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Variations sur la configuration de groupe
No full textIn this thesis, we study interpretable groups and fields in various theories of enriched fields,using tools from geometric model theory. The work is divided into the following three parts.The group configuration theorem for generically stable types. Following the proofof the group configuration theorem in the usual stable setting, we generalize it to the caseof generically stable group configurations in arbitrary theories. More explicitly, we show howone can construct a type-definable group (action) from a generically stable sextuple of pointssatisfying the usual algebraicity and independence properties of a group configuration.On groups and fields interpretable in NTP2 fields. We show that, in NTP2 theories ofenriched fields, under mild model-theoretic and algebraic assumptions, any definably amenableinterpretable group admits a definable morphism to an algebraic group with purely imaginarykernel, i.e. that does not admit definable maps to the field sort with infinite image. We deducea structure theorem for interpretable fields, which we instantiate for henselian valued fields ofcharacteristic 0. We also extend these results to NIP (possibly enriched) differential fields, andprove a full classification of interpretable fields for differentially closed valued fields. In passing,we prove that in arbitrary theories, if K and F are definable fields such that the group of affinetransformations F+ ⋊ F × can be definably embedded into an algebraic group over K, then Fadmits a definable field embedding into a finite extension of the field K.On groups and fields definable in D-henselian fields. Finally, we focus on the theoryof D-henselian valued fields with differentially closed residue field and divisible value group,studied by Scanlon and Rideau-Kikuchi. Adapting the proof of Hrushovski’s p-configurationtheorem, we prove that groups definable in the valued field sort with generically stable genericsorthogonal to all differentially algebraic types, admit definable group homomorphisms to alge-braic groups, with kernels of finite rank. We then show that any definable field, in the valuedfield sort, with a generating subring admitting such a generic, is definably isomorphic to thevalued field itself, assuming its Kolchin closure is of infinite rank.Dans cette thèse, nous étudions les groupes et corps interprétables dans diverses théories decorps enrichis, avec des outils de théorie géométrique des modèles. Ce travail est divisé en troisparties.Le théorème de configuration de groupe pour les types génériquement stables.Suivant la preuve classique du théorème de configuration de groupe pour les théories stables,nous le généralisons au cas des configurations de groupe génériquement stables dans des théo-ries quelconques. Il s’agit de construire un groupe type-définissable, ou une action de groupetype-définissable, à partir d’un sextuplet génériquement stable vérifiant les mêmes propriétésd’algébricité et d’indépendance que les configurations de groupe usuelles.Sur les groupes et corps interprétables dans les corps NTP2 . Nous démontrons que,dans les théories NTP2 de corps enrichis, sous des hypothèses modèle-théoriques et algébriquesraisonnables, tout groupe définissablement moyennable admet un morphisme définissable vers ungroupe algébrique de noyau purement imaginaire, i.e. n’admettant pas de fonction définissabled’image infinie vers la sorte corps. Nous déduisons de ce résultat un théorème de structuredes corps interprétables, que nous appliquons au cas particulier des corps valués henséliensde caractéristique nulle. Nous étendons ces résultats aux corps différentiels NIP (possiblementenrichis), et obtenons une classification complète des corps interprétables dans les corps valuésdifférentiellement clos. En cours de route, nous démontrons que, dans toute théorie, si K etF sont des corps définissables tels que le groupe des transformations affines F+ ⋊ F × se plongedéfinissablement dans un groupe algébrique sur K, alors F se plonge définissablement, en tantque corps, dans une extension finie de K.Sur les groupes et corps définissables dans les corps D-henséliens.Pour finir, nous analysons le cas des corps valués D-henséliens, étudiés par Scanlon et Rideau-Kikuchi. En adaptant la preuve du théorème de p-configuration de groupe, nous démontrons que,pour tout groupe définissable dans le corps valué ayant des génériques génériquement stablesorthogonaux aux types différentiellement algébriques, il existe un morphisme définissable vers ungroupe algébrique, dont le noyau est de rang fini. Nous en déduisons que tout corps définissabledans la sorte corps valué, de rang infini, engendré par un sous-anneau ayant un générique commeci-dessus, est définissablement isomorphe au corps valué lui-même
Caractérisation des lymphocytes effecteurs CX3CR1+ et de leur recrutement intestinal au cours de l'infection VIH-1 sous traitement antirétroviral
No full textThe gut is a major site of viral reservoir persistence during HIV-1 infection, which stands as an obstacle toward the reach of HIV remission. This reservoir is associated with an incomplete restoration of T CD4+ lymphocytes locally, a gut-barrier dysfunction, and an increase of bacterial translocation and local inflammation, despite effective prolonged antiretroviral therapy.Effector cellular immune response is crucial for infection control. HIV-1 induces a loss of intestinal resident memory lymphocytes and an increase in blood cells with a gut-tropic recirculating profile. CX3CR1-CX3CL1 axis may be a key to the recruitment of tissular effector cells but seem to be impacted by the chronic HIV-1 infection, even under ART, with an increase of circulating CX3CR1+ cells and an increase in soluble CX3CL1 in the plasma. Here, we aimed to characterize the effector CX3CR1+ cells in both the blood and the gut, search for environmental factors that could modulate this chemotactic axis and assess the impact of this axis modulation in the gut viral reservoir in a cohort of people living with HIV (PLWH) under long term ART.In a first work on γδ Vδ1 T cells, which frequencies were increased in the blood of PLWH, we highlighted the clonal expansion of a highly cytotoxic effector population of Vδ1 expressing CX3CR1 with a recirculating cell-like phenotype. This population correlated with HIV-1 infection reduction in the associated blood or duodenal compartment. We showed that cytomegalovirus (CMV) residual replication during HIV-1 infection was a major trigger for CX3CR1+ CD8 and Vδ1 T cells expansion, but this effect was in an interplay of tissular microbiome