1,721,020 research outputs found
Alignment of the Verbesina alternifolia plastomes assembled with Illumina and Nanopore reads
No full textAlignment of the Verbesina alternifolia plastomes assembled with Illumina and Nanopore read
Nanopore draft references for Armeria
No full textChloroplast genome and ribosomal DNA (nrDNA) draft references for Armeria maritima (Mill.) Willd. sample (herbarium voucher GOET065227) obteined using Nanopore read
How many names for a beloved genus? – Coalescent-based species delimitation in Xanthium L. (Ambrosiinae, Asteraceae)
No full textRecent Long‐Distance‐Dispersal Explains the Range Disjunction of the Old‐Word Cockleburs ( Xanthium strumarium )
No full textABSTRACT Aim In the present study, we focused in addressing questions concerning the biogeographic history of Xanthium strumarium , an Old World native species whose close relatives are generally all native to the American continent. Location The species distribution covers the Eurasian continent and some African regions and close islands. Methods We employed herbarium material and target enrichment (herbariomics) sequence data of over 700 single copy loci to estimate the divergence times of the species. Ancestral range reconstruction was employed to test different hypotheses on the events that determined the arrival, differentiation and dispersal of the ancestor of X. strumarium in the Old World. Results The crown age of X. strumarium was estimated to be ~156.58 ka. In the phylogenomic analysis, the individuals from the different geographic areas grouped mostly congruently based on their collection origin, the earliest diverging clade comprising samples from India, and then progressively clades including samples from Asia, Europe and Africa. The same pattern was observed in the biogeographic analysis, with a movement of the ancestral ranges going from east to west. The ancestral range of the species was inferred to be the Indian subcontinent. Main Conclusions Both the use of herbarium specimens as old as 240 years and the use of modern sequencing techniques clarified the phylogenetic relationships, divergence time and biogeography of Xanthium strumarium . Most probably, the ancestor of the species reached the Old World by way of a trans‐Pacific long‐distance dispersal from the Americas to Southeastern Asia, followed by westward colonisation of the Old World.Deutsche Forschungsgemeinschaft https://doi.org/10.13039/50110000165
On the Leucanthemopsis alpina (L.) Heywood growing in the Illyrian region
No full textLeucanthemopsis alpina (L.) Heywood (Asteraceae, Anthemideae) is a small, caespitose plant growing in high alpine environments in all the main southern European mountain ranges. However, the species status in the Balkan Peninsula (and especially in the Dinaric Alps) is not very well known. Surrounding this area, different L. alpina subspecies are found in the Eastern Alps and in the Carpathians. These subspecies differ from one another, both morphologically and in chromosome number. The present study aims to better characterise the populations of L. alpina in the Illyrian and Balkan regions by undertaking a comprehensive survey of herbarium collections for the species in this area, by applying flow cytometry for ploidy determination and by sequencing of two chloroplast markers. Results from our investigation suggest that the only population of the species in the Dinaric Alps is found in the Vranica Mts (Bosnia and Herzegovina). This population consists of diploid plants (unlike tetraploid populations from the Eastern Alps) that are slightly distinct genetically from those of the subspecies growing in the Eastern Alps and the Tatra Mts. Both the ploidy and their genetic distinction indicate that Vranica Mts most probably served as a refugium for the species during the Pleistocene glaciations. Considering its isolated geographical range and its genetic distinction, the population of L. alpina growing in the Vranica Mts should be considered as a separate subspecies
Invasive or threatened? The decline of the old-world Xanthium strumarium (Asteraceae) in Italy based on herbarium records
No full textGenetic Diversity and Ecogeographical Niche Overlap Among Hybridising Ox‐Eye Daisies ( Leucanthemum , Asteraceae) in the Carpathian Mountains: The Impact of Anthropogenic Disturbances
