11894 research outputs found
Sort by
The role of Fluid Creep and the predictive value of the renal Angina index in the out come of ICU pediatric patients
No full textΕισαγωγή
Η χορήγηση υγρών αποτελεί καθημερινή θεραπευτική παρέμβαση σε νοσηλευόμενα παιδιά
στη ΜΕΘ με πολλαπλές πιθανές επιδράσεις. Οι στόχοι της εν λόγω χορήγησης είναι αφενός
η διατήρηση της ισορροπίας ύδατος και ηλεκτρολυτών και αφετέρου η συνδυαστική
θεραπευτική παρέμβαση με φαρμακολογικούς παράγοντες. Η χορήγηση υγρών ανάνηψης ή
και συντήρησης ακολουθεί κατευθυντήριες οδηγίες, οι οποίες επικαιροποιούνται συνεχώς
με σκοπό τη βέλτιστη κλινική πορεία του ασθενούς. Ωστόσο, τα χορηγούμενα διαλύματα που
χρησιμοποιούνται για μέσα έγχυσης φαρμάκων ή για τη βατότητα των φλεβοκαθετήρων
συμβάλλουν στο φαινόμενο των κρυφών υγρών ή fluid creep, το οποίο συσχετίζεται άμεσα
με την υπερφόρτωση με υγρά. Οι έννοιες αυτές έχουν αποκτήσει σημαντική βαρύτητα τα
τελευταία χρόνια, κυρίως λόγω της συσχέτισης τους με δυσμενείς επιπτώσεις για τον ασθενή.
Παράλληλα οι δείκτες Renal Angina Index (RAI) και modified Renal Angina Index (mRAI),
δημιουργήθηκαν με σκοπό να προβλεφθεί η πιθανότητα ΟΝΒ εντός της 1ης εβδομάδας
νοσηλείας του ασθενούς, η οποία φαίνεται να εμφανίζεται με μεγαλύτερη συχνότητα σε
βαρέως πάσχοντα παιδιά, επιβαρύνοντας την τελική τους έκβαση.
Σκοπός
Σκοπός της παρούσας έρευνας ήταν να μελετήσει και να καταγράψει το σύνολο και το είδος
των χορηγούμενων υγρών και το ισοζύγιο τους σε νοσηλευόμενα παιδιά της ΜΕΘ. Επίσης,
να υπολογίσει το ποσοστό υπερφόρτωσης υγρών (FO%), τη διαχρονική εξέλιξη του fluid
creep και τη συμβολή του στην υπερφόρτωση υγρών, καθώς και την επίδραση τους στην
ανάπτυξη ΟΝΒ και έκβαση. Συνοδά, επιδίωξε να υπολογίσει τους δείκτες RAI/ mRAI 1ου
24ώρου, συσχετίζοντας τους με την εξέλιξη ΟΝΒ εντός της πρώτης εβδομάδας νοσηλείας.
Δευτερεύοντες στόχοι ήταν η σύνδεση όλων των προαναφερθέντων με την τελική έκβαση
και η σύγκριση της προγνωστικής ικανότητας του RAI, έναντι άλλων δεικτών.
Μεθοδολογία
Η παρούσα έρευνα είναι μονοκεντρική αναδρομική μελέτη παρατήρησης και κατέγραψε
περιστατικά από την τριτοβάθμια ΜΕΘ Παίδων του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου
Ηρακλείου το χρονικό διάστημα 2020 έως 2024. Συνολικά, μελετήθηκαν 117 ασθενείς οι
οποίοι πληρούσαν τα κριτήρια για τη συμμετοχή στην έρευνα. Αφού κωδικοποιήθηκαν, με
σκοπό να διατηρηθεί η ανωνυμία, καταγράφηκαν εξατομικευμένα δεδομένα, ως προς τα
δημογραφικά και σωματομετρικά χαρακτηριστικά τους, το ιστορικό της νόσου τους, τα κλινικο-εργαστηριακά ευρήματα της νοσηλείας τους και τα χορηγούμενα φάρμακα. Επίσης
υπολογίστηκαν προγνωστικά σκορ, δείκτες νεφρικής αιμάτωσης RAI/mRAI και το σύνολο των
χορηγούμενων διαλυμάτων που έλαβαν την 1η εβδομάδα νοσηλείας τους με επιμέρους
καταγραφή της αιτιολογίας αλλά και του είδους χορήγησης. Τέλος, μελετήθηκε η κλινική
πορεία, συναρτήσει αντικειμενικών παραμέτρων όπως η χρήση ΜΑ ή η χορήγηση
αγγειοδραστικών φαρμάκων, καθώς και η τελική έκβαση.
Αποτελέσματα
Από τους 117 ασθενείς που συμμετείχαν στη μελέτη, 72 (61,5%) ήταν αγόρια και 45 (38,5%)
κορίτσια, με μέση ηλικία 6,6±5,7 έτη, διάρκεια νοσηλείας 13,5±43 ημέρες και θνησιμότητα
10,3%. Κατά την εισαγωγή, το 23,1% των ασθενών πληρούσε τα κριτήρια KDIGO 2 και το
15,4% τα κριτήρια KDIGO 3. Την τρίτη ημέρα νοσηλείας, το 41,7% των ασθενών που πέθαναν
παρουσίαζε KDIGO ≥2, σε σύγκριση με το 5,8% των ασθενών που επιβίωσαν (p=0.002). Οι
τιμές του mRAI ήταν αυξημένες σε ασθενείς με ONB (KDIGO ≥2) την έβδομη ημέρα νοσηλείας
(p=0.006), ενώ τόσο οι δείκτες RAI όσο και mRAI ήταν σημαντικά υψηλότεροι σε ασθενείς
που εισήχθησαν στη ΜΕΘ με shock (p<0.001) ή που χρειάστηκαν αγγειοδραστική υποστήριξη
την πρώτη ημέρα νοσηλείας (p<0.001).
Το συνολικό ισοζύγιο υγρών την τρίτη ημέρα νοσηλείας ήταν υπερδιπλάσιο στους ασθενείς
που πέθαναν (p<0.001), όπως και το συνολικό FO% (12±9,3% έναντι 5,5±8,6%, p=0.014).
Επιπλέον, η ποσότητα των υγρών creep την πρώτη ημέρα ήταν σημαντικά μεγαλύτερη στους
ασθενείς που πέθαναν συγκριτικά με όσους επιβίωσαν (1502 ml έναντι 599 ml, p<0.001),
όπως και η ημερήσια και συνολική χορήγηση υγρών creep σε ασθενείς με παθολογικό mRAI
score (4216 ml έναντι 1885 ml, p=0.0013).
Την πρώτη ημέρα νοσηλείας, η χρήση PlasmaLyte για φόρτιση ήταν συχνότερη στους
ασθενείς που επιβίωσαν σε σχέση με εκείνους που πέθαναν (53,4% έναντι 20%, p=0.017),
καθώς και σε ασθενείς με φυσιολογικό RAI (55% έναντι 33,3%, p&;lt;0.001). Αντίθετα, οι
ασθενείς με παθολογικό RAI έλαβαν μεγαλύτερη αναλογία ορών γλυκόζης στα υγρά
συντήρησης κατά το πρώτο 24ωρο (p<0.001). Στην ανάλυση ROC, οι δείκτες RAI και mRAI
παρουσίασαν ισχυρή και ισότιμη προβλεπτική ικανότητα θνητότητας (AUR 0.76, 95% CI 0.64-
0.87, p<0.001 και AUR 0.76, 95% CI 0.63-0.89, p<0.001, αντίστοιχα).
