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Genome-wide analysis of Moniliophthora roreri facilitates the development of species-specific primers for biomonitoring frosty pod rot of cacao
Get PDFDetecting pathogens in asymptomatic plants allows for a rapid response to emerging threats, such as the introduction of new pathogens or the emergence of new resistant strains. Frosty pod rot (Moniliophthora roreri) significantly jeopardizes cacao production by impairing pod quality and yield. However, early diagnosis is challenging due to its prolonged incubation period, compounded by symptoms resembling those of M. perniciosa, the causative agent of witches' broom disease. To address this, a specific and sensitive quantitative real-time PCR (qPCR) assay was developed for M. roreri detection. This involved testing diagnostic primers against a panel of 252 DNA samples collected from target and nontarget species of over 13 fungal species commonly found in cacao plantations from various regions. Species-specific primer pairs were obtained through genomic comparison of Moniliophthora spp. genomes. Two primer sets, Mr77F/R and Mr78F/R, were validated using a set of M. roreri DNA samples representative of different genetic groups (Ecuador, Peru, and Mexico) and M. perniciosa, from which no amplification was detected. The limit of detection (LOD) was determined to be 0.9 ng/µl for both primers Mr77F/R and Mr78F/R. Using this set of primers, the amplification of M. roreri DNA from naturally diseased cocoa pods at various stages of infection was also successful. At the practical level, the data provided here confirm the value of molecular diagnostic testing for the early detection of M. roreri. These features are desirable for improving fungal diagnostic capacity and assisting in devising strategies to avoid pathogen dispersion within cacao-growing regions
Le palmier à huile : les faits. Fiche n° 01.02.Q56
Get PDFLe palmier à huile (Elaeis guineensis Jaq.) est emblématique de la monoculture intensive des plantes pérennes tropicales. Cultivé sur 25 millions d'hectares, son système d'exploitation a peu évolué au cours du XXe siècle1. Même si le développement à grande échelle de cette culture s'est considérablement ralenti au cours de la dernière décennie, il soulève encore un certain nombre de questions à la recherche sur la durabilité de ses systèmes de production. La controverse qui accompagne le développement du palmier à huile depuis plus de trente ans concerne également la gestion du changement climatique, dans un secteur fortement mondialisé et en pleine mutation. L'héritage colonial a façonné une géopolitique du palmier basée sur l'exploitation des ressources au Sud (plantations) et la transformation au Nord (raffinage, transformation industrielle et distribution), l'huile de palme brute étant la forme circulante. Ce paysage mondial est en pleine mutation puisque les industriels du Sud (Indonésie, Malaisie, Colombie, Thaïlande) investissent progressivement dans les activités en aval, dont la production de biocarburants. Le secteur reste fortement lié au commerce intercontinental, les géants asiatiques (Chine et Inde) jouant un rôle croissant tant dans la consommation d'huile de palme brute (CPO) que dans sa transformation
Avenir de l'agriculture martiniquaise : avec ou sans glyphosate ? Exploration participative des voies de sortie
Get PDFLa Martinique en 2021, était au deuxième rang des départements français les plus consommateurs de glyphosate par hectare de surface agricole utile (BNV-D, 2021) avec une moyenne (1 kg.ha-1.an-1) trois fois supérieure à la moyenne nationale (0,3 kg.ha-1.an-1). Le glyphosate et son métabolite, l'AMPA, ont été quantifiés dans les cours d'eau de Martinique, parfois à des niveaux dépassant les seuils de potabilité (Delarque & Pak, 2023). En détruisant les couverts végétaux, les usages intensifs de glyphosate sont susceptibles d'amplifier les phénomènes de ruissellement et d'érosion favorisant le transfert vers le milieu marin de la chlordécone encore présente dans les sols contaminés, comme le suggèrent Sabatier et al. (2021). De plus, les dernières études en Martinique nous enseignent que le glyphosate impacte la biodiversité de la macrofaune du sol avec des pertes allant jusqu'à 55 % de la richesse en détritivores, pourtant essentiels à l'écosystème (El Jaouhari et al., 2023). À cela s'ajoute la difficulté des agriculteurs martiniquais à adopter à court terme des modes de production alternatifs. Ceci est dû à plusieurs contraintes locales (pressions des adventices, pentes, etc.) et