University of Crete

E-Locus
Not a member yet
    11894 research outputs found

    Ανίχνευση νοθείας στα καύσιμα με την χρήση φασματοσκοπίας και στατιστικής ανάλυσης

    No full text
    Η νοθεία καυσίμων αποτελεί πρόβλημα με σοβαρές επιπτώσεις στο περιβάλλον και την οικονομία. Η ανάλυση νοθείας καυσίμων πραγματοποιείται σήμερα με κλασικές αναλυτικές μεθόδους, οι οποίες είναι εξαιρετικά ακριβείς αλλά ακριβές και χρονοβόρες. Η οπτική φασματοσκοπία προσφέρει μια οικονομική και απλούστερη εναλλακτική λύση, με υψηλότερα όρια ανίχνευσης που θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για την ανίχνευση νοθείας καυσίμων στο πεδίο. Οι κύριοι στόχοι της εργασίας που περιγράφεται σε αυτή τη διατριβή ήταν να διερευνηθεί η δυνατότητα εφαρμογής οπτικών φασματοσκοπικών τεχνικών στην ανάλυση νοθείας καυσίμων και να αξιολογηθεί η απόδοση διαφορετικών τεχνικών για διαφορετικούς τύπους νοθείας, μετρώντας τα ίδια σετ δειγμάτων. Αξιολογήσαμε πέντε οπτικές φασματοσκοπίες: απορρόφηση υπεριώδους (UV), απορρόφηση εγγύς υπέρυθρου (NIR), απορρόφηση υπέρυθρου με μετασχηματισμό Fourier (FTIR), φθορισμό και Raman. Διερευνήθηκαν δύο τύποι νοθείας καυσίμων: νοθεία καυσίμου με καύσιμο και νοθεία καυσίμου με διαλύτη. Για τη νοθεία καυσίμου με καύσιμο, εξετάσαμε τρεις δημοφιλείς περιπτώσεις νοθείας: νοθεία βενζίνης super (100 οκτανίων) με κανονική βενζίνη (95 οκτανίων), νοθεία πετρελαίου κίνησης με πετρέλαιο θέρμανσης και νοθεία πετρελαίου κίνησης με πετρέλαιο ναυτιλίας. Για τη νοθεία καυσίμου με διαλύτη, διερευνήσαμε τη νοθεία βενζίνης super με αιθανόλη, τολουόλιο, διμεθυλοφορμαμίδιο και white spirit. Τα φάσματα αναλύθηκαν με ανάλυση Παλινδρόμησης Μερικών Ελαχίστων Τετραγώνων (PLS), και τα φασματικά χαρακτηριστικά που συμβάλλουν στην ανίχνευση διαφορετικών τύπων νοθείας εντοπίστηκαν. Η απορρόφηση NIR φαίνεται να είναι η καλύτερη απόδοση σε όλες τις περιπτώσεις νοθείας που δοκιμάστηκαν. Οι υπόλοιπες τεχνικές κατατάσσονται σε διαφορετικές θέσεις (2η έως 5η) ανάλογα με τον τύπο νοθείας. Αυτή η μελέτη καταδεικνύει τη δυναμική της οπτικής φασματοσκοπίας, σε συνδυασμό με στατιστική ανάλυση, να αποτελέσει μια γρήγορη και χαμηλού κόστους μεθοδολογία για τη διερεύνηση της νοθείας καυσίμων, συμπληρωματική των μεθόδων που χρησιμοποιούνται σήμερα.Fuel adulteration is a problem with serious repercussions to the environment and the economy. Fuel adulteration analysis is currently done with classical analytical methods which are extremely precise but expensive and time consuming. Optical spectroscopy offers a cost-effective and simpler alternative, with higher detection limits that could be used to detect fuel adulteration in the field. The main objectives of the work described in this thesis were to perform a systematic study on the feasibility of using optical spectroscopic techniques in motor fuel adulteration analysis and to assess the performance of different techniques for different adulteration types measuring the same sample sets. We evaluated five optical spectroscopies: ultraviolet (UV) absorption, near infrared (NIR) absorption, Fourier-transform infrared (FTIR) absorption, fluorescence and Raman. Two fuel adulteration types were investigated: fuel-in-fuel and solvent-in-fuel. For fuel-in-fuel adulteration we tested three popular adulteration cases: super (RON100) gasoline adulteration with regular (RON95) gasoline, car diesel adulterated with heating diesel and car diesel adulterated with marine diesel. For solvent-in-fuel adulteration we explored super (RON100) gasoline adulterated with ethanol, toluene, dimethylformamide and white spirit. Spectra were analyzed with Partial Least Squares regression (PLS) and spectral feature contributions that lead to different adulteration detection were identified. NIR absorption seems to be the best performer in all adulterations tested. The other techniques rank in different places (2nd to 5th) depending on adulteration type. This study demonstrates the potential of optical spectroscopy, combined with statistical analysis, to be a rapid and low-cost methodology to investigate fuel adulteration, complementary to the currently used methods

    Vibrio harveyi in Greek aquaculture: pathogenicity, comparative genomic analysis, and the biological cost of antibiotic adaptation

