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PKA-mediated phosphorylation regulates the function of activation-induced deaminase (AID) in B cells.
No full textDuring humoral immune responses, two distinct genetic modification events diversify the Ig genes in germinal center (GC) B cells: somatic hypermutation and class switch recombination (CSR). Both processes require the activity of activation-induced cytidine deaminase (AID), an enzyme expressed specifically in GC B cells. However, the mechanisms that regulate AID activity are largely unknown. Here we report that protein kinase A (PKA) phosphorylates AID and regulates its activity in GC B cells. AID physically interacts with the PKA holoenzyme in the cytoplasm and is phosphorylated by the PKA catalytic subunit at specific residues. AID phosphorylation is required for CSR, because substitution of the two phosphorylation targets impairs its ability to rescue CSR in AID-deficient B cells. Pharmacologic inhibition of PKA prevents isotype class switching in a murine B-cell lymphoma cell line; conversely, B cells from mice where PKA activity is made constitutive by conditional deletion of the PKA regulatory subunit gene display enhanced CSR. These findings implicate PKA in the regulation of AID function and suggest that the control of T cell-dependent immune responses may be modulated, via AID, by signals that activate PKA
Testing spectral models for stellar populations with star clusters – II. Results
No full text20 pages, 16 figures, 8 tables.-- Articles online in advance of print.-- Pre-print archive.High spectral resolution evolutionary synthesis models have become a routinely used ingredient in extragalactic work, and as such deserve thorough testing. Star clusters are ideal laboratories for such tests. This paper applies the spectral fitting methodology outlined in Paper I to a sample of clusters, mainly from the Magellanic Clouds and spanning a wide range in age and metallicity, fitting their integrated light spectra with a suite of modern evolutionary synthesis models for single stellar population. The combinations of model plus spectral library employed in this investigation are Galaxev/STELIB, Vazdekis/MILES, SED@/GRANADA, and Galaxev/MILES+GRANADA, which provide a representative sample of models currently available for spectral fitting work. A series of empirical tests are performed with these models, comparing the quality of the spectral fits and the values of age, metallicity and extinction obtained with each of them. A comparison is also made between the properties derived from these spectral fits and literature data on these nearby, well studied clusters. These comparisons are done with the general goal of providing useful feedback for model makers, as well as guidance to the users of such models. We find that new generation of models using the GRANADA and MILES libraries are superior to STELIB-based models both in terms of spectral fit quality and regarding the accuracy with which age and metallicity are retrieved. Accuracies of about 0.1 dex in age and 0.3 dex in metallicity can be achieved as long as the models are not extrapolated beyond their expected range of validity.This work has been funded with support from the Spanish Ministerio
de Educación y Ciencia through the grants AYA2007-64712,
and cofinanced with FEDER funds. We
also thank support from a joint CNPq-CSIC bilateral collaboration
grant.Peer reviewe
Transformation of ionic liquid into carbon nanotubes in confined nanospace
No full textWe have developed a two-step filling process for the nano-reaction of ionic liquid in a tip-closed SWNT, where fullerenes are inserted at the end of the host SWNT as a plug to prevent the leakage of the confined ionic liquid during heat treatment
Vista y plano de Toledo
No full textIn View and plan of Toledo, a faithful representation of the city and homage to it, the vision of the Virgin as well as the nude on the left, allegory of the river Tagus, sustenance of the life of the region represented by the youth clothed in olive-green, all are casual images presented in the sky, on the earth and in the thicket. El Greco’s imagination operates with almost mathematical rigour. A genealogical link can be traced between Jesus’ tunic in the Modena-Triptych, the tunic of the kneeled angel of the Baptism of the Prado and the chasuble carried by the Virgin in Vista y plano. The composition of the picture is related to the Adoration of the first period, repeating the youth with the map the same role of Saint Jerome with the Vulgata.En Vista y plano de Toledo, que es fiel retrato y homenaje a la ciudad, tanto la visión de la Virgen como el desnudo de la izquierda, alegoría del río Tajo, sustento básico para la vida de la región representada por el joven de la derecha, son imágenes casuales aparecidas en el cielo, en la tierra y en los matorrales. La fantasía grequiana opera con un rigor casi matemático. Se observa una genealogía establecida entre la túnica de Jesús del Tríptico de Módena, la del ángel arrodillado del Bautismo del Prado y la casulla portada por la Virgen en Vista y plano. La composición de Vista y plano está relacionada con la Adoración de la primera época toledana, estableciendo un vínculo entre el joven con el plano y san Jerónimo con la Vulgata
Reply to Comment on Watanabe, A.; Kadota, Y.; Yokoyama, H.; Tsuruda, S.; Kamio, R.; Tochio, T.; Shimomura, Y.; Kitaura, Y. Experimental Determination of the Threshold Dose for Bifidogenic Activity of Dietary 1-Kestose in Rats. Foods 2020, 9, 4
No full textThe manuscript entitled “Comment on Experimental Determination of the Threshold Dose for Bifidogenic Activity of Dietary 1-Kestose in Rats” by Shen et al [...
