1,720,978 research outputs found
Infrapunaspektroskopia ihosyöpien arvioinnissa: potentiaalinen työkalu syöpädiagnostiikkaan
No full textAbstractSkin cancer is the most common cancer, and its incidence is increasing each year. Its diagnosis is based on a histopathological inspection by pathologists. Other imaging techniques are currently being actively researched to assist pathologists in improving diagnostic accuracy. Fourier Transform Infrared (FTIR) spectroscopy is gaining in popularity among researchers due to its ability to provide spatially resolved biochemical and biological information while also being compatible with histopathological samples. Furthermore, facilitating FTIR spectroscopic data with various machine learning methodologies for automating classification has become a popular practice. These methodologies have achieved high accuracy in discriminating cancerous samples from healthy ones, but limited work has been done to determine the metastatic potential of cells and optimize the FTIR spectroscopy protocol for achieving the best classification result.This thesis reviewed all skin cancer studies that used FTIR spectroscopy as a potential diagnostic tool to assess its effectiveness in various aspects of skin cancer research and to analyse the performance of different methods used for differentiating diseased samples from healthy ones. In addition, a model was developed to examine whether different malignant melanoma cell lines (primary and metastatic) can be discriminated using the spectral data acquired from the samples. Furthermore, the effects of different modes (transmission and transflection) and sample processing methods (deparaffinized and paraffinized) on the acquired spectra were investigated, and the combination providing the best classification result was determined.According to the results of this thesis, FTIR spectroscopy can differentiate different types of skin cancers from healthy samples as well as between different skin cancers (melanoma and non-melanoma) and the most common non-melanoma cancers. Melanoma has received the most attention in skin cancer research due to its ability to metastasize nearby lymph nodes and other vital organs in a short period of time. FTIR spectroscopy has the potential to discriminate between different malignant melanoma cells and possibly characterize their metastatic potential by utilizing spectral features associated with them. Although good classification accuracy for discriminating different malignant melanoma cells can be achieved in both modes and sample types, spectral data acquired using the transflection mode from a paraffinized sample provides the best classification result.Original papersOriginal papers are not included in the electronic version of the dissertation.Shakya, B. R., Shrestha, P., Teppo, H.-R., & Rieppo, L. (2021). The use of Fourier Transform Infrared (FTIR) spectroscopy in skin cancer research: A systematic review. Applied Spectroscopy Reviews, 56(5), 347–379. https://doi.org/10.1080/05704928.2020.1791152Self-archived versionShakya, B. R., Teppo, H.-R., & Rieppo, L. (2021). Discrimination of melanoma cell lines with Fourier Transform Infrared (FTIR) spectroscopy. Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy, 254, 119665. https://doi.org/10.1016/j.saa.2021.119665Self-archived versionShakya, B. R., Teppo, H.-R., & Rieppo, L. (2022). Optimization of measurement mode and sample processing for FTIR microspectroscopy in skin cancer research. The Analyst, 147(5), 851–861. https://doi.org/10.1039/D1AN01999FSelf-archived versionTiivistelmäIhosyövät ovat maailmanlaajuisesti yleisimpiä syöpiä, ja niiden ilmaantuvuus kasvaa joka vuosi. Ihosyöpien diagnoosi perustuu patologin tekemään histopatologiseen tutkimukseen. Kuvantamistekniikoita tutkitaan aktiivisesti, jotta ihosyöpien diagnostiikkaa voitaisiin parantaa. Infrapuna (IR)-spektroskopia on kasvattanut suosiota tutkijoiden keskuudessa, koska sillä voidaan tutkia kudosleikkeistä alueellisia eroja kudoksen koostumuksessa. Kudosten IR-spektrien luokittamisessa käytetään usein koneoppimiseen perustuvia automaattisia menetelmiä. Näillä menetelmillä on kyetty erottamaan tarkasti syöpäsolut terveistä soluista. Toisaalta syöpäsolujen metastasoimispotentiaalin määrittämiseksi IR-spektreistä on tehty vain vähän tutkimuksia, ja mittausprotokollia ei ole