    No full text
    Η δονακίωση αποτελεί μια από τις σημαντικότερες ασθένειες της Μεσογειακής ιχθυοκαλλιέργειας. Πρόκειται για μια ασθένεια γνωστή εδώ και περισσότερους από δύο αιώνες, προσβάλλει ποικιλία οργανισμών, όπως ψάρια, μαλάκια (μύδια, στρείδια και άλλα γαστερόποδα), και καρκινοειδή (γαρίδες, αστακούς και καβούρια). Παρά την εκτενή έρευνα για την αντιμετώπιση της, εξακολουθεί να θεωρείται η σημαντικότερη στην υδατοκαλλιέργεια, και ενέχει πολύ μεγάλες οικονομικές απώλειες, αθροιστικά για την καλλιέργεια ψαριών και γαρίδας. Αρχικά, η δονακίωση αποδιδόταν στο Vibrio anguillarum, το οποίο θεωρούνταν ο κύριος αιτιολογικός παράγοντας της. Σήμερα, ωστόσο, άλλα ευκαιριακά παθογόνα του γένους Vibrio σχετίζονται επίσης με την πρόκληση της ασθένειας. Στην παρούσα διατριβή μελετήθηκαν περιστατικά δονακίωσης στην Ελληνική ιχθυοκαλλιέργεια, εστιάζοντας στην επιδημιολογία και την ποικιλότητα βακτηρίων του γένους Vibrio. Η εποχικότητα των λοιμώξεων, η συναπομόνωση πολλών ειδών, όπως το Vibrio harveyi με υποείδη του Photobacterium damselae, καθώς και η εμφάνιση της νόσου σε νέους ξενιστές, αποτέλεσαν σημαντικά ευρήματα της έρευνας. Κατά τη μελέτη των περιστατικών κατέστη εμφανές ότι την άνοιξη η ασθένεια σχετιζόταν με μεγαλύτερη ποικιλότητα ειδών του γένους Vibrio, ενώ τους καλοκαιρινούς και φθινοπωρινούς μήνες κυριαρχούσε ως απομόνωση το V. harveyi. Πραγματοποιήθηκε συγκριτική γονιδιωματική 21 στελεχών V. harveyi που είχαν απομονωθεί από περιστατικά δονακίωσης, δίνοντας έμφαση στο πανγονιδίωμα, τη φυλογένεση, τους λοιμογόνους παράγοντες και τις αντιγονικές πρωτεΐνες. Παρατηρήθηκε ότι διάφορα στελέχη του V. harveyi εμφάνισαν υψηλή φαινοτυπική πλαστικότητα, η οποία αντικατοπτριζόταν και σε υψηλή γονιδιωματική πλαστικότητα, όπως διαπιστώθηκε από τη συγκριτική γονιδιωματική ανάλυση. Σημαντικοί λοιμογόνοι παράγοντες ήταν κοινοί σε όλα τα στελέχη, μεταξύ αυτών είναι τα εκκριτικά συστήματα T2SS, T3SS, T4SS, T6SS, μεταφορείς της αίμης, σιδηροφόρα, διάφορες τοξίνες οι tlh, vhha, hlyIII, tlyC, rtx. Ανιχνεύτηκαν γονίδια ανθεκτικότητας που επίσης ήταν κοινά μεταξύ των 21 στελεχών και μεταξύ αυτών, το blaCARB-17 σχετίζεται με την ανθεκτικότητα στην αμπικιλλίνη, η οποία παρατηρήθηκε σε όλα τα στελέχη. Οι πιο συντηρημένες αντιγονικές πρωτεΐνες στα στελέχη φάνηκαν να είναι οι TolC, OmpK, OmpW, OmpA που θεωρούνται τυπικά συντηρημένες στα Vibrio και αποτελούν καλούς στόχους για την παραγωγή εμβολίων. Επιπλέον, σχεδιάστηκαν πειράματα προσαρμοστικής εξέλιξης του V. harveyi σε τρία αντιβιοτικά (φλορφενικόλη, οξυτετρακυκλίνη, οξολινικό οξύ), τα οποία χρησιμοποιούνται ευρέως στην υδατοκαλλιέργεια. Τα βακτήρια που απέκτησαν ανθεκτικότητα μελετήθηκαν ώστε να απαντηθούν ερωτήματα που σχετίζονται με το βιολογικό κόστος της ανάπτυξης ανθεκτικότητας για το μικροοργανισμό. Η προσαρμογή του V. harveyi στα τρία αντιβιοτικά προκάλεσε μεταλλάξεις που δεν κατανέμονταν τυχαία στο γονιδίωμα του, αλλά συσσωρεύτηκαν στο χρωμόσωμα 1. Παρατηρήθηκαν μεταλλάξεις σε γονίδια που εμπλέκονται στην ανθεκτικότητα στο εκάστοτε αντιβιοτικό και επίσης σε γονίδια ριβοσωμικών πρωτεϊνών, ρυθμιστών της γονιδιακής έκφρασης, και σε γονίδια των υπομονάδων της ATPάσης. Η προσαρμογή στο οξολινικό οξύ επέφερε μείωση στο ρυθμό αύξησης, παράτεινε τη φάση lag και συνεπαγόταν με μείωση της λοιμογόνου ικανότητας του βακτηρίου. Μέσω πρωτεομικής ανάλυσης σε αυτήν την ομάδα, διαπιστώθηκαν η καταστολή του HemF, που συμμετέχει βιοσύνθεση της αίμης, δομικές και λειτουργικές αλλαγές στα συστήματα μεμβρανών όπως η ενίσχυση της SecD του T2SS και η καταστολή βασικών συστατικών του T6SS, των ClpV και Hcp. Επίσης, παρατηρήθηκε μείωση των πρωτεϊνών του συμπλόκου της ATPάσης και διαταραχή της πρωτεόστασης και της ριβοσωμικής λειτουργίας. Συνοψίζοντας, έγινε εμφανές ότι η ανάπτυξη ανθεκτικότητας στο οξολινικό οξύ συνδέεται με την ενεργοποίηση μηχανισμών απόκρισης σε περιβαλλοντικό στρες που σχετίζονται με τη μειωμένη αύξηση και λοιμογονικότητα. Το V. harveyi παρουσιάζει υψηλή οικολογική και γενετική ευελιξία, γεγονός που ενισχύει τη θέση του ως σημαντικό