1,721,032 research outputs found
Identification of High Economic Value Coral Reef Fish Using Genetic Methods in Indonesian waters
No full textIkan karang merupakan komoditas perikanan bernilai ekonomi tinggi di Indonesia, baik untuk konsumsi domestik maupun ekspor. Identifikasi ikan karang sering terkendala oleh kemiripan morfologi antarspesies, sehingga pendekatan genetik melalui DNA barcoding menjadi solusi untuk meningkatkan keakuratan identifikasi. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi ikan karang ekonomis tinggi menggunakan DNA barcoding berbasis gen Cytochrome Oxidase I (COI). Sebanyak 50 sampel ikan dianalisis melalui ekstraksi DNA, amplifikasi dengan primer universal FishF1-FishR1 menggunakan PCR, elektroforesis, serta sekuensing. Data sekuens dianalisis menggunakan BLAST pada GenBank (NCBI) dan BOLD system, sementara pohon filogeni dibangun dengan model Kimura 2-Parameter (K2P) menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ) dengan 1000 bootstrap melalui MEGA 11. Hasil menunjukkan bahwa 49 sampel berhasil teridentifikasi mencakup 17 spesies, dengan genus Epinephelus dan Lutjanus mendominasi, serta membentuk tiga klad utama yang mencerminkan hubungan kekerabatan antarspesies. Identifikasi genetik ini memberikan kontribusi dalam pengelolaan sumber daya ikan karang secara berkelanjutan.Reef fish is a fishery commodity of high economic value in Indonesia, both for domestic consumption and export. The identification of reef fish is often constrained by morphological similarities between species, so the genetic approach through DNA barcoding is a solution to improve the accuracy of identification. This study aims to identify high-economy reef fish using DNA barcoding based on the Cytochrome Oxidase I (COI) gene. A total of 50 fish samples were analyzed through DNA extraction, amplification with FishF1-FishR1 universal primer using PCR, electrophoresis, and sequencing. Sequence data was analyzed using BLAST on GenBank (NCBI) and BOLD system, while phylogeny trees were constructed using the Kimura 2-Parameter (K2P) model and the Neighbor-Joining (NJ) method with 1000 bootstraps via MEGA 11. The results showed that 49 samples were successfully identified, covering 17 species dominated by Epinephelus and Lutjanus, and forming three main clades reflecting the kinship relationship between species. This genetic identification contributes to the sustainable management of coral fish resources
Identifikasi Molekuler, Keragaman Genetik Dan Karakteristik Habitat Siput Laut (Nudibranchia) Dari Beberapa Populasi Di Indonesia
No full textNudibranchia berasal dari “Nudus” berarti telanjang dan “Branchia” yang berarti insang. Spesies Nudibranchia yang telah teridentifikasi di kawasan perairan Indonesia sebanyak 59 spesies dan terdiri dari 15 famili. Namun, eksplorasi di studi tentang jenis-jenis nudibranch di Indonesia masih jarang dilakukan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi serta menganalisis keragaman genetik nudibranch di Indonesia dengan menggunakan metode molekuler, menganalisis karakteristik habitat dan hubungannya dengan spesies nudibranch di Indonesia. Metode yang digunakan adalah DNA Barcoding dengan marka mitokondria lokus Cytochrom oxidase 1 (CO1). Hasil BLAST yang diinterpretasikan dalam pohon filogenetik menghasilkan 14 spesies nudibranch dari 30 sampel dengan tujuh lokasi di Indonesia. Keragaman haplotipe untuk setiap spesies nudibranch berbeda-beda dengan kategori rendah hingga sedang serta memiliki nilai keragaman genetik 0 - 0.5. Nilai keragaman genetik rendah terdapat pada spesies Phyllidiella pustulosa di Gosong pramuka, Phyllidiella pustulosa di Papua, Phyllidia ocellata di Papua, Phyllidiella pustulosa, Phyllidia ocellata, Chromodoris annae and Elysia cf marginata di Papua, Phyllidia elegans dan Phyllidia coelestis di Luwuk, Phyllidia varicosa di Nusa Penida, Taringa caudata di Pulau Dapur, Doriprismatica atromarginata, Mexichromis multituberculata, Risbecia tyroni, Chromodoris striatella di Teluk Jakarta. Nilai keragaman genetik sedang terdapat pada Phyllidiella pustulosa di Luwuk, Nusa Penida dan Biak, Chromodoris magnifica di Nusa Penida, serta Plakobranchus sp. di Papua. Hubungan karakteristik habitat dengan spesies nudibranch didapatkan melalui Correspondence Analysis (CA) yang menjelaskan spesies nudibranch yang termasuk kedalam famili Phyllidiidae habitatnya adalah terumbu karang dan spesies dalam famili Chromodorididae banyak mendiami rubbel sebagai habitatnya
Pertumbuhan dan Kelangsungan Hidup Karang Hydnophora rigida (Dana 1846), Acropora nobilis (Dana 1846), dan Acropora microphthalma (Verrill 1859) yang Ditransplantasikan di Perairan Pulau Kelapa, Kepulauan Seribu.
