1,720,969 research outputs found
Μοριακή γενετική διερεύνηση ασθενών με πρώιμη επιληπτική και πρώιμη μιτοχονδριακή εγκεφαλοπάθεια
Full text linkΕισαγωγή: Οι αναπτυξιακές και επιληπτικές εγκεφαλοπάθειες (ΑΕΕ) αποτελούν μία υποκατηγορία επιληπτικών συνδρόμων με την γενετική βάση να αφορά κυρίως σε γονίδια που κωδικοποιούν για διαύλους, πρωτεΐνες απαραίτητες για την ορθή λειτουργία των συνάψεων, μεταγραφικούς παράγοντες καθώς και για άλλες ρυθμιστικές πρωτεΐνες με ρόλο σε βασικές κυτταρικές διεργασίες. Μέχρι σήμερα, καταγράφονται περισσότερες από 100 διαφορετικές ΑΕΕ ενώ σε καθημερινή βάση ανακαλύπτονται και νέα γονίδια που σχετίζονται με αυτήν την κλινική εικόνα. Η γενετική διάγνωση των ΑΕΕ αφορά την ανίχνευση παθογόνων ή πιθανώς παθογόνων παραλλαγών σε ένα (ή περισσότερα) γονίδια και συνιστά μια τεράστια πρόκληση. Η μεγάλη φαινοτυπική ετερογένεια, η αλληλοεπικάλυψη κλινικών χαρακτηριστικών ανάμεσα στα διαφορετικά επιληπτικά σύνδρομα καθώς και ο μεγάλος αριθμός γονιδίων που εμπλέκονται στην επιληπτογένεση δυσχεραίνουν τη διαφορική διάγνωση και καθιστούν την αποκάλυψη της γενετικής βλάβης και του υποκείμενου μηχανισμού απαραίτητα για την τελική διάγνωση. Σκοπός: Η παρούσα μελέτη έχει ως σκοπό την μελέτη των υποκείμενων γενετικών μηχανισμών επιληπτογένεσης με στοχευμένη μελέτη παραλλαγών των γονιδίων MECP2, CDKL5, FOXG1, ARX, SCN1A ή POLG, σε ασθενείς με ΑΕΕ ή μέσω αλληλούχησης επόμενης γενιάς (Next generation sequencing, ΝGS) ασθενών με σπασμούς με ή χωρίς συνοδή ψυχοκινητική καθυστέρηση. Στην ευρύτερη προσέγγιση περιλαμβάνεται και η μελέτη του προτύπου απενεργοποίησης του χρωμοσώματος Χ σε περιπτώσεις ανίχνευσης παραλλαγών σε φυλοσύνδετα γονίδια σε θήλεα άτομα, η καταγραφή φαινοτυπικής ετερογένειας και η καταχώρηση νέων παραλλαγών σε βάσεις δεδομένων σύμφωνα με την παθογονικότητα τους, η αναζήτηση νέων συσχετίσεων γονοτύπου- φαινοτύπου και η σύγκριση της διαγνωστικής απόδοσης των διαφορετικών τεχνικών. Υλικά και μέθοδοι: Μελετήθηκαν 48 ασθενείς με στοχευμένο έλεγχο των γονιδίων CDKL5 και FOXG1, 42 στο γονίδιο ARX, 6 στο γονίδιο POLG, 122 στο γονίδιο MECP2 και 270 στο γονίδιο SCN1A. Με αλληλούχηση επόμενης γενιάς μελετήθηκαν 107 ασθενείς. Αποτελέσματα: Μέσω του NGS ανιχνεύθηκαν παθογόνες ή πιθανώς παραλλαγές σε 64 ασθενείς αναδεικνύοντας ποσοστό συνολικής διαγνωστικής απόδοσης 59,8%, ενώ με τους στοχευμένους ελέγχους διαγνώσθηκε το 9,88% των ασθενών. Στις παραλλαγές περιλαμβάνονται αλλοιώσεις σε νέα γονίδια ή και σε γονίδια που δεν ήταν σαφές ότι εμπλέκονται στην επιληπτογένεση και τα αποτελέσματα συνέβαλαν στον χαρακτηρισμό νέων και την κατανόηση ήδη υπαρχόντων κλινικών οντοτήτων. Συμπεράσματα: Η σύγχρονη διαγνωστική προσπέλαση της γενετικής βάσης των επιληπτικών συνδρόμων είναι σαφώς αποτελεσματικότερη με τη χρήση WES σε σχέση με τη μελέτη μεμονομένων ή και ομαδοποιημένων (panel) γονιδίων όπως καταγράφεται και σε διεθνείς κατευθυντήριες οδηγίες. Η ευελιξία της επανανάλυσης των δεδομένων του NGS συμβάλει στην τελική διάγνωση των ασθενών λόγω της διαρκούς αποκάλυψης νέων συσχετίσεων γονοτύπου-φαινοτύπου, ενώ η αποκάλυψη μοριακής βλάβης διαφορετικής από την αναμενόμενη υπογραμμίζει την διαρκώς εξελισσόμενη γνώση του γενετικού υποβάθρου που οδηγεί σε επιληπτογένεση.Introduction: Developmental and epileptic encephalopathies (DEEs) are a specific category of epileptic syndromes and are caused due to defects in neuron-expressed genes encoding for either channels, or proteins that have crucial role in the correct function of synapses, or transcription factors (as well as other proteins) with regulatory action in various cellular processes. To date over 100 different DEEs have been described and almost daily new genes are discovered and associated with this clinical entity. Genetic diagnosis of DEEs involves the detection of pathogenic or likely pathogenic variants in a potentially large number of genes, and this constitutes a large challenge. The broad phenotypic heterogeneity, the overlap of clinical features between different epileptic syndromes and the large number of genes involved in epileptogenesis make differential diagnosis difficult, and thus