Συμπεράσματα
Στην παρούσα αναδρομική μελέτη σε ασθενείς ΜΕΘΠ, το συνολικό ισοζύγιο υγρών και το
FO% την τρίτη ημέρα νοσηλείας ήταν υπερδιπλάσιο στους ασθενείς που πέθαναν. Οι ασθενείς με παθολογικό mRAI score ή δυσμενή έκβαση έλαβαν σημαντικά μεγαλύτερες
ποσότητες ημερήσιων και συνολικών υγρών creep κατά τις τρεις πρώτες ημέρες νοσηλείας,
ιδίως το πρώτο 24ωρο. Επίσης, ο RAI πρώτου 24ωρου παρουσιάζει ισχυρή προβλεπτική
ικανότητα υπερφόρτωσης υγρών το 3ο 24ωρο. Παράλληλα, οι δείκτες mRAI και RAI της
πρώτης ημέρας εμφάνισαν ισχυρή προβλεπτική ικανότητα θνητότητας και σχετίστηκαν με
την ανάπτυξη ΟΝΒ κατά την πρώτη εβδομάδα νοσηλείας, την ύπαρξη shock κατά την
εισαγωγή και την ανάγκη για αγγειοδραστική υποστήριξη. Επιπλέον, ασθενείς με παθολογικό
RAI είχαν λάβει στα υγρά συντήρησης το πρώτο 24ωρο μεγαλύτερη αναλογία ορών γλυκόζης
ενώ η χρήση ισορροπημένων κρυσταλλοειδών ήταν συχνότερη σε ασθενείς που επιβίωσαν
και σε εκείνους με φυσιολογικό RAI.Background
Fluid administration is a routine therapeutic intervention in critically ill children admitted to
the ICU, with multiple potential effects. The primary goals of fluid administration are to
maintain water and electrolyte balance and to support pharmacological treatment. Both
resuscitation and maintenance fluid therapy follow established guidelines that are
continuously updated to optimize patient outcomes. However, fluids used for drug infusions
or to maintain venous catheter patency contribute to the phenomenon of hidden fluids
or fluid creep, which is directly associated with fluid overload. These concepts have gained
increasing significance in recent years, particularly due to their correlation with adverse
patient outcomes. Additionally, the Renal Angina Index (RAI) and modified Renal Angina Index
(mRAI) indices were developed to predict the likelihood of acute kidney injury (AKI) within the
first week of hospitalization, a complication that occurs more frequently in critically ill children
and negatively impacts their prognosis.
Objective
The aim of this study was to analyze and document the total volume and types of administered
fluids, as well as their balance in pediatric ICU patients. It also sought to determine the
percentage of fluid overload (FO%), the longitudinal progression of fluid creep and its
contribution to fluid overload, and their impact on AKI development and patient outcomes.
Additionally, the study aimed to calculate first-day RAI/mRAI scores and assess their
correlation with AKI progression during the first week of hospitalization. Secondary objectives
included evaluating the association of these factors with final patient outcomes and
comparing the predictive ability of the RAI index against other prognostic markers.
Methodology
This study was a single-center, retrospective observational study conducted in the tertiary
Pediatric ICU of the University Hospital of Heraklion from 2020 to 2024. A total of 117 patients
meeting the inclusion criteria were analyzed. To ensure anonymity, patient data were coded
before recording individualized demographic and anthropometric characteristics, medical
history, clinical and laboratory findings, and administered medications. Additionally,
prognostic scores, renal perfusion indices (RAI/mRAI), and the total volume of administered
fluids during the first week of hospitalization were calculated, with a detailed breakdown of
their purpose and administration type. Finally, clinical progression was assessed based on objective parameters such as the need for mechanical ventilation or vasopressor support, as
well as final patient outcomes.
Results
Among the 117 patients included in the study, 72 (61.5%) were boys and 45 (38.5%) were girls,
with a mean age of 6.6±5.7 years, a hospitalization duration of 13.5±43 days, and a mortality
rate of 10.3%. At admission, 23.1% of the patients met the KDIGO 2 criteria, while 15.4% met
the KDIGO 3 criteria. On the third day of hospitalization, KDIGO >2 was observed in 41.7% of
the patients who died, compared to 5.8% of those who survived (p=0.002). mRAI values were
higher in patients with AKI (KDIGO >2) on the seventh day of hospitalization (p=0.006), while
both RAI and mRAI scores were significantly elevated in patients admitted to the ICU with
shock (p<0.001) or requiring vasopressor support on the first day of hospitalization (p<0.001).
The total fluid balance on the third day of hospitalization was more than twice as high in
patients who died (p<0.001), as was the total FO% (12±9.3% vs. 5.5±8.6%, p=0.014).
Additionally, the amount of creep fluids administered on the first day was significantly higher
in patients who died compared to those who survived (1502 ml vs. 599 ml, p<0.001), as was
the daily and total volume of creep fluids given to patients with an abnormal mRAI score (4216
ml vs. 1885 ml, p=0.0013).
On the first day of hospitalization, PlasmaLyte was used more frequently for fluid resuscitation
in patients who survived compared to those who died (53.4% vs. 20%, p=0.017), as well as in
patients with normal RAI (55% vs. 33.3%, p<0.001). In contrast, patients with abnormal RAI
received a higher proportion of glucose-containing fluids for maintenance during the first 24
hours (p<0.001). In ROC analysis, both RAI and mRAI demonstrated strong and equivalent
predictive ability for mortality (AUR 0.76, 95% CI 0.64-0.87, p<0.001 and AUR 0.76, 95% CI
0.63-0.89, p<0.001, respectively).
Conclusions
In this retrospective study of ICU patients, the total fluid balance and FO% on the third day of
hospitalization were more than double in patients who died. Patients with an abnormal mRAI
score or poor outcomes received significantly higher daily and total volumes of creep fluids
during the first three days of hospitalization, particularly in the first 24 hours. Additionally, the
first 24-hour RAI demonstrated a strong predictive ability for fluid overload on the third day.
