1,721,128 research outputs found
Modelling phenotypes, variants and pathomechanisms of syndromic diseases in different systems.
Full text linkIn this review we describe different model organisms and systems that are commonly used to study syndromic disorders. Different use cases in modeling diseases, underlying pathomechanisms and specific effects of certain variants are elucidated. We also highlight advantages and limitations of different systems. Models discussed include budding yeast, the nematode worm, the fruit fly, the frog, zebrafish, mice and human cell-based systems
Identifizierung und Charakterisierung der atypischen Rho-GTPase RHOBTB2 und des Chromatinorganisators CTCF bei geistiger Behinderung und hinsichtlich neuronaler Funktion in Drosophila melanogaster
Full text linkIn the present work, the role of RHOBTB2 and CTCF in intellectual disability and neuronal
function are characterized using clinical data, Drosophila melanogaster as a model organism
and cell-based assays. While typical Rho GTPases are known to play essential roles in cognitive
function, the role of the atypical Rho GTPase RHOBTB2 in neurodevelopment is largely
unknown. For the chromatin organizer CTCF, previous research has shown that variants cause
a disorder of variable intellectual disability with frequent other anomalies. So far however, the
role of RHOBTB2 and CTCF in cognitive function is poorly understood.
The focus of this thesis was the characterization of RHOBTB2 and CTCF-related intellectual
disability. Moreover, the effect of dosage alteration of both genes in cell-based assays as well
as in the model organism Drosophila is comprehensively characterized to specifically learn
more about their role in neurodevelopment.
We identified de novo missense variants clustering in the BTB domains of RHOBTB2 as
causative for a developmental and epileptic encephalopathy. The phenotype of ten individuals
includes severe intellectual disability, early-onset epilepsy, postnatal microcephaly, and
movement disorders. We found that in HEK293 cell culture, mutant RHOBTB2 levels were
elevated. Cells treated with proteasomal inhibitors, however, exhibited comparable RHOBTB2
levels between wildtype and mutant, indicating an impaired degradation of mutant RHOBTB2
via the proteasome. In accordance with the phenotype in humans, increased levels of the
orthologue RhoBTB in Drosophila resulted in seizure susceptibility and severe gross
neurological impairment. Decreased levels resulted in stunted outgrowth of dendrites of class
IV dendritic arborization neurons, implying a probable role of RhoBTB in dendritic
development. Furthermore, we gathered mutational and clinical data of 39 novel patients with
variants in CTCF, encompassing deletions, missense, splice-site, and frameshift variants.
Interestingly, all missense variants clustered in the zinc finger encoding regions, while most of
the likely gene-disruptive variants were found prior to said regions. The phenotype was highly
variable ranging from normal IQ and minor learning deficits to severe intellectual disability and
behavioural anomalies like autistic features. Frequent additional anomalies were microcephaly,
failure to thrive, heart defects, and cleft palate. In HEK293 and HeLa cells, missense variants
in CTCF caused no abnormal subcellular localization or aggregation. Transcriptome analysis
of lymphocytes of five individuals revealed 3,828 deregulated genes compared to healthy
controls which were enriched for known NDD genes. Dosage alteration of the Drosophila
orthologue Ctcf resulted in impaired gross neurological functioning and impaired learning and
memory performance, and the severity of cognitive impairment seemed to correlate with
decreasing Ctcf dosage. Brain-specific reconstitution of Ctcf dosage was able to rescue the
cognitive phenotypes in the courtship conditioning paradigm assay.
As part of this thesis, missense variants in RHOBTB2 were characterized as causative for a
developmental and epileptic encephalopathy. The Drosophila orthologue RhoBTB was found
to play an important role in neurological function and dendrite development. Furthermore,
CTCF-related intellectual disability and neurodevelopmental disorder were comprehensively
characterized and the pathomechanism confirmed as haploinsufficiency or loss-of-function.
