1,721,141 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Magnetic resonance angiography signal intensity as a marker of hemodynamic impairment in intracranial arterial stenosis.
Full text linkIntracranial arterial stenosis (ICAS) is the predominant cause of ischemic stroke and transient ischemic attack in Asia. Change of signal intensities (SI) across an ICAS on magnetic resonance angiography (MRA) may reflect its hemodynamic severity.In-patients with a symptomatic single ICAS detected on 3D time-of-flight MRA were recruited from 2 hospitals. Baseline and 1-year follow-up data were collected. Signal intensity ratio (SIR) [ = (mean post-stenotic SI -mean background SI)/(mean pre-stenotic SI - mean background SI)] was evaluated on baseline MRA to represent change of SIs across an ICAS. Acute infarct volume was measured on baseline diffusion-weighted images (DWI). Relationships between SIR and baseline characteristics as well as 1y outcomes were evaluated.Thirty-six subjects (86.1% males, mean age 55.0) were recruited. Overall, mean SIR was 0.84±0.23. Mean SIRs were not significantly different between the 23 (63.9%) anatomically severe stenoses and the 13 (36.1%) anatomically moderate stenoses (0.80±0.23 versus 0.92±0.21, p = 0.126). SIR was significantly, linearly and negatively correlated to acute infarct volume on DWI (Spearman correlation coefficient -0.471, p = 0.011). Two patients (5.6%) had recurrent ischemic strokes at 1y, not related to SIR values.Change of signal intensities across an ICAS on MRA may reflect its hemodynamic and functional severity. Future studies are warranted to further verify the relationships between this index and prognosis of patients with symptomatic ICAS
Time-Dependent Deep Image Prior for Dynamic MRI
No full textWe propose a novel unsupervised deep-learning-based algorithm for dynamic magnetic resonance imaging (MRI) reconstruction. Dynamic MRI requires rapid data acquisition for the study of moving organs such as the heart. We introduce a generalized version of the deep-image-prior approach, which optimizes the weights of a reconstruction network to fit a sequence of sparsely acquired dynamic MRI measurements. Our method needs neither prior training nor additional data. In particular, for cardiac images, it does not require the marking of heartbeats or the reordering of spokes. The key ingredients of our method are threefold: 1) a fixed low-dimensional manifold that encodes the temporal variations of images; 2) a network that maps the manifold into a more expressive latent space; and 3) a convolutional neural network that generates a dynamic series of MRI images from the latent variables and that favors their consistency with the measurements in k-space. Our method outperforms the state-of-the-art methods quantitatively and qualitatively in both retrospective and real fetal cardiac datasets. To the best of our knowledge, this is the first unsupervised deep-learning-based method that can reconstruct the continuous variation of dynamic MRI sequences with high spatial resolution
MAGNETIC RESONANCE IMAGING OF THE LUNGS FOR THE EVALUATION OF CYSTIC FIBROSIS PATIENTS
No full textLung disease is the main cause of mortality in cystic fibrosis patients. Imaging studies, in particular using computed tomography (CT), deliver valuable clinical information. However, repeated exposure to ionizing radiation increases the lifetime risk of cancer. This issue becomes even more prominent when considering that treatment advances have led to higher life expectancy for patients. Magnetic resonance imaging (MRI) methods are therefore increasingly investigated as an alternative free of ionizing radiation. In particular, ultra¬short echo time (UTE) sequences have recently been studied in cystic fibrosis patients, as they are more sensitive to parenchymal signal than conventional sequences. However, to avoid motion corruption of the images, while ensuring coverage of the whole lungs, patients are either asked to perform a breath-hold, which may be uncomfortable, or the acquisition is triggered with an external device (respiratory belt or bellow), the placement of which may be delicate. Another drawback is that the use of breath-holding or triggering limits data acquisition to a single phase of the respiratory cycle.