At the same time, the mRAI and RAI indices exhibited strong predictive ability for mortality
and were associated with the development of AKI within the first week, the presence of shock at admission, and the need for vasopressor support. Furthermore, patients with an abnormal
RAI received a higher proportion of glucose solutions in their maintenance fluids during the
first 24 hours, whereas the use of balanced crystalloids was more common among survivors
and those with a normal RAI
Encolpius, masculinity and the female characters in Petronius' Satyrica
No full textΤα Σατυρικά είναι ένα καινοτόμο αποσπασματικά σωζόμενο έργο του Πετρωνίου από την αυτοκρατορική εποχή το οποίο διαπραγματεύεται τις περιπλανήσεις του πρωταγωνιστή Εγκόλπιου στη Νότιο Ιταλία σε μορφή επεισοδίων. Συγκεκριμένα, θέμα της έρευνας είναι η σχέση που επικρατεί μεταξύ του πρωταγωνιστή Εγκόλπιου και των γυναικών που εμφανίζονται σε ένα επιλεγόμενο τμήμα του σωζόμενου κειμένου, στο επεισόδιο του Κρότωνα. Στη βιβλιογραφία και σε περιλήψεις των Σατυρικών, ο Εγκόλπιος έχει συνδεθεί άρρικτα με το πρόβλημα της σεξουαλικής δυσλειτουργίας από την οποία όμως ο πρωταγωνιστής πάσχει σε μονάχα δύο σκηνές του σωζόμενου κειμένου. Η έρευνα υποκινείται από την παρατήρηση ότι ο Εγκόλπιος παρουσιάζει το πρόβλημα της στυτικής δυσλειτουργίας σχεδόν αποκλειστικά εν παρουσία των γυναικών με τις οποίες συναναστρέφεται σε ερωτικά συμφραζόμενα. Όταν ο Εγκόλπιος εντός των Σατυρικών συνευρίσκεται ερωτικά με άνδρες, κατά κανόνα δεν φαίνεται να πάσχει από δυσλειτουργία. Το ζητούμενο είναι να ερευνηθεί κατά πόσο οι γυναίκες που συναντά ο Εγκόλπιος συσχετίζονται με την εν λόγω πάθηση, αλλά και πώς ο ίδιος ο πρωταγωνιστής αντιμετωπίζει το πρόβλημά του.The Satyrica are a sui generis fragmentary novel by Petronius from the imperial period. It deals with the protagonist Encolpius' wanderings in southern Italy in the form of episodes. Specifically, the subject of this master’s thesis is the relationship between the protagonist Encolpius and the women who appear in a selected section of the extant text, the episode of Croton. In the literature and in summaries of the Satyrica, Encolpius has been constantly associated with the condition of sexual dysfunction from which the protagonist suffers in only two scenes of the extant text. The research is motivated by the observation that Encolpius suffers from erectile dysfunction almost exclusively in the presence of the women with whom he interacts in erotic contexts. When Encolpius is involved in sexual intercourse with men within the Satyrica, he usually does not seem to suffer from dysfunction. The goal of this master’s thesis is to investigate the relationship between the women that Encolpius encounters and his condition, as well as the ways in which the protagonist himself chooses to deal with his problem
Μεταγραφική ρύθμιση ηπατικών γονιδίων στον καρκίνο
Full text linkΟ καρκίνος του ήπατος, κυρίως το ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα (HCC), αποτελεί
σημαντική παγκόσμια πρόκληση για την υγεία, η οποία οφείλεται σε παράγοντες
κινδύνου όπως οι χρόνιες ιογενείς λοιμώξεις, η χρήση αλκοόλ και οι μεταβολικές
ασθένειες. Παρά τις προόδους στις θεραπευτικές στρατηγικές, η πρόγνωση για το
HCC παραμένει δυσμενής, τονίζοντας την ανάγκη για νέες θεραπευτικές
προσεγγίσεις. Οι επιγενετικές τροποποιήσεις, ειδικά οι τροποποιήσεις των ιστονών,
έχουν αποκτήσει εξέχουσα σημασία για την κατανόηση της βιολογίας του καρκίνου.
Η SETD8, μια μεθυλοτρανσφεράση των ιστονών που είναι υπεύθυνη για τη
μονομεθυλίωση της ιστόνης H4 στη λυσίνη 20 (H4K20me1), διαδραματίζει κρίσιμο
ρόλο στη ρύθμιση της δομής της χρωματίνης και της γονιδιακής έκφρασης. Η
δραστηριότητα της SETD8 είναι αναπόσπαστο μέρος της διατήρησης της
γονιδιωματικής σταθερότητας και της επιδιόρθωσης του DNA.
Η παρούσα εργασία εξετάζει το ρόλο της SETD8 στον καρκίνο του ήπατος,
διερευνώντας τη συμβολή της στην καρκινογένεση. Η απορρύθμιση της SETD8 έχει
αποδειχθεί ότι επηρεάζει βασικές κυτταρικές διεργασίες, συμπεριλαμβανομένης της
αναδιαμόρφωσης της χρωματίνης, της μεταγραφικής ρύθμισης και της επιδιόρθωσης
βλαβών στο DNA, οι οποίες είναι κρίσιμες για την εξέλιξη του καρκίνου.
Συγκεκριμένα, οι τροποποιήσεις στη χρωματίνη που μεσολαβούνται από τη SETD8
μπορούν να οδηγήσουν στην ενεργοποίηση ογκογονιδίων και στην καταστολή
ογκοκατασταλτικών γονιδίων, προωθώντας τον ανεξέλεγκτο κυτταρικό
πολλαπλασιασμό, την αντίσταση στην απόπτωση και τη γονιδιωματική αστάθεια.
Επιπλέον, διερευνάται η SETD8 ως δυνητικός θεραπευτικός στόχος στον καρκίνο. Η
ανάπτυξη αναστολέων που στοχεύουν στην ενζυμική δραστηριότητα της SETD8
μπορεί να προσφέρει πολλά υποσχόμενες στρατηγικές για την αποκατάσταση της
σωστής δυναμικής της χρωματίνης και των διαδικασιών επιδιόρθωσης του DNA. Με
τη στόχευση της SETD8, μπορεί να είναι δυνατή η αναστροφή των επιγενετικών
αλλαγών που οδηγούν στον καρκίνο του ήπατος, βελτιώνοντας τα αποτελέσματα της
θεραπείας.Liver cancer, primarily hepatocellular carcinoma (HCC), poses a significant global
health challenge, driven by risk factors such as chronic viral infections, alcohol use,
and metabolic diseases. Despite advances in therapeutic strategies, the prognosis
for HCC remains poor, underlining the need for novel treatment approaches.
Epigenetic modifications, especially histone modifications, have gained prominence
in understanding cancer biology. SETD8, a histone methyltransferase responsible for
the monomethylation of histone H4 at lysine 20 (H4K20me1), plays a crucial role in
regulating chromatin structure and gene expression. SETD8’s activity maintains
genomic stability, facilitates DNA repair, and ensures proper cell cycle regulation.
This thesis examines the role of SETD8 in liver cancer, exploring its contribution to
tumorigenesis. Dysregulation of SETD8 has been shown to impact key cellular
processes, including chromatin remodeling, transcriptional regulation, and DNA
damage repair, all of which are critical for cancer progression. Specifically, SETD8-
mediated modifications in chromatin can lead to the activation of oncogenes and the
silencing of tumor suppressor genes, promoting uncontrolled cell proliferation,
apoptosis resistance, and genomic instability. These alterations are essential for the
progression of HCC and contribute to its aggressive nature.