παθογόνο στην υδατοκαλλιέργεια. Το είδος μπορεί να αναπτύξει ανθεκτικότητα σε αντιβιοτικά ταχύτατα μέσω χρωμοσωμικών μεταλλάξεων και ρύθμισης της μεταγραφής. Η μελέτη αυτή συμβάλλει ουσιαστικά στην κατανόηση του εξελικτικού δυναμικού του είδους υπό συνθήκες επιλεκτικής πίεσης στο περιβάλλον της υδατοκαλλιέργειας.Vibriosis is one of the most important diseases affecting Mediterranean aquaculture. It has been known for over two centuries and affects a wide range of marine organisms, including fish, mollusks (such as mussels, oysters, and other gastropods), and crustaceans (such as shrimp, lobsters, and crabs). Despite extensive research aimed at controlling the disease, it remains a major threat to aquaculture, causing substantial economic losses, particularly in the farming of fish and shrimp. Initially, vibriosis was attributed to Vibrio anguillarum, considered the primary etiological agent. However, recent studies have implicated additional opportunistic Vibrio species in the onset of the disease. This dissertation investigated outbreaks of vibriosis in Greek aquaculture, focusing on the epidemiology and species diversity of the genus Vibrio. Key findings include the seasonal occurrence of infections, the frequent co-isolation of multiple species, notably Vibrio harveyi alongside Photobacterium damselae subspecies, and the emergence of the disease in new host species. It was evident that during spring, vibriosis involved a greater diversity of Vibrio species, while in summer and autumn, V. harveyi was the dominant isolate. A comparative genomic analysis was conducted on 21 V. harveyi strains isolated from vibriosis outbreaks, with a focus on the pangenome, phylogeny, virulence factors, and antigenic proteins. The strains exhibited high phenotypic plasticity, which was reflected in high genomic plasticity, as revealed by the analysis. Key virulence determinants were conserved among the strains, including secretion systems (T2SS, T3SS, T4SS, T6SS), heme transporters, siderophores, and toxins such as tlh, vhha, hlyIII, tlyC, and rtx. Shared resistance genes were also detected, including blaCARB-17, which is associated with ampicillin resistance observed in all isolates. The most conserved antigenic proteins were TolC, OmpK, OmpW, and OmpA, outer membrane proteins that are typical of Vibrio spp. and represent promising vaccine targets. Furthermore, an adaptive evolution experiment was designed with V. harveyi and three antibiotics widely used in aquaculture: florfenicol, oxytetracycline, and oxolinic acid. The resulting resistant bacterial lines were studied to explore the biological cost of the development of resistance. Adaptation to antibiotics resulted in the accumulation of mutations that were not randomly distributed throughout the genome but concentrated on chromosome 1. Mutations were identified in genes associated with resistance mechanisms for each antibiotic, as well as in genes of ribosomal proteins, transcriptional regulators, and subunits of the ATPase complex. Adaptation to oxolinic acid was associated with reduced growth rate, prolonged lag phase, and diminished virulence. Proteomic analysis of this group revealed downregulation of HemF that is involved in heme biosynthesis, structural and functional changes in membrane-associated systems, such as upregulation of SecD in the T2SS and suppression of key T6SS components ClpV and Hcp, reduced abundance of ATPase complex proteins, and disruption of proteostasis and ribosomal function. These findings indicate that resistance to oxolinic acid is linked to the activation of stress response mechanisms that compromise growth and virulence. Overall, V. harveyi exhibits remarkable ecological and genetic adaptability, reinforcing its role as a major aquaculture pathogen. It can rapidly evolve antibiotic resistance through chromosomal mutations and transcriptional regulation. This study significantly advances our understanding of the evolutionary potential of V. harveyi under selective pressure in the aquaculture environment

