1,721,248 research outputs found
Upsurge in echovirus 30 detections in five EU/EEA countries, April to September, 2018
No full textAn upsurge in Echovirus 30 (E30) infections, associated with meningitis/meningoencephalitis, has been observed in Denmark, Germany, the Netherlands, Norway and Sweden in the period April to September 2018, compared with 2015-2017. In total, 658 E30 infections among 4,537 enterovirus infections were detected in 15 countries between January and September 2018 and affected mainly newborns and 26-45 year-olds. National public health institutes are reminded to remain vigilant and inform clinicians of the ongoing epidemic.status: Publishe
Diversity and Evolution of Human Cytomegalovirus
No full textHuman cytomegalovirus (HCMV) is a ubiquitous virus that infects the majority of the worldwide population through contact of bodily secretions. Like other herpesviruses, HCMV cannot be cleared and remains latent for the lifetime of its host, providing a source of persistent or sporadic virus secretion and resulting transmission. While the virus can occasionally cause febrile illness or infectious mononucleosis in immunocompetent adults and children, infections mostly pass unnoticed. HCMV is, however, the leading infectious cause of congenital disease and intrauterine transmission to the fetus can result in sensorineural hearing loss and other neurodevelopmental damage. Moreover, it causes clinically important opportunistic infections in individuals with a compromised immune system, particularly related to defects in cell-mediated immunity. Development of a vaccine is prioritized, but no candidate is close to market release.
HCMV has the largest genome of all viruses that infect humans (235 kb). From neutralization, hybridization and restriction assays, the genetic and antigenic heterogeneity of HCMV isolates became apparent long before the first complete genome sequence was obtained. While this variation could have important implicationsnbsp;the understanding of virus biology, viral determinants of pathogenesis and the development of therapies and prophylaxis, only a handful of complete genome sequences from clinical isolates were publicly available at the start of this PhD project. Since the number of full-genome sequences was limited, knowledge about strain diversity was highly fragmented and biased towards a small set of loci.
Characterizing the complete genome of a cytomegalovirus strain with the previous generation of sequencing technologies is a laborious task because of the relatively long length of its genome. The first aim of this PhD project therefore was the implementation of the new generation of sequencing technologies to analyze completenbsp;genomes in high-throughput. To achieve this, a sample preparation and sequence assembly workflow had to be developed to generate viral DNA from clinical isolates suitable for next-generation sequencing analysis and reconstruct the viral consensus sequence from small sequencing reads (Chapter 2). The presented method relies on limited passaging of clinical isolates on human fibroblasts, followed by digestion of cellular DNA and purification of viral DNA. After multiple displacement amplification, highly pure viral DNA is generated. These extracts are suitable for high-throughput next-generation sequencing and assembly of consensus sequences. Throughout a series of validation experiments, we have shown that the workflow reproducibly generated consensus sequences representative for the virus population present in the original clinical material. Additionally, the performance of 454 GS FLX and/or Illumina Genome Analyzer datasets in consensus sequence deduction was evaluated. Based on assembly performance data, the Illumina Genome Analyzer was the platform of choice in the presentednbsp;the established workflow was employed to characterize genetic diversity in a collection of 100 clinical isolates, quadrupling the available information for full-genome analysis (Chapter 3). These data provided the most highly resolved map of HCMV interhost diversity and evolution to date. We showed that cytomegalovirus is significantly more divergent than all other human herpesviruses and highlighted hotspots of diversity in the genome. Importantly, 75% of strains were not genetically intact, but contained disruptive mutations in a diverse set of 26 genes, including immunomodulative genes UL40 and UL111A. These mutants were independent from culture passaging artifacts and circulated in natural populations. Pervasivenbsp;linked to the widespread occurrence of multiple infections, was found throughout the genome. Recombination density was significantly higher than in other human herpesviruses and correlated with strain diversity. While the overall effects of strong purifying selection on virus evolution were apparent, evidence of diversifying selection was found in several genes encoding proteins that interact with the host immune system, including UL18, UL40, UL142 and UL147. These residues may present phylogenetic signatures of past and ongoing virus-host interactions. The presented data are of major value to the development of novel antivirals and a vaccine and to identify potential targets for genotype-phenotype experiments. Furthermore, they have enabled a thorough study of the evolutionary processes that have shaped cytomegalovirus diversity.