Reconstruction of primordial fluctuations from galaxy catalogs with higher order hamiltonian sampling
No full textLas diferentes estructuras que observamos en el Universo son el resultado de la evolución de
las semillas primordiales, cuyo origen se cree que proviene de fluctuaciones cuánticas. En un
período de inflación cósmica, estas fluctuaciones microscópicas fueron amplificadas en una fase de
muy rápida expansión apenas 10−36 segundos después del Big Bang, dando lugar a un Universo
prácticamente homogéneo y altamente gausiano. Sin embargo, en algunas regiones, la densidad
era ligeramente superior a la media, produciéndose inestabilidades gravitacionales, haciendo que
estos picos de densidad atrajesen más materia de sus alrededores. De esta manera, se originó la
compleja red cósmica que observamos en surveys galácticos, la cual está compuesta por la agrupación
de cúmulos de galaxias en nodos y filamentos, y grandes vacíos cósmicos. La evolución
de las fluctuaciones primordiales se puede describir con las ecuaciones de un fluido, haciendo uso
de la teoría de perturbaciones en un sistema de referencia Lagrangiano (teoría de perturbaciones
Lagrangiana), que resulta ser muy útil para describir la formación de la red cósmica. Dentro de
la estructura a gran escala podemos diferenciar dos regiones: aquella a grandes escalas, donde
la evolución de las fluctuaciones primordiales sigue aproximadamente un crecimiento lineal, y a
escalas intermedias y pequeñas, donde la gravedad es no lineal. En este régimen no lineal, la
gravedad acopla distintos modos del espacio de Fourier por ser una interacción de largo alcance
y altera la distribución gausiana primordial, introduciendo desviaciones importantes de una distribución
simétrica normal. Esto hace muy complejo el análisis de la estructura a gran escala,
requiriéndose, para ello, técnicas avanzadas que nos permitan caracterizar la red cósmica.
En este contexto, escogemos una descripción Bayesiana, construyendo la función de probabilidad
posterior que se quiere muestrear como el producto de un prior, describiendo la distribución
continua de la materia oscura, y una likelihood, describiendo la distribución discreta de las
galaxias. Esto nos permite, en un principio, obtener los campos de materia oscura que son
compatibles con un catálogo de galaxias. Para ello, se requiere elegir unas funciones de probabilidad
concretas, incluyendo un modelo de formación de estructuras que relacione el campo de
densidad primordial con el evolucionado gravitacionalmente y una técnica concreta de muestreo
estadístico.
Comenzamos, en primer lugar, considerando un problema simplificado, en el cual asumimos
un modelo de formación de estructuras donde el logaritmo del campo de densidad de la materia
oscura sigue una distribución gausiana (modelo lognormal). La distribución de galaxias
se asume que sigue una distribución poisoniana. En este proyecto se ha empleado el código
ARGO, que utiliza una técnica de muestreo híbrida de cadenas de Markov basada en Hamiltonian
sampling. Esta técnica tiene la ventaja de ser capaz de muestrear funciones de probabilidad
arbitrarias (incluyendo no gausianas) y de forma eficiente, usando los gradientes de los potenciales
determinados por la función posterior. Para ello, se define la energía potencial como el
negativo del logaritmo de la función posterior que queremos muestrear y la energía cinética
referida a unos momentos que son artificialmente introducidos en el método para posibilitar el
muestreo aleatorio. Estos tienen la ventaja de ser descritos por una simple gausiana. El método
consiste en muestrear la probabilidad conjunta de la señal que queremos reconstruir (los campos
de materia oscura), que en la analogía hamiltoniana representan las posiciones; y los momentos.
La marginalización del muestreo con respecto a los momentos, se logra despreciándolos de la
iteración anterior en la cadena de Markov, introduciendo nuevos valores de los mismos en cada
iteración de acuerdo a una gausiana con una matriz de covarianza determinada por la masa.
El sistema de posiciones y momentos se evoluciona de acuerdo con las ecuaciones de Hamilton,
que se resuelven de manera discreta y se van aceptando o rechazando en un paso de MetropolisHastings.