Furthermore, this thesis investigates SETD8 as a potential therapeutic target in liver
cancer. Developing inhibitors targeting SETD8’s enzymatic activity, may offer
promising strategies to restore proper chromatin dynamics and DNA repair
processes. By targeting SETD8, it may be possible to reverse the epigenetic
changes that drive liver cancer, improving treatment outcomes. This research
contributes to a deeper understanding of liver cancer epigenetics and provides
insight into potential therapeutic interventions to modulate SETD8 activity
Embodiment and subject formation in contemporary performances of Samuel Beckett's plays in Greece (2011-2021)
No full textΗ διπλωματική εργασία εξερευνεί τη σωματικότητα και τη συγκρότηση του υποκειμένου στις σύγχρονες παραστάσεις έργων του Σάμιουελ Μπέκετ στην Ελλάδα κατά την περίοδο 2011-2021. Βασισμένη σε πρωτογενείς πηγές, κριτικές και αρχειακό υλικό, η μελέτη εστιάζει στις θεατρικές πρακτικές, τη σκηνοθετική προσέγγιση και την ανταπόκριση κοινού και κριτικών. Μέσω της ανάλυσης θεατρικών έργων, όπως το Περιμένοντας τον Γκοντό, τις Ευτυχισμένες Μέρες, το Τέλος του Παιχνιδιού και την Τελευταία Μαγνητοταινία του Κραπ εξετάζονται οι έννοιες της ταυτότητας και της έμφυλης ρευστότητας, αντλώντας από θεωρίες φαινομενολογίας, φεμινισμού και επιτελεστικότητας. Στόχος της έρευνας είναι η ανάδειξη του τρόπου με τον οποίο οι παραστάσεις προσαρμόζουν και εμπλουτίζουν τη μπεκετική δραματουργία, διευρύνοντας το πεδίο μελέτης των έργων του στην ελληνική θεατρική σκηνή.This thesis explores the concept of embodiment and the constitution of the subject in contemporary performances of Samuel Beckett's works in Greece during the period 2011–2021. Based on primary sources, reviews, and archival material, the study focuses on theatrical practices, directorial approaches, and the response of audiences and critics. Through the analysis of plays such as Waiting for Godot, Happy Days, Endgame, and Krapp's Last Tape, the concepts of identity and gender fluidity are explored, drawing on theories of phenomenology, feminism, and performativity. This research aims to highlight how these performances adapt and enrich Beckett's dramaturgy, broadening the field of study of his works within the Greek theatre scen
Proteins of the RNA silencing mechanism and their role in the biological cycle of PSTVd
No full textΤα ιοειδή είναι μικρά, γυμνά, κυκλικά, μη κωδικά μόρια RNA που μπορούν να
μολύνουν πολλά είδη φυτών. Το ιοειδές των ατρακτοειδών κονδύλων της πατάτας (Potato
Spindle Tuber Viroid, PSTVd), που ανακαλύφθηκε πρώτο, ανήκει στην οικογένεια των
Pospiviroidae και χρησιμοποιείται ως μοντέλο στην παρούσα εργασία. Ταυτοποιήθηκε αρχικά
σε φυτά πατάτας (Solanum tuberosum, Solanaceae), αλλά μπορεί να μολύνει ένα ευρύ φάσμα
ξενιστών, συμπεριλαμβανομένων άλλων μελών της οικογένειας Solanaceae και άλλων
σημαντικών καλλιεργειών. Τα ιοειδή επάγουν τον μηχανισμό της RNA σίγησης στους ξενιστές
τους, αλλά επίσης στοχεύονται και από αυτόν. Το PSTVd και τα μικρά δίκλωνα RNA μόρια
που παράγονται κατά τον αναδιπλασιασμό του αλληλεπιδρούν με βασικές πρωτεΐνες του
μηχανισμού της RNA σίγησης, όπως οι ενδονουκλεάσες Dicer-Like (DCL) και οι πρωτεΐνες
Argonautes (AGO). Στην παρούσα εργασία εξετάσαμε την αλληλεπίδραση των ιοειδών με τον
μηχανισμό της RNA σίγησης, υποθέτοντας ότι οι φαινοτυπικές αλλοιώσεις που προκαλούνται
από τα ιοειδή οφείλονται στην επαγωγή του μηχανισμού της RNA σίγησης. Για να
προσεγγίσουμε το ερώτημα αυτό, χρησιμοποιήσαμε ως εργαλείο διαγονιδιακά φυτά Nicotiana
benthamiana, που εκφράζουν και σιγούν με αυθόρμητο και στοχαστικό τρόπο ένα GFP
διαγονίδιο. Δείξαμε ότι η επαγωγή της RNA σίγησης από μόνη της προκαλεί αλλαγές στην
έκφραση γονιδίων που σχετίζονται με αμυντικές αποκρίσεις και καταπονήσεις, οδηγώντας σε
φαινοτυπικές αλλοιώσεις υπό συνθήκες καταπόνησης, όπως μειωμένη ανάπτυξη και
αυξημένη ευαισθησία σε καταπόνηση. Τα αποτελέσματα της μελέτης μας υποστηρίζουν την
υπόθεση ότι οι φαινοτυπικές αλλοιώσεις σε φυτά μολυσμένα με ιοειδή ίσως να προκαλούνται,
σε κάποιο βαθμό, από την επαγωγή του μηχανισμού της RNA σίγησης από τα ιοειδή.
Επιπλέον, πολλές πρωτεΐνες που πιθανώς εμπλέκονται στον βιολογικό κύκλο του
ιοειδούς PSTVd δεν έχουν ταυτοποιηθεί ακόμη, παρόλο που μπορεί να παίζουν σημαντικό
ρόλο στον αναδιπλασιασμό ή τη μετακίνησή του ιοειδούς στους ξενιστές. Τα ιοειδή της
οικογένειας Pospiviroidae αναδιπλασιάζονται στον πυρήνα μέσω του μηχανισμού του
ασύμμετρου κυλιόμενου κύκλου. Μια ενδονουκλεάση τύπου ΙΙΙ (RNAse III), η οποία παραμένει
άγνωστη, θεωρείται απαραίτητη στη διαδικασία αυτή. Τα φυτά διαθέτουν δύο ομάδες RNAse
III ενδονουκλεασών: τις DCL (Dicer-Like) και τις RTL (RNAse Three-Like). Έχει αναφερθεί ότι
η συνδυασμένη καταστολή των DCL2 και DCL3 στο φυτό N. benthamiana επηρεάζει
σημαντικά την άμυνα του φυτού έναντι των ιοειδών, ενώ τα μέλη των Pospiviroidae πιθανώς
να έχουν εξελιχθεί έτσι ώστε να πέπτονται κυρίως από την DCL4, που έχει τις λιγότερο
επιζήμιες επιπτώσεις στη μολυσματικότητα του ιοειδούς. Οι RTL αποτελούν τη λιγότερο
μελετημένη από τις δύο ομάδες και δεν υπάρχουν πληροφορίες για το ρόλο τους κατά τη
διάρκεια μολύνσεων με ιοειδή.
Στην παρούσα μελέτη διερευνήσαμε περαιτέρω την επίδραση βασικών αντι-ιικών
πρωτεϊνών AGO (AGO1, AGO2 και AGO4) στη μολυσματικότητα του ιοειδούς. Η καταστολή
των AGO1 και AGO2 είχε ως αποτέλεσμα μια τάση για αύξηση των επιπέδων του ιοειδούς σε
μολυσμένα φυτά, υποδεικνύοντας τον πιθανό αμυντικό τους ρόλο, ενώ η σίγηση του γονιδίου
AGO4 βρέθηκε να έχει σημαντικό ρόλο στην άμυνα έναντι του PSTVd. Εξετάσαμε, επίσης, το
ρόλο των RTL στον βιολογικό κύκλο του PSTVd στο φυτό N. benthamiana. Συγκεκριμένα,
δημιουργήσαμε διαγονιδιακά φυτά N. benthamiana με κατασταλμένη έκφραση των RTL
γονιδίων τους. Το ολικό mRNA των διαγονιδιακών φυτών αλληλουχήθηκε για να
προσδιοριστούν τα μονοπάτια στα οποία συμμετέχει κάθε RTL που στοχεύσαμε. Έπειτα,
χρησιμοποιήσαμε αυτά τα φυτά για μολύνσεις με το ιοειδές PSTVd, αξιολογώντας τα επίπεδα
του ιοειδούς στις διάφορες διαγονιδιακές σειρές για να δούμε την επίδραση της μειωμένης
έκφρασης κάθε RTL γονιδίου στα επίπεδα του PSTVd. Τέλος, εξετάσαμε την επίδραση της
ταυτόχρονης καταστολής δύο RTL στη μολυσματικότητα του PSTVd. Η ταυτόχρονη
καταστολή των RTL γονιδίων είχε ως αποτέλεσμα τη σημαντική αύξηση των επιπέδων του
ιοειδούς. Συνεπώς, συμπεράναμε ότι η συνδυαστική δράση των γονιδίων RTL γονιδίων που
μελετήθηκαν είναι πιθανώς σημαντική για την αποτελεσματική άμυνα του φυτού έναντι των
ιοειδών.Viroids are small, naked, circular, non-coding RNAs that infect many plant species.
