1,720,988 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Lisinas codificadas por profagos de Acinetobacter baumannii
No full textTese de mestrado, Microbiologia Aplicada, 2023, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiênciasAcinetobacter baumannii é um agente patogénico Gram-negativo, oportunista e
responsável pela maioria das infeções nosocomiais em todo o mundo. Nos últimos anos, este
microrganismo tem adquirido resistência aos diversos antibióticos comercializados, sendo
maioritariamente auxiliado pelos seus fatores de virulência, pela excelente capacidade de resistir
à dessecação, desinfeção e stress oxidativo, pela capacidade de formar biofilmes, por se mover
pelas superfícies e por ser capaz de adquirir DNA exógeno. Particularmente, A. baumannii
resistente a carbapenemos (CRAB), foi decretado pela Organização Mundial de Saúde (OMS)
como um microrganismo prioritário que requer atenção e o desenvolvimento imperativo de novas
opções terapêuticas. As (endo)lisinas fágicas apresentam-se como uma opção promissora, uma
vez que são responsáveis por clivar as ligações no peptidoglicano a partir do interior, levando à
lise das células hospedeiras durante o ciclo lítico do fago. Sabe-se que a aplicação de endolisinas
a partir do exterior e diretamente em bactérias Gram-positivas provoca a sua lise e que,
teoricamente, o mesmo não é esperado quando aplicadas em bactérias Gram-negativas devido à
presença da membrana externa. Esta barreira poderá ser ultrapassada através da encapsulação das
endolisinas em lipossomas, tirando partido da fusão desta estrutura com a membrana externa da
bactéria. Contrariamente ao expectável, já foram relatadas algumas lisinas com atividade
bactericida intrínseca direta contra A. baumannii. Os profagos (genomas fágicos integrados) em
genomas de A. baumannii constituem uma fonte acessível para a pesquisa destas proteínas. Da
análise dos 199 genomas de A. baumannii considerados neste projeto, foram detetados 373
profagos putativos e 311 lisinas putativas codificadas na totalidade das regiões profágicas
identificadas. As lisinas selecionadas, AbCWH, AbLyso, AbPepti, AbProte e AbTail, foram
clonadas e expressas com sucesso tendo todas apresentado atividade bactericida contra a bactéria
Gram-positiva Micrococcus luteus. Em particular, AbTail apresentou atividade direta contra A.
baumannii sendo a sua estrutura alvo de análise.Acinetobacter baumannii is a Gram-negative and opportunistic pathogen, responsible for
most nosocomial infections worldwide. In recent years, this microorganism has acquired
resistance to various antibiotics commercialized, being mostly promoted by its virulence factors,
by the excellent ability to resist desiccation, disinfection and oxidative stress, by the ability to
form biofilms, by moving across surfaces and by being able to acquire exogenous DNA. In
particular, carbapenem-resistant A. baumannii, was decreed by the World Health Organization as
a priority microorganism that requires attention and the imperative development of new
therapeutic options. Phage (endo)lysins are a promising option to consider, since they are
responsible for cleaving the peptidoglycan bonds from the inside, leading to lysis of the host cells
during the lytic cycle of the phage. It is known that the application of endolysins from the outside
and directly in Gram-positive bacteria causes its lysis and that, theoretically, the same is not
expected when applied to Gram-negative bacteria due to the presence of the outer membrane.