vielä optimoitu parhaimman luokitustuloksen saavuttamiseksi.Tässä väitöskirjatyössä tehtiin kirjallisuuskatsaus kaikista IR-spektroskopiaa hyödyntävistä ihosyöpätutkimuksista. Katsauksessa arvioitiin IR-spektroskopian soveltuvuutta ihosyöpätutkimuksen eri osa-alueilla ja analysoitiin eri mittaus- ja data-analyysimenetelmien kykyä erottaa sairaat ja terveet ihonäytteet toisistaan. Lisäksi tässä työssä kehitettiin malli, jolla pyrittiin luokittelemaan pahanlaatuisia melanoomasolulinjoja niiden IR-spektrien perusteella. Työssä tutkittiin myös eri mittausmoodien (transmissio ja transflektio) ja näytteenkäsittelymenetelmien (ei-parafinoitu ja parafinoitu) vaikutuksia mitattuihin IR-spektreihin ja määritettiin näiden yhdistelmä, jolla saadaan paras tulos melanoomasolujen luokittelemisessa.Väitöskirjan tulosten perusteella voidaan sanoa, että IR-spektroskopialla pystytään erottamaan eri ihosyövät terveestä ihokudoksesta ja tunnistamaan ihosyövän tyyppi. Melanooma on saanut eniten huomiota ihosyöpätutkimuksessa, koska se pystyy muodostamaan etäpesäkkeitä lähellä oleviin imusolmukkeisiin ja muihin elintärkeisiin elimiin lyhyessä ajassa. IR-spektroskopialla voidaan erottaa eri pahanlaatuiset melanoomasolulinjat toisistaan ja mahdollisesti arvioida melanoomasolujen metastasoimispotentiaalia IR-spektrien piirteiden perusteella. Melanoomasolujen luokittelutarkkuus oli hyvä molemmissa tutkituissa mittausmoodeissa ja näytetyypeissä, mutta paras luokitustulos saavutettiin, kun käytettiin parafinoituja näytteitä ja mittaukset tehtiin transflektiomoodissa.OsajulkaisutOsajulkaisut eivät sisälly väitöskirjan elektroniseen versioon.Shakya, B. R., Shrestha, P., Teppo, H.-R., & Rieppo, L. (2021). The use of Fourier Transform Infrared (FTIR) spectroscopy in skin cancer research: A systematic review. Applied Spectroscopy Reviews, 56(5), 347–379. https://doi.org/10.1080/05704928.2020.1791152Rinnakkaistallennettu versioShakya, B. R., Teppo, H.-R., & Rieppo, L. (2021). Discrimination of melanoma cell lines with Fourier Transform Infrared (FTIR) spectroscopy. Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy, 254, 119665. https://doi.org/10.1016/j.saa.2021.119665Rinnakkaistallennettu versioShakya, B. R., Teppo, H.-R., & Rieppo, L. (2022). Optimization of measurement mode and sample processing for FTIR microspectroscopy in skin cancer research. The Analyst, 147(5), 851–861. https://doi.org/10.1039/D1AN01999FRinnakkaistallennettu versioAcademic dissertation to be presented with the assent of the Doctoral Programme Committee of Health and Biosciences of the University of Oulu for public defence in Auditorium P117 (Aapistie 5B), on 24 March 2023, at 12 noonAbstract
Skin cancer is the most common cancer, and its incidence is increasing each year. Its diagnosis is based on a histopathological inspection by pathologists. Other imaging techniques are currently being actively researched to assist pathologists in improving diagnostic accuracy. Fourier Transform Infrared (FTIR) spectroscopy is gaining in popularity among researchers due to its ability to provide spatially resolved biochemical and biological information while also being compatible with histopathological samples. Furthermore, facilitating FTIR spectroscopic data with various machine learning methodologies for automating classification has become a popular practice. These methodologies have achieved high accuracy in discriminating cancerous samples from healthy ones, but limited work has been done to determine the metastatic potential of cells and optimize the FTIR spectroscopy protocol for achieving the best classification result.
This thesis reviewed all skin cancer studies that used FTIR spectroscopy as a potential diagnostic tool to assess its effectiveness in various aspects of skin cancer research and to analyse the performance of different methods used for differentiating diseased samples from healthy ones. In addition, a model was developed to examine whether different malignant melanoma cell lines (primary and metastatic) can be discriminated using the spectral data acquired from the samples. Furthermore, the effects of different modes (transmission and transflection) and sample processing methods (deparaffinized and paraffinized) on the acquired spectra were investigated, and the combination providing the best classification result was determined.