The initial phase of this project focused on the development of a self-navigated 3D UTE sequence. The use of self-navigation allows acquisition during free-breathing without any additional patient préparation. Moreover, this method allows rétrospective reconstruction of separate image volumes covering multiple phases of the respiratory cycle. The first study focused on the implementation and testing of a self-navigated 3D UTE sequence allowing coverage of the entire thorax with high isotropic spatial resolution in healthy volunteers.
The second study tested this new sequence in a group of cystic fibrosis patients. A high degree of corrélation was seen between findings on motion suppressed UTE images and CT images. The impact of a new reconstruction algorithm, using compressed sensing, was also explored. Objective measurements of image sharpness showed increased image quality with the compressed sensing algorithm.
Finally, the possibilities of contrast manipulation, unique to MRI, were investigated in a third study. In particular, the use of black-blood magnetization préparation may help highlight mucoid plugging. A black-blood UTE acquisition was implemented and an initial évaluation in healthy volunteers was carried out. The possibility to generate angiograms without contrast agent injection by subtracting black-blood data sets from bright-blood data sets was also investigated. Initial experience in two cystic fibrosis patients showed the potential to image mucoid plugging and to visualize systemic vessels.
This work was accomplished in close collaboration with clinical experts of the field. This allowed the successful development of a free-breathing 3D UTE acquisition covering the whole lungs, which can be used without requiring any breath-holds or external respiratory monitoring devices. Moreover, objective improvements in image quality could be demon- strated. This opens up new possibilities for the management of cystic fibrosis and may also benefit patients suffering from other thoracic diseases.
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L'atteinte pulmonaire est un facteur majeur de mortalité chez les patients souffrant de mu¬coviscidose. Les méthodes d'imagerie médicale telles que la tomodensitométrie permettent d'obtenir des informations cliniques essentielles. Toutefois, l'exposition répétée aux rayonne¬ments ionisants est associée à une augmentation du risque de cancer. Cette question prend de plus en plus d'importance au regard de la croissance de l'espérance de vie de ces patients, liée aux progrès en matière de traitement. Actuellement, les efforts de recherche se tournent donc de plus en plus vers les méthodes d'imagerie par résonnance magnétique (IRM) en tant qu'alternative non irradiante. En particulier, des séquences à temps d'écho ultra-court ont été récemment évaluées auprès de patients atteints de mucoviscidose car elles sont plus sensibles au signal du parenchyme que des séquences conventionnelles. Toutefois, pour éviter des artefacts de mouvement sur les images, tout en assurant une couverture de l'ensemble des poumons, soit une apnée est requise de la part des patients, ce qui est inconfortable, soit un déclenchement synchronisé de l'acquisition est effectué au moyen d'un dispositif externe (ceinture ou coussin respiratoire) dont le placement peut être délicat. Par ailleurs, les apnées et déclenchements synchronisés limitent l'acquisition des données à une seule phase du cycle respiratoire.
La partie initiale de ce projet était focalisée sur le développement d'une séquence 3D auto- naviguée à temps d'écho ultra-court. L'auto-navigation permet une acquisition en respiration libre sans préparation additionnelle du patient. Par ailleurs, cette méthode permet une reconstruction rétrospective de plusieurs volumes d'images couvrant des phases multiples du cycle respiratoire. La première étude était focalisée sur l'implémentation et le test d'une sé¬quence 3D auto-naviguée à temps d'écho ultra-court permettant une couverture de l'ensemble du thorax avec une haute résolution spatiale isotrope auprès de volontaires sains.
Dans un second temps, cette nouvelle séquence a été testée dans un groupe de patients atteints de mucoviscidose. Une corrélation élevée entre les signes observés sur les images d'IRM à temps d'écho ultra-court et sur les images de tomodensitométrie a été mesurée. L'impact d'un nouvel algorithme de reconstruction, utilisant de l'acquisition comprimée, a également été exploré. Des mesures objectives de netteté d'image ont montré une amélioration de la qualité d'image avec le nouvel algorithme de reconstruction.
