1,721,018 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Die genetischen Grundlagen der Hitzetoleranz bei Mais (Zea mays L.)
No full textThe global mean temperature and probability of heat waves are expected to increase in the future, which has the potential to cause severe damages to maize production.
To elucidate the genetic mechanisms of the response of temperate maize to heat stress and for the tolerance to heat stress, in a first experiment I applied gene expression profiling.
Therewith, I investigated the transcriptomic response of temperate maize to linearly increasing heat levels.
Further, I identified genes associated with heat tolerance in a set of eight genotypes with contrasting heat tolerance behavior.
I identified 607 heat responsive genes, which elucidate the genetic pathways behind the response of maize to heat stress and can help to expand the knowledge of plant responses to other abiotic stresses.
Further, I identified 39 genes which were differentially regulated between heat tolerant and heat susceptible inbreds and, thus, are putative heat tolerance candidate genes.
Two of these candidate genes were located in genome regions which were associated with heat tolerance during seedling and adult stage that have been detected in QTL studies in the frame of this thesis.
Their exact molecular functions, however, are still unknown.
The statistical approach to identify heat tolerance genes, presented in my thesis, enables researchers to investigate the transcriptomic response of multiple genotypes to changing conditions across several experiments, considering their natural variation for a quantitative trait.
In order to develop more heat tolerant cultivars, knowledge of natural variation for heat tolerance in temperate maize is indispensable.
Therefore, heat tolerance was assessed in a set of intra- and interpool Dent and Flint populations on a multi-environment level.
Usually, heat stress in temperate Europe occurs during the adult stage of maize.
However, as maize is of increasing importance as a biogas crop, farmers can reduce the growth period by postponed sowing after the harvest of the winter cereals in early summer and, thus, sensitive maize seedlings can be exposed to heat stress.
Therefore, I aimed to assess heat tolerance in six connected segregating Dent and Flint populations during both developmental stages considering besides multiple environments also multiple traits.
At heat stress, I observed an average decrease of 20% of the shoot dry weight during seedling stage and an average of 50% of yield loss, when heat stress was present during adult stage.
At the heat locations heat stress was present in the year, when the experiments were conducted as temperatures exceeded 32°C there for more than 400 hours during the growing period in contrast to less than 30 hours at the standard locations.
This emphasizes that maize crop production can suffer with the increasing number and intensity of summer heat waves.
Furthermore, the study revealed strong differences between genotypes, which was indispensable to differentiate between heat tolerant and heat susceptible inbred lines.
The tested genotypes originating from the Flint pool turned out to possess higher heat tolerance during seedling stage, whereas the genotypes derived from the Dent pool possessed higher heat tolerance during adult stage.
This fact could be exploited by the maintenance of two pools with contrasting heat tolerance and could be beneficial for hybrid breeding.
A direct selection of more heat tolerant genotypes in terms of grain yield is expensive and time-consuming.
To facilitate the selection process in order to develop more heat tolerant cultivars, breeders could make use of marker assisted selection.
To lay the foundation for this technique, in my thesis, QTL for heat tolerance during adult and during seedling stage were identified with the previously mentioned populations.
Two QTL explained 19% of the total variance for heat tolerance with respect to grain yield in a simultaneous fit.
Furthermore each two QTL were identified for two principal components, which accounted for heat tolerance during seedling stage.
They explained 14 and 12% of the respective variance.
The results can be used by breeding companies to develop marker assays in order to select heat tolerant genotypes from their proprietary genetic material during both stages in an initial screening.
This would reduce the field capacities considerably, which are needed to test heat tolerance on a field level.Es wird erwartet, dass der Klimawandel global zu einer Erhöhung der Temperatur als auch der Wahrscheinlichkeit von Hitzewellen führt.
Um die genetischen Mechanismen der Reaktion von Mais auf Hitzestress aufzuklären, untersuchte ich die Genexpressionsänderung von Mais mit steigendem Hitzestress in acht Inzuchtlinien mit gegensätzlicher Hitzetoleranz.
Um Gene zu identifizieren, die mit der Hitzetoleranz von Mais in Verbindung stehen, wurde außerdem die natürliche phänotypische Variation dieser Inzuchtlinien bezüglich ihrer Hitzetoleranz in die statistische Analyse miteinbezogen.
