Repositorio de la Asociación Española de Neuropsiquiatría
Not a member yet
6227 research outputs found
Sort by
Classification of colorectal cancer based on gene sequencing data with XGBoost model: An application of public health informatics
No full textPurpose: This study aims to classify open-access colorectal cancer gene data and identify essential genes with the XGBoost method, a machine learning method. Materials and Methods: The open-access colorectal cancer gene dataset was used in the study. The dataset included gene sequencing results of 10 mucosae from healthy controls and the colonic mucosa of 12 patients with colorectal cancer. XGboost, one of the machine learning methods, was used to classify the disease. Accuracy, balanced accuracy, sensitivity, selectivity, positive predictive value, and negative predictive value performance metrics were evaluated for model performance. Results: According to the variable selection method, 17 genes were selected, and modeling was performed with these input variables. Accuracy, balanced accuracy, sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, and F1 score obtained from modeling results were 95.5%, 95.8%, 91.7%, 1%, 1%, and 90.9%, and 95.7%, respectively. According to the variable impotance acquired from the XGboost technique results, the CYR61, NR4A, FOSB, and NR4A2 genes can be employed as biomarkers for colorectal cancer. Conclusion: As a consequence of this research, genes that may be linked to colorectal cancer and genetic biomarkers for the illness were identified. In the future, the detected genes' reliability can be verified, therapeutic procedures can be established based on these genes, and their usefulness in clinical practice may be documented
Experiences of divorced individuals at pre marriage, marriage and post marriage process (sample of Elazig )
No full textYapılan bu çalışma en başında boşanmış bireylerin toplum içerisinde yaşadıkları sorunları, kendi içlerinde boşanma sürecini ve zorluklarını, kimi zaman da olumlu taraflarını nasıl anlamlandırıp akla yatkın hale getirdiklerini anlama hedefiyle başlatılmıştır. Süreç içerisinde kişilerin evlilik öncesi ve sonrası yaşantılarını, anılarını paylaşmasıyla tez kapsam olarak boşanmaya hazırlayan süreçleri de kapsamına almıştır. Kişilerin kendi dünya görüşleri ve varoluş amaçlarının, evliliğe bakış açılarını da belirlediği gözlenmiştir. Bir daha özgürlükçü ise evliliği tutsaklık olarak algılarken, bir diğerine bağımlı olarak anlam arayışını bulan da vardır. Her bireyin kendine özgü bir yolu vardır, bu yolda aile olmak kimisi için bir amaçken, kimisi için ise engelleyici bir faktördür. Bireylerin bulundukları aile, çevresel ve ekonomik koşullar da elbette varoluşsal süreçlerini etkilemektedir. Ekonomik olarak güçlü ailelere sahip bireyler geçim telaşı duymazlar ve daha derin anlam arayışına girme fırsatı bulabilirler. Oysa ekonomik kaygılarla geçen günlerde farklı şeyleri düşünmek nerede ise imkânsızdır. Elbette tek faktör maddiyat değildir. Kişilerin bilgi birikimleri, karşıdakine sağlıklı bir bağ kurabilme yeteneği ve özgüven gibi faktörler de yine bireylerin evliliğe bakış açılarını etkilemektedir. Bu anlamda maddi sorun gütmeyen bireylerin boşanma olgusuna daha sıcak baktığı görülmüştür. Boşandıktan sonraki sürece dair bir gelecek kaygısı olmayan bireyler kötü giden evliliklerini bitirdiklerinde özgürlük hissetmektedirler. Oysa evlilik çatısı içerisinde maddi zorunluluklar nedeniyle bulunan ve evliliği bitirdiğinde maddi anlamda türlü zorluklarla karşılaşacağını bilen bireyler için boşanma elbette daha zorlayıcı bir süreç olacaktır. Katılımcıların söylemlerinden edinilen bilgilere göre ailevi destek alan bireylerin boşanma sonrasındaki hayatları her anlamda daha kolay olmuştur. Sosyal destek, bireyi ayakta tutan önemli etmenlerden biridir. Anahtar Kelimeler: Boşanma, aile, evlilik, sosyal uyumThis study was initiated with the aim of understanding how divorced