3,348 research outputs found
Bob ten Cate: 'Ninety percent of the cells in our body are bacterial cells'
No full textBob ten Cate, speaker at the 2013 BDA/BDJ Winter Lecture, describes how we are just scratching the surface of understanding bacteria in biofilms
On the complexity of hybrid logics with binders
No full textHybrid logic refers to a group of logics lying between modal
and first-order logic in which one can refer to individual states of the
Kripke structure. In particular, the hybrid logic HL(@, ↓) is an appealing
extension of modal logic that allows one to refer to a state by means of
the given names and to dynamically create new names for a state.
Unfortunately, as for the richer first-order logic, satisfiability for the hybrid
logic HL(@, ↓) is undecidable and model checking for HL(@, ↓) is
PSpace-complete. We carefully analyze these results and we isolate large
fragments of HL(@, ↓) for which satisfiability is decidable and model
checking is below PSpace
The Product Homomorphism Problem and Applications
Get PDFThe product homomorphism problem (PHP) takes as input a finite collection of structures A_1, ..., A_n and a structure B, and asks if there is a homomorphism from the direct product between A_1, A_2, ..., and A_n, to B. We pinpoint the computational complexity of this problem. Our motivation stems from the fact that PHP naturally arises in different areas of database theory. In particular, it is equivalent to the problem of determining whether a relation is definable by a conjunctive query, and the existence of a schema mapping that fits a given collection of positive and negative data examples. We apply our results to obtain complexity bounds for these problems
Guarded Fragments with Constants
No full textWe prove ExpTime-completeness of the satisfiability problem for (loosely) guarded first-order formulas with a bounded number of variables and an unbounded number of constants. Guarded fragments with constants are interesting because of their connection to hybrid logic
Conjunctive Queries: Unique Characterizations and Exact Learnability
Get PDFWe answer the question of which conjunctive queries are uniquely characterized by polynomially many positive and negative examples, and how to construct such examples efficiently. As a consequence, we obtain a new efficient exact learning algorithm for a class of conjunctive queries. At the core of our contributions lie two new polynomial-time algorithms for constructing frontiers in the homomorphism lattice of finite structures. We also discuss implications for the unique characterizability and learnability of schema mappings and of description logic concepts
Increase in medical knowledge during the final year of undergraduate medical education in Germany [Wissenszuwachs im Praktischen Jahr des Medizinstudiums in Deutschland]
No full text[english] Aims: In Germany, the final year of undergraduate medical education (‘practice year’) consists of three 16-week clinical attachments, two of which are internal medicine and surgery. Students can choose a specific specialty for their third 16-week attachment. Practice year students do not receive specific teaching to prepare them for the National Licensing Examination. It is unknown whether knowledge levels increase during this year. This study aimed at assessing knowledge at the beginning and the end of the final year of medical school. Methods: Three hundred pre-selected United States Medical Licensing Examination type items from ten medical disciplines were reviewed by ten recent medical graduates from the Netherlands and Germany. The resulting test included 150 items and was taken by 77 and 79 final year medical students from Göttingen and Hamburg at the beginning and the end of their practice year, respectively. Results: Cronbach’s α of the pre- and post-test was 0.75 and 0.68, respectively. Mean percent scores in the pre- and post-test were 63.9±6.9 and 69.4±5.7, respectively (p[german] Zielsetzung: In Deutschland besteht das letzte Jahr des Studiums der Humanmedizin ("Praktisches Jahr", PJ) aus drei Tertialen von je 16 Wochen, von denen eines in der Inneren Medizin und eines in der Chirurgie abzuleisten ist. Die Fachrichtung des dritten Tertials von 16 Wochen kann von den Studierenden frei gewählt werden. Während des Praktischen Jahres findet keine gezielte Vorbereitung auf den schriftlichen Teil des Staatsexamens statt. Es ist unklar, inwieweit die Studierenden während des Praktischen Jahres auch neue Wissensinhalte erlernen. Ziel dieser Studie war es, zu Beginn und am Ende des Praktischen Jahres Wissensinhalte zu überprüfen. Methodik: Zehn Absolventen des Medizinstudiums in Deutschland und den Niederlanden trafen eine Auswahl aus 300 vorselektierten Fragen der US-amerikanischen Abschlussprüfung (USMLE), die zehn verschiedenen Fachrichtungen zugeordnet waren. Die ausgewählten 150 Fragen wurden im Rahmen zweier Tests PJ-Studierenden aus Göttingen und Hamburg vorgelegt: einmal zu Beginn (n=77 Studierende) und einmal am Ende des Praktischen Jahres (n=79). Ergebnisse: Die interne Konsistenz der beiden Tests (Cronbach’s α) betrug 0,75 (Prätest) bzw. 0,68 (Posttest). Der Anteil richtig beantworteter Fragen betrug im Prätest 63,9±6,9 und im Posttest 69,4±5,7 (p<0,001; Effektstärke als Cohen’s d: 0,87). Individuelle Studierende schnitten bei denjenigen Fragen besonders gut ab, die sich auf Inhalte ihres Wahlfachs bezogen.Schlussfolgerung: Der in dieser Studie verwendete Wissenstest eignet sich als externes Instrument zur Messung des Wissenszuwachses von Studierenden im Praktischen Jahr. Zudem kann der Prätest genutzt werden, um Studierende bei der Planung ihres Lernverhaltens während des Praktischen Jahres zu unterstützen
Effects of standard heparin and a low molecular weight heparin (Kabi 2165) on fibrinolysis.
