CR Biologies

André Sentenac

Comptes Rendus
Biologies
André Sentenac
La Recherche face au défi d’Homo bureaucraticus
Volume 346, issue 1 (2023), p. 25-27
Published online: 12 April 2023
https://doi.org/10.5802/crbiol.108
This article is licensed under the
Creative Commons Attribution 4.0 International License.
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Les Comptes Rendus. Biologies sont membres du
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e-ISSN : 1768-3238
Comptes Rendus
Biologies
2023, Vol. 346, 1, p. 25-27
https://doi.org/10.5802/crbiol.108
Opinion / Perspective / Opinion / Perspective
La Recherche face au défi d’Homo bureaucraticus
Research facing the challenge of Homo bureaucraticus
André Sentenaca
a Académie des sciences, 23 Quai de Conti, 75006 Paris, France
Courriel : asentenac@wanadoo.fr
Mots-clés. Bureaucratie, ANR, Hcéres, Tableaux excel, Rapports, Commissions.
Keywords. Bureaucracy, ANR, Hcéres, Excel tables, Reports, Commissions.
Publication en ligne : 12 avril 2023
« Il n’y a point de problème qu’une embauche
de bureaucrates supplémentaires ne puisse pas ré-
soudre. »
(prov. soviet.)
Le fabliau qui suit montre comment Homo sa-
piens bureaucraticus (Hb) a peu à peu étendu son in-
fluence dans le monde de la Recherche pour asseoir
sa domination.
Quand j’étais en stage post-doctoral aux USA,
les commandes de produits chimiques et de petits
matériels étaient très faciles. Après accord oral du
chef de laboratoire et un simple coup de téléphone
au fournisseur, le produit était livré dans les deux
jours avec la facture. Cette belle réactivité donnait
de l’élan à la recherche, évitait de stocker des pro-
duits et ainsi d’immobiliser de l’argent sur des éta-
gères. On ne commandait que le nécessaire (depuis,
l’Amérique s’est beaucoup civilisée en introduisant
moult couches de paperasserie). A Saclay, au tout dé-
but, la procédure était assez semblable, sauf qu’elle
dépendait d’une personne dédiée aux commandes,
premier pion posé par Hb sur le terrain. La réactivité
en souffrait, non par manque de conscience profes-
sionnelle de l’intéressée, mais par un effet de gou-
lot d’étranglement. L’idée d’un dégoulottage n’étant
venue à personne, le remède a consisté à renforcer le
personnel de type Hb en créant un pôle Commandes,
Comptabilité, Contentieux et Civilisation Conqué-
rante (pôle C5). Hb allait pouvoir enfin libérer son
imagination créatrice. On allait faire des économies
d’échelle, passer des contrats prévisionnels, sélec-
tionner des fournisseurs, imposer des règles d’ap-
pel d’offres pour des marchés dépassant une certaine
somme, rationaliser les procédures, multiplier les
garde-fous (i.e. les signatures) . . . Il y avait tant à faire !
Hb, enthousiaste, le fait.
Pendant ce temps, les chercheurs, bien en peine
de prévoir ce qui leur sera nécessaire dans les mois
qui viennent, consacrent une précieuse partie de
leur temps et de leur capital imaginatif à contour-
ner l’obstacle bureaucratique qui complique et ra-
lentit tout, sans en percevoir l’intrinsèque beauté.
Éternel combat perdu d’avance de ceux qui veulent
faire contre ceux qui veulent réglementer, normer,
surveiller . . . Certains chercheurs se mettent à sto-
cker, tels des hamsters dans leurs bajoues, plein de
produits chimiques pour l’hiver ; un réseau de troc
ISSN (electronic) : 1768-3238 https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/
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parallèle se met en place entre les laboratoires de
la région ; on passe des commandes formelles mais
non détaillées avec des fournisseurs pour recevoir
des produits de leur catalogue sur simple appel té-
léphonique jusqu’à épuisement de la somme enga-
gée. Et comment commander en urgence un rotor
pour une centrifugeuse de marque B. s’il faut étendre
l’appel d’offres aux autres fabricants de centrifu-
geuses dont les rotors sont, évidemment, inadap-
tés ? Là, ce sont les fournisseurs qui se débrouillent
entre eux.
Mais, sur le papier, tout est en ordre.
Hb vit que cela était bon.
Va-t-il se reposer ?
Hb est un peu chagriné tout de même de ne pas