Potato Spindle Tuber Viroid (PSTVd) belongs to the family of Pospiviroidae. It was first
identified in potato plants (Solanum tuberosum, Solanaceae), but it can infect a wide range of
plants, including other members of the Solanaceae family and other important crops. Viroids
can induce their hosts’ RNA silencing mechanism, while they are also targeted by it. In fact,
PSTVd itself, and the small double-stranded RNA molecules produced during its replication,
interact with core proteins of the RNA silencing machinery, such as DCL (Dicer-Like)
endonucleases and AGO (Argonaute) proteins. In our study, we examined the interaction of
viroids with the RNA silencing mechanism, hypothesizing that the phenotypic alterations
caused by viroids are due to the induction of the RNA silencing mechanism. To approach this
question, we used transgenic Nicotiana benthamiana plants that express and silence a GFP
transgene in a spontaneous and stochastic manner. We showed that the induction of RNA
silencing can cause changes in the expression of genes related to plant defense and stress
responses, leading to phenotypic alterations under stress conditions, such as reduced growth
and increased sensitivity to stress. Our study results support, to some extent, the hypothesis
that the phenotypic alterations in viroid-infected plants may be caused by the induction of the
RNA silencing mechanism by viroids.
Additionally, many proteins that are potentially involved in the biological cycle of
PSTVd have not yet been identified, although they may play a significant role in the viroid’s
replication or movement within hosts. Viroids of the Pospiviroidae family replicate in the
nucleus through an asymmetric rolling-circle mechanism. A type III endonuclease (RNAse III),
which remains unidentified, is considered essential in this process. Plants have two groups of
RNAse III endonucleases: DCL (Dicer-Like) and RTL (RNAse Three-Like). It has been
reported that the combined suppression of DCL2 and DCL3 in the model plant N. benthamiana
significantly affects the plant’s defense against viroids, while the members of the Pospiviroidae
family may have evolved to be primarily cleaved by DCL4, which has the least detrimental
effects on viroid infectivity. RTLs are the least studied of the two groups, and there is no
information on their role upon viroid infections.
In this study, we further investigated the effect of the main antiviral AGO proteins
AGO1, AGO2, and AGO4 on viroid infectivity. Suppression of AGO1 and AGO2 resulted in a
tendency for increased viroid levels in infected plants, indicating their potential defensive role,
while silencing of the AGO4 gene was found to play a significant role in defense against
PSTVd. We also examined the role of RTLs in the biological cycle of PSTVd in the plant N.
benthamiana. We created transgenic N. benthamiana plants with suppressed expression of
RTL genes. The total mRNA of the transgenic plants was sequenced to determine the
pathways in which each targeted RTL is involved. We then used these plants for infection
assays with PSTVd, assessing the viroid levels in each transgenic line to determine the effect
of each RTL’s suppression on PSTVd infectivity. Finally, we examined the effect of
simultaneous suppression of two RTLs on PSTVd levels. The simultaneous suppression of
two RTL genes resulted in a significant increase in viroid levels. Therefore, we concluded that
the combined action of N. benthamiana RTLs might be important for the effective plant
defense against viroids
Move, Adapt or Die: Ectotherm animals living on edge and the climate change challenge. The case study of Podarcis cretensis
Full text linkΟ στόχος της διδακτορικής διατριβής είναι η εφαρμογή μιας νέας ολιστικής
προσέγγισης, βασιζόμενης σε στοιχεία οικολογίας και γενωμικής, με σκοπό την
εκτίμηση των βιολογικών αποκρίσεων των οργανισμών στις περιβαλλοντικές αλλαγές,
όπως η κλιματική αλλαγή, σε ένα σαφές χωρικό πλαίσιο. Η μελέτη των εξελικτικών
προσαρμογών των οργανισμών σε διαφορετικά θερμικά περιβάλλοντα, η αποσαφήνιση
των επιδράσεων της προσαρμογής και της φαινοτυπικής πλαστικότητας, η
πληθυσμιακή δομή και ο καθορισμός της κατάστασης τρωτότητάς τους έναντι της
κλιματικής αλλαγής, θα συνεισφέρει σημαντικά στον καθορισμό πλαισίων διαχείρισης
των εξώθερμων οργανισμών σε μεσογειακά «ακραία» περιβάλλοντα.
Για το σκοπό αυτό, ως μοντέλο εξώθερμου οργανισμού χρησιμοποιήθηκαν
πληθυσμοί του είδους κλωστιδάκι (Podarcis cretensis - Sauria, Lacertidae) το οποίο
αποτελεί ενδημικό είδος σαύρας της Κρήτης και των δορυφορικών της νησίδων. Οι
κύριοι πληθυσμοί μελέτης προήλθαν από δύο «ακραία» περιβάλλοντα της κατανομής
του είδους όσον αφορά τις κλιματικές συνθήκες (κορυφές βουνών με υψόμετρο
μεγαλύτερο των 2.000 m και βραχονησίδες με έκταση μικρότερη των 15 εκταρίων) και
ένα «ενδιάμεσο» (~1.000 m υψόμετρο στην ενδοχώρα), στοχεύοντας στην αξιολόγηση
της αποτελεσματικότητας μιας μεθοδολογίας η οποία θα μελετά την προσαρμογή των
πληθυσμών σε τοπικές συνθήκες και που θα μπορεί να εφαρμοστεί και σε άλλους
οργανισμούς και περιοχές του πλανήτη.
Η πολυεπίπεδη επιστημονικά προσέγγιση που εφαρμόστηκε, περιλάμβανε τη
χρήση τεχνολογιών αιχμής (Next Generation Sequencing και πληθώρα
βιοπληροφορικών εργαλείων) για την αποκάλυψη του γενετικού προφίλ του
οργανισμού μέσω της μελέτης του γονιδιώματος [SNPs μέσω της Double-digest
Restriction site associated DNA sequencing (ddRADseq)], του μεταγραφώματος
(RNAseq μέσω δημιουργίας cDNA βιβλιοθηκών), της θερμικής βιολογίας του
(επιλεγόμενες θερμοκρασίες, λειτουργικές θερμοκρασίες, θερμοκρασίες σώματος,
δείκτες σύνδεσης κλιματικών μεταβλητών και θερμικής βιολογίας) και της οικολογίας
του (σύνδεση περιβαλλοντικών δεικτών με γονιδίωμα)], σε συνδυασμό με πειράματα
κοινού περιβάλλοντος όπου οι δύο ακραίοι πληθυσμοί εγκλιματίστηκαν σε αντίθετες
θερμοκρασιακές συνθήκες από αυτές που είναι προσαρμοσμένοι.
