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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Funktionelle und strukturelle Untersuchungen eines C-terminal verlängerten YidCs
No full textMembers of the YidC/Oxa1/Alb3 protein family catalyze the insertion of integral membrane proteins into the lipid bilayer of the bacterial plasma membrane (YidC), the inner mitochondrial membrane (Oxa1), and the chloroplast thylakoid membrane (Alb3) (Saller et al., 2012; Dalbey et al., 2014). The insertase homologs are comprised of a conserved core region of 5 transmembrane domains, but are provided with additionally flanking N- and C-terminal regions of variable lengths and functions. The Gram-negative YidC is characterized by an additional N-terminal domain, while Gram-positive bacteria, mitochondria and plastids developed C-terminally extended insertase-domains. These domains are involved e.g. in direct interaction with ribosomes and facilitate a functional overlap with the co-translational SRP-targeting pathway. An extended C-terminal highly positively charged tail region was also found in the YidC homologs of the Gram-negative marine bacteria Rhodopirellula baltica and Oceanicaulis alexandrii, but not in Escherichia coli.
The primary subject of this work was to characterize and analyze in detail the C-terminally extended YidC chimera, composed of the E. coli YidC and the C-terminally extended domains of the marine YidC homologs. Biochemical binding assays with the purified YidC proteins and isolated, vacant E. coli 70S ribosomes showed that the C-tails mediate specific binding to ribosomes independently of the translational state of the ribosome. Furthermore, a ribosome-bound insertase complex was visualized by cryo-electron microscopy. The enhanced affinity of the C-terminally extended YidC was used to isolate stable complexes with stalled ribosomes, carrying a nascent polypeptide chain of a YidC substrate protein (MscL). The cryo-EM structure of a YidC-ribosome nascent chain complex (RNC) was solved to a 8,6 Å resolution and allowed the visualization of the nascent chain from the peptidyl transferase center through the ribosomal exit tunnel into the YidC density. The structure revealed the helix H59 of the 23S rRNA and the two ribosomal proteins L24 and L29 as the major contacts sites of YidC at the ribosomal tunnel exit. Pull down assays confirmed a significantly interaction of the C-terminal ribosome binding domain and the ribosomal protein L29, while L24 seems to be a universal contact site for the YidC-insertase core domain. Strikingly, the cryo-EM structure clearly showed a single monomer of YidC bound to the translating ribosome. This suggests that monomeric YidC might be the minimal functional unit for YidC-dependent, co-translational insertion of inner membrane proteins.
In addition to the in vitro tests, a possible role of the C-terminal YidC extensions in co-translational protein targeting was tested in vivo in E. coli. For that purpose the targeting and localization of the SRP-dependent YidC-substrate protein MscL (Facey et al., 2007) was investigated as a GFP fusion protein via fluorescence microscopy. In addition, the proper membrane insertion of MscL was analyzed in radioactive pulse chase experiments via AMS gel shift assays, either in the absence of a functional SRP or SRP receptor (FtsY). Both in vivo assays clearly showed that the C-terminal ribosome binding domain of the R. baltica YidC homolog can partially substitute for the SRP receptor function in E. coli, while the cytosolic signal recognition particle is still required for correct insertion of the MscL protein. Therefore, a new co-translational targeting and insertion model of YidC-only substrates was proposed. This works also highlights evolutionary aspects of the accessory YidC domains and indicates that the C-terminal extended tail of YidC in the planctomycete group may be an ancestral remnant of a primordial translocation system operating without a typical SRP receptor.
The second part focuses on the interaction of the signal recognition particle with SRP signal sequences. Isolated mutant signal sequence peptides were used to determine the specificity of SRP recognition in proteins. The interaction studies were established in an in vitro system and binding affinities of purified SRP to the isolated signal sequence peptides were determined via microscale thermophoresis (MST). A short sequence of 27 amino acid residues at the very N-terminal tail of the large cytoplasmic domain of KdpD was identified as a SRP signal sequence. Furthermore, a direct influence of the amino acid composition in the signal peptide on its SRP binding affinity in vitro was demonstrated. This confirms a low influence of an altered charge in the N-terminal region while mutations in the hydrophobic core region causes significantly reduced binding affinities to SRP. Taken together, this study contributes to the understanding of the molecular mechanisms of co-translational membrane protein biogenesis in bacteria.Proteine aus der YidC/Oxa1/Alb3-Famile vermitteln die direkte Insertion von integralen Membranproteinen in den Lipid-Bilayer der bakteriellen Plasmamembran (YidC), in die innere Mitochondrien-Matrix (Oxa1) und in die Thylakoidmembran von Chloroplasten (Alb3) (Saller et al., 2012; Dalbey et al., 2014). Die Homologe dieser Insertase-Familie besitzen eine konservierte Kernregion aus 5 Transmembrandomänen und zusätzliche N- und C-terminale Regionen, die sich in ihrer Länge und Funktion stark voneinander unterscheiden. Charakteristisch für das YidC aus Gram-negativen Bakterien ist eine zusätzliche N-terminale Transmembrandomäne, während Mitochondrien und Plastide C-terminal verlängerte, hydrophile Domänen an ihren Insertasen besitzen. Diese C-terminalen Domänen sind zum Beispiel an der direkten Bindung von Ribosomen beteiligt und verleihen der Insertase co-translationale Funktionen die sich mit dem SRP-Targetingmechanismus überschneiden. Im Gegensatz zur YidC-Insertase aus E. coli, besitzen die Gram-negativen, marinen Bakterien Rhodopirellula baltica und Oceanicaulis alexandrii YidC Homologe mit C-terminal erweiterten, positiv geladenen, hydrophilen Domänen.
