1,721,035 research outputs found
Genome-wide association studies for milk production traits and persistency of first calving Holstein cattle in Türkiye
No full textThe study presents a comprehensive investigation into the genetic determinants of 100-day milk yield (100DMY), 305-day milk yield (305DMY), total milk yield (TMY), and persistency using first lactation records of 374 Holstein heifers reared in a private farm at Çanakkale province of Türkiye, employing a genome-wide association study (GWAS) approach. The research underscores the substantial genetic component underlying these economically important traits through detailed descriptive statistics and heritability estimations. The estimated moderate to high heritabilities (0.32–0.54) for milk production traits suggest the feasibility of targeted genetic improvement strategies. By leveraging GWAS, the study identifies many significant and suggestively significant single nucleotide polymorphisms (SNP) associated with studied traits. Noteworthy genes have identified in this analysis include BCAS3, MALRD1, CTNND2, DOCK1, TMEM132C, NRP1, CNTNAP2, GPRIN2, PLEKHA5, GLRA1, SCN7A, HHEX, KTM2C, RAB40C, RAB11FIP3, and FXYD6. These findings provide valuable understandings of the genetic background of milk production and persistency in Holstein cattle, shedding light on specific genomic regions and candidate genes playing pivotal roles in these traits. This research contributes valuable knowledge to the field of dairy cattle genetics and informs future breeding efforts to improve milk production sustainability and efficiency in Holstein cattle populations
Estimation of genetic and non-genetic factors effecting some growth, reproduction and production traits of Anatolian buffaloes of Yozgat province in Turkey
No full textBu çalışmada Yozgat ilinde yetiştirici elinde bulunan Anadolu Mandalarında bazı büyüme, üreme ve üretim özellikleri, bu özellikleri etkileyen çevre faktörleri ve genetik parametrelerin tahmin edilmesi ve damızlık mandaların belirlenmesinde bu parametrelerden yararlanma imkânlarının araştırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla Yozgat ilinde TAGEM/66MANDA2015-01 numarasıyla 143 yetiştiriciyle 39 köyde yürütülen “Halk Elinde Anadolu Mandasının Islahı” alt projesinde kayıtlı 1139 baş Anadolu mandasında üreme ve üretim özelikleriyle bunlardan doğan malaklarda büyüme özelliklerine ilişkin kayıtlar kullanılmıştır. Araştırmada büyüme özelliği olarak 2015 ile 2019 yılları arasında doğan malakların doğum ağırlığı, sütten kesim ağırlığı, altıncı ay canlı ağırlığı, bir yaş canlı ağırlığı ile bu özellikler arasındaki ortalama günlük canlı ağırlık artışları incelenmiştir. Belirlenen üreme özellikleri malaklama aralığı ve servis periyodudur. Üretim özelliklerinden ise laktasyon süt verimi, laktasyondaki günlük süt verimi, malaklama aralığındaki günlük süt verimi, pik süt verimi, pike ulaşım süresi ve süt veriminde inişe karşı direnme gücü dikkate alınmıştır.
Çalışmanın istatistik analizleri Minitab ve Wombat programlarından faydalanılarak gerçekleştirilmiştir. Çevre faktörlerinin etkileri en küçük kareler varyans analiziyle tespit edilirken, genetik parametreler ise kısıtlı maksimum olabilirlik metodundan (REML) yararlanarak birey modeli yöntemiyle tahmin edilmiştir.
Araştırma sonunda büyüme özelliklerine ilişkin genel ortalamalar doğum ağırlığında 30,43 ± 0,21 kg, sütten kesim ağırlığında 97,79 ± 1,48 kg, altıncı ay canlı ağırlığında 112,98 ± 1,13 kg, bir yaş canlı ağırlığında 169,40 ± 2,21 kg, doğum ile sütten kesim arasındaki günlük canlı ağırlık artışında 0,441 ± 0,011 kg, doğum ile altıncı ay arasındaki günlük canlı ağırlık artışında 0,459 ± 0,006 kg, doğum ile bir yaş arasındaki günlük canlı ağırlık artışında 0,382 ± 0,006 kg ve altıncı ay ile bir yaş arasındaki günlük canlı ağırlık artışında 0,306 ± 0,009 kg belirlenmiştir. Üreme özelliklerine ilişkin genel ortalamalar malaklama aralığında 470,08 ± 9,32 gün ve servis periyodunda 150,08 ± 9,32 gün tespit edilmiştir. Üretim özelliklerine ilişkin genel ortalamalar laktasyon süt veriminde 860,40 ± 17,60 kg, laktasyondaki günlük süt veriminde 4,447 ± 0,095 kg, malaklama aralığındaki günlük süt veriminde 1,916 ± 0,082 kg, pike ulaşım süresinde 83,34 ± 3,34 gün, pik süt veriminde 5,589 ± 0,116 kg ve süt veriminde inişe karşı direnme gücünde %77,35 ± 1,04 olarak saptanmıştır.
Büyüme özelliklerine ilişkin kalıtım dereceleri yukarıda verilen sırayla 0,28 ± 0,08; 0,45 ± 0,29; 0,56 ± 0,10; 0,76 ± 0,18; 0,32 ± 0,28; 0,54 ± 0,10; 0,69 ± 0,17 ve 0,24 ± 0,19; üreme özelliklerine ilişkin kalıtım dereceleri yukarıda verilen sırayla 0,11 ve 0,11; üretim özelliklerine ilişkin kalıtım dereceleri ise sırasıyla 0,25 ± 0,02; 0,58 ± 0,55; 0,25; 0,25 ± 0,05; 0,25 ± 0,02 ve 0,25 ± 0,02 tahmin edilmiştir. İncelenen büyüme, üreme ve üretim özelliklerin kendi kategorileri içindeki genetik ve fenotipik korelasyonlar genel olarak pozitif ve 0,06 ± 0,03 ile 0,99 ± 0,17 arasında değişmiştir. Bu özellikler arasındaki negatif genetik ve fenotipik korelasyonlar ise -0,04 ± 0,03 ile -0,31 ± 0,12 arasında olmuştur.
