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Evaluation of prognostic and predictive biomarkers in epithelial ovarian cancer using kinetic RT-PCR from formalin-fixed paraffin-embedded tissue
No full textDie Archive pathologischer Institute beherbergen eine große Menge an formalin-
fixiertem und in Paraffin eingebettetem Material der diagnostischen Routine.
Dieses Gewebe stellt wegen seiner einfachen Handhabung und Verfügbarkeit eine
attraktive Quelle für die translationale Tumorforschung dar. Auch erschließt
es durch seine Eigenschaft als Routinematerial die Möglichkeit, so gewonnene
Erkenntnisse für einen klinisch-diagnostischen oder prädiktiven Einsatz
nutzbar zu machen. Bis in jüngere Zeit galt die Gewinnung von RNA für den
Einsatz in molekularbiologischen Studien aus diesem Material als limitiert.
Ziel der vorliegenden Arbeit war es, eine neue, auf magnetischen Partikeln
beruhende Methode der RNA-Extraktion aus Paraffingewebe zu evaluieren. Dazu
wurde eine Reihe von Biomarkern an einer Gruppe von Patientinnen mit
Ovarialkarzinom untersucht. Das Ovarialkarzinom ist der Tumor des weiblichen
Genitaltrakts mit der höchsten Mortalität und mit einer ungünstigen Prognose
behaftet. Neue Biomarker zur individuellen Risikoeinschätzung und
Therapieplanung sind daher erforderlich. Vor diesem Hintergrund wurde die
Expression von Vascular endothelial growth factor C (VEGF-C), Östrogenrezeptor
1 (ESR1), Topoisomerase II alpha (TOP-IIα), Multidrug resistance protein 1
(MRP1), DICER und Insulin-like growth factor receptor binding protein 3 (IMP3)
untersucht. Die Arbeit konnte zeigen, dass die aus Paraffingewebe extrahierte
RNA für den Einsatz in molekularbiologischen Studien geeignet ist. Damit
eröffnet sich eine Möglichkeit, den wachsenden Anforderungen an eine
quantitative, reproduzierbare Biomarkerevaluation durch die Pathologie gerecht
zu werden. Es fand sich dabei jedoch nicht immer eine Korrelation zwischen
RNA- und Proteinexpression, was auf posttranskriptionale
Regulationsmechanismen hinweist. Dies bleibt bei der Interpretation so
gewonnener Daten zu berücksichtigen. Das wichtigste Ergebnis der
Biomarkerevaluation ist die erstmalige Beobachtung, dass die Bestimmung der
Expression von Östrogenrezeptor 1 mittels der kinetischen RT-PCR im Gegensatz
zur Immunhistologie geeignet ist, biologisch relevante Expressionsunterschiede
zu ermitteln.Formalin-fixed and paraffin-embedded tissue is the material used in diagnostic
routine and is harboured in large quantities in departments of Pathology. Due
to its wide availability and easy handling, this material is an attractive
source for translational research. Until recently, extraction of RNA from
paraffin-embedded tissue was considered as limited. The aim of this study was
the evaluation of a new method of nucleic acid extraction from paraffin-
embedded tissue based on magnetic beads. A set of biomarkers was examined in
tissue specimens from patients with primary epithelial ovarian cancer. Of the
tumors of the female genital tract, ovarian cancer is associated with the
highest mortality rate and a very poor prognosis. For individualization of
patient management, new prognostic and predictive biomarkers are urgently
needed. Therefore, expression of vascular endothelial growth factor C
(VEGF-C), estrogen receptor 1 (ESR1), toposiomerase II alpha (TOP-IIα),
multidrug resistance protein 1 (MDR1), DICER and insulin-like growth factor
receptor binding protein 3 (IMP3) was examined. The work could demonstrate
that RNA from formalin-fixed from paraffin-embedded tissue is suitable for
gene expression studies. The results offer an opportunity to respond to the
increasing demand of quantitative and highly reproducible pathologic
evaluation of biomarkers. A correlation of mRNA and protein expression could
not be observed for all biomarkers. This points at post-transcriptional
regulatory mechanisms and needs consideration for interpretation of data. The
most important result of the biomarker evaluation is the first observation
that the determination of estrogen receptor mRNA, but not protein expression,
is suitable to detect biologically relevant differences in estrogen receptor
expression in ovarian cancer
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Breast cancer and pancreatic cancer as examples for the evaluation of predictive and prognostic biomarkers in pathology
No full textDie prädiktive und prognostische Tumorpathologie beschäftigt sich mit der Identifikation und klinischen Erprobung von Biomarkern, die durch eine Charakterisierung der Tumorbiologie eine Einteilung der individuellen Patientinnen und Patienten in prognostisch und therapeutisch verschiedene Gruppen erlaubt. Ziel ist die weitere Personalisierung der onkologischen Therapie. Die Arbeit zeigt am Bespiel des Mamma- und Pankreaskarzinoms, wie solche Biomarker identifiziert und ihr klinische Nutzen evaluiert werden können. Die Untersuchungen decken dabei ein breites Spektrum verschiedener tumorbiologischer Faktoren ab und betrachten sowohl die Protein-, mRNA- und DNA-Ebene, zumeist im Kontext klinisch ausführlich annotierter Studienkollektive.
