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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Understanding of central and lipid metabolism in oleaginous plants and yeasts : fluxomic approach
No full textUne population mondiale croissante et l’épuisement des ressources fossiles a conduit à une augmentation de la demande alimentaire et énergétique. Si les plantes oléagineuses sont majoritairement exploitées pour leurs fruits et leurs graines riches en huiles dans le secteur agroalimentaire, elles sont également valorisées comme alternative aux produits pétrosourcés (biolubrifiants, biocarburants). La production de lipides et d’acides gras inhabituels a rapidement suscité un intérêt envers les organismes unicellulaires : les levures. L’objectif de ce travail consiste à étudier deux modèles biologiques : la graine de lin (Linum usitatissimum), dont l’huile est constituée à 57% d’oméga-3, et la levure oléagineuse Yarrowia lipolytica, exploitée comme châssis biotechnologique. L’approche utilisée pour appréhender le métabolisme lipidique est la fluxomique. De plus, la conception d’un modèle prédictif reposant sur un marquage isotopique (MFA) ou la contrainte (FBA) permet une analyse dynamique du métabolisme. L’étude comparative de trois lignées de lin (teneurs en huile et oméga-3 différentes) a permis une meilleure compréhension des mécanismes menant à l’accumulation des lipides (jusqu’à 44,2 g.100g-1 MS). Ainsi, nous avons pu montrer que l’assimilation du saccharose et la remobilisation de l’amidon sont essentiels à la synthèse des précurseurs et du NADPH nécessaires à la synthèse des AG. Une forte implication de la glycolyse cytosolique et de la voie des pentoses phosphate plastidiale a pu être notée, tandis que la synthèse des protéines et de la paroi cellulaire a été une étape plutôt limitante. De plus, la PDAT semblerait être une enzyme essentielle à l’incorporation d’acides gras polyinsaturés dans les TAG. L’étude de trois souches de Yarrowia lipolytica a également permis d’appréhender le métabolisme de la levure. L’assimilation d’une source de carbone alternative au glucose (glycérol) a entraîné une redirection métabolique majeure vers la néoglucogénèse. Le flux majoritaire pour la synthèse des TAG emprunte la glycolyse et une partie du cycle de Krebs, afin de convertir le citrate en acétyl-CoA. L’optimisation de la voie Kennedy (GPD1 et DGA2) a permis une amélioration du contenu en lipides : +72% par rapport à une souche optimisée pour la synthèse des acides gras inhabituels (expression du gène LRO1, codant pour une PDAT). Les principales voies compétitives sont la synthèse de glucides de réserve et la sécrétion de citrate, réprimée ici grâce à une assimilation de glucose modérée. La PDAT est là encore impliquée dans l’accumulation des acides gras inhabituels.Growing world population and depletion of fossil resources have led to an increasing food and energy demand. While oleaginous plants are mostly cultivated for their fruits or their seeds in food industry, they are also valued in as an alternative to petrochemicals (biolubricant, biofuels). The production of lipids and unusual fatty acids increased the interest for unicellular organisms: yeasts. The aim of this work is to study two biological models: flax seed (Linum usitatissimum), whose oil is made up of 57% omega-3, and yeast Yarrowia lipolytica, exploited as a biotechnological chassis. The approach used to understand lipid metabolism is fluxomics. In addition, the development of a predictive model based on isotopic labelling (MFA) or constraint-based one (FBA) allows a dynamic analysis of the metabolism. The comparative study of three flax lines (with different oil and omega-3 levels) provided a better understanding of the mechanisms leading to lipid accumulation (up to 44.2 g.100 gDW-1). Therefore, we have been able to show that sucrose assimilation and starch remobilization are essential for fatty acid precursors and cofactors synthesis. Strong involvements of cytosolic glycolysis (G3P, acetyl-CoA) and pentose phosphate pathway (NADPH) have been noted, while protein and cell wall synthesis are limiting steps. In addition, PDAT would be a central enzyme for