avoir la maîtrise complète des dépenses en cours.
Comment envisager d’entreprendre un projet si l’on
ne sait pas combien on a en caisse à chaque instant ?
Il faut rationaliser, homogénéiser, simplifier, en
un mot informatiser le système des commandes,
des plus minuscules aux plus gigantesques, afin que
toutes les dépenses remontent en temps réel à un
ordinateur central et que s’affiche au compteur en
permanence, tel un téléthon géant mais inversé,
le montant continûment décroissant du budget
disponible.
C’est fait.
Cela a été pénible et long, et fort coûteux, mais
c’est fait.
Et Hb vit que cela était bon.
Sur le terrain, toutefois, de menus détails ont
changé. Les fournisseurs et les fabricants ont perdu
leur nom et sont devenus des numéros ; les pro-
duits, également débaptisés, sont réduits à leur réfé-
rence catalogue. Si l’on rajoute le numéro et la date
de la commande et le coût en euros, on voit que
l’on doit batailler avec une succession de chiffres ser-
rés sur une seule ligne et que la moindre erreur de
transcription va fatalement gripper le système in-
formatique et incidemment irriter les fournisseurs
qui ne seront pas payés. Il va falloir embaucher
d’autres Hb pour faire face. Ce n’est pas vraiment un
problème.
Hb vit tout ce qu’il avait fait, et cela était bon.
Mais, pourquoi, alors, ce sentiment d’insatisfaction,
d’incomplétude ?
L’idée lui vient que le contrôle, pour être par-
fait, doit s’exercer à la source, au moment où les
chercheurs cherchent de l’argent pour leurs projets.
L’idée paraît folle : que connaît-il à la recherche
scientifique ? Comment juger, évaluer, choisir, et
contrôler ? Il écarte du doigt cette objection qui l’a
effleuré. Rien de plus simple ! Ce seront les cher-
cheurs qui feront tout le travail. Bien sûr, ils écri-
ront leurs projets mais, attention, en suivant ses
propres règles et ses normes, avec ses tableaux Excel
et en indiquant bien à l’avance ce qu’ils vont trou-
ver et qu’on appellera les « délivrables ». Et ce se-
ront d’autres chercheurs qui jugeront, évalueront et
choisiront les meilleurs projets. Ah ! Il faudra penser
aussi à exiger un rapport d’étape tous les six mois
pour maintenir la motivation ; et organiser une visite
annuelle des laboratoires sélectionnés ; et demander,
bien sûr, un rapport de clôture ; et un bilan finan-
cier . . . Qu’est-ce que j’oublie d’autre, pense Hb, car
plus rien ne l’arrête : il vient de découvrir qu’il peut
mettre tout le petit monde de la recherche non-Hb
au travail, à son service, pour son grand projet de
« civilisation conquérante » . . . Ah oui, et si je créais
une Agence nouvelle, non un Haut Conseil cela son-
nerait mieux, dédié à l’évaluation des chercheurs,
des équipes, des établissements, des instituts, et
voyons grand ! des Organismes de Recherche et des
Universités ?
Et c’est ainsi que le cultivar Homo sapiens bureau-
craticus a envahi progressivement tout l’espace ac-
cordé à la Recherche et, ce faisant, confisqué une
grande partie de ses maigres moyens. Sa capacité
prolifératrice et envahissante selon le modèle dar-
winien est un défi à la génétique classique car rien
ne le distingue par ailleurs d’un Homo sapiens sa-
piens.
Epilogue
« Il n’y a point de problème qu’un excès de bureau-
crates ne puisse pas créer. » (prov. soviet.)
Un bureaucrate de plus c’est un chercheur de moins à
évaluer (règle d’or d’Hb).
Un clash salutaire est-il encore envisageable entre
les chercheurs asservis, accablés de paperasse et
H. bureaucraticus crispé sur son bon droit qu’il a lui-
même enfanté ?
Est-il encore temps de réagir ? [1, 2]
Conflit d’intérêt
L’auteur n’a aucun conflit d’intérêt à déclarer.
André Sentenac 27
Références
[1] Comité Science, éthique et société de l’Académie
des sciences, Pour une nouvelle politique de la re-
cherche !, Académie des sciences, Paris, Mars 2022,
https://www.academie-sciences.fr/fr/Rapports-ouvrages-
avis-et-recommandations-de-l-Academie/pour-une-
nouvelle-politique-de-la-recherche.html.
[2] Collectif de directeurs de structures de recherche, « La bureau-
cratie nuit gravement à la recherche », Journal Le Monde du
(10/01/2022).