According to the results of this thesis, FTIR spectroscopy can differentiate different types of skin cancers from healthy samples as well as between different skin cancers (melanoma and non-melanoma) and the most common non-melanoma cancers. Melanoma has received the most attention in skin cancer research due to its ability to metastasize nearby lymph nodes and other vital organs in a short period of time. FTIR spectroscopy has the potential to discriminate between different malignant melanoma cells and possibly characterize their metastatic potential by utilizing spectral features associated with them. Although good classification accuracy for discriminating different malignant melanoma cells can be achieved in both modes and sample types, spectral data acquired using the transflection mode from a paraffinized sample provides the best classification result.Tiivistelmä
Ihosyövät ovat maailmanlaajuisesti yleisimpiä syöpiä, ja niiden ilmaantuvuus kasvaa joka vuosi. Ihosyöpien diagnoosi perustuu patologin tekemään histopatologiseen tutkimukseen. Kuvantamistekniikoita tutkitaan aktiivisesti, jotta ihosyöpien diagnostiikkaa voitaisiin parantaa. Infrapuna (IR)-spektroskopia on kasvattanut suosiota tutkijoiden keskuudessa, koska sillä voidaan tutkia kudosleikkeistä alueellisia eroja kudoksen koostumuksessa. Kudosten IR-spektrien luokittamisessa käytetään usein koneoppimiseen perustuvia automaattisia menetelmiä. Näillä menetelmillä on kyetty erottamaan tarkasti syöpäsolut terveistä soluista. Toisaalta syöpäsolujen metastasoimispotentiaalin määrittämiseksi IR-spektreistä on tehty vain vähän tutkimuksia, ja mittausprotokollia ei ole vielä optimoitu parhaimman luokitustuloksen saavuttamiseksi.
Tässä väitöskirjatyössä tehtiin kirjallisuuskatsaus kaikista IR-spektroskopiaa hyödyntävistä ihosyöpätutkimuksista. Katsauksessa arvioitiin IR-spektroskopian soveltuvuutta ihosyöpätutkimuksen eri osa-alueilla ja analysoitiin eri mittaus- ja data-analyysimenetelmien kykyä erottaa sairaat ja terveet ihonäytteet toisistaan. Lisäksi tässä työssä kehitettiin malli, jolla pyrittiin luokittelemaan pahanlaatuisia melanoomasolulinjoja niiden IR-spektrien perusteella. Työssä tutkittiin myös eri mittausmoodien (transmissio ja transflektio) ja näytteenkäsittelymenetelmien (ei-parafinoitu ja parafinoitu) vaikutuksia mitattuihin IR-spektreihin ja määritettiin näiden yhdistelmä, jolla saadaan paras tulos melanoomasolujen luokittelemisessa.
