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    Association between mobility, non-pharmaceutical interventions, and COVID-19 transmission in Ghana: A modelling study using mobile phone data.

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    Governments around the world have implemented non-pharmaceutical interventions to limit the transmission of COVID-19. Here we assess if increasing NPI stringency was associated with a reduction in COVID-19 cases in Ghana. While lockdowns and physical distancing have proven effective for reducing COVID-19 transmission, there is still limited understanding of how NPI measures are reflected in indicators of human mobility. Further, there is a lack of understanding about how findings from high-income settings correspond to low and middle-income contexts. In this study, we assess the relationship between indicators of human mobility, NPIs, and estimates of Rt, a real-time measure of the intensity of COVID-19 transmission. We construct a multilevel generalised linear mixed model, combining local disease surveillance data from subnational districts of Ghana with the timing of NPIs and indicators of human mobility from Google and Vodafone Ghana. We observe a relationship between reductions in human mobility and decreases in Rt during the early stages of the COVID-19 epidemic in Ghana. We find that the strength of this relationship varies through time, decreasing after the most stringent period of interventions in the early epidemic. Our findings demonstrate how the association of NPI and mobility indicators with COVID-19 transmission may vary through time. Further, we demonstrate the utility of combining local disease surveillance data with large scale human mobility data to augment existing surveillance capacity to monitor the impact of NPI policies

    Assessing the suitability for aedes albopictus and dengue transmission risk in china with a delay differential equation model

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    Dengue is considered non-endemic to mainland China. However, travellers frequently import the virus from overseas and local mosquito species can then spread the disease in the population. As a consequence, mainland China still experiences large dengue outbreaks. Temperature plays a key role in these outbreaks: it affects the development and survival of the vector and the replication rate of the virus. To better understand its implication in the transmission risk of dengue, we developed a delay differential equation model that explicitly simulates temperature-dependent development periods and tested it with collected field data for the Asian tiger mosquito, Aedes albopictus. The model predicts mosquito occurrence locations with a high accuracy (Cohen’s κ of 0.78) and realistically replicates mosquito population dynamics. Analysing the infection dynamics during the 2014 dengue outbreak that occurred in Guangzhou showed that the outbreak could have lasted for another four weeks if mosquito control interventions had not been undertaken. Finally, we analyse the dengue transmission risk in mainland China. We find that southern China, including Guangzhou, can have more than seven months of dengue transmission per year while even Beijing, in the temperate north, can have dengue transmission during hot summer months. The results demonstrate the importance of using detailed vector and infection ecology, especially when vector-borne disease transmission risk is modelled over a broad range of climatic zones

    Changements climatiques, quel avenir pour le risque du paludisme en Ouganda ?