the identification of the specific genetic defect(s) and the underlying mechanism(s) are necessary for a final diagnosis in most patients. Aim: The present work aims to study the underlying genetic mechanisms that lead to epileptogenesis in patients with DEE through the targeted screening for variants in previously associated genes (MECP2, CDKL5, FOXG1, ARX, SCN1A or POLG) and, in epilepsy patients with or without accompanying global developmental delay via Next generation sequencing (ΝGS). The overall study will also include the pattern of X-inactivation in females with variants in X-linked genes, the recording of phenotypic heterogeneity, the submission of novel variants in databases according to their classification, the search for new genotype-phenotype associations and the comparison of the diagnostic yield using different molecular techniques. Materials and Methods: 48 patients were studied for variants in CDKL5 and FOXG1 genes, 42 in ARX, 6 in POLG, 122 in MECP2 and 270 in SCN1A. With NGS 107 patients were studied. Results: NGS detected pathogenic or likely pathogenic variants in 64 patients leading to a diagnostic yield of 59,8%, in comparison to targeted gene studies that resulted in a diagnostic yield of 9,88%. Amongst the variants observed, there are molecular defects in new genes or in genes not yet clearly involved in epileptogenesis, whereby such results potentially contribute to the elucidation of new, or clearer characterization of existing clinical entities. Conclusions: The current diagnostic approach is clearly more efficient with the use of NGS than the targeted screening of a single gene or the use of epilepsy gene panels as recorded by international guidelines when testing for epilepsy syndromes. The ability to reanalyze NGS data contributes to the final diagnosis of the patients due to the continuous discovery of new genotype-phenotype associations; while the discovery of unexpected genetic defects reflects the ever-evolving knowledge of the genetic background underlying epileptogenesis
Molecular genetic investigation of patients with early epileptic and early mitochondrial encephalopathy
No full textIntroduction: Developmental and epileptic encephalopathies (DEEs) are a specific category of epileptic syndromes and are caused due to defects in neuron-expressed genes encoding for either channels, or proteins that have crucial role in the correct function of synapses, or transcription factors (as well as other proteins) with regulatory action in various cellular processes. To date over 100 different DEEs have been described and almost daily new genes are discovered and associated with this clinical entity. Genetic diagnosis of DEEs involves the detection of pathogenic or likely pathogenic variants in a potentially large number of genes, and this constitutes a large challenge. The broad phenotypic heterogeneity, the overlap of clinical features between different epileptic syndromes and the large number of genes involved in epileptogenesis make differential diagnosis difficult, and thus the identification of the specific genetic defect(s) and the underlying mechanism(s) are necessary for a final diagnosis in most patients. Aim: The present work aims to study the underlying genetic mechanisms that lead to epileptogenesis in patients with DEE through the targeted screening for variants in previously associated genes (MECP2, CDKL5, FOXG1, ARX, SCN1A or POLG) and, in epilepsy patients with or without accompanying global developmental delay via Next generation sequencing (ΝGS). The overall study will also include the pattern of X-inactivation in females with variants in X-linked genes, the recording of phenotypic heterogeneity, the submission of novel variants in databases according to their classification, the search for new genotype-phenotype associations and the comparison of the diagnostic yield using different molecular techniques. Materials and Methods: 48 patients were studied for variants in CDKL5 and FOXG1 genes, 42 in ARX, 6 in POLG, 122 in MECP2 and 270 in SCN1A. With NGS 107 patients were studied. Results: NGS detected