This barrier can be overcome by encapsulating endolysins in liposomes, taking advantage of the
fusion of this structure with the outer membrane of the bacterium. Contrary to expectations, some
lysins with direct intrinsic bactericidal activity against A. baumannii have been reported. The
prophages (integrated phage genomes) in A. baumannii genomes constitute an accessible source
for the research of these proteins. From the analysis of the 199 genomes of A. baumannii
considered in this project, 373 putative prophages and 311 putative lysins were detected encoded
in all the identified prophagic regions. The selected lysins, AbCWH, AbLyso, AbPepti, AbProte
and AbTail, were cloned and successfully expressed and all presented bactericidal activity against
the Gram-positive bacterium Micrococcus luteus. In particular, AbTail showed direct activity
against A. baumannii being its structure explored later
Campylobacter (pro)phages: comparative genomics and development of phage enzybiotics
No full textTese de mestrado em Biologia Molecular e Genética, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2021A campylobacteriose é a doença gastrointestinal e a zoonose humana mais reportada na União Europeia, originando enormes impactos sanitários, sociais e económicos. Os sintomas incluem diarreia, dores abdominais e/ou febre, e apesar destes durarem apenas alguns dias, as sequelas pós-infecção podem incluir síndrome de Guillain-Barré, artrite reactiva ou doença inflamatória do intestino. As bactérias Gram-negativas Campylobacter coli e C. jejuni são os agentes causadores de campylobacteriose mais reportados, e apesar do uso de antibióticos em casos de campylobacteriose ser restrito a grupos específicos, a tendência crescente de resistência entre isolados destas espécies, especialmente a ciprofloxacina, é extremamente preocupante. De entre as várias potenciais soluções para este problema, as lisinas codificadas por fagos aparecem na primeira linha das mais promissoras armas contra a resistência a antibióticos. As lisinas são enzimas típicas de bacteriófagos que hidrolisam o peptidoglicano bacteriano. No ciclo lítico de infecção bacteriofágica, as lisinas estão ligadas à libertação da descendência por promoverem a lise osmótica do hospedeiro após a replicação e montagem fágicas. Tipicamente pequenas (15-40 kDa) e modulares, as lisinas tendem a ser bastante eficientes, podendo apresentar especificidade ao nível de espécie ou até mesmo de estirpe. Várias estratégias têm sido desenvolvidas no sentido de melhorar a actividade das lisinas e o seu espectro de acção. Apesar da potencialidade das endolisinas no combate à resistência a antibióticos, só se identificaram profagos em genomas de Campylobacter spp. a meio da década passada e, correntemente, ainda não existem muitos bacteriófagos de Campylobacter spp. descritos. A identificação de novos profagos e lisinas é, então, um trabalho da maior importância e para o qual devem ser movidos esforços. Um conjunto de 22 genomas de C. jejuni e 82 genomas de C. coli foi recentemente sequenciado no âmbito deste trabalho. Aqui, utilizámos ferramentas bioinformáticas para identificar regiões profágicas nestes genomas. Durante esta análise, uma região promissora foi identificada em C. coli Cco1598. A revisão detalhada desta região aponta para a identificação do profago Cco1598. Este profago presente em isolados de C. coli parece estar incompleto e ser um homólogo ainda não reportado do profago CJIE2 (do inglês, Campylobacter jejuni integrated element 2) que se encontra presente em C. jejuni. Estudos de indução são necessários para melhor entender a biologia do profago Cco1598, bem como o seu impacto no hospedeiro. Nas restantes regiões profágicas detectadas e num conjunto de 66 genomas de bacteriófagos de Campylobacter spp. disponíveis para livre acesso, foram identificadas 47 endolisinas putativas distintas com potencial biotecnológico. Quatro das lisinas identificadas – duas identificadas nos genomas recentemente sequenciados e duas identificadas em genomas de bacteriófagos -, tal como a lisina Cje_EndoPepM15 anteriormente identificada no nosso laboratório, foram escolhidas como candidatos promissores com estruturas previstas significativamente distintas. As sequências codificantes foram optimizadas para expressão em Escherichia coli, clonadas em vectores de expressão e submetidas a análises laboratoriais tendo em vista o desenvolvimento de enzibióticos. A expressão em E. coli levou à produção de três das lisinas identificadas. Uma delas, Cje_Goose, é produzida em corpos de inclusão e várias condições foram testadas para futura obtenção de quantidades e volumes apreciáveis de enzima solúvel. Apenas duas, Cje_EndoPepM15 e Cje_Lysozyme, foram obtidas em volumes e concentrações apreciáveis. Apesar das várias condições testadas, as duas lisinas