Like other herpesviruses, HCMV has co-evolved with its human host and it encodes a DNA polymerase enzyme with proofreading capacity. It was therefore assumed that herpesviruses evolve slowly. This was confirmed by the sequence stability of several cytomegalovirus genes inside patients over timescales of one or a few years. Recent studies have, however, identified variability in intrahost viral populations of congenitally infected infants that was comparable to quickly evolving RNA viruses and have suggested this could have implications for HCMV intrahost evolution on short timescales. To further evaluate these conflicting data, we have used our HCMV genome sequencing pipeline to characterize full-genome sequences in serial patient isolates sampled for periods of up to 18.5 months (Chapter 4). Consensus sequences were extremely stable with a maximum of 1 nucleotide substitution per genome. Furthermore, we applied an alternative method to infer population diversity in a pulmonary transplant recipient and found only 208 intrahost variants, of which 111 were length polymorphisms in homopolymer regions. Similar analyses of intraculture populations showed that this method can identify low-frequency sequence changes associated with culture passaging before they are present in the genome consensus. Finally, we have discussed some caveats based on our analyses that should be considered when characterizing HCMV intrahost diversity. While infections with multiple strains are common and can create considerable intrahost diversity and the capacity for evolution through genetic recombination, we believe that intrahost diversity of HCMV populations from a single strain is limited and not comparable to that of quasispecies RNA viruses.
While diversity of isolates from European patients had been well documented through the analysis of over 100 complete genome sequences, sequence knowledge for other continents, Africa in particular, was severely limited and mostly restricted to a small set of loci. To provide a more complete picture of cytomegalovirus diversity in Africa, we have analyzed a broad set of 16 genes in a population of Gambian infants (Chapter 5). This selection included both the top 11 of variable loci and the most frequently disrupted open reading frames. These data were analyzed in conjunction with the available sequences from other continents to establish a global picture of HCMV diversity. African isolates contained gene-disruptingnbsp;in genes RL5A, RL6, UL1, UL9, US7 and US9. Several mutations were identical to those identified in European patients, suggesting their widespread circulation and ancient origin. For all variable genes under study, Gambian sequences clustered together with isolates from other continents. For genes RL6, UL9, UL73, UL139, UL144 and UL146, genotype frequencies did fluctuate significantly between different continents. Our analyses further illustrated the impact of recombination on the generation of cytomegalovirus diversity. Lastly, we analyzed serial isolates from Gambian infants and highlighted the stability of genotype sequences. In contrast to other herpesviruses like herpes simplex virus 1 and varicella zoster virus, there seems to be no clear geographical discrepancy in the genetic diversity of HCMV. This result supports the idea that our high-throughput analysis in European patients provides a good overview of worldwide genetic diversity.