No full textABSTRACT Climate change and human influence are transforming mountain ecosystems, significantly impacting species distributions and biodiversity. Among these changes, the upward migration of lowland species into mountain regions stands out. This study examines the ecogeographical niche overlap and genetic diversity among three Leucanthemum species distributed along an altitudinal gradient in the Carpathian Mountains: the lowland L. ircutianum (4 x ), the montane L. rotundifolium (2 x ) and the alpine L. gaudinii (2 x ). By genotyping over 600 individuals using SNP analysis, followed by principal coordinate analysis (PCoA), Neighbour‐Net Network and Structure clustering, we reveal not just distinct genetic groups but also hybridisation across all species, suggesting the potential for triple hybrids. Genetic admixture is further supported by environmental background and niche overlap analyses that reveal substantial overlap among species, particularly in line with their vertical distribution. Climate envelope plots indicate a likely reduction in available habitat for mountainous species due to climate change, leading to an increase in competition and an intensification of hybridisation. Anthropogenic influences are further intensifying these hybridisation trends. Among the studied species, L. gaudinii is most at risk of overwhelming hybridisation, whereas L. ircutianum may experience habitat expansion. By providing a comprehensive genetic and ecological overview, our research highlights the significance of hybridisation in biodiversity conservation and the challenges posed by environmental changes and anthropogenic activities in mountain environments. This study not only contributes to the understanding of genetic diversity in the Carpathians but also underscores the broader implications for molecular ecology and conservation strategies in mountain ecosystems.ABSTRAKT Niniejszy artykuł przedstawia badania nad nakładaniem się nisz eko‐geograficznych oraz zmiennością genetyczną trzech gatunków jastrunów ( Leucanthemum ) występujących w Karpatach. Są to: nizinny jastrun zapoznany ( L. ircutianum , 4 x ), reglowy jastrun okrągłolistny ( L. rotundifolium , 2 x ), oraz górski jastrun alpejski ( L. gaudinii , 2 x ). Poprzednie badania wykazały hybrydyzację pomiędzy jastrunem okrągłolistnym i alpejskim, jednakże nasze analizy pokazują, że hybrydyzacja ma znacznie szerszy zasięg i dotyczy wszystkich trzech gatunków, włączając w to potencjalne krzyżowanie się pomiędzy utworzonymi hybrydami (tj. potrójne hybrydy). Zgenotypowano ponad 600 osobników za pomocą polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP), co później zostało przeanalizowane przez analizę głównych składowych (PCoA), sieci filogenetyczne (Neighbor‐Net Network), a także grupowanie za pomocą programu Structure. Te analizy wyróżniły odmienne grupy genetyczne, które odpowiadały poszczególnym gatunkom i potwierdziły istnienie hybryd. Wewnątrz klastrów odpowiadających gatunkom, L. rotundifolium jest podzielony na populacje północno‐zachodnie i południowo‐wschodnie, podczas gdy L. gaudinii i L. ircutianum wykazują bliskie pokrewieństwo genetyczne i nie mają wyodrębnionej struktury geograficznej. Nasze analizy sugerują hybrydyzację pomiędzy wszystkimi trzema parami gatunków i potencjalne formowanie się potrójnych hybryd. Hybrydyzacja ma częściowo swoje uzasadnienie w biologii i ekologii gatunków. Analizy nakładania się nisz ujawniają znaczne pokrywanie się wymagań siedliskowych, szczególnie uwzględniając ich pionowe rozmieszczenie. Koperty klimatyczne wskazują na prawdopodobny wzrost konkurencji w związku ze zmianami klimatycznymi, co będzie prowadzić do zmniejszania się areału zajmowanego przez gatunki górskie i dalszej intensyfikacji hybrydyzacji. Czynniki antropogeniczne dodatkowo nasilają i przyspieszają proces hybrydyzacji i przemieszczanie się gatunków niżowych w wyższe położenia górskie. Wśród badanych gatunków najbardziej zagrożony jest jastrun alpejski, któremu grozi utrata siedlisk i wchłonięcie przez hybrydyzację z pozostałymi gatunkami. Natomiast jastrun zapoznany będzie zwiększał swój zasięg, co już jest obserwowalne. Nasze badania dostarczają nowych wiadomości o złożonych ekologicznych i genetycznych zależnościach pomiędzy karpackimi margaretkami, podkreślając role zmian środowiskowych i zmienności genetycznej w ich rozumieniu, a także o możliwych reakcjach na te zmiany.ABSTRACT Climate change and human influence are transforming mountain ecosystems, significantly impacting species distributions and biodiversity. Among these changes, the upward migration of lowland species into mountain regions stands out. This study examines the ecogeographical niche overlap and genetic diversity among three Leucanthemum species distributed along an altitudinal gradient in the Carpathian Mountains: the lowland L. ircutianum (4 x ), the montane L. rotundifolium (2 x ) and the alpine L. gaudinii (2 x ). By genotyping over 600 individuals using SNP analysis, followed by principal coordinate analysis (PCoA), Neighbour‐Net Network and Structure clustering, we reveal not just distinct genetic groups but also hybridisation across all species, suggesting the potential for triple hybrids. Genetic admixture is further supported by environmental background and niche overlap analyses that reveal substantial overlap among species, particularly in line with their vertical distribution. Climate envelope plots indicate a likely reduction in available habitat for mountainous species due to climate change, leading to an increase in competition and an intensification of hybridisation. Anthropogenic influences are further intensifying these hybridisation trends. Among the studied species, L. gaudinii is most at risk of overwhelming hybridisation, whereas L. ircutianum may experience habitat