identificadas em genomas de bacteriófagos causaram a estagnação e redução da densidade óptica dos hospedeiros de expressão após indução, e não puderam ser avaliadas como potenciais enzibióticos. As três lisinas purificadas demonstraram actividade bactericida directa contra a bactéria Gram-positiva Micrococcus luteus, e actividade hidrolítica indirecta em preparados celulares das bactérias Gram-negativas C. coli 817, C. jejuni 3625 e E. coli RR1. Isto confirma o potencial biotecnológico das lisinas identificadas como armas contra isolados resistentes a antibióticos com um amplo espectro de acção. A aplicação de endolisinas em bactérias Gram-negativas é dificultada pela membrana externa que protege o peptidoglicano da actividade hidrolítica das lisinas fágicas. Neste trabalho, tentámos utilizar a encapsulação das lisinas Cje_EndoPepM15 e Cje_Lysozyme em lipossomas como estratégia para ultrapassar essa barreira. Formulações lipídicas não tóxicas foram testadas, mas não se obtiveram eficiências de incorporação satisfatórias. Não foi detectada actividade bacteriolítica após aplicação de quantidades subóptimas de lisinas encapsuladas contra isolados de Campylobacter spp.. Trabalhos complementares são necessários tendo em vista a transformação das lisinas produzidas em armas efectivas contra isolados de Campylobacter spp. resistentes a antibióticos. Os genomas recém-sequenciados foram submetidos a tipagem molecular recorrendo ao esquema de MLST descrito para isolados de Campylobacter spp.. Confirmando a variabilidade dos genomas de Campylobacter spp., esta tipagem resultou na identificação de duas novas variantes alélicas e oito novos perfis alélicos em onze isolados de C. coli. As novas variações alélicas e novos perfis foram submetidas à base de dados pública para tipagem molecular e diversidade genómica microbiana, PubMLST. Capazes de transformação natural e com um genoma plástico e dinâmico, além de resistência a antibióticos, C. coli e C. jejuni têm sido descritas como estando a passar por eventos de introgressão, i.e. a transferência de material genético entre espécies diferentes, com alguns isolados a compartilharem perto de um quarto do seu genoma, com a consequente partilha de mecanismos moleculares e características fenotípicas coincidentes entre isolados de espécies diferentes. Posto isto, colocámos a hipótese de que bacteriófagos de Campylobacter spp. têm capacidade de realizar saltos entre hospedeiros destas duas espécies, contribuindo para o processo de introgressão. Profagos idênticos ao profago Cco1598 e aos profagos de referência CJIE1 e CJIE4 foram identificados na população de Campylobacter spp. e analisados em relação aos locais de inserção, ao tamanho e cobertura dos fagos-modelo, e em termos de filogenia fágica. A análise dos locais de inserção dos fagos identificados demonstrou que fagos idênticos a CJIE4 e ao profago Cco1598 possuem locais de inserção relativamente conservados. Fagos idênticos a CJIE1 possuem locais de inserção variados, consistente com a capacidade de integração aleatória anteriormente descrita. Comparações de tamanho e cobertura dos profagos identificados sugerem diferenças entre profagos de C. coli e de C. jejuni, apontando para a aquisição destes profagos previamente ao evento de especiação das duas espécies. A análise filogenética confirmou a identidade do profago Cco1598 como homólogo próximo do elemento genético CJIE2. Observações pontuais em profagos idênticos a CJIE4 e ao profago Cco1598 aqui identificado sugerem que saltos bacteriofágicos entre hospedeiros parecem ocorrer no contexto de C. jejuni e C. coli, ainda que sejam fenómenos raros. A generalidade dos resultados aponta para que os profagos estudados tenham sido maioritariamente adquiridos antes do evento de especiação, e evoluído depois em conjunto com o genoma do hospedeiro bacteriano. Estudos adicionais são necessários para clarificar a existência e o papel dos saltos fágicos entre hospedeiros no processo de introgressão. Vários genes com interesse biotecnológico foram rastreados nos profagos identificados. O profago CJIE2, bem como alguns profagos idênticos a CJIE4 e Cco1598, transportam uma endolisina putativa não detectada previamente, representando uma nova fonte de potencial no combate à resistência a antibióticos, e que deve ser submetida a análises laboratoriais. Paralelamente, os genes dns e nucA foram identificados nos fagos encontrados e analisados. Estes genes integram o genoma fágico e codificam para endonucleases extracelulares inibidoras da transformação natural em Campylobacter spp., que potencialmente modula os eventos de introgressão. É interessante que no contexto de profagos idênticos a CJIE1, genes completos são encontrados em profagos de C. jejuni, enquanto que em profagos de C. coli encontram-se maioritariamente versões parciais dos mesmos. Esta