No full textDeclarative probabilistic programming with datalog
Get PDFProbabilistic programming languages are used for developing statistical models, and they typically consist of two components: a specification of a stochastic process (the prior), and a specification of observations that restrict the probability space to a conditional subspace (the posterior). Use cases of such formalisms include the development of algorithms in machine learning and artificial intelligence. We propose and investigate an extension of Datalog for specifying statistical models, and establish a declarative probabilistic-programming paradigm over databases. Our proposed extension provides convenient mechanisms to include common numerical probability functions; in particular, conclusions of rules may contain values drawn from such functions. The semantics of a program is a probability distribution over the possible outcomes of the input database with respect to the program. Observations are naturally incorporated by means of integrity constraints over the extensional and intensional relations. The resulting semantics is robust under different chases and invariant to rewritings that preserve logical equivalence
Abscission of flower bud pedicels in begonia
No full textDe in dit proefschrift beschreven experimenten zijn in 5 artikelen samengevat.De inleiding geeft een literatuuroverzicht betreffende de abscissie, welke vooral aan verouderende organen, zoals stelen van bladeren en vruchten, is bestudeerd. Abscissie blijkt in het algemeen met de veroudering van het afvallende orgaan te zijn gecorreleerd. In hoeverre veroudering noodzakelijk voor abscissie is, is nog niet zeker, daar soms ook jonge organen afvallen. De abscissie van jonge organen komt o.a. in een aantal Begonia variëteiten veel voor. Deze variëteiten bloeien overvloedig, maar laten ook veel bloemknoppen vallen. De stelen der bloemknoppen, pedicellen, zijn jonge organen, die zich nog in hun strekkingsfase bevinden. In de teelt en handel van Begonia's is de bloemknopabscissie dan ook een probleem.In dit proefschrift is de hormonale regulatie van de bloemknopval bestudeerd m.b.v. 3 geselecteerde klonen van de kruising ( Begonia cinnabarina Hook.x B. micranthera Griessl) x B. davisii Veitch, welke hetzelfde uiterlijk hebben, alleen mannelijke bloemen vormen, maar in verschillende mate hun bloemknoppen laten vallen; en m.b.v. een hybride van de eenhuizige kruising Begonia fuchsioides Rook. x B. foliosa HB et K. waarvan de mannelijke bloemknoppen in het algemeen afvallen terwijl de vrouwelijke bloemen zich volledig ontwikkelen.In deel I worden de effecten van exogeen toegediende plantenhormonen bij de 3 B. davisii klonen vergeleken bij pedicellen aan de plant ( in vivo ) met en zonder bloemknoppen en bij geïsoleerde pedicellen ( in vitro ) met en zonder bloemknoppen. Auxine (IAA) remt de abscissie van de knoppen en de pedicellen in vivo en in vitro , ethyleen bevordert, terwijl abscisinezuur (ABA) alleen in vitro bevordert. Cytokininen (kinetine) en gibberellinen (gibberellinezuur) hebben geen effect. De bloemknoppen geven een stof aan de onderliggende abscissiezone af, waardoor deze niet afvallen. Waarschijnlijk is deze stof IAA, daar IAA de remmende werking van de knoppen voor een deel kan vervangen. Uit de plant worden abscissie-bevorderende stoffen naar de abscissiezone gevoerd, waarschijnlijk assimilaten, daar glucose de bevorderende werking van de plant kan vervangen. Uit de vergelijking van de in vivo en in vitro verrichte experimenten blijkt dat de pedicel-abscissie van explantaten de bloemknopabscissie aan de plant redelijk representeert. De verschillen in tendens tot bloemknopval tussen de 3 klonen is gecorreleerd met verschillen in abscissietijd van de pedicellen.In deel II worden de interacties tussen IAA, ABA en ethyleen dan ook m.b.v. pedicelexplantaten nader onderzocht. IAA, ABA en ethyleen beïnvloeden de abscissie onafhankelijk van elkaar. In het abscissieproces van explantaten kan een IAA-gevoelige periode onderscheiden worden, gevolgd door een ethyleen-gevoelige periode. ABA moet gedurende de IAA-gevoelige periode toegediend worden, het heeft