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Global study of viral domestication in parasitoid insects
No full textL'endogénisation accidentelle d'éléments viraux dans les génomes eucaryotes peut parfois apporter des avantages évolutifs importants, donnant lieu à leur rétention à long terme, c'est-à-dire à la domestication virale. Par exemple, chez certaines guêpes endoparasitoïdes (dont les stades immatures se développent à l'intérieur de leurs hôtes), la propriété de fusion membranaire des virus à ADN double brin a été domestiquée à plusieurs reprises suite à des endogénisations ancestrales. Les gènes endogénisés fournissent aux guêpes femelles un outil pour injecter des facteurs de virulence qui sont essentiels au succès du développement de leur progéniture. Dans ce contexte, mon travail de thèse représente une tentative de clarifier cette relation étroite entre le mode de vie endoparasitoïde et les phénomènes de domestication spécifiques de ces virus. Lors de mes travaux de thèse, nous avons testé l'hypothèse selon laquelle le mode de vie endoparasitoïde aurait favorisé l'endogénisation et la domestication des virus. Pour cela, nous avons analysé 124 génomes d'Hyménoptères répartis dans la diversité des Hyménoptères comprenant des espèces libres et parasitoïdes. Nos analyses mettent en évidences que les virus à ADNdb sont effectivement plus fréquemment endogénisés et domestiqués et qu'ils le sont plus fréquemment dans les génomes de guêpes endoparasitoïdes. Ces résultats impliquent donc que l'endoparasitoïdisme est un facteur qui favorise les évènements de domestications, très probablement puisque les gènes viraux ainsi domestiqués leur permettent d'échapper à l'immunité de l'hôte. Puisque l'endogénisation d'un virus nécessite un contact entre ce virus et l'insecte, nous présumions retrouver des traces de virus encore infectieux chez plusieurs espèces du premier jeu de donnée. Ainsi, en analysant les données de séquençage, nous avons pu identifier plusieurs virus précédemment inconnus chez ces guêpes, y compris des proches parents d'un virus filamenteux précédemment décrit (LbFV) qui manipule le comportement de ponte des guêpes femelles qu'il infecte, favorisant ainsi sa propre transmission. Dans un travail collaboratif avec l'équipe IRBI de Tours, nous avons décrit en détail ces nouveaux virus filamenteux, qui semblent préférentiellement liés au mode de vie des endoparasitoïdes. En outre, nous proposons qu'ils forment une nouvelle famille virale, que nous recommandons de nommer Filamentoviridae. En combinant les résultats des deux recherches précédentes, nous présentons dans le troisième projet un exemple concret d'une interaction étroite entre un de ces virus filamenteux et une lignée de guêpes endoparasitoïdes de la tribu Eucoilini qui a conduit à la domestication de ce virus il y a 75 millions d'années. Autour de cette période, les hôtes de ces guêpes ont commencé à se diversifier, indiquant que la domestication de ces virus a probablement eu un rôle important dans la capacité de ces guêpes à s'adapter à leurs hôtes. En conclusion, ces découvertes nous ont permis de mieux appréhender l'histoire évolutive des virus à ADNdb et leurs liens privilégiés avec les guêpes endoparasitoïdes. Par ailleurs, l'implication des Filamentoviridae dans la biologie des Eucoilini soulève la question de leur rôle dans la biologie d'autres espèces d'endoparasitoïdes, que ce soit via une manipulation comportementale ou une domestication intra-génomique.The accidental endogenisation of viral elements in eukaryotic genomes can sometimes provide important evolutionary advantages, leading to their long-term retention, i.e. viral domestication. For example, in some endoparasitoid wasps (whose immature stages develop inside their hosts), the membrane-fusion property of double-stranded DNA viruses has been domesticated repeatedly as a result of ancestral endogenisations. Endogenised genes provide female wasps with a tool to inject virulence factors that are essential for the successful development of their offspring. In this context, my thesis work represents an attempt to clarify this close relationship between the endoparasitoid lifestyle and the specific domestication phenomena of these viruses. In my thesis work, we tested the hypothesis that the endoparasitoid lifestyle favoured the endogenisation and domestication of viruses. For this purpose, we analysed 124 Hymenoptera genomes distributed in the Hymenoptera diversity including free-living and parasitoid species. Our analyses show that dsDNA viruses are indeed more frequently endogenised and domesticated and that they are more frequently endogenised in the genomes of endoparasitoid wasps. These results imply that endoparasitoidism is a factor that favours domestication events, most likely because the domesticated viral genes allow them to escape host immunity. Since endogenisation of a virus requires contact between the virus and the insect, we assumed that traces of still-infectious virus would be found in several species in the first dataset. Thus, by analysing the sequencing data, we were able to identify several previously unknown viruses in these wasps, including close relatives of a previously described filamentous virus (LbFV) that manipulates the egg-laying behaviour of the female wasps it infects, thereby promoting its own transmission. In a collaborative work with the IRBI team of Tours, we have described in detail these new filamentous viruses, which seem to be preferentially linked to the life style of endoparasitoids. Furthermore, we propose that they form a new viral family, which we recommend to name Filamentoviridae. Combining the results of the two previous research projects, we present in the third project a concrete example of a close interaction between one of these filamentous viruses and a lineage of endoparasitoid wasps of the tribe Eucoilini that led to the domestication of this virus 75 million years ago. Around this time, the hosts of these wasps began to diversify, indicating that the domestication of these viruses probably had an important role in the ability of these wasps to adapt to their hosts. In conclusion, these findings have allowed us to better understand the evolutionary history of dsDNA viruses and their privileged relationship with endoparasitoid wasps. Furthermore, the involvement of Filamentoviridae in the biology of Eucoilini raises the question of their role in the biology of other endoparasitoid species, either through behavioural manipulation or intra-genomic domestication