realidade pode ser explicativa da aparente direccionalidade dos eventos de introgressão de C. jejuni para C. coli. Um estudo mais detalhado da distribuição destes genes na população de Campylobacter spp. e avaliação da sua actividade são necessários para clarificar o impacto destas endonucleases codificados por fagos no processo de introgressão em curso.Campylobacteriosis is the most reported gastrointestinal disease and human zoonosis in the European Union leading to huge health, social and economic impacts. Gram-negative bacteria Campylobacter coli and C. jejuni are the major reported causing agents of campylobacteriosis, and the increasing trends of antibiotic resistance among them are extremely concerning. Phage-encoded lysins are peptidoglycan hydrolysing enzymes that appear in the frontline of the most promising weapons against antibiotic resistance. However, not many Campylobacter spp. bacteriophages have been described so far and identification of new prophages and lysins is of major interest. Furthermore, C. coli and C. jejuni are described to be undergoing introgression events, i.e. the transference of genetic material between different species, with some isolates sharing almost a quarter of its genome. We hypothesize that Campylobacter spp. phages can perform host-jumps between these two species, both contributing and being consequence of introgression events. In this study we identified 47 distinct putative endolysins in prophage-predicted regions. Simultaneously, Cco1598 prophage, a not yet reported C. coli homolog of Campylobacter jejuni integrated element (CJIE2), was identified. Four of the identified lysins, as well as the previous inhouse identified lysin Cje_EndoPepM15, were submitted to wet lab analysis for enzybiotics development. We were able to produce three of them, with all having bacteriolytic activity, although one of them was produced in inclusion bodies and only two could be recovered in workable volumes and concentrations, yet. Delivery of endolysins to Gram-negative bacteria peptidoglycan is difficulted by the protecting outer membrane. Here, we attempt to use liposome-encapsulation to overcome this issue. No bacteriolytic activity was found in liposome-encapsulated lysins against Campylobacter spp. isolates. Complementary work is necessary in order to transform the produced lysins in really effective weapons against antibiotic resistant Campylobacter spp. isolates. Cco1598-like prophages, as well as CJIE1- and CJIE4-like prophages, were identified in the Campylobacter spp. population and analysed in terms of phages insertion sites, phages length and model coverage, and phages phylogeny. Punctual observations suggest that bacteriophage host-jumps, although rare, are occurring in the context of C. jejuni and C. coli. General results support that the prophages studied were mainly acquired previous to speciation, then evolving jointly with host bacterium genome. Further studies are required to better clarify the role of bacteriophage host-jumps as both contributor and consequence of introgression events
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Campylobacter (pro)phages: comparative genomics and development of phage enzybiotics
No full textTese de mestrado em Biologia Molecular e Genética, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2021A campylobacteriose é a doença gastrointestinal e a zoonose humana mais reportada na União Europeia, originando enormes impactos sanitários, sociais e económicos. Os sintomas incluem diarreia, dores abdominais e/ou febre, e apesar destes durarem apenas alguns dias, as sequelas pós-infecção podem incluir síndrome de Guillain-Barré, artrite reactiva ou doença inflamatória do intestino. As bactérias Gram-negativas Campylobacter coli e C. jejuni são os agentes causadores de campylobacteriose mais reportados, e apesar do uso de antibióticos em casos de campylobacteriose ser restrito a grupos específicos, a tendência crescente de resistência entre isolados destas espécies, especialmente a ciprofloxacina, é extremamente preocupante. De entre as várias potenciais soluções para este problema, as lisinas codificadas por fagos aparecem na primeira linha das mais promissoras armas contra a resistência a antibióticos. As lisinas são enzimas típicas de bacteriófagos que hidrolisam o peptidoglicano bacteriano. No ciclo lítico de infecção bacteriofágica, as lisinas estão ligadas à libertação da descendência por promoverem a lise osmótica do hospedeiro após a replicação e montagem fágicas. Tipicamente pequenas (15-40 kDa) e modulares, as lisinas tendem a ser bastante eficientes, podendo apresentar especificidade ao nível de espécie ou até mesmo de estirpe. Várias estratégias têm sido desenvolvidas no sentido de melhorar a actividade das lisinas e o seu espectro de acção. Apesar da potencialidade