La Recherche face au défi d’Homo bureaucraticus

Vincent Jarlier

Comptes Rendus
Biologies
Vincent Jarlier
L’antibiorésistance : un bon exemple du concept «une seule santé »
Volume 346, Numéro spécial S1 (2023), p. 5-8
En ligne depuis le 23 janvier 2024
Numéro publié le 18 mars 2024
Numéro spécial :Une seule santé : les microbes et l’antibiorésistance en partage
Rédacteur en chef invité : Pascale Cossart (Professeur de l’Institut Pasteur, France –
Secrétaire perpétuel honoraire de l’Académie des sciences)
https://doi.org/10.5802/crbiol.139
Cet article est publié sous la license
Creative Commons Attribution 4.0 International.
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C EN T R E
MER S ENN E
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Centre Mersenne pour l’édition scientifique ouverte
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Comptes Rendus
Biologies
2023, Vol. 346, Special Issue S1, p. 5-8
https://doi.org/10.5802/crbiol.139
Une seule santé : les microbes et l’antibiorésistance en partage
L’antibiorésistance : un bon exemple du concept
«une seule santé »
Vincent Jarlier ,a,b
a Membre correspondant de l’Académie Nationale de Médecine, France
b Professeur émérite de Bactériologie-Hygiène, Faculté de Médecine Sorbonne
Université, France
Courriel : jarliervincent@gmail.com
Résumé. La résistance aux antibiotiques est la conséquence délétère directe de deux causes syner-
giques liées à l’activité humaine : l’utilisation massive d’antibiotiques en santé humaine et animale,
qui entraîne la sélection des bactéries les plus résistantes, et la dissémination des bactéries résis-
tantes ainsi sélectionnées, directement par transmission au sein des populations humaines et ani-
males («transmission croisée »), et indirectement via l’environnement. Le concept «une seule santé »
permet une approche intégrée des différentes composantes de la question, en permettant de relier les
écosystèmes humains, animaux et environnementaux et leurs dynamiques.
Mots-clés. Antibiotiques, Une seule santé, Bactéries résistantes aux antibiotiques.
Note. Cet article a fait l’objet d’une communication faite lors du colloque hepta-académique du
15 juin 2022 intitulé « Une seule santé : les microbes et l’antibiorésistance en partage ».
Publication en ligne : 23 janvier 2024, Publication du numéro : 18 mars 2024
Le concept « one health » (« une seule santé »),
dont les prémices ont été introduits par le médecin
anatomopathologiste Rudolf Virchow (1821–1902)
s’est nourri du constat que les maladies infectieuses
à risque épidémique étaient liées à des relations
entre les populations humaines et animales et l’en-
vironnement. De telles relations, déjà connues pour
des infections bactériennes (salmonelloses, tubercu-
lose, morve, etc.) sont devenues aussi évidentes pour
des infections virales émergentes (grippe aviaire,
infections à coronavirus, etc.). Le concept « une
seule santé » débouche sur une approche inté-
grée, systémique, donc pluridisciplinaire, des enjeux
sanitaires.
La résistance bactérienne aux antibiotiques, phé-
nomène identifié dès le début de l’utilisation des an-
tibiotiques en médecine humaine et animale, n’est
certes pas une maladie, mais elle a des conséquences
délétères directes sur les maladies infectieuses bac-
tériennes en en compliquant le traitement. Lorsque
le nombre d’antibiotiques encore actifs est très ré-
duit (multirésistance, c’est à dire résistance associée
à plusieurs antibiotiques) le risque est l’impasse thé-
rapeutique [1, 2], risque d’autant plus réel que le
nombre de nouveaux antibiotiques n’a cessé de di-
minuer depuis les années 1980.
On a d’abord rapidement constaté que certaines
espèces bactériennes étaient intrinsèquement résis-
tantes à certains antibiotiques (résistance naturelle).
A titre d’exemples, le bacille de la tuberculose et
le colibacille, espèce bactérienne responsable de la
très grande majorité des infections urinaires, sont
naturellement résistants à la pénicilline. On a en-
suite constaté l’apparition progressive de résistances
chez des bactéries initialement sensibles aux anti-
biotiques (résistance acquise). Ce phénomène, qui a
suivi de près (quelques mois à années) la mise sur
le marché d’un antibiotique a été malheureusement
ISSN (électronique) : 1768-3238 https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/
6 Vincent Jarlier
observé pour toutes les familles d’antibiotiques et
aucune molécule au sein des différentes familles n’a
jusquici échappé à cette évolution [3, 4].
La résistance acquise résulte de la propriété
qu’ont les bactéries, comme tout être vivant, de
modifier leur matériel génétique et de s’adapter.
Deux grands types de modifications du matériel
génétique sont en cause dans la résistance acquise
des bactéries aux antibiotiques : erreur de recopiage
(mutations) du génome lors de la reproduction bac-
térienne et acquisition de matériel génétique « étran-
ger » par transfert de gènes de résistance entre bac-
téries, véhiculés par des supports variés (plasmides,
transposons, etc.).
Que l’acquisition de la résistance aux antibio-
tiques résulte de mutations ou de transferts de gènes
entre bactéries, elle confère aux bactéries un avan-
tage lorsqu’elles sont exposées aux antibiotiques
auxquels elles sont devenues résistantes. Ces bacté-
ries survivent alors que les bactéries sensibles sont
éliminées. On parle alors « d’avantage sélectif » de la
résistance et de « pression de sélection » par les an-
tibiotiques. La sélection de bactéries résistantes par
les antibiotiques est un exemple typique de sélec-
tion darwinienne. Les deux types dévénements géné-