    Μελέτη της έκφρασης και του ρόλου μακρών-μη κωδικοποιητικών RNAs (lncRNAs) στη παθοφυσιολογία των καρκινικών βλαστικών κυττάρων παγκρεατικού αδενοκαρκινώματος

    No full text
    Το παγκρεατικό αδενοκαρκίνωμα (ΠΑΚ) αποτελεί μία από τις πιο επιθετικές και θανατηφόρες μορφές καρκίνου, κυρίως λόγω της καθυστερημένης διάγνωσης του, της υψηλής μεταστατικής του ικανότητας και της ανθεκτικότητάς του στις συμβατικές θεραπείες. Τα καρκινικά βλαστικά κύτταρα (ΚΒΚ), που αποτελούν ένα μικρό πληθυσμό κυττάρων εντός των όγκων, διαδραματίζουν καθοριστικό ρόλο στην επιθετικότητα, την υποτροπή και τη χημειοαντοχή του ΠΑΚ. Τα μακρά μη κωδικοποιητικά RNA (lncRNAs), μια ετερογενής κατηγορία μεταγράφων άνω των 200 νουκλεοτιδίων, χωρίς δυνατότητα μετάφρασης σε πρωτεΐνες, έχουν αναδειχθεί πρόσφατα ως βασικοί ρυθμιστές της γονιδιακής έκφρασης και της κυτταρικής λειτουργίας. Ωστόσο, ο ρόλος τους στα παγκρεατικά καρκινικά βλαστικά κύτταρα (ΠΚΒΚ) παραμένει σε μεγάλο βαθμό αδιευκρίνιστος. Η παρούσα διδακτορική διατριβή μελετά τα προφίλ έκφρασης και τη λειτουργική σημασία των lncRNAs στα ΠΚΒΚ, με έμφαση στα CD133+/CD44+ κύτταρα του ΠΑΚ. Στο πρώτο μέρος, απομονώθηκαν επιτυχώς τα CD133+/CD44+ κύτταρα από κυτταρικές σειρές ΠΑΚ και χαρακτηρίστηκαν φαινοτυπικά και μοριακά. Η ανάλυση του μεταγραφώματος σε επίπεδο mRNA/lncRNA και των δικτύων συνέκφρασης γονιδίων κατέδειξε πως αυτά τα κύτταρα φέρουν φαινότυπο ΚΒΚ τόσο σε επίπεδο in vitro όσο και in vivo. Συγκριτικά με τα CD133-/CD44- κύτταρα, ο CD133+/CD44+ πληθυσμός παρουσίασε σημαντικές διαφορές στην έκφραση μεταγράφων. Μέσω βιοπληροφορικής ανάλυσης προβλέφθηκαν οι στόχοι των lncRNAs με σημασία σε λειτουργικές κατηγορίες, μονοπάτια και δίκτυα, με έμφαση σε ρυθμιστικές δράσεις σε mRNAs που σχετίζονται με το ΚΒΚ φαινότυπο. Δίκτυα lncRNA/mRNA αποκάλυψαν πιθανές αλληλεπιδράσεις μεταξύ των lncRNAs ATF2, CHEK1, DCAF8 και PAX8 με “κεντρικά” mRNAs. Επιπλέον, η ανάλυση δεδομένων RNAseq από την TCGA έδειξε συσχέτιση των παραπάνω lncRNAs με κλινικοπαθολογικά χαρακτηριστικά του ΠΑΚ, όπως το στάδιο της ασθένειας και την επιβίωση των ασθενών. To δεύτερο μέρος της μελέτης, εστίασε στη λειτουργική διερεύνηση του lncRNA AK057887, το οποίο βρέθηκε σημαντικά αυξημένο σε έκφραση στα CD133+/CD44+ κύτταρα. Τα ευρήματά μας καταδεικνύουν ότι το AK057887 συμβάλλει στη διατήρηση της βλαστικότητας και της χημειοανθεκτικότητας του CD133+/CD44+ ΠΑΚ πληθυσμού. Η σίγηση του AK057887 οδήγησε σε σημαντική μείωση της κυτταρικής αύξησης, της μετανάστευσης και της ικανότητας σχηματισμού ογκοσφαιριδίων, καθώς και σε αύξηση της ευαισθησίας στην Gemcitabine, τόσο σε επίπεδο in vitro, όσο και σε in vivo. Αν και το AK057887 ήταν χαμηλά εκφρασμένο σε λιγότερο προχωρημένα στάδια της νόσου, παρατηρήθηκε θετική συσχέτιση της έκφρασής του με το στάδιο και τη λεμφαδενική μετάσταση. Τέλος, η ανάλυση μικροσυστοιχιών mRNA και οι επακόλουθες βιοπληροφορικές αναλύσεις εντόπισαν εμπλουτισμένα γονιδιακά μονοπάτια και δίκτυα, προτείνοντας τον άξονα σηματοδότησης IGFR-1/p38α/p53 ως πιθανό στόχο μέσω του οποίου το AK057887 ασκεί τη χημειοπροστατευτική του δράση στο ΠΑΚ. Συνολικά, η παρούσα διατριβή προσφέρει νέες γνώσεις στο πεδίο των lncRNAs που εκφράζονται στα ΠΚΒΚ. Ειδικότερα, αναδεικνύει το AK057887 ως νέο λειτουργικό ρυθμιστή της βλαστικότητας και της χημειοανθεκτικότητας στο ΠΑΚ. Τα ευρήματα μας συμβάλλουν στην ανάδειξη και αξιοποίηση των lncRNAs ως βιοδείκτες και θεραπευτικούς στόχους ανοίγοντας νέες προοπτικές για πιο αποτελεσματικές και στοχευμένες θεραπευτικές παρεμβάσεις σε αυτή τη θανατηφόρα νόσο.PDAC is one of the most lethal cancers and is expected to become the second leading cause of cancer that is related with mortality in the United States by 2030. The aggressiveness of PDAC is mainly due to the tumour’s high invasive capacity, which quickly leads to metastasis, and its resistance to conventional chemotherapy and radiotherapy. The presence of CSCs within the tumor is considered one of the main factors that limit the treatment of solid tumors, including PDAC, and leads to tumor recurrence. Therefore, the identification and target therapy of CSCs could be of strategic importance for preventing recurrence and metastasis of the malignancy. LncRNAs are expressed in a tissue-specific and controllable manner, while they are involved in the regulation of gene expression at epigenetic, transcriptional, and post-transcriptional levels through a variety of mechanisms. Many of the lncRNA target genes have direct implications in cancer and their expression levels affect the basic properties of cancer cells, such as tumor cell proliferation, survival, metastasis, and response to host immune surveillance, or conventional chemotherapeutics. However, the expression patterns and the role of lncRNAs in the pathophysiology of CSCs, including PCSCs, remain largely unexplored. Based on the above, the identification of novel lncRNAs that can serve as biomarkers is of particular research interest. This doctoral thesis investigates the expression profiles and functional relevance of lncRNAs in PCSCs, with a specific focus on CD133+/CD44+ PDAC cell population. In the first part of this work, CD133+/CD44+ cells were successfully isolated from PDAC cell lines and characterized phenotypically and molecularly. Genome-wide analyses of mRNA/lncRNA transcriptome profiling and co-expression networks in CD133+/CD44+ cells shown to bear a CSC-like phenotype in vitro and in vivo. Compared to CD133-/CD44- cells, the CD133+/CD44+ population demonstrated significant expression differences in both transcript pools. Using emerging bioinformatic tools, we performed lncRNA target coding gene prediction analysis, which revealed significant Gene Ontology, pathway, and network enrichments in many dysregulated lncRNA nearby (cis or trans) mRNAs, with reported involvement in the regulation of CSC phenotype and functions. In this context, the construction of lncRNA/mRNA networks by ingenuity platforms identified the lncRNAs ATF2, CHEK1, DCAF8, and PAX8 to interact with “hub” SC-associated mRNAs. In addition, the expressions of the above lncRNAs retrieved by TCGA-normalized RNAseq gene expression data of PAAD were significantly correlated with clinicopathological features of PDAC, including tumor grade and stage, nodal metastasis, and overall survival. The second part of this study focused on the functional characterization of one novel lncRNA, AK057887, which was significantly upregulated in CD133+/CD44+ cells. Our findings report on the role of the lncRNA AK057887 in maintaining the stemness and chemoresistance of the highly aggressive CD133+/CD44+ PDAC population, as well as the underlying molecular mechanism of its action. AK057887 silencing resulted in significant inhibition of CD133+/CD44+ PDAC cell proliferation, migration and tumorsphere formation, as well as increased sensitivity to Gemcitabine in vitro and in vivo. Although, AK057887 expression was found considerably downregulated in less advanced PDAC tissues compared to normal counterparts, positive correlations were established between AK057887 levels and tumor stage and nodal metastasis. Furthermore, using transcriptomic microarray and bioinformatic analyses we unveiled significant Gene Ontology, pathway and network enrichments in many dysregulated mRNAs that may be affected by AK057887 dysregulation, while we identified IGFR-1/p38α/p53 signaling axis as a putative AK057887 target, through which AK057887 might mediate its chemoprotective action in PDAC. Overall, the findings of this thesis shed light on the lncRNA landscape of pancreatic CSCs and identify AK057887 as a novel functional regulator of PDAC stemness and chemoresistance. These results contribute to the growing body of evidence supporting the clinical potential of lncRNAs as biomarkers and therapeutic targets. Understanding lncRNA-mediated mechanisms in CSCs could provide valuable insights into PDAC pathophysiology and pave the way for the development of more effective, targeted therapies for this devastating disease

    Ο ρόλος των βλαβών στο γενετικό υλικό των CD4+ λεμφοκυττάρων στην προδιάθεση για αυτοανοσία

