eKhSACIR інституційному репозитарії Харківської державної академії культури
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CARActérisation Moléculaire de phénomènes Epigénétiques transgénérationneLs chez la caille (CARAMEL)
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Development of a bovine/ovine cytokine 15-plex assay for immunoprofiling of the cellular response in ruminants
No full textInternational audienceEvaluation of the immune status must be assessed in highly controlled conditions to be amenable for reproducibility. Furthermore, whereas the cellular response plays a major role, immunity has been measured for a long time through antibody production. For the purpose of assessing immune cell responsiveness in ruminants, we developed and validated a whole blood assay coupled to a high-throughput multiplex cytokine assay using the Luminex technology. A custom Milliplex assay was developed with MERCKMillipore company for the measurement of 15 bovine/ovine cytokines of both the innate and adaptive immunity, and chemokines. Whole blood samples were collected from 110 dairy cows in an INRA experimental unit, and immediately stimulated during 24 hours with heat-killed bacteria (Escherichia coli, Staphylococcus aureus, and Streptococcus uberis), Toll-like receptor ligands (FSL-1 for TLR2, LPS for TLR4, and Gardiquimod for TLR7-8), or soluble anti-CD3/CD28 monoclonal antibodies. Cytokine secretion was determined and compared with a sample prepared in the same condition but without any stimulant. Using ANOVA and data mining methods (PCA, clustering…), we showed that the protocol is able to detect differences between bacteria, with S. uberis being the most potent to induce a response, compared to S. aureus and E. coli that were distinct but more closely related to each other. Similarly, TLR ligands could be distinguished, and Gardiquimod was significantly different from the MyD88- associated TLR2/4-activating ligands. LPS and E. coli provided very similar response profiles confirming previous data indicating that a large part of the E. coli response is mediated through LPS signaling. A high variability of response was detected amongst cattle suggesting environmental and genetic variations of the cytokine response. Altogether, results indicate that cytokine profiling in cattle is achievable and can be used in further work to delineate more precisely the responsiveness of cattle in various situations, including variability of the genetic background
Unraveling biotic interactions determining soil microbial community assembly and functioning
No full textProd 2019-286e EA SPE BIOmE IPM CNRS INRA AGROSUP DOCTNational audienceMicrobial communities are at the heart of all ecosystems and yet, a sound understanding of the ecological processes governing the assembly of these communities in the environment is missing. To address the role of biotic interactions in assembly and functioning of the soil microbiota, we used a top down manipulation approach based on the removal of various populations in a natural microbial community. Suspensions of the soil microbiota were subjected to various biocidal and filtration treatments before being inoculated into the same sterilized soil. We hypothesized that if biotic interactions are an important shaping force of the microbiota assembly, removal of microbial groups should largely affect the fitness of the remaining ones during soil recolonization. We show that nearly half of the dominant bacterial taxa were subjected to competitive interactions, underlining the importance of biotic interactions in the assembly of microbial community in soil. Moreover, evidence for competitive exclusion between members of Bacillales and Proteobacteriales suggests that potential general rules of microbial community assembly can be identified. Our findings also indicate that effects on biotic interactions results in more prominent changes in activities related to N- than to C-cycling. Such removal approach can provide a new avenue to study microbial interactions in complex ecosystem
Méthodes d'estimation de l'ingestion individuelle d'animaux élevés en groupe
No full textNational audienceMesurer précisément l'ingestion individuelle journalière des animaux est essentiel à de nombreuses questions de recherches. Le challenge est plus difficile à relever pour des animaux élevés en groupe, et plus encore s'ils sont élevés à l'extérieur (parcours, pâturage). L'objectif de ce travail est de faire le bilan des méthodes existantes, de les hiérarchiser en termes de précision, de conditions d'utilisation, de pertinence, de faisabilité, et ceci pour les principaux animaux de rente (bovins, ovins, caprins, équins, porcins, lapins, volailles). Les méthodes existantes ont été développées essentiellement pour les ruminants au pâturage, et depuis plus de 50 ans pour les plus anciennes. Elles se classent en deux grands types: les méthodes directes et les méthodes indirectes. Les méthodes directes sont basées sur des pesées: 1) pesée de l'animal entier avant et après une séquence d'ingestion, avec correction des pertes et prise en compte de la durée effective d'ingestion sur la séquence, 2) pesée d'une partie de l'animal (jabot des volailles, contenu du rumen des ruminants), ou 3) "pesée"du couvert végétal avant et après pâturage, par fauche mécanique. Cette dernière méthode ne permet que la mesure de l'ingestion du groupe, sauf si chaque animal n'a