1,720,955 research outputs found
Mammalian PNLDC1 is a novel poly(A) specific exonuclease with discrete expression during early development
No full textPNLDC1 is a homologue of poly(A) specific ribonuclease (PARN), a known deadenylase with additional role in processing of non-coding RNAs. Both enzymes were reported recently to participate in piRNA biogenesis in silkworm and C. elegans, respectively. To get insights on the role of mammalian PNLDC1, we characterized the human and mouse enzymes. PNLDC1 shows limited conservation compared to PARN and represents an evolutionary related but distinct group of enzymes. It is expressed specifically in mouse embryonic stem cells, human and mouse testes and during early mouse embryo development, while it fades during differentiation. Its expression in differentiated cells, is suppressed through methylation of its promoter by the de novo methyltransferase DNMT3B. Both enzymes are localized mainly in the ER and exhibit in vitro specificity restricted solely to 3' RNA or DNA polyadenylates. Knockdown of Pnldc1 in mESCs and subsequent NGS analysis showed that although the expression of the remaining deadenylases remains unaffected, it affects genes involved mainly in reprogramming, cell cycle and translational regulation. Mammalian PNLDC1 is a novel deadenylase expressed specifically in cell types which share regulatory mechanisms required for multipotency maintenance. Moreover, it could be involved both in posttranscriptional regulation through deadenylation and genome surveillance during early development.</p
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Ο ρόλος σημαντικών ριβονουκλεασών στη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης
No full textThe intricate and dynamic regulation of gene expression by non-coding RNAs (ncRNAs) is a fundamental aspect of higher eukaryote complexity, which extends beyond the simple quantity of protein-coding genes. Ribonucleases, the enzymes responsible for RNA processing, play a crucial role in this regulation by providing precise and specific activity that shapes the ncRNA landscape. Ribonuclease Z is an enzyme that removes 3’ trailers from precursor tRNAs and is found in all domains of life. This thesis conducts a comparative study on two paralogous forms of human ribonuclease Z, namely ELAC1/RNase ZS (40 kDa) and ELAC2/RNase ZL (92.2 kDa), which diverged early in the evolutionary timeline of eukaryotes. These two ribonucleases, despite originating from a common ancestral gene, evolved specialized roles, providing a valuable window into the intricate processes underpinning eukaryotic complexity. Since its appearance, ELAC2 has the main role in the 3’ processing of nuclear and mitochondrial pre-tRNAs. It is also involved in the maturation of lncRNAs that contain tRNA-like structure like MALAT1 and NEAT1. On the other hand, as it was very recently shown, ELAC1 is implicated in the 3’ repair of mature tRNAs released from stalled ribosomes that bear a 2’-3’ cyclic phosphate in the discriminator base, so that the CCA can be added anew and subsequently aminoacylated. However, the roles of ELAC1 may not be confined to tRNA repair, and considering that ANGEL2 can perform a similar function, it is clear that ELAC1 might have a broader range of roles and functionalities. Previous studies from our group highlighted the dispensability of ELAC1 as we were able to knockout ELAC1 with CRISPR-Cas9, which indicates that ELAC1 may have a more specialized role. ELAC2 on the other hand is essential for viability. Biochemical and structural comparison of these two paralogues showed that ELAC1 and ELAC2 although they seem to recognize similar elements like the tRNA elbow or the length of the acceptor stem, they exhibit distinct substrate specificities and biochemical properties. ELAC2 was found to be more effective and more accurate in the cleavage of 3’ trailers of pre-tRNAs particularly with pre-tRNAs lacking the ability to adopt the appropriate conformation, and ELAC1 demonstrating the capacity to execute the removal of the CCA trinucleotide from mature tRNAs. Structural inquiries using predicted structures generated by AlphaFold, due to