changes that were also associated with CMV.In a second work, we showed that CX3CR1+ CD8 T cells were increased in frequency in both the blood and the gut. However, in the colon this increase was associated with a loss of resident memory CX3CR1+ CD8 T cells with higher effector functions. This population was associated with lower viral reservoir, especially for with the fraction expressing CD39. CD8+ CX3CR1+ TRM expressed less exhaustion markers than non-TRM. The increase of CX3CR1+ CD8 T cells in the blood was correlated with CMV IgG index. Ex vivo, HIV-1 and CMV could induce the expression of ADAM10 and ADAM17 metalloproteinases on intestinal epithelial cells. We hypothesize that those metalloproteinases could participate to epithelial cleavage of CX3CL1 and CX3CR1+ CD8 T cells recirculation.L'intestin est le siège d'un réservoir viral majeur au cours de l'infection par le VIH-1, qui constitue un obstacle à l'obtention d'une rémission de l'infection. Ce réservoir est associé à un défaut de restauration de lymphocytes T CD4+ intestinaux, à une dysfonction de la barrière immunitaire intestinale, avec une augmentation des translocations micobiennes et une inflammation locale et systémique persistante, malgré un traitement antirétroviral efficace suivi de façon prolongée.La réponse immunitaire cellulaire effectrice joue un rôle crucial dans le contrôle de l'infection. Il a notamment pu être observé une perte des lymphocytes résidents mémoires (TRM) intestinaux et une augmentation de cellules ayant des marqueurs de tropisme pour l'intestin dans la circulation. L'axe de chimiotactisme CX3CR1-CX3CL1 semble être une voie majeure dans le recrutement de cellules effectrices tissulaires mais semble impacté par l'infection chronique par le VIH-1 même sous traitement, avec une augmentation des cellules circulantes CX3CR1+ et une augmentation de la fraction soluble de CX3CL1 dans le plasma. Dans ce travail, nous avons cherché à caractériser les cellules effectrices exprimant CX3CR1 dans le compartiment sanguin et intestinal, à étudier les facteurs environnementaux pouvant moduler cet axe de chimiotactisme et à évaluer l'impact de la modulation de cet axe sur le réservoir intestinal dans une cohorte de personnes vivant avec le VIH-1 (PvVIH) sous traitement antirétroviral au long cours.Dans un premier travail portant sur les lymphocytes γδ Vδ1 dont la fréquence est augmentée dans le sang des PvVIH, nous avons pu mettre en évidence que cette expansion de lymphocytes Vδ1 se faisait de façon clonale parmi une population particulièrement cytotoxique et exprimant CX3CR1 avec notamment un profil de cellules recirculantes intestinales. Ces lymphocytes Vδ1 CX3CR1+ cytotoxiques étaient corrélés à une moindre fréquence de lymphocytes T CD4+ avec une transcription résiduelle d'ARN VIH-1 dans le compartiment sanguin ou intestinal. Nous avons également pu montrer que la réplication résiduelle du cytomégalovirus (CMV) au cours de l'infection par le VIH-1 participait de façon majeure à l'expansion des populations de lymphocytes T CD8 et Vδ1 exprimant CX3CR1, mais que cet effet était en inter-relation avec les altérations du microbiote intestinal et transloqué.Dans un second travail, nous avons montré que les LT CD8 CX3CR1+ étaient augmentés en fréquence à la fois dans le sang et dans l'intestin. Cependant, dans le colon cette augmentation concernait des LT CD8 CX3CR1+ non-résidents mémoires (TRM) au détriment d'une perte des TRM CD8 CX3CR1+. Les TRM CD8+ CX3CR1+ avaient un profil de cytotoxicité et de production de cytokines pro-inflammatoire élevé et présentaient moins d'expression de marqueurs d'épuisement lymphocytaire que les non-TRM. Les TRM CD8+ CX3CR1+, notamment la population CD39+, étaient associés à un réservoir ADN VIH plus faible dans le colon, La perte des TRM CD8+ CX3CR1+ au profit de non-TRM, moins fonctionnelles, pourrait donc contribuer à la persistance du VIH-1. L'augmentation des LT CD8 CX3CR1+ sanguins était corrélée à l'index sérologique IgG du CMV. Ex-vivo, le VIH-1 et le CMV pouvaient induire l'expression des métalloprotéases ADAM10 et ADAM17 sur les cellules épithéliales intestinales, dont nous faisons l'hypothèse qu'elles pourraient participer au clivage épithélial de CX3CL1 et à un défaut de recrutement des LT CD8 CX3CR1+
Mesures de micro-capteurs en qualité de l'air : calibration statistique et débiaisage de sorties de modèles numériques
No full textThis thesis explores the challenges and prospects associated with the use of low-cost sensors for air quality monitoring, with a focus on two key pollutants : nitrogen dioxide (NO₂) and particulate matter (PM₁₀). It is embedded within the air quality ecosystem of the city of Rouen, through the exploitation and enhancement of data collected at the local scale. The thesis is structured around two main objectives: developing calibration methodologies for low-cost sensors in urban environments to improve the reliability of their measurements, and modeling and estimating the bias present in pollution maps generated by deterministic models. In the first part, several datasets are built and shared, based on air quality measurements taken in Rouen. These datasets are then used to evaluate various pointwise calibration methods for the sensors. A global calibration approach is also proposed, based on Geographically Weighted Regression (GWR). Finally, we discuss the opportunities brought by the rise of mobile low-cost sensors in future calibration strategies. In the second part, we propose two distinct approaches to model the bias in pollution maps derived from deterministic models, by integrating heterogeneous data sources including model outputs, reference stations, and low-cost sensors. We also explore a multi-fidelity data fusion approach aimed at improving pollution maps by combining information from multiple monitoring networks with varying levels of quality and spatial density. Together, these contributions highlight the role of low-cost sensors in modern air quality monitoring systems and explore new methods to ensure their more effective use in urban-scale applications.Cette thèse explore les enjeux et les perspectives liés à l'utilisation des micro-capteurs pour la surveillance de la qualité de l'air, en mettant l'accent sur deux polluants : le dioxyde d'azote (NO₂) et les particules fines (PM₁₀). Elle s'inscrit dans l'écosystème de la qualité de l'air rouennais à travers l'exploitation et la valorisation des données collectées à l'échelle locale. La thèse est structurée autour de deux axes principaux : proposer des méthodologies de calibration des micro-capteurs en zone urbaine afin d'améliorer la fiabilité de leurs mesures, et modéliser