Alberto Sols Biomedical Research Institute
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Structural Control of p-Functional Self-Assembled Architectures through Nucleobase Pairing
No full textTesis Doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Química Orgánica. Fecha de Lectura: 21-02-2025Esta Tesis tiene embargado el acceso al texto completo hasta el 21-08-2026Esta tesis explora el diseño, la síntesis y el estudio del autoensamblaje supramolecular de monómeros de bases nucleicas, con un enfoque en la formación y control de nanotubos funcionales. El objetivo principal es entender cómo la estructura molecular de los monómeros, basados en bases nucleicas como guanina (G), citosina (C), adenina (A) y uracilo (U), influye en su capacidad para autoensamblarse en sistemas ordenados, desde ciclos supramoleculares hasta nanotubos estables.
El trabajo se desarrolla en torno al diseño de monómeros capaces de formar estructuras supramoleculares mediante enlaces de hidrógeno y apilamiento π-π. Estos monómeros se caracterizan por tener bloques π-funcionales con propiedades de donación y aceptación de electrones, lo que permite modular sus propiedades electrónicas y ópticas. Se estudian tanto monómeros con bases nucleicas complementarias como sistemas con bases no complementarias, proporcionando un marco versátil para la formación de agregados supramoleculares más complejos.
Los resultados experimentales demostraron que pequeños cambios en la longitud de los espaciadores entre las bases nucleicas, la naturaleza de los bloques centrales π-funcionales, y la simetría de los monómeros afectan significativamente el autoensamblaje. Se logró controlar con precisión el diámetro de los nanotubos mediante modificaciones en la longitud del espaciador, lo que permitió la formación de nanotubos con poros de dimensiones ajustables. Además, el estudio mostró que la polaridad del solvente y la temperatura juegan un papel fundamental en la estabilidad y el tipo de estructura formada.
El análisis espectroscópico y de microscopía confirmó la formación de nanotubos con características estructurales bien definidas, lo que valida los modelos teóricos propuestos. En particular, la cooperatividad en la ciclotetramerización y la posterior polimerización supramolecular se evaluaron con detalle, revelando mecanismos de nucleación y elongación dependientes de la concentración y la temperatur
El Transportador de Piruvato Mitocondrial-1 como regulador de la progresión tumoral: Implicaciones en la inmunidad anti-tumoral
No full textTesis Doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Medicina, Departamento de Bioquímica. Fecha de Lectura: 13-02-2025Esta tesis tiene embargado el acceso al texto completo hasta el 13-08-2026The metabolic switch towards a more glycolytic metabolism supports tumor cells
in meeting their biosynthetic demands while fostering immunosuppression through
lactate secretion into the tumor microenvironment (TME). One mechanism by which
tumor cells can induce this metabolic reprogramming is through the suppression of the
mitochondrial pyruvate carrier (MPC), the sole access point for pyruvate into the
mitochondrial matrix. MPC downregulation is associated with poor prognosis in some
cancer types. We hypothesized that re-expression of MPC1 in cancer cells would
enhance the anti-tumor immune response likely by modulating the secretion of
oncometabolites that affect immune function.
MPC1 has been overexpressed in MC38 and Panc02 adenocarcinoma cells, and
low glycolytic and low lactate-secreting clones have been selected. Generation of
subcutaneous and orthotopic tumors with these modified cell lines showed a potent antitumor
effect associated with MPC1 re-expression. Indeed, more than half of the mice
showed spontaneous tumor regression. Mice that rejected MPC1-tumors were
rechallenged with MC38 wild-type cells, and the majority remained tumor-free, indicating
an immunization associated with the primary tumor. MPC1-overexpressing tumors
showed a higher infiltration of CD8+ T cells and the CD8+ T cells from these tumordraining
lymph nodes were more active. Moreover, tumor growth is recovered when
implanted in CD8+ T-cell-depleted mice. All these data indicate that MPC1 re-expression
triggered a potent anti-tumor immune response. This boosted tumor immunity seemed
to be independent of lactate levels in tumors. Furthermore, we demonstrate that there is
a selective elimination of MPC1-overexpressing cells, suggesting a tumor cellautonomous
effect. RNA-seq analysis revealed a decreased in interferon type I (IFN-I)
response signature in MPC1-tumors. Through MPC1 upregulation, we show that
mitochondrial fitness is enhanced, and TBK1 phosphorylation and NF- κB nuclear
translocation are reduced. MPC1-expressing cells are more responsive to IFN
stimulation, presenting an increased IFN-stimulated gene expression after cell exposition
to type-I and -II IFN, besides with higher surface levels of antigen-presenting molecules
and lower immune checkpoint inhibitor PD-L1. All these changes result in a higher
susceptibility of MPC1-expressing cells to CD8+ T cell-mediated cytotoxicity. We propose
that MPC1 downregulation triggers constitutive activation of the IFN-I response through
TBK1/NF-κB pathway causing IFN desensitization and subsequent compromised
immune surveillance.
