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PARGT: a software tool for predicting antimicrobial resistance in bacteria
No full textWith the ever-increasing availability of whole-genome sequences, machine-learning approaches can be used as an alternative to traditional alignment-based methods for identifying new antimicrobial-resistance genes. Such approaches are especially helpful when pathogens cannot be cultured in the lab. In previous work, we proposed a game-theory-based feature evaluation algorithm. When using the protein characteristics identified by this algorithm, called ‘features’ in machine learning, our model accurately identified antimicrobial resistance (AMR) genes in Gram-negative bacteria. Here we extend our study to Gram-positive bacteria showing that coupling game-theory-identified features with machine learning achieved classification accuracies between 87% and 90% for genes encoding resistance to the antibiotics bacitracin and vancomycin. Importantly, we present a standalone software tool that implements the game-theory algorithm and machine-learning model used in these studies.Published copyChowdhury, A. Sayed, D. R. Call, S. L. Broschat. (2020). PARGT: A software tool for predicting antimicrobial resistance in bacteria. Scientific Reports, Vol. 10, No. 11033. doi:10.1038/s41598-020-67949-9
Guardado de frutas en conserva
No full textEl guardado en conserva hecho en casa puede ser una forma segura y económica de preservar las frutas en casa, pero debe hacerse con cuidado. Incluso los alimentos frescos y bien lavados albergan microorganismos, incluidas bacterias, hongos y moho. Los microorganismos disminuyen la calidad de los alimentos y podrían formar toxinas o venenos bajo ciertas condiciones. Para preservar la comida para almacenamiento a largo plazo, las condiciones deben ser desfavorables para el crecimiento de microorganismos. Cuando las frutas se envasan en conserva, algunos microorganismos se destruyen con el calor; otros sobreviven pero no pueden crecer en los alimentos ácidos ni en frascos sin aire. Estas condiciones también retrasan otros cambios no deseados como la pérdida de vitaminas, color oscurecido y sabores desagradables. Las indicaciones de esta publicación han sido investigadas atentamente para un proceso seguro de conservas en el hogar. Es vital seguir las indicaciones al pie de la letra para asegurar un producto de primera calidad y seguro para el consumo