et estimer le biais des cartes de pollution issues de modèles déterministes. Dans une première partie, nous constituons et diffusons plusieurs jeux de données construits à partir de mesures effectuées à Rouen. Ensuite, nous proposons plusieurs méthodologies de calibration ponctuelle des capteurs, que nous évaluons à partir de ces données. Une approche de calibration globale est également proposée à travers une régression géographiquement pondérée (GWR). Nous évoquons enfin les perspectives ouvertes par l'essor des micro-capteurs mobiles dans les stratégies de calibration. Dans une seconde partie, nous proposons deux approches distinctes pour modéliser le biais des cartes de pollution issues de modèles déterministes, en fusionnant des données hétérogènes, issues de modèles, de stations de référence et de micro-capteurs. Nous terminons par évoquer l'approche de multi-fidélité permettant d'améliorer les cartes de pollution à partir de plusieurs réseaux de mesures de qualité et de densité différentes. Ces différents aspects mettent en lumière la contribution des micro-capteurs aux réseaux de surveillance de la qualité de l'air, tout en explorant de nouvelles approches pour en garantir un meilleur usage à l'échelle urbaine
Apprentissage machine pour l'hydrodynamique radiative en astrophysique
No full textRadiation hydrodynamics studies the interaction between the motion of a high-temperature hypersonic plasma and the radiation it emits or absorbs. This coupling is central to many astrophysical phenomena, particularly those linked to the processes of accretion and ejection. The HADES code has been developed to model such systems. It provides a realistic model of radiative transport, which is particularly crucial for optically intermediate media. The code HADES couples the hydrodynamic equations with M1-grey or M1-multigroup radiative transfer models. However, radiative hydrodynamics simulations remain extremely costly in terms of computing time, due to two main limitations. Firstly, the M1-multigroup model is based on a closure relation that has no analytic form, requiring costly numerical estimates. Secondly, the Courant-Friedrichs-Lewy condition strongly constrains the explicit schemes used in HADES, imposing very small time steps. In order to overcome these limitations, two complementary strategies based on Artificial Intelligence were developed during the course of this thesis. The first involves training a neural network of the Multi-Layer Perceptron type to approximate the closure relation of the M1-multigroup model. This innovative approach achieves excellent accuracy while reducing the computational cost by a factor 3 000, making it to date the most efficient method known for this type of calculation. This substantial increase in performance has enabled us to carry out simulations of radiative shocks - shock waves in which the radiation directly influences the structure and dynamics of the front - with an unprecedented level of accuracy. In particular, we have been able to quantify the influence of a detailed spectral description of the radiation: the more detailed the description, the more the shock is slowed down, and the larger the size of the radiative precursor. The second approach is based on the use of Physics-Informed Neural Networks to solve the radiative hydrodynamics equations directly and extrapolate the simulations beyond their initial time domain. These networks, which are also based on Multi-Layer Perceptrons, explicitly integrate the physical equations into their cost function, thereby guiding learning towards solutions that are consistent with the fundamental laws of physics. Initial tests, carried out on purely hydrodynamic shock configurations, show that this method can deal effectively with discontinuities and faithfully reconstruct the evolution of the shock at later times. On the other hand, the application to radiative shocks is proving more difficult: the networks are struggling to extrapolate the profiles correctly, due to the high residuals associated with the radiative hydrodynamics equations, which indicates that the physical constraints are not being properly respected. This last phase still requires in-depth investigation in order to understand the origin of these difficulties and to propose appropriate improvement strategies.L'hydrodynamique radiative étudie l'interaction entre le mouvement d'un plasma hypersonique souvent à haute température et le rayonnement qu'il émet ou absorbe. Ce couplage est central dans de nombreux phénomènes astrophysiques, notamment ceux liés aux processus d'accrétion et d'éjection. Pour modéliser de tels systèmes, le code HADES a été développé. Il offre une modélisation réaliste du transport radiatif, particulièrement cruciale pour les milieux optiquement intermédiaires. Le code HADES couple les équations de l'hydrodynamique avec des modèles de transfert radiatif de type M1-gris ou M1-multigroupe. Cependant, les simulations en hydrodynamique radiative demeurent extrêmement coûteuses en temps de calcul, en raison de deux limitations principales. D'une part, le modèle M1-multigroupe repose sur une relation de fermeture qui n'admet pas de forme analytique, ce qui impose des estimations numériques coûteuses. D'autre part, la condition de Courant-Friedrichs-Lewy contraint fortement les schémas explicites utilisés dans HADES, imposant des pas de temps très réduits. Afin de surmonter ces limitations, deux stratégies complémentaires basées sur l'Intelligence Artificielle ont été développées au cours de cette thèse. La première consiste à entraîner un réseau de neurones de type Multi-Layer Perceptron pour approcher la relation de fermeture du modèle M1-multigroupe. Cette approche novatrice atteint une excellente précision tout en réduisant le coût de calcul d'un facteur 3000, faisant d'elle à ce jour la méthode la plus efficace connue pour ce type de calcul. Ce gain substantiel de performance nous a permis de réaliser des simulations de chocs radiatifs, des ondes de choc où le rayonnement influence directement la structure et la dynamique du front, avec un niveau de précision inédit. En particulier, nous avons pu quantifier l'influence d'une description spectrale fine du rayonnement : plus cette description est détaillée, plus le choc est ralenti, et plus la taille du précurseur radiatif augmente. La seconde approche repose sur l'utilisation des Physics-Informed Neural Networks pour résoudre directement les équations de l'hydrodynamique radiative et extrapoler les simulations au-delà de leur domaine temporel initial. Ces réseaux, également basés sur des Multi-Layer Perceptrons, intègrent explicitement les équations physiques dans leur fonction de coût, orientant ainsi l'apprentissage vers des solutions cohérentes avec les lois fondamentales de la physique. Les premiers tests, menés sur des configurations de chocs purement hydrodynamiques, montrent que cette méthode permet de traiter efficacement les discontinuités et de reconstituer fidèlement l'évolution du choc à des temps ultérieurs. En revanche, l'application aux chocs radiatifs s'avère plus délicate : les réseaux peinent à extrapoler correctement les profils, en raison de résidus élevés associés aux équations de l'hydrodynamique radiative, ce qui indique un mauvais respect des contraintes physiques. Cette dernière phase nécessite encore des investigations approfondies afin de comprendre l'origine de ces difficultés et de proposer des stratégies d'amélioration adaptées
