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Outils de sélection pour améliorer la résilience chez les porcs
No full textPigs in production systems must cope with stressful factors that affect their productivity and welfare. These stressors are environmental factors that include management practices, pathogen load, interactions with other animals, etc. Therefore, breeding for resilient pigs is becoming increasingly important in pig production. This thesis explores methodology to select resilient pigs across environments. In the first part, we estimate the probability of the occurrence of an unrecorded environmental challenge on a given day using daily feed intake (DFI) data and evaluate the genetic determinism of environmental sensitivity in three pig lines (Landrace (LA), Large White (LW), and Piétrain (PI)) bred in real selection conditions. A Gaussian mixture model was used to estimate the probabilities of the occurrence of an unrecorded environmental challenge on a given day (with p=0 representing no stress and p=1 indicating the highest stress level), which was then incorporated as an environmental descriptor in genetic analyses. Variance components were estimated using a reaction norm animal model (RNAM). The genetic correlations between the intercept and the slope of DFI obtained for Landrace, Large White, and Piétrain were −0.52, 0.06, and −0.36, respectively. The study demonstrated that the slope of DFI is heritable and can effectively be used as an indicator of resilience to environmental challenges. In the second part, we estimated the genetic correlation between an indicator of environmental sensitivity (the slope of DFI) across an environmental (stress) gradient (EG) and traits of economic importance in the pig breeding goal (PI). We studied various growth, feed efficiency, carcass, and meat quality traits. Variance components were estimated via REML using the single-step GBLUP method in a series of multivariate RNAM with two phenotypes (DFI and each of the traits of economic importance). The probability of an unrecorded challenge on the given day was included as an environmental descriptor for DFI only, because DFI is recorded daily but the other traits are not. Estimates of genetic correlations between DFI (its total breeding value) and traits of economic importance in pig production varied across EG. Most traits of economic importance exhibited weak genetic correlations with the slope of DFI, indicating that selection for resilience based on the environmental sensitivity can be performed without adversely affecting these other traits. The third part examined the degree of genetic connectedness and G×E interaction for a maternal pig line between countries (France, China, and Thailand) for five traits: age at 100 kilograms, number of functional teats, birth weight (BW), backfat thickness at 100 kilograms, and number of piglets born alive. To study the genetic connectedness between animals from different countries, we computed the coefficient of determination (CD) of contrasts of estimated breeding values. We observed high connectedness across the three countries, (CD values ranging from 0.61 to 0.96) across all traits and time periods. Genetic correlations among the countries ranged from 0.70 to 0.97. No biologically significant G×E interaction was detected (except for BW), which suggests that there is no substantial reranking of animals between the countries. Therefore, a single breeding program across these countries is appropriate and effective.Les porcs élevés dans des systèmes de production doivent faire face à des facteurs de stress qui affectent leur productivité et leur bien-être. Ces facteurs de stress sont des facteurs environnementaux qui comprennent les pratiques de conduite, la charge pathogène, les interactions avec d'autres animaux, etc. Par conséquent, la sélection de porcs résistants devient de plus en plus importante dans la production porcine. Cette thèse explore la méthodologie permettant de sélectionner des porcs résistants dans différents environnements. Dans la première partie, nous estimons la probabilité d'occurrence d'un défi environnemental non enregistré un jour donné à l'aide des données quotidiennes sur la consommation journalière (CJ) et évaluons le déterminisme génétique de la sensibilité environnementale chez trois lignées de porcs (Landrace (LA), Large White (LW) et Piétrain (PI)) élevées dans des conditions de sélection réelles. Un modèle de mélange gaussien a été utilisé pour estimer les probabilités d'occurrence d'un défi environnemental non enregistré un jour donné (avec p=0 représentant l'absence de stress et p=1 indiquant le niveau de stress le plus élevé), qui a ensuite été intégré comme descripteur environnemental dans les analyses génétiques. Les composantes de variance ont été estimées à l'aide d'un modèle animal de norme de réaction (MANR). Les corrélations génétiques entre l'ordonnée à l'origine et la pente du DFI obtenues à partir du MANR pour les races LA, LW et PI