individuals make sense of the problems they experience in society, the divorce process and difficulties, and sometimes their positive aspects, and make it plausible. In the process, people's pre- and post-marriage experiences and memories were shared, and the thesis included the processes that prepare them for divorce. It has been observed that people's own worldviews and existence purposes also determine their perspective on marriage. If the individual is more libertarian, he perceives marriage as a bondage, while there are some who find the search for meaning by being dependent on one another. Each individual has a unique path, while being a family is a goal for some; it is a hindering factor for others. Of course, the family, environmental and economic conditions of individuals also affects their existential processes. Individuals with economically strong families do not rush to make a living in daily life and can find the opportunity to seek deeper meaning. However, it is almost impossible to think about different things in the days spent with economic concerns. Of course, money isn't the only factor. Factors such as people's knowledge, ability to establish a healthy bond with the other person and self-confidence also affect individuals' perspectives on marriage. In this sense, it has been seen that individuals who do not have financial problems are more likely to look at the phenomenon of divorce. Individuals who do not have any concerns about the future after the divorce feel freedom when they end their bad marriage. However, divorce will certainly be a more challenging process for individuals who are in the framework of marriage due to financial obligations and who know that they will face various difficulties in financial terms when they end the marriage. According to the information obtained from the discourses of the participants, the lives of individuals who received family support after divorce were easier in every sense. Social support is one of the important factors that keep the individual alive. Keywords: Divorce, family, marriage, social cohesio
Investigation of the presence of BAP1, PBRM1, SETD2 mutations in patients with clear cell renal cell carcinoma and evaluation of immunohistochemical correlation
No full textHastaları doğru tedaviye yönlendirmek için tümör örneklerinin moleküler testi giderek önem kazanmaktadır. Bu çalışmanın amacı klinikopatolojik, histomorfolojik özellikler ile BAP1, PBRM1 ve SETD2 genlerindeki mutasyonların etkilerini ve bunların immünohistokimya ile korelasyonunu incelemek ve berrak hücreli renal hücreli karsinom hastalarının tedavisine, prognozuna ve yönetimine rehberlik etmesini araştırmaktır. Materyal ve Metod: Çalışmaya 2015-2021 yılları arasında nefrektomi uygulanmış, İnönü üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezi Tıbbi Patoloji laboratuvarında değerlendirilmiş 80 adet ccRCC olgusu alınmıştır. Bu olgular BAP-1, PBRM-1, SETD-2 immünohistokimyasal boyanmaları ile değerlendirilmiştir. 12 olgu ise tüm ekzom dizileme yöntemiyle moleküler olarak mutasyonlar açısından araştırılmıştır. Bulgular: 80 olgunun %41'inde PBRM-1, %17,5'inde BAP-1, %47,5'inde SETD-2 ile immünohistokimyasal olarak boyanma kaybı bulundu. PBRM-1 ve BAP-1 ile cinsiyet, yaş, tümör lokalizasyonu, tümör boyutu, evre, grade, metastaz, arasında ilişki saptanmadı. BAP-1 negatifliği kötü genel sağkalım ile ilişkili bulundu. SETD-2 negatifliği ile ileri evre ve tümör boyutu arasında korelasyon saptandı. PBRM-1 ve BAP-1 negatifliğinin birlikteliği anlamlı bulundu; PBRM1/SETD2, BAP1/SETD2 birlikteliği istatistiksel olarak anlamlı değildi. Ekzom sekanslama işlemi ile 12 olgunun hiçbirinde VHL, PBRM-1, BAP-1, SETD-2 için anlamlı mutasyon saptanmadı. 7 olguda ARSD, 9 olguda SLC25A5 geninde SNP mutasyonlar saptanmıştır. Sonuç: BAP-1 ve PBRM-1 ile immünohistokimyasal olarak boyanma oranları literatür ile benzer oranda saptanırken, SETD-2 ile oran literatüre göre daha yüksek oranda saptandı. Ekzom sekanslama ile 12 olgunun hiçbirinde her 3 gene ait anlamlı mutasyon saptanmazken ARSD ve SLC25A5 genlerinde yüksek oranda mutasyonlar izlenmiştir. Bu genlerle ilgili çalışmalar RCC'nin hem moleküler makanizmasını hem de olası hedefe yönelik tedavileri yönlendirmeye katkı sunacaktır