Η μελέτη της θερμικής βιολογίας του είδους με τον προσδιορισμό των κρίσιμων
θερμοκρασιών (CT), των επιλεγόμενων θερμοκρασιών των διάφορων πληθυσμών
(Tpref), των θερμοκρασιών σώματος (Tb) και των λειτουργικών θερμοκρασιών (Τe)
έδειξε ότι η P. cretensis εμπίπτει στο «στατικό» θερμορυθμιστικό πρότυπο, κάτι το
οποίο συνδυαστικά με τα ευρήματα για την αποτελεσματικότητα της θερμορύθμισης
των επιμέρους πληθυσμών και των δεικτών που σχετίζονται με τα θερμικά κρίσιμα
όρια οδήγησαν στην εκτίμηση ότι οι πληθυσμοί της Χρυσής και του Μικρονησίου είναι
ιδιαίτερα ευάλωτοι στη συνεχιζόμενη κλιματική αλλαγή.
Μέσω των SNPs εξετάστηκε η πληθυσμιακή δομή του είδους στην οποία υπάρχει
γενετικός διαχωρισμός μεταξύ των ανατολικών και δυτικών πληθυσμών,
ταυτοποιήθηκαν γενετικοί τόποι που βρίσκονται εν δυνάμει υπό επιλογή (αποκλίνοντες
γενετικοί τόποι, outliers loci) με διαφορετικές μεθόδους (RDA, gINLAnd, PCAdapt),
των οποίων τα αποτελέσματα επιβεβαίωσαν τη διαφοροποίηση των πληθυσμών στα
διαφορετικά υψόμετρα, ανέδειξαν 537 αποκλίνοντες γενετικούς τόπους και
αποκάλυψαν ότι παράγοντες όπως το ετήσιο εύρος θερμοκρασίας, η μέση μηνιαία
ποσότητα βροχόπτωσης του θερμότερου τριμήνου και o τύπος ενδιαιτήματος
κατευθύνουν τη φυσική επιλογή. Επιπλέον, στα δύο «ακραία» περιβάλλοντα της
κατανομής του είδους, η γενετική ποικιλότητα φαίνεται να επηρεάζεται από την
εποχικότητα των βροχοπτώσεων και τη μέση ημερήσια θερμοκρασία του θερμότερου
τριμήνου.
Η μελέτη του μεταγραφώματος αποκάλυψε διαφορική έκφραση πολλών
πρωτεϊνών μεταξύ των ακραίων πληθυσμών και του ενδιάμεσου, αλλά και διαφορική
έκφραση μετά από προσαρμογή σε διαφορετικές θερμοκρασιακές συνθήκες. Με αυτό
τον τρόπο αποκαλύφθηκαν διαφορές στην έκφραση διαφόρων γονιδίων που
σχετίζονται με την προσαρμογή στο θερμοκρασιακό στρες, όπως αυτά των πρωτεϊνών
θερμικού σοκ (ΗSPs). Παράλληλα βρέθηκε ότι στα κύτταρα του ήπατος και του
εγκεφάλου υπάρχουν οι μεγαλύτερες διαφορές στην έκφραση γονιδίων μεταξύ των
ατόμων από τη βραχονησίδα (Μικρονήσι Χρυσής) και αυτών από την κορυφή Ρουσιές
των Λευκών Ορέων, ενώ βρέθηκαν λιγότερες διαφορές μεταξύ αυτών και του
ενδιάμεσου πληθυσμού (Θέρισο).
Η εργασία αυτή που αποτελεί την πρώτη προσπάθεια στο Αιγαίο μιας
ενοποιημένης προσέγγισης με γενωμικά, φυσιολογικά και οικολογικά στοιχεία που
προέρχονται τόσο από φυσικούς πληθυσμούς όσο και από πειράματα κοινού
περιβάλλοντος, κατέδειξε τη διαφορετικές δυνατότητες προσαρμογής των δύο
«ακραίων» πληθυσμών σε μεταβαλλόμενες συνθήκες και τις δυνατότητες του
συγκεκριμένου πλαισίου έρευνας στην αποτύπωση των περίπλοκων σχέσεων μεταξύ
γονοτύπου, φαινοτύπου και περιβάλλοντος.The aim of the PhD thesis is to apply a new holistic approach, based on ecological and
genomic information, in order to estimate the biological responses of organisms to environmental
changes, such as climate change, in a clear spatial context. The study of the evolutionary
adaptations of organisms to different thermal environments, the elucidation of the effects of
adaptation and phenotypic plasticity, the population structure and the determination of their risk
status against climate change, will contribute significantly to the definition of management
frameworks for ectothermic organisms in the Mediterranean “extreme” environments.
For this purpose, populations of the species Podarcis cretensis (Sauria, Lacertidae), which
is an endemic lizard species of Crete and its satellite islets, were used as a model ectothermic
organism. The main study populations came from two "edge" environments of the species'
distribution in terms of climatic conditions (mountain peaks with an altitude of more than 2.000
m and rocky islands with an area of less than 15 hectares) and an "intermediate" (~1.000 m
altitude mainland), aiming to evaluate the effectiveness of a framework, which will study the
adaptation of populations to local conditions and which can be applied to other organisms and
regions of the planet.
The multi-level scientific approach applied included the use of cutting-edge technologies
(Next Generation Sequencing and a multitude of bioinformatics tools) to reveal the genetic profile
of the organism through the study of the genome [SNPs through Double-digest Restriction site
associated DNA sequencing (ddRADseq)], its transcriptome (RNAseq via cDNA library
generation), its thermal biology (preferred temperatures, functional temperatures, body
temperatures, markers linking climate variables and thermal biology) and its ecology (linking
environmental markers to genome)], combined with common garden experiments where the two
edge populations were adapted to opposite temperature stimuli than those to which they are
adapted.
The study of the thermal biology of the species by determining critical temperatures (CT),
preferred temperatures (Tpref), body temperatures (Tb) and operative temperatures (Te) of
various populations, showed that P. cretensis falls under the “static” thermoregulatory pattern,
which combined with findings on the thermoregulatory effectiveness of populations and indices
related to thermal critical thresholds led to the assessment that the populations of Chrysi and
Mikronisi are particularly vulnerable to the ongoing climate change.
Through SNPs, the population structure of the species was examined in which there is a
genetic separation between the eastern and western populations, genetic loci that are potentially
under selection (outliers loci) were identified with different methods (RDA, gINLAnd,
PCAdapt), whose results confirmed population differentiation at different altitudes, identified 537
outliers loci, and revealed that factors such as annual temperature range, average monthly
precipitation of the warmest quarter, and habitat type drive natural selection. Furthermore, in the
two "edge" environments of the species' distribution, genetic diversity appears to be influenced
by the seasonality of precipitation and the mean daily temperature of the warmest quarter.
The study of the transcriptome revealed differential expression of many proteins between
the extreme populations and the intermediate, but also differential expression after adaptation to
different temperature stimuli. In this way, differences in the expression of various genes related
to adaptation to temperature stress were revealed, such as those of heat shock (HSPs) proteins. At
the same time, it was found that in the cells of the liver and brain there are the greatest differences
in gene expression between the individuals from the islet (Mikronisi Chrysis) and those from the
summit of Rousies of the White Mountains, while fewer differences were found between them
and the intermediate population (Theriso).