Finalement, les possibilités de manipulation du contraste, spécifiques à l'IRM, ont été investi- guées. En particulier, l'usage d'une préparation d'aimantation "sang noir" pourrait permettre la mise en évidence d'impactions mucoïdes. Une acquisition à temps d'écho ultra-court avec préparation "sang noir" a été implémentée et évaluée dans un groupe de volontaires sains. La possibilité de générer des angiogrammes sans injection de produit de contraste en soustrayant des données "sang noir" de données "sang blanc" a également été étudiée. Des résultats préli¬minaires obtenus auprès de deux patients atteints de mucoviscidose ont montré le potentiel d'imagerie des impactions mucoïdes et des artères systémiques.
Ce travail a été accompli en étroite collaboration avec des cliniciens experts du domaine. Ceci a permis de développer avec succès une séquence 3D à temps d'écho ultra-court acquise en respiration libre, ne nécessitant ni apnées ni dispositifs externes. Des améliorations objectives de la qualité d'image ont été mesurées. Ces nouvelles possibilités de prise en charge des patients atteints de mucoviscidose pourraient également bénéficier à des patients souffrant d'autres pathologies thoraciques.
L'imagerie par résonnance magnétique des poumons pour l'évaluation des patients atteints de mucoviscidose
Jean Delacoste, Département de Radiologie, CHUV
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En Europe, plus de 35000 personnes sont atteintes de mucoviscidose. Cette maladie génétique chronique engendre notamment des problèmes pulmonaires qui sont respon¬sables d'une part majeure des décès. La prise en charge de ces patients nécessite de faire régulièrement appel à des techniques d'imagerie médicale utilisant des rayons X, telles que notamment la tomodensitométrie. L'exposition répétée aux rayons X entraî¬nant une augmentation du risque de développer un cancer, l'imagerie par résonance magnétique (IRM) est de plus en plus étudiée comme une alternative non irradiante.
Historiquement l'IRM était peu utilisée pour l'imagerie du poumon car elle ne per¬mettait de mesurer qu'un très faible signal dans le tissu pulmonaire. Toutefois, le développement de séquences d'acquisition dites "à temps d'écho ultra-court" permet de contourner cette limite. Les mouvements respiratoires sont un second obstacle majeur. Habituellement, une apnée est requise des patients, ce qui peut être pénible pour des personnes souffrant de maladies pulmonaires. L'acquisition peut également être synchronisée au moyen de dispositifs externes mais leur mise en place peut être délicate.
Pour pallier à ces contraintes, nous avons donc implémenté une séquence "à temps d'écho ultra-court" auto-naviguée permettant de couvrir l'ensemble des poumons avec une haute résolution. L'auto-navigation est une technique utilisant le signal IRM pour trier les données en fonction de la phase du cycle respiratoire durant laquelle elles ont été acquises. Ceci permet d'effectuer les acquisitions en respiration libre et sans équipement supplémentaire.
Cette nouvelle technique a été testée en étroite collaboration avec des cliniciens experts du domaine dans un groupe de volontaires sains puis dans un groupe de patients atteints de mucoviscidose. La méthode d'auto-navigation, couplée à un algorithme de reconstruction d'image de dernière génération, a permis d'obtenir quatre volumes d'images pour chaque acquisition, représentant des phases différentes du mouvement respiratoire spontané — de l'expiration à l'inspiration. Une comparaison avec des données de tomodensitométrie acquises pour des raisons cliniques chez les patients a montré une excellente corrélation avec la méthode IRM, indiquant ainsi le potentiel clinique de cette méthode.
Finalement, l'ultime volet de ce projet a consisté à mettre en place et évaluer une technique permettant de supprimer le signal mesuré dans les vaisseaux sanguins afin de faciliter la différenciation entre différentes structures observées dans les images.