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    Le paludisme, qui est la maladie à transmission vectorielle la plus répandue, provoque depuis quelques années de plus en plus d’épidémies liées à des anomalies climatiques. Dans de nombreux pays endémiques comme l’Ouganda, les changements climatiques représentent une préoccupation importante pour la santé publique. Des débats existent toutefois quant à l’évolution future du paludisme car la majorité des études de prédictions ne considèrent pas les effets de certains facteurs anthropiques qui influencent la transmission (ex. les interventions de contrôle antivectorielles). Ainsi, les objectifs de cette thèse étaient donc 1) d’estimer les associations entre le risque du paludisme, des variables de l’environnement (comme les précipitations, la température, l’humidité et la végétation) et les interventions antivectorielles (moustiquaires imprégnées d’insecticide longue durée, MILD, et pulvérisation intra-domiciliaire, PID) pour 2) prédire la distribution du paludisme selon des scénarios de climat futur. À cette fin, les associations ont été étudiées à partir (i) des données d’une cohorte d’enfants de trois sous régions d’Ouganda à partir de modèles mixtes linéaires généralisés basés sur une distribution log-binomiale; (ii) des données de surveillance passive du paludisme dans la population générale de six sous régions, à partir de modèles mixtes linéaires généralisés basés sur une distribution binomiale négative. Les associations étudiées au sein de la population générale ont ensuite été utilisées pour projeter le risque futur selon 14 simulations climatiques et deux scénarios d’émission de gaz à effet de serre (RCP4.5 et RCP8.5). Pour le premier objectif, les résultats de l’analyse des données de la cohorte infantile ont mis en évidence une variabilité sous régionale dans la forme (linéaire et non linéaire), la direction et l'ampleur des associations entre les variables de l’environnement et le risque de paludisme. L'ajustement du modèle de régression pour la PID a modifié l'ampleur et/ou la direction des associations environnement-paludisme, suggérant un effet d'interaction. À partir des données de la population générale, l’analyse groupée des six sous régions a montré que les interventions réduisaient le risque de paludisme d'environ 35 % avec les MILD et de 63 % avec la PID; des interactions significatives ont été observées entre certaines variables environnementales et les interventions de lutte antivectorielle. À l’échelle sous régionale, une variabilité de la forme des relations environnement-paludisme (linéarité, non linéarité, direction) et de l'influence des interventions a aussi été observée. Les prédictions du risque de paludisme avec les changements climatiques suggèrent des tendances à la hausse des cas de paludisme en absence d’interventions à l’horizon 2050, bien qu’une grande variabilité dans les prédictions existent selon le modèle de climat considéré (médianes et min-max de la période historique vs RCP 4.5 : 16 785, 9 902 - 74 382 vs 21 289, 11 796 - 70 606). En considérant l’effet des interventions, une réduction du nombre de cas annuels médian de 35%, 63% et à 76% est prédite avec les MILD seules, la PID seule et la combinaison de MILD et PID, respectivement. Cette thèse a donc permis de clarifier l’influence des MILD et de la PID sur les relations entre variables de l’environnement et le paludisme et de démontrer l’importance de considérer les mesures de contrôle antivectorielle dans les analyses du risque épidémiologique de paludisme et dans les prédictions du risque avec les changements climatiques.Malaria, which is the most widespread vector-borne disease, has in recent years caused more and more epidemics linked to climatic anomalies. In several malaria endemic countries such as Uganda, climate change is a major public health concern. Debates exist, however, about the future evolution of malaria in relation to climate as the majority of prediction studies do not consider the effects of certain anthropogenic factors that influence transmission (e.g. vector control interventions). Therefore, the objectives of this thesis were 1) to estimate the associations between malaria risk, environmental variables (such as precipitation, temperature, humidity which are related to climate and vegetation) and vector interventions (long-lasting insecticide-treated bed nets - LLINs, and indoor residential spraying - IRS), and to 2) predict malaria distribution under future climate scenarios. The associations were studied with (i) data from a cohort of children from three sub-regions of Uganda using generalized linear mixed models based on a log-binomial distribution; (ii) data from passive surveillance of malaria in the general population of six sub-regions, using generalized linear mixed models based on a negative binomial distribution. The associations studied in the general population were then used to predict future risk under 14 climate simulations and two greenhouse gas emission scenarios (RCP4.5 and RCP8.5). For the first objective, the results of the analysis of the infant cohort data highlighted a sub-regional variability in the form (linear and nonlinear), the direction and the magnitude of the associations between the environmental variables. and the risk of malaria. Adjusting the regression model for IRS changed the magnitude and/or direction of environment-malaria associations, suggesting an interaction effect. Using data from the general population, the pooled analysis of the six sub-regions showed that the interventions reduced malaria risk by approximately 35% with LLINs and by 63% with IRS; significant interactions were observed between some environmental variables and vector control interventions. At the sub-regional scale, variability in the form of environment-malaria relationships (linearity, non-linearity, direction) and in the influence of interventions was also observed. Predictions of malaria risk with climate change suggest upward trends in malaria cases in the absence of interventions by 2050, although great variability in the predictions exists depending on the climate model considered (medians and min-max of the historical period vs RCP 4.5: 16,785, 9,902 - 74,382 vs 21,289, 11,796 - 70,606). Considering the effect of interventions, a reduction in the median number of annual cases of 35%, 63% and 76% is predicted for LLINs alone, IRS alone and the combination of LLINs and IRS, respectively. This thesis examined the influence of LLINs and IRS on the relationships between environmental variables and malaria and demonstrates the importance of considering vector control measures in analyzes of the epidemiological risk of malaria and in its prediction with climate change