pathogenic or likely pathogenic variants in 64 patients leading to a diagnostic yield of 59,8%, in comparison to targeted gene studies that resulted in a diagnostic yield of 9,88%. Amongst the variants observed, there are molecular defects in new genes or in genes not yet clearly involved in epileptogenesis, whereby such results potentially contribute to the elucidation of new, or clearer characterization of existing clinical entities. Conclusions: The current diagnostic approach is clearly more efficient with the use of NGS than the targeted screening of a single gene or the use of epilepsy gene panels as recorded by international guidelines when testing for epilepsy syndromes. The ability to reanalyze NGS data contributes to the final diagnosis of the patients due to the continuous discovery of new genotype-phenotype associations; while the discovery of unexpected genetic defects reflects the ever-evolving knowledge of the genetic background underlying epileptogenesis.Εισαγωγή: Οι αναπτυξιακές και επιληπτικές εγκεφαλοπάθειες (ΑΕΕ) αποτελούν μία υποκατηγορία επιληπτικών συνδρόμων με την γενετική βάση να αφορά κυρίως σε γονίδια που κωδικοποιούν για διαύλους, πρωτεΐνες απαραίτητες για την ορθή λειτουργία των συνάψεων, μεταγραφικούς παράγοντες καθώς και για άλλες ρυθμιστικές πρωτεΐνες με ρόλο σε βασικές κυτταρικές διεργασίες. Μέχρι σήμερα, καταγράφονται περισσότερες από 100 διαφορετικές ΑΕΕ ενώ σε καθημερινή βάση ανακαλύπτονται και νέα γονίδια που σχετίζονται με αυτήν την κλινική εικόνα. Η γενετική διάγνωση των ΑΕΕ αφορά την ανίχνευση παθογόνων ή πιθανώς παθογόνων παραλλαγών σε ένα (ή περισσότερα) γονίδια και συνιστά μια τεράστια πρόκληση. Η μεγάλη φαινοτυπική ετερογένεια, η αλληλοεπικάλυψη κλινικών χαρακτηριστικών ανάμεσα στα διαφορετικά επιληπτικά σύνδρομα καθώς και ο μεγάλος αριθμός γονιδίων που εμπλέκονται στην επιληπτογένεση δυσχεραίνουν τη διαφορική διάγνωση και καθιστούν την αποκάλυψη της γενετικής βλάβης και του υποκείμενου μηχανισμού απαραίτητα για την τελική διάγνωση. Σκοπός: Η παρούσα μελέτη έχει ως σκοπό την μελέτη των υποκείμενων γενετικών μηχανισμών επιληπτογένεσης με στοχευμένη μελέτη παραλλαγών των γονιδίων MECP2, CDKL5, FOXG1, ARX, SCN1A ή POLG, σε ασθενείς με ΑΕΕ ή μέσω αλληλούχησης επόμενης γενιάς (Next generation sequencing, ΝGS) ασθενών με σπασμούς με ή χωρίς συνοδή ψυχοκινητική καθυστέρηση. Στην ευρύτερη προσέγγιση περιλαμβάνεται και η μελέτη του προτύπου απενεργοποίησης του χρωμοσώματος Χ σε περιπτώσεις ανίχνευσης παραλλαγών σε φυλοσύνδετα γονίδια σε θήλεα άτομα, η καταγραφή φαινοτυπικής ετερογένειας και η καταχώρηση νέων παραλλαγών σε βάσεις δεδομένων σύμφωνα με την παθογονικότητα τους, η αναζήτηση νέων συσχετίσεων γονοτύπου- φαινοτύπου και η σύγκριση της διαγνωστικής απόδοσης των διαφορετικών τεχνικών. Υλικά και μέθοδοι: Μελετήθηκαν 48 ασθενείς με στοχευμένο έλεγχο των γονιδίων CDKL5 και FOXG1, 42 στο γονίδιο ARX, 6 στο γονίδιο POLG, 122 στο γονίδιο MECP2 και 270 στο γονίδιο SCN1A. Με αλληλούχηση επόμενης γενιάς μελετήθηκαν 107 ασθενείς. Αποτελέσματα: Μέσω του NGS ανιχνεύθηκαν παθογόνες ή πιθανώς παραλλαγές σε 64 ασθενείς αναδεικνύοντας ποσοστό συνολικής διαγνωστικής απόδοσης 59,8%, ενώ με τους στοχευμένους ελέγχους διαγνώσθηκε το 9,88% των ασθενών. Στις παραλλαγές περιλαμβάνονται αλλοιώσεις σε νέα γονίδια ή και σε γονίδια που δεν ήταν σαφές ότι εμπλέκονται στην επιληπτογένεση και τα αποτελέσματα συνέβαλαν στον χαρακτηρισμό νέων και την κατανόηση ήδη υπαρχόντων κλινικών οντοτήτων. Συμπεράσματα: Η σύγχρονη διαγνωστική προσπέλαση της γενετικής βάσης των επιληπτικών συνδρόμων είναι σαφώς αποτελεσματικότερη με τη χρήση WES σε σχέση με τη μελέτη μεμονομένων ή και ομαδοποιημένων (panel) γονιδίων όπως καταγράφεται και σε διεθνείς κατευθυντήριες οδηγίες. Η ευελιξία της επανανάλυσης των δεδομένων του NGS συμβάλει στην τελική διάγνωση των ασθενών λόγω της διαρκούς αποκάλυψης νέων συσχετίσεων γονοτύπου-φαινοτύπου, ενώ η αποκάλυψη μοριακής βλάβης διαφορετικής από την αναμενόμενη υπογραμμίζει την διαρκώς εξελισσόμενη γνώση του γενετικού υποβάθρου που οδηγεί σε επιληπτογένεση
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
- …