Ziel dieser Arbeit war die detaillierte Charakterisierung und Analyse von C-terminal erweiterten YidC-Chimären. Die YidC-Chimären bestehen aus Fusionen des E. coli YidC Proteins und den C-terminalen Domänen der marinen YidC Homologe. Biochemische Bindungsstudien mit den gereinigten YidC-Proteinen und isolierten E. coli 70S Ribosomen zeigten, dass die C-terminalen Domänen eine spezifische Bindung an die Ribosomen vermitteln. Ähnlich zu der essentiellen Funktion der C-terminalen Domäne von Oxa1 war die Ribosomenbindung der YidC-Chimären unabhängig von einer translatierten Polypeptidkette am Ribosom. Des Weiteren, wurde ein Komplex aus naszierendem Ribosom (RNC) und gebundener YidC-Chimäre mittels Kryo-Elektronenmikroskopie auf 8,6 Å gelöst. In der Struktur konnte man den Weg der wachsenden Polypeptidkette vom Peptidyltransferase-Zentrum, durch den Ausgangstunnel des Ribosoms bis hinein in das YidC Protein verfolgen. Mit Hilfe der Kryo-EM Struktur wurde die Helix H59 der 23S rRNA und die beiden ribosomalen Proteine L24 und L29 als Hauptkontakte des YidCs am Ribosom identifiziert. Durch Pull-Down Versuche konnte eine signifikante Interaktion der C-terminalen Domäne mit L29 gezeigt werden, wohingegen L24 vermutlich eine Interaktion mit der YidC-Kerndomäne eingeht. Außerdem lieferte die Struktur des YidC:RNC Komplexes den Beweis, dass ein einzelnes YidC-Molekül an translatierende Ribosomen bindet und somit vermutlich die minimalste, funktionelle Einheit für die YidC-abhängige, co-translationale Insertion von Membranproteinen darstellt.
Um die in vivo-Funktion der C-terminalen YidC Domänen während des co-translationalen Targetings in E. coli zu untersuchen, wurde das Membrantargeting des SRP-abhängigen YidC-Substratproteins MscL (Facey et al., 2007) als GFP-Fusionsprotein mittels Fluoreszenzmikroskopie untersucht. Parallel dazu wurde die korrekte Membraninsertion von MscL über eine AMS-Modifizierung in radioaktiven pulse-chase Experimenten analysiert. Beide in vivo Untersuchungen zeigten, dass die C-terminale Ribosomenbindedomäne des R. baltica YidC Homologs zu einem gewissen Teil die Funktion des SRP-Rezeptors in E. coli übernehmen kann. Dabei wird jedoch SRP weiterhin für die korrekte Insertion von MscL benötigt. In dieser Arbeit werden ebenfalls evolutionäre Aspekte der akzessorischen YidC-Domänen behandelt, die darauf schließen lassen, dass die C-terminale YidC-Domäne in der Gruppe der Planktomyceten eine Art Überbleibsel eines Vorfahren mit primitivem Translokationssystem ohne klassischem SRP-Rezeptor ist.