Our results provide a new perspective on tumor metabolism-immune interactions
and highlight MPC1 modulation as a potential therapeutic strateg
Secretion of glp -1 in response to peptides released during gastrointestinal digestion of food proteins
No full textTesis Doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Química Física Aplicada. Fecha de Lectura: 24-09-2024Esta tesis tiene embargado el acceso al texto completo hasta el 24-03-202
Bridging multiscale modeling of biomolecules and experiments through a user-friendly computational platform
No full textTesis Doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Física Teórica de la Materia Condensada. Fecha de Lectura: 20-09-2024Esta Tesis tiene embargado el acceso al texto completo hasta el 20-03-2026En la presente tesis, la física teórica y computacional se combina con disciplinas experimentales para estudiar fenómenos no solo propios de la física, sino también de otras ciencias como la biología o la química.
Cualquier técnica experimental puede entenderse como un proceso del cual se extrae información limitada de un sistema complejo. Esta información, que integra contribuciones de muchos grados de libertad, se encuentra encriptada en unas pocas señales experimentales. Esta tesis ofrece herramientas computacionales y teóricas para reproducir experimentos, que permiten incluir los grados de libertad del sistema en escalas mesoscópicas de modo que se pueda desencriptar esta información y relacionar la señal experimental con los detalles y propiedades microscópicas del sistema. En particular la tesis se centra en fenómenos que involucran estructuras biológicas como proteínas, ADN o virus. Además se aplican estas herramientas al análisis del microscopio de fuerzas atómicas (AFM) y de forma secundaria otras técnicas como las pinzas ópticas (OT) o la microbalanza de cuarzo (QCM).
La tesis está dividida en cuatro partes. En la primera, se realiza una introducción a las diferentes herramientas teóricas empleadas; especí camente, discutiremos una lista de modelos que permiten diversas representaciones simpli cadas de procesos y estructuras complejas. En la segunda parte, presentaremos "Virtual-experiments Framework": un conjunto de herramientas diseñadas para describir diversos tipos de interacciones entre entidades mesoscópicas (de grano grueso) con diferentes grados de resolución. Esta parte de la tesis se ordena con una jerarquía de complejidad decreciente para el usuario, de modo que i) se muestra como implementar de manera e ciente nuevos tipos de interacciones en arquitecturas GPU,
ii) como usar las herramientas con un entorno Python y iii) como usar las herramientas desde una interfaz web, introduciendo la información esencial de cada sistema experimental. A continuación, mostramos mediante una serie de proyectos aplicados, cómo combinar las herramientas computacionales y teóricas con experimentos para aumentar nuestra comprensión y realizar medidas de propiedades microscópicas de ciertas estructuras biológicas. En particular, nos centraremos en cómo estos sistemas logran comportamientos complejos modi cando sus propiedades mecánicas. Finalmente, enumeramos cómo estas herramientas están siendo actualmente empleadas en nuevos proyectos por varios grupos de investigación y presentamos las conclusione
Análisis de las sinapsis en regiones asociativas y primarias de la corteza cerebral humana mediante microscopía electrónica volumétrica
No full textTesis Doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Medicina, Departamento de Anatomía, Histología y Neurociencia. Fecha de Lectura: 23-10-2024Esta tesis tiene embargado el acceso al texto completo hasta el 23-04-2026Functional and structural studies investigating large-scale connections in the human cerebral
cortex suggest that higher-order associative cortical regions have more connections
compared to primary regions. However, the way these regions are organized at the ultrastructural
level is currently not well understood. Therefore, this doctoral thesis used a combination
of light and three-dimensional electron microscopy techniques to investigate the
synaptic organization of the human brain. First, we examined whether biopsy and autopsy
human brain tissue samples were comparable for studying the organization of synapses,
focusing on the neuropil of layer III of Brodmann area 21, using different methods to quantify
the number of synapses. The next step was to investigate how synaptic organization
differs between functionally and structurally distinct brain regions. To achieve this, associative
Brodmann areas (21, 24, ventral and dorsal 38) and primary Brodmann areas (17, 3b,
and 4), were analyzed from several individuals. This approach also allowed the variability of
synaptic properties across individuals to be assessed. To achieve these goals, volume electron
microscopy (focused ion beam/scanning electron microscopy) was used. This analysis
involved examining 74 stacks of images, representing a total brain tissue volume of 35,481
μm3 of neuropil. Through this process, 13,903 synaptic junctions were reconstructed.