Moreover, the effect of dosage alteration of Ctcf in Drosophila was characterized regarding
neurodevelopment and cognitive function, contributing to the elucidation of the specific role of
CTCF in cognitive function and dysfunction. The findings in this study contribute to improve
diagnosis of patients in molecular diagnostics. Ultimately, this thesis contributes to the
understanding of pathogeneses of intelligence disorders.In der vorliegenden Arbeit werden die beiden Gene RHOBTB2 und CTCF in Zusammenhang
mit geistiger Behinderung und neuronaler Funktion anhand von klinischen Daten, funktionell
in humaner Zellkultur, und mit Hilfe der schwarzbäuchigen Taufliege Drosophila melanogaster
als Modellorganismus charakterisiert und erforscht. Während von typischen Rho-GTPasen
bekannt ist, dass sie eine wesentliche Rolle bei der kognitiven Funktion spielen, ist die Rolle
der atypischen Rho-GTPase RHOBTB2 bei der Neuroentwicklung weitgehend unbekannt. Für
den Chromatin-Organisator CTCF haben bereits frühere Untersuchungen gezeigt, dass
Varianten eine Störung mit variabler geistiger Behinderung und häufig anderen begleitenden
Anomalien verursachen. Bisher ist die Rolle von RHOBTB2 und CTCF für kognitive
Funktionen jedoch nur unzureichend erforscht.
Der Schwerpunkt dieser Arbeit liegt auf der Charakterisierung von RHOBTB2- und CTCFassoziierter
geistiger Behinderung. Darüber hinaus wird der Effekt einer Dosisänderung beider
Gene in zellbasierten Untersuchungen sowie im Modellorganismus Drosophila umfassend
charakterisiert, um mehr über ihre Rolle in neuronaler Entwicklung zu erfahren.
Wir haben de novo Punktmutationen in den BTB-Domänen von RHOBTB2 als neue Ursache
für eine epileptische Enzephalopathie identifiziert. Der Phänotyp von zehn Individuen umfasst
eine schwere geistige Behinderung, eine früh einsetzende Epilepsie, eine postnatale
Mikrozephalie und Bewegungsstörungen. Wir fanden heraus, dass in HEK293 Zellen der
Spiegel an mutierten RHOBTB2 erhöht war. Zellen, die mit Proteasom-Inhibitoren behandelt
wurden, wiesen interessanterweise vergleichbare RHOBTB2-Mengen zwischen Wildtyp und
Mutante auf, was auf einen beeinträchtigten Abbau des mutierten RHOBTB2 Proteins über das
Proteasom hinweist. In Übereinstimmung mit den humanen Phänotypen führten erhöhte
Spiegel des orthologen Proteins RhoBTB in Drosophila zu schweren Bewegungsstörungen und
Anfälligkeit für Krampfanfälle. Verringerte Spiegel führten zu verkümmerten
multidendritischen Neuronen der Klasse IV mit stark reduzierten dendritischen
Verzweigungen, was eine mögliche Rolle von RhoBTB bei der dendritischen Entwicklung
impliziert. Darüber hinaus haben wir Mutations- und klinische Daten von 39 Patienten mit
CTCF-Varianten gesammelt. Die Mutationen umfassten Deletionen, Punkt-, Spleiß- und
Rastermutationen. Interessanterweise häuften sich alle Punktmutationen in den Zinkfingerkodierenden
Regionen, während die meisten wahrscheinlich disruptiven Mutationen sich vor
diesen Regionen befanden. Der Phänotyp der Patienten war sehr variabel und reichte von
normalem IQ und leichter Lernbehinderung bis zu schwerer geistiger Behinderung und
Verhaltensanomalien wie autistischen Merkmalen. Häufig traten zusätzliche Anomalien wie
Mikrozephalie, Gedeihstörungen, Herzfehler, und Gaumenspalten auf. In HEK293- und HeLa-
Zellen verursachten Punktmutationen in CTCF keine abnormale subzelluläre Lokalisation oder
Aggregation. Die Transkriptomanalyse aus Lymphozyten von fünf Patienten ergab im
Vergleich zu gesunden Kontrollen 3.828 deregulierte Gene, die für bekannte Gene für
neurologische Entwicklungsstörung angereichert waren. Eine Dosisänderung des Drosophila-
Orthologs Ctcf führte zu einer Beeinträchtigung der neurologischen Gesamtfunktion und einer
Beeinträchtigung der Lern- und Gedächtnisleistung. Der Schweregrad der kognitiven
Beeinträchtigung schien mit einer Verringerung der Ctcf-Dosis zu korrelieren. Eine
hirnspezifische Rekonstitution der Ctcf-Dosis konnte die kognitiven Phänotypen in dem
Courtship-Conditioning-Paradigm Assay beseitigen.