Der zweite Teil dieser Arbeit behandelt die Interaktion des Signal-Erkennungs-Partikel (SRP) mit SRP-Signalsequenzen. Um die Spezifität der SRP-Erkennung von Proteinen zu bestimmen wurden isolierte Peptide mit verschiedenen Signalsequenzmutationen verwendet. Die Bindungsaffinitäten der in vitro Interaktionsstudien von SRP und den Signalsequenz-peptiden wurden mittels Microscale Thermophorese (MST) bestimmt. Eine Sequenz von 27 Aminosäureresten am Anfang der großen N-terminalen, cytoplasmatischen Domäne des KdpD Proteins wurde als SRP-Signalsequenz identifiziert. Darüber hinaus konnte ein direkter Einfluss der Aminosäurekomposition im Signalpeptid auf die Bindungsaffinität zu SRP in vitro gezeigt werden. Während die Ladungsänderung in der N-terminalen Region des Signalpeptids nur einen geringen Einfluss auf die Interaktion mit SRP hatte, zeigten Mutationen in der hydrophoben Kernregion des Peptids eine deutlich verringerte Bindeaffinität zu SRP. Beide Teilaspekte dieser Arbeit tragen zum Verständnis des molekularen Mechanismus der co-translationalen Biogenese von integralen Membran-proteinen in Bakterien bei
Functional and structural studies of a C-terminally extended YidC
No full textMembers of the YidC/Oxa1/Alb3 protein family catalyze the insertion of integral membrane proteins into the lipid bilayer of the bacterial plasma membrane (YidC), the inner mitochondrial membrane (Oxa1), and the chloroplast thylakoid membrane (Alb3) (Saller et al., 2012; Dalbey et al., 2014). The insertase homologs are comprised of a conserved core region of 5 transmembrane domains, but are provided with additionally flanking N- and C-terminal regions of variable lengths and functions. The Gram-negative YidC is characterized by an additional N-terminal domain, while Gram-positive bacteria, mitochondria and plastids developed C-terminally extended insertase-domains. These domains are involved e.g. in direct interaction with ribosomes and facilitate a functional overlap with the co-translational SRP-targeting pathway. An extended C-terminal highly positively charged tail region was also found in the YidC homologs of the Gram-negative marine bacteria Rhodopirellula baltica and Oceanicaulis alexandrii, but not in Escherichia coli.
The primary subject of this work was to characterize and analyze in detail the C-terminally extended YidC chimera, composed of the E. coli YidC and the C-terminally extended domains of the marine YidC homologs. Biochemical binding assays with the purified YidC proteins and isolated, vacant E. coli 70S ribosomes showed that the C-tails mediate specific binding to ribosomes independently of the translational state of the ribosome. Furthermore, a ribosome-bound insertase complex was visualized by cryo-electron microscopy. The enhanced affinity of the C-terminally extended YidC was used to isolate stable complexes with stalled ribosomes, carrying a nascent polypeptide chain of a YidC substrate protein (MscL). The cryo-EM structure of a YidC-ribosome nascent chain complex (RNC) was solved to a 8,6 Å resolution and allowed the visualization of the nascent chain from the peptidyl transferase center through the ribosomal exit tunnel into the YidC density. The structure revealed the helix H59 of the 23S rRNA and the two ribosomal proteins L24 and L29 as the major contacts sites of YidC at the ribosomal tunnel exit. Pull down assays confirmed a significantly interaction of the C-terminal ribosome binding domain and the ribosomal protein L29, while L24 seems to be a universal contact site for the YidC-insertase core domain. Strikingly, the cryo-EM structure clearly showed a single monomer of YidC bound to the translating ribosome. This suggests that monomeric YidC might be the minimal functional unit for YidC-dependent, co-translational insertion of inner membrane proteins.
In addition to the in vitro tests, a possible role of the C-terminal YidC extensions in co-translational protein targeting was tested in vivo in E. coli. For that purpose the targeting and localization of the SRP-dependent YidC-substrate protein MscL (Facey et al., 2007) was investigated as a GFP fusion protein via fluorescence microscopy. In addition, the proper membrane insertion of MscL was analyzed in radioactive pulse chase experiments via AMS gel shift assays, either in the absence of a functional SRP or SRP receptor (FtsY). Both in vivo assays clearly showed that the C-terminal ribosome binding domain of the R. baltica YidC homolog can partially substitute for the SRP receptor function in E. coli, while the cytosolic signal recognition particle is still required for correct insertion of the MscL protein. Therefore, a new co-translational targeting and insertion model of YidC-only substrates was proposed. This works also highlights evolutionary aspects of the accessory YidC domains and indicates that the C-terminal extended tail of YidC in the planctomycete group may be an ancestral remnant of a primordial translocation system operating without a typical SRP receptor.