étaient respectivement de −0,52, 0,06 et −0,36. L'étude a démontré que la pente de la CJ est héréditaire et peut être utilisée efficacement comme indicateur de résilience face aux défis environnementaux. Dans la deuxième partie, nous avons estimé la corrélation génétique entre un indicateur de sensibilité environnementale (la pente de la CJ) sur un gradient environnemental (GE, stress) et des caractères importants sur le plan économique dans l'objectif d'élevage porcin (PI). Nous avons étudié divers traits liés à la croissance, à l'efficacité alimentaire, à la carcasse et à la qualité de la viande. Les composantes de variance ont été estimées par REML à l'aide de la méthode GBLUP en une seule étape dans une série de MANR multivariée avec deux phénotypes (CJ et chacun des traits d'importance économique). La probabilité d'un défi non enregistré le jour donné a été incluse comme descripteur environnemental pour la CJ uniquement, car la CJ est enregistré quotidiennement, contrairement aux autres traits. Les estimations des corrélations génétiques entre la CJ (sa valeur d'élevage totale) et les caractéristiques d'importance économique dans la production porcine variaient selon GE. La plupart des caractéristiques d'importance économique présentaient de faibles corrélations génétiques avec la pente de la CJ, ce qui indique que la sélection pour la résilience basée sur la sensibilité environnementale peut être effectuée sans nuire à ces autres caractères. La troisième partie a examiné le degré de connexion génétique et l'interaction G×E pour une lignée porcine maternelle entre différents pays (France, Chine et Thaïlande) pour cinq caractères : l'âge à 100 kg, le nombre de tétines fonctionnelles, le poids à la naissance (PN), l'épaisseur du lard dorsal à 100 kg et le nombre de porcelets nés vivants Afin d'étudier la connexion génétique entre les animaux de différents pays, nous avons calculé le coefficient de détermination (CD) des contrastes des valeurs génétique additives estimées. Nous avons observé une forte connexion entre les trois pays (valeurs du CD comprises entre 0,61 et 0,96) pour tous les caractères et toutes les périodes. Les corrélations génétiques entre les pays variaient de 0,70 à 0,79. Aucune interaction G×E biologiquement significative n'a été détectée (à l'exception du PN), ce qui suggère qu'il n'y a pas de reclassement des animaux entre les pays. Par conséquent, un programme d'amélioration unique pour ces pays est approprié et efficace
Outils de sélection pour améliorer la résilience chez les porcs
No full textPigs in production systems must cope with stressful factors that affect their productivity and welfare. These stressors are environmental factors that include management practices, pathogen load, interactions with other animals, etc. Therefore, breeding for resilient pigs is becoming increasingly important in pig production. This thesis explores methodology to select resilient pigs across environments. In the first part, we estimate the probability of the occurrence of an unrecorded environmental challenge on a given day using daily feed intake (DFI) data and evaluate the genetic determinism of environmental sensitivity in three pig lines (Landrace (LA), Large White (LW), and Piétrain (PI)) bred in real selection conditions. A Gaussian mixture model was used to estimate the probabilities of the occurrence of an unrecorded environmental challenge on a given day (with p=0 representing no stress and p=1 indicating the highest stress level), which was then incorporated as an environmental descriptor in genetic analyses. Variance components were estimated using a reaction norm animal model (RNAM). The genetic correlations between the intercept and the slope of DFI obtained for Landrace, Large White, and Piétrain were −0.52, 0.06, and −0.36, respectively. The study demonstrated that the slope of DFI is heritable and can effectively be used as an indicator of resilience to environmental challenges. In the second part, we estimated the genetic correlation between an indicator of environmental sensitivity (the slope of DFI) across an environmental (stress) gradient (EG) and traits of economic importance in the pig breeding goal (PI). We studied various growth, feed efficiency, carcass, and meat quality traits. Variance components were estimated via REML using the single-step GBLUP method in a series of multivariate RNAM with two phenotypes (DFI and each of the traits of economic importance). The probability of an unrecorded challenge on the given day was included as an environmental descriptor for DFI only, because DFI is recorded daily but the other traits are not. Estimates of genetic correlations between DFI (its total breeding value) and traits of economic importance in pig production varied across EG. Most traits of economic importance exhibited weak genetic correlations with the slope of DFI, indicating that selection for resilience based on the environmental sensitivity can be performed without adversely affecting these other