Im Rahmen dieser Arbeit wurden Punktmutationen in RHOBTB2 als ursächlich für eine
entwicklungsbedingte und epileptische Enzephalopathie charakterisiert. Es wurde festgestellt,
dass das Drosophila-Ortholog RhoBTB eine wichtige Rolle für die neurologische Funktion und
in der Dendritenentwicklung spielt. Darüber hinaus wurde die CTCF-bedingte geistige
Behinderung und neurologische Entwicklungsstörung umfassend charakterisiert und der
Pathomechanismus als Haploinsuffizienz oder Funktionsverlust abschließend bestätigt. Des
Weiteren wurde die Wirkung einer Dosisänderung von Ctcf bei Drosophila hinsichtlich der
neuronalen Entwicklung und der kognitiven Funktion weiter untersucht, was zur weiteren
Aufklärung der spezifischen Rolle von CTCF für kognitive Funktion und Dysfunktion beiträgt.
Die Ergebnisse dieser Studie leisten einen Beitrag zu der Verbesserung der Diagnose von
Patienten in der molekularen Diagnostik. Darüber hinaus trägt diese Arbeit zum Verständnis
der Pathogenese von Intelligenzstörungen bei
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Rolle des Transkriptionsregulators PHF6 und des Transkriptionsterminators SCAF4 bei Entwicklungsstörungen
Full text linkNeurodevelopmental disorders (NDDs) are clinically and genetically extremely heterogeneous. Frequently, genes are affected whose products are linked in a common molecular network or pathway. One of these increasingly acknowledged molecular/functional modules is the regulation of chromatin and transcription-related processes.
This thesis sheds light on two genes associated with NDDs which are involved in these processes, a) PHF6, a potential chromatin remodeler, in which pathogenic variants are associated with X-linked Borjeson-Forssman-Lehmann syndrome (BFLS), and b) SCAF4, a transcriptional regulator, which has not yet been associated with NDDs.
In the first part of my thesis, I investigated the underlying molecular pathomechanisms of BFLS. Considering that phenotypical differences between affected males with inherited X-linked recessive variants and affected females with de novo variants in PHF6 are observed, I assessed the possible mechanism underlying these differences. Data-based modeling of variants located in the zinc finger domains indicated that “female” variants might have more severe effects on protein stability than “male” variants. Next, in vitro overexpression analysis revealed that mutant PHF6 with “female” variants resulted in altered subcellular PHF6 localization with formation of aggregates and strong reduction of protein levels, while mutant PHF6 with “male” variants behaved more similar to wildtype PHF6. Therefore, the hypothesis was brought forward that de novo variants found in females are more disruptive. Furthermore, ex vivo analysis of female patient fibroblasts revealed loss of mutant PHF6, independent from the type of variant (missense, truncating, intra-genic duplication), indicating a common loss-of-function mechanism in females with BFLS.
Based on these observations, I constructed a human neuron-like PHF6 knockout (KO) cell model using CRISPR/Cas9. Transcriptome analysis of these cells confirmed a role for PHF6 in chromatin remodelling and additionally in neuron development and differentiation. Phenotypic analysis of PHF6 KO neuron-like cells revealed alterations in neurite outgrowth and in the number of primary neurites, possibly indicating a role for PHF6 in multipolar to bipolar transition of neurons. Furthermore, cells exhibited slower proliferation and migration, indicating a role for PHF6 in neuron development. These processes might therefore be altered in BFLS.
In the second part of my thesis, variants in SCAF4 were identified as causative for a NDD. We collected mutational and clinical data from nine individuals with pathogenic variants in SCAF4, truncating and splice-site variants, eight of them occurring de novo. Most prominent phenotypic features included mild intellectual disability, severely delayed speech development, epilepsy and behavioural anomalies. SCAF4 interacts with RNA polymerase II and plays a role in correct transcriptional termination by preventing the usage of early polyadenylation (polyA) sites.