Elde edilen bu sonuçlar ışığında yetiştirici şartlarında ekonomik önem taşıyan büyüme, üreme ve üretim özelliklerini etkileyen çevresel faktörlerin bulunduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu etkenlerin seleksiyon programlarında dikkate alınması ve incelenen özelliklerden kalıtım derecesi yüksek olanların seleksiyon ölçütü olarak kullanılmasıyla verimlerin artırılabileceği kanaatine varılmıştır.In this study, it was aimed to reveal some growth, reproduction and production traits and environmental factors affecting them and estimate the genetic parameters. The investigation of possibilities for determining the stud buffaloes of Yozgat province were also goaled by using these parameters. The reproductive and productive data belonging to 1139 Anatolian buffaloes and growth records of their calves were used for this purpose. The data of present investigation were obtained from the sub-project (TAGEM/66/MANDA2015-01) carried out in 39 villages with 143 breeders in Yozgat province under the Community Based Anatolian Buffalo Breeding Project with the coordination of The Ministry of Agriculture and Forestry, General Directorate of Agricultural Research and Policies (GDAR).
Birth weight, weaning weight, live weights at sixth month and twelfth months and average daily live weight gains of calves born between 2015 and 2019 were examined as growth traits. The reproductive traits were calving interval and service period in the study. The lactation milk yield, milk yield per day of lactation period, milk yield per day of calving interval, peak yield, day at peak yield and persistency were taken into consideration as production traits.
Statistical analysis of this study was carried out by using Minitab and Wombat software. While the effects of environmental factors were determined by least squares analysis of variance, genetic parameters were estimated by animal model using the restricted maximum likelihood method (REML).
At the end of the study, the overall means for growth traits were 30.43 ± 0.21 kg at birth, 97.79 ± 1.48 kg at weaning, 112.98 ± 1.13 kg at sixth and 169.40 ± 2.21 kg at twelfth month, 0.441 ± 0.011 kg for daily body weight gain between birth and weaning, 0.459 ± 0.006 kg between birth and six, 0.382 ± 0.006 kg between birth and twelve and 0.306 ± 0.009 kg between six and twelve months of age. The overall means for reproductive traits were found to be 470.08 ± 9.32 days in calving interval and 150.08 ± 9.32 days in service period. The overall means of production traits were 860.40 ± 17.60 kg for lactation milk yield, 4.447 ± 0.095 kg for milk yield per day of lactation period, 1.916 ± 0.082 kg for milk yield per day of calving interval, 83.34 ± 3.34 days for day at peak yield, 5.589 ± 0.116 kg for peak yield and 77.35 ± 1.04% for persistency.
The heritability estimates for growth traits were 0.28 ± 0.08; 0.45 ± 0.29; 0.56 ± 0.10; 0.76 ± 0.18; 0.32 ± 0.28; 0.54 ± 0.10; 0.69 ± 0.17 and 0.24 ± 0.19 respectively. The heritability estimates for reproductive traits were 0.11 and 0.11 respectively. The heritability estimates for production traits were 0.25 ± 0.02, 0.58 ± 0.55; 0.25; 0.25 ± 0.05; 0.25 ± 0.02 and 0.25 ± 0.02 respectively. Genetic and phenotypic correlations within their own categories of growth, reproduction and production traits were generally positive and varied between 0.06 ± 0.03 and 0.99 ± 0.17. The magnitudes of negative genetic and phenotypic correlations between these traits were among -0.04 ± 0.03 and -0.31 ± 0.12.
In the light of these results, it has been determined that some environmental factors affecting the growth, reproduction and production traits of economic importance are available in the breeder condition. As a result, it was concluded that these factors should be taken into account in selection programs and the yields can be increased by using the traits with high heritability as selection criteria.Bu tez çalışması Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü tarafından desteklenmiştir. Proje No: “TAGEM/66MANDA2015-01
Determination of breeding value and genetic trend of holsteins with the aspect of milk yield in the conditions of Afyon
No full textBu çalışmada, Afyon koşullarında iki farklı işletmede 2001 - 2011 yılları arasında yetiştirilen Holştayn ırkı ineklerin birinci laktasyondaki 305 günlük süt verimini etkileyen çevre faktörleri, damızlık değerleri ve bu süre içinde ortaya çıkan genetik yönelimin belirlenmesi hedeflenmiştir.
Varyans analizleri buzağılama yılı ve servis periyodunun 305 günlük süt verimini önemli düzeyde (P<0,05) etkilediğini göstermiştir. Bu özelliğin kalıtım derecesi 0,331 ± 0,137 bulunmuştur. Ortalama damızlık değerlerin inek doğum yılına göre regresyonu ile bulunan genetik yönelim önemsiz olup - 4 kg/yıl olmuştur. Damızlık değerler -1,38 ton ile 1,053 ton arasında bulunmuştur.
Sonuç olarak Afyonkarahisar koşullarında uygulanacak bir seleksiyon programında farklı çevre faktörlerine göre düzeltme yapmanın gerektiği tespit edilmiştir. Araştırmaya konu zaman dilimi içerisinde belirgin bir genetik yönelimin oluşmadığı ancak sürülerdeki genetik varyasyonun ilerleme için uygun bir fırsat meydana getirdiği ve bu sürülerde bilinçli bir yetiştiricilik ile süt veriminin yükseltilebileceği kanaatine varılmıştır.In the study it was aimed to determine the factors affecting first lactation 305-day milk yield, breeding values and genetic trends in Holsteins maintained at two private farm operations in Afyonkarahisar province.