accès qu'à une zone de pâturage. Elle peut être relativement précise pour des couverts homogènes moyennant une forte pression de mesures, notamment post-pâturage. Les méthodes indirectes sont les plus fréquemment utilisées et peuvent être classées en trois sous groupes: 1) par estimation de l'excrétion fécale et de la digestibilité, 2) par l'utilisation combinée d'alcanes internes et externes, et 3} par mesure des composantes du comportement animal. Toutes les méthodes répertoriées sont chronophages, au champ, sur l'animal, et/ou au laboratoire. Seules les méthodes indirectes basées sur l'emploi de marqueurs externes permettent une mesure relativement précise de l'ingestion journalière individuelle (erreur moyenne à l'échelle individuelle de 1 0%). En expérimentation, elles permettent de détecter des écarts d'ingestion de 5 à 10% entre traitements selon la puissance du schéma expérimental, et peuvent donc être considérées comme les méthodes de référence. L'application de ces méthodes de référence, développées sur ruminants et équins, au cas des porcins, lapins et volailles élevés en extérieur peut comporter de sérieuses limites pratiques concernant à la fois la distribution quotidienne des marqueurs et l'échantillonnage individuel des fèces. Cela nécessite dans tous les cas des études de validation en milieu confiné avec contrôle de l'ingestion et variations du régime alimentaire pour étudier notamment la récupération fécale des marqueurs et si besoin la prévision de la digestibilité. Pour les animaux élevés en groupe en bâtiment, dont les aliments sont dans une mangeoire ou une auge, la pesée en continu de la mangeoire couplée à l'identification automatique, via des puces RFID, de l'animal ayant accès à la mangeoire constitue la méthode de référence. Pour être appliquée à tous types de filières, cette méthode nécessite cependant d'importants travaux de développement techniques pour adapter les dispositifs au format et au comportement alimentaire de l'espèce considérée, ainsi que des travaux spécifiques de développement informatique pour traiter les données de façon automatique. Des dispositifs commerciaux existent, mais ne permettent pas toujours l'accès aux données individuelles journalières. Par ailleurs, même s'ils permettent le contrôle des quantités ingérées, voire le rationnement des animaux, nombreux sont les dispositifs qui isolent l'animal mesuré de ses congénères dans un couloir durant le repas. Même si la hiérarchie entre animaux influe probablement l'accès à la mangeoire, les conditions de la mesure ne permettent donc pas totalement l'expression des comportements sociaux observés sur le terrain. Les nombreuses méthodes d'estimation de l'ingestion individuelle des animaux élevés en groupe, sont toutes chronophages, et les méthodes de référence les plus précises sont partiellement invasives du fait de l'administration à l'animal d'un marqueur. Elles ne peuvent être utilisées directement au pâturage sans études préalables de calibration, et toutes ne sont pas transposables aux animaux de petite taille pour d'évidentes raisons pratiques
Towards a genomic evaluation of cheese-making traits including candidate SNP in Montbéliarde cows
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Assimilation of a surprising flavor stimulus to an expected one decoded by MVPA
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Early phloem responses to stolbur phytoplasma infections in tomato reveal changes in the peroxisomal metabolism
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Allelic and haplotypic frequencies of milk protein variants in French bovine breeds
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La thermo-manipulation embryonnaire chez la caille japonaise : de la physiologie à la régulation de l'épigénome
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Beyond species richness and biomass: Impact of selective logging and silvicultural treatments on the functional composition of a neotropical forest
No full textInternational audienceTropical forests harbor the greatest terrestrial biodiversity and provide various ecosystem services. The increase of human activities on these forests, among which logging, makes the conservation of biodiversity and associated services strongly dependent on the sustainability of these activities. However the indicators commonly used to assess the impact of forest exploitation, namely species richness and biomass, provide a limited understanding of their sustainability. Here, we assessed the sustainability of common forest exploitation in the Guiana Shield studying the recovery of two ecosystem services i.e. carbon storage and wood stock, and an ecosystem function i.e. seed dispersal by animals. Specifically, we compared total and commercial biomass, as well as functional composition in seed size of animal-dispersed species in replicated forest plots before and 27 years after exploitation. Species richness is also studied to allow comparison. While species richness was not affected by forest exploitation, total and commercial biomass as well as seed size of animal-dispersed species decreased 27 years after exploitation, similarly to forests affected by hunting. These results show that ecosystem services and function likely did not recover even at the lowest intensity of forest exploitation studied, questioning the sustainability of the most common rotation-cycle duration applied in the tropics