Résumé de présentations multimodales avec des modèles de langue
No full textAbstractive summarization of long, multimodal presentations poses unique challenges due to the complexity of integrating diverse modalities (e.g. audio, video, transcript, slides) and synthesizing concise, informative summaries over extended contexts. Recent advancements in language models suggest they are now capable of addressing these challenges, yet comprehensive evaluation for this task remains underexplored.In this thesis, we investigate the ability of multimodal language models to generate abstractive summaries of multimodal presentations, from their modalities, raw and extracted, by leveraging the complementarity and temporal alignment between them.First, we introduce TIB-dataset, a dataset for abstractive summarization of multimodal presentations, as well as its subset TIB-benchmark, targeted towards evaluation.They comprise 9,100+ multimodal presentations from academic conferences with extracted transcripts and key frames, alongside with their reference summaries.Second, we propose the Importance-based Relevance (IbR) score, a reference-free evaluation metric designed to assess the relevance of summaries without reliance on reference summaries, as part of a suite of metrics intended for fine-grained evaluation of abstractive multimodal summarization.Third, we conduct a comprehensive analysis of multimodal language models, comparing their performance across various unimodal and multimodal input settings using audio, video, or derived modalities such as transcripts or slides.Our experiments result in a comparison of cost-effectiveness of these settings, contrasting evaluation scores with token sequence lengths.These contributions provide a foundation for future research on efficient multimodal summarization systems.TIB-dataset, TIB-benchmark, IbR metric and our multimodal representation toolkit are released publicly to foster reproducibility and innovation in this emerging area.Le résumé abstractif de présentations longues et multimodales pose des défis uniques en raison de la complexité émergeant de l'intégration de modalités variées (e.g. audio, vidéo, transcription, diapositives) et la création de résumés concis et informatifs sur de longs contextes.Les avancées récentes dans les modèles de langue suggèrent qu'ils sont désormais capables de relever ces défis, mais une évaluation complète pour cette tâche reste encore insuffisamment explorée.Dans cette thèse, nous étudions les capacités des modèles de langue multimodaux à produire des résumés abstractifs à partir des différentes modalités de présentations multimodales, brutes et extraites, en tirant parti de la complémentarité et de l'alignement temporel entre ces modalités.Tout d'abord, nous introduisons TIB-dataset un jeu de données pour le résumé abstractif de présentations multimodales, ainsi que son sous-ensemble TIB-benchmark, pensé pour l'évaluation.Ils sont constitués de plus de 9100 présentations multimodales issues de conférences académiques, avec des transcriptions et des images clés extraites, accompagnées de leurs résumés de référence.Ensuite, nous proposons le score Importance-based Relevance (IbR), une métrique d'évaluation sans référence conçue pour évaluer la pertinence des résumés sans dépendre de résumés de référence, dans le cadre d'un ensemble de métriques qui a pour but de permettre une évaluation fine du résumé abstractif multimodal.Troisièmement, nous menons une analyse approfondie des modèles de langue multimodaux, comparant leurs performances sous différents formats d'entrée unimodaux et multimodaux utilisant l'audio, la vidéo, ou des modalités dérivées comme les transcriptions ou les diapositives.Nos expériences conduisent à une comparaison du rapport coût-efficacité de ces formats, contrastant les scores d'évaluation avec les longueurs des séquences de tokens.Ces contributions fournissent une base solide pour les recherches futures sur les systèmes de résumé multimodal. TIB-dataset, TIB-benchmark, la métrique IbR ainsi que notre ensemble d'outils pour la représentation multimodale sont publiés librement afin de favoriser la reproductibilité et l'innovation dans ce domaine émergent
Implémentation des outils de prédiction de la perte d'autonomie dans la pratique clinique, programme ICOPE de l'OMS
No full textIntroduction: In the face of ongoing demographic aging, the prevention of dependency is a major public health issue. An individual's intrinsic capacity (IC) evolves throughout their life, and different aging trajectories have been identified. The capacity of the frail elderly person is a priority in preventing functional decline, as frailty is reversible, identifiable through validated tools, and can be addressed with targeted interventions. However, tools for detecting frailty are complex to use in routine clinical practice. To address the issue of dependency prevention, the WHO recommends the use of the ICOPE program, which includes a first step involving easily accessible screening through digital tools, allowing for the monitoring of IC with a positive view of maintaining it and aging in good health. The goal of this thesis work is to study the implementation of this program, its feasibility, levers, target population, and factors influencing adherence, while providing elements for clinical practice.Method: This study uses data from the ICOPE MONITOR database at the Toulouse University Hospital (CHU) since 01/01/2020. The data includes all participants aged 60 and over, independent in their activities of daily living, registered by one of the users of ICOPE MONITOR tools in France. Various descriptive analyses were performed using STATA(r) versions 14.1 and 18.Results: The presented work shows that the ICOPE program is scalable across France. It can be used to monitor the IC of specific populations, such as