RNA sequencing of patient blood lymphocytes revealed a broad deregulation of genes in affected individuals in comparison to controls, with a large number of aberrant, mostly shortened transcripts. This shift was either mediated by the usage of alternative polyA sites and/or alternative transcriptional start sites. This suggests a possible role for SCAF4 not only in transcriptional termination but also in transcriptional start site recognition and other mRNA processing steps. Furthermore, knockdown of the SCAF4 orthologue CG4266 in the model organism Drosophila melanogaster resulted in impaired morphology of neuromuscular junctions, impaired gross neurological functioning and impaired learning and memory performance. This is consistent with the neurodevelopmental phenotype and cognitive impairment in humans with SCAF4 loss-of-function variants and emphasizes SCAF4 as a new NDD associated gene.
In summary, this thesis identified SCAF4 as a new NDD associated gene and provided new insights into the pathomechanisms of PHF6-associated Borjeson-Forssman-Lehmann syndrome. Furthermore, the role of both genes in the context of the functional module “regulation of chromatin and-transcription-related processes” was further described.Störungen der psychomotorischen Entwicklung sind klinisch und genetisch sehr heterogen. Häufig liegen Veränderungen in verschiedenen Genen zugrunde, deren Genprodukte jedoch in einem gemeinsamen molekularen Netzwerk oder Signalweg verbunden sind. Eine dieser molekularen/funktionellen Einheiten, die in den letzten Jahren zunehmend an Bedeutung gewonnen hat, ist die Chromatin- und Transkriptions-Regulation.
Im Rahmen dieser Dissertation wurden zwei Gene untersucht, die mit Entwicklungsstörungen assoziiert und in diese Prozesse involviert sind: a) PHF6, ein potenzieller Chromatin-Regulator, in dem pathogene Varianten mit dem X-chromosomalen Börjeson-Forssman-Lehmann Syndrom (BFLS) assoziiert sind, und b) SCAF4, ein transkriptioneller Terminator, welcher bisher noch nicht mit Störungen der neuralen und mentalen Entwicklung assoziiert war.
Im ersten Teil meiner Dissertation habe ich mich mit den molekularen Pathomechanismen des BFLS befasst. Da es phänotypische Unterschiede zwischen betroffenen Männern mit X-chromosomal rezessiv vererbten und betroffenen Frauen mit de novo Varianten in PHF6 gibt, habe ich PHF6-Varianten hinsichtlich ihrer funktionellen Konsequenzen untersucht. In silico Modellierung von Missense-Varianten in den ePHD (extended plant homeodomain) Domänen deutete darauf hin, dass „weibliche“ Varianten einen stärkeren destabilisierenden Effekt auf das Protein haben als „männliche“ Varianten. Als nächstes zeigten in vitro Überexpressionsanalysen, dass PHF6 mit „weiblichen“ Varianten in veränderter subzellulärer Proteinlokalisation, Aggregatbildung und stark reduzierten Proteinmengen resultierte. PHF6 mit pathogenen „männlichen“ Varianten hingegen verhielt sich ähnlich wie Wildtyp-PHF6. Daher könnte spekuliert werden, dass de novo Varianten im weiblichen Geschlecht schwerere Auswirkungen als die im männlichen Geschlecht identifizierten Varianten haben und so zur unterschiedlichen phänotypischen Ausprägung beitragen könnten. Weiterhin zeigte die ex vivo Analyse an Fibroblasten weiblicher Individuen einen Verlust des mutierten PHF6 Proteins, unabhängig vom Typ der untersuchten Variante (Missense, trunkierend, intragenische Duplikation). Dies deutet auf einen generellen Funktionsverlust-Mechanismus von PHF6 bei Frauen mit BFLS hin.
Auf diese Beobachtung aufbauend habe ich mit Hilfe der CRISPR/Cas9 Technologie ein humanes, Neuronen-ähnliches PHF6 knockout (KO) Zellmodel hergestellt. Transkriptomanalysen dieser Zellen bestätigten eine Rolle für PHF6 in der transkriptionellen Regulation und in der Entwicklung und Differenzierung von Neuronen. Phänotypische Analysen der Zellen offenbarten tatsächlich Veränderungen im Neuritenwachstum und in der Anzahl der primären Neuriten. Dies deutet auf eine mögliche Rolle von PHF6 beim multipolaren zu bipolaren Übergang der Neurone hin. Weiterhin zeigten die Zellen eine langsamere Proliferation und Migration, was auf eine mögliche Rolle für PHF6 in der neuronalen Entwicklung hindeutet. Diese Prozesse könnten daher im Rahmen des BFLS gestört sein und den kognitiven Phänotypen zugrunde liegen.
