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    Identificazione e tracciamento di materiali chirurgici con tecniche RFId

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    Oggetto del presente lavoro è lo studio di un’applicazione delle tecnologie wireless, in particolare dei sistemi di identificazione a radiofrequenza comunemente noti come RFID, in ambito sanitario, per l’automatizzazione del processo di gestione della strumentazione chirurgica all’interno di una sala operatoria. I sistemi RFID costituiscono una tecnologia di localizzazione e tracciabilita' automatica attraverso una trasmissione a radiofrequenza. E' una tecnologia capace di conferire agli oggetti un’identita' univoca ed una propria memoria, consentendo operazioni di tracciamento, ricerca, identificazione, selezione e localizzazione. Background - Le garze chirurgiche, utilizzate per assorbire il sangue o altri liquidi nella zona di incisione, possono essere lasciate all’interno del paziente. Al riguardo gli ospedali hanno sviluppato protocolli rigorosi per la gestione delle garze in sala operatoria: il conteggio manuale del materiale è una delle fondamentali procedure effettuate. In particolare queste procedure prevedono che il numero di garze e tamponi disponibili sia noto e che, ripetutamente nel corso dell’intervento ed ad operazione conclusa, venga riconteggiato manualmente il numero di garze usato e quello rimasto inutilizzato. Tuttavia processi manuali come quelli descritti, soprattutto in casi di urgenza o di complicanze inattese, sono comprensibilmente soggetti ad una certa frequenza di errori e la perdita accidentale di garze chirurgiche a seguito di un intervento, rimane ancora oggi un problema irrisolto. A tali protocolli di gestione è comunemente affiancato l’utilizzo di garze chirurgiche che presentano un elemento radiopaco, al fine di consentirne il ritrovamento tramite raggi X. Tale sistema non permette ovviamente una prevenzione dell’errore ma consente solo di controllare se la garza sia rimasta all’interno del paziente a fine intervento, con l’aggravio di dover sottoporre i pazienti ad una dose non necessaria di radiazioni e ad un aumento dei costi per la struttura ospedaliera. Descrizione del progetto. Questo lavoro descrive un differente approccio al problema. L’idea è quella di marcare le pezze chirurgiche utilizzate all’interno della camera operatoria tramite tag RFID, per la realizzazione di un sistema di identificazione e localizzazione automatizzato, che abbia la doppia finalita' di supportare il personale medico nella gestione di tale materiale all’interno della camera e di fornire un valido strumento di ricerca nel caso di perdita accidentale delle garze chirurgiche all’interno del paziente, migliorando le condizioni di sicurezza di quest’ultimo e prevenendo ricadute negative sia per il chirurgo che per la struttura ospedaliera. Lo sviluppo del progetto si è articolato nelle seguenti fasi. Una prima fase di studio di fattibilita', ovvero di analisi finalizzata alla comprensione dei singoli processi e dell’ambiente di applicazione. Una seconda, di studio delle tecnologie RFID attualmente commercializzate e di valutazione del materiale piu' adatto all’applicazione in studio, seguita da una fase di ricerca per l’acquisto di tale materiale. Una terza, di verifica sperimentale al fine di misurare e valutare le prestazioni dell’architettura progettata; infine un’ultima fase, di realizzazione del prototipo e di sviluppo del software di controllo che consente l’interazione con le antenne RFID per la gestione del materiale marcato. L’Applicazione - L’ambiente operativo da predisporre è costituito da: • garze marcate da tag RFID passivi a frequenza HF; • un reader costituito da un controller al quale sono agganciate 2 antenne esterne a frequenza HF, una fissa ed una portatile; • un PC da utilizzare come sistema di controllo sul quale è presente il sw per la gestione dell’RFID. La procedura prevede una prima operazione di registrazione e conteggio delle garze preparate per l’intervento, sempre predisposte in pacchi sterili contenenti stessa quantita' e stessa tipologia di materiale. E' possibile effettuarla tramite un passaggio delle garze marcate nel campo d’azione dell’antenna RFID fissa e l’utilizzo del sw di interfaccia per la conta automatica. Il risultato della prima fase di identificazione è visualizzabile sul monitor del PC, sul quale viene indicata la quantita' di garze entrate in sala operatoria, suddivisa per tipologia. Al termine dell’intervento, deve essere effettuata una seconda operazione di registrazione, conteggio e verifica finale. Anche in questo caso l’identificazione ed il conteggio vengono eseguite tramite un passaggio delle garze nel campo d’azione dell’antenna RFID fissa. Se il materiale utilizzato è già sistemato all’interno di un apposito contenitore di scarto, è possibile effettuare tali operazioni mantenendo il materiale nel contenitore. Il confronto tra le garze registrate nella prima e nella seconda operazione di conteggio, consente quindi di effettuare in modo automatico il conteggio di verifica finale. Il risultato di tale verifica viene visualizzato sul monitor del PC ed opportuni messaggi indicano quantità e tipologia delle garze eventualmente mancanti. In caso di perdita accidentale, tramite l’utilizzo dell’antenna RFID portatile è invece possibile effettuare, prima della chiusura dell’incisione, la ricerca del materiale direttamente all’interno del paziente. In caso di rilevamento delle garze, sul monitor del PC viene visualizzato un opportuno messaggio con la tipologia del materiale ritrovato e viene effettuato un nuovo conteggio di verifica. Se la verifica dà esito positivo, si puo' procedere alla rimozione della garza ed alla chiusura del paziente, altrimenti sara' ovviamente necessario proseguire con la ricerca. Conclusioni - Lo studio realizzato ha consentito di progettare un sistema automatizzato per la gestione delle garze chirurgiche all’interno di una camera operatoria, che presenta notevoli vantaggi rispetto ai sistemi manuali attualmente adottati. I principali sono: • un’automatizzazione delle procedure di gestione del materiale della sala operatoria, aumentandone l’efficienza; • l’eliminazione dell’errore umano; • la realizzazione di un sistema che non risulta né dannoso, né invasivo per il paziente; l’intensità dei campi elettromagnetici utilizzati