Ce projet de recherche a permis le développement de techniques ouvrant de nouvelles possibilités pour la prise en charge des patients atteints de mucoviscidose, tout en évitant l'exposition aux rayons X. A terme ces avancées devraient également bénéficier à des patients atteints d'autres maladies pulmonaires
NEW METHODS FOR NON-INVASIVE, SAFE AND PRECISE IN UTERO DYNAMIC MAGNETIC RESONANCE IMAGING OF THE FETAL HEART
No full textL'objectif initial de cette thèse était le développement d'une nouvelle méthode d'imagerie par résonnante magnétique destinée à la visualisation dynamique du cœur du fœtus avec de hautes résolutions spatiale et temporelle. Bien que les outils nécessaires pour atteindre ce but n'aient pas été disponibles au stade initial de ce projet, ces contraintes ont été largement dépassées lors du développement de cette étude. Dans une optique de recherche translationnelle et multidisciplinaire, cette nouvelle technique d'IRM a été non seulement testée chez des fœtus, mais a été également comparée à l'échographie, qui est la modalité de référence pour l'imagerie fœtale. Les connaissances relatives à l'impact du mouvement acquises lors de la phase initiale de ce projet m'ont permis, dans un cadre plus large, de développer en parallèle d'autres techniques pour l'imagerie cardiaque et pulmonaire. L'imagerie cardiaque fœtale restant le cœur de cette thèse, deux études complémentaires sont également présentées pour illustrer les autres domaines que j'ai pu aborder durant mon doctorat.
Les cardiopathies congénitales sont couramment diagnostiquées chez les fœtus pendant la grossesse grâce à l'échocardiographie. Cependant, cette technique d'imagerie n'est pas toujours concluante, notamment à cause des comorbidités que l'on peut rencontrer chez les patientes. Dans ces conditions, une modalité d'imagerie alternative, qui serait non-invasive et ne requerrait pas l'utilisation de rayons ionisants serait la bienvenue afin d'améliorer la prise en charge des patientes et de leurs enfants.
L'imagerie par résonnance magnétique répond à toutes ces conditions. En revanche, les résolutions spatiale et temporelle obtenues avec l'IRM, ainsi que sa vulnérabilité aux mouvements, ont été des facteurs limitants pour l'imagerie cardiaque, aussi bien chez le fœtus que chez l'adulte. Néanmoins, de récentes avancées, telles que les acquisitions comprimées (compressecl sensing) ou les trajectoires radiales, ont permis de nouvelles opportunités pour l'IRM dans ce domaine. Dans cette thèse, j'ai utilisé et optimisé ces nouvelles techniques pour minimiser la sensibilité de l'IRM aux mouvements d'une part, et améliorer les résolutions spatiale et temporelle d'autre part. Ces développements ont permis de mener à bien trois études principales durant ce projet de doctorat :
La première étude concerne la validation d'un nouveau système de reconstruction d'images pour l'imagerie dynamique du cœur du fœtus. Puisque la synchronisation entre la collecte des données avec l'IRM et le mouvement périodique de contraction du cœur fœtal est difficilement réalisable, nous avons développé une séquence 2D radiale avec angle d'or. Celte séquence, combinée avec un modèle d'acquisition comprimée, permet une réorganisation rétrospective et automatique des données en phases cardiaques. Grâce à cette technique, des images dynamiques du cœur du fœtus ont pu être reconstruites avec de hautes résolutions spatiale et temporelle et sans artefact de mouvement. Dans un but translationnel et grâce à une collaboration interdisciplinaire, nous avons pu comparer les performances de cette nouvelle méthode en IRM avec l'échographie, qui est la modalité de référence. Nos développements permettent non seulement de voir parfaitement l'anatomie et la dynamique du cœur du fœtus en IRM, mais présentent également une excellente corrélation avec les images et les mesures obtenues par échocardiographie.