the incorporation of PUFA into TAGs. The study of three Yarrowia lipolytica strains also helped us to better understand yeast metabolism. The assimilation of an alternative carbone source to glucose, glycerol, led to a major metabolic redirection towards gluconeogenesis. The TAG synthesis flux especially uses glycolysis and a part of TCA cycle to convert citrate into acetyl-CoA. Kennedy pathway optimizations (GPD1 and DGA2 gene overexpression) allowed a lipid content improvement: +72% compared to a strain optimized for the synthesis of unusual fatty acids (LRO1 gene expression, encoding for a PDAT enzyme). The main competitive pathways are carbohydrate synthesis (glycogen) and citrate secretion (here repressed thanks to slow glucose assimilation. PDAT (LRO1 gene) also led to unusual fatty acid accumulation
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Study of the enviromental impact on the productions and the transformation processes efficiency : application to linseed
No full textConnues pour leur forte teneur en huile, oméga 3, antioxydants et fibres, les graines de lin sont de plus en plus demandées par les industries. D’où l’importance de contrôler leurs productions. Le but de ce travail est d’étudier l’effet des paramètres environnementaux et de la variété sur la composition de la graine de lin et sur le procédé ultérieur de pressage. Pour cela dix variétés de lin oléagineux ont été cultivées sur deux sites différents (Picardie et centre de la France) au cours des années 2011, 2012 et 2013. L’étude a révélé un fort effet variétal sur les teneurs en huile, C18:3, amidon et le PMG tandis que le lieu de culture n’a affecté que la teneur en lipides et amidon. L’effet année a quant à lui été marqué pour le PMG, les teneurs en protéines, lipides et C18:3. Le pressage des graines précédemment caractérisées a montré une forte corrélation entre teneur protéines et rendement. Afin d’améliorer le processus d'expression, le dépelliculage des graines de lin avant le pressage a été envisagé. Ainsi, l’étude du pressage des graines de lin sur presse hydraulique et presses continue montre la possibilité du pressage des graines dépelliculées. Une concordance entre les performances de pressage à l’échelle laboratoire et à l’échelle pilote a été obtenue pour les graines entières et dépelliculées ce qui laisse présager une transposition possible vers l’échelle industrielle.Flaxseed is known for their high oil content, omega 3, antioxidants and fiber. To meet growing demand, this requires controlling their production. The aim of this work is to study the effect of environmental factors and cultivar on linseed composition and subsequent pressing process. Ten linseed cultivars were grown in two different locations (north and south of France) during years 2011, 2012 and 2013. Every year have been characterized in terms of pluviometry, sunshine hours and degree days, each climatic factor has been cumulated from flowering to harvest. A strong impact of cultivar on oil, C18:3 and starch content has been noticed whereas the growing location has only affected the starch and lipid contents. Year effect has been recorded on thousand kernel weight, proteins, oil, C18:3 and starch content. Oil expression using the seeds previously characterized has exhibited a strong correlation between protein content and oil yield. To improve the pressing process, dehulling flax seeds before pressing was considered. The study of the pressing flax seeds on hydraulic and continuous press shows the possibility of pressing the dehulling flaxseeds. The concordance between the pressing performance at the laboratory scale and pilot scale was highlighted for the whole and dehulled seeds. This could be suggests a possible transposition to the industrial scale
Comparative study of three oil extraction processes : qualitative and quantitative aspects : application to flaxseeds and grapeseeds