non è nociva per gli esseri umani ed è garantita la compatibilita' elettromagnetica con la restante strumentazione elettronica presente in una sala operatoria. A seguito alle risultanze positive provenienti dalle attività di verifica sperimentale precedentemente descritte, al momento attuale, si ritiene opportuno effettuare un’analisi dei costi e dei benefici finalizzata alle risultanze economiche attese dal progetto di ricerca al fine di completare la valutazione preliminare sull’effettiva opportunita' di lanciare sul mercato il sistema descritto. Tale ulteriore valutazione consentirebbe a potenziali investitori interessati al prodotto di stimare in termini economici ed in maniera ancor piu' completa l’effettivo valore aggiunto che l’attività di ricerca è in grado di offrire rispetto alle attuali procedure.In this work we study the application of wireless technologies, in particular the radiofrequency identification systems known as RFId, to automatize the handling of surgical instruments inside an operation hall. RFId is a technology of automatic localization and tracking through radiofrequency transmission. This technology allows to give ob jects a unique identity and a memory, thus allowing tracking, searching, identification, selection and localization. Background - Surgical gauzes, used to absorb blood and other liquids within the surgical zone, might be left inside the body of patients. For this reason hospitals developed rigorous protocols for handling bandages in the operation hall, starting with the fundamental procedure of manual counting. These procedures assume that the total number of gauze and swabs available is known and that, during and at the end of the surgery are manually counted, both for the used and unused ones. Unfortunately manual counting is frequently sub ject to errors, especially in urgent or complicated cases, so that accidental loss of surgical gauzes is still an open problem. Often the control procedures include using surgical gauzes containing elements opaque to radiation, so that they can be traced with x rays. This system does not allow preventing errors, but controlling if the bandage was left inside the patient body at the end of the operation. Moreover patients are compelled to absorb an unnecessary radiation dose and the cost for hospitals increases. Pro ject description - This work describes a different approach to the problem. The underlying idea consists in marking the surgical gauzes used inside the operation hall with an RFId tag, in order to implement an automatic identification and localization system. The approach is twofold, helping the medical personnel in handling the materials within the surgical hall and offering a valid research instrument in case of accidental loss of the surgical swabs within the patient, with increased security for him/her and preventing negative consequences for the surgeon and the hospital. The pro ject development was made in the following phases. A first phase is a feasibility study, i.e. an analysis finalized to the comprehension of the elementary processes and the surgical environment. A second phase consisted in studying the RFId technologies available nowadays and evaluating the most appropriate materials for the application in surgery, followed by a phase of research and acquisition of the materials. The final phases implied the experimental tests, in order to measure and evaluate the performance of the system setup, the preparation of a prototype and the development of the control software allowing the interaction with the RFId tags for handling the marked materials. The prototype - One should start by performing the following steps. • prepare gauzes including RFId passive tags using high frequency HF; • a reader including a controller with two external HF antennas, one fixed, the other one portable; • a computer to be used as control system equipped with the software to handle RFId’s. The procedure includes a first stage of registration and counting of the gauzes prepared for the surgery, organized in sterile packages containing the same type and quantity of material. It is possible to implement this step passing the marked gauzes in the active region of the fixed RFId antenna and using the interface software for automatic counting. The result of this identification phase can be visualized on the computer monitor, where the number of gauzes entering the operation hall, divided by type. At the end of the operation, a second registration step is made, including counting and verification. In this case too, identification and counting are made passing the gauzes in the field of the fixed RFId antenna. A specific output container can be used for the used materials. Comparison between the gauzes registered at the beginning and the end permits the automatic counting for the final check. The result of the check is visualized on the computer monitor and specific messages indicate the possible missing items. In case of accidental loss, using the portable RFId antenna it is possible to start searching for the missing gauzes, before the final dismiss of the patient. In case of detection of the gauze, a message is visualized on the computer monitor reporting the type of item found and then a new counting verification starts. If the new counting is positive the check can be terminated, otherwise it will be necessary to continue searching. Conclusions - The study performed allowed to prepare an automatic system for handling surgical gauzes inside an operation hall, with important advantages with respect to the manual methods used nowadays. The main advantages are listed below. • automatization of materials handling during surgery, with increased efficency; • avoidance of human errors; • implementation of a system which does not produce damages, is not invasive for the patient. Moreover the electromagnetic fields used are of low intensity and not harmful for human beings, and electromagnetic compatibility with the electronic instruments used during the operation is also granted. Following the positive results derived from the experimental tests described earlier, we believe it would be useful to perform a cost and benefit analysis of the research pro ject, in order to evaluate the timeliness of commercializing the system. This further evaluation would allow to estimate the added value of the research in economic terms