Analysis of variance showed that calving year and days open had significant (P<0,05) effects on 305-day milk yield in first lactation. Heritability of this trait was 0,331 ± 0,137. Genetic trend was estimated by regressing of mean breeding values on birth years of cows. The genetic trend was negative and nonsignificant for 305-day milk yield. This value was found to be -4 kg per year. The estimated breeding values ranged from -1,38 ton to 1,053 ton.
As a result, corrections for significant environmental factors are needed in a selection program and there was a potential for improvement of milk yield in the Holstein herds of Afyonkarahisar provinc
Determination of genetic and environmental factors affecting reproductive and productive characteristics of holstein bred in Kütahya conditions
No full textKütahya ilinde özel bir işletmede yetiştirilmekte olan Holştaynlarda döl ve süt verimi özellikleri, bunlara etkili çevresel faktörler ve genetik parametrelerin tespit edilmesi için yapılan bu çalışmada 740 baş Holştayn ineğe ait kayıtlardan yararlanılmıştır. En küçük kareler analizlerinde ilkine buzağılama yaşı (İBY), gebelik başına tohumlama sayısı (GBTS), servis periyodu (SP) ve buzağılama aralığı (BA) özelliklerinin tohumlama veya buzağılama yılından önemli derecede etkilendiği tespit edilmiştir. İBY, GBTS, SP ve BA için en küçük kareler ortalamaları sırasıyla 714,47 ± 3,001 gün; 1,91 ± 0,078 adet; 111,40 ± 3,08 ve 401,06 ± 3,61 gün bulunmuştur. Servis periyodunun laktasyon süt verimini (LSV) önemli derecede etkilediği ve üçüncü laktasyonda en yüksek verime ulaşıldığı tespit edilmiştir. Laktasyon süresi (LS) sadece buzağılama yılından, kuruda kalma süresi ise laktasyon sırası ve servis periyodundan önemli (P<0,05) düzeyde etkilenmiştir. LSV, LS ve KKS için en küçük kareler ortalamalarının sırasıyla 12119 ± 131 kg, 330,17 ± 3,27 ve 69,45 ± 1,94 gün olduğu tespit edilmiştir. Farklı özelliklere ilişkin kalıtım dereceleri, genetik ve fenotipik korelasyonlar incelenmiş buzağılama aralığına ilişkin kalıtım derecesinin (0,208 ± 0,103) önemli (P<0,05) olduğu saptanmıştır. Ayrıca özellikler arasındaki genetik ve fenotipik korelasyonların seleksiyon programlarında dikkate alınması gerektiği kanaatine varılmıştır.The records of 740 Holstein cows were used to determine the fertility and milk production characteristics, the environmental factors affecting them, and the genetic parameters in Holsteins raised in a private enterprise in the province of Kütahya. Least squares analysis revealed that age at first calving (AFC), services per conception (SPC), service period (SP) and calving interval (CI) were significantly (P<0,05) affected by the breeding or calving year. In the study, least squares mean for AFC was 714.47 ± 3.001 d; for SPC was 1.91 ± 0.078; for SP was 111.40 ± 3.08 d and for CI was 401.06 ± 3.61 d. It was determined that the highest lactation milk yield (LMY) was reached in the third lactation, and this trait significantly (P<0.05) affected by the service period. Lactation length (LL) was only affected by calving year, whereas the effects of parity and SP were significant (P<0.05) on dry period (DP). The least squares means for LMY, LL and DP were 12119 ± 131 kg, 330.17 ± 3.27 ve 69.45 ± 1.94 d, respectively. The heritabilities of different traits, genetic and phenotypic correlations were examined, and it was found that the heritability of the calving interval (0.208 ± 0.103) was significant (P<0.05). In addition, it was concluded that genetic and phenotypic correlations between traits should be considered in selection programs
Estimation of variance components in body and ultrasound carcass traits and associations between these traits and some snp’s in plag1, ncapg, lcorl, and hmga2 genes of anatolian water buffaloes in Afyonkarahisar province
No full textBu çalışmada; Afyonkarahisar ilinde halk elinde yetiştirilen Anadolu Mandalarında büyüme, beden ölçüleri ve ultrasonik karkas özelliklerini etkileyen çevresel faktörlerin tespiti, bu özelliklere ilişkin varyans bileşenleri ile genetik ve fenotipik parametrelerin tahmini ve literatürde büyüme ve beden ölçüleri ile ilişkilendirilen PLAG1, NCAPG, LCORL ve HMGA2 genlerindeki bazı tek nükleotid polimorfizmlerinin (Single Nucleotide Polymorphism, SNP) mandalarda etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışma; Tarım ve Orman Bakanlığı, Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü (TAGEM) koordinasyonunda gerçekleştirilen “Anadolu Mandasının Halk Elinde