    Modélisation des patrons spatiotemporels de l’émergence de la maladie de Lyme au Québec

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    La maladie de Lyme est une problématique d’actualité au Québec. Son émergence depuis la dernière décennie est vraisemblablement associée à des facteurs environnementaux et anthropiques qui favorisent la survie d’Ixodes scapularis et augmentent les risques d’exposition à ce vecteur de la maladie de Lyme. L’objectif de ce mémoire était d’estimer la vitesse et la direction de l’émergence de la maladie de Lyme au Québec et d’identifier les risques spatiotemporels. Une analyse de surface de tendance a été effectuée pour estimer la vitesse et la direction de son émergence en tenant compte du premier cas déclaré de maladie de Lyme pour chaque municipalité depuis 2004. Une analyse d’agrégats a aussi été effectuée pour identifier les régions à risque dans l’espace et le temps. Ces analyses ont été réalisées à la fois pour la date du début des symptômes et la date de déclaration de chaque cas de maladie de Lyme. Il est estimé que la maladie de Lyme se propage vers le nord du Québec à une vitesse variant entre 16 et 32 km/année selon la date de déclaration et la date de début des symptômes, respectivement. Un taux élevé de risque de maladie a été identifié dans sept agrégats au sud-ouest du Québec dans les régions sociosanitaires de la Montérégie et de l’Estrie. Les résultats obtenus dans cette étude amélioreront notre compréhension des patrons spatiotemporels de la maladie de Lyme au Québec, et pourront être utilisés dans des interventions proactives et ciblées par les autorités cliniques et de la santé publique.Lyme disease is a current public health threat in Quebec. Its emergence over the last decade is likely caused by environmental and anthropological factors that favour the survival of Ixodes scapularis and increase the risk of exposure to this Lyme disease vector. The objective of this thesis was to estimate the speed and direction of Lyme disease emergence in Quebec and to identify spatiotemporal risk. A surface trend analysis was conducted to estimate the speed and direction of its emergence based upon the first detected case of Lyme disease in each municipality since 2004. A cluster analysis was also conducted to identify at-risk regions across space and time. These analyses were reproduced for the date of disease onset and date of notification for each case of Lyme disease. It was estimated that Lyme disease is spreading northward in Quebec at a speed varying between 16 and 32 km/year according to the date of notification and the date of disease onset, respectively. A high rate of disease risk was found in seven clusters identified in the south-west of Quebec in the sociosanitary regions of Montérégie and Estrie. The results obtained in this study improve our understanding of the spatiotemporal patterns of Lyme disease in Quebec, that can be used for proactive, targeted interventions by public and clinical health authorities

    Communication des changements climatiques : le cadrage santé peut-il accroître l'engagement de la population au Québec?