    Computational analysis of the S. cerevisiae proteome reveals the function and cellular localization of the least and most amyloidogenic proteins

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    Protein sequences have evolved to optimize biological function that usually requires a well-defined three-dimensional structure and a monomeric (or oligomeric) state. These two requirements may be in conflict as the propensity for β-sheet structure, which is one of the two most common regular conformations of the polypeptide chain in folded proteins, favors also the formation of ordered aggregates of multiple copies of the same protein (fibril, i.e., polymeric state). Such β-aggregation is typical of amyloid diseases that include Alzheimer's, Parkinson's, and type II diabetes as well as the spongiform encephalopaties. Here, an analytical model previously developed for evaluating the amyloidogenic potential of polypeptides is applied to the proteome of the budding yeast (Saccharomyces cerevisiae). The model is based on the physicochemical properties that are relevant for β-aggregation and requires only the protein sequence as input. It is shown that β-aggregation prone proteins in yeast are accrued in molecular transport, protein biosynthesis, and cell wall organization processes while they are underrepresented in ribosome biogenesis, RNA metabolism, and vitamin metabolism. Furthermore, β-aggregation prone proteins are much more abundant in the cell wall, endoplasmic reticulum, and plasma membrane than in the nucleolus, ribosome, and nucleus. Thus, this study indicates that evolution has not only prevented the selection of amyloidogenic sequences in cellular compartments characterized by a high concentration of unfolded proteins but also tried to exploit the β-aggregated state for certain functions (e.g. molecular transport) and in well-confined cellular environments or organelles to protect the rest of the cell from toxic (pre-)fibrillar species. © 2007 Wiley-Liss, Inc

    Correlation between mRNA expression levels and protein aggregation propensities in subcellular localisations

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    We investigate the relationship between mRNA expression levels and protein aggregation propensities at the proteomic level, and find that these quantities exhibit a significant correlation when they are averaged across subcellular localisations. In order to investigate this phenomenon, we study the dependence of mRNA expression levels and protein aggregation propensities on the volume of the corresponding subcellular localisations, finding that proteins tend to be increasingly more abundant and more soluble with decreasing volumes of their subcellular localisations. These results indicate that the maintenance of protein solubility plays an even greater role than previously thought in sustaining protein homeostasis. © 2009 The Royal Society of Chemistry

    Predictions of protein-RNA interactions

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    Ribonucleoprotein interactions play important roles in a wide variety of cellular processes, ranging from transcriptional and posttranscriptional regulation of gene expression to host defense against pathogens. High throughput experiments to identify RNA-protein interactions provide information about the complexity of interaction networks, but require time and considerable efforts. Thus, there is need for reliable computational methods for predicting ribonucleoprotein interactions. In this review, we discuss a number of approaches that have been developed to predict the ability of proteins and RNA molecules to associate

    Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis

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    The present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed

    Physicochemical Principles of Protein Aggregation

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    This chapter provides a theoretical framework on the quantitative description of protein aggregation. The reader is provided with an overview of the fundamental theory of linear and helical polymers, as well as an introduction on the parameters governing evolution of aggregates over time. The models presented for the interpretation of the protein aggregation process take into account the contributions of different physicochemical parameters such as charge, hydrophobicity, and secondary structure propensity. Finally, we discuss our current understanding of how prediction of aggregation rates and identification of aggregation-prone protein regions are predicted from the information contained in the primary amino acid sequence. © 2013 Elsevier Inc

    Sequence-Based Prediction of Protein Behavior

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    This chapter contains sections titled: Introduction The Strategy of the Zyggregator Predictions Aggregation Under Other Conditions Prediction of the Cellular Toxicity of Protein Aggregates Relationship to Other Methods of Predicting Protein Aggregation Propensities Competition between Folding and Aggregation of Proteins Prediction of Protein Solubility from the Competition between Folding and Aggregation Sequence‐Based Prediction of Protein Interactions with Molecular Chaperones Summary Reference
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