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Baloo: algebraic lookup arguments
No full textWe present Baloo, a protocol for lookup tables where the prover work is linear on the number of lookups and independent of the table size. Baloo is built over previous lookup arguments, and the framework for SNARKs from Ràfols and Zapico (CRYPTO 21). Our protocol supports commit-and-prove expansions: the prover selects the subtable containing the elements used in the lookup, that is unknown to the verifier, commits to it and later proves its relation with the committed elements. This feature makes Baloo especially suitable for proving input-output relations on hash functions, and in particular to instantiate the Ethereum Virtual Machine (EVM)
Structural variation in 1,019 diverse humans based on long-read sequencing
No full textGenomic structural variants (SVs) contribute substantially to genetic diversity and human diseases1-4, yet remain under-characterized in population-scale cohorts5. Here we conducted long-read sequencing6 in 1,019 humans to construct an intermediate-coverage resource covering 26 populations from the 1000 Genomes Project. Integrating linear and graph genome-based analyses, we uncover over 100,000 sequence-resolved biallelic SVs and we genotype 300,000 multiallelic variable number of tandem repeats7, advancing SV characterization over short-read-based population-scale surveys3,4. We characterize deletions, duplications, insertions and inversions in distinct populations. Long interspersed nuclear element-1 (L1) and SINE-VNTR-Alu (SVA) retrotransposition activities mediate the transduction8,9 of unique sequence stretches in 5' or 3', depending on source mobile element class and locus. SV breakpoint analyses point to a spectrum of homology-mediated processes contributing to SV formation and recurrent deletion events. Our open-access resource underscores the value of long-read sequencing in advancing SV characterization and enables guiding variant prioritization in patient genomes.We thank all participants of the 1000 Genomes Project, without whom this project would not have been possible. We thank M. Zody, X. Zhao and other members of the HGSVC for valuable feedback, P. Ebert for assistance with data management, and J. Charest and the Vienna BioCenter Core Facilities for assistance with long-read DNA sequencing. We thank P. Contzen for preparing DNA for long-read sequencing of rare disease samples. We thank L. Vissers and A. Hoischen for generously allowing us to use published patient data and providing oversight for their interpretation. Moreover, we acknowledge the EMBL IT services, the Centre for Information and Media Technology at Heinrich Heine University Düsseldorf, the IT services at the IMP, as well as the CRG Core Technologies Programme for providing resources for data processing and analysis. Finally, we thank members of the International Genome Sample Resource (IGSR) for assistance with providing the open data releases for this study. Funding for sequence data production was provided by the MARVL initiative, a collaboration between the IMP, BI X and Boehringer Ingelheim. Additional funding came from the following sources: National Institutes of Health (NIH) (to J.O.K., T.M., grant no. U24HG007497), the Ministry of Culture and Science of the State of North Rhine-Westphalia (to T.M., grant no. PROFILNRW-2020-107-A), the German Research Foundation (to T.M., grant no. 525152594) and the GraphGenomes project funded by the BMBF (to T.M., grant no. 031L0184A, and J.O.K., grant no. 031L0184C). W.H. received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Skłodowska-Curie grant agreement no. 101150006. B.R.-M. was supported by a Bridging Excellence Fellowship provided by the Life Science Alliance. The project also received the support of a fellowship from the ‘la Caixa’ Foundation (ID 100010434), with fellowship code ‘LCF/BQ/DI24/12070028’ (to J.E.S.-F.). Additional funding came from the EU Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Skłodowska-Curie grant agreement no. 713673. We acknowledge support of the Spanish Ministry of Science and Innovation through the Centro de Excelencia Severo Ochoa (grant no. CEX2020-001049-S, MCIN/AEI /10.13039/501100011033), and the Generalitat de Catalunya through the CERCA programme. We received support with data management from the EMBL throughout this project. We thank the DFG Research Infrastructure West German Genome Center (grant no. 407493903) as part of the Next Generation Sequencing Competence Network (project 423957469) for the LRS support