The commercial introduction of next-generation sequencing technology has changed the scope and pace of genomic research, including that on HCMV. Sequencing the complete genome of a clinical HCMV isolate is now possible in a considerably higher throughput and pace than a few years ago. This has produced a novel resolution on genome-wide interhost diversity. Epidemiological studies that search for viral determinants of pathogenicity on a genome-wide scale are now achievable.nbsp;RNA-Seq and ribosome profiling applications have altered our understanding of the transcriptional and translational complexity during HCMV infection. Deep sequencing applications are providing novel insights on HCMV intrahost diversity, but results are contradictory and methodological issues need to be sorted out. In the meantime, anbsp;generation of single-molecule sequencing technologies are finding their way to the market, giving novel research opportunities that will undoubtedly assist in understanding and controlling this ubiquitous but complex herpesvirus.status: Publishe
Moleculaire epidemiologie van humane groep A rotavirussen
Get PDFGroep A rotavirussen behoren tot de familie van de Reoviridae en bevatten 11 dsRNA segmenten coderend voor zes structurele en zes niet-structurele proteïnen. Rotavirussen worden geclassificeerd of basis van de twee buitenste capside proteïnen VP7 (15 G genotypes) en VP4 (27 P genotypes). De vier belangrijkste menselijke GP genotype combinaties, G1P[8], G2P[4], G3P[8] en G4P[8] zijn verantwoordelijk voor meer dan 90% van de rotavirusinfecties in Europa, Noord Amerika en Australië, in tegenstelling tot 68% in ontwikkelingslanden in Zuid Amerika en Azië en 50% in Afrika. Nagenoeg elk kind wordt geconfronteerd met rotavirusinfecties, gepaard gaande met overgeven en/of diarree, in zijn eerste levensjaren. Rotavirussen kennen nauwelijks geografische grenzen, en hun alomtegenwoordigheid wordt weergegeven door het feit dat kinderen in België en Bangladesh gelijkaardige infectie risicos lopen. Hoewel infecties zelden fataal zijn in de ontwikkelde wereld, sterven vele kinderen in ontwikkelingslanden door overmatig verlies van vocht, voordat ze een hospitaal of andere hulp kunnen bereiken. Vele van deze sterftes zijn te voorkomen. Orale rehydratatie en programmas voor de voorziening van zuiver en veilig drinkwater, hebben voor een spectaculaire daling van het aantal doden door diarree gezorgd, van 4,6 miljoen kindersterftes in 1982, naar een geschatte 2,5 miljoen in 2003. Ondanks deze verwezenlijkingen blijven rotavirusinfecties nog steeds de belangrijkste oorzaak van gastro-enteritis bij kinderen wereldwijd. Het is algemeen aanvaard dat een rotavirus vaccin dat bescherming kan bieden tegen een brede waaier aan verschillende rotavirus types, de beste manier is om rotavirusinfecties te kunnen controleren. Toevoeging van een rotavirus vaccin aan de routine vaccinatieschemas bij kinderen zou 5% van alle kindersterftes, en tot 40% van de kindersterftes door diarree, kunnen voorkomen. Preventie van rotavirale diarree door vaccinatie is de aangewezen strategie, aangezien vele studies reeds hebben aangetoond dat natuurlijke rotavirusinfecties bescherming bieden tegen ernstige ziekte tijdens een volgende infectie, en de graad van dehydratatie sterk verminderd. Recent verkregen twee nieuwe vaccins een licentie in vele landen en deze zullen weldra ter beschikking zijn voor algemeen gebruik. Hoewel deze vaccins een hoge efficaciteit vertonen tegen ernstige rotavirus diarree, zal het nog verschillende jaren duren voordat de volledige impact van de vaccins op ziekte en sterfte door rotavirusinfecties in ontwikkelde en ontwikkelingslanden duidelijk is.De complexe rotavirus epidemiologie zal zeker zijn invloed hebben op vaccinatie. Deze complexiteit werd duidelijk aangetoond in deze thesis, waarin de rotavirusdiversiteit werd onderzocht bij gehospitaliseerde patiënten in twee verschillende studiegebieden: België, een ontwikkeld