Der erste Teil der Arbeit beschäftigt sich mit dem Mammakarzinom, der häufigsten bösartigen Tumorerkrankung der Frau. Ein Schwerpunkt der Arbeit lag auf der Charakterisierung des lymphozytären Infiltrats des Tumors. Hier konnte im Kontext klinischer Therapiestudien gezeigt werden, wie immun-assoziierte Marker wie die Genexpression des membrangebundenen Glykoproteins MUC1 und des Antigenpräsentationsmoleküls HLA-A genutzt werden können, um das Ansprechen auf eine Chemotherapie und die Langzeitprognose der Patientinnen abzuschätzen. Die Expression von HLA-A war dabei bei Patientinnen mit hormonrezeptor-positivem Mammakarzinom mit einem besseren Therapieansprechen und einem kürzeren Überleben verbunden. Die Expression von MUC1 war hingegen mit einem schlechteren Ansprechen, aber längerem Überleben assoziiert.
Die Entwicklung des auf der Expressionsanalyse Östrogen- und Progesteronrezeptor-assoziierter Gene beruhenden Mutigenassays SET ER/PR zielt darauf ab, die Prognose von Patientinnen abzuschätzen, die mit einem metastasierten, hormonrezeptor-positiven Mammakarzinom eine antihormonelle Therapie erhalten. Ziel ist eine Entscheidungshilfe, ob im Falle einer Krankheitsprogression eine antihormonelle Therapie verabreicht werden sollte oder eine zytotoxische Therapie vielversprechender ist. Die Gensignatur konnte in einer klinisch annotierten Kohorte hinsichtlich ihres klinischen Nutzens validiert werden und zeigte sich in ergänzend untersuchten Datensätzen robust gegenüber möglichen präanalytischen und analytischen Einflüssen.
Das duktale Adenokarzinom des Pankreas ist mit einer ungünstigen Prognose behaftet. Ein distinktes Merkmal ist bei vielen Tumoren ein dichtes umgebendes Bindegewebe. Die Arbeit untersucht, ob die Kenntnis über die Beschaffenheit des Bindegewebes und damit verbundener Proteinexpression eine prognostische Aussage bei adjuvanter Chemotherapie erlaubt. Es konnte gezeigt werden, dass die Stromaqualität mit dem Überleben bei unbehandelten Patientinnen und Patienten verbunden war, nicht aber nach adjuvanter Chemotherapie. Eine weitere Arbeit beschäftigt sich mit einer Analyse des Zusammenhangs verschiedener Mutationen mit der Prognose unter adjuvanter Behandlung. Hier konnte gezeigt werden, dass Tumoren mit Mutationen im TP53-Gen mehr von einer adjuvanten Chemotherapie zu profitieren scheinen.
Zusammengefasst beschreibt die Arbeit, wie klinisch relevante Parameter der Tumorbiologie evaluiert werden können, um Therapieansprechen und Prognose von Patientinnen und Patienten mit soliden Tumoren abzuschätzen und wie damit ein Beitrag zu einer personalisierten onkologischen Therapie geleistet werden kann
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
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