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RNA inverse folding can be solved in linear time for structures without isolated stacks or base pairs
No full textExtended version of WABI 2024, under review at Algorithms for Molecular BiologyInternational audienceInverse folding is a classic instance of negative RNA design which consists in finding a sequence that uniquely folds into a target secondary structure with respect to energy minimization. A breakthrough result of Bonnet et al. shows that, even in simple base pairs-based (BP) models, the decision version of a mildly constrained version of inverse folding is NP-hard. In this work, we show that inverse folding can be solved in linear time for a large collection of targets, including every structure that contains no isolated BP and no isolated stack (or, equivalently, when all helices consist of 3 + base pairs). For structures featuring shorter helices, our linear algorithm is no longer guaranteed to produce a solution, but still does so for a large proportion of instances. Our approach introduces a notion of modulo m-separability, generalizing a property pioneered by Hales et al. Separability is a sufficient condition for the existence of a solution to the inverse folding problem. We show that, for any input secondary structure of length n, a modulo m-separated sequence can be produced in time O(n m 2 m ) anytime such a sequence exists. Meanwhile, we show that any structure consisting of 3 + base pairs is either trivially non-designable, or always admits a modulo-2 separated solution. Solution sequences can thus be produced in linear time, and even be uniformly generated within the set of modulo-2 separable sequences.</div
Ghiberti à Lyon. La Porte du Paradis, du moulage à sa restauration (1841-2025)
No full textInternational audienceEmblématique de la Renaissance italienne, la Porte du Paradis, œuvre monumentale en bronze doré réalisée entre 1425 et 1452 pour le baptistère de Florence par Lorenzo Ghiberti, n’a fait l’objet que de trois prises d'empreinte durant sa longue histoire. Ces dernières ont permis la production de nombreux tirages en plâtre et la diffusion de ce chef-d’œuvre dans le monde entier au XIXe et au XXe siècles au sein des collections de moulages des académies européennes des beaux-arts, des universités et des musées, à des fins pédagogiques et artistiques. Acquis en 1841 par la ville de Lyon et exposé dans la grande salle du musée des Beaux-Arts, le tirage en plâtre lyonnais est cédé en 1936 à la faculté des lettres. Faute de place, il est alors démonté et déplacé de réserve en réserve pendant quatre-vingt-sept ans. En 2025, cette œuvre retrouve sa place au sein du musée des Moulages de l’université Lumière Lyon 2 après une campagne de restauration hors norme, que relate cet ouvrage richement illustré, notamment par les élèves dessinateurs de l’école Émile Cohl
Des espaces informels d'échange (CE-adjoints) à des espaces de discussion sur le travail : objectiver notre pouvoir d'agir
No full textInternational audienc
Strictly outer actions of locally compact groups: Beyond the full factor case
No full textInternational audienceWe show that, given a continuous action α of a locally compact group G on a factor M , the relative commutant M ′ ∩ (M ⋊α G) is contained in M ⋊α H where H is the subgroup of elements acting without spectral gap. As a corollary, we answer a question of Marrakchi and Vaes by showing that if M is semifinite and αg is not approximately inner for all g ̸ = 1, thenQuestion 1 ([12, Question 9]). Let α : G ↷ M be a continuous action of a locally compact group on a factor. Assume that for all g ∈ G \ {1}, α g / ∈ Inn(M ) (i.e. α is topologically outer). Do we haveIn this paper, we solve this question at least when M is a semifinite factor. This is a consequence of the following main theorem.</div
Carbonaceous organic matter transformation under pressure and temperature: application to icy bodies
No full textMeeting abstractsInternational audienceCarbonaceous organic matter (COM) undergoes transformation under pressure and temperature, losing heteroatoms and reorganizing its carbon structure into graphite-like sheets. This process results in a density evolution from approximately 1300 kg/m 3 at ambient conditions to around 2300 kg/m 3 at 1300 K. Understanding the kinetics of this transformation is essential for various geological and planetary applications. To characterize this transformation, experimental studies were conducted at pressures up to 7 GPa and temperatures up to 723 K. Diamond anvil cell (DAC) experiments were used to assess the volume compression of COM as a function of pressure. Additionally, thermal effects were investigated using experimental samples heated between 473 and 723 K for durations ranging from seconds to hundreds of days under pressures between 0.2 and 2.5 GPa. Scanning Electron Microscopy with Energy Dispersive X-ray Spectroscopy (SEM-EDX) was used to determine the oxygento-carbon ratio of these samples. The results of these kinetic experiments allowed to adjust parameters of the Vitrimat kinetic model to model compositions close to type III kerogens at high-pressure conditions. The new model predicts the nature and proportions of released volatiles (HO, CO, and CH) for a given initial COM composition as a function of time and temperature. The model successfully predicts data from various literature sources, ranging from kerogen to meteoritic insoluble organic matter (IOM). Results from the compressibility and kinetic evolution of COM enabled the formulation of an equation describing the density evolution of OM as a function temperature and pressure. This equation has broad applicability, extending from the metamorphism of Earth's coals to the transformation of IOM in dark asteroids, comets, and chondrites, which are considered precursors of outer solar system bodies. Applications to icy bodies will be presented.</div
Les mêmes aménagements fluviaux causent-ils les mêmes impacts hydrosédimentaires ? Une approche comparative sur quatre tronçons court-circuités du Rhône.