Para la conservación del volumen del espacio de las fases se usa un esquema discreto
de Leapfrog, hasta ahora considerado sólo hasta segundo orden. En este trabajo, hemos implementado
por primera vez en el campo de la cosmología estructura a gran escala, esquemas de
Leapfrog de mayor orden. En concreto, nos enfocamos en el cuarto orden, aunque el marco teórico
que introducimos admite órdenes mayores. Esto nos permite evolucionar el sistema hamiltoniano
con pasos mucho más amplios que a segundo orden y obtener una mayor aceptación de las
iteraciones. Todo esto se traduce en un incremento de la eficiencia del método por un factor 18
en la convergencia de la cadena de Markov, en términos de tiempo computacional, requiriendo
dos órdenes de magnitud menos iteraciones que en el caso anterior. Además, obtenemos una
longitud de correlación entre los campos de materia muestreados de unas 10 iteraciones frente a
las ∼ 300 requeridas en el método a segundo orden. Esto implica que podemos obtener muestras
independientes cada 10 iteraciones una vez se alcanza la convergencia en unas 30 iteraciones.
En un segundo estudio, usamos el código BIRTH, que incluye teoría de perturbación lagrangiana
para la reconstrucción de las fluctuaciones primordiales, y lo aplicamos a un problema realista
con un catálogo de galaxias emulando las galaxias rojas luminosas CMASS de BOSS final data
release. Este catálogo incluye evolución cósmica en el cono de luz, velocidades peculiares de las
galaxias, geometría del survey y función de selección radial. Para este código, obtenemos los
mismos resultados en términos de eficiencia global que en el caso simplificado con el Leapfrog de
cuarto orden.
A partir de una reconstrucción del campo primordial de fluctuaciones obtenida con el código
BIRTH, realizamos una simulación de N-cuerpos con el código PKDGRAV3 hasta z = 0.57, que
corresponde con el redshift medio del catálogo de CMASS. Comprobamos que las estructuras
finales de materia oscura guardan una relación espacial muy similar a las condiciones iniciales
obtenidas a partir del catálogo. Esto nos muestra una de las aplicaciones interesantes del método
desarrollado en este trabajo de fin de máster, dado que nos permitiría una comparación más
directa entre los datos y los modelos. La eficiencia obtenida con el método Hamiltoniano desarrollado
en este trabajo nos permitiría acometer muchos más estudios en un análisis Bayesiano
global, tales como incluir un tratamiento totalmente no lineal de la gravedad en el proceso
iterativo de reconstrucción.The different structures we observe in the Universe result from the cosmic evolution starting from
some primordial seeds. These are believed to have originated from some quantum fluctuations.
During the inflationary epoch, they were stretched and frozen just 10−36 seconds after the Big
Bang, giving rise to an almost homogeneous Universe closely Gaussian distributed. However,
these fluctuations were slightly larger to the mean in some regions, causing gravitational instabilities,
so that density peaks were attractors to their surrounding matter. In this way, a complex
non-Gaussian cosmic web emerged, composed by the clustering of galaxies in knots, filaments
and sheets; and cosmic voids, where the mean density is very low. This makes the analysis of
the large scale structure very complex, so advanced techniques are required to characterize this
cosmic web. We choose, in this context, a Bayesian framework, which allows us to approach
the problem from a robust statistical perspective. We start considering a simplified problem,
assuming a lognormal prior model for the density field and a Poisson likelihood for the galaxy
distribution. Using the ARGO code we are able to sample the posterior resulting from the product
of the prior and likelihood with a hybrid Markov Chain Monte Carlo method: the Hamiltonian
sampling technique. In this way, we obtain a dark matter field in each Markov iteration, which is
statistically compatible with the input galaxy distribution, given the model. In the Hamiltonian
analogy, the dark matter fields represent the positions, and the momenta are artificially introduced
to enable sampling arbitrary posterior distribution functions. They are sampled from a
Gaussian distribution with a given mass. The Hamiltonian system is evolved through the discretized
equations of motions, where the final positions and momenta are accepted or rejected
according to a Metropolis-Hastings step. Until now, a second order Leapfrog scheme has been
used to solve this problem. We explore in this thesis higher order discretizations, focusing, in
particular, on fourth order Leapfrog. The result is a factor 18 faster convergence in terms of
computational time, with respect to the original second order Leapfrog scheme. Moreover, we
obtain a correlation length of about 10 iterations, as opposed to ∼ 300 with the old scheme. This
implies that we can obtain independent samples each 10th iterations once we reach convergence,
which is about 30 iterations, two orders of magnitude less than with the second order algorithm.