Väitöskirjan tulosten perusteella voidaan sanoa, että IR-spektroskopialla pystytään erottamaan eri ihosyövät terveestä ihokudoksesta ja tunnistamaan ihosyövän tyyppi. Melanooma on saanut eniten huomiota ihosyöpätutkimuksessa, koska se pystyy muodostamaan etäpesäkkeitä lähellä oleviin imusolmukkeisiin ja muihin elintärkeisiin elimiin lyhyessä ajassa. IR-spektroskopialla voidaan erottaa eri pahanlaatuiset melanoomasolulinjat toisistaan ja mahdollisesti arvioida melanoomasolujen metastasoimispotentiaalia IR-spektrien piirteiden perusteella. Melanoomasolujen luokittelutarkkuus oli hyvä molemmissa tutkituissa mittausmoodeissa ja näytetyypeissä, mutta paras luokitustulos saavutettiin, kun käytettiin parafinoituja näytteitä ja mittaukset tehtiin transflektiomoodissa
NRF1 ja NRF2 lähetti-RNA sekä proteiiniekspressio laskevat aikaisin melanooman syntyprosessin aikana : katsaus eloonjäämiseen ja mikro-RNA:han
No full textThe prognostic significance of the major redox regulator nuclear factor erythroid-2-related factor (NRF2) is recognized in many cancers, but the role of NRF1 is not generally well understood in cancer. Our aim was to investigate these redox transcription factors in conjunction with redox-related microRNAs in naevi and melanoma. We characterized the immunohistochemical expression of NRF1 and NRF2 in 99 naevi, 88 primary skin melanomas, and 67 lymph node metastases. In addition, NRF1 and NRF2 mRNA and miR-23B, miR-93, miR-144, miR-212, miR-340, miR-383, and miR-510 levels were analysed with real-time qPCR from 54 paraffin-embedded naevi and melanoma samples. The immunohistochemical expression of nuclear NRF1 decreased from benign to dysplastic naevi (p < 0.001) and to primary melanoma (p < 0.001) and from primary melanoma to metastatic lesions (p = 0.012). Also, NRF1 mRNA levels decreased from benign naevi to dysplastic naevi (p = 0.034). Similarly, immunopositivity of NRF2 decreased from benign to dysplastic naevi (p = 0.02) and to primary lesions (p = 0.018). NRF2 mRNA decreased from benign to dysplastic naevi and primary melanomas (p = 0.012). Analysis from the Gene Expression Omnibus datasets supported the mRNA findings. High nuclear immunohistochemical NRF1 expression in pigment cells associated with a worse survival (p = 0.048) in patients with N0 disease at the time of diagnosis, and high nuclear NRF2 expression in pigment cells associated with a worse survival (p = 0.033) in patients with M0 disease at the time of diagnosis. In multivariate analysis, neither of these variables exceeded the prognostic power of Breslow. The levels of miR-144 and miR-212 associated positively with ulceration (p = 0.012 and p = 0.027, respectively) while miR-510 levels associated positively with lymph node metastases at the time of diagnosis (p = 0.004). Furthermore, the miRNAs correlated negatively with the immunohistochemical expression of NRF1 and NRF2 but positively with their respective mRNA. Together, this data sheds new light about NFE2L family factors in pigment tumors and suggests that these factors are worth for further explorations.Merkittävän hapetus-pelkistysreaktion säätelijän, NRF2:n ennusteellinen merkittävyys on aiemmin tunnistettu useissa syövissä, mutta NRF1:n roolista syövässä tiedetään vasta hyvin vähän. Tavoitteemme oli tutkia näitä hapetus-pelkistysreaktioihin liittyviä transkriptiotekijöitä yhdessä hapetus-pelkistysreaktioihin liittyvän mikro-RNA:n kanssa luomi- sekä ihomelanoomanäytteissä. Kartoitimme NRF1:n ja NRF2:n immuhistokemiallisen ekspression 99 luominäytteessä, 88 pahanlaatuisessa primaarikasvainnäytteessä sekä 67 imusolmuke-etäpesäkenäytteessä. Lisäksi analysoimme NRF1- ja NRF2-lähetti-RNA:n sekä miR-23B:n, miR-93:n, miR-144:n, miR-212:n, miR-340:n, miR-383:n ja miR-510:n tason reaaliaikaisella qPCR:llä 54:stä parafiiniin upotetusta luomi- sekä ihomelanoomanäytteestä.
Tutkimuksessamme totesimme tumassa sijaitsevan NRF1:n immuhistokemiallisen ekspression laskevan siirryttäessä hyvänlaatuisista luomista epätyypillisiin luomiin ja edelleen pahanlaatuisiin primaarikasvaimiin. Ekspressio laski myös siirryttäessä pahanlaatuisista primaarikasvaimista etäpesäkkeisiin. Myös NRF1-lähetti-RNA-taso laski siirryttäessä hyvänlaatuisista epätyypillisiin luomiin. Samoin, NRF2:n immunopositiivisuus sekä NRF2-lähetti-RNA-taso laski siirryttäessä hyvänlaatuisista epätyypillisiin luomiin ja edelleen pahanlaatuisiin primaarikasvaimiin. Gene Expression Omnibus -datasta tehty analyysi tuki lähetti-RNA-löydöksiä. Korkea immunohistokemiallinen NRF1 ekspressio pigmenttisolujen tumissa assosioitui huonompaan selviytymiseen potilailla, joilla oli diagnoosin saadessaan N0-tauti. Korkea pigmenttisolujen tumien NRF2 ekspressio taas assosioitui huonompaan selviytymiseen potilailla, joilla oli M0-tauti diagnoosihetkellä. Multivarianttianalyysissa kumpikaan näistä ei ylittänyt Breslown ennusteellista voimaa. MiR-144 ja miR-212 tasot assosioituvat positiivisesti haavautumiseen, kun taas miR-510 tasot assosioituivat positiivisesti imusolmuke-etäpesäkkeiden muodostumiseen diagnoosihetkellä. Lisäksi miRNA:t korreloivat negatiivisesti NRF1:n ja NRF2:n immunohistokemiallisen ekspression kanssa, mutta positiivisesti vastaavan lähetti-RNA:n kanssa.