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    Bien que les impacts des changements climatiques se ressentent de plus en plus, une réponse concertée tarde à voir le jour à l’international. Pour surmonter ces impasses diplomatiques, plusieurs considèrent que la mobilisation de la population pourrait être la clé. C’est pourquoi un nombre croissant de chercheurs se penchent sur l’étude des cadrages des changements climatiques. Ces études suggèrent qu'il serait effectivement possible d'influencer la volonté d'agir des citoyens selon la présentation de l’information. Cependant, peu d'études expérimentales ont été menées, notamment au Canada. Pour combler cette lacune, la présente étude visait à identifier les meilleures façons de communiquer au sujet des changements climatiques actuellement au Québec afin de favoriser l'engagement de la population. Plus précisément, nous souhaitions voir si le fait d'informer la population des impacts sanitaires locaux des changements climatiques augmenterait son soutien aux politiques climatiques, et ce, en diminuant la distance psychologique des changements climatiques. Nous avons donc mené un sondage expérimental en utilisant un échantillon par quotas d'adultes québécois (n = 3 900). Les participants ont été répartis au hasard, soit dans un groupe contrôle qui n'a reçu aucune information, soit dans l'un des groupes de traitement qui a lu un bref essai sur les impacts économiques ou sanitaires des changements climatiques au Québec attribué à l'un des messagers suivants : médecin, économiste, climatologue ou écologiste. Les participants devaient répondre à des questions avant et immédiatement après la lecture de chaque essai. En analysant les différents groupes, nous avons observé que, même si l'exposition au cadrage santé n'a pas augmenté le soutien aux politiques climatiques dans notre échantillon, elle a diminué la distance psychologique des changements climatiques (β = -0.036; IC 95 % -0.060,-0.012; p<0.01). Ce résultat est prometteur, car la diminution de la distance psychologique des changements climatiques pourrait effectivement favoriser l'engagement de la population.Although our knowledge of the impacts of climate change is growing, a concerted international response is slow to emerge. According to many, we could overcome these diplomatic impasses by increasing political pressure through public engagement. Researchers are now studying how to frame climate change to influence citizens' beliefs and willingness to take action. However, few experimental studies have been conducted, particularly in Canada. To fill this gap, this study aimed to identify the best ways of communicating climate change currently in Quebec to foster greater engagement among the general population. More precisely, we wanted to see if informing the population on the local health impacts of climate change would increase their support for climate policies by diminishing the psychological distance of climate change. Hence, we conducted an experimental survey using a quota sample of Quebec adults (n = 3 900). Participants were randomly assigned to either a control group that received no additional information or to one of the treatment groups that read a brief essay on the economic or health impacts of climate change in Quebec that was attributed to one of the following messengers: a doctor, economist, climate scientist, or environmentalist. Participants answered questions before and immediately after reading their assigned treatment. In the regression analysis, we found that, even though exposure to a health message did not increase climate policy support, it did decrease the psychological distance of climate change (β = -0.036; 95 % CI -0.060,-0.012; p<0.01). This result is promising as diminishing the psychological distance of climate change could indeed foster greater public engagement

    Distribution des manifestations cliniques parmi les personnes ayant un diagnostic de neurocysticercose : revue systématique et méta-analyse (2008-2023) et mise à jour (1990-2008)

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    Contexte : La neurocysticercose est une zoonose tropicale négligée dont le fardeau mondial n’a pas été mis à jour depuis 2015. Afin d’estimer son fardeau, les fréquences des différentes manifestations et mortalité associées à cette maladie sont requises. Les premières estimations de ces deux paramètres avaient été rapportées pour la période allant de 1990 à 2008 à travers une revue systématique et méta-analyse publiée en 2011. Méthode : Une nouvelle revue systématique avec méta-analyse a été menée afin d’estimer les fréquences observées chez les personnes ayant la neurocysticercose au cours des quinze dernières années. Une mise à jour de ces estimations pour la période de la précédente revue a également été effectuée. Résultats : Les titres et résumés de 16 365 références ont été revus pour la période 1990-2008 et 20 417 pour celle de 2008-2023. L’intégralité des textes de 962 et 418 articles a été évaluée donnant lieu à 48 et 63 articles inclus pour ces deux périodes respectives. Dans l’ensemble, les fréquences des symptômes et signes cliniques restaient similaires entre les deux périodes avec les crises épileptiques et les céphalées étant les plus fréquentes. Les céphalées et les troubles des fonctions cérébrales supérieures étaient néanmoins en augmentation durant ces 15 dernières années. Les données concernant la mortalité n’ont pas pu être quantitativement analysées en raison d’une hétérogénéité trop conséquente entre les études soulevant un manque d’études sur ce sujet. Conclusion : Le nombre conséquent d’articles inclus a permis de présenter un meilleur portrait clinique de la neurocysticercose.Background: Neurocysticercosis (NCC) is a neglected tropical disease for which the global burden has not been updated since 2015. To estimate the burden of this disease, the frequencies of the various NCC-associated symptoms, clinical signs and mortality are required. The first estimates of these three parameters were reported for the period from 1990 to 2008 through a systematic review and meta-analysis. Method: A new systematic review with meta-analysis was carried out to estimate the frequencies of clinical manifestations and signs, as well as mortality, observed in people with NCC over the last 15 years. Estimates from 1990 to 2008 were also updated. Results: 16,365 titles and abstracts were screened for the 1990-2008 period. For the 2008-2023 period, it reached a total of 20,417. The full texts of 962 and 418 articles were evaluated, resulting in 48 and 63 articles respectively for these two periods. In general, the frequencies of clinical symptoms and signs remained similar between the two periods, with epileptic seizures and headaches being the most frequent. However, headaches and higher brain functions impairments have increased over the last 15 years. Mortality data could not be quantitatively analyzed due to important heterogeneity between studies highlighting a lack of study on mortality among people with neurocysticercosis. Conclusion: The large number of articles included permitted to dress a better clinical portrait of neurocysticercosis