tiques mis en jeu dans la résistance acquise peuvent
se combiner et saccumuler dans une même cellule
bactérienne en raison de cycles successifs de sélec-
tion sous pression antibiotique puis de transmission
et dissémination des bactéries résistantes ainsi sé-
lectionnées vers de nouveaux hôtes (cf. ci-après).
Chaque nouvel hôte peut en effet recevoir à son tour
des antibiotiques et ainsi voir ses microbiotes soumis
à leur tour aux pressions antibiotiques. Le résultat de
ces cycles répétés est l’évolution progressive vers la
résistance à plusieurs antibiotiques de familles dif-
férentes (par exemple béta-lactamines, aminosides,
quinolones, etc.), ce que l’on appelle « multirésis-
tance ». La multirésistance bactérienne pose de diffi-
ciles problèmes thérapeutiques en pratique médicale
courante.
Les deux causes majeures de la résistance aux
antibiotiques sont la pression de sélection exer-
cée par l’usage des antibiotiques et la transmission
et la dissémination des bactéries résistantes sélec-
tionnées [5]. L’utilisation massive d’antibiotiques en
santé humaine et animale entraîne la sélection des
bactéries résistantes puis multirésistantes [6]. Il faut
cependant préciser que s’il y a une corrélation entre
les volumes d’antibiotiques utilisés en médecine hu-
maine et vétérinaire et la résistance, de nombreux
exemples montrent qu’à un même niveau d’utilisa-
tion des antibiotiques les taux de résistance peuvent
être bien différents d’un pays à l’autre ou d’un hôpital
à l’autre et, inversement, qu’à des taux de résistance
identiques les niveaux d’utilisation des antibiotiques
peuvent être bien différents d’un pays à l’autre ou
d’un hôpital à l’autre. D’autres facteurs participent
donc au phénomène de résistance.
La transmission et la dissémination des bactéries
résistantes sélectionnées peut se faire directement
(« transmission croisée ») d’individu à individu (de
microbiote à microbiote) au sein des populations hu-
maines et animales, parfois dans certaines circons-
tances entre humains et animaux, ou indirectement
par l’environnement, en particulier via les émonc-
toires humains et animaux qui sont évacués vers les
eaux usées puis en aval des stations d’épuration : vers
les cours d’eau et arrosage en agriculture (résidus li-
quides) et épandage (résidus solides). La dissémina-
tion des bactéries résistantes et de leurs gènes de
résistance dans l’environnement permet leur retour
vers les microbiotes, en particulier intestinaux, hu-
mains et animaux via l’alimentation et la consomma-
tion deau, par exemple lors de voyages dans les pays
où la résistance est élevée [7].
L’importance clef de la dissémination dans le suc-
cès épidémiologique des bactéries résistantes est
particulièrement évidente dans le cas des espèces
bactériennes dont les niches écologiques sont les
microbiotes de l’homme et de l’animal (bactéries
commensales), espèces majeures des infections hu-
maines (ex. Staphylococcus aureus, entérobactéries
telles que les colibacilles et les klebsielles, pneumo-
coques, etc.) font l’objet de transmission fréquente
entre humains (pour certaines d’entre elles entre ani-
maux, éventuellement entre humains et animaux),
puis de dissémination dans l’environnement. C’est
au sein de ces espèces q’uont été surtout identifiées
des souches multirésistantes aux antibiotiques qui
résultent d’événements génétiques multiples surve-
nus durant des cycles successifs de transmission et
de pression de sélection. Ces d’événements sont in-
croyablement complexes : (a) excision de gènes de
résistance du chromosome de microorganismes qui
en sont porteurs à l’état naturel (« progéniteurs », par
exemple Staphylococcus sciuri pour le gène codant
la résistance à la méticilline chez S. aureus (SARM)) ;
Vincent Jarlier 7
(b) intégration de ces gènes dans des éléments géné-
tiques mobiles (intégrons, transposons, plasmides)
permettant le transfert entre bactéries ; (c) muta-
tions touchant des gènes chromosomiques impli-
qués dans l’activité d’autres antibiotiques (ex. quino-
lones) ce qui ajoute des caractères de résistance sup-
plémentaires ; et éventuellement (d) mutations addi-
tionnelles dites « compensatoires », c’est à dire néces-
saires pour stabiliser l’ensemble des modifications
ci-dessus.
Ces événements génétiques sont si complexes
qu’il est exclu de les reproduire de novo chez chaque
individu soumis à un traitement antibiotique. Les
bactéries multirésistantes ainsi générées dissé-
minent dans les établissements de soins et les collec-
tivités mais aussi dans la population générale. C’est
ainsi que se sont produites successivement les épidé-
mies mondiales de SARM (depuis les années 1970),
d’entérobactéries productrices de β-lactamases à
spectre élargi de type CTX-M (depuis les années
1990) puis productrices de carbapénémases (depuis
les années 2000) et enfin dernièrement résistantes à
la colistine par MCR-2. La dissémination mondiale
de ces bactéries multirésistantes est en grande par-
tie « souterraine », de microbiote à microbiote, en
raison de leur caractère commensal. Cette dissémi-
nation silencieuse peut à tout moment devenir ap-
parente lorsque surviennent des infections cliniques
en cas de facteurs de risque (immunodépression,
manœuvres invasives, etc.). On peut mettre en évi-
dence les chaînons des transmissions et dissémi-
nations dans ces épidémies souterraines par la re-
cherche systématique de bactéries multirésistantes
dans les microbiotes des humains et des animaux et
dans l’environnement. D’innombrables publications
ont montré la présence de bactéries résistantes aux
antibiotiques d’origine humaine et animale, ou de
leurs gènes de résistance, dans de nombreux sec-