No full textTekanan lingkungan baik bersifat alami maupun antropogenik menyebabkan degradasi ekosistem terumbu karang di Kepulauan Seribu, diantaranya pencemaran minyak tahun 2003-2004 (Taman Nasional Kepulauan Seribu 2004), polusi, perikanan berlebih dan merusak, El nino, serta perubahan fungsi habitat (Yusri & Estradivari 2007; Suharsono 2005; Ongkosongo 1986 in Setyawan et al. 2011; Burke et al. 2002). Tutupan karang keras Kepulauan Seribu pada tahun 2009 hanya sebesar 34,3% (Setyawan et al. 2011). Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui pertumbuhan dan kelangsungan hidup karang yang ditransplantasikan di Pulau Kelapa, Kepulauan Seribu. Jenis karang yang diteliti adalah H. rigida, A. nobilis, dan A. microphthalma. Pengamatan meliputi pertumbuhan panjang dan lebar fragmen karang, ketahanan hidup dan kualitas perairan. Pengambilan data dilakukan secara langsung sebanyak empat kali selama sebelas bulan yaitu pada bulan September 2010, Januari 2011, Mei 2011, dan Juli 2011. Data pertumbuhan dianalisis ukuran panjang dan lebarnya, sedangkan kualitas perairan dianalisis di Laboratorium Produktifitas Lingkungan Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Insitut Pertanian Bogor. Pertumbuhan mutlak tinggi dan lebar H. rigida sebesar 2,55±5,38 cm dan 6,75±4,80 cm, A. nobilis sebesar 4,30±7,47 cm dan 10,52±6,94 cm sedangkan A. microphthalma sebesar 4,69±4,07 cm dan 7,70±6,93 cm. Laju pertumbuhan lebar untuk H.rigida pada bulan September 2010-Januari 2011 sebesar 0,46 cm/bulan, Januari-Mei 2011 0,77 cm/bulan,dan Mei-Juli 2011 0,86 cm/bulan. Pada A.nobilis laju pertumbuhan lebar berturut-turut mulai September 2010-Januari 2011, Januari- Mei 2011, dan Mei-Juli 2011sebesar 0,77 cm/bulan, 1,39 cm/bulan, dan 1,02 cm/bulan, sedangkan pada A. microphthalma sebesar 0,96 cm/bulan, 0,64 cm/bulan, dan 0,51 cm/bulan. Laju pertumbuhan tinggi pada H.rigida berturut-turut sebesar 0,19 cm/bulan pada September 2010-Januari 2011, 0,15 cm/bulan pada Januari-Mei 2011,dan 0,59 cm/bulan pada Mei-Juli 2011. Pada A.nobilis laju pertumbuhan tinggi berturut-turut mulai September 2010-Januari 2011, Januari-Mei 2011, dan Mei-Juli 2011 sebesar 0,37 cm/bulan, 0,44 cm/bulan, dan 0,74 cm/bulan, dan pada A. microphthalma sebesar 0,50 cm/bulan, 0,81 cm/bulan, dan 0,29 cm/bulan. Tingkat ketahanan hidup H. rigida pada akhir pengamatan sebesar 74%, A. nobilis 71%, dan A. microphthalma 83% sehingga secara biologis kegiatan transplantasi yang dilakukan pada ketiga fragmen tersebut dapat dikatakan berhasil
Laju Pertumbuhan dan Tingkat Kelangsungan Hidup Karang Acropora nobilis dan Montipora altasepta, Hasil Transplantasi di Pulau Karya, Kepulauan Seribu
No full textPulau Karya merupakan salah satu pulau yang terdapat di Kepulauan Seribu. Pulau Karya berada di Kelurahan Panggang Kecamatan Kepulauan Seribu yang memiliki luas lahan sebesar ± 6 Ha, dan pulau ini tidak diperuntukkan untuk pemukiman. Penelitian yang berlokasi di Pulau Karya ini bertujuan untuk mengetahui laju pertumbuhan karang dan tingkat keberhasilan transplantasi karang jenis Acropora nobilis dan Montipora altasepta. Pengamatan terhadap pertumbuhan dan parameter kualitas perairan dilakukan sebanyak empat kali pengamatan selama 10 bulan. Pengamatan