Im zweiten Teil meiner Dissertation wurden Varianten in SCAF4 als ursächlich für eine Form der Entwicklungsstörung identifiziert. Durch internationale Kollaborationen sammelten wir Mutationsdaten sowie klinische Daten von neun Individuen mit pathogenen Varianten in SCAF4. Diese umfassten sieben trunkierende und zwei Spleiß-Varianten, von denen acht de novo auftraten. Phänotypische Merkmale beinhalteten unter anderem eine milde intellektuelle Entwicklungsstörung, eine stark verzögerte Sprachentwicklung, eine Epilepsie und Verhaltensauffälligkeiten. SCAF4 interagiert mit der RNA Polymerase II und spielt eine Rolle bei der korrekten transkriptionellen Termination durch die Verhinderung der Nutzung von alternativen Polyadenylierungs (PolyA)-Signalen. Sequenzierung der RNA aus Blut-Lymphozyten von betroffenen Individuen im Vergleich zu Kontrollen zeigte eine hohe Anzahl an differentiell regulierter Gene. Weiterhin hatten die Patienten ein ausgeprägt verändertes Transkriptions-Profil mit einer bevorzugten Expression von verkürzten Transkripten, entweder durch die Nutzung von alternativen PolyA-Signalen und/oder durch alternative Transkriptionsstarts. Dies weist darauf hin, dass SCAF4 nicht nur bei der transkriptionellen Termination, sondern auch beim Transkriptionsstart und anderen Schritten der mRNA-Prozessierung eine Rolle spielt. Zusätzlich führte ein Knockdown des SCAF4 Orthologs CG4266 in Drosophila melanogaster als Modellorganismus zu einer veränderten Morphologie neuromuskulärer Synapsen, einer Beeinträchtigung der neurologischen Gesamtfunktion und einer Beeinträchtigung der Lern- und Gedächtnisleistung. Dies korreliert mit der Beeinträchtigung der neuronalen Entwicklung und den kognitiven Einschränkungen bei Individuen mit pathogenen Varianten in SCAF4 und bestätigte SCAF4 als mit Entwicklungsstörungen assoziiertes Gen.
Zusammengefasst konnten im Rahmen dieser Arbeit zum einen SCAF4 als neues Gen für Entwicklungsstörungen identifiziert und zum anderen neue Erkenntnisse über die Pathomechanismen des PHF6-assoziierten Borjeson-Forssman-Lehmann-Syndroms gewonnen werden. Weiterhin wurde die Rolle beider Gene in der funktionellen Einheit „Chromatin- und Transkriptions-Regulation“ näher beschrieben
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Reevaluation der Exomsequenzierung von Individuen mit Entwicklungsstörungen ungeklärter Ursache
Full text linkWith a prevalence of 1.5-2%, intellectual disability (ID) represents a major health problem. It is clinically extremely variable and can result from many different causes. However, it is assumed that genetic alterations are causative in most cases. Exome sequencing is with a diagnostic rate of up to 40% the most efficient test to diagnose patients with neurodevelopmental disorders (NDD). Given the constantly growing number of NDD associated genes, improvements in analysis tools and information on variants, regular re-analysis of negative or unclear cases is recommended.
In a long-term study aiming at identifying the genetic basis of NDDs we performed exome sequencing in 204 individuals from 196 families presenting with NDDs who had negative test results including CMA. Filtering against known NDD genes (SysID database) followed by identification of de novo variants in all genes resulted in a diagnostic rate of 44.9% (88/196). Interestingly, the diagnostic yield in singletons was higher than in trios (51.1% (24/47) vs. 42.2% (62/147)). Two of the 88 cases were solved by a duo-analysis.