Islahı” kapsamında Afyonkarahisar ilinde yürütülen alt projede yer alan 118 işletmede 2019 yılında doğan malaklar üzerinden yürütülmüştür. Verisi alınan 740 malaktan yaşanan karantina (COVID-19) önlemlerinin izin verdiği ölçüde, bir yaş değerleri kaydedilmiş ve incelenen özelliğe göre 102 ile 309 arasında değişen bireylerin verileri analizlerde kullanılmıştır. Büyüme, beden ölçüleri ve ultrasonik karkas özelliklerini işletme, doğum mevsimi, cinsiyet, ana yaşı ve doğum ağırlığı gibi çevre faktörlerinin önemli (P<0,05) düzeyde etkileyebileceği ortaya konulmuştur. Malakların büyüme özelliklerinden doğum, altıncı ay ve bir yaş canlı ağırlıklarına ilişkin en küçük kareler ortalamaları sırasıyla 32,70 ± 0,28; 101,80 ± 1,20 ve 175,41 ± 2,06 kg olarak tespit edilmiştir. Bir yaş değerleri tespit edilen beden ölçülerinden cidago yüksekliği, sağrı yüksekliği, beden uzunluğu, ön göğüs genişliği, ön sağrı genişliği, göğüs çevresi ve incik çevresine ilişkin en küçük kareler ortalamaları sırasıyla 108,35 ± 0,34; 111,85 ± 0,37; 103,74 ± 0,41; 33,93 ± 0,23; 30,56 ± 0,23; 135,18 ± 0,60 ve 15,69 ± 0,08 cm bulunmuştur. Bir yaş değerleri tespit edilen ultrasonik karkas özelliklerinden longissimus (Musculus longissimus dorsi) kası alanı, longissimus kası derinliği ve deri altı yağ kalınlığına ilişkin en küçük kareler ortalamaları ise sırasıyla 19,36 ± 0,45 cm2; 3,086 ± 0,028 cm ve 0,655 ± 0,006 cm saptanmıştır. Doğum, altıncı ay ve bir yaş canlı ağırlıklarına ilişkin doğrudan kalıtım dereceleri sırasıyla 0,224 ± 0,019; 0,298 ± 0,025 ve 0,334 ± 0,032; anasal kalıtım dereceleri sırasıyla 0,003 ± 0,337; 0,525 ± 0,316 ve 0,646 ± 0,291 ve toplam kalıtım dereceleri sırasıyla 0,226 ± 0,169; 0,560 ± 0,154 ve 0,656 ± 0,140 bulunmuştur. Beden ölçülerinden cidago yüksekliği, sağrı yüksekliği, beden uzunluğu, ön göğüs genişliği, ön sağrı genişliği, göğüs çevresi ve incik çevresine ilişkin doğrudan kalıtım dereceleri sırasıyla 0,483 ± 0,044; 0,473 ± 0,043; 0,441 ± 0,041; 0,364 ± 0,034; 0,432 ± 0,040; 0,435 ± 0,040 ve 0,226 ± 0,021; anasal kalıtım dereceleri sırasıyla 0,000 ± 0,355; 0,035 ± 0,351; 0,292 ± 0,338; 0,235 ± 0,351; 0,256 ± 0,352; 0,416 ± 0,325 ve 0,761 ± 0,276 ve toplam kalıtım dereceleri sırasıyla 0,483 ± 0,178; 0,491 ± 0,175; 0,587 ± 0,166; 0,481 ± 0,173; 0,560 ± 0,173; 0,643 ± 0,159 ve 0,606 ± 0,133 saptanmıştır. Ultrasonik karkas özelliklerinden longissimus kası alanı, longissimus kası derinliği ve deri altı yağ kalınlığına ilişkin doğrudan kalıtım dereceleri sırasıyla 0,0001 ± 0,000; 0,300 ± 0,026 ve 0,539 ± 0,046; anasal kalıtım dereceleri sırasıyla 0,000 ± 0,704; 0,496 ± 0,326 ve 0,315 ± 0,277 ve toplam kalıtım dereceleri sırasıyla 0,001 ± 0,351; 0,547 ± 0,159 ve 0,697 ± 0,137 tespit edilmiştir. Bir yaş değerleri tespit edilen canlı ağırlık, beden ölçüleri ve ultrasonik karkas özellikleri arasındaki genetik ve fenotipik korelasyonlar 0,02 – 0,90 arasında değişmekte olup, ön göğüs genişliği ile ön sağrı genişliği dışında tüm özellikler arasındaki korelasyonlar önemli (P<0,01) bulunmuştur. Bu çalışmada belirlenen genetik ve fenotipik korelasyonlar 0,02 ile 0,90 aralığında değişmektedir. PLAG1 ve NCAPG genlerindeki SNP’lerin bu hayvan grubunda monomorfik oldukları belirlenmiştir. LCORL ve HMGA2 genlerindeki SNP’lerin ise özellikleri önemli düzeyde etkilemedikleri ancak en küçük kareler ortalamalarının bazı eğilimler gösterdikleri tespit edilmiştir. Sonuç olarak; büyüme, beden ölçüleri ve ultrasonik karkas özelliklerinin çeşitli çevre faktörlerinden önemli düzeyde etkilenebildiği ve bu özelliklerde tahmin edilen kalıtım dereceleri ile aralarındaki genetik ve fenotipik korelasyonların seleksiyon programlarında yararlı olacağı kanaatine varılmıştır.The goals of the study were to determine the environmental factors affecting growth, body measurement, and ultrasound carcass traits, estimate genetic and phenotypic parameters, and detect associations with some single nucleotide polymorphisms (SNP) in PLAG1, NCAPG, LCORL, and HMGA2 genes in Anatolian Buffaloes maintained at private farms of Afyonkarahisar province. The research was carried out on the buffalo calves born in 2019 at 118 farm operations registered to the "Community Based Buffalo Improvement Project" governed by the General Directorate of Agricultural Research and Policies (GDAR) of the Ministry of Agriculture and Forestry. The data was collected from 740 buffalo calves. Only animals with at least two records used to predict the value at one year of age were used in the study. Thus, the number of