das endolisinas no combate à resistência a antibióticos, só se identificaram profagos em genomas de Campylobacter spp. a meio da década passada e, correntemente, ainda não existem muitos bacteriófagos de Campylobacter spp. descritos. A identificação de novos profagos e lisinas é, então, um trabalho da maior importância e para o qual devem ser movidos esforços. Um conjunto de 22 genomas de C. jejuni e 82 genomas de C. coli foi recentemente sequenciado no âmbito deste trabalho. Aqui, utilizámos ferramentas bioinformáticas para identificar regiões profágicas nestes genomas. Durante esta análise, uma região promissora foi identificada em C. coli Cco1598. A revisão detalhada desta região aponta para a identificação do profago Cco1598. Este profago presente em isolados de C. coli parece estar incompleto e ser um homólogo ainda não reportado do profago CJIE2 (do inglês, Campylobacter jejuni integrated element 2) que se encontra presente em C. jejuni. Estudos de indução são necessários para melhor entender a biologia do profago Cco1598, bem como o seu impacto no hospedeiro. Nas restantes regiões profágicas detectadas e num conjunto de 66 genomas de bacteriófagos de Campylobacter spp. disponíveis para livre acesso, foram identificadas 47 endolisinas putativas distintas com potencial biotecnológico. Quatro das lisinas identificadas – duas identificadas nos genomas recentemente sequenciados e duas identificadas em genomas de bacteriófagos -, tal como a lisina Cje_EndoPepM15 anteriormente identificada no nosso laboratório, foram escolhidas como candidatos promissores com estruturas previstas significativamente distintas. As sequências codificantes foram optimizadas para expressão em Escherichia coli, clonadas em vectores de expressão e submetidas a análises laboratoriais tendo em vista o desenvolvimento de enzibióticos. A expressão em E. coli levou à produção de três das lisinas identificadas. Uma delas, Cje_Goose, é produzida em corpos de inclusão e várias condições foram testadas para futura obtenção de quantidades e volumes apreciáveis de enzima solúvel. Apenas duas, Cje_EndoPepM15 e Cje_Lysozyme, foram obtidas em volumes e concentrações apreciáveis. Apesar das várias condições testadas, as duas lisinas identificadas em genomas de bacteriófagos causaram a estagnação e redução da densidade óptica dos hospedeiros de expressão após indução, e não puderam ser avaliadas como potenciais enzibióticos. As três lisinas purificadas demonstraram actividade bactericida directa contra a bactéria Gram-positiva Micrococcus luteus, e actividade hidrolítica indirecta em preparados celulares das bactérias Gram-negativas C. coli 817, C. jejuni 3625 e E. coli RR1. Isto confirma o potencial biotecnológico das lisinas identificadas como armas contra isolados resistentes a antibióticos com um amplo espectro de acção. A aplicação de endolisinas em bactérias Gram-negativas é dificultada pela membrana externa que protege o peptidoglicano da actividade hidrolítica das lisinas fágicas. Neste trabalho, tentámos utilizar a encapsulação das lisinas Cje_EndoPepM15 e Cje_Lysozyme em lipossomas como estratégia para ultrapassar essa barreira. Formulações lipídicas não tóxicas foram testadas, mas não se obtiveram eficiências de incorporação satisfatórias. Não foi detectada actividade bacteriolítica após aplicação de quantidades subóptimas de lisinas encapsuladas contra isolados de Campylobacter spp.. Trabalhos complementares são necessários tendo em vista a transformação das lisinas produzidas em armas efectivas contra isolados de Campylobacter spp. resistentes a antibióticos. Os genomas recém-sequenciados foram submetidos a tipagem molecular recorrendo ao esquema de MLST descrito para isolados de Campylobacter spp.. Confirmando a variabilidade dos genomas de Campylobacter spp., esta tipagem resultou na identificação de duas novas variantes alélicas e oito novos perfis alélicos em onze isolados de C. coli. As novas variações alélicas e novos perfis foram submetidas à base de dados pública para tipagem molecular e diversidade genómica microbiana, PubMLST. Capazes de transformação natural e com um genoma plástico e dinâmico, além de resistência a antibióticos, C. coli e C. jejuni têm sido descritas como estando a passar por eventos de introgressão, i.e. a transferência de material genético entre espécies diferentes, com alguns isolados a compartilharem perto de um quarto do seu genoma, com a consequente partilha de mecanismos moleculares e características fenotípicas coincidentes entre isolados de espécies diferentes. Posto isto, colocámos a hipótese de que bacteriófagos de Campylobacter spp. têm capacidade de realizar saltos entre hospedeiros destas duas espécies, contribuindo para o processo de introgressão. Profagos idênticos ao profago Cco1598 e aos profagos de referência CJIE1 e CJIE4 foram identificados