We now re-analyzed 108 unsolved (105 sporadic) cases regarding homozygous, compound-heterozygous, X-linked, de novo and autosomal dominant variants in all genes, considering also an updated list of 1,164 NDD genes and 1,127 candidate genes. Two additional cases could be diagnosed: an affected boy inherited a stop mutation in SETD5 from his healthy mother, which previously was missed due to a unique filtering for de novo variants in a trio setting. Furthermore, a missense variant in GNB1 which was already classified as variant of uncertain significance (VUS) in the initial evaluation could now be classified as likely pathogenic based on new available data in a 43 years old patient.
In addition, we identified the probable genetic cause of the NDD in three individuals and identified 20 candidate variants in 17 genes compatible with the clinical presentation, but a firm diagnosis could not be made due to lack of functional validation.
The relatively low re-analysis detection rate is probably due to the high initial detection rate based on a combination of diagnostic and research analysis strategy.Mentale Retardierung (MR) (englisch: Intellectual disability) stellt mit einer Prävalenz von 1,5-2% ein gravierendes Gesundheitsproblem dar. Bei der mentalen Retardierung handelt es sich um ein äußerst variables Krankheitsbild, welches auf einem nicht minder heterogenen Ursachenspektrum beruht. Man geht jedoch davon aus, dass in den meisten Fällen eine genetische Ursache zu Grunde liegt. Mit einer Diagnoserate von bis zu 40% stellt die Exom-Sequenzierung den effizientesten diagnostischen Test bei Patienten mit mentaler Retardierung dar. Angesichts der kontinuierlich zunehmenden Anzahl MR-assoziierter Gene, der Weiterentwicklung computergestützter Vorhersageprogramme sowie des Datenzuwachses bezüglich genetischer Varianten werden regelmäßige Neuauswertungen von zu einem früheren Zeitpunkt generierter Exomdaten empfohlen, umso die Diagnoserate nachträglich zu steigern.
Im Rahmen einer Langzeitstudie zur Identifizierung der genetischen Ursachen von MR werteten wir zwischen 2014 und 2018 Exomsequenzierungsdaten von 204 Patienten aus 196 Familien aus, bei denen im Vorfeld eine chromosomale Mikroarray-Analyse und eine Testung auf das Fragile-X-Syndrom einen unauffälligen Befund ergeben hatten. Eine Filterung nach Varianten in bekannten MR-Genen, gefolgt von der Identifizierung von de novo Varianten in allen Genen ergab eine Diagnoserate von 44,9% (88/196). Interessanterweise war die diagnostische Ausbeute bei Einzelpatienten (Singletons) höher als bei Eltern-Kind-Trios (51,1% (24/47) vs. 42,2% (62/147)). Zwei weitere Fälle wurden mittels einer Duo-Analyse gelöst.
In der nun durchgeführten Studie wurden 108 (105 sporadische) im Rahmen der initialen Auswertung nicht gelöste Fälle in Bezug auf homozygote, compound-heterozygote, X-chromosomale, de novo und autosomal dominante Varianten in allen Genen erneut analysiert. Zusätzlich erfolgte eine besondere Berücksichtigung der Varianten einer aktualisierten Liste von 1.164 MR-Genen und 1.127 Kandidatengenen.
Durch die Neuauswertung der Exomdaten konnten insgesamt zwei zusätzliche Fälle gelöst werden: Ein betroffener Junge erbte von seiner gesunden Mutter eine SETD5 Stopp-Mutation, die zuvor aufgrund der alleinigen Filterung nach de novo Varianten in einer triobasierten Analyse nicht gesehen wurde. Zusätzlich konnte bei einem 43-jährigen Patienten eine bereits in der initialen Diagnostik als unklar klassifizierte Variante im GNB1-Gen aufgrund neuer veröffentlichter Daten nun als krankheitsverursachend klassifiziert werden.
Darüber hinaus wurde die wahrscheinliche genetische Ursache bei drei Individuen identifiziert und weitere 20 Kandidatenvarianten in 17 Genen ermittelt, die aufgrund der bioinformatischen Auswertetools und der klinischen Symptomatik relevant erschienen. Aufgrund fehlender funktioneller Validierungen kann eine sichere Diagnosestellung jedoch nicht erfolgen.
Die relativ niedrige Diagnoserate in der Neuauswertung ist wahrscheinlich auf die hohe initiale Ersterkennungsrate zurückzuführen, die auf einer Kombination aus diagnostischer und wissenschaftlicher Auswertungsstrategie basierte
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