the limited availability of eukaryotic crystal structures, revealed significant structural similarities and differences critical for substrate recognition and catalytic activity. The diverse functions of ELAC1 were revealed by mapping its possible interactions with a variety of RNA substrates. CLIP-seq experiments conducted using both wild-type ELAC1 and the catalytically inactive ELAC1-H64A variant revealed that ELAC1 can interact with a broad range of Pol III transcripts, including mature tRNAs, snoRNAs, snRNAs, Y RNAs, with vault RNAs emerging as a major category. This suggests its potential role in mechanisms like drug resistance and innate immunity. In vitro cleavage assays further confirmed exclusive ability of ELAC1 to process non-tRNA transcripts like YRNAs and vtRNAs. These findings highlight the unique substrate specificity of ELAC1, suggesting a wider role in RNA processing than previously assumed. Whole transcriptome and small RNA sequencing unveiled that ELAC1, a critical player in tRNA processing, influences the regulation of protein-coding genes as well as a wide spectrum of non-coding RNAs. Whole transcriptome data corroborate that the impact of ELAC1 encompasses lncRNAs, snoRNAs, snRNAs, vtRNAs, and miscRNAs, offering fresh perspectives on the potential roles of this enzyme. Further, the observed changes in tRNA abundance and diversity under ELAC1 knockout and overexpression conditions underline the significant contribution of ELAC1 to protein translation and tRNA isoacceptor balance. A striking result from this study is the different patterns of tRNA-derived fragment (tRF) expression in ELAC1 knockout, overexpression, and reintroduction scenarios, underscoring the crucial role of ELAC1 in maintaining tRF equilibrium and potentially guiding tRF processing. Moreover, extensive analysis of small-RNAseq data, suggest that ELAC1 regulates the biogenesis of diverse small RNAs, particularly those originating from vtRNAs and YRNAs. This research also indicates the possible role of ELAC1 in regulating the 3' end of RNA polymerase III transcripts, which including the poly U-tract, a critical binding site for La and members of the La-related protein family. The current thesis highlights the divergent functions of ELAC1 and ELAC2 and pinpoints the key role of ELAC1 key role in regulating the biogenesis of several important noncoding RNAs. Characterization of ELAC1 revealed the significant impact on RNA processing and our understanding of the RNA regulatory network and sets the stage for future research into noncoding RNA processing and the complexity of gene expression regulation in higher eukaryotes.Η περίπλοκη και δυναμική ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης από μη-κωδικοποιητικά RNAs είναι μια θεμελιώδης πτυχή της πολυπλοκότητας των ανώτερων ευκαρυωτικών οργανισμών, η οποία είναι γνωστό ότι δεν οφείλεται στον αριθμό των γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες. Οι ριβονουκλεάσες, τα ένζυμα που είναι υπεύθυνα για την επεξεργασία του RNA, διαδραματίζουν κρίσιμο ρόλο σε αυτή τη ρύθμιση διαμορφώνοντας το τοπίο των μη-κωδικοποιητικών RNA μέσω της δράσης τους. Η Ριβονουκλεάση Ζ είναι το υπεύθυνο ένζυμο για την απομάκρυνση της 3' ακόλουθης αλληλουχίας από τα πρόδρομα tRNA και βρίσκεται σε όλες τις επικράτειες της ζωής. Η παρούσα διατριβή πραγματοποιεί μια συγκριτική μελέτη σε δύο παράλογες μορφές της ανθρώπινης ριβονουκλεάσης Ζ, την ELAC1/RNase ZS (40 kDa) και την ELAC2/RNase ZL (92,2 kDa), οι οποίες διαφοροποιήθηκαν νωρίς κατά την εξέλιξη των ευκαρυωτικών οργανισμών και παρά την προέλευσή τους από ένα κοινό προγονικό γονίδιο και έχουν αναπτύξει εξειδικευμένους ρόλους. Από την εμφάνισή της, η ELAC2 έχει τον κύριο ρόλο στην 3' επεξεργασία των πυρηνικών και μιτοχονδριακών πρόδρομων tRNA. Συμμετέχει επίσης στην ωρίμανση μακρών μη-κωδικοποιητικών μορίων RNA (lncRNA) που περιέχουν δομή που προσομοιάζει τα tRNA, όπως τα MALAT1 και NEAT1. Από την άλλη πλευρά, όπως φάνηκε πρόσφατα, η ELAC1 εμπλέκεται στην 3' επιδιόρθωση ώριμων tRNAs που απελευθερώνονται από ακινητοποιημένα ριβοσώματα και φέρουν 2'-3' κυκλικό φωσφορικό στη βάση διαχωριστή, έτσι ώστε να προστεθεί εκ νέου το CCA και στη