analysed animals ranged from 102 to 309 according to traits examined and considering pandemic (COVID-19) precautions limiting personnel movement. It has been revealed that environmental factors such as farm, birth season, sex, maternal age, and birth weight could affect growth, body measurements, and ultrasound carcass traits at a significant (P<0.05) level. The least-squares means for body weights at birth, six and twelve months of age were 32.70 ± 0.28, 101.80 ± 1.20, and 175.41 ± 2.06 kg, respectively. The means for wither height, rump height, body length, chest width, hip width, chest circumference, and cannon-bone circumference in yearling calves were 108.35 ± 0.34, 111.85 ± 0.37, 103.74 ± 0.41, 33.93 ± 0.23, 30.56 ± 0.23, 135.18 ± 0.60 and 15.69 ± 0.08 cm, respectively. The means for longissimus muscle area, longissimus muscle depth, and subcutaneous fat thickness in yearling calves were 19.36 ± 0.45 cm2, 3.086 ± 0.028, and 0.655 ± 0.006 cm, respectively. Direct, maternal, and total heritabilities for body weights at birth, six and twelve months of age were 0.224 ± 0.019, 0.298 ± 0.025, and 0.334 ± 0.032; 0.003 ± 0.337, 0.525 ± 0.316, and 0.646 ± 0.291, and 0.226 ± 0.169, 0.560 ± 0.154, and 0.656 ± 0.140, respectively. The same parameter estimates for wither height, rump height, body length, chest width, hip width, chest circumference, and cannon-bone circumference were 0.483 ± 0.044, 0.473 ± 0.043; 0.441 ± 0.041; 0.364 ± 0.034; 0.432 ± 0.040; 0.435 ± 0.040, and 0.226 ± 0.021; 0.000 ± 0.355, 0.035 ± 0.351; 0.292 ± 0.338; 0.235 ± 0.351; 0.256 ± 0.352; 0.416 ± 0.325, and 0.761 ± 0.276, and 0.483 ± 0.178, 0.491 ± 0.175; 0.587 ± 0.166; 0.481 ± 0.173; 0.560 ± 0.173; 0.643 ± 0.159, and 0.606 ± 0.133, respectively. Direct, maternal, and total heritabilities for longissimus muscle area and depth, and subcutaneous fat thickness were 0.0001 ± 0.000, 0.300 ± 0.026, and 0.539 ± 0.046; 0.000 ± 0.704, 0.496 ± 0.326, and 0.315 ± 0.277, and 0.001 ± 0.351, 0.547 ± 0.159, and 0.697 ± 0.137, respectively. All the genetic and phenotypic correlations among body weight, body measurements, and ultrasound carcass traits at twelve months of age were significant (P<0.01) except for the genetic correlation between chest and hip widths. The genetic and phenotypic correlations predicted in this study were ranged from 0.02 to 0.90. SNPs in PLAG1 and NCAPG genes were monomorphic in this population. Additionally, SNPs in the LCORL and HMGA2 genes were not to be found significant but showed some tendencies in the aspects of least-squares means. As a result, it was concluded that various environmental factors affecting growth, body size, and ultrasound carcass traits, as well as inheritance and genetic relationships between these traits, should be considered in buffalo selection programs.Bu tez çalışması; Afyon Kocatepe Üniversitesi Bilimsel Proje Araştırmaları Koordinasyon Birimi (BAPK) Tarafından Desteklenmiştir.
Proje No: “20.SAĞ.BİL.22
Determination of candidate genomic regions associated with growth and ultrasonic carcass traits in ramlic - cross lambs
No full textBu çalışmada farklı kan düzeylerindeki (F1, G1 ve G2) Ramlıç ve Merinos melezi kuzularda büyüme ve ultrasonik karkas özelliklerine ilişkin aday gen bölgelerinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmanın verilerini Afyon Kocatepe Üniversitesi Veteriner Fakültesi Eğitim, Araştırma ve Uygulama Çiftliğinde yetiştirilen ve 2021 – 2022 sezonunda doğmuş 130 baş kuzudan farklı dönemlerde alınan canlı ağırlık, vücut ölçüleri ve ultrasonik karkas özelliklerine ilişkin ölçümler oluşturmuştur. Sütten kesim sonrasında 96 baş kuzuda kandan DNA izolasyonu yapılmıştır. Genotipik veriler DNA örneklerinden Illumina iScan cihazı yoluyla “OvineSNP 50K BeadChip” tüm genom genotipleme kiti ile elde edilmiştir. Araştırmada doğum, 60 ve 90. gün ile sütten kesim ağırlığına ilişkin en küçük kareler genel ortalamaları; sırasıyla 4,640 ± 0,068; 15,221 ± 0,247; 20,503 ± 0,279 ve 27,355 ± 0,342 kg tespit edilmiştir. Farklı dönemler için (60. gün, 90. gün ve sütten kesim) yapılan beden ve ultrasonik ölçümlere ilişkin ortalamalar ise; cidago yüksekliğinde sırasıyla 50,460 ± 0,202; 54,679 ± 0,188 ve 58,700 ± 0,221 cm; göğüs çevresinde 57,099 ± 0,338; 64,210 ± 0,351 ve 72,324 ± 0,341 cm; incik çevresinde 6,641 ± 0,041; 7,089 ± 0,042 ve 7,582 ± 0,047 cm; göğüs genişliğinde 13,452 ± 0,098; 15,018 ± 0,098 ve 16,949 ± 0,114 cm; sağrı genişliğinde 10,025 ± 0,080; 11,432 ± 0,079 ve 13,151 ± 0,092 cm; sağrı