Yhteenvetona voidaan sanoa tutkimuksemme antavan uutta tietoa NFE2L säätelijäperheestä pigmenttikasvaimissa. Tutkimuksemme perusteella nämä säätelytekijät lienevät jatkotutkimuksen arvoisia.Opinnäytteenä julkaisu: Hämäläinen, M., Teppo, H.-R., Skarp, S., Haapasaari, K.-M., Porvari, K., Vuopala, K., Kietzmann, T., & Karihtala, P. (2019). NRF1 and NRF2 mRNA and Protein Expression Decrease Early during Melanoma Carcinogenesis: An Insight into Survival and MicroRNAs. Oxidative Medicine and Cellular Longevity, 2019, 1–15. https://doi.org/10.1155/2019/2647068Rinnakkaistallennettu versio http://urn.fi/urn:nbn:fi-fe2020042219733The thesis is publication: Hämäläinen, M., Teppo, H.-R., Skarp, S., Haapasaari, K.-M., Porvari, K., Vuopala, K., Kietzmann, T., & Karihtala, P. (2019). NRF1 and NRF2 mRNA and Protein Expression Decrease Early during Melanoma Carcinogenesis: An Insight into Survival and MicroRNAs. Oxidative Medicine and Cellular Longevity, 2019, 1–15. https://doi.org/10.1155/2019/2647068Self-archived version http://urn.fi/urn:nbn:fi-fe202004221973
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
The role of ferroptosis and chemokine profiles in DLBCL
Get PDFAbstract
Diffuse large B-cell lymphoma is the most common non-Hodgkin lymphoma. The disease is aggressive by nature, and the average age of presentation is 65. Despite multiple studies with targeted therapies, no substantial improvements have been achieved, and intensive, highly toxic chemotherapeutics remain central to first-line DLBCL treatment.
Despite being in use for half a century, the exact mechanism of action of these drugs is still partially enigmatic. This research explores the role of ferroptosis in chemotherapeutic agent action. During ferroptosis excessive oxidative stress damages the cell membrane which then extrudes outwards. We demonstrated that the ferroptosis-inducing drugs auranofin, erastin, and buthionine sulfoximine induce this morphological change, whereas known inhibitors reduce or delay the effect.
Our novel approach demonstrates that the unique morphology of ferroptosis in vitro can be detected with a convolutional neural network (CNN) based image detection model. Our model performance was robust enough to allow us to screen multiple chemotherapeutic agents for their ferroptosis-inducing ability. We were able to demonstrate that cyclophosphamide and cisplatin also induce similar morphological changes associated with ferroptosis, but doxorubicin, carboplatin, etoposide, cytarabine, or vincristine did not. We hypothesized that cyclophosphamides toxic metabolite acrolein mediate ferroptotic activity through glutathione depletion. This highlights the toxicity profile of cyclophosphamide, as acrolein causes unique urinary tract toxicity during cancer treatment.