In meiner Studie wurden 607 Gene identifiziert, die ein Bild der Stoffwechselveränderungen ergaben, die in Mais mit steigendem Hitzestress stattfinden.
Die Ergebnisse können des Weiteren hilfreich sein, um genetische Mechanismen von Pflanzen in Reaktion auf andere Arten abiotischen Stresses zu erklären.
Insgesamt 39 Kandidatengene wurden identifiziert, die in hitzetoleranten und hitzeempfindichen Genotypen unterschiedliche Expressionsänderung mit steigendem Hitzestress erfuhren.
Zwei dieser Kandidatengene für Hitzetoleranz wurden Genomregionen zugeordnet, die im Zuge von QTL-Studien mit der Hitzetoleranz im Jungpflanzen- und adulten Stadium assoziiert wurden.
Die genaue molekulare Funktion dieser beiden Kandidatengene ist bisher unbekannt.
Der neue statistische Ansatz, mit dem Hitzetoleranzgene in meiner Studie ermittelt wurden, erlaubt es Wissenschaftlern die Genexpression von multiplen Genotypen unter sich verändernden Bedingungen über mehrere Experimente hin zu untersuchen und dabei die natürliche Variation der Genotypen bezüglich eines quantitativen Merkmals in die Analyse miteinzubeziehen.
Hitzetolerante Maissorten für mitteleuropäische Bedingungen können nur dann entwickelt werden, wenn natürliche Variation für Hitzetoleranz in lokalem genetischem Matrial vorhanden ist.
Um dies zu ermitteln, wurde Hitzetoleranz in einem mehrortigen Versuch mit sechs, durch gemeinsame Elternlinien verbundene, Populationen erhoben, die aus den europäischen Flint und Dent Pools stammen.
In Mitteleuropa treten Hitzewellen normalerweise während des adulten Stadiums von Maispflanzen auf.
Dadurch dass Mais immer öfter als Biomassepflanze genutzt wird und damit kürzere Wachstumsphasen benötigt, kann die Aussaat auf den Zeitpunkt nach der Ernte der Wintergetreide hinausgezögert werden.
Somit können Maiskeimlinge starkem Hitzestress im Frühsommer ausgesetzt werden.
Deswegen war mein Ziel, die Hitzetoleranz der Populationen während beider Entwicklungsstadien zu testen, wobei ich bei der Bewertung der Hitzetoleranz neben mehreren Orten auch mehrere Merkmale in Betracht zog.
In den Versuchen beobachtete ich bei Hitzestress einen durchschnittlichen 20-prozentigen Verlust an Gesamtsprossmasse im Jungpflanzenstadium sowie einen durchschnittlichen Ertragsverlust von 50%, wenn Hitzestress im adulten Stadium auftrat.
Diese Ergebnisse unterstreichen die Problematik, dass der Anbau von Mais unter Hitzewellen leidet.
Es wurde außerdem beobachtet, dass es starke Unterschiede zwischen den getesteten Genotypen bezüglich ihrer Hitzetoleranz gab, was es erst ermöglichte effektiv zwischen hitzetoleranten und hitzeanfälligen Genotypen unterscheiden zu können.
Ein Vergleich der heterotischen Pools ergab, dass Flint-Linien hitzetoleranter im Jungpflanzen, jedoch Dent-Linien hitzetoleranter im adulten Stadium waren.
Diese Tatsache kann ausgenutzt werden, indem zwei Pools mit gegensätzlicher Hitzetoleranz erhalten werden, was sich als vorteilhaft für die Erzeugung von Hybriden erweisen könnte.
Eine direkte Selektion hitzetoleranterer Genotypen anhand deren Ertragsverlust bei Hitzestress ist teuer und zeitaufwändig.
Um die Selektion im Zuge der Entwicklung von hitzetoleranteren Sorten zu vereinfachen, können Züchter auf markergestützte Selektion zurückgreifen.
Um die Grundlage für die Markerentwicklung zu legen, wurden in meiner Studie QTL für Hitzetoleranz im Jungpflanzen- und adulten Stadium mithilfe der letztgenannten Populationen identifiziert.