teurs de l’environnement : eaux usées en aval des
hôpitaux, des agglomérations humaines et des éle-
vages ; stations d’épuration, voire eau du « réseau
potable » dans certains pays ; rivières, lacs et océans;
animaux sauvages (mammifères, oiseaux, pois-
sons, etc.) vivant dans les, ou proches des, milieux
anthropisés.
Par contraste, dans le cas des espèces bacté-
riennes « strictement pathogènes », la transmission
entre individus malades/contagieux et individus
sains entraîne des chaînes épidémiques bien visibles
d’infections comme par exemple de tuberculose à
souches multirésistantes.
La sauvegarde de l’activité des antibiotiques est
à l’évidence un sujet de développement durable. Ce
sujet s’intègre bien dans l’approche « one health »
en raison de ses composantes humaine, animale
et environnementale, et des liens entre ces com-
posantes. L’approche « one health » permet une
vue synthétique des composantes de l’antibiorésis-
tance. Cependant, il faut garder à l’esprit que les ac-
tions pour sauvegarder l’efficacité des antibiotiques
sont très largement spécifiques et « catégorielles »,
diffèrent beaucoup en pratique selon les compo-
santes de l’antibiorésistance et doivent largement
être mises en œuvre localement. En clair, une vue
globale, euristique, de l’antibiorésistance ne doit pas
obérer ni retarder la mise en place immédiate d’ac-
tions focalisées mêmes si elles paraissent fragmen-
taires.
Les actions destinées à lutter contre l’antibioré-
sistance et sauvegarder l’efficacité des antibiotiques
telles qu’énumérées dans les programmes natio-
naux [8] et internationaux [9, 10] sont pour l’es-
sentiel concordantes, même si les plans diffèrent
par leur périmètre (santé humaine, santé animale,
environnement, etc.). Certaines actions sont plus
rarement évoquées, telle que le contrôle des épi-
démies et le traitement des effluents. Les actions
peuvent être regroupées en deux grandes catégories :
(a) actions visant à diminuer la pression de sélec-
tion sur les bactéries résistantes en limitant les vo-
lumes d’antibiotiques utilisés et (b) actions visant
à contrôler la transmission et la dissémination des
bactéries résistantes ou des gènes codant la résis-
tance [11–13].
En conclusion, la menace d’une ère post-
antibiotique doit être intégrée à la liste d’autres
grandes menaces écologiques qui s’inscrivent dans
le registre du développement durable que sont le
réchauffement de la planète, la pollution des eaux
et la réduction de la biodiversité. L’approche « one
health » permet d’intégrer les différentes causes
qui favorisent de manière synergique la résistance
aux antibiotiques dans les populations humaines et
animales et dans l’environnement.
8 Vincent Jarlier
Déclaration d’intérêts
Les auteurs ne travaillent pas, ne conseillent pas, ne
possèdent pas de parts, ne reçoivent pas de fonds
d’une organisation qui pourrait tirer profit de cet ar-
ticle, et n’ont déclaré aucune autre affiliation que
leurs organismes de recherche.
Références
[1] M. Colomb-Cotinat, J. Lacoste, C. Brun-Buisson, V. Jarlier,
B. Coignard, S. Vaux, « Estimating the morbidity and mortality
associated with infections due to multidrug-resistant bacteria
(MDRB), France, 2012 », Antimicrob. Resist. Infect. Control 5
(2016), article no. 56.
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résistantes aux antibiotiques en France en 2012, rapport
scientifique, Institut de veille sanitaire, 2015. En ligne
sur http://invs.santepubliquefrance.fr/Publications-et-
outils/Rapports-et-syntheses/Maladies-infectieuses/2015/
Morbidite-et-mortalite-des-infections-a-bacteries-multi-
resistantes-aux-antibiotiques-en-France-en-2012 (consulté
le 12 décembre 2023).
[3] « High-level Meeting on Antimicrobial Resistance », Uni-
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71/event-latest/high-level-meeting-on-antimicrobial-
resistance/ (consulté le 15 décembre 2023).
[4] Organisation Mondiale de la Santé (OMS), « Aide-mémoire
sur la résistance aux antibiotiques » (2018). En ligne sur
http://www.who.int/mediacentre/factsheets/antibiotic-
resistance/fr/ (consulté le 15 décembre 2023).
[5] Guide sur la maîtrise de la diffusion des bactéries multiré-
sistantes aux antibiotiques, Conseil supérieur d’hygiène pu-
blique de France, Comité technique national des infections
nosocomiales, ministère de l’Emploi et de la Solidarité, 1999.
[6] L’évolution des consommations d’antibiotiques en France
entre 2000 et 2015, rapport scientifique, Agence Nationale de
Sécurité du Médicament et des Produits de santé (ANSM),
2017. En ligne sur https://www.omedit-grand-est.ars.sante.
fr/system/files/2017-08/ANSM-rapport-antibio_2016_bd2.
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tiques, rapport scientifique, ministère des Affaires sociales,
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https://sante.gouv.fr/IMG/pdf/rapport_antibiotiques.pdf
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[9] « Plan d’action mondial pour combattre la Résistance
aux Antimicrobiens », Organisation Mondiale de la Santé
(2016). En ligne sur http://apps.who.int/iris/bitstream/
handle/10665/249548/9789242509762-fre.pdf;jsessionid=
0621CEC5A57AD135A25613B2C17B2F35?sequence=1
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scientifique, Haut Conseil de la santé publique, 2013. En ligne
sur https://www.hcsp.fr/explore.cgi/avisrapportsdomaine?
clefr=372 (consulté le 7 novembre 2023).
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coccus faecium outbreaks : a 6-year prospective study in a
French multihospital institution, January 2010 to December
2015 », Euro Surveill. 23 (2018), no 8, article no. 17-00078.