dilakukan pada bulan September 2010, Januari 2011, Maret 2011, dan Juli 2011. Analisis data pertumbuhan dianalisis dengan menggunakan software Microsoft Excel 2007, sedangkan analisis kualitas perairan dilakukan di Laboratorium Produktivitas Lingkungan Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan IPB. Metode transplantasi yang digunakan pada penelitian ini menggunakan metode transplantasi penempelan fragmen karang pada media semen. Pertumbuhan lebar dan tinggi yang dicapai dalam waktu 10 bulan diperoleh bahwa pertumbuhan lebar yang dicapai fragmen jenis Acropora nobilis sebesar 63,77 mm dan 55,32 mm untuk pertumbuhan tinggi, dengan kisaran laju pertumbuhan lebar rata-rata adalah 6,38 mm/bulan dan kisaran laju pertumbuhan tinggi rata-rata sebesar 5,53 mm/bulan, sedangkan untuk fragmen jenis Montipora altasepta pertumbuhan lebar yang dicapai selama 10 bulan adalah 37 mm dan 26,57 mm untuk pertumbuhan tinggi, dan untuk kisaran laju pertumbuhan lebar rata-rata adalah 3,70 mm/bulan, dan 2,66 mm/bulan untuk laju pertumbuhan tinggi rata-rata. Tingkat keberhasilan transplantasi fragmen jenis Acropora nobilis sampai akhir pengamatan sebesar 81,48% dan untuk fragmen jenis Montipora altasepta sebesar 60%. Berdasarkan persentase keberhasilan transplantasi karang yang ditransplantasikan pada lokasi penelitian, dapat disimpulkan bahwa kegiatan transplantasi karang yang dilakukan pada lokasi penelitian adalah berhasil
Tingkat Kelangsungan Hidup dan Pertumbuhan Karang Transplantasi Jenis Acropora humilis (Dana 1846), Acropora brueggemanni (Brook 1893), dan Acropora austera (Dana 1846) di Perairan Pulau Kelapa, Kepulauan Seribu, Jakarta
No full textDewasa ini kerusakan terumbu karang cukup meningkat. Pulau Kelapa yang merupakan salah satu dari gugusan Kepulauan Seribu mengalami penurunan kondisi ekosistem terumbu karang. Penurunan kondisi terumbu karang dapat bertambah parah bila tidak dilakukan penanganan untuk dapat memulihkan kondisi tersebut. Salah satu metode yang dapat dilakukan adalah transplantasi. Karang yang digunakan ialah karang dari Genus Acropora jenis A. humilis, A. austera dan A. Brueggemanni. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui tingkat kelangsungan hidup dan pertumbuhan karang jenis Acropora humilis, Acropora brueggemanni dan Acropora austera di Perairan Pulau Kelapa, Kepulauan Seribu. Penelitian ini dilakukan selama sebelas bulan dari bulan September 2010 hingga Juli 2011. Lokasi penelitian berada pada 05°39’31,1” LS dan 106°34’35,2” BT. Stasiun pengamatan berada pada kedalaman 2 m hingga 8 m. Pengamatan pertumbuhan pada fragmen karang dilakukan dengan mengukur dimensi pertumbuhan yang terdiri dari pertambahan panjang (panjang yang terpanjang) dan pertambahan tinggi (tinggi yang tertinggi) fragmen karang dan pengukuran parameter fisika dan kimia perairan. Tingkat kelangsungan hidup karang jenis Acropora austera pada akhir penelitian adalah 77,78%, sedangkan Acropora humilis sebesar 76,67%, dan Acropora brueggemanni sebesar 58,54%. Pertumbuhan karang jenis Acropora austera selama sebelas bulan untuk ukuran lebar mencapai 7,1±4,01 cm, sedangkan untuk ukuran tinggi sebesar 6,5±3,76 cm. Sementara karang jenis Acropora brueggemnni untuk ukuran lebar mencapai 4,0±2,66 cm