patients with malignant hematological disorders. Self-assessment is preferentially used by younger and more robust elderly individuals, who are independent in monitoring their IC using digital tools. Healthcare professionals, especially nurses (IDE), play a key role in engaging the most fragile individuals in the program. To streamline resources, after a first altered step, the subsequent part of the program can be prioritized for patients with abnormalities at step 1 in mobility and nutrition.Discussion: This work was conducted using data from the largest ICOPE cohort in France and worldwide and presents actionable results for routine clinical practice by healthcare professionals. It contributes to a pragmatic view of the program's implementation and should continue in parallel with the sustainability of ICOPE in France.)Introduction : face au vieillissement démographique en cours, la prévention de la dépendance est un enjeu de santé public majeur. La capacité intrinsèque (CI) d'un individu évolue tout le long de sa vie et des trajectoires de vieillissement sont identifiées. Celle de la personne âgée fragile est une priorité de la prévention du déclin fonctionnel car la fragilité est réversible, repérable par des outils validés et corrigeable par des interventions ciblées. Cependant, les outils de repérage de la fragilité sont complexes à utiliser en pratique clinique courante. Pour répondre à l'enjeu de prévention de la dépendance, l'OMS recommande l'utilisation du programme ICOPE avec une étape 1 de repérage simple d'accès par des outils digitaux et permettant un suivi de la CI dans une vision positive de son maintien et du vieillissement en santé. L'objectif de ce travail de thèse est d'étudier l'implémentation de ce programme, sa faisabilité, les leviers, la population cible, les facteurs d'adhesion, en apportant des éléments de pratique clinique.Méthode : cette étude utilise les données de la base de données ICOPE MONITOR du CHU de Toulouse depuis le 01/01/2020. Les données concernent tous les participants de 60 ans et plus, autonomes pour leurs actes de la vie quotidienne, inscrits par un des utilisateurs des outils ICOPE MONITOR en France. Différentes analyses descriptives ont été réalisées avec le logiciel STATA(r) versions 14.1 et 18.Résultats : les travaux présentés montrent que le programme ICOPE est implémentable à large échelle en France. Il peut être utilisé pour le suivi de la CI de populations spécifiques comme les patients porteurs d'hémopathies malignes. L'auto-évaluation est préférentiellement utilisée par des personnes âgées jeunes et robustes, autonomes pour le suivi de leur CI par l'utilisation des outils digitaux. Les professionnels de santé, notamment les IDE, jouent un rôle majeur auprès des personnes les plus fragiles pour favoriser leur adhésion au programme. Dans une optique de rationalisation des moyens, après une étape 1 altérée, la suite du programme peut être prioritairement proposé aux patients ayant une anomalie à l'étape 1 au niveau de la mobilité et de la nutrition.Discussion : ces travaux ont été réalisés avec les données de la plus grande cohorte ICOPE existante en France et dans le monde et présentent des résultats exploitables en pratique clinique courante par les professionnels de santé. Ils contribuent à une vision pragmatique de l'implémentation du programme et doivent être poursuivis en parallèle de la pérennisation d'ICOPE en France.
Stratégies de conception et de production durables appliquées aux pièces métalliques découpées au laser : vers une aide à la décision multicritère combinant les performances technico-économiques et environnementales
No full textRecent changes in our societies, driven by technological advances, require the integration of an increasing number of performance indicators to maintain industrial competitiveness. To achieve this goal, companies are focusing on multi-criterion improvements based on the ‘cost-qualitydelay’ triptych. In this thesis, the work is applied to assessing the performance of metalparts cut by lasers. A review of the literature shows a predominance of studies focused on optimising part quality, particularly with firstgeneration CO₂ lasers, at the expense of approaches that integrate economic and environmental aspects. However, in the current context, marked by the Green Deal and carbon neutrality by 2050, assessing the environmental impacts of energy-intensive processes is becoming essential. The choices made in the early stages of part design determine up to 80% of future costs and environmental impacts, even though they are made in the context of limited information. This paradox makes it crucial to develop indicators that can be used from the design stage to support design offices in their early trade-offs and guide decisions. This thesis is part of this dynamic, proposing a structured approach to multi-criterion assessment of the performance of laser-cut metal parts from the design stage. The first contribution concerns the evaluation of cutting quality, with the development of a single indicator that highlights the direct influence of design choices on the quality obtained. The second contribution proposes a two-scale environmental analysis: that of the process, to identify more environmentally friendly alternatives, and that of the part, to provide an indicator that can be used in the design stage. Finally, with a view to industrial deployment, quality and environmental indicators are integrated into a multi-criteria tool incorporating all the indicators developed in the thesis. This tool makes it possible to compare several design scenarios and highlight overall performance trade-offs. It represents a first step towards integrated decision support specifically adapted to the industrial context studied. All of the contributions have been applied to industrial metal parts, within the framework of a metallurgy company keen to control these performance indicators from the design stage of its products. By bringing together these different contributions, this thesis demonstrates that it is possible to transform design into a real strategic lever for overall performance and industrial durability.Les changements récents de nos sociétés, induits par les avancées technologiques, nécessitent l’intégration d’un nombre croissant d’indicateurs de performance pour maintenir la compétitivité industrielle. Pour atteindre cet objectif, les entreprises se concentrent sur des améliorations multicritères basées sur le triptyque « coût – qualité – délai ». Dans le cadre de cette thèse, les travaux sont consacrés à l’évaluation de la performance de pièces métalliques découpées au laser. Une revue de la