The clinicopathological features and survival of Castleman disease: a multicenter Turkish study
No full textOBJECTIVE: In this study, we aimed to investigate the clinicopathological features and survival of CD, which is quite rare and has many unknowns. PATIENTS AND METHODS: This study was conducted by retrospectively evaluating patients diagnosed with CD in six different centers in Turkey. RESULTS: The median age of 33 patients included in the study was 49 and 51.5% (n = 17) of these patients were women. 18 (54.5%) patients were in the hyaline vascular subtype and most of the patients were UCD (n = 20, 60.6%). The most common involvement region was head and neck (n = 19, 57.5%). The UCD group was younger than the MCD group (p=0.027). Visceral lymph node involvement was higher in MCD than in UCD (p=0.001). Similarly, it was observed that there was more hepatomegaly (p=0.035) and splenomegaly (p=0.013) in the MCD group. During the median 19.5 months follow-up period, there were no patients who died. CONCLUSIONS: It was observed that UCD and MCD are different clinical entities. Promising survival times can be achieved with surgical and systemic treatments in both subtypes of this extremely rare disease. However, this re- suit should be supported by well-designed prospective comprehensive studies
COVID-19 is more dangerous for older people and its severity is increasing: a case-control study
No full textCoronavirus disease 2019 (COVID-19) triggers important changes in routine blood tests. In this retrospective case-control study, biochemical, hematological and inflammatory biomarkers between March 10, 2020, and November 30, 2020 from 3969 COVID-19 patients (3746 in the non-intensive care unit (non-ICU) group and 223 in the ICU group) were analyzed by dividing into three groups as spring, summer and autumn. In the non-ICU group, lymphocyte to monocyte ratio was lower in autumn than the other two seasons and neutrophil to lymphocyte ratio was higher in autumn than the other two seasons. Also, monocyte and platelet were higher in spring than autumn; and eosinophil, hematocrit, hemoglobin, lymphocyte, and red blood cells decreased from spring to autumn. In the non-ICU group, alanine aminotransferase and gamma-glutamyltransferase gradually increased from spring to autumn, while albumin, alkaline phosphatase, calcium, total bilirubin and total protein gradually decreased. Additionally, C-reactive protein was higher in autumn than the other seasons, erythrocyte sedimentation rate was higher in autumn than summer. The changes in routine blood biomarkers in COVID-19 varied from the emergence of the disease until now. Also, the timely changes of blood biomarkers were mostly more negative, indicating that the disease progresses severely. The study was approved by the Erzincan Binali Yildirim University Non-interventional Clinical Trials Ethic Committee (approval No. 86041) on June 21, 2021
Analysis of heat transfer and pressure drop in helical finned tube bundles with computational fluid dynamics
No full textBu çalışmada Ansys-Fluent hesaplamalı akışkanlar dinamiği (HAD) paket programı kullanarak helisel kanatlı borulu bir ısı değiştiricisinin sayısal analizi yapılmıştır. Sayısal analizde boru dış yüzeyi sabit sıcaklık olarak tanımlanmış, borunun kanatcıklı olan dış tarafı dikkate alınarak akışkan olarak dış ortam havası seçilmiştir. Sayısal çalışmalarda kanat yüksekliği, boru çapı, kanat kalınlığı ve kanat adımı gibi parametrelerde değişiklik yapılarak 5000-20000 Re sayısı aralığında hesaplanan giriş hızlarıyla, elde edilen çıkış sıcaklıkları ve basınç düşümüne göre Nusselt sayısı ve