L’antibiorésistance : un bon exemple du concept « une seule santé »

Klaus Scherrer

Sixty years of life with François Gros

Margaret Buckingham

Messenger RNA in differentiating muscle cells—my experience in François Gros’ lab in the 1970s and 80s

Germano Cecere

Comptes Rendus
Biologies
Germano Cecere
Epigenetic and gene regulatory functions of small RNAs
Volume 346, Special Issue S2 (2023), p. 75-77
Online since: 19 December 2023
Issue date: 29 March 2024
Part of Special Issue: A tribute to François Gros, a founding father of molecular
biology
Guest editors: Margaret Buckingham (Professeur émérite et directeur honoraire du
département Biologie du développement et cellules souches à l’Institut Pasteur -
Membre de l’Académie des sciences) and Moshe Yaniv (Professeur honoraire à
l’Institut Pasteur - Directeur de recherche émérite au CNRS - Membre de l’Académie
des sciences)
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C EN T R E
MER S ENN E
The Comptes Rendus. Biologies are a member of the
Mersenne Center for open scientific publishing
www.centre-mersenne.org — e-ISSN : 1768-3238
Comptes Rendus
Biologies
2023, Vol. 346, Special Issue S2, p. 75-77
https://doi.org/10.5802/crbiol.131
A tribute to François Gros, a founding father of molecular biology
Epigenetic and gene regulatory functions of small
RNAs
Germano Cecere ,a
a Department of Developmental and Stem Cell Biology, Institut Pasteur, Université
Paris Cité, CNRS UMR3738, Mechanisms of Epigenetic Inheritance, Paris, France
E-mail: germano.cecere@pasteur.fr
Abstract. In this review article, I summarize the intervention I made during the “Hommage à François
Gros” held at the Institut Pasteur in Paris on the 25th of April, 2023. I discuss how the discovery
of the existence of an RNA intermediate between genetic information and protein translation has
changed our perspective on the role of RNA in gene regulation in these past years. I also discuss new
emerging paradigms, highlighting the role of RNA in heritable information similar to the well-known
DNA function.
Keywords. Epigenetics, Small RNAs, Gene regulation, RNA.
Note. This article follows a symposium held on 25 April 2023 at the Institut Pasteur in tribute to
François Gros.
Published online: 19 December 2023, Issue date: 29 March 2024
In a seminal review article published in 1961,
François Jacob and Jacques Monod introduced a
groundbreaking concept: the existence of an inter-
mediary molecule that bridges the gap between pro-
tein synthesis and genetic information [1]. Termed
the “structural messenger”, this hypothetical mole-
cule spurred intense speculation within the scien-
tific community. Within the same year of the re-
view’s publication, François Gros, working in col-
laboration with James Watson’s laboratory at Har-
vard University, embarked on a quest to decipher the
elusive mediator connecting genes to ribosomes [2].
Concurrently, Sidney Brenner and François Jacob, in
Matthew Meselson’s laboratory at Caltech, embarked
on a parallel journey [3]. Through rigorous experi-
mentation, both teams converged on a groundbreak-
ing revelation: an RNA molecule, characterized by
its instability, emerged as the long-sought interme-
diary. This pivotal molecule, named messenger RNA
(mRNA), served as the conduit through which ge-
netic information was conveyed from DNA to ribo-
somes for protein synthesis.
This discovery of mRNA heralded a new era in
molecular biology and unveiled RNA’s multifaceted
roles in gene regulation. No longer a passive mes-
senger, RNA emerged as a central player in orches-
trating mRNA synthesis and protein production. In
1993, a pivotal discovery occurred in Victor Am-
bros’s laboratory. A gene whose mRNA product pro-
duced a novel RNA species measuring about 22 nu-
cleotides, known as microRNA (miRNA), was un-
veiled [4]. This miRNA possessed the remarkable
ability to modulate the protein expression of other
genes by base-pairing to the end of target mRNA
molecules [4, 5]. Initially discovered in the nematode
Caenorhabditis elegans, miRNAs were later identi-
fied in diverse animal models, including humans [6].
They emerged as global regulators of gene expression
and play vital roles during development and disease
progression [7].
Interestingly, the realm of small regulatory RNAs
extended beyond the animal kingdom. Viruses that