dan untuk ukuran tinggi 4,2±2,89 cm. Karang jenis Acopora humilis ukuran lebar mencapai 5,1±2,92 cm dan untuk ukuran tinggi mencapai 3,1±1,92 cm. Laju pertumbuhan rata-rata karang Acropora humilis sebesar 0,52±0,11 cm/bulan untuk lebar dan 0,34±0,12 cm/bulan untuk tinggi. Karang Acropora brueggemanni mencapai laju pertumbuhan rata-rata lebar 0,38±0,12 cm/bulan dan tinggi 0,48±0,32 cm/bulan. Karang Acropora austera laju pertumbuhan rata-ratanya 0,70±0,06 cm/bulan untuk lebar dan 0,68±0,17 cm/bulan untuk tinggi
Dampak El Nino 2015 terhadap Pemutihan Karang Bercabang (Acropora dan Seriatopora) di Area Perlindungan Laut Kepulauan Seribu
No full textKarang bercabang (Acropora dan Seriatopora) merupakan genus yang umum
ekosistem terumbu karang Kepulauan Seribu dan rentan terhadap pemutihan
akibat pengaruh El Nino yang sempat berlangsung pada tahun 2015. Penelitian ini
bertujuan untuk melihat kondisi kondisi kesehatan karang bercabang di Kepulauan
Seribu akibat dampak El Nino 2015. Survey cepat dilakukan pada Nov-Des 2015
untuk memantau kondisi terumbu karang di 4 stasiun menggunakan Metode yang
digunakan adalah visual sensus mengacu Coral Health Chart sebagai indikator
pemutihan. Informasi sekunder mengenai suhu permukaan laut diperoleh dari
marine.Copernicus.eu dan NOAA Coral Reef Watch untuk menentukan potensi
dampak El Nino yang berskala global terhadap kondisi lokal di Kepulauan Seribu.
Dalam kurun waktu 6 tahun terakhir, rata-rata suhu permukaan laut Kepulauan
Seribu adalah 29.7 °C, sedangkan selama El Nino 2015 meningkat hingga 2 °C.
Secara umum, kondisi terumbu karang di 4 stasiun tergolong sedang dan tidak ada
pemutihan karang secara massal terjadi. Karang bercabang Acropora lebih rentan
terhadap pemutihan dan kondisi yang terparah ditemukan di Stasiun APL
Harapan. Koloni karang yang lebih sehat ditemukan di Stasiun APL Pari dan
Stasiun APL Tidun
Struktur Genetik dan Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus spp.) di TPI Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan DNA Mitokondria
No full textTuna is the third largest fishery commodities in Indonesia after shrimp and demersal fish. Identification of tuna has been difficult because of the close genetic relationships among these species and the ease with which morphological characters may be removed once a fish has been landed. This research aims to identify species, investigate the genetic and phylogenetic structure of tuna that landed and traded in Tanjung Luar fish market, Lombok. The polymerase chain reaction was used to amplify segment of the mitochondrial control region gene from members of these species. 43 samples fins tuna were collected consists of 34 Thunus albacares and 9 Thunus obesus, with homology analysis of BLAST ranged between 98-100%. The average of sequence was 533 bp and there were 30 nucleotides different. Phylogenetic trees forming two clades, Thunus albacares and Thunus obesus, with genetic distance ranged from 0 to 0,145. The clades revealed after bootstrapping generally corresponded well with expectations. This methodology should prove very useful for enforcing the regulations governing Indonesia's bluefin tuna fishing industry
Distribusi Dan Kelimpahan Nudibranchia (Moluska) Di Teluk Jakarta.