No full textInternational audienceRivers in the Anthropocene have experienced significant hydromorphological changes as a result of engineering interventions (e.g., channelization, hydroelectric infrastructures) which have profoundly disrupted natural hydrosedimentary dynamics. This study examined four channelized (late 19th century) and bypassed (mid-20th century) Rhône River reaches (~60 km, ~13% of its length) to explore whether similar interventions yield comparable hydrosedimentary effects. Using GIS-based planform analysis (historical maps, aerial imagery, and satellite data), we documented channel evolution and margin terrestrialization, supplemented by hydrosedimentary data (longitudinal riverbed profiles and historical water levels). The results revealed active channel narrowing (-43% to -17% after channelization; -32% to -17% after diversion) and margin terrestrialization (27–44% after channelization; 41–66% after diversion). So, the by-passing had a more pronounced impact when post-channelization adjustments were moderate; and vice versa. In all cases, these diversions have profoundly disrupted hydrological sequences (homogenization of topo- and chrono-sequences), altering lateral connectivity patterns (less frequent but more intense), ultimately degrading the remaining elements of the alluvial mosaic, along with the socio-ecosystem functions and services it supported (e.g., habitat diversity). Additionally, gravel mining has exacerbated local bed incision, with cumulative depths reaching up to -4.1 m over the 20th century (-5 cm/year). Inter-reach variations in impact intensity reflect reach-specific factors and cumulative pressures. These findings highlight the need for a thorough assessment of the impacts of these engineering works to effectively guide management and ecological restoration strategies.La trajectoire fonctionnelle et la dynamique hydrosédimentaires des cours d’eau de l’Anthropocène ont été profondément bouleversées par des phases d’aménagements successives (e.g., chenalisation, aménagement hydroélectrique). Nous avons étudié quatre tronçons corrigés (fin du 19ème siècle) et court-circuités (milieu du 20ème siècle) du Rhône (~60 km, soit 13 % de sa longueur) afin d’examiner si des aménagements similaires entrainent des impacts hydrosédimentaires comparables. À l’aide d’une analyse chronoplanimétrique (cartes historiques, photos aériennes et images satellites), nous avons analysé la rétraction de la bande active et l’atterrissement des marges alluviales à la lumière de données hydrosédimentaires historiques (profil en long du fond du lit, niveaux d'eau). Les résultats indiquent une rétraction de la bande active (-43 % à -17 % suite à la chenalisation ; -32 % à -17 % suite à la dérivation) et un atterrissement des marges endiguées (27–44 % suite à la chenalisation ; 41–66 % suite à la dérivation). Ainsi, les dérivations ont eu un impact plus marqué lorsque les ajustements post-chenalisation étaient modérés, et inversement. Dans tous les cas, ces dérivations ont profondément perturbé les séquences hydrologiques (homogénéisation des topo- et chrono-séquences) et les modalités de connectivité latérale (moins fréquentes mais plus intenses), continuant la mosaïque alluviale ainsi que les fonctions socio-écosystémiques qu'elle portait (e.g., homogénéisation des conditions d’habitat). De plus, l'extraction de granulats alluvionnaires en lit mineur a aggravé localement l'incision du fond du fleuve, atteignant jusqu'à -4,1 m cumulés sur le 20ᵉ siècle (-5 cm/an). Les variations d'intensité des impacts dépendent des caractéristiques locales et des pressions cumulées observées sur chaque site. Ces résultats soulignent l’importance d’évaluer les impacts des aménagements afin de guider les stratégies de gestion et de restauration
Tendances conjointes des évolutions thermiques et hydrologiques des rivières : implications pour une gestion durable des écosystèmes et de la ressource en eau dans les bassins versants