littérature montre une prédominance des travaux centrés sur l’optimisation de la qualité des pièces, en particulier avec les lasers CO₂ de première génération, au détriment d’approches intégrant des dimensions économiques et environnementales. Pourtant, dans le contexte actuel, marqué par le Green Deal et la neutralité carbone à l’horizon 2050, l’évaluation des impacts environnementaux des procédés énergivores devient incontournable. Les choix effectués dans les premières étapes de conception de pièces conditionnent jusqu’à 80 % des coûts et des impacts environnementaux futurs, alors même qu’ils sont pris dans un contexte d’informations limitées. Ce paradoxe rend crucial le développement d’indicateurs exploitables dès la conception, afin d’accompagner les bureaux d’études dans leurs arbitrages précoces et d’orienter les décisions. Cette thèse s’inscrit dans cette dynamique, en proposant une démarche structurée d’évaluation multicritère de la performance de pièces métalliques découpées au laser dès la conception. Une première contribution porte sur l’évaluation de la qualité de découpe, avec le développement d’un indicateur unique permettant de mettre en évidence l’influence directe des choix de conception sur la qualité obtenue. Une seconde contribution propose une analyse environnementale à double échelle : celle du procédé, pour identifier des alternatives plus sobres, et celle de la pièce, afin de fournir un indicateur exploitable dès la conception. Enfin, dans une perspective de déploiement industriel, les indicateurs de qualité et environnementaux sont intégrés dans un outil multicritère rassemblant l’ensemble des indicateurs élaborés dans la thèse. Cet outil permet de comparer différents scénarios de conception et de mettre en évidence des compromis de performance globale. Il représente une première étape vers une aide à la décision intégrée, spécifiquement adaptée au contexte industriel étudié. Toutes les contributions ont été appliquées à des pièces métalliques industrielles, dans le cadre d’une entreprise de la métallurgie soucieuse de maîtriser ces indicateurs de performance dès la conception de ses produits. En réunissant ces différentes contributions, cette thèse démontre qu’il est possible de transformer la conception en un véritable levier stratégique de performance globale et de durabilité industrielle
La cοnditiοn des animaux dans l'agriculture industrielle peut-elle faire sοuffrir les hοmmes ? Une étude sοciοlοgique pοrtant sur les cοnflits éthiques et les tensiοns identitaires des travailleurs en prοductiοn animale
No full textThis thesis focuses on the difficulties experienced by workers in intensive animal farming, both employees and farmers, in terms of ethical conflicts and identity tensions. Based on a sociological study using an inductive and comprehensive approach, it highlights situations in which these workers experience difficulties related to animal husbandry conditions. It describes the stages of occupational socialization that lead to the development of a distanced relationship with farm animals, marked by the erosion of the emotional dimension. This thesis also shows that these workers face identity tensions arising from the fact that the values central to their social and professional identity are being challenged in a context where industrial farming and the condition of animals in industrial agriculture are the subject of critical social representations. Finally, this work falls within the disciplinary fields of rural and agricultural sociology, while drawing on the fields of sociology of work and professions, anthropology of human-animal relationships, psychodynamics of work, and philosophy dealing with the condition of animals.Cette thèse porte sur les difficultés éprouvées par les travailleurs en production animale, salariés et exploitants, et qui sont de l’ordre des conflits éthiques et de la souffrance identitaire. Reposant sur une enquête sociologique adoptant une démarche inductive et une approche compréhensive, elle met en évidence les situations au cours desquelles ces travailleurs éprouvent des difficultés liées aux conditions d’élevage des animaux. Elle décrit les étapes de la socialisation professionnelle qui conduisent à la construction d’un rapport distancié aux animaux d’élevage, marqué par l’effacement de la dimension affective. Cette thèse montre également que ces travailleurs sont confrontés à des tensions identitaires provenant du fait que les valeurs qui sont centrales dans leur identité sociale et professionnelle sont bousculées, dans un contexte où l’élevage industriel et la condition des animaux dans l’agriculture industrielle font l’objet de représentations sociales critiques. Enfin, ce travail s’inscrit dans le cadre de la sociologie rurale et agricole, tout en empruntant aux champs de la sociologie du travail et des professions, de l’anthropologie des liens hommes-animaux, de la psychodynamique du travail, et de la philosophie traitant de la condition animale
Le pangénome de Bathycoccus prasinos : Vers une compréhension de l'adaptation latitudinale et saisonnière du phytoplancton
No full textUnderstanding the mechanisms of genetic adaptation to ecological niches requires genomic characterization of organisms with wide geographic and ecological distribution, enablingintra- and interspecific genomic variations to be correlated with environmental parameters.Within marine environments, the order Mamiellales groups eukaryotic microorganisms of the green lineage (genera Bathycoccus, Ostreococcus and Micromonas) with a wide geographic distribution in the world ocean. The Bathycoccus genus, in particular, comprises the species Bathycoccus prasinos, found from the Mediterranean sea to the poles, and Bathycoccuscalidus, found from the equator to the Mediterranean sea. Bathycoccus prasinos exhibits marked seasonality in temperate and polar regions, with annual blooms occurring between December and March, making it an excellent model for studying mechanisms of adaptationn to seasonal and global climatic variations, such as temperature. The current thesis project is based on the hypothesis that the great diversity of environmental niches occupied by Bathycoccus prasinos results from the existence of genomic variations with a major impact on its ability to adapt. The identification of these variations within a species requires the comparison of multiple genomes from strains isolated in contrasting environments. For species that are abundant in the environment but for which few sequenced strains are available, such as Bathycoccus, comparisons are mainly made between a reference genome and metagenomic datasets. These approaches enable