No full textL’extraction d’huile végétale à partir des graines repose principalement deux procédés : le pressage mécanique et ’extraction par solvants. Dans un contexte actuel de limitation de la consommation de solvants et de recherche de procédés adaptés à la production d’huile végétales thermosensibles, un procédé alternatif d’extraction d’huile a été étudié dans ce mémoire : le pressage mécanique assisté par CO2 supercritique (GAME). Pour évaluer le potentiel de cette technique en terme de rendement en huile et de co-extraction de composés antioxydants dans l’huile, l’extraction par CO2 supercritique (EPCO2-SC) et le pressage à vis (procédé de référence en trituration) ont été préalablement étudiés. Deux espèces ont été étudiées, les graines de lin et les pépins de raisin. En EPCO2-SC, des rendements en huile moins importants sont obtenus, cependant il est possible d’augmenter la teneur en polyphénols co-extraits dans l’huile par le contrôle des paramètres opératoires. L’évaluation des deux modes de pressage assisté (sous flux continu de CO2-SC et après un conditionnement en CO2-SC) a montré que le rendement en huile pouvait être augmenté de 30 à 40% en comparaison au pressage hydraulique seul malgré l’application de faibles pressions mécaniques effectives (de l’ordre de 3,5 à 7 MPa). Toutefois, les rendements obtenus restent inférieurs à ceux observés en pressage en continu. La teneur en antioxydants dans l’huile est fonction de la température et de la pression appliquée, mais reste inférieure à celle obtenue pour des conditions identiques en EPCO2-SC.Screw pressing or solvent extraction are processes commonly used at an industrial scale to extract oil from oilseeds. However, in a context of continuous improvements, i.e. reduction ofsolvent consumption and production of high-quality oils, gas assisted mechanical expression appears as an interesting alternative, among emerging technologies. To assess the latter in terms of oil extraction yield and co-extraction of antioxidant compounds in oil, supercritical CO2 extraction and screw pressing were preliminarily studied. Two raw material were studied; flaxseeds and grape seeds. Supercritical CO2 extraction lead to low oil yields, but by controlling CO2 pressure and temperature, total polyphenol content in oil could be enhanced. For gas assisted mechanical expression, two different procedures were applied: (i) conditioning of seeds in supercritical CO2 followed by expression and (ii) expression under a simultaneous flux of CO2, flowing through the compacted seed bed. By those two procedures,oil yield could be increased from 30 to 40% by comparison to conventional hydraulic expression (even though low effective mechanical pressure were applied (3,5 to 7 MPa)). However, although antioxidant level in oil could be increased by modulating CO2 pressure and temperature for gas assisted mechanical expression, this level remained lower than those obtained in oil by supercritical CO2 extraction in the same conditions. Screw pressing enabled the highest oil yields among the three studied processes. Furthermore, oil composition was unaffected by screw pressing operational conditions
Isolation of genes expressed in flaxseed and potentially involved in the accumulation of unusual and polyunsaturated fatty acids : characterization of functionality of the corresponding enzymes by in vivo and in vitro approaches
No full textL'huile de lin est considérée comme une des plus riches en acide linolénique (oméga- 3), avec certaines variétés de lin oléagineux produisant jusqu'à 65% d'acide a-linolénique. Cette huile utilisée depuis longtemps en industrie chimique pour la confection de peintures, vernis, agents tensioactifs, présente aussi des bénéfices pour la santé humaine avec un apport journalier d'environ 2 g.f 1 (diminution de la pression artérielle, prévention de thrombose...). Il parait donc raisonnable aujourd'hui d'augmenter la production de l'huile de lin riche en oméga-3 pour répondre à ces différents besoins. La sélection de cultivars producteurs d'huile de la qualité demandée devient impérative. Pour cela, des connaissances sur les mécanismes de synthèse et d'accumulation AG polyinsaturés (PUFA) dans les graines de lin sont à acquérir. Dans ce contexte, nous avons évalué le rôle des enzymes de type LPAAT dans l'accumulation des PUFA dans le but de sélectionner des isoformes compétitives dans leur accumulation au niveau des TAG. Les gènes Lpaat ont été isolés à partir des graines