modèle de dispersion, de transfert et de dépôt utilisé. Nous avons comparé un modèle (OPS-ST, Sauter et al., 2015) permettant de simuler les pertes de NH3 à l’échelle locale (paysage de quelques km2 représenté par des mailles de quelques dizaines de mètres de côté) avec un modèle (CHIMERE, Menut et al., 2014) fonctionnant à l'échelle régionale (paysage de quelques milliers de km2 représenté par des mailles de quelques kilomètres de côté). Deux cas d’étude ont été construits pour comparer le comportement des deux modèles : le premier cas était complétement théorique et idéalisé et le second était adapté des typologies paysagères établies sur l’un des territoires mobilisés dans le projet ESCAPADE, le Blavet (2029 km2) en Bretagne, caractérisé par des élevages intensifs (Lazrak et al., 2014). Des scénarios ont été créés pour ces deux cas d’étude en modifiant la résolution spatiale des modèles (i.e. tailles des mailles), les conditions météorologiques, la localisation et l’intensité des émissions par les bâtiments d’élevage, ainsi que les occupations des sols des zones agricoles (e.g. parcelles cultivées) et semi-naturelles (e.g. forêts, prairies permanentes). Les résultats montrent que les dépôts moyens de NH3 simulés par chacun des deux modèles sont relativement similaires pour un scénario donné. En revanche, les différences de structure des deux modèles (i.e. hypothèses, formalismes), de résolution spatiale, de distribution spatiale des émissions et des occupations des sols ont généré des différences importantes dans les prédictions des concentrations et des dépôts spatialisés de NH3. Il en résulte des distributions spatiales des dépassements de charges critiques en NH3 très différentes entre les deux modèles. Ces résultats mettent en évidence de manière quantitative que les modèles régionaux utilisant des mailles de grande taille ne permettent pas de détecter les dépassements de charges critiques en NH3, en particulier dans les territoires avec des hot-spots d’émission de fortes intensités. Une des perspectives est d’intégrer les connaissances acquises avec les modèles fonctionnant à l’échelle locale dans les modèles régionau
Characterization of airflow inside a refrigerated trailer loaded with carcasses
No full textInternational audienceAfter slaughtering, pork carcasses should be cooled down as fast as possible to reach a core temperature of 7°C (recommended value) before transport in order to inhibit the growth of spoilage and pathogen microorganisms. To reach this temperature, carcasses are usually loaded into chiller rooms (15-20 hours) where the rate of cooling is controlled.To reduce the logistic time from slaughter house to cutting plant, a solution is proposed by loading the product into a trailer at core temperatures higher than 7°C. However, we have to asses that such a practice will not lead to a sanitary risk when applied to real scenario.In order to answer this issue, the first step will be to study the airflow characteristics within a trailer filled with pre-chilled pork carcasses. The objective of this study is to investigate experimentally the air velocity distribution in a reduced scale trailer filled with reduced scale carcass models under isothermal conditions. The 215 carcass models were made of polyurethane foam using a mold obtained by 3D printing based on X ray scanner of a real carcass. The Reynold number in the experimental device is the same as in a real trailer (Re∼1.3 x 10(5)). In this way, the airflow is similar to that observed in the real conditions. The velocity measurements have been carried out using 2D-LDV equipment (Laser Droplet Velocimetry) at different points in the symmetry plane of the filled trailer model. Pressure difference between top and bottom of the carcasses has also been measured in the same plane using a manometer.The analysis of the experimental results allows the understanding of the airflow magnitude and direction, thus, high and low velocity zones can be distinguished
Le travail un enjeu majeur pour les transformations et le futur des exploitations laitières
No full textLes 2e. rencontres internationales sur le lait, vecteur de développement sont co-organisées par l'Inra (UMR Inra-Agrocampus Ouest "Science et Technologie du Lait & de l'Œuf), l'IAV Hassan II et le Cirad, en partenariat avec l'IAVFF-AgreeniumInternational audienc
Diachronique des arrangements contractuels dans le marché des céréales du Bassin Parisien