    Trajectoires de la détresse psychologique et des perturbations sociales chez des enfants et des adolescents vivant à Montréal au cours de la pandémie de COVID-19

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    Contexte : La pandémie de COVID-19 a perturbé la vie des jeunes, mais la plupart des études n'ont pas pris en compte la diversité des trajectoires psychologiques ni leur évolution. Cette étude visait à estimer la prévalence de la détresse psychologique chez les jeunes, à modéliser les trajectoires de détresse parmi les différentes classes latentes pendant et après la pandémie et à identifier les déterminants associés à ces classes. Méthodologie : L'étude EnCORE a suivi des enfants et des adolescents âgés de 2 à 17 ans au cours de cinq vagues de collecte de données (octobre 2020–mai 2023). La santé mentale a été évaluée à l’aide du supplément d’impact du Strengths and Difficulties Questionnaire. Des données sociodémographiques et sur les habitudes de vie ont également été recueillies. Des modèles de croissance à classes latentes (growth mixture models) ont identifié des classes distinctes de trajectoire de détresse et des régressions logistiques multinomiales ont identifié les déterminants associés à chaque classe. Résultats : La prévalence de la détresse variait de 10,4% à 19,5% au cours des cinq vagues. Parmi les 884 participants, trois classes ont été identifiées: Aucune détresse (81,1%), Légère Détresse (11,0%) et Détresse importante (7,9%). Les adolescents plus âgés étaient plus susceptibles d’appartenir à l’une des classes de détresse (OR [IC95%] Légère: 1,10 [1,04-1,15] ; Importante: 1,15 [1,08-1,22]), tandis que les jeunes dont les parents étaient plus instruits étaient moins susceptibles (baccalauréat Légère: 0,56 [0,33-0,95]; Importante: 0,34 [0,18-0,62] ; maîtrise ou plus Légère: 0,43 [0,25-0,76]; Importante: 0,37 [0,20-0,68]). Plusieurs facteurs liés au mode de vie, tels que les habitudes alimentaires, les interactions en personne, la durée du sommeil, l’activité physique et l’utilisation des réseaux sociaux, ont été identifiés comme des déterminants significatifs d’appartenance aux classes de détresse par rapport à la classe Aucune détresse. Conclusion : Les jeunes ont suivi des trajectoires distinctes de détresse psychologique pendant et après la pandémie de COVID-19. Comprendre les facteurs associés à ces trajectoires peut permettre de mieux orienter les stratégies de promotion et de prévention en santé mentale.Background: The COVID-19 pandemic disrupted young people's lives, yet most research has not considered diverse psychological trajectories or how they evolve. This study aimed to estimate the prevalence of psychological distress in youth, model distress trajectories among latent classes throughout and following the pandemic, and identify determinants associated with these classes. Methodology: The EnCORE study followed children aged 2 to 17 years across five data collection waves (October 2020–May 2023). Mental health was assessed using the impact supplement of the Strengths and Difficulties Questionnaire. Sociodemographic and lifestyle data were also collected. Growth mixture models identified distinct distress trajectory classes and multinomial logistic regressions identified determinants associated with each class. Results: Distress prevalence ranged from 10.4% to 19.5% across the five waves. Among the 884 participants, three classes were identified: No Distress (81.1%), Mild Distress (11.0%), and Important Distress (7.9%). Older adolescents were more likely to belong to a distress class (OR [95%CI] Mild: 1.10 [1.04-1.15]; Important: 1.15 [1.08-1.22]), while youth with more educated parents were less likely (OR [95%CI] Bachelor's degree Mild: 0.56 [0.33-0.95]; Important: 0.34 [0.18-0.62]) (Master's degree or higher Mild: 0.43 [0.25-0.76]; Important: 0.37 [0.20-0.68]). Lifestyle factors, such as eating habits, in-person interactions, sleep duration, physical activity, and social media use, were identified as significant determinants of membership in the distress classes compared to the No Distress class. Conclusion: Youth followed distinct psychological distress trajectories throughout and after the COVID-19 pandemic. Understanding the factors associated with these trajectories can inform more effective mental health promotion and prevention strategies