yüksekliğinde 50,790 ± 0,205; 54,968 ± 0,199 ve 59,049 ± 0,227 cm; vücut uzunluğunda 46,478 ± 0,236; 51,538 ± 0,235 ve 56,911 ± 0,261 cm; MLD alanında 5,020 ± 0,090; 6,293 ± 0,094 ve 7,718 ± 0,106 cm2; MLD derinliğinde 1,745 ± 0,020; 2,010 ± 0,021 ve 2,293 ± 0,024 cm ve deri altı yağ kalınlığında 0,395 ± 0,005; 0,423 ± 0,004 ve 0,432 ± 0,008 cm saptanmıştır. Bu çalışmada yapılan genom boyu ilişkilendirme analizlerinin tümünde Lambda (λ) değerleri 0,954’ten düşük bulunmuştur. Genom boyu ilişkilendirme analizi sonucunda fikir verici düzeyde (p<0,0001) 116, kromozom çapında (p<0,000026) 22 ve genom çapında önemli (p<0,000001) bir SNP bulunmuştur. Önemli SNP'lerin yakınında bulunan genleri tespit etmek amacıyla NCBI veri tabanında koyunlara ait Oar_3.1 derlemesi kullanılmıştır. Fikir verici düzeyde (p<0,0001) dahil olmak üzere önemli SNP’leri içeren veya yakın genlerden TMEM108, SOX14, PPP1R37, UBE2U, GRID2, NCAM2 ve CAMKMT’nin birden çok özellikle ilişkili olabileceği göz önünde bulundurularak bu genler üzerinde çalışılması gerektiği kanaatine varılmıştır.This study aimed to identify candidate genomic regions associated with growth and ultrasonic carcass traits in Ramlıç and Merino cross lambs at different blood levels (F1, BC1 and BC2). The data for the study were obtained from live weight, body measurements, and ultrasonic carcass traits recorded at different terms from 130 lambs born during the 2021–2022 season at Afyon Kocatepe University, Faculty of Veterinary, Education, Research and Practice Farm. The DNA samples were isolated from the blood of 96 lambs after weaning. Genotypic data were obtained from the DNA samples using the Illumina iScan system with the OvineSNP 50K BeadChip whole genome genotyping kit. The overall least squares - means of the body weight at birth, 60th and 90th days, and weaning were 4.640 ± 0.068, 15.221 ± 0.247, 20.503 ± 0.279, and 27.355 ± 0.342 kg, respectively. The means for body and ultrasound measurements at different terms (60 days, 90 days, and weaning) were as follows: withers height 50.460 ± 0.202 cm, 54.679 ± 0.188 cm, and 58.700 ± 0.221 cm; chest circumference 57.099 ± 0.338 cm, 64.210 ± 0.351 cm, and 72.324 ± 0.341 cm; cannon bone circumference 6.641 ± 0.041 cm, 7.089 ± 0.042 cm, and 7.582 ± 0.047 cm; chest width 13.452 ± 0.098 cm, 15.018 ± 0.098 cm, and 16.949 ± 0.114 cm; rump width 10.025 ± 0.080 cm, 11.432 ± 0.079 cm, and 13.151 ± 0.092 cm; rump height 50.790 ± 0.205 cm, 54.968 ± 0.199 cm, and 59.049 ± 0.227 cm; body length 46.478 ± 0.236 cm, 51.538 ± 0.235 cm, and 56.911 ± 0.261 cm; Musculus longissimus dorsi (MLD) area 5.020 ± 0.090 cm², 6.293 ± 0.094 cm², and 7.718 ± 0.106 cm²; MLD depth 1.745 ± 0.020 cm, 2.010 ± 0.021 cm, and 2.293 ± 0.024 cm; and subcutaneous fat thickness 0.395 ± 0.005 cm, 0.423 ± 0.004 cm, and 0.432 ± 0.008 cm, respectively. Lambda (λ) values found in the study were lower than 0.954 in all GWAS analyses. We identified 116 suggestive (p <0.0001), 22 chromosome-wide (p<0,000026), and one genome-wide significant SNP’s (p < 0.000001) in GWAS. The genes near significant SNPs were determined based on the genome version of reference to the Oar_3.1 assembly of the Ovis aries genome in the NCBI database. TMEM108, SOX14, PPP1R37, UBE2U, GRID2, NCAM2, and CAMKMT genes should be focused on considering their potential association with multiple traits due to containing or closing to the significant SNPs of suggestive evidence (p<0.0001) as well.Bu tez çalışması; Afyon Kocatepe Üniversitesi Bilimsel Proje Araştırmaları Koordinasyon Birimi (BAPK) Tarafından Desteklenmiştir.
Proje No: “21.SAĞ.BİL.22
Determination of Environmental Factors Affecting Live Weight and Body Measurements of Pirlak Sheep in the Village Conditions of Afyonkarahisar Province
No full textBu çalışma ile Afyonkarahisar ili Şuhut İlçesi Atlıhisar Köyünde Pırlakların Halk Elinde Islahı Projesinde kayıtlı dört elit sürüde bulunan 250 koyun ve 19 koça ait canlı ağırlık ve beden ölçüleri incelenmiştir. Literatürde bu konu ile ilgili başka bir bilgi olmaması sebebiyle Pırlaklarda ergin yaşta canlı ağırlık ve beden ölçülerine ait bilgilerin elde edildiği ilk çalışma budur.
Analizlerde en küçük kareler ortalamaları canlı ağırlıkta 79,042±0,798 kg, cidago yüksekliğinde 79,938±0,331 cm, göğüs çevresinde 105,107±0,604 cm, göğüs derinliğinde 34,297±0,183 cm, göğüs genişliğinde 23,185±0,125 cm, incik çevresinde 9,517±0,043 cm, sağrı genişliğinde 21,757±0,119 cm ve vücut uzunluğunda 80,817±0,353 cm olarak tespit edilmiştir.