Centran nervous system (CNS) dissemination is a devastating event with an abysmal prognosis. Testicular DLBCL has an increased risk of CNS relapse. Chemokines offer a biologically plausible theory as chemokines relay the chemotaxis signal on cells during embryogenesis and inflammation. They have been implicated in solid cancer metastasis. Our pilot study examined the role of CXCR4 and CXCR5 routes in ptDLBCL CNS tropism. Compared to systemic disease, we saw a decrease in membranous CXCR5 expression in primary testicular DLBCL. Theoretically, the lower activity of CXCR5 could imply increased activity of the CXCR4 route, which might attract cancer cells towards CNS vasculature. CXCR4 ligand CXCL12 is expressed in CNS perivasculature as a chemokine barrier for immune cells. Original papers Kotkaranta, P., Chan, M., Vuolio, T., Miinalainen, I., Kuitunen, H., Turpeenniemi-Hujanen, T., Teppo, H.-R., Kuittinen, O., & Kuusisto, M. E. L. (2025). DLBCL cells with ferroptosis morphology can be detected with a deep convolutional neural network. Biomedicine & Pharmacotherapy, 182, 117785. https://doi.org/10.1016/j.biopha.2024.117785 https://doi.org/10.1016/j.biopha.2024.117785 Self-archived version Kotkaranta P., Kontiainen, P., Chan, M., Kuitunen H., Turpeenniemi-Hujanen T., Teppo H.-R., Kuittinen O., Kuusisto M. E. L. (2025). Commonly used chemotherapy agents induce ferroptosis in DLBCL cell lines. Manuscript in preparation. Ollikainen, R. K., Kotkaranta, P. H., Kemppainen, J., Teppo, H.-R., Kuitunen, H., Pirinen, R., Turpeenniemi-Hujanen, T., Kuittinen, O., & Kuusisto, M. E. L. (2021). Different chemokine profile between systemic and testicular diffuse large B-cell lymphoma. Leukemia & Lymphoma, 62(9), 2151–2160. https://doi.org/10.1080/10428194.2021.1913150 https://doi.org/10.1080/10428194.2021.1913150 Self-archived version Tiivistelmä
Diffuusi suurisoluinen B-solulymfooma on yleisin non-Hodgkin-lymfooma. Tauti on luonteeltaan aggressiivinen ja keskimääräinen sairastumisikä on 65 vuotta. Taudin hoidon kulmakivi on intensiivinen ja toksinen yhdistelmäsytostaattihoito. Useista tutkimushankkeista huolimatta merkittävästi parempia ja haitattomampia hoitoja ei ole löydetty.
Sytostaattien tarkat vaikutusmekanismit ovat yhä osittain tuntemattomia yli 70 vuoden käyttökokemuksista huolimatta. Tutkimuksessamme tarkastelemme ferroptoosin roolia solunsalpaajien vaikutusmekanismeissa. Ferroptoosissa oksidatiivinen stressi vaurioittaa solukalvoja, mikä johtaa ionitasapainon menettämiseen ja nesteen siirtymiseen kalvorakanteen yli. Pystyimme osoittamaan, että ferroptoosia indusoivat lääkkeet auranofiini, erastiini ja butioniinisulfoksidi, aiheuttavat ferroptoosiin liittyvän morfologisen muutoksen, mikä on estettävissä ferroptoosin inhibiittoreilla.
Osoitimme että ferroptoosin tyypillinen morfologia voidaan havaita in vitro konvoluutioneuroverkkoon perustuvalla kuvantunnistusmallilla. Selvitimme mallin avulla lymfooman hoidossa käytettyjen sytostaattien ferroptoottista vaikutusta. Syklofosfamidi ja sisplatiini aiheuttivat ferroptoottisen solukuoleman, kun taas doksorubisiini, karboplatiini, etoposidi, sytarabiini tai vinkristiini eivät. Syklofosfamidin toksinen metaboliatuote akroleiini voi aiheuttaa ferroptoosia vähentämällä glutationin määrää soluissa.