No full textNational audienceL’environnement institutionnel des marchés européens des céréales a évolué très significativement ces deux dernières décennies avec une dérégulation communautaire des marchés agricoles alors que jusqu’au début des années 2000, la Politique Agricole Commune protégeait les agriculteurs européens de la volatilité des marchés des commodités agricoles mondiaux. De nombreux auteurs se sont interrogés sur les effets de ces changements de politiques sur les pratiques de gestion de la mise en marché par les producteurs. Au regard des chocs répercutés le long de la filière blé tendre française, on peut s’interroger sur le rôle du contrat dans l’élaboration des choix de production et de commercialisation des producteurs. Le marché du blé tendre est-il-aussi impersonnel et proche du spot que ce que l’on pourrait croire au vu des volumes produits et échangés ? Les modèles d’analyse économique développés jusqu’ici postulent que les arrangements contractuels s’adaptent de façon fluide aux conditions conjoncturelles et aux des agents. Ils ne prennent pas en compte l’inertie des contrats ainsi que de leur environnement institutionnel et explicitent insuffisamment le rôle des paramètres qualitatifs. Nous proposons une contribution au renouvellement de l’analyse des relations amont-aval en essayant d’amener une perspective moins frustre des marchés de commodités en nous appuyant sur une base de données relative aux transactions effectuées par une coopérative céréalière du Bassin Parisien
Optimal coverage of an emission tax in the presence of monitoring, reporting, and verification costs
No full textJEL : Q58, Q54, Q15 JEL : Q58, Q54, Q15JEL : Q58, Q54, Q15Environmental policies often include exemptions for some firms, e.g. the smallest emitters. This text explores the implications of such exemptions in the case of an emission tax, and in the presence of monitoring, reporting, and verification (MRV) costs. We develop an analytical framework capturing the trade-o between the cost-e ectiveness of a broader tax base, and the savings on MRV costs enabled by a partial coverage. We characterize the optimal threshold below which firms should be exempted. Since determining this threshold is demanding in terms of information regarding firm-level MRV and abatement costs, we propose a simple approximation requiring knowledge of these costs only at the aggregate level. We apply this framework to assess the welfare implications of such an instrument in the case of greenhouse gas emissions from European agriculture. The findings indicate that exempting the smallest emitters may provide significant savings on MRV costs compared to the full coverage, while still incentivizing cost-e ective reductions in emissions
Mensurations, allures, fonction cardiaque : sur quels critères indirects sélectionner pour optimiser la performance en endurance ?
No full textNational audienceThe objective of this study was to determine phenotypic criteria that are both 1 / easily measurable, 2 / associated with endurance performance and 3 / sufficiently inheritable. Between 2011 and 2014, about 1000 endurance horses were examined during 90 to 160 km competitions or the SHF finals in Uzès. For each of the measures characterizing morphology, locomotion and cardiac dimensions, the correlation with the endurance performance indices (IRE) and heritabilities were calculated with the REML method taking into account an animal effect and the fixed effects sex, age, breed and place of measurement. Endurance performance appears to be multifactorial. Many elements of the phenotype are weakly correlated with the indices and each explain a small part of the results in competition. Some (notably the format and stride frequency) have medium to high heritability and can therefore be taken into account in a selection scheme. An "athlete" heart is an inherent characteristic favorable to endurance performance.L’objectif de cette étude était de déterminer des critères du phénotype qui soient à la fois 1/ facilement mesurables, 2/ associés à la performance en endurance et 3/ suffisamment héritables. Entre 2011 et 2014, près de 1000 chevaux d’endurance ont été examinés à l’occasion de regroupements pour des compétitions de 90 à 160 km et lors des finales SHF à Uzès. Pour chacune des mesures caractérisant la morphologie, la locomotion et les dimensions cardiaques, les corrélations avec les indices de performance en endurance (IRE) et les héritabilités des mesures ont été calculées par méthode REML en prenant en compte un effet animal et les effets fixes sexe, âge, race et lieu de mesure. La performance en endurance apparaît comme multifactorielle ; de nombreux éléments du phénotype sont faiblement corrélés aux indices et expliquent chacun une faible part de la performance. Certains (notamment le format et la fréquence de foulée au pas) ont une héritabilité moyenne à forte et peuvent à ce titre être pris en compte dans un schéma de sélection. Un cœur « d’athlète » est une caractéristique héritable favorable à la performance en endurance
Some opportunities and challenges regarding SNP international evaluations
No full textSome opportunities and challenges regarding SNP international evaluations. Interbull Technical Worksho