infect animal cells harness the potential of these reg-
ulatory mechanisms. Viral miRNAs manipulate the
ISSN (electronic) : 1768-3238 https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/
76 Germano Cecere
host’s miRNA machinery, facilitating viral replica-
tion by modulating host gene expression [8]. The
COVID-19 pandemic provided a unique context for
investigating viral miRNAs in SARS-CoV-2 infection.
Our research team revealed the existence of a SARS-
CoV-2-derived miRNA that dampened human im-
mune responses by downregulating mRNAs involved
in interferon-mediated responses, shedding light on
the intricate interplay between viral infection and
host defense [9].
Besides their post-transcriptional regulatory func-
tion, small RNAs can also control the RNA synthesis
of targeted genomic regions in the nucleus. A class
of small regulatory RNAs, known as PIWI-interacting
RNAs (piRNAs), has emerged as a conserved RNA-
based immune system safeguarding the genome’s in-
tegrity against nucleic acid parasites [10]. Primar-
ily expressed in the animal germline, piRNAs play
a central role in controlling invasive genomic ele-
ments such as viruses and transposons. Distinc-
tively, piRNAs repress these elements in the nu-
cleus at the chromatin level, underscoring their role
as genome guardians. Recent findings from our
team unveiled an intriguing dimension of piRNAs—
beyond defense. We discovered global transcrip-
tional repression by piRNAs of endogenous tran-
scriptional programs [11]. This repressive function of
piRNAs is essential for proper gamete differentiation
and function. Thus, piRNAs can also repress endoge-
nous genes during animal development, highlighting
their dual role in genome defense and developmen-
tal processes.
In retrospect, the journey from the postulated
“structural messenger” to the intricate web of small
regulatory RNAs exemplifies the evolutionary trajec-
tory of our understanding. From mRNA’s pivotal
role in gene expression control to the discovery of
miRNAs and piRNAs, RNA’s versatility and regulatory
prowess have come to the fore.
Recent years have witnessed the emergence of a
new paradigm—an insight that shatters the bound-
aries that once constrained RNA’s scope. While RNA’s
renown rests in its role as a messenger that bridges
genes to ribosomes, it now claims its place as a
cornerstone in the realm of heritable information—
akin to the role of DNA. The revelation that small
RNAs traverse generations through gametes, impart-
ing hereditary traits, has etched a new trajectory
in biology and genetics [12]. Pioneering work in
C. elegans illuminated how small RNAs can perpet-
uate gene silencing across generations [13, 14]. Re-
search from our team has also contributed to this no-
tion, revealing the heritable function of small RNAs in
embryonic development and animal fertility [15, 16].
These heritable RNAs not only influence trait inher-
itance but can also shape animal evolution in re-
sponse to environmental changes. These tantaliz-
ing glimpses into RNA’s uncharted role as a bearer of
heredity underscore the astonishing adaptability in-
herent within this once-underestimated molecule.
The revelation of heritable RNA has unraveled
yet a novel function that RNA holds, promising to
reshape our understanding of biology and chart a
course for discoveries yet to come.
Declaration of interests
The authors do not work for, advise, own shares in, or
receive funds from any organization that could bene-
fit from this article, and have declared no affiliations
other than their research organizations.
References
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synthesis of proteins”, J. Mol. Biol. 3 (1961), p. 318-356.
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Germano Cecere 77
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2497.
[15] P. Quarato, M. Singh, E. Cornes, B. Li, L. Bourdon, F. Mueller,
C. Didier, G. Cecere, “Germline inherited small RNAs facilitate
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embryos”, Nat. Commun. 12 (2021), article no. 1441.
[16] G. Barucci, E. Cornes, M. Singh, B. Li, M. Ugolini, A. Samolygo,
C. Didier, F. Dingli, D. Loew, P. Quarato, G. Cecere, “Small-
RNA-mediated transgenerational silencing of histone genes
impairs fertility in piRNA mutants”, Nat. Cell Biol. 22 (2020),
p. 235-245.


