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Endoplasmic stress sensor Ire1 is involved in cytosolic/nuclear protein quality control in Pichia pastoris cells independent of HAC1
No full textIn eukaryotic species, dysfunction of the endoplasmic reticulum (ER), namely, ER stress, provokes a cytoprotective transcription program called the unfolded protein response (UPR). The UPR is triggered by transmembrane ER-stress sensors, including Ire1, which acts as an endoribonuclease to splice and mature the mRNA encoding the transcription factor Hac1 in many fungal species. Through analyses of the methylotrophic yeast Pichia pastoris (syn. Komagataella phaffii), we revealed a previously unknown function of Ire1. In P. pastoris cells, the IRE1 knockout mutation (ire1Δ) and HAC1 knockout mutation (hac1Δ) caused only partially overlapping gene expression changes. Protein aggregation and the heat shock response (HSR) were induced in ire1Δ cells but not in hac1Δ cells even under non-stress conditions. Moreover, Ire1 was further activated upon high-temperature culturing and conferred heat stress resistance to P. pastoris cells. Our findings cumulatively demonstrate an intriguing case in which the UPR machinery controls cytosolic protein folding status and the HSR, which is known to be activated upon the accumulation of unfolded proteins in the cytosol and/or nuclei.journal articl
An Atropisomerism Study of Large Cycloarylenes: [n]Cyclo-4,10-Pyrenylenes’ Case
Get PDFAn atropisomerism of large cycloarylenes was studied using [n]cyclo-4,10-pyrenylenes (n=6$201321) as an illustrative example with two simple assumptions: (1) alternating configurations (R,S,R,S,…) are thermodynamically most stable, and (2) three consecutive identical configurations (R,R,R or S,S,S) are prevented. Ni-mediated coupling of a 5,9-diiodopyrene gave a series of directly-linked cyclic pyrene oligomers in one-pot reaction. As-synthesized cyclic hexamer was assigned as an (R,S,S,R,R,S) structure, converted into an (R,S,R,S,R,S)-form upon heating. Cyclic heptamer consists of two types of C2 symmetric structures predicted from assumption (2), one of which was convergent to one another by heating. Three atropisomers of cyclic octamer were analyzed from the possible five candidates by means of 1H nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy, and the conversion process to (R,S,R,S,R,S,R,S) configurations upon heating was investigated. In total, according to two simple rules, the analysis of atropisomerism could be performed smoothly.journal articl
ソウカン カンケイ ノ コウリツテキ ナ カイシャク オ シエン スル タメ ノ チエン ソウカン ブンセキ シュホウ ノ カクチョウ プロジェクト カンリ エノ カツヨウ ニ ムケタ テキヨウ ジッケン
No full text多様化するソフトウェア開発プロジェクトを効果的に管理するためには，プロジェクト固有のソフトウェア進化に関する知識が必要となる．遅延相関分析は，時間的な遅延を挟んで現れるメトリクス間の相関関係を求めることができる，探索的な知識抽出アプローチであり，オープンソースソフトウェアのリポジトリに対する適用が報告されている．しかしながら，プロジェクト管理への活用のためには，大量に抽出される相関関係を精査し，意味のある知見を抽出するコストが課題となる．本稿では，遅延相関の各係数に注目したヒューリスティックスによる絞り込みと，元の時系列データにおいてよくあてはまる区間の特定および可視化手法を提案する．また，オープンソースソフトウェアおよび組込み製品ソフトウェアへ適用することで，提案手法が遅延相関分析を用いた効率的なリポジトリ分析に寄与することを示した．journal articl
Machine learning-based estimation of spatial gene expression pattern during ESC-derived retinal organoid development
No full textOrganoids, which can reproduce the complex tissue structures found in embryos, are revolutionizing basic research and regenerative medicine. In order to use organoids for research and medicine, it is necessary to assess the composition and arrangement of cell types within the organoid, i.e., spatial gene expression. However, current methods are invasive and require gene editing and immunostaining. In this study, we developed a non-invasive estimation method of spatial gene expression patterns using machine learning. A deep learning model with an encoder-decoder architecture was trained on paired datasets of phase-contrast and fluorescence images, and was applied to a retinal organoid derived from mouse embryonic stem cells, focusing on the master gene Rax (also called Rx), crucial for eye field development. This method successfully estimated spatially plausible fluorescent patterns with appropriate intensities, enabling the non-invasive, quantitative estimation of spatial gene expression patterns within each tissue. Thus, this method could lead to new avenues for evaluating spatial gene expression patterns across a wide range of biology and medicine fields.journal articl
ガッコウ トショカン ショクイン ト キョウイン ノ レンケイ オ ウナガス ウチアワセ シート ノ カイハツ
No full text学校図書館職員による授業向けの資料提供業務を支援するために，学校図書館職員と教員間の情報共有を促進する打ち合わせシートを提案・開発した。シートの網羅性，詳細性，有用性，簡便性をバランス良く高めるべく，段階的に開発を進めた。まず，先行研究の知見に基づき，支援対象の授業・提供すべき資料・選定資料の提供方法を共有するための項目体系を定め，入力補助機構を備えたWeb インタフェースを実装した。続いて，学校図書館職員へのアンケート調査により，項目の網羅性や有用性を確認した上で，質的なフィードバックもふまえシートを改訂した。最後に，図書館を利用する任意の授業を想定した教員によるシートの利用実験を通して，シートが協働作業に必要な情報の入力を促すことを示した。教員から得たユーザビリティ評価アンケートの結果も考慮しながら，教員向けの入力項目を絞り込み，簡便性を高めた上で，本シートをオンラインで公開した。journal articl
NAD+ サイリヨウ ケイロ リッソク コウソ NAMPT ノ ジキ ヲ ゲンテイ シタ ハツゲン ガ コタイ ロウカ ニ アタエル コウカ ノ カイセキ
Get PDF奈良先端科学技術大学院大学修士(バイオサイエンス)master thesi
UI ブヒン ノ キノウセイ ルイジド オ モチイタ End-to-End Web テスト スクリプト ノ ロケータ シュウセイ
Get PDF奈良先端科学技術大学院大学修士(工学)master thesi
フクスウ ノ センショク ホウホウ ニヨル ビョウリ ソシキ ガゾウ オ モト ニ シタ シンソウ ガクシュウ ニヨル ウメコミ モデル ノ コウチク
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