    No full text
    Οι γενετικές βλάβες διαδραματίζουν κεντρικό ρόλο στην επαγωγή της φλεγμονής και στη διαδικασία της γήρανσης, επηρεάζοντας τη γενική υγεία και μακροζωία ενός οργανισμού. Κατά τη διάρκεια της ζωής, τα κύτταρα εκτίθενται σε διάφορες μορφές στρες, όπως η ακτινοβολία, οι περιβαλλοντικοί ρύποι και οι τοξίνες, που προκαλούν βλάβες στο DNA. Αν αυτές οι βλάβες δεν επιδιορθωθούν αποτελεσματικά, μπορεί να οδηγήσουν σε αστάθεια του γονιδιώματος, ενεργοποιώντας φλεγμονώδεις μηχανισμούς. Η συσσώρευση τέτοιων βλαβών επάγει φλεγμονώδεις αντιδράσεις μέσω της ενεργοποίησης μορίων όπως η πρωτεΐνη p53, η οποία μπορεί να προάγει τον κυτταρικό θάνατο ή τη γήρανση, και η παραγωγή αντιδραστικών ειδών οξυγόνου (ROS), που επιδεινώνουν τη φλεγμονή. Οι φλεγμονώδεις αυτές αντιδράσεις όχι μόνο συμβάλλουν στην ανάπτυξη χρόνιων νοσημάτων αλλά και επιταχύνουν τη διαδικασία της γήρανσης, καθιστώντας τις γενετικές βλάβες έναν από τους βασικούς παράγοντες που επηρεάζουν αρνητικά τη διάρκεια και την ποιότητα της ζωής. Στη συγκεκριμένη ερευνητική εργασία χρησιμοποιήσαμε διαγονιδιακά ζωικά μοντέλα και in vitro μεθόδους για τη διαλεύκανση του ρόλους των γενετικών βλαβών στην επαγωγή της φλεγμονής και την επίπτωση της τελευταίας στην ανάπτυξη παθοφυσιολογικών μηχανισμών που σχετίζονται με την διαδικασία της γήρανσης.DNA damage has a central role in the induction of inflammation and the ageing process, affecting the overall health and the longevity of an organism. Throughout life, cells are exposed to various forms of stress, such as radiation, environmental pollutants and toxins, which cause DNA damage. If these lesions are not effectively repaired, they can lead to genomic instability, thereby activating inflammatory mechanisms. The accumulation of such damage induces inflammatory reactions through the activation of molecules like the p53 protein, which can promote cell death or senescence and the production of reactive oxygen species (ROS) that further exacerbate inflammation. These inflammatory reactions not only contribute to the development of chronic diseases but also accelerate the ageing process, making DNA damage one of the key factors that negatively affects the lifespan and quality of life. In this study, we used transgenic animal models and in vitro methods to elucidate the role of DNA damage in the induction of inflammation and its impact on the development of pathophysiological mechanisms that are associated with ageing

    The use of ICT in supporting the linguistic and cultural integration of students with migrant and refugee background : the case of Reception Classes

    No full text
    Η παρούσα εργασία εξετάζει τον ρόλο των Τάξεων Υποδοχής στην ενσωμάτωση μαθητών με μεταναστευτικό υπόβαθρο και τη συμβολή των Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών (ΤΠΕ) στη διδακτική διαδικασία. Μέσα από ποιοτική έρευνα σε εκπαιδευτικούς, διερευνώνται οι στάσεις, οι εμπειρίες και οι προτάσεις τους σχετικά με τη χρήση των ΤΠΕ για τη βελτίωση της μάθησης και της κοινωνικής ένταξης. Τα αποτελέσματα δείχνουν ότι, παρά τα εμπόδια σε επίπεδο υποδομών και επιμόρφωσης, οι ΤΠΕ μπορούν να λειτουργήσουν ως γέφυρα επικοινωνίας και κατανόησης, ενισχύοντας τη διαπολιτισμική εκπαίδευση και την ισότιμη συμμετοχή όλων των μαθητών.This study explores the role of Reception Classes in the integration of students with migrant backgrounds and the contribution of Information and Communication Technologies (ICT) to the teaching process. Through qualitative research involving teachers, it investigates their attitudes, experiences, and suggestions regarding the use of ICT to enhance learning and social inclusion. Findings indicate that despite challenges in infrastructure and training, ICT can serve as a bridge of communication and understanding, fostering intercultural education and promoting equal participation for all students

    Διερεύνηση του ρόλου των γλυκολυτικών LDH+ κυττάρων στην εξέλιξη του νευρικού καρκίνου που προκαλείται από εκτοπική ενεργοποίηση του Notch σηματοδοτικού μονοπατιού στη Drosophila melanogaster

    No full text
    The development of a tumor in the early stages requires among other alterations the metabolic rewiring of the tumorous cells. This condition is also one of the hallmarks of cancer. Metabolic reprogramming is characterized by a lot of changes in cellular physiology and homeostasis with the most major alteration being the prevalence of the Warburg effect. According to that, the fast- proliferating tumorous cells change their metabolism in favor of aerobic glycolysis against mitochondrial respiration, increasing at the same time many anabolic pathways. In our neural cancer model in Drosophila melanogaster, which is induced by overactivation of the Notch signaling pathway in the GMCs of a neuroblast, single cell RNA sequencing analysis is implemented in allograft tumors of the host flies’ abdomens. According to the analysis, there is an extensive glycolytic cell cluster in a salt and pepper distribution, which is characterized by the increased levels of GTSF1, Gadd45 and the lactate dehydrogenase (LDH), an enzyme correlated normally with hypoxic conditions. LDH+ cells seem to be active, as they express many differentiation and proliferation factors and they lack DNA damage, being simultaneously non-senescent. By implementation of RNA interference for LDH, it is proved that there is no change in the survival rate of injected host flies, although tumors with LDH- RNAi background seem to alter their cellular structure related to differentiation potential. The induction of temperature shift from 29oC to 18oC and the subsequent reduction of NΔecd leads to extensive changes in the tumor dynamics and cellular structure of the allograft. Specifically, they show more LDH+ cells, while at the same time there are more fully differentiated cells among the cancerous tissue. Lastly, in order to investigate also the importance of the cluster with metabolically altered cells, many genes upregulated specific to that cluster are silenced by RNAi technique and the survival rate for each of them is analyzed. Of all of them, only Tetraspanin 42 Ed (Tsp42Ed), Vein (vn), Epidermal Growth Factor Receptor (Egfr), Growth Arrest and DNA Damage-inducible 45 (Gadd 45) and Thioester containing protein 4 (Tep4) have statistically important results in the survival rate of the injected host flies.The development of a tumor in the early stages requires among other alterations the metabolic rewiring of the tumorous cells. This condition is also one of the hallmarks of cancer. Metabolic reprogramming is characterized by a lot of changes in cellular physiology and homeostasis with the most major alteration being the prevalence of the Warburg effect. According to that, the fast- proliferating tumorous cells change their metabolism in favor of aerobic glycolysis against mitochondrial respiration, increasing at the same time many anabolic pathways. In our neural cancer model in Drosophila melanogaster, which is induced by overactivation of the Notch signaling pathway in the GMCs of a neuroblast, single cell RNA sequencing analysis is implemented in allograft tumors of the host flies’ abdomens. According to the analysis, there is an extensive glycolytic cell cluster in a salt and pepper distribution, which is characterized by the increased levels of GTSF1, Gadd45 and the lactate dehydrogenase (LDH), an enzyme correlated normally with hypoxic conditions. LDH+ cells seem to be active, as they express many differentiation and proliferation factors and they lack DNA damage, being simultaneously non-senescent. By implementation of RNA interference for LDH, it is proved that there is no change in the survival rate of injected host flies, although tumors with LDH- RNAi background seem to alter their cellular structure related to differentiation potential. The induction of temperature shift from 29oC to 18oC and the subsequent reduction of NΔecd leads to extensive changes in the tumor dynamics and cellular structure of the allograft. Specifically, they show more LDH+ cells, while at the same time there are more fully differentiated cells among the cancerous tissue. Lastly, in order to investigate also the importance of the cluster with metabolically altered cells, many genes upregulated specific to that cluster are silenced by RNAi technique and the survival rate for each of them is analyzed. Of all of them, only Tetraspanin 42 Ed (Tsp42Ed), Vein (vn), Epidermal Growth Factor Receptor (Egfr), Growth Arrest and DNA Damage-inducible 45 (Gadd 45) and Thioester containing protein 4 (Tep4) have statistically important results in the survival rate of the injected host flies