na população de Campylobacter spp. e analisados em relação aos locais de inserção, ao tamanho e cobertura dos fagos-modelo, e em termos de filogenia fágica. A análise dos locais de inserção dos fagos identificados demonstrou que fagos idênticos a CJIE4 e ao profago Cco1598 possuem locais de inserção relativamente conservados. Fagos idênticos a CJIE1 possuem locais de inserção variados, consistente com a capacidade de integração aleatória anteriormente descrita. Comparações de tamanho e cobertura dos profagos identificados sugerem diferenças entre profagos de C. coli e de C. jejuni, apontando para a aquisição destes profagos previamente ao evento de especiação das duas espécies. A análise filogenética confirmou a identidade do profago Cco1598 como homólogo próximo do elemento genético CJIE2. Observações pontuais em profagos idênticos a CJIE4 e ao profago Cco1598 aqui identificado sugerem que saltos bacteriofágicos entre hospedeiros parecem ocorrer no contexto de C. jejuni e C. coli, ainda que sejam fenómenos raros. A generalidade dos resultados aponta para que os profagos estudados tenham sido maioritariamente adquiridos antes do evento de especiação, e evoluído depois em conjunto com o genoma do hospedeiro bacteriano. Estudos adicionais são necessários para clarificar a existência e o papel dos saltos fágicos entre hospedeiros no processo de introgressão. Vários genes com interesse biotecnológico foram rastreados nos profagos identificados. O profago CJIE2, bem como alguns profagos idênticos a CJIE4 e Cco1598, transportam uma endolisina putativa não detectada previamente, representando uma nova fonte de potencial no combate à resistência a antibióticos, e que deve ser submetida a análises laboratoriais. Paralelamente, os genes dns e nucA foram identificados nos fagos encontrados e analisados. Estes genes integram o genoma fágico e codificam para endonucleases extracelulares inibidoras da transformação natural em Campylobacter spp., que potencialmente modula os eventos de introgressão. É interessante que no contexto de profagos idênticos a CJIE1, genes completos são encontrados em profagos de C. jejuni, enquanto que em profagos de C. coli encontram-se maioritariamente versões parciais dos mesmos. Esta realidade pode ser explicativa da aparente direccionalidade dos eventos de introgressão de C. jejuni para C. coli. Um estudo mais detalhado da distribuição destes genes na população de Campylobacter spp. e avaliação da sua actividade são necessários para clarificar o impacto destas endonucleases codificados por fagos no processo de introgressão em curso.Campylobacteriosis is the most reported gastrointestinal disease and human zoonosis in the European Union leading to huge health, social and economic impacts. Gram-negative bacteria Campylobacter coli and C. jejuni are the major reported causing agents of campylobacteriosis, and the increasing trends of antibiotic resistance among them are extremely concerning. Phage-encoded lysins are peptidoglycan hydrolysing enzymes that appear in the frontline of the most promising weapons against antibiotic resistance. However, not many Campylobacter spp. bacteriophages have been described so far and identification of new prophages and lysins is of major interest. Furthermore, C. coli and C. jejuni are described to be undergoing introgression events, i.e. the transference of genetic material between different species, with some isolates sharing almost a quarter of its genome. We hypothesize that Campylobacter spp. phages can perform host-jumps between these two species, both contributing and being consequence of introgression events. In this study we identified 47 distinct putative endolysins in prophage-predicted regions. Simultaneously, Cco1598 prophage, a not yet reported C. coli homolog of Campylobacter jejuni integrated element (CJIE2), was identified. Four of the identified lysins, as well as the previous inhouse identified lysin Cje_EndoPepM15, were submitted to wet lab analysis for enzybiotics development. We were able to produce three of them, with all having bacteriolytic activity, although one of them was produced in inclusion bodies and only two could be recovered in workable volumes and concentrations, yet. Delivery of endolysins to Gram-negative bacteria peptidoglycan is difficulted by the protecting outer membrane. Here, we attempt to use liposome-encapsulation to overcome this issue. No bacteriolytic activity was found in liposome-encapsulated lysins against Campylobacter spp. isolates. Complementary work is necessary in order to transform the produced lysins in really effective weapons against antibiotic resistant Campylobacter spp. isolates. Cco1598-like prophages, as well as CJIE1- and CJIE4-like prophages, were identified in the Campylobacter spp. population and analysed in terms of phages insertion sites, phages length and model coverage, and phages phylogeny. Punctual observations suggest that bacteriophage host-jumps, although rare, are occurring in the context of C. jejuni and C. coli. General results support that the prophages studied were mainly acquired previous to speciation, then evolving jointly with host bacterium genome. Further studies are required to better clarify the role of bacteriophage host-jumps as both contributor and consequence of introgression events