Our analysis revealed no significant differences in the number of synapses quantified using
different methods (stereological versus three-dimensional reconstructions) when applied
to the same samples, as long as a relatively large number of images were analyzed. Additionally,
we found that both biopsy and autopsy brain tissue sources are comparable when
examining the synaptic characteristics.
Furthermore, by comparing different brain regions, it was observed that some features of
synaptic organization —such as the number of synapses per volume, the proportion of synapses
according to the postsynaptic target, and the size of excitatory synapses— can vary
depending on the region. Notably, associative regions seemed to have more synaptic connections
compared to primary cortical regions. Interestingly, other aspects of the synaptic
organization, like the proportion of excitatory and inhibitory synapses, their shapes, their
spatial distribution, and a higher proportion of synapses located on dendritic spines, appeared
to be consistent across all regions studied. These common features might represent
fundamental principles of how synapses are organized in the human brain. Finally, the variability
between individuals was linked to specific synaptic characteristics in certain cortical
regions.
This doctoral thesis sheds new light on the intricate connectivity and organization of the
human cerebral cortex, paving the way for further advances in our understanding of the
brainThis study was funded by grants from the spanish “Ministerio de Ciencia e Innovación”
(grant PID2021-127924NB-I00 funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033), and
CSIC Interdisciplinary Thematic Platform—Cajal Blue Brain. Research Fellowship (PRE2019-
089228) funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033 for Nicolás Cano Astorg
Régimen jurídico de la situación de fuera de ordenación urbanística
No full textTesis Doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Derecho, Departamento de Derecho Público y Filosofía Jurídica. Fecha de Lectura: 22-10-2024Esta tesis tiene embargado el acceso al texto completo hasta el 22-04-2026La presente Tesis desarrolla el régimen de fuera de ordenación urbanística de manera global, realizando una valoración crítica de la concepción clásicas del art.60 del TRLS/76 por su escueta regulación, plagada de conceptos jurídicos indeterminados que ha supuesto un sinfín de jurisprudencia tardía para el interesado y, por tanto, un quebranto del principio de seguridad jurídica. Con el propósito de esbozar un modelo lege ferenda, partiendo de la jurisprudencia clásica, se analiza pormenorizadamente la regulación recogida en las diecisiete normativas urbanísticas autonómicas estableciendo categorizaciones de las mismas en relación a los efectos en materia edificatoria y de usos urbanísticos de las situaciones de fuera de ordenación motivadas tanto por el ius variandi como por la prescripción de acciones. Se analizan asimismo los aspectos comunes de ambas modalidades de fuera de ordenación relativos a las valoraciones urbanísticas, derechos indemnizatorios, el ámbito registral y los supuestos extintivos. De igual forma, se aborda la extrapolación del fuera de ordenación en la normativa sectorialThis Thesis develops the regime of non-urban planning in a global manner, making a critical assessment of the classic conception of art.60 of the TRLS/76 due to its brief regulation, plagued by indeterminate legal concepts that has entailed an endless amount of late jurisprudence for the interested party and, therefore, a breach of the principle of legal certainty. With the purpose of outlining a lege ferenda model, based on classical jurisprudence, the regulation included in the seventeen autonomous urban planning regulations is analyzed in detail, establishing categorizations of them in relation to the effects on building matters and urban uses of outside situations (motivated both by the ius variandi and by the prescription of actions). The common aspects of both modalities of out-of-planning relative to urban valuations, compensation rights, the registry scope and extinctive assumptions are also analyzed. Likewise, the extrapolation of the out-of-order in sectoral regulations is addresse