land met een gematigde klimaat, en Bangladesh, een ontwikkelingsland met een subtropisch klimaat. Aangezien vele fecesstalen van Bangladesh naar België getransporteerd moesten worden voor analyse, werd een veilige en goedkope transportmethode ontwikkeld gebaseerd op SDS/EDTA behandelde chromatografie papier strips (Hoofdstuk II). Deze methode is zeer handig voor het veilig verzamelen, stockeren en transporteren van rotavirusstalen van afgelegen gebieden, waar geen elektriciteit of vriezers beschikbaar zijn.Onze studie over de moleculaire epidemiologie van rotavirussen in gehospitaliseerde patiënten in België (UZ Leuven) onderzocht verschillende opeenvolgende rotavirus seizoenen (1999-2006). Deze studie toonde aan dat G1-G4 en G9 rotavirusstammen de meest voorkomende genotypes zijn, en dat G6, G8 en G12 rotavirusstammen uitzonderlijk werden gedetecteerd (Hoofdstuk III). Rotavirusinfecties werden voornamelijk waargenomen in de wintermaanden. Zeer sterke schommelingen in de rotavirus genotype verdeling werden waargenomen over de verschillende jaren. De belangrijkste bevinding van deze studie was de opkomst van G9 rotavirusstammen als een van de belangrijkste circulerende rotavirus genotypes. In hoofdstuk IV en hoofdstuk V, beschrijven we de genetische karakterisatie van twee nieuwe rotavirusstammen (B1711 met runder karakteristieken en B4106 met konijn karakteristieken) geïsoleerd in België en hun mogelijke interspecies transmissie. Onze hypothese is dat de rotavirusstam B1711 (G6P[6]) het resultaat was van een reassortment tussen een runder- en een menselijke rotavirusstam en dat B4106 (G3P[14]) een interspecies transmissie van een konijnenrotavirus naar de mens was. De detectie van rotavirussen met dierlijke karakteristieken bij de mens, versterkt de hypothese dat interspecies transmissies een zeer belangrijke rol spelen bij rotavirussen in de natuur.De moleculaire epidemiologie van rotavirussen in gehospitaliseerde patiënten in stedelijk (Dhaka) en landelijk gebied (Matlab) in Bangladesh werd onderzocht van 2001 tot 2006 (Hoofdstuk VI). Rotavirusinfecties werden het hele jaar door waargenomen in beide gebieden in Bangladesh, alhoewel er pieken in de incidentie waren in de winter en de moesson periode van elk jaar. De resultaten toonden aan dat G1, G2, G4 en G9 de meest voorkomende stammen waren in Bangladesh, met een sterk fluctuerende verdeling over de verschillende seizoenen. Geen significante verschillen werden waargenomen in de distributie van rotavirus genotypes in stedelijk en landelijk gebied. Opvallend was dat niet-P[8] rotavirusstammen verantwoordelijk waren voor meer dan de helft van de rotavirusinfecties (57%) in het seizoen 2005-2006. Aangezien de bestaande rotavirusvaccins enkel het P[8] P-genotype bevatten, is het zeer onduidelijk hoe succesvol de vaccins zullen zijn in gebieden waar niet-P[8] stammen goed vertegenwoordigd zijn. De evolutionaire oorsprong van een ongewone humane rotavirusstam met varkens karakteristieken, Dhaka6 (G11), geïsoleerd uit een patiënt in Bangladesh, worden beschreven in hoofdstuk VII. Niet enkel het VP7-gen van Dhaka6 maakte deze stam interessant, ook het VP4 genotype van deze stam was volledig nieuw en werd P[25] genoemd.Een zeer uitgebreid onderzoek naar G12 rotavirussen, die worden beschouwd als het mogelijk 6de belangrijke humane genotype na G9, werd uitgevoerd in hoofdstuk VIII. We verzamelden prototype G12 stammen uit de Filippijnen en Thailand, en sequeneerden hun volledig genoom, samen met recente G12 stammen geïsoleerd in België en Bangladesh, om hun wereldwijde evolutie en verspreiding te achterhalen. Onze genetische analyse toonde aan dat reassortments tussen G12 en humane rotavirusstammen, het G12 genotype waarschijnlijk toeliet om zich beter aan te passen aan infecties van mensen en zich beter te kunnen verspreiden, en hierdoor een belangrijk humaan rotavirus genotype te worden. Deze studie toonde aan dat het sequeneren van volledige rotavirus genomen, in