DLBCL:n leviäminen keskushermostoon heikentää ennustetta merkittävästi ja levinneen syövän hoitaminen on haastavaa. Kiveksen DLBCL:ään liittyy suurentunut riski taudin leviämiselle keskushermostoon. Kemokiinit tarjoavat biologisesti mielekkään selityksen, sillä niiden fysiologinen rooli on ohjata solujen liikkumista. Kemokiinen on osoitettu liittyvän kiinteiden kasvainten etäpesäkkeiden muodostumiseen. Tarkastelimme CXCR4- ja CXCR5-reittien roolia kivesperäisen DLBCL:n CNS-hakuisuudessa. Havaitsimme, että kivesperäisessä DLBCL:ssä CXCR5:n määrä solukalvolla oli vähentynyt verrattuna systeemiseen tautiin. Teoriassa CXCR5:n vähentynyt aktiivisuus voisi viitata lisääntyneeseen CXCR4-reitin aktiivisuuteen, mikä puolestaan voisi houkutella syöpäsoluja kohti keskushermoston verisuonistoa. CXCR4:n ligandin, CXCL12:n, tiedetään esiintyvän CNS:n verisuonirakenteissa ja toimivan immuunisoluja rajoittavana esteenä tulehdusten aikana. Osajulkaisut Kotkaranta, P., Chan, M., Vuolio, T., Miinalainen, I., Kuitunen, H., Turpeenniemi-Hujanen, T., Teppo, H.-R., Kuittinen, O., & Kuusisto, M. E. L. (2025). DLBCL cells with ferroptosis morphology can be detected with a deep convolutional neural network. Biomedicine & Pharmacotherapy, 182, 117785. https://doi.org/10.1016/j.biopha.2024.117785 https://doi.org/10.1016/j.biopha.2024.117785 Rinnakkaistallennettu versio Kotkaranta P., Kontiainen, P., Chan, M., Kuitunen H., Turpeenniemi-Hujanen T., Teppo H.-R., Kuittinen O., Kuusisto M. E. L. (2025). Commonly used chemotherapy agents induce ferroptosis in DLBCL cell lines. Manuscript in preparation. Ollikainen, R. K., Kotkaranta, P. H., Kemppainen, J., Teppo, H.-R., Kuitunen, H., Pirinen, R., Turpeenniemi-Hujanen, T., Kuittinen, O., & Kuusisto, M. E. L. (2021). Different chemokine profile between systemic and testicular diffuse large B-cell lymphoma. Leukemia & Lymphoma, 62(9), 2151–2160. https://doi.org/10.1080/10428194.2021.1913150 https://doi.org/10.1080/10428194.2021.1913150 Rinnakkaistallennettu versio Academic dissertation to be presented with the assent of the Doctoral Programme Committee of Health and Biosciences of the University of Oulu for public defence in Auditorium 3 of Oulu University Hospital (Kajaanintie 50), on 5 September 2025, at 12 noonAbstract
Diffuse large B-cell lymphoma is the most common non-Hodgkin lymphoma. The disease is aggressive by nature, and the average age of presentation is 65. Despite multiple studies with targeted therapies, no substantial improvements have been achieved, and intensive, highly toxic chemotherapeutics remain central to first-line DLBCL treatment.
Despite being in use for half a century, the exact mechanism of action of these drugs is still partially enigmatic. This research explores the role of ferroptosis in chemotherapeutic agent action. During ferroptosis excessive oxidative stress damages the cell membrane which then extrudes outwards. We demonstrated that the ferroptosis-inducing drugs auranofin, erastin, and buthionine sulfoximine induce this morphological change, whereas known inhibitors reduce or delay the effect.
Our novel approach demonstrates that the unique morphology of ferroptosis in vitro can be detected with a convolutional neural network (CNN) based image detection model. Our model performance was robust enough to allow us to screen multiple chemotherapeutic agents for their ferroptosis-inducing ability. We were able to demonstrate that cyclophosphamide and cisplatin also induce similar morphological changes associated with ferroptosis, but doxorubicin, carboplatin, etoposide, cytarabine, or vincristine did not. We hypothesized that cyclophosphamides toxic metabolite acrolein mediate ferroptotic activity through glutathione depletion. This highlights the toxicity profile of cyclophosphamide, as acrolein causes unique urinary tract toxicity during cancer treatment.