traits. The third part examined the degree of genetic connectedness and G×E interaction for a maternal pig line between countries (France, China, and Thailand) for five traits: age at 100 kilograms, number of functional teats, birth weight (BW), backfat thickness at 100 kilograms, and number of piglets born alive. To study the genetic connectedness between animals from different countries, we computed the coefficient of determination (CD) of contrasts of estimated breeding values. We observed high connectedness across the three countries, (CD values ranging from 0.61 to 0.96) across all traits and time periods. Genetic correlations among the countries ranged from 0.70 to 0.97. No biologically significant G×E interaction was detected (except for BW), which suggests that there is no substantial reranking of animals between the countries. Therefore, a single breeding program across these countries is appropriate and effective.Les porcs élevés dans des systèmes de production doivent faire face à des facteurs de stress qui affectent leur productivité et leur bien-être. Ces facteurs de stress sont des facteurs environnementaux qui comprennent les pratiques de conduite, la charge pathogène, les interactions avec d'autres animaux, etc. Par conséquent, la sélection de porcs résistants devient de plus en plus importante dans la production porcine. Cette thèse explore la méthodologie permettant de sélectionner des porcs résistants dans différents environnements. Dans la première partie, nous estimons la probabilité d'occurrence d'un défi environnemental non enregistré un jour donné à l'aide des données quotidiennes sur la consommation journalière (CJ) et évaluons le déterminisme génétique de la sensibilité environnementale chez trois lignées de porcs (Landrace (LA), Large White (LW) et Piétrain (PI)) élevées dans des conditions de sélection réelles. Un modèle de mélange gaussien a été utilisé pour estimer les probabilités d'occurrence d'un défi environnemental non enregistré un jour donné (avec p=0 représentant l'absence de stress et p=1 indiquant le niveau de stress le plus élevé), qui a ensuite été intégré comme descripteur environnemental dans les analyses génétiques. Les composantes de variance ont été estimées à l'aide d'un modèle animal de norme de réaction (MANR). Les corrélations génétiques entre l'ordonnée à l'origine et la pente du DFI obtenues à partir du MANR pour les races LA, LW et PI étaient respectivement de −0,52, 0,06 et −0,36. L'étude a démontré que la pente de la CJ est héréditaire et peut être utilisée efficacement comme indicateur de résilience face aux défis environnementaux. Dans la deuxième partie, nous avons estimé la corrélation génétique entre un indicateur de sensibilité environnementale (la pente de la CJ) sur un gradient environnemental (GE, stress) et des caractères importants sur le plan économique dans l'objectif d'élevage porcin (PI). Nous avons étudié divers traits liés à la croissance, à l'efficacité alimentaire, à la carcasse et à la qualité de la viande. Les composantes de variance ont été estimées par REML à l'aide de la méthode GBLUP en une seule étape dans une série de MANR multivariée avec deux phénotypes (CJ et chacun des traits d'importance économique). La probabilité d'un défi non enregistré le jour donné a été incluse comme descripteur environnemental pour la CJ uniquement, car la CJ est enregistré quotidiennement, contrairement aux autres traits. Les estimations des corrélations génétiques entre la CJ (sa valeur d'élevage totale) et les caractéristiques d'importance économique dans la production porcine variaient selon GE. La plupart des caractéristiques d'importance économique présentaient de faibles corrélations génétiques avec la pente de la CJ, ce qui indique que la sélection pour la résilience basée sur la sensibilité environnementale peut être effectuée sans nuire à ces autres caractères. La troisième partie a examiné le degré de connexion génétique et l'interaction G×E pour une lignée porcine maternelle entre différents pays (France, Chine et Thaïlande) pour cinq caractères : l'âge à 100 kg, le nombre de tétines fonctionnelles, le poids à la naissance (PN), l'épaisseur du lard dorsal à 100 kg et le nombre de porcelets nés vivants Afin d'étudier la connexion génétique entre les animaux de différents pays, nous avons calculé le coefficient de détermination (CD) des contrastes des valeurs génétique additives estimées. Nous avons observé une forte connexion entre les trois pays (valeurs du CD comprises entre 0,61 et 0,96) pour tous les caractères et toutes les périodes. Les corrélations génétiques entre les pays variaient de 0,70 à 0,79. Aucune interaction G×E biologiquement significative n'a été détectée (à l'exception du PN), ce qui suggère qu'il n'y a pas de reclassement des animaux entre les pays. Par conséquent, un programme d'amélioration unique pour ces pays est approprié et efficace
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
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