Zwei QTL für Hitzetoleranz mit Hinblick auf den Kornertrag wurden ermittelt, die zusammen 19% der Gesamtvarianz erklärten.
Außerdem wurden je zwei QTL für zwei Hauptkomponenten identifiziert, die für die Hitzetoleranz im Jungpflanzenstadium stehen.
Diese erklärten 14 und 12% der jeweiligen Gesamtvarianz.
Die Ergebnisse dieser Studien können durch Züchtungsunternehmen verwendet werden, um ihr genetisches Material mithilfe von Markeranalysen auf deren Hitzetoleranz während beider Entwicklungsstadien zu untersuchen.
Diese Vorgehensweise könnte einen ersten Selektionsschritt darstellen und die benötigten Feldkapazitäten einer anschließende phänotypische Selektion auf Hitzetoleranz erheblich reduzieren
Genetische Ansätze für die Analyse von Eiseneffizienz in Mais
Full text linkMaize is susceptible to severe Fe-deficiency symptoms when growing on soils with high pH. Therefore, development of Fe-efficient maize genotypes would aid to overcome Fe limitation on these soils. However, Fe-efficiency is a quantitative trait depending on complex mechanism interactions. The determination of these mechanisms would provide a better understanding of the complex trait Fe-efficiency. In the actual study, the determination of Fe-efficiency involved mechanisms were tackled by population and quantitative genetics. In fact, population genetics facilitate the discovery of genes being important to crop improvement based on a comparison of gene evolution and its ancestral genetic material. Linkage mapping and association analyses require both phenotypic variation and polymorphic markers to determine important quantitative trait loci (QTL). The objective of this research was to dissect the genetic architecture of Fe-efficiency in maize by applying different genetic approaches.
Artificial selection during domestication and (or) crop improvement can result in limitation of sequence variation at candidate genes that could limit their detection by quantitative genetic approaches. The objectives of our study were to (i) describe patterns of sequence variation of 14 candidate genes for mobilization, uptake, and transport of Fe in maize, as well as regulatory function and (ii) determine if these genes were targets of selection during domestication. This study was based on 14 candidate genes sequences of 27 diverse maize inbreds, 18 teosinte inbreds, and one Zea luxurians strain as an outgroup.
The experimental results suggested that the majority of candidate genes for Fe-efficiency examined in this study were not target of artificial selection. Nevertheless, the genes NAAT1, NAS1, and MTK coding for enzymes involved in phytosiderophore production, NRAMP3 responsible for Fe remobilization during germination, and YS1 transporting PS-Fe-complexes into the root showed signatures of selection. These genes might be important for the adaptation of maize to diverse environments with different Fe availabilities. This in turn suggests, that Fe-efficiency was an adaptive trait during maize domestication from teosinte.
Identification of QTL provides information on the chromosomal locations contributing to the quantitative variation of complex traits. The benefit of QTL mapping compared to mutant screenings is the possibility to detect multiple genes which may be associated with the phenotypic trait. The
objectives of our studies were to (i) identify QTLs for morphological and physiological traits related to Fe homeostasis, (ii) analyze Fe-dependent expression levels of genes known to be involved in Fe homeostasis as well as positional candidate genes from QTL analysis, and (iii) identify QTLs which control the mineral nutrient concentration difference. Our studies were based on experimental data of 85 genotypes from the IBM population cultivated in a hydroponic system.
The QTL mapping of morphological and physiological traits provided new putative candidate genes like Ferredoxin 1, putative ferredoxin PETF, MTP4, and MTP8 which complement the genes already known as being responsible for efficient Fe homeostasis at both, deficient and sufficient Fe regime. Furthermore, the candidate gene expression indicated a trans-acting regulation for DMAS1, NAS3, NAS1, FDH1, IDI2, IDI4, and MTK. The mineral element trait QTL confidence intervals comprised candidate genes that sequestrate Cd in vacuoles (HMA3), transport Fe2+into the root cells (ZIP10), protect the cell against oxidative stress (glutaredoxin), ensure micro nutrient homeostasis during sufficient iron regime (NRAMP2), regulate protein activities (PP2C), and prevent deleterious accumulation and interaction of specific elements within cells (PHT1;5, ZIP4). Association mapping is promising to overcome the limitations of low allele diversity and absent recombinations events causing poor resolution in detecting QTL by linkage mapping. In order to unravel the genetic architecture of Fe-efficiency a vast association mapping panel comprising 267 maize inbred lines was used to (i) detect polymorphisms affecting the morphological/physiological trait formation and (ii) fine map QTL confidence intervals determined according to linkage mapping.