un manque d'approche systémique de la réduction des usages de pesticides. Car en effet, les trajectoires de changements de pratiques agricoles dépendent de processus d'apprentissage continu impliquant des interactions avec le territoire et ses acteurs (Deffontaines et al., 2017). Face à ce constat et à cette problématique, l'action de recherche entreprise s'est donnée pour objectif de coconcevoir avec les acteurs du territoire des scénarios de sortie du glyphosate en phase avec la réalité martiniquaise. Afin de répondre à cet objectif, notre démarche de recherche basée sur la prospective participative s'est déclinée en trois étapes. En premier lieu, un diagnostic des usages du glyphosate sur un bassin versant (45 km²) réalisé à partir de 32 entretiens avec différents profils d'agriculteurs et agricultrices. Puis, un recensement des pratiques alternatives mises en oeuvre en Martinique à partir de 10 exploitations innovantes et économes en glyphosate, ayant permis d'identifier 7 catégories de pratiques alternatives. Ces deux étapes ont débouché chacune sur un atelier participatif avec différents acteurs volontaires du territoire (agriculteurs, représentants de filières agricoles, centres techniques, scientifiques, institutionnels, etc.) afin de partager leur positionnement sur le sujet. Les convergences et les éventuels points de blocage ont pu être identifiés et les résultats complétés à travers des discussions croisées. Les sorties de ce travail en amont nous ont permis de préparer une dernière étape sous forme d'un atelier de coconception de scénarios de sortie du glyphosate adaptés à la Martinique. L'exploration des scénarios s'est faite grâce à un exercice de co-écriture en trois sous-groupes lors d'un atelier regroupant plus d'une trentaine d'acteurs ayant majoritairement contribué aux étapes précédentes. Cet atelier s'est déroulé en deux sessions : une première pour explorer des futurs contrastés afin de familiariser les participants avec l'exercice de prospective et de balayer plus largement le champ des possibles, allant d'un avenir fortement dépendant au glyphosate à un avenir totalement dépourvu de cette substance. La deuxième session avait pour but d'élaborer collectivement trois scénarios réalistes qui prennent en compte différentes dimensions abordées dans la première session. Cette approche ludique a permis d'éviter d'éventuels blocages dans le processus de réflexion (Imache et al., 2009). L'analyse des trois scénarios réalistes révèlent quatre principaux résultats. (i) La réduction progressive de l'utilisation du glyphosate d'ici 2035. Les scénarios convergent tous vers cet objectif sans pour autant aboutir à un arrêt complet. La principale raison évoquée est qu'un arrêt total et précoce pourrait engendrer un effet de substitution par une autre substance herbicide. Ce qui n'était pas souhaitable du point de vue des participants. (ii) Le besoin d'accompagnement pour acquérir les connaissances et les compétences nécessaires aux agriculteurs réduisant ou arrêtant l'usage de glyphosate. Les trois scénarios mentionnent les rôles de la recherche et des accompagnateurs agricoles respectivement comme décisifs dans la création de nouvelles connaissances et le déploiement des pratiques alternatives sur le territoire. Il faudra entre autres réintensifier les dynamiques d'accompagnement par des organismes existants (Chambre d'Agriculture, Institut Technique Tropical, etc.) ou à créer (associations, organisations de producteurs, etc.). (iii) Une évolution de la réglementation et des systèmes de subvention. Ce point est traité dans chacun des scénarios, mais de différentes manières. Qu'elles soient coercitives ou incitatives, les mesures tendent à trouver un équilibre pour ne pas laisser les producteurs sans issue (dérogations exceptionnelles, implication des services techniques publics) et s'harmoniser entre mesures locales, nationales et européennes. Les décaissements des subventions locales en temps et en heure ont été identifiés comme essentiels. (iv) Une nouvelle organisation du maillage territorial. Ce point découle de l'identification des freins actuels au développement agricole en Martinique. Notamment en matière de collaboration entre agriculteurs, mais aussi inter-instituts et inter-filières de productions. Or, les différents ateliers menés au cours de ce projet ont montré des synergies possibles entre acteurs par la mutualisation des connaissances et des ressources respectives. L'exemple du partage de matériel agricole, i.e. structure type CUMA, a souvent été abordé, mais