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Identification, Sequencing and Genetic Diversity of Zucchini Tigre Mosaic Virus Infecting Cucurbita Species in Argentina
No full textCucurbit crops are constantly threatened by viral diseases. In Argentina, five potyviruses have been identified, including the recently discovered zucchini tigre mosaic virus (ZTMV). This study aimed to evaluate the molecular epidemiology of ZTMV. The virus was identified and characterised using molecular techniques including reverse transcription-PCR, Sanger sequencing and Oxford Nanopore sequencing. Eighteen coat protein (CP) sequences and one complete genome sequence were obtained. Phylogenetically, the new Argentine isolates formed their own clade separated from all other ZTMV isolates. Population genetic analyses of CP sequences revealed high haplotype diversity and moderate-to-high nucleotide diversity across phylogroups. This region was under a strong negative selection. Neutrality tests were not statistically significant. The genetic differentiation parameters were statistically significant, indicating that ZTMV phylogenetic groups were different and supporting the proposed novel structure. Moreover, an infrequent gene flow between populations was observed. Haplotype analysis of 63 CP sequences revealed 54 distinct haplotypes, 15 of which originated from Argentina with a high number of mutations between clusters. The network grouped the haplotypes in the same clusters as those observed in the phylogenetic tree. One event of intraspecific recombination was found, which encompassed P1 and HC-Pro coding regions. The results obtained suggest that Argentine ZTMV populations have developed an evolutionary strategy characterised by low genetic diversity, low mutation rates and intraspecific recombination. All these strategies contribute to the virus adaptation to survival in new environments and hosts.Instituto de Patología VegetalFil: Brugo Carivali, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Brugo Carivali, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Luciani, Cecilia Elizabeth.Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Luciani, Cecilia Elizabeth. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Celli, Marcos Giovani. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Celli, Marcos Giovani. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Olmos, Sofía Eugenia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Colonia Benítez; ArgentinaFil: Olmos, Sofía Eugenia. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Agrarias. Departamento de Producción Vegetal. Cátedra de Horticultura; ArgentinaFil: Obregón, Verónica Gabriela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Bella Vista; ArgentinaFil: Silva, Milagros Itatí. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Silva, Milagros Itatí. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Cabrera Mederos, Dariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Cabrera Mederos, Dariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Perotto, Maria Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Perotto, Maria Cecilia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentin
First report of Zucchini tigré mosaic virus naturally infecting two different cucurbit species in Argentina
No full textWe report the first detection of ZTMV infecting cucurbits in Argentina, with Cucurbita maxima and Cucurbita maxima × Cucurbita moschata identified as novel hosts.Fil: Brugo Carivali, Maria Florencia. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - Cordoba. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola.; ArgentinaFil: Luciani, Cecilia Elizabeth. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - Cordoba. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola.; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Celli, Marcos Giovani. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - Cordoba. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola.; ArgentinaFil: Carrasco, F.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Catamarca-La Rioja. Estación Experimental Agropecuaria Catamarca; ArgentinaFil: Silva, Milagros Itatí. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - Cordoba. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola.; ArgentinaFil: Cabrera Mederos, Dariel. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - Cordoba. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola.; ArgentinaFil: Perotto, Maria Cecilia. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - Cordoba. Unidad de Fitopatologia y Modelizacion Agricola.; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentin
Primer informe de virus infectando pitaya en Argentina
Full text linkPoster y resumenEn Argentina, la pitaya (Hylocereus spp.) constituye una alternativa para diversificar los
emprendimientos agrícolas familiares y promover el crecimiento de las economías
regionales. Las enfermedades causadas por virus representan una amenaza en la
multiplicación y producción de este frutal, sin embargo, en el país no se habían
conducido estudios para identificar los virus que lo afectan. En muestreos realizados
durante 2018, en lotes de producción ubicados en Yuto, Jujuy, se observaron plantas
con halos cloróticos en cladodios terminales. Este trabajo tuvo como objetivo determinar
el/los agente/s causal/es de los síntomas observados. Las muestras fueron analizadas
por microscopía electrónica (ME) y mediante RT-PCR. La ME reveló partículas
flexuosas de ~600 nm, similares a las de los potexvirus. El análisis de la secuencia
obtenida (GenBank PP895196), reveló identidades de nucleótidos (95-98%) con otras
de China, España, Taiwán y Corea del Sur, cobertura entre 99-100%. Los resultados
obtenidos mostraron que el cactus virus X (CVX) infecta pitaya en el noroeste argentino.
Debido a la importancia de este cultivo en la región, a su reproducción agámica y a las
restricciones asociadas al CVX, se requieren estudios epidemiológicos y generar
servicios de detección temprana para evitar su dispersión.Instituto de Patología VegetalFil: Cabrera Mederos, Dariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Cabrera Mederos, Dariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Jaramillo, M.M. Universidad Nacional de Tucumán (UNT). Facultad de Agronomía, Zootecnia y Veterinaria; ArgentinaFil: Ortiz, Claudio Manuel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Yuto; ArgentinaFil: Flores, Ceferino Rene. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Yuto; ArgentinaFil: Silva, Milagros Itatí. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Silva, Milagros Itatí. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Trucco, Veronica Milagros. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Trucco, Veronica Milagros. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Nome Docampo, Claudia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Nome Docampo, Claudia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Badaracco, Alejandra. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Montecarlo; ArgentinaFil: Nahirñak, Vanesa. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Montecarlo; ArgentinaFil: Castellanos Collazo, Onias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Castellanos Collazo, Onias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Portal, O. Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Facultad de Ciencias Agropecuarias; CubaFil: Portal, O. Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Departamento de Biología; CubaFil: Giolitti, Fabian. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Giolitti, Fabian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentin
Amenazas asociadas a virus emergentes que infectan papaya en Argentina
Full text linkPoster y resumenLa papaya (Carica papaya) se establece como una alternativa sustentable en el norte de Argentina, donde su producción se ha incrementado significativamente en los últimos años. Considerando el elevado número de virus que infectan el cultivo, el diagnóstico rutinario no proporciona los resultados inmediatos para la implementación de medidas de manejo. En este caso, la secuenciación de nueva generación (NGS) se ha convertido en una potente herramienta para el diagnóstico. Este trabajo tuvo como objetivo implementar la NGS para la identificación de virus que afectan papaya en la región subtropical de ArgentinaInstituto de Patología VegetalFil: Cabrera Mederos, Dariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Cabrera Mederos, Dariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Portal, Orelvis. Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Facultad de Ciencias Agropecuarias; CubaFil: Portal, Orelvis. Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Departamento de Biología; CubaFil: Sáez, S. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Agrarias; ArgentinaFil: Silva, Milagros Itatí. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Silva, Milagros Itatí. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Brugo Carivali, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Brugo Carivali, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Trucco, Veronica Milagros. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Trucco, Veronica Milagros. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Ortiz, Claudio Manuel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Yuto; ArgentinaFil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Luciani, Cecilia Elizabeth. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Luciani, Cecilia Elizabeth.Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Celli, Marcos Giovani. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Celli, Marcos Giovani. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Perotto, Maria Cecilia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Perotto, Maria Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Castellanos Collazo, Onias. Fondo para la Investigación Científica y Tecnológica (FONCYT); ArgentinaFil: Castellanos Collazo, Onias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Giolitti, Fabian. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Giolitti, Fabian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentin
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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