In a second study, we used the BIRTH code, which includes Lagrangian perturbation theory
for the reconstruction of the primordial fluctuations. We apply this code, which also relies on
Hamiltonian sampling, to a realistic mock galaxy catalog resembling the BOSS-CMASS final
data release. This catalog includes cosmic evolution in the light-cone, peculiar velocities, survey
geometry, radial selection function. We obtain the same results in terms of global efficiency, as
in the simplified case study, when we implement the fourth order Leapfrog scheme.
Using one of the reconstructed primordial fluctuations with the BIRTH code, we make a constrained
N-body simulation with PKDGRAV3 to z = 0.57, which corresponds to the mean redshift
of CMASS galaxies. We observe a high spatial resemblance between the obtained dark matter
structures and the initial conditions obtained from the catalog. This shows one of the interesting
applications of the method developed in this thesis, as it permits a more direct comparison
between data and models. The efficiency of the higher order Hamiltonian method developed
here will enable us to tackle many more complex studies within a global Bayesian framework,
such as including a full non-linear gravity solver within the iterative reconstruction process
Review of the tomentose lichen of the genus Leptogium (Collemataceae-lichenized Ascomycetes) present in the collection of the Emilio Mahecha forest herbarium - cryptogamic section
No full textSe realizó una revisión taxonómica a los individuos del género Leptogium (Collemataceae-Ascomycetes Liquenizados) con presencia de tomento (Sección Mallotium) que se encuentran registrados en la colección del Herbario Forestal Emilio Mahecha Sección Criptógamas de la Universidad Distrital Francisco José de Caldas UDBC. Se examinaron un total de 1078 ejemplares de los cuales se seleccionaron 224 individuos (con presencia de tomento en alguna superficie), a los cuales se les aplico el protocolo basado en caracteres morfo-anatómicos macro y microscópicos con sus respectivos estados de carácter, propuesto por Cunha & Marcelli 2008, Kitaura & Marcelli 2012. Sobre la base de esta información se evaluó el material a la luz de varias claves taxonómicas generadas en diferentes partes del mundo, en especial las publicadas por Jørgensen 1997 y Kitaura et al 2012, 2013. Como resultado se presenta un total de 14 especies provenientes de 13 Departamentos. Basados en el análisis comparativo entre nuestros individuos y los ejemplares Tipo examinados que fueron publicados en el 2012 por Kitaura & Marcelli, proponemos a las especies Leptogium aff. aciculare P.M. Jørg., Leptogium aff. juressianum Tav, Leptogium aff. eriodermoides Arv. & P.M. Jørg., Leptogium s.p. 1 y Leptogium s.p. 2, como nuevas especies para la ciencia. Se exponen descripciones morfo-anatómicas respaldadas por fotografías macro y microscópicas de las estructuras con mayor relevancia sistemática acompañadas de datos geográficos, ecológicos, históricos y comentarios que permiten diferenciar cada una de las especies. Por último se aporta la primera clave Taxonómica específica para la determinación de especies Colombianas del género Leptogium Sección Mallotium.A taxonomic review was carried out on individuals of the genus Leptogium (Collemataceae-Lichenized Ascomycetes) with the presence of tomentum (Mallotium Section) that are registered in the collection of the Emilio Mahecha Forest Herbarium Section Cryptogams of the Francisco José de Caldas District University UDBC. A total of 1078 specimens were examined from which 224 individuals were selected (with the presence of tomentum on some surface), to which the protocol based on macro and microscopic morpho-anatomical characters with their respective states of character was applied, proposed by Cunha & Marcelli 2008, Kitaura & Marcelli 2012. Based on this information, the material was evaluated in light of various taxonomic clues generated in different parts of the world, especially those published by Jørgensen 1997 and Kitaura et al 2012, 2013. As The result shows a total of 14 species from 13 Departments. Based on the comparative analysis between our individuals and the Type specimens examined that were published in 2012 by Kitaura & Marcelli, we propose Leptogium aff. aciculare P.M. Jørg., Leptogium aff. juressianum Tav, Leptogium aff. eriodermoids Arv. & P.M. Jørg., Leptogium s.p. 1 and Leptogium s.p. 2, as new species for science. Morpho-anatomical descriptions are supported by macro and microscopic photographs of the most systematically relevant structures accompanied by geographic, ecological, historical data and comments that allow differentiating each of the species. Finally, the first specific Taxonomic key is provided for the determination of Colombian species of the genus Leptogium Section Mallotium
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