sous conditions d'une bonne gestion du partage de matériels et de l'équité entre exploitants. Ce travail collaboratif offre des perspectives prometteuses pour entreprendre une démarche de réduction visant à l'arrêt du glyphosate à l'échelle territoriale en milieu tropical insulaire. En valorisant les différentes formes d'expertises d'une diversité d'acteurs et misant sur leur complémentarité, ce travail a favorisé l'émergence d'idées nouvelles, enrichissant ainsi les visions individuelles et collective pour un futur commun souhaitable. Enfin, cette étude, à travers une question simple autour de l'usage d'une substance, a permis d'aborder des questions bien plus vastes qui touchent à l'évolution des pratiques agricoles et plus généralement à celle du modèle agricole de demain, faisant écho aux dernières manifestations de la profession agricole en France
The impact of the informal sector on supply chains in Africa
No full textThe informal sector adds a systemic layer of uncertainty and risk for the performance of Food Supply Chains in sub-Saharan Africa. Based on interviews conducted among all the agents directly involved in the FSCs and international statistics, we analysed how the informal sector affects five mango FSCs in Burkina Faso in their economic, social and environmental performance. The informal sector accounts for about 30% of the total FSCs value, 67% of the total production, and 99% of the workforce. The lack of statistics, lack of legal compliance, lack of public infrastructure, increases the probability and severity of any given risk and therefore hinders investments. Firms internalise the risks with horizontal and vertical integration, the support of subsidies, or by avoiding the costs of international standards compliance. As a result, we distinguish subsidised resilience from informal resilience. FSC's resilience in sub-Saharan Africa will depend on how the level of state intervention, legal compliance and law enforcement will affect the informal sector
Agricultural practices in olive groves modify weeds floral traits and resources throughout the year
No full textLack of floral resources is suspected to be one of the factors involved in flower-visiting insect declines. Because agricultural landscapes are often poor in flowers, it seems crucial to assess weeds as floral resources to feed flower-visiting insects and to identify the factors that drive floral productivity, defined as floral biomass produced by the weed community. We monitored floral presence, productivity and traits in 16 olive groves from September 2021 to June 2022. The objectives were to understand to which extinct abiotic factors, among agricultural practices, pedoclimate and weather, determine floral productivity and to analyse the relationships between floral traits, floral presence and productivity. We found mowing frequency (2–3 per year on average) increased mean floral area and height, advanced flowering onset, and increased floral functional diversity and flowering species richness, which in turn increased floral presence and productivity
Manure contribution to rural livelihoods at farm and landscape levels: A systemic approach in semi-arid Central Tunisia
Get PDFManure valorization through on-farm use or market transactions is an ancient and widespread practice in the mixed crop-livestock systems of the semi-arid areas of North Africa. While research has long focused on the manure contribution to soil fertility at the plot level, little has been done concerning livelihood conditions. The present paper aims to assess the contribution of manure use and exchange on the livelihoods of rural communities using an original dataset collected in 2021 among 150 farmers in Central Tunisia. This analysis is carried out within the analytical agroecology framework combined with factor analysis methods. Results showed that manure use and valor ization differ along the watershed, from a socioeconomic perspective in small farms operating under rainfed tree-pastoral systems, to an environmental and agronomic perspective in the mixed rainfed-irrigated systems downstream. Manure flow analysis confirmed that on-farm manure balance is positively correlated to economic wealth. However, the manure fluxes questioned the environmental sustainability of the vulnerable zones. Its use and management could significantly impact liveli- hood discrepancies in the future, with the increasing of demand and use of manure in more favorable zones such as irrigated lands at the detriment of the rainfed zones