Documento nacional de consenso de monitorización terapéutica de antibióticos y antifúngicos en el paciente pediátrico y neonatal de la Sociedad Española de Farmacia Hospitalaria (SEFH) y la Sociedad Española de Infectología Pediátrica (SEIP)
No full textLa monitorización terapéutica de antibióticos y antifúngicos en el paciente pediátrico basada en parámetros farmacocinéticos y farmacodinámicos, es una estrategia cada vez más utilizada para la optimización del tratamiento de infecciones con el fin de mejorar la eficacia, reducir la aparición de toxicidades y prevenir la selección de resistencias antimicrobianas, especialmente en poblaciones vulnerables como neonatos, pacientes críticos o inmunodeprimidos. En la población neonatal y pediátrica, las infecciones representan un porcentaje elevado de los ingresos hospitalarios, siendo los antimicrobianos los fármacos más utilizados en este grupo poblacional. Sin embargo, establecer los regímenes posológicos óptimos en esta población es complejo, debido a la menor evidencia respecto a la eficacia y seguridad de algunos antimicrobianos, especialmente en los de reciente comercialización que son utilizados habitualmente fuera de ficha técnica y al limitado número de estudios farmacocinéticos y farmacodinámicos disponibles en pediatría. Es bien conocido que el paciente pediátrico se caracteriza por presentar una serie de variaciones de los parámetros farmacocinéticos (como el aclaramiento o el volumen de distribución) debido a los propios cambios madurativos que pueden modificar la exposición a los antimicrobianos y comprometer el éxito del tratamiento. A su vez, es un grupo poblacional más susceptible a presentar potenciales efectos adversos a los fármacos, hecho que conlleva la necesidad de una monitorización más estricta. El objetivo de este documento de consenso, elaborado entre la Sociedad Española de Farmacia Hospitalaria (SEFH) y la Sociedad Española de Infectología Pediátrica (SEIP), es describir la evidencia disponible sobre las indicaciones de la monitorización terapéutica de antibióticos y antifúngicos en pacientes neonatales y pediátricos, y proporcionar recomendaciones prácticas para su monitorización y ajuste de dosis, con el fin de optimizar el tratamiento, maximizando su eficacia y seguridad
Propuesta de traducción al español de una muestra del musical SIX The Musical
No full textTutora: Aida Franch Arnau
Treball de fi de grau en Traducció i InterpretacióLa adaptación musical es una disciplina muy demandada actualmente que supone un reto para todo profesional de la traducción audiovisual. Por ello, ofrezco una muestra de mi trabajo e invito a la adaptación de SIX The Musical para el público español. En este trabajo se presenta una propuesta de traducción de tres canciones del musical SIX The Musical, que llegó a España en abril de 2025: “Ex-Wives”, “All You Wanna Do” y “I Don’t Need Your Love”. La obra es especialmente interesante por su innovadora trama, que gira en torno a reescribir la historia de las seis esposas de Enrique VIII de Inglaterra con un punto de vista de empoderamiento feminista y una estética propia de la cultura pop de los años dos mil.
Junto a las propuestas, hago un análisis de los principales retos que he tenido que sortear para llegar al producto final, que son canciones cantables que trasladan al máximo posible el sentido de las originales, en consonancia con los criterios del “principio de pentatlón” de Peter Low. Como conclusión principal, se extrae la excepcional eficacia de seguir dicho principio y equilibrar los cinco criterios, siendo fieles a la armonía general de las canciones.L'adaptació musical és una disciplina molt sol·licitada actualment que suposa un repte per a tot professional de la traducció audiovisual. És per això que ofereixo una mostra del meu treball i convido a l’adaptació de SIX The Musical pel públic espanyol. En aquest treball es presenta una proposta de traducció de tres cançons del musical SIX The Musical, que va arribar a Espanya l’abril de 2025: “Ex-Wives”, “All You Wanna Do” i “I Don’t Need Your Love”. L’obra és especialment interessant per la seva innovadora trama, que gira al voltant de reescriure la història de les sis dones d’Enric VIII d’Anglaterra amb un punt de vista d’empoderament feminista i una estètica pròpia de la cultura pop dels anys dos mil.