    Modélisation spatio-temporelle de l’évolution de la dengue en lien avec des prédicteurs environnementaux dans le département de Méta en Colombie entre 2011 et 2019

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    Contexte : La dengue est une fièvre ayant pris davantage d’ampleur dans plusieurs régions du monde à climat tropical, dont le département Méta en Colombie, un lieu endémique dans la dernière décennie. Sachant que la propagation de cette maladie est entièrement dépendante des sites de reproduction du vecteur de transmission Aedes, l’investigation de prédicteurs environnementaux les affectant nous semblait pertinente d’un point de vue épidémiologique. Notre étude vise des retombées sur un plan de surveillance de santé publique et l’élaboration de programmes basés sur des observations temporelles et spatiales. Objectifs : Décrire la distribution spatio-temporelle de la dengue dans les 29 municipalités de Méta selon des prédicteurs environnementaux, soit les précipitations, la température ambiante, la température du point de rosée et la pression au niveau de la mer dans le cadre d’une étude écologique. Méthodes : Des données de surveillance SIVIGILA, de télédétection ainsi que de recensement DANE des 29 municipalités du département de Méta entre 2011 et 2019 ont été utilisées pour étudier l’association entre la dengue et les prédicteurs environnementaux. La modélisation de ces associations a été effectuée à l’aide d’un modèle de Markov cachés à changement de régime. Résultats : Des associations positives importantes ont été détectées entre les précipitations et l’incidence de la dengue atteignant des risques relatifs élevés (RR=1.97 à El Calvario à un décalage de 5 semaines ; RR=1.61 à San Juanito à un décalage de 20 semaines). La température ambiante et la température du point de rosée ont suivi en matière de pertinence n’excédant pas des RR de 1.11 pour la maladie. Or, la pression au niveau de la mer n’a pas présenté des résultats concluants. Selon les différents aspects étudiés dans les nombreuses cartes de ce mémoire, nous avons observé une dépendance géographique répétée à l’ouest du département. Conclusion : Nos conclusions recommandent qu’une attention particulière de la santé publique doit s’imposer quant à la prévention de la dengue en saison pluvieuse dans le Meta. Les hausses des valeurs de température ambiante et de la température du point de rosée peuvent expliquer certaines augmentations de l’incidence et incitent donc à la surveillance de ces paramètres également. À noter que nos résultats ont possiblement pu être influencés par un biais d’information et un biais de confusion.Context: Dengue is a type of fever that has significantly spread in several regions of the world characterized by a tropical climate, including the Meta department in Colombia, which seemed to be an endemic place in the last decade. Knowing that the spread of this disease is entirely dependent on the reproduction sites of the Aedes transmission vector, the study of environmental predictors affecting those sites seemed relevant from an epidemiological point of view. Our study aims to add to the knowledge that can be used for public health surveillance and program elaboration based on temporal and spatial observations of dengue patterns within the region. Objectives: To describe the spatiotemporal distribution of dengue fever in the 29 municipalities of Meta according to its environmental predictors (i.e. precipitation, ambient temperature, dew point temperature and pressure at sea level) within the framework of an ecological study. Methods: SIVIGILA surveillance, remote sensing and DANE census data from 29 municipalities in the Meta department between 2011 and 2019 were used to study the association between dengue fever and environmental predictors. These associations were modeled using a regime-switching hidden Markov model. Results: Significant positive associations were detected between rainfall and dengue incidence reaching high relative risks (RR=1.97 in El Calvario at a 5-week lag; RR=1.61 in San Juanito at a 20-week lag). Ambient temperature and dew point temperature followed in terms of relevance not exceeding RRs of 1.11 for disease. However, pressure at sea level did not show conclusive results. According to the different aspects studied in the many geographical maps of this thesis, we observed a repeated geographical dependence in the west of the department. Conclusion: We recommend that special public health attention should be given to the prevention of dengue fever in the rainy season in Meta. Increases in ambient temperature values and dew point temperature may explain some increases in incidence and therefore prompt monitoring of these parameters as well. It should be noted that our results may have been influenced by an information bias and confusion bias