This work, which is the first attempt in the Aegean of a unified approach with genomic,
physiological and ecological elements recovered both from natural populations and from
common garden experiments, demonstrated the different possibilities of adaptation of the two
"edge" populations to changing conditions and the possibilities of specific research context in
capturing the complex relationships between genotype, phenotype and environment
Διαλεύκανση της επιλεκτικότητας διεύθυνσης σε νευρώνες στοιβάδας 2/3 πρωτοταγούς οπτικού φλοιού με χρήση λεπτομερών υπολογιστικών μοντέλων.
No full textΧρησιμοποιώντας το παραδοσιακό εμπροσθόδρομο μοντέλο της οπτικής αντίληψης
που πρότειναν οι Hubel και Wiesel, ο πρωτοταγής οπτικός φλοιός (V1) δεν μπορεί να
διαθέτει όλη την ποικιλία χαρακτηριστικών που είναι γνωστό ότι κατέχει. Σε
συνδυασμό με την επιρροή παραγόντων όπως η αναστολή, η συναπτική τοποθέτηση
και η πλαστικότητα, δημιουργείται ένα περίπλοκο σύστημα. Προς εξερεύνηση αυτού,
δημιουργήσαμε ένα λεπτομερές βιοφυσικό μοντέλο ενός πυραμιδικού νευρώνα
στοιβάδος 2/3 (L2/3), το οποίο βασίζεται σε ένα υπαρκτό μοντέλο και η λειτουργία
του οποίου έχει επαληθευτεί εκτενώς βάσει πειραματικών δεδομένων. Οι ιδιότητες
συναπτικής ολοκλήρωσης του μοντέλου εκτιμήθηκαν, και βρέθηκαν ποικίλες και με
υψηλό βαθμό μη-γραμμικότητας. Η αυθόρμητη δραστηριότητα του μοντέλου
συγκρίθηκε με δεδομένα καταγραφών in vivo, όπου επαληθεύτηκε η ομοιότητα των
δυο. Η παρουσία ισχυρών σημάτων εξόδου που επιδεικνύουν επιλεκτικότητα
διεύθυνσης επαληθεύτηκε, ακόμα και υπό συνθήκες διαφοράς των δενδριτικών
σημάτων εισόδου. Η αιτιακή προέλευση σωματικών δυναμικών ενέργειας (ΔΕ)
αξιολογήθηκε, ανακαλύπτοντας ότι η πλειοψηφία των σωματικών ΔΕ (~80%)
παράγονται μέσω δραστηριότητας διαύλων νατρίου που εδράζονται στο κορυφαίο
δένδρο. Η επίδραση των διαύλων νατρίου καθώς και των υποδοχέων AMPA/NMDA
στην επιλεκτικότητα διεύθυνσης διερευνήθηκε με παρόμοια πειράματα, όπου
βρέθηκε πως οι δίαυλοι νατρίου στο κορυφαίο δένδρο και οι υποδοχείς
AMPA/NMDA στο βασικό δένδρο είναι απαραίτητα συστατικά της επιλεκτικότητας
διεύθυνσης. Επιπροσθέτως, δημιουργήσαμε ένα απλοποιημένο μοντέλο του
νευρώνα προς χρήση σε ένα απλό μοντέλο δικτύου, χρησιμοποιώντας αφηρημένες
αλλά ρεαλιστικές αναπαραστάσεις του οπτικού χώρου, οπτικών υποδεκτικών πεδίων
και ορθώς δομημένη συνδεσιμότητα ανάμεσα στα αφηρημένα μοντέλα των
υποδεκτικών πεδίων των γαγγλιακών κυττάρων του αμφιβληστροειδούς, των
κυττάρων-πομπών του θαλάμου, των πυραμιδικών νευρώνων της στοιβάδας 4, και
τελικά, πυραμιδικών νευρώνων στοιβάδας 2/3. Το απλοποιημένο μοντέλο
επιδεικνύει επιλεκτικότητα διεύθυνσης η οποία δεν έχει προστεθεί τεχνητά. Η
προσθήκη απλοποιημένων ανασταλτικών συνάψεων που επίσης επιδεικνύουν
επιλεκτικότητα διεύθυνσης βελτιώνει τα σήματα εξόδου του μοντέλου περαιτέρω.Using the traditional feedforward model of visual perception proposed by Hubel and
Wiesel, the primary visual cortex (V1) cannot exhibit the entire range of features it is
known to possess. This, coupled with the influence of factors such as inhibition,
synaptic localization and plasticity, creates a highly complex system. To explore this, a
detailed biophysical model of a layer 2 and 3 (L2/3) V1 pyramidal neuron was created,
based on an existing model and extensively validated against experimental data.
Model synaptic integration properties were evaluated, finding varied and highly non-
linear integration. Spontaneous activity patterns were compared to in vivo data, with
both showing substantial similarities. The presence of robust orientation-tuned
output was verified, even under conditions of dendritic input disparity. The causal
generation of somatic action potentials (APs) was explored, discovering that the
majority of somatic APs (~80%) are driven by sodium channel activity from the apical
tree. The impact of sodium channels and AMPA/NMDA receptors on tuning was then
investigated using similar experiments, finding that apical sodium channels and both
apical and basal AMPA and NMDA receptors are required for orientation tuning.
Furthermore, guided by the aforementioned findings, we created a reduced model of
this neuron used in a simple network model, featuring an abstract but realistic
representation of visual space, visual receptive fields and structured connectivity
between abstract models of retinal ganglion cells, thalamic relay cells, L4 pyramidal
neurons, and ultimately, L2/3 pyramidal neurons. This simplified network setup yields
orientation tuned output that is not explicitly coded into the model. The addition of
simplified tuned inhibitory representing cross-orientation suppression further refines
the output of these reduced models, producing true tuning
A computational criticism analysis of Papadiamantis’ work : language, topics, and clustering
Full text linkThis thesis explores Alexandros Papadiamantis’ work through the lens of computational criticism,
employing natural language processing (NLP) and machine learning (ML) to address three
key research questions. First, it tackles the task of language identification in Papadiamantis’
texts by training a Multinomial Naive Bayes classifier on a custom dataset of 10 million words
representing Standard Modern Greek, Katharevousa, and Ancient Greek. Additionally, narrative
and dialogic parts of the texts were distinguished using textual patterns that introduce dialogue,
allowing for a detailed analysis of language use across different parts of the corpus. Second,
it identifies prominent topics within the author’s short stories using word embedding models
(Word2Vec and FastText) combined with clustering algorithms, with optimal hyperparameters
identified through grid search. Third, it applies contextual embeddings (BERT) and clustering
techniques to categorize Papadiamantis’ works based on semantic similarity, again using grid
search to select the best-performing configurations. The analysis reveals that Katharevousa
predominates across genres, but that Modern Greek is more prevalent in dialogues, especially
in short stories, without, in any case, exceeding the percentage of use of the Katharevousa.
Thematic clusters highlight key motifs such as Christian liturgical language, female roles,
socio-economic structures, etc., offering new insights into Papadiamantis’ literary landscape.