een optimale tijd van toediening maar oefent zijn effect waarschijnlijk gedurende de ethyleen-gevoelige periode uit.Daar in deel I was gebleken dat de verschillende tendens in knopval van de 3 klonen correspondeert met verschillen in de abscissietijd van pedicelexplantaten, wordt in deel III de anatomie van de abscissiezone gedurende het abscissieproces in de 3 klonen bestudeerd. De scheiding vindt plaats doordat de intacte cellen, beginnend in de cortex, van elkaar loslaten. Dit suggereert, dat de scheiding het gevolg is van de oplossing van de middenlamel. Tevens blijkt dat de door IAA, ABA, of H 2 O beïnvloede abscissie anatomisch niet van elkaar verschillen. Ook de 3 klonen vertonen anatomisch geen verschillen.In deel IV wordt de hormonale regulatie van de bloemknopval geanalyseerd door middel van hormoonbepalingen in pedicellen en knoppen. De knoppen van de B. davisii -klonen bevinden zich continu in een abscissie-inducerende omstandigheid, doordat ethyleen continu in abscissie-bevorderende concentratie in de pedicellen aanwezig is. ABA is in hoge concentraties in de bloemknoppen aanwezig.Het induceert de abscissie echter niet, omdat de knoppen van de 3 klonen geen significant verschil vertonen in hun ABA gehalte en de pedicellen weinig gevoelig voor ABA zijn.Het IAA-gehalte in de vrouwelijke knoppen van de eenhuizige B. fuchsioides -hybride is ± 100 maal zo hoog als in de mannelijke knoppen, hetgeen gecorreleerd is met hun respectievelijke knopval. In de D. davisii -hybriden is de correlatie tussen knopval en IAA-gehalte ingewikkelder. In de winter vallen meer bloemknoppen af, gecorreleerd met een lager IAA-gehalte, dan in de zomer. Echter, de bloemknoppen van kloon 3, welke samen met kloon 2 de meeste knoppen laat vallen, bevatten het meeste IAA, terwijl de gehalten in bloemknoppen van kloon 1 en 2 niet veel verschillen. Het blijkt dat de IAA-export uit bloemknoppen en bloemen omgekeerd evenredig is met het IAA-gehalte. Hieruit volgt dat behalve het IAA-gehalte de uitvoer uit de bloemknoppen de abscissie bepaalt. Tevens geven deze resultaten een verklaring voor het feit dat ondanks de in de pedicellen aanwezige abscissiebevorderende ethyleen-concentratie de bloemknoppen niet afvallen, daar in hoofdstuk II is gebleken dat IAA het weefsel ongevoelig voor ethyleen houdt. Ook zijn nog enkele experimenten beschreven betreffende het transport van radio-actief gemerkt IAA, IAA-1- 14C, door pedicelsegmenten. De IAA-transportcapaciteit is afhankelijk van de diameter van het pedicel. De snelheid van het IAA-transport bedraagt 4-6 mm/uur en is dezelfde in jonge en oude pedicelsegmenten. ABA noch ethyleen remmen het IAA-transport. De aard van de verschillende tendens in knopval van de 3 klonen is nog niet geheel opgelost. Waarschijnlijk wordt deze veroorzaakt door een complex van factoren: o.a. IAA-produktie enafgifte door de bloemknop en de omzetting ervan in de bloemsteel.Tenslotte is in deel V de rol van de eiwitsynthese in het abscissieproces en de aard van de celwandoplossing onderzocht. Eiwitsynthese blijkt nodig voor de abscissie te zijn, daar cycloheximide deze zeer effectief remt. Echter, de informatie voor celwandafbrekende enzymen moet reeds in het cytoplasma aanwezig zijn, daar actinomycine D (AMD) de abscissie slechts in geringe mate remt. De abscissieremming door AMD kan door remming van de energievoorziening veroorzaakt zijn, daar chlooramphenicol en 2, 4-dinitrophenol de abscissie ongeveer gelijkelijk remmen.De scheiding is gecorreleerd met een stijging van oplosbare pectinen. Echter de pogingen om de enzymen hiervoor aan te tonen waren niet succesvol. Pectinemethylesterase-activiteit is zowel in de intercellulaire ruimte als in de cellen van de abscissiezone aanwezig, terwijl activiteiten van polygalacturonase, pectinezuurtranseliminase en pectinetranseliminase volledig afwezig waren. Cellulase, een enzym dat in het algemeen positief met de abscissie van petiolen en vruchtstelen is gecorreleerd, volgt de abscissie van Begonia pedicellen wanneer deze bijna voltooid is, de afbraak van de primaire celwand volgt dus na het scheiden van de cellen door oplossing van de middenlamel.</p
- …