Centran nervous system (CNS) dissemination is a devastating event with an abysmal prognosis. Testicular DLBCL has an increased risk of CNS relapse. Chemokines offer a biologically plausible theory as chemokines relay the chemotaxis signal on cells during embryogenesis and inflammation. They have been implicated in solid cancer metastasis. Our pilot study examined the role of CXCR4 and CXCR5 routes in ptDLBCL CNS tropism. Compared to systemic disease, we saw a decrease in membranous CXCR5 expression in primary testicular DLBCL. Theoretically, the lower activity of CXCR5 could imply increased activity of the CXCR4 route, which might attract cancer cells towards CNS vasculature. CXCR4 ligand CXCL12 is expressed in CNS perivasculature as a chemokine barrier for immune cells.Tiivistelmä
Diffuusi suurisoluinen B-solulymfooma on yleisin non-Hodgkin-lymfooma. Tauti on luonteeltaan aggressiivinen ja keskimääräinen sairastumisikä on 65 vuotta. Taudin hoidon kulmakivi on intensiivinen ja toksinen yhdistelmäsytostaattihoito. Useista tutkimushankkeista huolimatta merkittävästi parempia ja haitattomampia hoitoja ei ole löydetty.
Sytostaattien tarkat vaikutusmekanismit ovat yhä osittain tuntemattomia yli 70 vuoden käyttökokemuksista huolimatta. Tutkimuksessamme tarkastelemme ferroptoosin roolia solunsalpaajien vaikutusmekanismeissa. Ferroptoosissa oksidatiivinen stressi vaurioittaa solukalvoja, mikä johtaa ionitasapainon menettämiseen ja nesteen siirtymiseen kalvorakanteen yli. Pystyimme osoittamaan, että ferroptoosia indusoivat lääkkeet auranofiini, erastiini ja butioniinisulfoksidi, aiheuttavat ferroptoosiin liittyvän morfologisen muutoksen, mikä on estettävissä ferroptoosin inhibiittoreilla.
Osoitimme että ferroptoosin tyypillinen morfologia voidaan havaita in vitro konvoluutioneuroverkkoon perustuvalla kuvantunnistusmallilla. Selvitimme mallin avulla lymfooman hoidossa käytettyjen sytostaattien ferroptoottista vaikutusta. Syklofosfamidi ja sisplatiini aiheuttivat ferroptoottisen solukuoleman, kun taas doksorubisiini, karboplatiini, etoposidi, sytarabiini tai vinkristiini eivät. Syklofosfamidin toksinen metaboliatuote akroleiini voi aiheuttaa ferroptoosia vähentämällä glutationin määrää soluissa.
DLBCL:n leviäminen keskushermostoon heikentää ennustetta merkittävästi ja levinneen syövän hoitaminen on haastavaa. Kiveksen DLBCL:ään liittyy suurentunut riski taudin leviämiselle keskushermostoon. Kemokiinit tarjoavat biologisesti mielekkään selityksen, sillä niiden fysiologinen rooli on ohjata solujen liikkumista. Kemokiinen on osoitettu liittyvän kiinteiden kasvainten etäpesäkkeiden muodostumiseen. Tarkastelimme CXCR4- ja CXCR5-reittien roolia kivesperäisen DLBCL:n CNS-hakuisuudessa. Havaitsimme, että kivesperäisessä DLBCL:ssä CXCR5:n määrä solukalvolla oli vähentynyt verrattuna systeemiseen tautiin. Teoriassa CXCR5:n vähentynyt aktiivisuus voisi viitata lisääntyneeseen CXCR4-reitin aktiivisuuteen, mikä puolestaan voisi houkutella syöpäsoluja kohti keskushermoston verisuonistoa. CXCR4:n ligandin, CXCL12:n, tiedetään esiintyvän CNS:n verisuonirakenteissa ja toimivan immuunisoluja rajoittavana esteenä tulehdusten aikana
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Reactive Oxygen Species-Mediated Mechanisms of Action of Targeted Cancer Therapy
No full textTargeted cancer therapies, involving tyrosine kinase inhibitors and monoclonal antibodies, for example, have recently led to substantial prolongation of survival in many metastatic cancers. Compared with traditional chemotherapy and radiotherapy, where reactive oxygen species (ROS) have been directly linked to the mediation of cytotoxic effects and adverse events, the field of oxidative stress regulation is still emerging in targeted cancer therapies. Here, we provide a comprehensive review regarding the current evidence of ROS-mediated effects of antibodies and tyrosine kinase inhibitors, use of which has been indicated in the treatment of solid malignancies and lymphomas. It can be concluded that there is rapidly emerging evidence of ROS-mediated effects of some of these compounds, which is also relevant in the context of drug resistance and how to overcome it
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