Organización de las cortezas motoras del ratón: análisis conectómico de la inervación talamocortical
No full textTesis Doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Medicina, Departamento de Anatomía, Histología y Neurociencia. Fecha de Lectura: 18-11-2024Esta tesis tiene embargado el acceso al texto completo hasta el 18-05-2026Este trabajo ha sido financiado por los proyectos Ministerio de Economía y Competitividad/Fondo Europeo para el Desarrollo Regional (MINECO/FEDER) BFU2017-88549 y European Union’s Horizon 2020 Framework Programme for Research and Innovation, Specific Grant Agreement No. 945539 (Human Brain Project SGA3
Desarrollo de materiales multifuncionales con transición de espín y arquitecturas porosas
No full textTesis Doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Química Inorgánica. Fecha de Lectura: 21-11-2024Esta tesis tiene embargado el acceso al texto completo hasta el 21-05-202
Paradigm of the symmetric constructions. Prepositional selection and function of predication
No full textEl presente trabajo aborda las restricciones sintácticas y semánticas que rigen la relación
entre los dos tipos de construcción simétrica: (el) uno P(reposición) (el) otro y entre sí. El objetivo principal
es mostrar, a partir de un detallado estudio tipológico verbal, que se trata de dos construcciones
con patrones léxicos y estructurales muy diferentes, que determinan su distribución sintáctica. Los
resultados de esta descripción y su correspondiente análisis tienen su reflejo en la propuesta de una
clasificación de todos los valores que puede codificar cada estructura simétrica, y en la que se puede
apreciar que el comportamiento sintáctico de entre sí se encuentra condicionado bajo parámetros
mucho más restrictivos que el de el uno P el otroThis paper addresses the syntactic and semantic restrictions that govern the relationship between
the two types of symmetric construction: (el) uno P(reposition) el otro and entre sí. The main objective is to
show, through a detailed verbal typological study, that these two constructions exhibit very different lexical
and structural patterns, which determine their syntactic distribution. The results of this description and its
corresponding analysis are reflected in the proposal of a classification of all the values that each symmetric
structure can encode. In this regard, it can be seen that the syntactic behavior of entre sí is conditioned under
much more restrictive parameters than el uno P el otroProyecto de Investigación: “Aproximación teórica, experimental y aplicada a la estructura argumental: inergatividad y otros fenómenos
de interfaz relacionados”. ID: PID2022-136610NB-I00 (Universitat Rovira i Virgili
Los nombres del lagarto y la lagartija en las lenguas iberorromances
No full textEn este trabajo se cartografían y estudian los distintos nombres del
lagarto, la lagartija y la salamandra en las lenguas iberorrománicas a partir de las respuestas
contenidas en el Atlas lingüístico de la península Ibérica (ALPI) y en los atlas
regionales posteriores. El centro peninsular conoce derivados de *lacartu, -a, mientras
que en Portugal estos se vieron reemplazados por una innovación basada en el
término sarda “mancha dérmica”, que alude a la piel jaspeada de los lagartos. En el
oriente peninsular (Navarra, Aragón y áreas catalanoparlantes), *lacartu se cruzó con
el término árabe ḥarḏún “lagarto” y *lacarta con salamandra, *salacarta, para dar
origen a las denominaciones catalanas y aragonesas de la lagartija. Los datos dialectales
revelan la existencia de cruces similares en otras áreas peninsulares. La nueva etimología
propuesta se basa en el análisis detallado de la multitud de variantes fonéticas
y morfológicas de estos tres lemasEste trabajo se inscribe en el proyecto El Corpus Oral y Sonoro del Español Rural
(CO SER): edición digital y análisis lingüístico (PID2022-138497NB-I00), financiado
por MCIN/AEI/10.13039/501100011033 y por el FSE