    mAUCy Strategy: the three-layer synthesis of fused hydantoin and diketopiperazine derivatives

    No full text
    Η παρούσα διπλωματική εργασία εστιάζει στη μελέτη και εφαρμογή αντιδράσεων πολλών συστατικών (Multicomponent reactions, MCRs) για τη σύνθεση πολύπλοκων και φαρμακολογικά ενδιαφερόντων μορίων. Στο πρώτο μέρος, παρουσιάζεται η συνθετική τακτική mAUCy (modified Asinger-Ugi- Cyclization), μια τριών επιπέδων στρατηγική η οποία οδηγεί στην αποτελεσματική σύνθεση δύο φαρμακοφόρων συστημάτων: των θειαζολο-1,5-υδαντοϊνών και των θειαζολο-2,5- δικετοπιπεραζινών. Αναλύεται και αποδεικνύεται η ευκολία της σύνθεσης, η λειτουργική ευελιξία και η δυνατότητα μετα-συνθετικής τροποποίησης, τα οποία καθιστούν τη μέθοδο ιδιαίτερα χρήσιμη για συνθετικές εφαρμογές. Στο δεύτερο μέρος, διερευνάται η ατροποϊσομέρεια, μια μορφή στερεοϊσομέρειας που προκύπτει από τον περιορισμό στην περιστροφή γύρω από έναν άξονα (σ-δεσμό). Μέσω της στρατηγικής mAUCy, παράγονται ατροποδιαστερεομερή, τα οποία μελετώνται ως προς τη διαστερεομερική προτίμηση της σύνθεσης και το ενεργειακό φράγμα περιστροφής τους προς μελέτη άξονα. Τα πειραματικά ευρήματα πρόκειται να επιβεβαιωθούν μέσω υπολογιστικών μεθόδων (DFT) και κρυσταλλογραφικής ανάλυσης.This thesis focuses on the study and application of multicomponent reactions (MCRs) for the synthesis of complex and pharmacologically relevant molecules. In the first part, the synthetic strategy mAUCy (modified Asinger-Ugi-Cyclization) is presented, a union of MCRs that enables the efficient formation of two pharmacophore scaffolds: thiazolo-1,5-hydantoins and thiazolo-2,5-diketopiperazines. The synthetic utility of the method, is demonstrated through its operational simplicity, functional group tolerance and post-synthetic modification potential, rendering it a valuable tool for synthetic applications. In the second part, atropisomerism is investigated, a form of stereoisomerism arising from restricted rotation around a σ bond axis. Through the mAUCy strategy, atropo-diastereomeric compounds are synthesized and studied in terms of their diastereomeric preference and rotational energy barrier. The experimental results are to be further validated by computational methods (DFT) and X-ray crystallographic analysis

    Design of a teaching intervention with the pedagogical utilization of Artificial Intelligence applications in supplementary distance education environments