sürtünme faktörü hesaplanmıştır. Ayrıca, aynı sınır şartları ve değişken parametreler kullanarak dairesel kanatlı boru demetleri için de sayısal hesaplar yapılmış, elde edilen sonuçlar helisel kanatlı boru demetleri ile karşılaştırılmıştır. Helisel kanatlı boru demetlerinde, değişken parametrelerden boru çapı ve kanat adımının artması ısı transferini artırırken, kanat yüksekliğinin ve kanat kalınlığının artması ise ısı transferini azalttığı görülmüştür. Kanat kalınlığı ve kanat adımının artması sürtünme etkisini artırırken, boru çapı ve kanat yüksekliğinin artması ise sürtünme etkisinin azaldığı görülmüştür. Ayrıca, helisel kanatlı boru demetinin dairesel kanatlı boru demetine göre ısıl performansın daha iyi olduğu görülmüş fakat basınç düşümünün daha fazla olduğu tespit edilmiştir. Sayısal analizin doğrulaması literatürdeki helisel kanatlı boru demetlerinde yapılan deneysel sonuçlar ile karşılaştırılarak yapılmış ve sonuçlar arasında iyi bir uyum olduğu görülmüştür.In this study, numerical analysis of a helical finned tube heat exchanger was performed in the Ansys-Fluent computational fluid dynamics (CFD) package program. In the numerical analysis, a constant wall temperature was defined on the outer surface of the pipe and surrounding air was used as a fluid considering the outside of the pipe with fins. In the analysis, Nusselt number and friction factor were calculated according to the obtained outlet temperatures and pressure drop, with the inlet velocities calculated in the range of 5000-20000 Re number by changing parameters such as fin height, pipe diameter, fin thickness and blade pitch in numerical studies. In addition, numerical calculations were made for circular finned tube bundles using the same boundary conditions and variable parameters, and the results were compared with helical finned tube bundles. In the helical finned tube bundles, it has been seen that increasing the pipe diameter, fin pitch increases the heat transfer, besides increasing the fin height and fin thickness decreases the heat transfer. It has been also observed that increasing the fin thickness and fin pitch increases the friction factor, besides increasing the pipe diameter and fin height decreases friction factor. In addition, it was seen that the thermal performance of the helical finned tube bundle was better than the circular finned tube bundle, but it was determined that the pressure drop was higher. The verification of numerical results was performed by compared the experimental results in the literature and a good agreement was observed between results
Association of biochemical and clinical parameters with parathyroid adenoma weight. Turkish-Bulgarian endocrine and breast surgery study group, hyperparathyroidism registry study
No full textBackground: Primary hyperparathyroidism (pHPT) caused by a single benign parathyroid adenoma is a common endocrine disorder that is affected by regional differences. Living in different geographical regions reveals differences in the laboratory results and pathological findings, but studies on this subject are not sufficient. The article focuses on biochemical and pathological effects of geographical differences in parathyroid adenoma. In addition, the present study seeks to elaborate on treatment methods and effectiveness of screening in geographical area of Bulgaria and Turkey. Method: In this prospective study, 159 patients were included from 16 centres. Demographic characteristics, symptoms, biochemical markers and pathologic characteristics were analysed and compared between 8 different regions. Results: Patients from Turkish Black Sea had the highest median serum calcium (Ca) level, whereas patients from Eastern Turkey had the lowest median serum phosphorus (P) level. On the other hand, there was no significant difference between Ca, parathormone (PTH) and P levels according to regions. Patients from Eastern Turkey had the highest adenoma