Some of the SNPs located beyond coding regions of genes that might be important cis-binding-sites for transcription factors. Furthermore, genes detected at the Fe-deficient regime indicate to be involved in universal stress response. However, genes linked to SNPs detected at Fe-sufficient regime might comprise alleles of Fe inefficient genotypes causing inferior trait expression. The combination of several approaches provided a valuable resource of candidate genes which might aid to increase our understanding of the mechanisms of Fe-efficiency in maize and foster the efforts in breeding superior cultivars by applying molecular marker techniques.In den Anbaugebieten, wie Nebraska und dem ariden/semiariden Gebieten von den Great Plains, die charakteristisch für kalkreiche Böden und hohen pH sind, ist Eisen-(Fe)-Mangel ein agronomisch wichtiges Problem, das Ernteausfälle und Qualitätsminderungen in der Kulturpflanze Mais verursacht. Aus diesem Grund ist die Entwicklung von Fe-effizienten Mais Sorten notwendig, um diese limitierende Böden für den Maisanbau zu erschließen.
Allerdings ist die Eigenschaft für Fe-Effizienz quantitativ und basiert auf komplexe Wechselwirkungen zwischen der Gesamtheit von Mechanismen. Es liegt auf der Hand, dass eine Ermittlung dieser Mechanismen ein besseres Verständnis für die Fe-Effizienz als ein komplexes Merkmal darlegen würde. In der aktuellen Studie lag der Fokus auf der Ermittlung von Fe-Effizienz bezogenen Mechanismen, welche mittels populations- und quantitativgenetischen Verfahren detektiert werden sollten. Fakt ist, dass die Populationsgenetik die Gensequenzenvergleiche der entscheidenden Gene, welche unter dem Selektionsdruck der Züchtungsvorgänge in der Kulturpflanze eine entscheidende Verbesserung brachten, zwischen Elitematerial und Maisvorfahren zur Detektion nutzt. Sowohl die Analyse von kodierenden Genloci für quantitative Merkmale (QTL) als auch die Assoziationskartierung erfordern phänotypische Variation und polymorphe Marker, um genetisch beeinflussende Regionen eingrenzen zu können. Das Hauptaugenmerk der vorliegenden Arbeit richtete sich auf die genetische Architektur von Fe-Effizienz in Mais und auf die Untersuchung der Anwendung von unterschiedlichen genetischen Methoden. Die Domestikation und Verbesserung der Kulturpflanze kann durch eine gerichtete Selektion zu Diversitätslimitierung in Kandidatengenen führen, deren Detektion anhand von quantitativen genetischen Ansätzen gemindert werden könnte. Die Ziele unserer Studie waren (i) die Beschreibung der Sequenzdiversität in 14 Kandidatengenen mit der Eigenschaft sowohl für Mobilisierung, Aufnahme und Transport von Fe in Mais als auch für regulative Funktion sowie (ii) zu untersuchen, ob diese Gene gezielt währende der Domestikation von Teosinte selektiert wurden. Diese Studie wurde mit Sequenzen von 14 Kandidatengenen, die sowohl in 27 diversen Mais und 18 Teosinte Inzuchtlinien als auch in einem entfernt verwandtem Zea luxurians Stamm sequenziert wurden, durchgeführt.
Die Versuchsergebnisse dieser Studie deuteten darauf hin, dass die Mehrheit der Kandidatengene für Fe-Effizienz nicht das Ziel der Selektion war. Nichtsdestotrotz zeigten Gene wie NAAT1, NAS1 und MTK, die für Enzyme der Phytosiderophore (PS) Synthese kodieren, NRAMP3, das für die Fe Remobilisation während der Keimung verantwortlich ist und YS1, das für den Transport von Fe-PS-Komplexen in der Wurzel sorgt, Anzeichen von gerichteter Selektion. Diese Gene könnten für die Anpassung von Mais, der an verschiedenen Standorten mit variierenden Fe Verfügbarkeiten angebaut wird, von Bedeutung sein. Das wiederum bedeutet, dass Fe-Effizienz ein angepasstes Merkmal während der Domestizierung von Teosinte zu Mais war.