    Distribution spatio-temporelle de l’incidence de la COVID-19 selon des déterminants socio-économiques et sociodémographiques

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    Contexte : Des études ont identifié des disparités entre l’incidence de la COVID-19 et des facteurs socio-économiques et sociodémographiques, mais il y a seulement quelques études de cohorte basées sur des données de surveillance au Québec. Cette thèse visait à estimer l'incidence de la COVID-19 en fonction de caractéristiques socio-économiques et sociodémographiques selon les différentes vagues de la pandémie au Québec. Méthodes : Cette étude de cohorte populationnelle a été menée au Québec, du 25 février 2020 au 4 décembre 2021, en utilisant des données de surveillance provinciales. Des régressions binomiales négatives ont été utilisées pour estimer les taux d’incidence et les ratios de taux d’incidence (RTI). Des analyses écologiques ont été appliquées par vague, et des analyses au niveau individuel ont été stratifiées par vague et par milieu (rural, urbain). Résultats : Au cours des quatre premières vagues, 450 476 cas ont été recensés au Québec. À la première vague, les régions plus défavorisées en composition ethnoculturelle (RTI, 1,75; IC 95% [0,90; 3,37]) et plus favorisées en vulnérabilité situationnelle (RTI, 0,35; IC 95% [0,11; 1,09]; quintiles 4 et 5) présentaient une incidence de COVID-19 plus élevée. À partir de la deuxième vague, l’âge avancé (65 ans et plus) était un facteur de protection contre la COVID-19 (RTI, 0,42; IC 95% [0,31; 0,57]; urbain), tandis que les adolescents (15-24 ans) étaient à risque (RTI, 1,55; IC 95% [1,21; 2,00]; urbain). Durant les vagues 1 et 2, le statut de travailleur de la santé (TdeS) était un facteur de risque (RTI, 6,55; IC 95% [4,64; 9,25]; urbain vague 1), puis est devenu un facteur de protection (RTI, 0,54; IC 95% [0,41; 0,73]; urbain vague 4). Comparativement aux zones urbaines, un risque plus élevé a été identifié en milieu rural pour les TdeS et ceux ayant une vulnérabilité situationnelle défavorisée. Conclusion : Dans cette étude, deux niveaux d'analyse ont offert des informations complémentaires. Des disparités ont été observées entre les zones rurales et urbaines, notamment en ce qui concerne la profession et la vulnérabilité situationnelle.Background: Studies have identified disparities between COVID-19 incidence and socioeconomic and sociodemographic factors, but there are only a few city-wide cohort studies based on surveillance data in Québec. The aim of this thesis was to estimate COVID-19 incidence based on socio-economic and socio-demographic characteristics according to the different waves of the pandemic in Québec. Methods: This population-based cohort study was conducted in Québec, from February 25, 2020, to December 4, 2021, using provincial surveillance data. Negative binomial regressions were used to estimate COVID-19 incidence and incidence rate ratios (IRR). Ecological analyses were applied per wave, and subject-level analyses were stratified per wave and setting (rural, urban). Results: During the first four waves, 450,476 cases were reported in Québec. At wave 1, regions more disadvantaged in ethnocultural composition (IRR, 1.75; 95% CI [0.90; 3.37]) and less disadvantaged in situational vulnerability (IRR, 0.35; 95% CI [0.11; 1.09]; quintiles 4 and 5) had higher incidence. Older age was a protection factor against COVID-19 from the second wave onward in all areas (IRR, 0.42; 95% CI [0.31; 0.57]; urban), while adolescents (15-24) were at greater risk (IRR, 1.55; 95% CI [1.21; 2.00]; urban). During waves 1 and 2, healthcare worker (HCW) status was a risk factor (IRR, 6.55; 95% CI [4.64; 9.25]; urban wave 1), and later became a protection factor (IRR, 0.54; 95% CI [0.41; 0.73]; urban wave 4). Compared to urban areas, higher risk was identified in rural areas for HCWs and those with disadvantaged situational vulnerability. Conclusion: In this study, two different levels of analysis offered complementary information. Disparities were observed between rural and urban areas, particularly regarding the occupation and situational vulnerability