συνέχεια να αμινοακυλιωθεί. Ωστόσο, οι ρόλοι της ELAC1 μπορεί να μην περιορίζονται στην επιδιόρθωση των tRNA, και λαμβάνοντας υπόψη ότι η ANGEL2 μπορεί να επιτελέσει παρόμοια λειτουργία, είναι σαφές ότι η ELAC1 μπορεί να έχει ένα ευρύτερο φάσμα ρόλων και λειτουργιών. Προηγούμενες μελέτες από την ομάδα μας έχουν αναδείξει ότι η ELAC1 είναι επουσιώδης για το κύτταρο, καθώς μπορέσαμε να απαλείψουμε το γονίδιο ELAC1 με CRISPR-Cas9, γεγονός που υποδεικνύει ότι η ELAC1 μπορεί να έχει έναν πιο εξειδικευμένο ρόλο. Από την άλλη πλευρά, το ELAC2 είναι απαραίτητο για τη βιωσιμότητα. Η βιοχημική και δομική σύγκριση αυτών των δύο παραλόγων έδειξε ότι η ELAC1 και η ELAC2 αν και φαίνεται να αναγνωρίζουν παρόμοια στοιχεία όπως ο η δομή αγκώνας του tRNA (tRNA elbow) ή το μήκος του στελέχους του αποδέκτη (acceptor stem), παρουσιάζουν διαφορετικές ειδικότητες υποστρώματος και βιοχημικές ιδιότητες. Διαπιστώθηκε ότι η ELAC2 είναι πιο αποτελεσματική και ακριβής στη διάσπαση των 3' ακόλουθων αλληλουχιών των πρόδρομων tRNA, ιδιαίτερα με τα πρόδρομα tRNA που δεν έχουν την ικανότητα να υιοθετήσουν την κατάλληλη διαμόρφωση, ενώ η ELAC1 επιδεικνύει την ικανότητα να κόβει το CCA τρινουκλεοτίδιο από τα ώριμα tRNAs. Δομικές έρευνες με τη χρήση προβλεπόμενων δομών προερχόμενες από το AlphaFold αποκάλυψαν σημαντικές δομικές ομοιότητες αλλά και διαφορές, κρίσιμες για την αναγνώριση του υποστρώματος και την καταλυτική δραστηριότητα. Πειράματα CLIP-seq που πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση τόσο της ELAC1 άγριου τύπου όσο και της καταλυτικά ανενεργής παραλλαγής ELAC1-H64A αποκάλυψαν ότι η ELAC1 μπορεί να αλληλεπιδράσει με ένα ευρύ φάσμα μεταγράφων της RNA πολυμεράσης III, συμπεριλαμβανομένων ώριμων tRNAs, snoRNAs, snRNAs, YRNAs, με τα vault RNAs να αναδεικνύονται ως το πιο σημαντικό υπόστρωμα. Αυτό υποδηλώνει τον πιθανό ρόλο της σε μηχανισμούς όπως η αντίσταση στα φάρμακα και η έμφυτη ανοσία. Οι in vitro βιοχημικές δοκιμασίες επιβεβαίωσαν περαιτέρω την ικανότητα της ELAC1 να επεξεργάζεται μετάγραφα πέρα από tRNA, αποκαλύπτοντας διαφορετικά πρότυπα διάσπασης για τις ELAC1 και ELAC2. Ειδικότερα, η ELAC1 έδειξε αποκλειστική επεξεργασία των εξεταζόμενων snRNAs, YRNAs και vtRNAs. Τα ευρήματα αυτά αναδεικνύουν την εξειδίκευση υποστρώματος της ELAC1, υποδηλώνοντας έναν ευρύτερο ρόλο στην επεξεργασία RNA από ότι είχε υποτεθεί προηγουμένως. Η αλληλούχιση ολόκληρου του μεταγραφώματος καθώς και των μικρών RNA μορίων αποκάλυψε ότι η ELAC1 επηρεάζει τη ρύθμιση των γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες καθώς και ένα ευρύ φάσμα μη-κωδικοποιητικών RNA. Τα ευρήματα αυτά υποδηλώνουν ότι τo φάσμα πιθανών υποστρωμάτων της ELAC1 περιλαμβάνει lncRNAs, snoRNAs, snRNAs, vtRNAs και miscRNAs, προσφέροντας νέες προοπτικές για τους πιθανούς ρόλους αυτού του ενζύμου. Ένα εντυπωσιακό αποτέλεσμα αυτής της μελέτης είναι τα διαφορετικά πρότυπα έκφρασης των θραυσμάτων που προέρχονται από tRNA (tRF) σε συνθήκες knockout, υπερέκφρασης και επανεισαγωγής του ELAC1 σε knockout κύτταρα, υπογραμμίζοντας τον κρίσιμο ρόλο της ELAC1 στη διατήρηση της ισορροπίας των tRF και ενδεχομένως στην καθοδήγηση της επεξεργασίας αυτών. Επιπλέον, η εκτεταμένη ανάλυση δεδομένων small-RNAseq, υποδηλώνει ότι η ELAC1 ρυθμίζει τη βιογένεση διαφόρων μη-κανονικών μικρών RNAs, ιδίως εκείνων που προέρχονται από vtRNAs και YRNAs. Η έρευνα αυτή υποδεικνύει επίσης τον πιθανό ρόλο της ELAC1 στη ρύθμιση του 3' άκρου των μεταγράφων της RNA πολυμεράσης ΙΙΙ, το οποίο περιλαμβάνει το poly U-tract, μια κρίσιμη θέση πρόσδεσης για τη La και τα μέλη της οικογένειας των πρωτεϊνών που σχετίζονται με τη La (La-related proteins). Η παρούσα διατριβή διερευνά τις αποκλίνουσες λειτουργίες των ELAC1 και ELAC2 και παρουσιάζει τον σημαντικό ρόλο της ELAC1 στη ρύθμιση της βιογένεσης πολλών σημαντικών μη-κωδικοποιημένων RNAs. Ο χαρακτηρισμός της ELAC1 ανέδειξε τη σημαντική επίδραση στην επεξεργασία RNA και στην κατανόηση του ρυθμιστικού δικτύου RNA και θέτει τις βάσεις για μελλοντική έρευνα σχετικά με την επεξεργασία μη-κωδικοποιητικών RNA και την πολυπλοκότητα της ρύθμισης της γονιδιακής έκφρασης στους ανώτερους ευκαρυωτικούς οργανισμούς
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
- …