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Jean-Dominique Lebreton

Comptes Rendus
Biologies
Jean-Dominique Lebreton
Henri Décamps, une écologie ouverte aux préoccupations sociétales
Volume 346 (2023), p. 85-87
Published online: 22 June 2023
https://doi.org/10.5802/crbiol.121
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Comptes Rendus
Biologies
2023, Vol. 346, p. 85-87
https://doi.org/10.5802/crbiol.121
Notice biographique
Henri Décamps, une écologie ouverte aux
préoccupations sociétales
Jean-Dominique Lebreton a
a CEFE, Univ Montpellier, CNRS, EPHE-PSL University, IRD, Montpellier, France
Courriel : jean-dominique.lebreton@cefe.cnrs.fr
Publication en ligne : 22 juin 2023
Crédit photographique : Brigitte Eymann. Tous droits réservés.
ISSN (electronic) : 1768-3238 https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/
86 Jean-Dominique Lebreton
Henri Décamps est décédé le 10 janvier 2023. Il
avait 87 ans. Il avait été élu correspondant de l’Aca-
démie des sciences le 7 juin 1993, puis membre le 16
décembre 2008 dans la section Biologie intégrative, et
était également membre de l’inter-section des appli-
cations des sciences. Il était depuis 2004 membre de
l’Académie d’agriculture de France.
Henri Décamps, chercheur au CNRS depuis 1961,
était un spécialiste de l’écologie des rivières et des
paysages fluviaux, ce qui l’avait conduit à s’intéres-
ser aux écotones, les zones de contact entre écosys-
tèmes distincts, et, à partir de là, à l’écologie des
paysages. Pionnier des recherches dans ces deux do-
maines et bénéficiant dès lors d’une forte renommée
internationale, il a joué un rôle clé dans leur essor en
France, tout en les reliant dans une démarche forte-
ment pluridisciplinaire aux Sciences de l’homme et
de la société (SHS).
Ses premiers travaux ont porté sur l’écologie des
Trichoptères : les larves de nombreuses espèces
construisent de petits fourreaux bien connus des
pêcheurs. Leur présence est un excellent indicateur
de la qualité des eaux. C’est à partir de cette même
préoccupation de qualité des eaux que, dans le cadre
d’un aménagement du Lot, Henri Décamps passe
en revue les différentes sources de pollution et leurs
conséquences [1]. On trouve dans ces premiers tra-
vaux un fil conducteur qu’il gardera tout au long de
sa carrière : un lien naturel entre recherches fonda-
mentales et appliquées, et, par voie de conséquence,
entre écologie scientifique et SHS [2]. Dans le travail
sur le Lot, l’accent sur la diversité des besoins en
eau (eau potable, usages industriels, eau d’irrigation,
besoins environnementaux) et les éventuels conflits
entre ces usages prennent une résonance plus que
jamais pertinente.
Dès lors, Henri Décamps jouera un rôle mo-
teur dans d’importants programmes pluridiscipli-
naires : comité Gestion des ressources naturelles
renouvelables de la DGRST (Délégation générale
à la recherche scientifique et technique), PIREN
(Programme de recherche sur l’environnement du
CNRS), programme MAB (Man and biosphere) de
l’UNESCO. Il a notamment dirigé l’action Grands
fleuves du PIREN, portant sur Garonne, Seine et
Rhône, lancée dans les années 1980, et a présidé
le comité Écologie et gestion du patrimoine naturel
du ministère chargé de l’environnement. Il a égale-
ment été président de l’International Association for
Landscape Ecology, ce qui a conduit à l’organisation
de son colloque mondial à Toulouse en 1995.
En 1980 il est chargé de remodeler le Service de
la carte de végétation du CNRS, à Toulouse, qui était
une unité de service, pour en faire un laboratoire
de recherche en écologie. Son ouverture d’esprit et
sa bienveillance ne sont bien sûr pas étrangers à ce
choix.
Il démontre alors avec son équipe le rôle clé des
échanges de nutriments entre cours d’eau et éco-
systèmes terrestres riverains, et leur rôle dans les
cycles du carbone et de l’azote dans les zones inon-
dables [3]. Il est à ce titre un des rares européens
choisis, en 1995, par la Société internationale de
limnologie pour présenter la Memorial Baldi Confe-
rence. L’ensemble de ses travaux a contribué à mon-
trer que le fonctionnement des systèmes écologiques
ne peut faire l’économie d’une pleine compréhen-
sion du rôle des écotones [4,5], qu’on peut voir de fa-
çon un peu caricaturale comme les membranes des
cellules que constituent les écosystèmes. Ses travaux
sur les interfaces entre cours d’eau et milieux ter-
restres et sur leur rôle dans les cycles du carbone
et de l’azote dans les zones inondables ont joué un
rôle important dans le développement des notions
de corridors écologiques et de connectivité, concepts
clés de gestion de la biodiversité. Il est alors naturel-
lement consulté lors du lancement par le ministère
en charge de l’écologie en 2009 des programmes de
trames vertes et bleues.
Sur ces bases, Henri Décamps développe dans son
ouvrage Printemps des paysages (écrit avec Odile Dé-
camps) [6] une écologie des paysages qui associe la
rigueur de l’écologie scientifique à une large vision
des préoccupations de société. Cette association qui
lui était si caractéristique l’avait amené à participer
comme rédacteur en chef et par de nombreux articles
aux activités de la revue Nature Sciences Sociétés, outil
privilégié de telles réflexions pluridisciplinaires [7].
Son expérience et ses qualités humaines faisaient
donc dès lors d’Henri Décamps le promoteur et coor-
dinateur naturel du rapport Évènements climatiques
extrêmes : réduire les vulnérabilités des systèmes écolo-
giques et sociaux de l’Académie des sciences [8], paru
en 2010, rapport plus que jamais d’actualité.
L’Académie des sciences est ainsi particulière-
ment redevable à Henri Décamps de son ouverture
d’esprit. Sa grande bienveillance et sa parfaite cour-
toisie vont aussi cruellement nous manquer.
Jean-Dominique Lebreton 87
Conflit d’intérêt
L’auteur n’a aucun conflit d’intérêt à déclarer.
Références
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du Lot », Annls Limnol. 14 (1978), p. 163-179.
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human and natural sciences in landscape research », Landsc.
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tential importance of boundaries to fluvial ecosystems », J. N.
Am. Benthol. Soc. 7 (1988), p. 289-306.
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corridors in maintaining regional biodiversity », Ecol. Appl. 3
(1993), p. 209-212.
[5] R. J. Naiman, H. Decamps, « The ecology of interface — Ripa-
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[6] H. Décamps, O. Décamps, Au printemps des paysages, Buchet-
Chastel, Paris, 2004, 238 pages.
[7] H. Décamps, « La vulnérabilité des systèmes socioécologiques
aux événements extrêmes : exposition, sensibilité, résilience »,
Nat. Sci. Soc. 15 (2007), p. 48-52.
[8] H. Décamps (coordinateur), « Événements climatiques
extrêmes : réduire les vulnérabilités des systèmes éco-
logiques et sociaux », 2010, Académie des sciences,
https://www.academie-sciences.fr/fr/Rapports-ouvrages-
avis-et-recommandations-de-l-Academie/evenements-
climatiques-extremes-reduire-les-vulnerabilites-des-
systemes-ecologiques-et-sociaux.html.


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