Genome-wide association analysis of flowering date in a collection of cultivated olive tree
Get PDFFlowering date in perennial fruit trees is an important trait for fruit production. Depending on the winter and spring temperatures, flowering of olive may be advanced, delayed, or even suppressed. Deciphering the genetic control of flowering date is thus key to help selecting cultivars better adapted to the current climate context. Here, we investigated the genetic determinism of full flowering date stage in cultivated olive based on capture sequencing data of 318 genotypes from the worldwide olive germplasm bank of Marrakech, Morocco. The genetic structure of this collection was organized in three clusters that were broadly attributed to eastern, central, and western Mediterranean regions, based on the presumed origin of genotypes. Flowering dates, collected over 7 years, were used to estimate the genotypic best linear unbiased predictors, which were then analyzed in a genome-wide association study. Loci with small effects were significantly associated with the studied trait, by either a single- or a multi-locus approach. The three most robust loci were located on chromosomes 01 and 04, and on a scaffold, and explained 7.1%, 6.2%, and 6.5% of the trait variance, respectively. A significantly higher accuracy in the best linear unbiased predictors of flowering date prediction was reported with Ridge- compared to LASSO-based genomic prediction model. Along with genomic association results, this suggests a complex polygenic determinism of flowering date, as seen in many other fruit perennials. These results and the screening of associated regions for candidate genes open perspectives for further studies and breeding programs targeting flowering date
Investigations into the virome of grasses growing in the environment of sugarcane in Florida
Get PDFSamples of 22 plant species and one aphid species (Melanaphis sorghi) were collected in the Everglades Agricultural Area (South Florida) from 2017-2019 to investigate the virome of grasses growing in the environment of sugarcane. Leaf samples were obtained from cultivated species such as Saccharum spp. (sugarcane), Sorghum bicolor (sorghum), Zea mays (maize), and wild species such as Cynodon dactylon (Bermuda grass), Dactyloctenium aegyptum (crowfoot grass), Digitaria ciliaris (Southern crabgrass), Eleusine indica (Goose grass), Panicum dichotomiflorum (Fall panicum), Sorghum almum (Columbus grass), Stenotaphrum secundatum (Saint Augustine grass), and Urochloa platyphylla (broadleaf signal grass). Detection and identification of the viruses present in 388 plant and 11 aphid samples was performed using the virion-associated nucleic acid (VANA)-metagenomics approach. Twenty-six viruses were identified, and 13 plant species and the aphid were infected by at least one virus. Fifteen of these 26 viruses were known viruses but 11 were putatively new virus species, including a marafivirus (Tymoviridae), a mastrevirus (Geminiviridae), a potyvirus (Potyviridae), and three sobemoviruses (Solemoviridae). The highest number of viruses was detected in Columbus grass and sorghum (9 and 13, respectively). Potyvirus sacchari (formerly Sugarcane mosaic virus, family Potyviridae) and Waikavirus zeae (formerly Maize chlorotic dwarf virus, family Secoviridae) were the most widespread virus species (9 and 7 plant species, respectively) and were also detected in the aphid. In a phylogenetic tree constructed with partial genome sequences (4000 nt) of P. sacchari obtained previously and herein, virus isolates from broadleaf signal gras, maize, sorghum, Southern crabgrass, sugarcane, and Saint Augustine grass were distributed in three different lineages, thus suggesting significant diversity of this virus in Florida. Only two Saccharum-infecting virus species, P. sacchari and Polerovirus SCYLV (Sugarcane yellow leaf virus), were found in sorghum and other grasses. These plants are, therefore, putative reservoirs for the causal agents of two sugarcane diseases in Florida
Marché européen de la banane. Prix de contrat en 2025 : de mal en pis
No full textLes négociations 2025 sur le prix contractualisé de la banane traduisent chaque année l'état d'esprit des acteurs du marché bananier européen. Les anticipations sur les niveaux de l'offre et de la demande, les stratégies ambitieuses de certains opérateurs et l'attitude de la grande distribution européenne alors que l'économie est en crise, etc. ont conduit les prix en général à se stabiliser, tandis que les coûts de revient, notamment en production, ne cessent de croître