plaats van slechts enkele gensegmenten, noodzakelijk is om de volledige diversiteit, evolutie en oorsprong van virussen met een gesegmenteerd genoom te kunnen achterhalen.Rotavirusvaccinatie studies toonden een lagere efficaciteit aan tegen rotavirus genotypes die niet in de vaccins opgenomen werden. De mate waarin de vaccins in staat zullen zijn om bescherming te bieden tegen heterotypische rotavirus genotypes, is cruciaal voor het verdere succes van het vaccin. In onze studie werden rotavirussen met genotypes (G en/of P) die niet voorkwamen in de vaccins, waargenomen in zowel België als Bangladesh. Verder studies zullen moeten bepalen hoe succesvol de vaccins zijn tegen deze ongewone genotypes. Waarschijnlijk moet de samenstelling van de vaccins regelmatig worden aangepast, afhankelijk van de jaarlijks veranderende genotype verdelingen.status: Publishe
IOpzuivering en detectie van HPV door middel van magnetische partikels voor gebruik in lab-on-a-chip systemen
No full textstatus: Publishe
Hepatitis C virus epidemiologie en evolutie van genotype 5a
Get PDFHet hepatitis C virus (HCV) is over de ganse wereld één van de belangrij kste oorzaken van chronisch leverlijden. Het virus werd ontdekt in 1989, en heeft momenteel wereldwijd al minstens 170 miljoen geïnfecteerden ac hter zijn naam staan. Taxonomisch wordt dit virus ingedeeld bij de famil ie van de Flaviviridae, waar het samen met GB virus C in het genus Hepac ivirussen geclassificeerd wordt. Het genoom van HCV vertoont heel wat variabiliteit, en dit heeft geleid tot het ontstaan van minstens zes ve rschillende HCV genotypen. Deze genotypen hebben een typische geografisc he verdeling, en zijn verder onderverdeeld in meerdere subtypen. Sommige HCV genotypen, zoals HCV genotypen 1a, 1b en 3a, zijn wereldwijd verspr eid en vertonen een beperkte hoeveelheid genetische diversiteit. Transmi ssienetwerken door intraveneus druggebruik en bloedtransfusies zijn hoog stwaarschijnlijk verantwoordelijk voor de snelle, wereldwijde verspreidi ng van de epidemische stammen. Andere HCV genotypen worden dan weer geka rakteriseerd door een extreem hoog niveau van diversiteit met een bijhor end groot aantal subtypes. Deze stammen zijn relatief beperkt in geograf ische verspreiding. Voorbeelden zijn HCV genotype 2 in West Afrika, HCV genotype 4 in Centraal Afrika, en HCV genotypen 3 en 6 in Zuidoost Azië. Op basis van de geobserveerde diversiteit wordt aangenomen dat deze end emische stammen al honderden jaren circuleren in hun respectieve geograf ische populaties. In tegenstelling tot andere HCV genotypen, is er heel weinig geweten over de evolutie en verspreiding van HCV genotype 5a. Dit genotype werd voor het eerst gerapporteerd in Zuid-Afrika, waar het met een ook het meest voorkomende HCV genotype is. Echter, de laatste jaren zijn er kleinere clusters van dit ongewone genotype gerapporteerd over d e hele wereld, o.a in Frankrijk, Spanje, Syrië, Verenigd Koninkrijk, Ned erland en Canada. Ook in België, meer bepaald in West-Vlaanderen, werd e en ongewoon hoge prevalentie van dit HCV genotype opgemerkt. In deze thesis probeerden we een antwoord te formuleren op de bestaande vragen omtrent de oorsprong, evolutie en verspreiding van dit ongewone H CV genotype. Omdat HCV genotype 5a stalen schaars zijn, wilden we eerst nagaan of de commerciële genotyperingskits die gebruikt worden op ons la boratorium in staat zijn de HCV genotype 5a stammen correct te identific eren. In hoofstuk II werden twee HCV genotyperingskits geëvalueerd: de V ERSANT HCV Genotyping Assay (LiPA) 1.0 en de VERSANT HCV Genotyping Assa y (LiPA) 2.0. De accuraatheid van de LiPA 1.0 werd nagekeken voor 77 Bel gische en Zuid-Afrikaanse HCV genotype 5a stalen. Een phylogenetische an alyse van de NS3-NS4 regio van het HCV genoom werd gebruikt om het genot ype van de stalen te bevestigen. We stelden een concordantie van 100% va st tussen de resultaten verkregen met de LiPA 1.0 en de genotypering geb aseerd