the identification of small variations with respect to the reference genome, but do not allow the identification of larger structural variations, potentially involved in population adaptation. With the recent development of Whole-genome sequencing technologies for emerging model species, thanks to long-read sequencing (Oxford Nanopore Technology, Pacific Biosciences), comparative genomics approaches based on a reference genome are tending to be replaced. A more exhaustive representation of a species' genetic diversity is thus emerging, in the form of a setoff genomes listing the diversity of sequences and functions observable within the species, echoing the term pangenome developed by Tettelin et al. (2005). The availability of a single reference genome and the presence of atypical genomic structures currently represent a challenge for the representation of the genetic diversity of the genus Bathycoccus from metagenomic data, limiting the possibilities of correlation with environmental parameters for the identification of adaptive mechanisms. In this thesis, we set out to construct and characterize the Bathycoccus prasinos pangenome using de novo assembled genomes from strains isolated at different latitudes and seasons. This will involve (i) the construction of a large biological resource of strains isolated from the Arctic to temperate regions of Europe and Chilean Patagonia, for which polymorphic PCR markers could be developed for strain identification and genotyping; (ii) the de novo sequencing and genome assembly of over 35 strains of the genus Bathycoccus, producing one of the largest pangenomic resources currently available for a phytoplankton species; (iii) a preliminary description of the Bathycoccus prasinos pangenome thus constructed, highlighting the diversity of its gene content in relation to the diversity of physiological and transcriptomic responses observed within sub-populations adapted to polar temperatures.La compréhension des mécanismes génétiques d'adaptation à des niches écologiques nécessite la caractérisation génomique d'organismes à large distribution géographique, permettant la corrélation de variations génomiques intra- et interspécifiques aux paramètres environnementaux. Au sein des environnements marins, l'ordre des Mamiellales regroupe desmicro-organismes eucaryotes de la lignée verte (genres Bathycoccus, Ostreococcus et Micromonas) présentant une large distribution géographique dans l'océan mondial. Le genre Bathycoccus, en particulier, se compose des espèces Bathycoccus prasinos, retrouvée de la mer Méditerranée aux pôles, et Bathycoccus calidus, retrouvée de l'équateur à la mer Méditerranée. Bathycoccus prasinos présente une saisonnalité marquée dans les régions tempérées et polaires, avec la réalisation de blooms annuels entre décembre et mars, faisant de lui un excellent modèle pour l'étude des mécanismes d'adaptation à des variations climatiques saisonnières et globales, telles que la température. Le projet de cette thèse repose sur l'hypothèse que la grande diversité des niches environnementales occupées par Bathycoccus prasinos résulte de l'existence de variations génomiques à impact majeur sur sa capacité d'adaptation. L'identification de ces variations au sein d'une espèce passe par la comparaison de génomes issus de souches isolées dans des environnements contrastés. Pour des espèces abondantes dans l'environnement, mais pour lesquelles peu de souches séquencées sont disponibles, comme Bathycoccus, les comparaisons sont principalement réalisées entre un génome de référence et des jeux de données métagénomiques. Ces approches permettent l'identification de variations petites par rapport au génome de référence, mais ne permettent pas d'identifier des variations structurales de plus grande taille, potentiellement impliquées dans l'adaptation des populations. Avec le développement récent des approches de séquençage massif pour des espèces modèles émergentes, grâce au séquençage long-reads (Oxford Nanopore Technologies, PacificBiosciences), les approches de génomique comparative basées sur un génome de référence tendent à être remplacées. Une représentation plus exhaustive de la diversité génétique d'une espèce voit ainsi le jour, sous la forme d'un ensemble de génomes répertoriant la diversité des séquences et des fonctions observables au sein de l'espèce, faisant ainsi écho au terme de pangénome développé par Tettelin et al. (2005). La disponibilité d'un seul génome de référence et la présence de structures génomiques atypiques représentent actuellement un défi pour la représentation de la diversité génétique du genre Bathycoccus à partir de données métagénomiques, limitant les possibilités de corrélation avec les paramètres environnementaux pour l'identification de mécanismes d'adaptation. Au cours de cette thèse, nous avons cherché à construire et caractériser le pangénome de Bathycoccus prasinos à l'aide de génomes assemblés de novo à partir de souches isolées à différentes latitudes et saisons. Ceci passe par : (i) la construction d'une large ressource biologique de souches isolées de l'Arctique aux régions tempérées d'Europe et à la Patagonie chilienne, pour lesquelles des marqueurs PCR polymorphes ont pu être développés pour l'identification et le génotypage de souches ; (ii) le séquençage de novo et l'assemblage du génome de plus de 35 souches du genre Bathycoccus, produisant l'une des plus larges ressources pangénomiques actuellement disponibles pour une espèce de phytoplancton ; (iii)une description préliminaire du pangénome de Bathycoccus prasinos ainsi construit, mettant en avant la diversité de son contenu en gènes en lien avec la diversité des réponses physiologique et transcriptomique observées au sein de sous-populations adaptées aux températures polaires
Habiletés visuo-spatiales dans l'autisme : variabilité interindividuelle et processus mis en jeu