Juntament amb les propostes, faig una anàlisi dels principals reptes que he hagut de sortejar para arribar al producte final, que són cançons cantables que traslladen al màxim possible el sentit de les originals, en consonància amb els criteris del “principi de pentatló” de Peter Low. Com a conclusió principal, s’extrau l’excepcional eficàcia de seguir aquest principi i d’equilibrar els cinc criteris, mantenint-se fidels a l’harmonia general de les cançons.Musical adaptation is, nowadays, a highly demanded discipline that poses a challenge for any professional of audiovisual translation. That is why I offer a sample of my work and I call for the adaptation of SIX The Musical for Spanish audiences. This paper presents a proposal for the translation of three of the songs in SIX The Musical, that arrived in Spain on April 2025: ‘Ex-Wives’, ‘All You Wanna Do’ and ‘I Don’t Need Your Love’. The play is specially interesting for its innovative plot, which revolves around rewriting the story of Henry the VIII’s six wives through feminist empowerment, and along the aesthetics of the 2000’s pop music culture. Alongside the proposals, I have analysed the main challenges that I have had to overcome to reach the final product, which are singable songs that transfer the meaning of the original ones as much as possible, following the criteria of Peter Low’s Pentathlon Principle. The main conclusion drawn is the exceptional effectiveness of following this principle and balancing the five criteria, while remaining faithful to the overall harmony of the song
Cuatro lecturas sobre la relación constitucionalismo-democracia: en defensa de la 'conversación entre iguales'
No full textEn este trabajo examino la vieja tensión entre el constitucionalismo y la democracia, examinando algunas de sus reverberaciones contemporáneas. Exploro, entonces, cuatro lecturas diferentes acerca de cómo re-pensar y resolver esa tensión: 1) contra la democracia; 2) a favor del constitucionalismo (o “por la restauración constitucional”); 3) contra el constitucionalismo, y 4) a favor de la democracia (o “por la restauración democrática”). En el texto, y luego de introducir y comentar críticamente a cada una de estas cuatro alternativas, daré algunas razones para considerar a la última de tales posturas (“por la restauración de la democracia”), como la más plausible, y en línea con lo que denominó “la conversación entre iguales”
Resultados y congreso internacional del proyecto europeo SiforAGE
No full textEste artículo divulgativo presenta los resultados obtenidos durante los cuatro años de desarrollo del proyecto europeo SIforAGE e informa sobre el Congreso Internacional que en el marco del proyecto se organizará en Barcelona en octubre del 2016. El primer apartado introduce la justificación y marco de trabajo en el que se ha desarrollado el proyecto. La segunda sección presenta los resultados del proyecto agrupados en las tres áreas más relevantes en las que se ha centrado: (1) Responsabilidad social de la ciencia en materia de envejecimiento, (2) Elaboración de políticas públicas en materia de envejecimiento basadas en evidencia y (3) Concienciación Social para una "Sociedad de Todas las Edades". En cada una de las áreas se sintetizan las conclusiones más relevantes a las que se ha llegado en el desarrollo del proyecto, así como algunos de los materiales que se han generado y publicado. Finalmente, el tercer punto presenta los aspectos más destacados del Congreso Internacional que se organizará en Barcelona del 19 al 21 de octubre del 2016. Se espera que el evento sirva para cerrar el proyecto y abrir nuevas etapas que nos permitan avanzar hacia un futuro activo y saludable para todas las personas mayores.This informative articlepresents the reults obtained during the four years development of the European Project SIforAGE. It also informs about the International Conference that will be held in Barcelona on October 2016. Section I introduces the justification and framework of the Project. Section II presents the project’s results grouped in the three main areas in which it has focused: (1) social responsibility of research on ageing, (2) evidence-based policy-making on ageing and (3) social awareness as a mean for a “Society for All Ages”. Each of the parts includes the most relevant outcomes of the project as well as some of the materials generated and published within the SIforAGE project. Finally, Section III presents the most outstanding features of the SIforAGE International Conference that will be organised in Barcelona from the 19th to the 21st of October, 2016. The goal is to close the SIforAGE project opening new paths towards the construction of an Active and Healthy future for all the elderly people
Mapping variants in thyroid hormone transporter MCT8 to disease severity by genomic, phenotypic, functional, structural and deep learning integration
No full textPredicting and quantifying phenotypic consequences of genetic variants in rare disorders is a major challenge, particularly pertinent for 'actionable' genes such as thyroid hormone transporter MCT8 (encoded by the X-linked SLC16A2 gene), where loss-of-function (LoF) variants cause a rare neurodevelopmental and (treatable) metabolic disorder in males. The combination of deep phenotyping data with functional and computational tests and with outcomes in population cohorts, enabled us to: (i) identify the genetic aetiology of divergent clinical phenotypes of MCT8 deficiency with genotype-phenotype relationships present across survival and 24 out of 32 disease features; (ii) demonstrate a mild phenocopy in ~400,000 individuals with common genetic variants in MCT8; (iii) assess therapeutic effectiveness, which did not differ among LoF-categories; (iv) advance structural insights in normal and mutated MCT8 by delineating seven critical functional domains; (v) create a pathogenicity-severity MCT8 variant classifier that accurately predicted pathogenicity (AUC:0.91) and severity (AUC:0.86) for 8151 variants. Our information-dense mapping provides a generalizable approach to advance multiple dimensions of rare genetic disorders