No full textInternational audienceClimate change has dramatically increased river temperatures and altered the spatiotemporal dynamics of flows, posing challenges for ecosystem functioning and water resources for anthropogenic uses. This communication proposes an overview of the results from several coupled hydrology-thermal-fish community modeling projects, analyses of observations in the Loire basin and outline future directions. Firstly, sensitivity of streams and rivers to atmospheric warming will be discussed according to thermal and hydrological regimes, their size, the cumulative impacts of reservoirs and shading. In a second step, the evolutions of the co-occurrences of high temperature and low flow will be presented over 57 years (1963-2019) and during the 21st century based on climate scenarios. These associations evolved heterogeneously across the basin, becoming more frequent in the southern basin in both winter and summer. Results on three emblematic migratory fish species will be presented in connection with the counts at fish monitoring stations located on the Loire River, Allier, Vienne and Creuse streams, and highlighting the differentiated role of hydro-climatic conditions. Thirdly, the communication will provide the main scientific obstacles, in particular on the prediction of spatio-temporal heterogeneities in the river temperature and the role of groundwater exchanges. The analysis of thermal infrared images on the Arroux and the Bourbince streams during a heatwave event (41°C) and severe low water in July 2019, will introduce the notions of thermal refuge of cooler water and the need to better locate and characterize them. The increase in the frequency of low flow and high temperature episodes could compromise water availability for human activities, such as drinking water production, irrigation and cooling of nuclear power plants. These results highlight the urgency of adopting more holistic local adaptation strategies (water uses, biogeochemistry, connectivities) to be able to meet the ecological and water resource availability challenges related to climate change.Le changement climatique a fortement augmenté la température des rivières et a modifié la dynamique spatio-temporelle des débits, ce qui pose des défis pour le fonctionnement des écosystèmes et les ressources en eau pour des usages anthropiques. Cette communication se propose de faire le point sur les enseignements tirés de plusieurs travaux de modélisations couplées hydrologie-thermie-communautés piscicoles et d’analyses des observations dans le bassin de la Loire. Dans un premier temps la sensibilité différente des cours d’eau au réchauffement atmosphérique, sera discutée en fonction des régimes thermiques et hydrologiques, de la taille des cours d’eau, des impacts cumulés des retenues, de la végétalisation des berges. Dans un second temps, les évolutions des co-occurrences de température élevée et de faible débit, seront présentées sur les 57 années de suivis (1963-2019) et de scénarios pour la fin du XXIème siècle. Ces associations ont évolué de manière hétérogène à travers le bassin, devenant plus fréquentes dans le sud du bassin en hiver et en été. Des résultats sur 3 espèces de poissons migrateurs emblématiques seront présentés en lien avec les comptages réalisés sur la Loire, l’Allier, la Vienne et la Creuse, et soulignant le rôle différencié des évolutions hydro-climatiques. Dans un troisième temps, la communication donnera les principaux verrous scientifiques, notamment sur la prédiction des hétérogénéités spatio-temporelles de la température des cours d’eau et le rôle des apports d’eau souterraines. L’analyse des images infrarouge thermique sur l’Arroux et la Bourbince lors d’un évènement caniculaire (41°C) et d’étiage sévère de juillet 2019, permettra d’introduire les notions de refuge thermique d’eau plus fraiche et la nécessité de mieux les localiser et les caractériser. L’augmentation de la fréquence de ces épisodes de bas débit et de températures élevés pourrait compromettre la disponibilité en eau pour les activités humaines, telles que la production d’eau potable, l’irrigation et le refroidissement des centrales nucléaires. Ces résultats soulignent l'urgence d'adopter des stratégies d’adaptation locales, plus holistiques (usages, biogéochimie, connectivités) pour pouvoir relever les défis écologiques et de disponibilité des ressources en eau liés au climat
Métacognition et autonomie de l'apprenant en langues : un état de l'art
No full textInternational audienc
Exploring photophysical properties and sensitivity to oxygen in anisolyl-picolinate antenna conjugated to azamacrocycles
No full textInternational audienceAn anisolyl-picolinate antenna grafted onto different macrocyclic ligands such as tacn, pyclen, or cyclen renders the resulting terbium(III) complexes highly sensitive to oxygen in aqueous solutions, enabling the design of ratiometric or lifetime-based molecular sensors. The underlying sensitization mechanism was investigated using analogous gadolinium(III) complexes, and the oxygen sensitivity was studied using transient absorption spectroscopy. The antenna-based triplet lifetime increased by up to 900-fold upon degassing, underscoring the role of the ligand excited states in designing highly sensitive oxygen probes