expansion. By providing a comprehensive genetic and ecological overview, our research highlights the significance of hybridisation in biodiversity conservation and the challenges posed by environmental changes and anthropogenic activities in mountain environments. This study not only contributes to the understanding of genetic diversity in the Carpathians but also underscores the broader implications for molecular ecology and conservation strategies in mountain ecosystems.ABSTRAKT Niniejszy artykuł przedstawia badania nad nakładaniem się nisz eko‐geograficznych oraz zmiennością genetyczną trzech gatunków jastrunów ( Leucanthemum ) występujących w Karpatach. Są to: nizinny jastrun zapoznany ( L. ircutianum , 4 x ), reglowy jastrun okrągłolistny ( L. rotundifolium , 2 x ), oraz górski jastrun alpejski ( L. gaudinii , 2 x ). Poprzednie badania wykazały hybrydyzację pomiędzy jastrunem okrągłolistnym i alpejskim, jednakże nasze analizy pokazują, że hybrydyzacja ma znacznie szerszy zasięg i dotyczy wszystkich trzech gatunków, włączając w to potencjalne krzyżowanie się pomiędzy utworzonymi hybrydami (tj. potrójne hybrydy). Zgenotypowano ponad 600 osobników za pomocą polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP), co później zostało przeanalizowane przez analizę głównych składowych (PCoA), sieci filogenetyczne (Neighbor‐Net Network), a także grupowanie za pomocą programu Structure. Te analizy wyróżniły odmienne grupy genetyczne, które odpowiadały poszczególnym gatunkom i potwierdziły istnienie hybryd. Wewnątrz klastrów odpowiadających gatunkom, L. rotundifolium jest podzielony na populacje północno‐zachodnie i południowo‐wschodnie, podczas gdy L. gaudinii i L. ircutianum wykazują bliskie pokrewieństwo genetyczne i nie mają wyodrębnionej struktury geograficznej. Nasze analizy sugerują hybrydyzację pomiędzy wszystkimi trzema parami gatunków i potencjalne formowanie się potrójnych hybryd. Hybrydyzacja ma częściowo swoje uzasadnienie w biologii i ekologii gatunków. Analizy nakładania się nisz ujawniają znaczne pokrywanie się wymagań siedliskowych, szczególnie uwzględniając ich pionowe rozmieszczenie. Koperty klimatyczne wskazują na prawdopodobny wzrost konkurencji w związku ze zmianami klimatycznymi, co będzie prowadzić do zmniejszania się areału zajmowanego przez gatunki górskie i dalszej intensyfikacji hybrydyzacji. Czynniki antropogeniczne dodatkowo nasilają i przyspieszają proces hybrydyzacji i przemieszczanie się gatunków niżowych w wyższe położenia górskie. Wśród badanych gatunków najbardziej zagrożony jest jastrun alpejski, któremu grozi utrata siedlisk i wchłonięcie przez hybrydyzację z pozostałymi gatunkami. Natomiast jastrun zapoznany będzie zwiększał swój zasięg, co już jest obserwowalne. Nasze badania dostarczają nowych wiadomości o złożonych ekologicznych i genetycznych zależnościach pomiędzy karpackimi margaretkami, podkreślając role zmian środowiskowych i zmienności genetycznej w ich rozumieniu, a także o możliwych reakcjach na te zmiany.Narodowe Centrum Nauki https://doi.org/10.13039/50110000428
The first complete chloroplast genome for the species-rich genus Anthemis (Asteraceae)
No full textOpen-Access-Publikationsfonds 202
Ragweeds and relatives: Molecular phylogenetics of Ambrosiinae (Asteraceae)
No full textAmbrosiinae are one of the most distinct subtribes in the Heliantheae alliance (Asteraceae), mainly due to specialization toward wind pollination. Taxa of the subtribe are principally native to the Americas, although some species have attained a cosmopolitan distribution. Members of subtribe Engelmanniinae are considered close to Ambrosiinae, due to shared morphological traits. However, the placement of Ambrosiinae within the Heliantheae alliance has not yet been corroborated by phylogenetic analyses. In the present study, we test the circumscription of subtribe Ambrosiinae and examine relationships among its genera. We used sequence information from three plastid (psbA-trnH, trnQ-rps16 and trnL-F) and two nuclear (ITS and D35) marker regions. Phylogenetic inference analyses were conducted, applying Bayesian Inference (BI) and Maximum Likelihood (ML). Subtribe Ambrosiinae is found monophyletic or nearly so in all analyses. The genera Dugesia and Rojasianthe (previously considered part of subtribe Engelmanniinae) in some cases cluster together with Ambrosiinae; these genera are clearly not part of Engelmanniinae. Within Ambrosiinae, the genera Parthenium and Parthenice occupy basal positions, whereas members of the genus Ambrosia are the most derived representatives of the subtribe. Previous subdivision of Ambrosiinae into "Iveae" (members having androgynous capitula and free achenes) and "Ambrosieae" (genera with unisexual heads and achenes enclosed in burs) is not corroborated. Results also allow consideration of relationships among species and subgeneric groups within Parthenium, Iva, and Ambrosia
Phylogeny of the species-rich pantropical genus Zanthoxylum (Rutaceae) based on hybrid capture
No full texthttp://dx.doi.org/10.13039/501100001659 Deutsche Forschungsgemeinschaf
- …