No full textNudibranch is a group of marine gastropod molluscs which shed their shell after their larvae stage. Nudibranchia is benthic animals which consume algae, sponges, hard and soft corals, bryozoans, and hydroids . Nudibranch occur in coral reefs with high density. However, distribution and abundance of nudibranchia in Jakarta Bay are lack known. This study aimed to measure the density and abundance of Nudibranch. Therefore, the study was conducted on September 6 to 8, 2013 at 10 sites on the Jakarta Bay. Distribution and abundance data were collected by using the belt transect method (Belt Transect) and Line Intercept Transect (LIT). A total of 6 family of 18 species and 97 individuals Nudibranch was observed in the study sites. The highest Nudibranch density was found in the Kayangan Island (51 individu/500 m²) and the lowest Nudibranch density was found in the Untung Jawa island (0 individu/500 m²)
Rekrutmen Karang pada Substrat Batu di Gosong Pramuka, Kabupaten Administratif Kepulauan Seribu
No full textTerumbu karang merupakan ekosistem yang sangat dinamis, namun sangat sensitif dan rentan sekali terhadap perubahan kondisi lingkungan. Secara umum, kondisi terumbu karang di dunia, termasuk di kepulauan Seribu berada dalam kondisi rusak. Pemulihan terumbu karang di alam ditandai dengan kemunculan koloni-koloni karang muda dengan ukuran koloni relatif kecil dimana proses penempelan hingga tumbuhnya larva karang disebut sebagai rekrutmen karang. Karang rekrut yang menempel pada substrat batu diamati untuk mengetahui ukuran, genus, dan bentuk pertumbuhannya. Substrat batu yang berada di perairan Gosong Pramuka termasuk dalam karakteristik substrat yang baik untuk rekruitmen karang scleractinia karena substrat terbentuk dari kalsium karbonat, dan mempunyai permukaan yang kompleks. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari variasi ukuran, bentuk pertumbuhan dan kekayaan generik serta kepadatan karang rekrut yang ada di substrat batu struktur pemecah ombak di Gosong Pramuka. Karang yang ditemukan pada substrat batu difoto dengan kamera underwater untuk pengukuran dan identifikasi. Karang rekrut yang ditemukan dari seluruh stasiun berjumlah 270 koloni dimana jumlah koloni karang terbanyak yaitu pada STP I dengan jumlah 210 koloni. Genus yang paling dominan baik di STP maupun STL adalah Acropora. Ditemukan 5 genera pada STP yaitu Acropora, Porites, Montipora, Pavona, Goniastrea dan 4 genera pada STL yaitu Acropora, Porites, Montipora, Favia. Bentuk pertumbuhan yang dominan untuk karang Acropora di STP adalah Acropora branching, sedangkan di STL yang dominan adalah Acropora tabulate. Bentuk pertumbuhan untuk karang non Acropora yang dominan di STL adalah encrusting dan massive, sedangkan dan di stasiun terpapar bentuk yang dominan adalah encrusting saja. Kisaran luasan karang terbanyak di STP adalah pada kisaran 0 – 25 cm2, sedangkan di STL adalah 25 – 50 cm2. Stasiun terpapar didominasi oleh karang dengan kisaran diameter 6 – 9 cm, dan pada STL didominasi oleh kisaran 6 – 9 cm dan 12 – 15 cm. Kepadatan yang didapat untuk STP I adalah 1,3697 koloni/m2, pada STP II didapatkan 0,0513 koloni/m2, di STL I kepadatannya adalah 0,2266 koloni/m2 dan di STL II adalah 0,0251 koloni/m2. Seluruh nilai kepadatan yang didapat termasuk dalam kategori rendah. Selain itu, terdapat juga biota lain yang menempel pada substrat diantaranya adalah bulu babi, Padina sp., Caulerpa sp., tunikata, spons, Cypraea sp., dan anemon pasir
Variasi Genetik dan Morfologi serta Tingkat Kekerabatan Kelinci Laut (Phyllidiidae) antara Populasi Papua dan Australia
No full textSea slugs are shell-less marine molluscs which is classified in the order Nudibranchia within the gastropod group and subclass Opisthobranchiata. The identification process of sea slugs is barely difficult, since they are genetically close-related and morphologically similar among their groups. Nudibranch has a high biodiversity in the Indonesia and Australia waters. However, the study of kinship between the two types are still rare. Therefore, The study was conducted : (1) to identify sea slugs in Papua using morphological and molecular characterization, (2) to identify genetic variation and to reconstruct phylogenetic tree of sea slugs from Papua and Australia population. A total of 4 samples were analyzed : 2 samples (Phyllidia ocellata and Phyllidiella pustulosa) from Papua and 2 samples (Phyllidia ocellata and Phyllidiella pustulosa) from Australia downloaded from Genbank. Homology results from BLAST analysis for Papua’s sea slug samples ranges between 88-98%. Genetic distance were formed ranged from 0.019 to 0.193. Phylogenetic reconstruction was able to classify and show the close relationship of sea slugs population in Papua and Australia
- …