No full textVisuospatial abilities have frequently been reported as superior in autistic individuals, due to performance often being higher than that observed in the general population. This domain of competence, often presented as a strength, contrasts with other cognitive functions described as impaired in autism, particularly in the social and communicative domains. However, the literature highlights significant interindividual variability in the ability to process visuospatial information, calling into question the idea of a systematic superiority of these skills. This thesis therefore aims to explore visuospatial abilities in autism in order to better understand performance variability and identify its potential determinants.The experimental protocol included four visuospatial tasks: Raven’s Progressive Matrices, Block Design, Embedded Figures, and the Mental Rotation Test, as well as self-report questionnaires assessing individual characteristics such as level of systemizing, sensory sensitivity, and cognitive style. Visual exploration data for participants from each experimental group (autistic and non-autistic) were collected using a mobile eye-tracking device.As expected, the first study examining performance heterogeneity showed preserved or superior abilities in autism depending on the task. More or less efficient performance profiles were observed in both the autistic and non-autistic groups, with greater variability in the autistic group, particularly in the Mental Rotation task.The complementary study to study 1 aimed to explain this heterogeneity through individual characteristics associated with autism. The results suggest that a cognitive profile combining strong spatial mental imagery with a high level of systemizing is associated with better visuospatial performance. Although this cognitive profile is not specific to autism, it appears to be more frequently found in autistic individuals, which could help explain the superior performances often reported in the literature.To better understand the cognitive mechanisms involved in visuospatial task solving, eye-tracking was used to identify visual strategies employed during Raven’s Matrices (studies 2 and 3) and the Block Design task (Study 4). Studies 2 and 3, based on a composite score integrating various visual exploration indices, confirm that the constructive matching strategy is the most effective for solving the Matrices. Although no performance differences (score or resolution time) were found between the groups, the results show greater use of this strategy by autistic participants. Study 4, using a similar composite score, shows that autistic individuals rely more on analytical strategies than non-autistic individuals, both in their visual exploration and construction methods for the Block Design task. As these strategies are more effective, this preference could help explain their better performance.Thus, our results confirm that visuospatial performance is at least preserved, if not enhanced, in autism, and offer explanatory insights into the heterogeneity observed. They enrich current knowledge about visual processing in autism by shedding new light on the underlying perceptual and cognitive processes, particularly within the framework of the Enhanced Perceptual Functioning model. This thesis emphasizes the importance of considering interindividual differences in the visuospatial domain and offers perspectives for more personalized support for autistic individuals.Les capacités visuospatiales ont fréquemment été rapportées comme supérieures chez les personnes autistes, en raison de performances souvent plus élevées que celles observées dans la population générale. Ce domaine de compétence, souvent présenté comme une force, contraste avec d’autres fonctions cognitives décrites comme déficitaires dans l’autisme, notamment sur les plans social et communicationnel. Toutefois, la littérature souligne une importante hétérogénéité interindividuelle dans la capacité à traiter l’information visuospatiale, remettant en cause l’idée d’une supériorité systématique de ces habiletés. Cette thèse vise donc à explorer les habiletés visuospatiales dans l’autisme afin de mieux comprendre la variabilité des performances et d’en identifier les déterminants.Le protocole expérimental comprenait quatre tâches visuospatiales : les Matrices Progressives de Raven, les Cubes de Kohs, les Figures enchevêtrées et le test de Rotation mentale, ainsi que des questionnaires d’auto-évaluation de certaines caractéristiques individuelles telles que le niveau de systématisation de l’information, la sensibilité sensorielle et le style cognitif. Les informations portant sur l’exploration visuelle des participants de chaque groupe expérimental (autiste et non autiste) ont été recueillies à l’aide d’un dispositif mobile d’oculométrie.Comme attendu, la première étude portant sur l’hétérogénéité des performances a mis en évidence des habiletés préservées ou supérieures dans l’autisme selon les tâches considérées. Des profils plus ou moins performants ont été observés tant dans le groupe autiste que dans le groupe non autiste, avec une variabilité plus marquée dans le groupe autiste, notamment pour la Rotation mentale.L’étude complémentaire à l’étude 1 visait à expliquer l’hétérogénéité observée au travers de caractéristiques individuelles associées à l’autisme. Les résultats suggèrent qu’un profil cognitif associant une forte imagerie mentale spatiale à un niveau élevé de systématisation est lié à de meilleures performances visuospatiales. Bien que ce profil cognitif ne soit pas spécifique à l’autisme, il semblerait y être plus fréquent, ce qui pourrait contribuer à expliquer les performances supérieures souvent rapportées dans la littérature.Afin de mieux comprendre les mécanismes cognitifs impliqués dans la résolution des tâches visuospatiales, l’oculométrie a été utilisée pour identifier les stratégies visuelles mobilisées au cours des Matrices de Raven (études 2 et 3) et des Cubes de Kohs (étude 4). Les études 2 et 3, en se basant sur un score composite qui intègre différents indices d'exploration visuelle, confirment que la stratégie d’appariement constructif est la plus efficace pour résoudre les Matrices. Bien qu'aucune différence de performances (score et temps de résolution) ne soit retrouvée entre les groupes, les résultats révèlent une utilisation plus importante de cette stratégie par les personnes autistes. L’étude 4 utilise un score composite similaire et montre que les personnes autistes ont davantage recours aux stratégies analytiques que les personnes non autistes, que ce soit dans leur exploration visuelle ou dans leur méthode de construction. Ces stratégies étant plus efficaces, cette préférence pourrait expliquer leurs meilleures performances.Ainsi, nos résultats confirment les performances visuospatiales au moins préservées voire améliorées dans l'autisme et fournissent des pistes explicatives de l’hétérogénéité qui y est observée. Ils viennent enrichir les connaissances relatives au traitement visuel dans l’autisme en apportant un éclairage nouveau sur les processus perceptifs et cognitifs sous-jacents, en particulier dans le cadre du modèle du fonctionnement perceptif amélioré. Cette thèse souligne l’importance de considérer les différences interindividuelles dans le domaine visuospatial et fournit des perspectives pour une meilleure individualisation de l’accompagnement des personnes autistes