Attempts to detect retrotransposition and de novo deletion of Alus and other dispersed repeats at specific loci in the human genome
No full textGood governance and educational outcomes: evidence from the Aspirational Districts Programme in India
No full textTreball fi de màster de: Master's Degree in Specialized Economic Analysis: Economics of Public Policy Program. Curs 2024-2025Tutors: Ada Ferrer-i-Carbonell; Joan LlullWe examine whether India’s Aspirational Districts Programme (ADP), a governance initiative aimed at underdeveloped districts, improved the educational outcomes of rural children. Using a difference-in-differences approach with Propensity Score Matching, we estimate the programme’s causal effect on enrolment, reading, and math proficiency. Our findings indicate that ADP significantly increased school enrolment across age groups but did not improve learning outcomes. Further analysis suggests gains in material conditions may have supported higher enrolment but did not translate into improved household inputs relevant to learning. Moreover, we provide suggestive evidence that a commensurate increase in schooling inputs did not accompany the increase in enrolment.Examinamos si el Programa de Distritos Aspiracionales (ADP) de la India, una iniciativa de gobernanza orientada a distritos subdesarrollados, mejoró los resultados educativos de los estudiantes rurales. Mediante un enfoque de difference-in-differences con Propensity Score Matching, estimamos el efecto causal del programa sobre la matriculación escolar, así como la competencia en lectura y matemáticas. Nuestros resultados indican que, si bien el ADP aumentó significativamente la matriculación escolar en todos los grupos de edad, no mejoró los resultados de aprendizaje. Un análisis adicional sugiere que las mejoras en las condiciones materiales pudieron haber impulsado la matriculación, pero no se tradujeron en mayores aportes educativos en el hogar. Además, ofrecemos evidencia indicativa de que el aumento en la matriculación no fue acompañado por un incremento proporcional en los insumos escolares
Exploring the frontiers of synthetic biology: modelling, characterization, and applications of genetics circuits
No full textEngineering biology requires a clear set of rules that ensure design predictability. However, certain biological processes difficult the application of these rules, impairing prediction. In the first section of this PhD thesis, we addressed this issue by focusing on genetic load as a major source of unpredictability in synthetic biological circuits. We have formulated a mathematical model describing genetic load’s impact on gene expression. Furthermore, the model has been experimentally validated in a series of different scenarios involving genes controlled by different regulatory mechanisms. Experimental validation across the diverse circuits aligns with expected behaviors, providing a foundational framework for synthetic biology advancement.
In the second section, we have explored the use of RNA thermometers to control the expression of DNA recombinases, inducing irreversible DNA modifications. The contributions of promoter strength, temperature, time pulses or spatial distribution on the recombination efficiency of such devices has been assessed. Finally, three applications of this tool have been tested: creating spatial patterns on 2D surfaces, recording temperature gradients on paper strips, and constructing genetic devices for controlled temperature-induced cell lysis.L'aplicació de la enginyeria a la biologia requereix un conjunt de normes que en garanteixin la predictibilitat. Malgrat això, certs processos biològics dificulten la aplicació d’aquestes normes, afectant a la predictibilitat. A la primera part d’aquesta tesi doctoral hem abordat aquest problema focalitzant-nos en la càrrega genètica, una de les principals fonts d’impredictibilitat als circuits genètics a la biologia sintètica. Hem formulat un model matemàtic que descriu els efectes de la càrrega genètica sobre l’expressió genètica. Addicionalment, el model ha sigut validat experimentalment en diferents escenaris compostos per gens controlats per diferents mecanismes de regulació. La validació experimental als diferents escenaris coincideix amb els resultats predits pel model, proporcionant una base per a l’avenç de la biologia sintètica.
A la segona part s’ha explorat l’ús de termòmetres de RNA per al control de l’expressió de recombinases, induint modificacions irreversibles al DNA. S’han caracteritzat les contribucions de la força del promotor, la temperatura, polsos temporals i la distribució espacial en l’eficiència de recombinació. Per acabar s’ha explorat la utilitat d’aquesta nova eina en tres possibles aplicacions: en la creació de patrons espacials en 2D, en el registre de gradients de temperatura sobre tires de paper, i en la creació de dispositius genètics on la lisis cel·lular és controlada per temperatura.Programa de Doctorat en Biomedicin