Die Identifikation von QTL erlaubt die Eingrenzung von chromosomalen Regionen, welche zu der quantitativen Variation von komplexen Merkmalen beitragen. Der Vorteil von der QTL Kartierung gegenüber Mutanten basierten Analysen ist die Möglichkeit mehrere Gene gleichzeitig zu detektieren, welche mit dem phäno- typischen Merkmal in Verbindung gebracht werden können. Die Ziele unserer Studien waren (i) die Identifikation von QTL für morphologische und physiologische Merkmale, die für Fe-Homöostase evaluiert wurden (ii) Analyse von Fe basierenden Genexpression von Genen, die sowohl bekannt für deren Involvierung in der Fe-Homöostase sind als auch durch die positionelle Lokalisation mittels der QTL Analyse sowie (iii) die Identifikation von QTL, welche die Konzentration der mineralischen Nährstoffe kontrollieren. Diese Studien basierten auf Experimentdaten, welche für 85 Genotypen der IBM Population mittels einem hydroponischem System evaluiert worden sind.
Die QTL Kartierung, die mittels morphologischer und physiologischer Merkmale evaluiert werden konnten, lieferten potentielle neue Kandidaten Gene wie Ferredoxin 1, ein potentielles Ferredoxin Gen PETF, sowie MTP4 und MTP8.
Diese Gene haben eine unterstützende Wirkung auf bereits bekannte Gene, die verantwortlich für eine effiziente Fe-Homöostase unter niedriger und hoher Fe Behandlung sind. Des Weiteren wurde beobachtet, dass die Gene DMAS, NAS1, NAS3, FDH1, IDI2, IDI4 und MTK eine transgerichtete Regulation aufwiesen. Die Vertrauensintervalle von QTL, welche für die mineralischen Konzentrationsmerkmale detektiert wurden, grenzten Kandidaten Gene ein, welche Cd in Vakuolen sequestrierten (HMA3), Fe2+ in die Wurzelzellen transportieren (ZIP10), die Zelle vor oxidativen Stress bewahren (Glutaredoxin), die Miktonährstoff-Homöostase unter ausreichender Fe Zufuhr gewährleisten (NRAMP2), die Proteinaktivität regulieren (PP2C) sowie die Zelle vor schädlicher Akkumulation und Interaktion von speziellen Nährstoffen schützen (PHT1;5, ZIP4).
Die Assoziationskartierung verspricht die Einschränkungen, die bei der Kopplungskartierung eine geringe Diversität und fehlende Rekombination zur niedrigen genetischen Auflösung in der QTL Detektion führen, zu reduzieren. Um die genetische Architektur von Fe-Effizienz zu ermitteln, wurde ein breit aufgestelltes Assoziationskartierungsset eingesetzt, das 267 Mais Inzuchtlinien beinhaltet, um (i) Polymorphismen zu detektieren, welche die morphologischen/physiologischen Merkmalsausprägungen beeinflussen sowie (ii) QTL Vertrauensintervallen, die mit der Kopplungskar-tierung detektiert wurden,
feinkartieren. Einige der SNPs, die jenseits der kodierenden Genregionen lokalisiert wurden, könnten wichtige cis-bindende Regionen für Transkriptionsfaktoren sein.
Des Weiteren weisen die detektierten Gene unter der niedrigen Fe Behandlung hin, dass sie in eine universelle Stressantwort involviert sind. Allerdings könnten die SNP gekoppelten detektierten Gene unter der hohen Fe Behandlung Fe-ineffiziente Allele tragen, welche einen Nachteil in der Merkmalsausprägung verursachen könnten.
Die Kombination der jeweiligen Methoden lieferte eine wertvolle Anzahl von Kandidaten Genen, welche unser Verständnis für Fe-Effizienz Mechanismen in Mais unterstützen sollen und die Bemühungen in der Kulturpflanzenzüchtung mittels Anwendung von molekularen Marker Techniken fördern
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
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