Furthermore, the clustering of all Papadiamantis’ works reveals semantic groupings that transcend
traditional chronological or genre-based divisions, offering a fresh, data-driven perspective
on his corpus. This study demonstrates how computational methods can complement and extend
traditional literary criticism by providing a new, integrated quantitative and qualitative approach
to Papadiamantis studies and contributing to the broader analysis of Greek literary texts
Διερεύνηση του ρόλου των προτεϊνών SFH6 και SFH8 της ντομάτας με τη χρήση πειραμάτων συμπληρωματικότητας
No full textΟι Sec14-nodulin πρωτεΐνες παραμένουν σε μεγάλο βαθμό ανεξερεύνητες στην
τομάτα (Solanum lycopersicum), ενώ επίσης περιορισμένη είναι και η έρευνά τους στο
μοντέλο φυτό Arabidopsis thaliana (A. thaliana). Σε αυτή τη διατριβή ερευνήθηκε ο
ρόλος των πρωτεϊνών SEC FOURTEEN-HOMOLOG6 (SlSFH6) και SlSFH8 της
ντομάτας, οι οποίες παρουσιάζουν μεγάλη ομοιότητα με την πρωτεΐνη SFH8 του
Arabidopsis (AtSFH8), η οποία επηρεάζει την ανάπτυξη των ριζών και την μεταφορά
πρωτεϊνών. Μέσω μια σειράς πειραμάτων συμπληρωματικότητας στη ζύμη
Saccharomyces cerevisiae και στο A. thaliana, αυτή η εργασία εξετάζει τους πιθανούς
ρόλους αυτών των δύο πρωτεϊνών στη μεταφορά λιπιδίων, στη ρύθμιση των σημείων
επαφής ενδοπλασματικού δικτύου-πλασματικής μεμβράνης (ER-PM) και την ανάπτυξη
της ρίζας σε διαφορετικά θρεπτικά περιβάλλοντα. Πειράματα συμπληρωματικότητας
στο θερμοευαίσθητο sec14 μετάλλαγμα ζύμης έδειξαν ότι οι πρωτεΐνες SFH της
τομάτας παρουσιάζουν περιορισμένη λειτουργική ομοιότητα με την Sec14p, ενώ
περαιτέρω αναλύσεις χρησιμοποιώντας το στέλεχος ζύμης Δ-super-tether που
στερείται σημεία επαφής ER-PM έδειξαν ότι η AtSFH8, και σε μικρότερο βαθμό η
SlSFH6 και η SlSFH8, ενδεχομένως συμμετέχουν στη σύνδεση ER-PM και στην
ομοιόσταση στερολών. Τα πειράματα σε μεταλλάγματα και διαγονιδιακά φυτά που
σχετίζονται με την SFH8 πρωτεΐνη αποκάλυψαν μια σύνδεση αυτής με την ανάπτυξη
της ρίζας σε περιβάλλοντα που στερούνται πηγές άνθρακα και αζώτου. Αξιοσημείωτο
ήταν επίσης ότι φυτά που υπερέκφραζαν την SlSFH8 πρωτεΐνη παρουσίαζαν έναν
χαρακτηριστικό ζιγκ ζαγκ μοτίβο στη ρίζα όταν αναπτύσσονταν σε περιβάλλον απουσία
αζώτου, υποδηλώνοντας έναν ρόλο αυτής της πρωτεΐνης στην αναζήτηση θρεπτικών
ουσιών. Συνολικά τα αποτελέσματα υποδηλώνουν ότι αυτές οι SFH πρωτεΐνες έχουν
δομικό ή βοηθητικό ρόλο στα σημεία επαφής ER-PM, το οποίο με τη σειρά του
επηρεάζει την ανάπτυξη των ριζών σε απόκριση σε συνθήκες στρες που σχετίζονται
με την έλλειψη θρεπτικών ουσιών.Sec14-nodulins remain largely unexplored in tomato (Solanum lycopersicum), while
research in Arabidopsis thaliana (A. thaliana) is also limited. In this thesis I investigated
the role of the Solanum lycopersicum SEC FOURTEEN-HOMOLOG6 (SlSFH6) and
SlSFH8 proteins, which show great similarity to the A. thaliana SFH8 (AtSFH8) protein
that has previously been shown to affect root growth and protein trafficking. Through a
series of complementation assays in yeast and A. thaliana, this study examines the
potential roles of these two proteins in lipid transport, Endoplasmic Reticulum- Plasma
Membrane (ER-PM) contact site regulation and root development in response to the
nutrient environment. Yeast complementation experiments in a temperature sensitive
sec14 mutant showed that the tomato SFH proteins exhibit limited functional similarity
to the Sec14p, while further analyses using the Δ-super-tether yeast strain that lack
ER-PM tethers indicated that AtSFH8, and to a lesser extent SlSFH6 and SlSFH8
potentially participate in ER-PM tethering and sterol homeostasis. In planta
experiments using the Arabidopsis sfh8 mutant as well as a complementation of this
with the SlSFH8 revealed a connection between altered root growth dependent on
nitrogen and sucrose deficient conditions. Remarkably, the complemented line showed
a characteristic zigzag pattern in nitrogen depleted media, suggesting a role of this
protein in nutrient foraging. Collectively, these results suggest that these SFH proteins
have a structural or auxiliary role in ER-PM contact sites, which in turn influences root
development in response to environmental nutrient stress conditions
Γενωμική ανάλυση από δεδομένα Whole-Exome Sequencing σε ασθενείς με σπάνια νοσήματα
No full textRare diseases (RDs), while individually uncommon, collectively affect an estimated 263–446 million people worldwide. Genetic testing, particularly Whole-Exome Sequencing (WES) and Whole-Genome Sequencing (WGS), has emerged as the primary diagnostic tool for these conditions. This study evaluated the diagnostic yield of both initial analysis and re-analysis of WES/WGS data from patients with suspected RDs, using two bioinformatics platforms: RD-Connect Genome-Phenome Analysis Platform (GPAP) and Franklin. The analysis cohort comprised 73 patients and achieved a diagnostic yield of 30%, while the re-analysis cohort included 106 patients with an 18% yield, results consistent with published data. Among cases with plausible diagnoses, 19 novel variants were identified. Founder variant detection across the entire cohort (n = 179) revealed a markedly high prevalence of the CTNS c.225+1G>C variant (p- value = 0.022), found in 21% of the Cretan subgroup (n = 136) and enriched among patients with renal disorders (n = 31), where the carrier frequency reached 74% (p- value = 2,5*10-7). These findings underscore the value of systematic
WES/WGS analysis and re-analysis for RD diagnosis, demonstrate the contribution of novel variants to disease characterization, and highlight the clinical and population-genetic significance of founder mutations in isolated populations.Rare diseases (RDs), while individually uncommon, collectively affect an estimated 263–446 million people worldwide. Genetic testing, particularly Whole-Exome Sequencing (WES) and Whole-Genome Sequencing (WGS), has emerged as the primary diagnostic tool for these conditions. This study evaluated the diagnostic yield of both initial analysis and re-analysis of WES/WGS data from patients with suspected RDs, using two bioinformatics platforms: RD-Connect Genome-Phenome Analysis Platform (GPAP) and Franklin. The analysis cohort comprised 73 patients and achieved a diagnostic yield of 30%, while the re-analysis cohort included 106 patients with an 18% yield, results consistent with published data. Among cases with plausible diagnoses, 19 novel variants were identified. Founder variant detection across the entire cohort (n = 179) revealed a markedly high prevalence of the CTNS c.225+1G>C variant (p- value = 0.022), found in 21% of the Cretan subgroup (n = 136) and enriched among patients with renal disorders (n = 31), where the carrier frequency reached 74% (p- value = 2,5*10-7). These findings underscore the value of systematic
WES/WGS analysis and re-analysis for RD diagnosis, demonstrate the contribution of novel variants to disease characterization, and highlight the clinical and population-genetic significance of founder mutations in isolated populations