de lin âgées de 20 JAF, phase active de remplissage en huile. La fonctionnalité des protéines correspondantes a été testée par complémentation dans une souche JC201 d’E. coli déficiente en activité LPAAT. Une caractérisation de ces enzymes a été effectuée par des tests in vitro et in vivo. Les résultats ont montré la présence d'une isoforme, nommée LPAAT2A, dont l'activité LPAAT présente une spécificité et sélectivité élevées vis-à-vis des PUFA. Dans un 2ème temps, nous avons mesuré in vitro et in vivo le potentiel des enzymes LPAAT provenant de litchi et de lin vis-à-vis des AG de type cyclopropanique. Ces AG possèdent des propriétés physico-chimiques intéressantes pour l'industrie des lubrifiants et des cosmétiques et sont produits par une enzyme spécifique « la CFA synthase ». Nous avons généré des lignées d'Arabidopsis exprimant la CFA synthase d’E.coli puis co-exprimé le gène Lpaat de litchi. Une augmentation de la teneur en AGC (AG cycliques) dans les lignées transgéniques obtenues reflète la spécificité de la LPAAT de litchi vis-à-vis des AGC. Nous nous sommes aussi intéressés aux enzymes de types sPLA2a (phospholipase A2). L'isolement du gène correspondant a été effectué à partir des graines de lin pendant la phase active de remplissage en huile. La caractérisation de son activité a été effectuée par des tests in vitro et in vivo. Les résultats ont montré que l'expression du gène sP/a2a de lin dans les graines d' Arabidopsis provoque une augmentation du poids de la graine ainsi qu'une augmentation du contenu en acide linolénique dans les TAG. L'ensemble de ces résultats montre l'existence d'un système enzymatique endogène chez le lin efficace vis-àvis des PUFA et qui semble stimuler le métabolisme lipidique une fois exprimé chez Arabidopsis.Flaxseed oil contain high amount of oméga-3 and present different industrials applications and human health benefits. ln this work, we aimed to identify enzymes allowing the accumulation of high level of omega-3 in linseed plants. ln this context, we evaluated the role of Lysophophatidic acid acyltransferases (LPAAT) and Phospholipases A2 (PLA2) enzymes in the accumulation of omega-3 by in vitro and in vivo approaches. Results showed the presence of a LPAAT2A isoform into flax genome having a high specificity and selectivity toward omega-3. Expression of Lpaat2A and sPia2a gene in Arabidopsis seeds increase seed weight, oil production and omega-3 content (up to 10% and 11%) in transformant seeds respectively. These results showed the presence in linseed plant of an efficient enzymatic system toward omega-3 accumulation. Furthermore, we have evaluated in vitro and in vivo the potential of Litchi and flax LPAAT enzymes toward the production of cyclopropane fatty acids (CFA). These fatty acids are naturally produced by a specific enzyme «CFA synthase» with physico-chemical properties interesting to lubricant and cosmetics industries. ln this context, we have generated Arabidopsis lines expressing E. coli Cfa synthase with or not co-expression of litchi Lpaat gene. Result showed an increase of 25% in the content of CFA in transgenic line co-expressing Cfa synthase and litchi Lpaat comparing to the transgenic lines expressing the CFA synthase. This increase in the level of CFA in transgenic seeds reflects the specificity of Litchi LPAAT toward CFA
Involvement of carbon metabolism for a differential oil production by oleaginous plants-Lin : systems modeling
No full textLes graines de lin sont composées de teneurs élevées en huile (45 g d’huile/100g MS) stockées sous forme de triglycérides dans l’embryon (Venglat et al., 2011). Ces huiles hautement insaturées sont utilisées depuis de nombreuses années pour des applications industrielles (vernis, linoleum…). Toutefois, ces huiles riches en oméga-3 présentent également une grande importance pour la santé humaine. Pour cette raison, l’industrie alimentaire est particulièrement intéressée pour développer des produits enrichis en huile de lin. Pour répondre à cette demande, il est nécessaire de sélectionner des cultivars accumulant plus d’huile. Afin de sélectionner efficacement de telles plantes, il est nécessaire d'acquérir des connaissances sur les