weight, while patients from Bulgaria had the lowest adenoma weight. The weight of adenoma showed statistically significant differences between regions (p < 0.001). There was a correlation between adenoma weight and serum PTH level (p = 0.05) and Ca level (p = 0.035). Conclusion: This study has provided a deeper insight into the effect of the regional differences upon clinicopathological changing and biochemical values of pHTP patients with adenoma. Awareness of regional differences will assist in biochemical screening and treatment of this patient group. (c) 2021 Asian Surgical Association and Taiwan Robotic Surgery Association. Publishing services by Elsevier B.V. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license (http://creativecommons.org/ licenses/by-nc-nd/4.0/)
Determination of anticarcinogenic effects of mitochondrial-derived peptide (MOTS-C) in human breast cancer cell lines: An in vitro study
No full textAmaç: Mitokondriyal-türevli peptid (MOTS-c), mitokondriyal DNA tarafından kodlanan ve AMP-aktive protein kinazı (AMPK) aktive ederek hücresel enerji metabolizmasında görev alan bir peptitdir. AMPK'nın diyabet, yaşlanma ve kanser gibi birçok patolojik durumda inhibe edildiği bildirilmektedir. AMPK'yı hedef alan yeni tedavi yaklaşımları söz konusu hastalıkların tedavisine katkı sağlayabilir. Bu çalışmayla MOTS-c'nin insan meme kanseri hücre serisi üzerine sitotoksik etkilerini biyokimyasal ve moleküler düzeyde açıklamayı amaçladık. Materyal ve Metot: Çalışmada MOTS-c ve referans ilaç 5-Florourasilin (5-FU) insan meme kanseri hücre serisi ve normal insan meme epitel hücre serisi (sırasıyla MCF-7 ve MCF10A) üzerine uygulamaları farklı zaman dilimlerinde gerçekleştirildi. Hücre canlılığındaki değişimler 3-(4,5-Dimetiltiazol-2-yl)-2,5-difeniltetrazolyum bromür (MTT) analizleri ile belirlendi. Peptidin DNA hasarı ve apoptotik hücre ölümü üzerine etkileri tek hücre jel elektroforez (Comet) yöntemi ve TUNEL analizleriyle araştırıldı. MOTS-c'nin apoptoz ve otofaji yolaklarında görev alan genler üzerine etkileri moleküler analizlerile saptandı. Bulgular: MOTS-c uygulamasından 72 saat sonra MCF-7 hücrelerinde canlılık önemli düzeyde azaldı (p<0.05). MOTS-c ve 5-FU uygulaması MCF-7 hücrelerinde DNA hasarına neden olurken, MCF-10A hücrelerinde ise her iki bileşiğin DNA hasarına neden olmadığı belirlendi. MOTS-c MCF-7 hücrelerinde AMPK, TSC2, ULK1 ve Beclin1 gen ifadelerini arttırdı ancak p53, pro-apoptotik Bax ve kaspaz-3 gen ifadelerini değiştirmedi. Bunun aksine 5-FU hücrelerde p53 ifadesini yukarı düzenledi ve Bax ve kaspaz-3 gen ifadelerini arttırdı, Bcl-2 gen ifadesini baskıladı. Sonuç: Bu sonuçlar 5-FU'nun apoptozdan kaynaklanan hücre ölümüne neden olduğunu, MOTS-c'nin ise AMPK, TSC2 ve ULK1 aktivasyonuyla sonuçlanan otofaji aracılı hücre ölümüne neden olduğunu gösterdi. Yapılacak çalışmalar sonrası klinik uygulamalarda MOTS-c'nin meme kanseri tedavisi için potansiyel bir terapötik aday olarak kullanılabileceğini düşünüyoruz.Aim: Mitochondrial-derived peptide (MOTS-c) is a peptide encoded by mitochondrial DNA and plays a role in cellular energy metabolism by activating AMP-activated protein kinase (AMPK). It is reported that AMPK is inhibited in many pathological conditions such as diabetes, aging, and cancer. New treatment approaches targeting AMPK may contribute to the treatment of these diseases. In this study, we aimed to explain the cytotoxic effects of MOTS-c on human breast cancer cell lines at the biochemical and molecular levels. Material and Method: In this study, applications of MOTS-c and reference drug 5-Fluorouracil (5-FU) on human breast cancer cell line and non-tumorigenic human breast epithelial cell line (MCF-7 and MCF10A, respectively) were performed in different time periods. Changes in cell viability were determined by 3-(4,5-Dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide (MTT) assays. The effects of the peptide on DNA damage and apoptotic cell