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Viruses manipulating insect behaviour : prevalence and impact on the structure of host community : example of the association Leptopilina boulardi / LbFV
No full textLes symbioses eucaryotes/micro-organismes constituent une importante source d’innovation évolutive et de diversité écologique. Ces associations sont très répandues chez les insectes, en particulier chez les insectes parasitoïdes (insectes parasites d’autres insectes) qui hébergent en particulier une grande diversité de virus transmis verticalement. Leurs effets directs sur les parasitoïdes ainsi que les effets indirects sur la structure des communautés sont à l’heure actuelle mal compris. Nous avons abordé ces questions au travers l’étude d’un virus héritable (LbFV) ayant la particularité de manipuler le comportement de superparasitisme de son hôte, l’hyménoptère parasitoïde de drosophiles Leptopilina boulardi. La mise au point d’un outil moléculaire diagnostic de l’infection nous a permis de montrer que ce virus, spécifique à L. boulardi, peut atteindre de fortes prévalences dans les populations d’hôtes. Nous avons également mis en évidence un effet de la présence du virus sur les interactions compétitives interspécifiques au sein de la communauté des parasitoïdes de drosophiles. L’approche intégrée de ce travail constitue une étape importante dans la connaissance du rôle des virus héritables sur l’écologie et l’évolution de leurs hôtesEukaryots/microorganisms symbiosis is an important source of evolutionary novelty and ecological diversification. These associations are widespread in insects, particularly in parasitoids (insects that parasitize other insects) where a broad diversity of vertically transmitted viruses are found. However, their direct and indirect effects on host community are poorly understood. In this thesis, we used a system involving a Drosophila parasitoid, Leptopilina boulardi and a heritable virus LbFV that manipulates the behaviour of the parasitoid by increasing its tendency to lay eggs in a host that is already parasitized (superparasitism). Using a viral molecular marker developed in this work, we showed very high prevalences of the virus in L. boulardi populations. Additionally, we found a strong effect of the virus on interspecific competition in the Drosophila parasitoid community. The integrative approach of this work is an important step in understanding the role of heritable viruses in parasitoid ecology and evolutio
Expression and evolution of the extended phenotype in a parasitoid-virus association
No full textL’expression du phénotype des organismes dépend en partie d’organismes symbiotiques avec qui ils sont en interaction étroite. Selon le mode de transmission du symbiote, ce dernier va être en conflit d’intérêt plus ou moins intense avec l’hôte pour l’expression du phénotype, conduisant parfois le symbiote à évoluer vers la manipulation du phénotype de l’hôte. Nous avons tenté d’identifier différents facteurs génétiques et environnementaux influençant l’expression et l’évolution de la manipulation chez l’insecte parasitoïde de larves de drosophiles, Leptopilina boulardi, et son virus manipulateur du comportement, LbFV. Ce virus bénéficie d’une transmission mixte, verticale et horizontale, cette dernière étant favorisée par l’induction de superparasitisme induite par le virus. L’étude de la contribution du génotype du parasitoïde dans l’expression de la manipulation a révélé la présence de gènes de résistance partielle à la manipulation. Le potentiel évolutif de cette résistance a ensuite été évalué par des expériences d’évolution expérimentale. Nous avons également montré que LbFV augmente la virulence du parasitoïde envers les larves de drosophiles, révélant ainsi une évolution vers une forme de mutualisme sur ce trait. Par ailleurs, le travail montre qu’un même parasitoïde peut être non seulement infecté par plusieurs souches du virus LbFV mais également infecté par un virus à ARN, décrit pour la première fois dans cette thèse. La transmission verticale, la prévalence élevée et les forts effets phénotypiques de ce virus soulignent de nouveau l’importance des virus dans l’expression du phénotype en population naturelle.The expression of the phenotype of an individual depends partly on the presence of symbiotic organisms with which it engages in intimate interactions. According to the symbiont’s mode of transmission, the conflict of interest between the host and its symbiont for the expression of the phenotype can be more or less stronger, sometimes leading to the evolution of manipulation of the host phenotype by the symbiont. We attempted to identify different genetic and environmental factors influencing the expression and the evolution of manipulation in the Drosophila parasitoid wasp, Leptopilina boulardi, and its behavior manipulating virus, LbFV. The virus undergoes both vertical and horizontal transmission, the latter being favoured by the induction of superparasitism behaviour by the virus. The study of the contribution of the parasitoid genotype to the expression of the manipulation revealed a polymorphism in the resistance to the manipulation. The evolutionary potential of this resistance was then investigated using a protocol of experimental evolution. We also demonstrated that LbFV increases the virulence of the parasitoid towards its Drosophila host, revealing a form of mutualistic interaction on this trait. Additionally, we showed that an individual parasitoid can be coinfected by several LbFV strains but also by an RNA virus, described for the first time in this thesis. The vertical transmission, the high prevalence and the strong phenotypic effects of this new virus further highlights the importance of viruses in the expression of the phenotype in natural populations
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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