mécanismes de synthèse, d’accumulation et de régulation des huiles dans les graines oléagineuses (Sharma et Chauhan 2012). Pour comprendre les accumulations des huiles dans les graines de lin et leurs régulations, deux lignées de lin ayant des teneurs en huile différent ont été sélectionnées (Astral : 44,6 ± 0,2 g d’huile/100g MS ; 238 : 37,0 ± 0,7 g d’huile/100g MS). Dans ce travail, nous avons déterminé les différences d’accumulation des composées de la graines entre les deux lignées dans les embryons, les téguments, la différence d’expression des gènes dans ces embryons et ces téguments, et analyser les flux métaboliques dans les embryons des deux lignées de lin durant la synthèse des acides gras. Ces études ont montré : (i) que les embryons de lin Astral qui accumule plus d’huile dans ses embryons accumule moins de protéines dans les embryons, (ii) que les téguments de lin Astral accumule moins de proanthocyanidines et de protéines que dans les téguments de la lignée 238, (iii) qu’aucun lien avec l’accumulation différente en huile dans les embryons et la différence d’accumulation dans les téguments n’a pu être mis en évidence, (iii) que le glucose est le précurseur carboné permettant la synthèse des acides gras, (iv) que le flux de carbone permettant la synthèse des acides gras passe majoritairement par la glycolyse cytosolique jusqu’au PEP cytosolique qui est transporté dans le plaste pour être convertie en pruvate puis acétylCoA, précurseur de la synthèse des acides gras, (v) que le flux permettant la synthèse de G3P est 29 fois plus élevée que dans les embryons de lin 238 que dans les embryons de lin Astral, (vi) : que la surexpression du gène codant pour la DHAP synthase (genolin_c54022 317) et la G3PDH (genolin_c10324 594) dans les embryons de la lignée Astral/238, pourraient induire une synthèse plus importante de G3P nécessaire à la formation des triglycérides.Flax seeds are composed oh high levels of oil (45 g oil / 100 g DM) stored as triglycerides in their embryos (Venglat et al., 2011). These highly unsatured oils have been used for many years for industrial applications (varnish, linoleum,...). However, these oils rich in omega-3 are also a great importance to human health. for this reason, the food industry is particularly interesed to develop innovative products enriched in linseed oil. To meet these requirements, it is necessary to develop linseed cultivars that accumulate more oils. In order to select such plants, it is necessary to acquire knowledge on mechanisms, accumulation and regulation of oils synthesis in oilseeds (Sharma and Chauhan, 2012). To better understand oil accumulation in flaxseed, two linseed genotypes presenting different level in oil content were selected (Astral : 44,6 ± 0,2 g oil / 100 MS ; 238 : 37,0 ± 0,7 g oil / 100 g DM). In this work, we determined the differences in accumulation between the two lines in embryos, integumen, the difference in gene expression in the embryos and the integument, and we analysed the metabolic flux in the embryos of both flax lines during the synthesis of fatty acids. These studies have shown : (i) the flax embryos Astral accumulates more oil in its embryo accumulates less protein in embryos, (ii) that the Astal flax husks accumulates less proanthocyanidins and proteins in teguments of the line 238, (iii) no link with the different oil accumumation in embryos and the difference in accumulation the integument could be demonstrated, (iv) that the glucose is the carbon precursor for the synthesis of fatty acids, (v) thet the flow of carbon to the synthesis of fatty acids predominantly through cytosolic glycolysis to PEP cytosolic, that is transported into the plastic for conversion to pruvate then acetylCoA, precursor synthesis of fatty acids, (vi) the flow for the synthesis of G3P in Astral embryos is 29 times higher than in the 238 embryos, (vii) the overexpression of the gene encoding the DHAP synthase (genolin_c54022 317) and G3PDH (genolin-c10324 594) in embryos of the Astral / 238, could induce a higher synthesis G3P necessary for the triglycerides
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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