    No full text
    Στην παρούσα διπλωματική εργασία παρουσιάζεται ο σχεδιασμός, και η αποτίμηση διαδραστικού εκπαιδευτικού υλικού, το οποίο αξιοποιεί εφαρμογές Τεχνητής Νοημοσύνης (ΤΝ) στο πλαίσιο της συμπληρωματικής εξ αποστάσεως εκπαίδευσης. Το υλικό απευθύνεται σε μαθητές της Ε΄ τάξης του δημοτικού και έχει ως στόχο να τους εισαγάγει στις έννοιες της αφήγησης, της ψηφιακής αφήγησης και της δημιουργικής χρήσης της ΤΝ, καλλιεργώντας παράλληλα δεξιότητες συνεργασίας, κριτικής σκέψης και δημιουργικής έκφρασης. Το υλικό σχεδιάστηκε με βάση τις αρχές της εξ αποστάσεως εκπαίδευσης και μπορεί να αξιοποιηθεί αυτόνομα ή σε συνδυασμό με τη δια ζώσης διδασκαλία. Η δομή του οργανώθηκε σύμφωνα με τις αρχές της πολυμεσικής μάθησης, συνδυάζοντας κείμενο, εικόνες, αφήγηση, ήχο και διαδραστικές δραστηριότητες. Περιλαμβάνει επίσης σαφείς οδηγίες, ερωτήσεις αναστοχασμού και ασκήσεις αυτοαξιολόγησης, οι οποίες στοχεύουν στην ενεργή συμμετοχή των μαθητών και στην παρακολούθηση της προόδου τους. Η αξιολόγηση πραγματοποιήθηκε από ειδικούς στην ΕξΑΕ και στην πολυμεσική μάθηση, μέσω ερωτηματολογίου με ερωτήσεις κλειστού και ανοικτού τύπου. Η έρευνα εξέτασε τον βαθμό στον οποίο το υλικό ανταποκρίνεται στις αρχές της εξ αποστάσεως εκπαίδευσης και εφαρμόζει τις αρχές της πολυμεσικής μάθησης. Τα αποτελέσματα της αποτίμησης ήταν ενθαρρυντικά. Οι αξιολογητές επισήμαναν ότι το υλικό είναι επιστημονικά τεκμηριωμένο, εύχρηστο και παιδαγωγικά κατάλληλο, προσφέροντας ολοκληρωμένη μαθησιακή εμπειρία. Παράλληλα, ενισχύει την αλληλεπίδραση, προάγει την ενεργό συμμετοχή και καλλιεργεί δεξιότητες αναστοχασμού και αυτοαξιολόγησης. Επιπρόσθετα, διαπιστώθηκε ότι ενσωματώνει σε μεγάλο βαθμό τις αρχές της πολυμεσικής μάθησης, δημιουργώντας ένα ευχάριστο και αποτελεσματικό μαθησιακό περιβάλλον για τους μαθητές της Ε΄ τάξης.In this master’s thesis, the design, implementation, and evaluation of interactive educational material are presented. The material integrates applications of Artificial Intelligence (AI) within the context of supplementary distance education. It is intended for fifth-grade primary school students and aims to introduce them to the concepts of storytelling, digital storytelling, and the creative use of AI, while simultaneously fostering collaboration, critical thinking, and creative expression skills. The material was designed according to the principles of distance education and can be used either autonomously or in combination with face-to-face teaching. Its structure follows the core principles of multimedia learning, combining text, images, narration, audio, and interactive activities. It also includes clear instructions, reflection questions, and self-assessment exercises, which support the active engagement of students and allow them to monitor their own progress. The evaluation was carried out by experts in distance education and multimedia learning through a questionnaire consisting of both closed- and open-ended questions. The research focused on the extent to which the material adheres to the principles of distance education and applies the principles of multimedia learning. The results of the evaluation were encouraging. The reviewers highlighted that the material is scientifically grounded, user-friendly, and pedagogically appropriate, providing a com-prehensive learning experience. Furthermore, it promotes interaction, fosters active student participation, and cultivates reflection and self-assessment skills. Additionally, it was found that the material successfully incorporates most principles of multimedia learning, creating an engaging and effective learning environment for fifth-grade students

    Προέλευση, ποικιλομορφία και λειτουργική εξέλιξη του οσφρητικού συστήματος των σπονδυλωτών

    No full text
    Το οσφρητικό σύστημα των σπονδυλωτών είναι ένα από τα πιο ποικιλόμορφα και ταχέως εξελισσόμενα αισθητήρια συστήματα, που επιτρέπει στα ζώα να ανιχνεύ- ουν και να διακρίνουν μια τεράστια ποικιλία χημικών ερεθισμάτων. Σε όλα τα χορ- δωτά, οι οσφρητικοί υποδοχείς αποτελούν μια εξαιρετικά μεγάλη οικογένεια γονιδί- ων, η ποικιλομορφία της οποίας αντανακλά τις εξελικτικές πιέσεις και τις προσαρ- μογές των ειδών. Αν και οι επεκτάσεις των οσφητικών υποδοχέων είναι καλά μελε- τημένες, η εξελικτική προέλευση αυτής της ποικιλομορφίας και η σχέση της με τη λειτουργία των υποδοχέων παραμένουν ανεπαρκώς κατανοητές. Εδώ συνδυάζου- με συγκριτική γονιδιωματική, φυλογενετική, ανακατασκευή προγονικών αλληλου- χιών και λειτουργική μοντελοποίηση βασισμένη στη μηχανική μάθηση για να διε- ρευνήσουμε την προέλευση και την εξέλιξη της όσφρησης των σπονδυλωτών. Με την εξέταση των πρωτεωμάτων αναφοράς για τον οσφρητικό τομέα GPCR, εντο- πίζουμε την εμφάνιση οσφρητικών υποδοχέων τύπου σπονδυλωτών στα χορδω- τά και αποκαλύπτουμε ανεξάρτητες επεκτάσεις και επαναλαμβανόμενους γονιδια- κούς διπλασιασμούς σε όλες τις κύριες γενεαλογίες σπονδυλωτών. Χρησιμοποιώ- ντας ανακατασκευή προγόνων μέγιστης πιθανοφάνειας και πρόβλεψη δομής με το AlphaFold, δείχνουμε ότι οι πρώιμοι υποδοχείς σπονδυλωτών μοιράζονταν μια στα- θερή θέση σύνδεσης τύπου Ι, υποδηλώνοντας μια διατηρημένη προγονική χημική ευαισθησία παρά την εκτεταμένη απόκλιση. Για να τοποθετήσουμε αυτή την εξε- λικτική ιστορία σε λειτουργικό πλαίσιο, χρησιμοποιήσαμε ένα μοντέλο μηχανικής μάθησης για να συμπεράνουμε πώς διαφοροποιήθηκε η ειδικότητα των υποδοχέων μετά από αυτές τις επεκτάσεις. Το αποτέλεσμα της αλληλεπίδρασης μεταξύ υπο- δοχέα και προσδέτη αποκάλυψε σημαντικές κατηγορίες ρύθμισης, από υποδοχείς με στενή επιλεκτικότητα έως υποδοχείς με ευρεία ανταπόκριση, και έδειξε ότι αυτές οι λειτουργικές ομάδες φέρουν διακριτές εμπλουτισμένες οσμές. Συνολικά, αυτά τα ευρήματα παρέχουν ένα ολοκληρωμένο εξελικτικό πλαίσιο στο οποίο η μηχανική μάθηση χρησιμεύει για να φωτίσει τον τρόπο με τον οποίο οι οσφρητικοί υποδοχείς των σπονδυλωτών διαφοροποιήθηκαν από ένα αρχαίο, συντηρημένο μοριακό σκελε- τό στο λειτουργικά ετερογενές ρεπερτόριο που παρατηρούμε σήμεραThe vertebrate olfactory system is one of the most diverse and rapidly evolving sensory systems, enabling animals to detect and discriminate an enormous variety of chemi- cal cues. Across chordates, olfactory receptors (ORs) form a remarkably large gene family whose diversity reflects evolutionary pressures and species’ adaptations. Al- though OR expansions are well documented, the evolutionary origin of this diversity and its relationship to receptor function remain insufficiently understood. Here we combine comparative genomics, phylogenetics, ancestral sequence reconstruction, and machine-learning-based functional modelling to investigate the origin and evolution of vertebrate olfaction. By screening reference proteomes for the GPCR-olfactory domain, we identify the emergence of vertebrate-type ORs within chordates and uncover inde- pendent expansions and recurrent gene duplications across major vertebrate lineages. Using maximum-likelihood ancestral reconstruction and AlphaFold structure predic- tion, we show that early vertebrate receptors shared a consistently class-I-like binding pocket, suggesting a conserved ancestral chemical sensitivity despite extensive diver- gence. To place this evolutionary history in functional context, we used a deep learning model to infer how receptor specificity diversified after these expansions. The resulting receptor-ligand interaction landscape revealed major tuning classes, from narrowly se- lective to broadly responsive receptors, and showed that these functional groups carry distinct odor-tag enrichments. Together, these findings provide an integrated evolu- tionary framework in which machine learning serves to illuminate how vertebrate ol- factory receptors diversified from an ancient, conserved molecular scaffold into the functionally heterogeneous repertoire observed toda