op de fylogenetische analyse. Nucleotide sequenering van de 5-UT R, de genomische regio die door deze assay als doelwit gebruikt wordt vo or binding van de probe, toonde aan dat sequentie heterogeniteit aanwezi g was in sommige stalen. Een mismatch in het midden van de probe-bindend e regio of meerdere mismatchen op het einde van de probe bindende regio interfereren niet met het uiteindelijke resultaat. We kunnen besluiten d at de LiPA 1.0 een accurate methode is om de zeldzame HCV genotype 5a st ammen te identificeren. In een tweede studie hebben we de LiPA 2.0 voor alle circulerende HCV genotypen gevalideerd. Deze assay gebruikt bijkome nde informatie uit de core regio van het HCV genoom om het genotype te b epalen, en zou daarom betere resultaten moeten opleveren. De klinische a ccuraatheid werd nagegaan door 326 HCV positieve stalen te testen waarva n het genotype werd bepaald door fylogenetische analyse van de NS5B regi o (referentie methode). Het HCV genotype kon bepaald worden voor 96% van de stalen. Bij 99.4% kwam het resultaat van de LiPA 2.0 overeen met het resultaat van de referentie methode. Een vergelijkende studie tussen de LiPA 1.0 en de LiPA 2.0 toonde aan dat stalen waarvan het genotype verk eerdelijk werd bepaald door de LiPA 1.0, wel correct konden worden geïnt erpreteerd met de LiPA 2.0. De LiPA 2.0 is dus een accurate, gevoelige e n betrouwbare techniek om HCV genotypen te bepalen. Het toevoegen van de core als probe bindende regio heeft duidelijk een positief effect. Vervolgens hebben we ons onderzoek toegespitst op de oorsprong en de ver spreiding van HCV genotype 5a (hoofdstuk III). Om de moleculaire epidemi ologie van de HCV genotype 5a cluster in West-Vlaanderen te bestuderen, voerden we een fylogenetische analyse uit. Onze resultaten toonden aan d at we twee verschillende clusters kunnen onderscheiden, één gevormd door de Belgische stalen en een tweede met Zuid-Afrikaanse stammen. Deze bev indingen suggereren dat het virus zich onafhankelijk heeft verspreid in twee verschillende regios. Beide clusters hebben bovendien een vergelij kbare diversiteit. Divergentietijden en demografische parameters werden geschat met behulp van een Bayesiaanse coalescentie analyse. De meest re cente gemeenschappelijke voorouder (MRCA) van de Belgische stammen werd geschat op 1869 [1792-1929] voor de E1-E2 regio en op 1866 [1818-1913] v oor de NS3-NS4 regio. Voor Zuid-Afrika werden volgende data berekend: 18 83 [1821-1934] voor E1-E2 en 1863 [1794-1921] voor NS3-NS4. We toonden t evens aan dat de HCV epidemische geschiedenissen verschillen vertonen in beide geografische regios. In België zagen we een bijna constante expo nentiële groei. Dit patroon is consistent met transmissie die voornameli jk via bloedtransfusies verloopt. Voor Zuid-Afrika constateerden we een afname in de verspreidingssnelheid naar het heden toe. Dit patroon refle cteert eerder transmissie via andere iatrogene wegen. Onze resultaten he bben een nieuw licht geworpen op de bestaande hypothese rond het ontstaa n van HCV genotype 5a. Er werd jarenlang aangenomen dat de endemische br on van HCV genotype 5a in Zuid-Afrika moet gezocht worden. Maar op basis van onze resultaten is het veel aannemelijker dat de oorsprong van dit genotype elders gelokaliseerd is, en dat het virus vanuit deze gemeensch appelijke bron tegelijkertijd in twee richtingen is verspreid. Een mogel ijke kandidaat is Congo, omdat dit een Belgische kolonie was eind 1800, en omdat er veel verkeer was tussen Congo en Zuid-Afrika in diezelfde pe riode door ontdekkingsreizen in beide gebieden. In hoofdstuk IV bestudee rden we de wereldwijde verspreiding van HCV genotype 5a. Stalen van Belg ië, Zuid-Afrika, Frankrijk, Spanje, Syrië, Nederland, Portugal, Duitslan d, Verenigd Koninkrijk en Luxemburg werden onderworpen aan een phylogene tische analyse. Hierbij demonstreerden we dat de stammen grotendeels clu steren naargelang hun geografische oorsprong. Deze bevinding impliceert