Cinsiyet ve işletme faktörlerinin canlı ağırlık ve beden ölçülerinin tamamında yüksek düzeyde (P<0,01) etkili olduğu belirlenmiştir. Yaş faktörü ise cidago yüksekliği, göğüs genişliği ve incik çevresinde önemsiz, canlı ağırlık ve diğer beden ölçülerinde ise yüksek düzeyde önemli (P<0,01) olmuştur.
Araştırma sonuçları ile Pırlakların Türkiye yerli ırklarının büyük bir kısmından üstün canlı ağırlık ve beden ölçülerine sahip olduğu görülmüştür. Halk Elinde Islah Projesi çalışmalarının başarılı olduğu ve seleksiyonun yetiştiricilerin istediği yönde sonuçlar verdiği belirlenmiştir.Live weight and body measurements of 250 Pirlak ewes and 19 rams were examined. This is the first study in this context and there are no other studies on the Pirlak sheep. Least squares means for live weight, height at withers, chest girth, chest depth, shank circumference, rump width and body length were 79,042±0,798 kg,79,938±0,331 cm, 105,107±0,604 cm, 34,297±0,183 cm, 23,185±0,125 cm, 9,517±0,043 cm, 21,757±0,119 cm, 80,817±0,353 cm respectively.
Effects of gender and farm operations were highly significant (P<0,01) on live weight and body measurements. The effects of age was found to be non significant in height at withers, hearth girth and shank circumference whereas this factor were significantly (P<0,01) effected the live weight and the other body measurements.
As a result it was found for the Pirlaks to be superior from some major native sheep breeds. The project named Animal Improvement in Private Farm Conditions gave birth some successful and in desirable results
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Determination ofinfluences of some genetic and environmental factors on fertility and preweaning growth traits and estimation of selection indexes for these traits in pırlak sheep
No full textBu çalışmada Pırlaklardabazı genetic ve çevresel faktörlerin döl verimive sütten kesim öncesi büyüme özellikleri üzerine etkilerinin incelenmesi, bu özelliklere ilişkin genetik parametrelerin hesaplanarak seleksiyon indeks denklemlerinin kurulması ve böylece verim özelliklerinin iyileştirilmesi yollarının ortaya konulması hedeflenmiştir. Araştırma verileri Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü’ nün Kütahya Pırlak-I Halk Elinde Islah Projesi kapsamındaki dört Pırlak elit sürü işletmesinden 2015 - 2016 yılları arasında derlenmiştir.
Bir doğumdaki kuzu sayısı 1,13 bulunmuştur. Kuzuların doğum, 60., 75., 90., 105., 120. ve 130. gün canlı ağırlıklarına ait en küçük kareler ortalamaları sırasıyla 3,757; 14,248; 16,346; 18,556; 20,355; 21,299 ve 25,189 kg olarak tespit edilmiştir. Çalışmada kuzuların 60., 75., 90., 105., 120. ve 130. gün kabuk altı yağ derinliğine ait en küçük kareler ortalamalarının sırasıyla 1,605 mm; 1,715 mm; 1,997 mm; 2,175 mm; 2,529 mm ve 2,720 mm olduğu belirlenmiştir. Kuzuların 60., 75., 90., 105., 120. ve 130. gün göz kası derinliğine ait en küçük kareler ortalamaları sırasıyla 1,515 cm; 1,608 cm; 1,726 cm; 1,809 cm; 1,814 cm ve 2,014 cm olarak saptanmıştır. Kuzuların 60., 75., 90., 105., 120. ve 130. gün göz kası genişliğine ait en küçük kareler ortalamaları sırasıyla 4,339 cm; 4,532 cm; 4,974 cm; 5,272 cm; 5,467 cm ve 5,668 cm bulunmuştur. Kuzuların 60., 75., 90., 105., 120. ve 130. gün göz kası alanına ait en küçük kareler ortalamaları 4,510 cm2; 5,165 cm2; 6,006 cm2; 6,615 cm2; 6,961 cm2 ve 8,149 cm2 olmuştur. Bir doğumdaki kuzu sayısı üzerine coğrafi bölgenin ve doğum zamanın etkisi önemli (P<0,05) olmuştur. Farklı büyüme dönemlerinde incelenmiş olan canlı ağırlık, kabuk altı yağ derinliği, göz kası derinliği, göz kası genişliği ve göz kası alanı üzerine, coğrafi bölgenin, doğum zamanının, cinsiyetin, doğum tipinin, doğum ağırlığının, ana yaşının ve sütten kesim yaşının etkisi kimi dönemlerde önemsiz, kimi dönemlerde ise farklı düzeylerde önemli (P<0,05) bulunmuştur.