Lisinas codificadas por profagos de Acinetobacter baumannii
No full textTese de mestrado, Microbiologia Aplicada, 2023, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiênciasAcinetobacter baumannii é um agente patogénico Gram-negativo, oportunista e
responsável pela maioria das infeções nosocomiais em todo o mundo. Nos últimos anos, este
microrganismo tem adquirido resistência aos diversos antibióticos comercializados, sendo
maioritariamente auxiliado pelos seus fatores de virulência, pela excelente capacidade de resistir
à dessecação, desinfeção e stress oxidativo, pela capacidade de formar biofilmes, por se mover
pelas superfícies e por ser capaz de adquirir DNA exógeno. Particularmente, A. baumannii
resistente a carbapenemos (CRAB), foi decretado pela Organização Mundial de Saúde (OMS)
como um microrganismo prioritário que requer atenção e o desenvolvimento imperativo de novas
opções terapêuticas. As (endo)lisinas fágicas apresentam-se como uma opção promissora, uma
vez que são responsáveis por clivar as ligações no peptidoglicano a partir do interior, levando à
lise das células hospedeiras durante o ciclo lítico do fago. Sabe-se que a aplicação de endolisinas
a partir do exterior e diretamente em bactérias Gram-positivas provoca a sua lise e que,
teoricamente, o mesmo não é esperado quando aplicadas em bactérias Gram-negativas devido à
presença da membrana externa. Esta barreira poderá ser ultrapassada através da encapsulação das
endolisinas em lipossomas, tirando partido da fusão desta estrutura com a membrana externa da
bactéria. Contrariamente ao expectável, já foram relatadas algumas lisinas com atividade
bactericida intrínseca direta contra A. baumannii. Os profagos (genomas fágicos integrados) em
genomas de A. baumannii constituem uma fonte acessível para a pesquisa destas proteínas. Da
análise dos 199 genomas de A. baumannii considerados neste projeto, foram detetados 373
profagos putativos e 311 lisinas putativas codificadas na totalidade das regiões profágicas
identificadas. As lisinas selecionadas, AbCWH, AbLyso, AbPepti, AbProte e AbTail, foram
clonadas e expressas com sucesso tendo todas apresentado atividade bactericida contra a bactéria
Gram-positiva Micrococcus luteus. Em particular, AbTail apresentou atividade direta contra A.
baumannii sendo a sua estrutura alvo de análise.Acinetobacter baumannii is a Gram-negative and opportunistic pathogen, responsible for
most nosocomial infections worldwide. In recent years, this microorganism has acquired
resistance to various antibiotics commercialized, being mostly promoted by its virulence factors,
by the excellent ability to resist desiccation, disinfection and oxidative stress, by the ability to
form biofilms, by moving across surfaces and by being able to acquire exogenous DNA. In
particular, carbapenem-resistant A. baumannii, was decreed by the World Health Organization as
a priority microorganism that requires attention and the imperative development of new
therapeutic options. Phage (endo)lysins are a promising option to consider, since they are
responsible for cleaving the peptidoglycan bonds from the inside, leading to lysis of the host cells
during the lytic cycle of the phage. It is known that the application of endolysins from the outside
and directly in Gram-positive bacteria causes its lysis and that, theoretically, the same is not
expected when applied to Gram-negative bacteria due to the presence of the outer membrane.
This barrier can be overcome by encapsulating endolysins in liposomes, taking advantage of the
fusion of this structure with the outer membrane of the bacterium. Contrary to expectations, some
lysins with direct intrinsic bactericidal activity against A. baumannii have been reported. The
prophages (integrated phage genomes) in A. baumannii genomes constitute an accessible source
for the research of these proteins. From the analysis of the 199 genomes of A. baumannii
considered in this project, 373 putative prophages and 311 putative lysins were detected encoded
in all the identified prophagic regions. The selected lysins, AbCWH, AbLyso, AbPepti, AbProte
and AbTail, were cloned and successfully expressed and all presented bactericidal activity against
the Gram-positive bacterium Micrococcus luteus. In particular, AbTail showed direct activity
against A. baumannii being its structure explored later
- …