dat HCV genotype 5a zich anders gedraagt dan de epidemische genotypen wa arvoor de geografische voetafdrukken al verdwenen zijn door een snelle, wereldwijde verspreiding. Voor Spanje en Syrië werd de epidemische gesch iedenis in detail besproken. De MRCA werd geschat op 1896 [1842-1919] vo or E1-E2 en op 1884 [1864-1924] voor NS3-NS4 van de Spaanse stammen, en op 1903 [1843-1948] voor E1-E2 en 1906 [1884-1924] voor NS3-NS4 van de s tammen uit Syrië. In beide geografische gebieden werd verspreiding van H CV genotype 5a gehandhaafd door iatrogene transmissie. De lokale verspreiding van HCV genotype 5a in Vlaanderen werd onderzocht in hoofdstuk V. Op basis van gedetailleerde vragenlijsten hebben we de patiënten geïnterviewd. Deze aanpak werd gecombineerd met fylogenetische analyses om de hypotheses te testen die duidelijk werden tijdens de int erviews. Eén overkoepelende besmettingsbron die aan de basis zou liggen van deze epidemie kon niet gevonden worden. Wel werden verschillende kle inere transmissieketens geïdentificeerd en fylogenetisch bevestigd. De H CV genotype 5a epidemie in Vlaanderen is voornamelijk geassocieerd met b loedtransfusies en met het uitvoeren van onhygiënische medische handelin gen. Tot slot hebben we getracht de aandacht te vestigen op het bestaan van H CV recombinante stammen. We vonden een HCV 1a/1c recombinant die maar li efst vijf breekpunten vertoont. Dit is de eerste keer dat een HCV recomb inant met meerdere breekpunten wordt gerapporteerd. We concluderen dat de resultaten van deze thesis algemeen bijdragen tot een beter begrip van de epidemiologie en evolutionaire aspecten van HCV.status: Publishe
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Radiation dose-escalation and dose-fractionation modulate the immune microenvironment, cancer stem cells and vasculature in experimental high-grade gliomas
No full textBackground: In the context of high-grade gliomas (HGGs), very little evidence is available concerning the optimal radiotherapy (RT) schedule to be used in radioimmunotherapy combinations. This studied was aimed at shedding new light in this field by analyzing the effects of RT dose escalation and dose fractionation on the tumor microenvironment of experimental HGGs.
Methods: Neurospheres (NS) CT-2A HGG-bearing C57BL/6 mice were treated with stereotactic RT. For dose-escalation experiments, mice received 2, 4 or 8 Gy as single administrations. For dose-fractionation experiments, mice received 4 Gy as a single fraction or multiple (1.33x3 Gy) fractions. The impact of the RT schedule on murine survival and tumor immunity was evaluated. Modifications of glioma stem cells (GSCs), tumor vasculature and tumor cell replication were also assessed.
Results: RT dose-escalation was associated with an improved immune profile, with higher CD8+ T cells and CD8+ T cells / regulatory T cells (Tregs) ratio (p=0.0003 and p=0.0022, respectively) and lower total tumor associated microglia/macrophages (TAMs), M2 TAMs and monocytic myeloid derived suppressor cells (mMDSCs) (p=0.0011, p=0.0024 and p<0.0001, respectively). The progressive increase of RT dosages prolonged survival (p<0.0001) and reduced tumor vasculature (p=0.069), tumor cell proliferation (p<0.0001) and the amount of GSCs (p=0.0132 or lower). Compared to the unfractionated regimen, RT dose-fractionation negatively affected tumor immunity by inducing higher total TAMs, M2 TAMs and mMDSCs (p=0.0051, p=0.0036 and p=0.0436, respectively). Fractionation also induced a shorter survival (p=0.0078), a higher amount of GSCs (p=0.0015 or lower) and a higher degree of tumor cell proliferation (p=0.0003).
Conclusions: This study demonstrates that RT dosage and fractionation significantly influence survival, tumor immunity and GSCs in experimental HGGs. These findings should be taken into account when aiming at designing more synergistic and effective radio-immunotherapy combinations
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
- …