Dans la seconde étude, nous avons étudié une technique de sélection rétrospective des données afin de supprimer les artefacts dus au mouvement respiratoire. Cette technique a été appliquée à des acquisitions 3D radiales avec angle d'or et auto-naviguées pour l'imagerie des coronaires par résonnance magnétique. L'acquisition a été réalisée chez des patients en respiration libre et chez des volontaires sains dont la respiration a été dirigée afin d'imiter des patients ayant des difficultés respiratoires. En sélectionnant uniquement les données acquises pendant la phase de fin d'expiration, les artefacts de mouvement ont été supprimés de manière notable et une amélioration significative de la visibilité des coronaires a été mesurée.
Dans la troisième étude, nous avons utilisé les connaissances obtenues précédemment pour supprimer les artefacts de mouvements dans le cas de l'imagerie pulmonaire. Nous avons ainsi mesuré une augmentation de la visibilité des vaisseaux dans les poumons. Les résultats préliminaires montrent que l'IRM et le scanner X mènent aux mêmes conclusions chez des patients atteints de mucoviscidose.
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In this thesis, the primary goal was the development of an MRl method that enables the visualization of the beating fetal heart with high temporal and spatial resolution. Initially, the tools necessary to reach that ambitious aim were not available. However, during the course of this thesis, such hurdles were not only overcome but a gold standard comparison of the new fetal MRl method and echography was performed in a truly translational and interdisciplinary effort at the CHUV. In parallel, and since I have obtained in-depth insight into motion phenomena during the developmental phase of this project, methods were developed that do not only benefit fetal cardiac MRI but also cardiovascular MRI or lung imaging in broader tenus. Therefore, and while fetal MRI is at the core of this thesis, two related studies have been added for completeness.
Congénital heart disease in fetuses is commonly diagnosed using echocardiography during pregnancy. However, echocardiography does not always lead to conclusive results and may unfortunately not always sufficiently account for co morbidities. In this context, an alternative modality that is safe, non-invasive and does not require the use of ionizing radiation would be a most welcome addition to the portfolio tools that help make better informed décisions in the management of this precious patient cohort.
MR imaging fulfills these général requirements but ils temporal resolution, ils spatial resolution, and its vulnerability to motion have been rate limiting steps for imaging of the heart in both fetuses and adults. Nevertheless, recent disruptive technology (compressed sensing, radial imaging) has provided new opportunities for MRI and in this thesis, I have exploited and refined such novel approaches to minimize motion sensitivity on the one hand, and to improve temporal and spatial resolution to enable fetal imaging on the other. As a resuit of these efforts, three main studies have been conducted during the course of this PhD thesis:
The first study aimed at testing a new framework adapted to fetal cardiac cine imaging. Since synchronization of the MRI data acquisition to the fetal heartbcat is hardly possible, a 2D radial golden-angle self retro-gated technique with compressed sensing image reconstruction was developed to obtain fetal cardiac cine images with high spatial and temporal resolution and free of motion artifacts. In a translational interdisciplinary collaboration, we have compared the performance of this new fetal MRl approach with the gold standard echography. Our method was not only able to generate outstanding images of the beating fetal heart, but the correlation with echography was also excellent.
ln the second study that was aimed at general motion artifact reduction, we investigated a retrospective gating strategy applied to self-navigated 3D radial golden-angle acquisitions for coronary MR angiography. Data acquisition was performed in free-breathing pa tients and in vol unteers whose breathing was coached d uring the scan to mimic patients with breathi ng irregularity. By excl uding data acquired during large breathing excursi ons, a consi derable red uction of motion artifacts and a significant improvement in vessel conspicuity was obtained.
In the third study, we applied the knowledge gained from the above studies to motion suppressed imaging of the lungs. Indeed, vesse! conspicuity in the lungs improved and initial results suggest that MR and CT lead to similar findi ngs in cystic fibrosis patients
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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