Verim özelliklerine ait kalıtım dereceleri Wombat programı kullanılarak analiz edilmiştir. Döl verimi, doğum ağırlığı, 60., 75., 90., 105., 120. ve 130. gün canlı ağırlık verilerine ilişkin toplam kalıtım dereceleri sırasıyla 0,30 ± 0,11; 0,94 ± 0,15; 0,19 ± 0,09; 0,29 ± 0,12; 0,33 ± 0,13; 0,49 ± 0,15; 0,23 ± 0,10 ve 0,30 ± 0,15 hesaplanmıştır. Kabuk altı yağ derinliği, göz kası derinliği, göz kası genişliği ve göz kası alanına ilişkin toplam kalıtım dereceleri sırasıyla 60. günde 0,14 ± 0,13; 0,025 ± 0,09; 0,23 ± 0,14 ve 0,15 ±0,13; 75. günde 0,22 ± 0,11; 0,18 ± 0,10; 0,87 ± 0,19 ve 0,16 ±0,11; 90. günde 0,52 ± 0,15; 0,15 ± 0,09; 0,99 ± 0,19 ve 0,09 ±0,07; 105. günde 0,18 ± 0,09; 0,09 ± 0,07; 0,30 ± 0,11 ve 0,12 ± 0,07; 120. günde 0,23 ± 0,10; 0,19 ± 0,10; 0,10 ± 0,08 ve 0,18 ± 0,09 ve 130. günde 0,04 ± 0,11; 0,23 ± 0,14; 0,10 ± 0,12 ve 0,25 ± 0,14 bulunmuştur. Kuzuların doğum ağırlığı (X1) ile 90. gün canlı ağırlığı (X2) özellikleri kullanılarak, I = 0,777 X1 + 0,386 X2; 90. gün canlı ağırlık (X1) ile 90. gün göz kası derinliği (X2) kullanılarak, I= 0,418 X1 + 0,066 X2; 90. gün canlı ağırlığı (X1) ile 90. gün kabuk altı yağ derinliği (X2) kullanılarak I = 0,238 X1 + 0,290 X2 şeklinde indeks denklemleri oluşturulmuştur.
Sonuç olarak farklı çevre faktörlerinin etkilerinin bir seleksiyon programında göz önünde bulundurulması gerektiği tespit edilmiş olup, farklı özelliklerde bulunan genetik parametrelerin bu ırkta döl verimi ve büyümeyi artırma potansiyeli olduğu ve kurulan seleksiyon indekslerinin ıslahı hızlandırabileceği kanaaitine varılmıştır.In this study, it was aimed to investigate the effects of some genetic and environmental factors on the fertility and pre-weaning growth characteristics of Pırlaks, and establish selection indices by estimating genetic parameters related to these traits to improve the yield characteristics. The data were collected from the four Pırlak elite herds in the project of ''Improvment of Pırlaks in Public Hand'' conducted by the General Directorate of Agricultural Research and Policies among 2015 and 2016.
Birth rate was found to be 1,13 per ewe. Least square means for birth weight, 60th, 75th, 90th, 105th, 120th and 130th days weights were 3,757; 14,248; 16,346; 18,556; 20,355; 21,299 ve 25,189 kg respectively. In the study, least square means of lambs for 60th, 75th, 90th, 105th, 120th and 130th days backfat thickness were 1,605 mm; 1,715 mm; 1,997 mm; 2,175 mm; 2,529 mm and 2,720 mm respectively. Least square means of lambs for 60th, 75th, 90th, 105th, 120th and 130th days eye muscle depth were 1,515 cm; 1,608 cm; 1,726 cm;1,809 cm; 1,814 cm and 2,014 cm respectively. Least square means of lambs for 60th, 75th, 90th, 105th, 120th and 130th days eye muscle width were found to be 4,339 cm; 4,532 cm; 4,974 cm; 5,272 cm; 5,467 cm and 5,668 cm respectively. Least square means of lambs for 60th, 75th, 90th, 105th, 120th and 130th days eye muscle area were 4,510 cm2; 5,165 cm2; 6,006 cm2; 6,615 cm2; 6,961 cm2 and 8,149 cm2 respectively. The effect of geographical region and birth time on the litter size was significant (P <0,05). The effects of the geographic region, birth time, sex, birth type, birth weight, age of dam and weaning age on live weight, backfat thickness, eye muscle depth, eye muscle width and eye muscle area of lambs examined in different growth periods were insignificant in a given periods but in some periods those effects were found to be significant (P <0,05) at different levels.
The total heritabilities of yield characteristics were analyzed using the Wombat program. For litter size, birth weight, 60th, 75th, 90th, 105th, 120th and 130th day live weight of total heritability were calculatedas 0,30 ± 0,11; 0,94 ± 0,15; 0,19 ± 0,09; 0,29 ± 0,12; 0,33 ± 0,13; 0,49 ± 0,15; 0,23 ± 0,10 ve 0,30 ± 0,15 respectively. The total heritability of backfat thickness, eye muscle depth, eye muscle width and eye muscle area were found for 60th day 0,14 ± 0,13; 0,025 ± 0,09; 0,23 ± 0,14 ve 0,15 ±0,13; for 75th day0,22 ± 0,11; 0,18 ± 0,10; 0,87 ± 0,19 ve 0,16 ±0,11; for 90th day 0,52 ± 0,15; 0,15 ± 0,09; 0,99 ± 0,19 ve 0,09 ±0,07; for 105th 0,18 ± 0,09; 0,09 ± 0,07; 0,30 ± 0,11 ve 0,12 ± 0,07; for 120th 0,23 ± 0,10; 0,19 ± 0,10; 0,10 ± 0,08 ve 0,18 ± 0,09 and for 130th day 0,04 ± 0,11; 0,23 ± 0,14; 0,10 ± 0,12 ve 0,25 ± 0,14 respectively. The selection indexes constructed using by birth weight of lambs (X1) and live weight of lambs at 90th day (X2) as follows: I = 0,777 X1 + 0,386 X2 ; live weight of lambs at 90th day (X1) and eye muscle depth of lambs at 90th day (X2) as follows: I= 0,418 X1 + 0,066 X2 and live weight of lambs at 90th day (X1) and backfat thickness of lambs at 90th day (X2) as follows: I = 0,238 X1 + 0,290 X2.
As a result, it has been determined that the effects of different environmental factors should be taken into consideration in a selection program, and it is concluded that the genetic parameters of different characteristics have the potential to increase reproductive and growth performance for Pırlak’s and the established selection indexes could be accelerate the improvement
- …