    Modélisation des patrons spatiotemporels de l’émergence de la maladie de Lyme au Québec

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    La maladie de Lyme est une problématique d’actualité au Québec. Son émergence depuis la dernière décennie est vraisemblablement associée à des facteurs environnementaux et anthropiques qui favorisent la survie d’Ixodes scapularis et augmentent les risques d’exposition à ce vecteur de la maladie de Lyme. L’objectif de ce mémoire était d’estimer la vitesse et la direction de l’émergence de la maladie de Lyme au Québec et d’identifier les risques spatiotemporels. Une analyse de surface de tendance a été effectuée pour estimer la vitesse et la direction de son émergence en tenant compte du premier cas déclaré de maladie de Lyme pour chaque municipalité depuis 2004. Une analyse d’agrégats a aussi été effectuée pour identifier les régions à risque dans l’espace et le temps. Ces analyses ont été réalisées à la fois pour la date du début des symptômes et la date de déclaration de chaque cas de maladie de Lyme. Il est estimé que la maladie de Lyme se propage vers le nord du Québec à une vitesse variant entre 16 et 32 km/année selon la date de déclaration et la date de début des symptômes, respectivement. Un taux élevé de risque de maladie a été identifié dans sept agrégats au sud-ouest du Québec dans les régions sociosanitaires de la Montérégie et de l’Estrie. Les résultats obtenus dans cette étude amélioreront notre compréhension des patrons spatiotemporels de la maladie de Lyme au Québec, et pourront être utilisés dans des interventions proactives et ciblées par les autorités cliniques et de la santé publique.Lyme disease is a current public health threat in Quebec. Its emergence over the last decade is likely caused by environmental and anthropological factors that favour the survival of Ixodes scapularis and increase the risk of exposure to this Lyme disease vector. The objective of this thesis was to estimate the speed and direction of Lyme disease emergence in Quebec and to identify spatiotemporal risk. A surface trend analysis was conducted to estimate the speed and direction of its emergence based upon the first detected case of Lyme disease in each municipality since 2004. A cluster analysis was also conducted to identify at-risk regions across space and time. These analyses were reproduced for the date of disease onset and date of notification for each case of Lyme disease. It was estimated that Lyme disease is spreading northward in Quebec at a speed varying between 16 and 32 km/year according to the date of notification and the date of disease onset, respectively. A high rate of disease risk was found in seven clusters identified in the south-west of Quebec in the sociosanitary regions of Montérégie and Estrie. The results obtained in this study improve our understanding of the spatiotemporal patterns of Lyme disease in Quebec, that can be used for proactive, targeted interventions by public and clinical health authorities
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