death were investigated by single cell gel electrophoresis (Comet) method and TUNEL analysis. The effects of MOTS-c on genes acted role in apoptosis and autophagy pathways were determined by molecular analyses. Results: 72 hours after MOTS-c application, the viability of MCF-7 cells decreased significantly (p<0.05). It was determined that MOTS-c and 5-FU applications caused DNA damage in MCF-7 cells while both compounds did not cause DNA damage in MCF-10A cells. MOTS-c increased AMPK, TSC2, ULK1, and Beclin1 gene expressions in MCF-7 cells but did not change p53, pro-apoptotic Bax, and caspase-3 gene expressions. In contrast, 5-FU upregulated p53 expression in cells and increased Bax and caspase-3 gene expressions, suppressed Bcl-2 gene expression. Conclusion: These results showed that 5-FU caused apoptosis-induced cell death, while MOTS-c caused autophagy-mediated cell death resulting in activation of AMPK, TSC2, and ULK1. We think that MOTS-c can be used as a potential therapeutic candidate for breast cancer treatment in clinical applications after further studies
Autoimmune hepatitis and liver transplantation: Indications, and recurrent and de novo autoimmune hepatitis
No full textAutoimmune hepatitis is a chronic inflammatory disease of the liver that is characterized by circulating autoantibodies and elevated serum globulin levels. Liver transplantation may be required for patients with acute liver failure, decompensated cirrhosis, and hepatocellular carcinoma. Recurrence is defined as development of the same disease in the allograft following liver transplantation. Autoimmune hepatitis recurs in 36%-68% of the recipients 5 years after liver transplantation. De novo autoimmune hepatitis is the development of autoimmune hepatitis like clinical and laboratory characteristics in patients who had undergone liver transplantation for causes other than autoimmune hepatitis. Diagnostic work up for recurrent and de novo autoimmune hepatitis is similar to the diagnosis of the original disease, and it is usually difficult. Predniso(lo)ne with or without azathioprine is the main treatment for recurrent and de novo autoimmune hepatitis. Early diagnosis and treatment are vital for patient prognosis because de novo autoimmune hepatitis and recurrent autoimmune hepatitis cause graft loss and result in subsequent retransplantation if medical treatment fails. ©The Author(s) 2022. Published by Baishideng Publishing Group Inc. All rights reserved
Francis Bacon’ın Epistemolojisi Işığında Kovid-19 Pandemisini Okumak
No full textBu çalışmanın amacı Francis Bacon’ın epistemoloji kuramının, Kovid-19 pandemi sürecindeki epistemik faaliyetlerimize ilişkin sahip olduğu imkânı tartışmaktır. Çalışmada Bacon’ın epistemoloji konusundaki düşüncelerinin-uyarılarının-ifşalarının son iki yılı aşkın bir süredir yaşamakta olduğumuz pandemi sürecindeki epistemik faaliyetlerimize olumlu katkılar sunacağı iddia edilecektir. Çalışma Baconcı bir epistemolojinin ve özellikle de onun idoller öğretisinin pandemi sürecinde geçerli olan birbiriyle ilişkili üç olumlu katkısı olduğu sonucuna varmaktadır. İlk olarak böylesi bir epistemolojinin, mevcut ve yerleşik bilimsel uzlaşılardan farklı olan bilimsel gerçeklikleri görebilme ve anlayabilmesi noktasında bireylere epistemik bir güç katacağı sonucuna varılmıştır. İkinci olarak bu epistemik gücün pandemi sürecinde farklı bilimsel verileri dikkate almayı mümkün kılacak epistemik bir özgürleşme sağladığı anlaşılmıştır. Bu anlamda pandemi sürecinde doğru akıl yürütmeler yapabilmemizi engelleyen yanılsamalardan epistemik açıdan özgürleşmemiz gerektiği kanaatine varılmıştır. Son olarak Baconcı epistemolojinin sağladığı böylesi bir özgürleşmenin hangi türden bilimsel bilgilere değer verilmesi gerektiğini göstermesi ve epistemik faaliyetlerimizdeki farklı türden yanılsama biçimlerini açıklaması açısından epistemik bir sağaltım elde etmemize katkıda bulunacağı sonucuna varılmıştır