    Design and implementation of a comprehensive Distance Education intervention using interactive educational material and augmented reality applications, focusing on the University of Crete and specifically the Gallos Campus in Rethymno.

    No full text
    Σκοπός της παρούσας ερευνητικής εργασίας ήταν ο σχεδιασμός και η υλοποίηση μιας ολοκληρωμένης παρέμβασης Εξ Αποστάσεως Εκπαίδευσης με τη χρήση διαδραστικού εκπαιδευτικού υλικού και εφαρμογών επαυξημένης πραγματικότητας, στο πλαίσιο της διδασκαλίας της κοινωνικής και πολιτικής αγωγής. Η παρέμβαση εστίασε σε συγκεκριμένη βαθμίδα εκπαίδευσης, την Τριτοβάθμια και είχε ως σημείο αναφοράς το Πανεπιστήμιο Κρήτης και ειδικότερα την Πανεπιστημιούπολη Γάλλου στο Ρέθυμνο. Το περιεχόμενο του εκπαιδευτικού υλικού αποτελεί πρωτότυπη σύνθεση και αποτέλεσμα έρευνας, βασισμένο στις θεωρητικές αρχές σχεδιασμού εκπαιδευτικού υλικού στον τομέα της ΕξΑΕ. Για την υλοποίησή του αξιοποιήθηκαν τα ψηφιακά εργαλεία H5P και η πλατφόρμα Edivea Students. Επιπρόσθετα, δημιουργήθηκε ένα χωροευαίσθητο παιχνίδι επαυξημένης πραγματικότητας, σε περιβάλλον κινητής μάθησης (m-Learning), με τη χρήση των εφαρμογών Actionbound, Doodly, Blippar, Vidnoz και Canva. Η αποτίμηση του εκπαιδευτικού υλικού πραγματοποιήθηκε μέσω δύο διακριτών ποιοτικών ερευνών: αφενός για το κύριο εκπαιδευτικό υλικό και αφετέρου για το χωροευαίσθητο παιχνίδι επαυξημένης πραγματικότητας. Το κύριο εκπαιδευτικό υλικό αξιολογήθηκε τόσο από ειδικούς στην ΕξΑΕ όσο και από το σύνολο των δευτεροετών μεταπτυχιακών φοιτητών του Μεταπτυχιακού προγράμματος «Επιστήμες της Αγωγής - Εξ Αποστάσεως Εκπαίδευση με την χρήση των ΤΠΕ (e-Learning)» του Π.Τ.Δ.Ε. του Πανεπιστημίου Κρήτης, που συμμετείχαν στην παρέμβαση, οι οποίοι επιπλέον αξιολόγησαν και το χωροευαίσθητο παιχνίδι επαυξημένης πραγματικότητας (AR). Η δειγματοληψία ήταν σκόπιμη, τα ερευνητικά εργαλεία περιλάμβαναν ερωτηματολόγια ανοικτών ερωτήσεων, και η ανάλυση των δεδομένων πραγματοποιήθηκε με τη μέθοδο της Ποιοτικής Ανάλυσης Περιεχομένου. Τα αποτελέσματα της έρευνας έδειξαν ότι το συνολικό εκπαιδευτικό υλικό χαρακτηρίζεται από διαδραστικότητα, ευχρηστία και ελκυστικότητα, ενώ ο σχεδιασμός του ανταποκρίνεται πλήρως στις αρχές και τη μεθοδολογία της εξ αποστάσεως εκπαίδευσης, γεγονός που το καθιστά παιδαγωγικά αποτελεσματικό και καινοτόμο.The purpose of the present research study was the design and implementation of a comprehensive Distance Education intervention through the use of interactive educational material and augmented reality applications, within the framework of teaching Social and Political Education. The intervention focused on a specific level of education, Higher Education, and had as its point of reference the University of Crete and, more specifically, the Gallos Campus in Rethymno. The content of the educational material constitutes an original synthesis and a research outcome, based on the theoretical principles of instructional design in the field of Distance Education. For its implementation, the digital tools H5P and the Edivea Students platform were utilized. In addition, a location-based augmented reality game was created, in a mobile learning (m-Learning) environment, using the applications Actionbound, Doodly, Blippar, Vidnoz, and Canva. The evaluation of the educational material was carried out through two distinct qualitative studies: on the one hand for the main educational material and on the other for the location-based augmented reality game. The main educational material was evaluated both by experts in Distance Education and by all second-year postgraduate students of the Master’s program “Educational Sciences – Distance Education with the Use of ICT (e-Learning)” of the Department of Primary Education of the University of Crete, who participated in the intervention and additionally evaluated the location-based augmented reality (AR) game. The sampling was purposive, the research tools included open-ended questionnaires, and the data analysis was conducted using the method of Qualitative Content Analysis. The results of the research showed that the overall educational material is characterized by interactivity, user-friendliness, and attractiveness, while its design fully adheres to the principles and methodology of distance education, making it pedagogically effective and innovative

    3,153

    full texts

    11,894

    metadata records
    Updated in last 30 days.
    E-Locus
    Access Repository Dashboard
    Do you manage Open Research Online? Become a CORE Member to access insider analytics, issue reports and manage access to outputs from your repository in the CORE Repository Dashboard! 👇