The second part focuses on the interaction of the signal recognition particle with SRP signal sequences. Isolated mutant signal sequence peptides were used to determine the specificity of SRP recognition in proteins. The interaction studies were established in an in vitro system and binding affinities of purified SRP to the isolated signal sequence peptides were determined via microscale thermophoresis (MST). A short sequence of 27 amino acid residues at the very N-terminal tail of the large cytoplasmic domain of KdpD was identified as a SRP signal sequence. Furthermore, a direct influence of the amino acid composition in the signal peptide on its SRP binding affinity in vitro was demonstrated. This confirms a low influence of an altered charge in the N-terminal region while mutations in the hydrophobic core region causes significantly reduced binding affinities to SRP. Taken together, this study contributes to the understanding of the molecular mechanisms of co-translational membrane protein biogenesis in bacteria.Proteine aus der YidC/Oxa1/Alb3-Famile vermitteln die direkte Insertion von integralen Membranproteinen in den Lipid-Bilayer der bakteriellen Plasmamembran (YidC), in die innere Mitochondrien-Matrix (Oxa1) und in die Thylakoidmembran von Chloroplasten (Alb3) (Saller et al., 2012; Dalbey et al., 2014). Die Homologe dieser Insertase-Familie besitzen eine konservierte Kernregion aus 5 Transmembrandomänen und zusätzliche N- und C-terminale Regionen, die sich in ihrer Länge und Funktion stark voneinander unterscheiden. Charakteristisch für das YidC aus Gram-negativen Bakterien ist eine zusätzliche N-terminale Transmembrandomäne, während Mitochondrien und Plastide C-terminal verlängerte, hydrophile Domänen an ihren Insertasen besitzen. Diese C-terminalen Domänen sind zum Beispiel an der direkten Bindung von Ribosomen beteiligt und verleihen der Insertase co-translationale Funktionen die sich mit dem SRP-Targetingmechanismus überschneiden. Im Gegensatz zur YidC-Insertase aus E. coli, besitzen die Gram-negativen, marinen Bakterien Rhodopirellula baltica und Oceanicaulis alexandrii YidC Homologe mit C-terminal erweiterten, positiv geladenen, hydrophilen Domänen.
Ziel dieser Arbeit war die detaillierte Charakterisierung und Analyse von C-terminal erweiterten YidC-Chimären. Die YidC-Chimären bestehen aus Fusionen des E. coli YidC Proteins und den C-terminalen Domänen der marinen YidC Homologe. Biochemische Bindungsstudien mit den gereinigten YidC-Proteinen und isolierten E. coli 70S Ribosomen zeigten, dass die C-terminalen Domänen eine spezifische Bindung an die Ribosomen vermitteln. Ähnlich zu der essentiellen Funktion der C-terminalen Domäne von Oxa1 war die Ribosomenbindung der YidC-Chimären unabhängig von einer translatierten Polypeptidkette am Ribosom. Des Weiteren, wurde ein Komplex aus naszierendem Ribosom (RNC) und gebundener YidC-Chimäre mittels Kryo-Elektronenmikroskopie auf 8,6 Å gelöst. In der Struktur konnte man den Weg der wachsenden Polypeptidkette vom Peptidyltransferase-Zentrum, durch den Ausgangstunnel des Ribosoms bis hinein in das YidC Protein verfolgen. Mit Hilfe der Kryo-EM Struktur wurde die Helix H59 der 23S rRNA und die beiden ribosomalen Proteine L24 und L29 als Hauptkontakte des YidCs am Ribosom identifiziert. Durch Pull-Down Versuche konnte eine signifikante Interaktion der C-terminalen Domäne mit L29 gezeigt werden, wohingegen L24 vermutlich eine Interaktion mit der YidC-Kerndomäne eingeht. Außerdem lieferte die Struktur des YidC:RNC Komplexes den Beweis, dass ein einzelnes YidC-Molekül an translatierende Ribosomen bindet und somit vermutlich die minimalste, funktionelle Einheit für die YidC-abhängige, co-translationale Insertion von Membranproteinen darstellt.
Um die in vivo-Funktion der C-terminalen YidC Domänen während des co-translationalen Targetings in E. coli zu untersuchen, wurde das Membrantargeting des SRP-abhängigen YidC-Substratproteins MscL (Facey et al., 2007) als GFP-Fusionsprotein mittels Fluoreszenzmikroskopie untersucht. Parallel dazu wurde die korrekte Membraninsertion von MscL über eine AMS-Modifizierung in radioaktiven pulse-chase Experimenten analysiert. Beide in vivo Untersuchungen zeigten, dass die C-terminale Ribosomenbindedomäne des R. baltica YidC Homologs zu einem gewissen Teil die Funktion des SRP-Rezeptors in E. coli übernehmen kann. Dabei wird jedoch SRP weiterhin für die korrekte Insertion von MscL benötigt. In dieser Arbeit werden ebenfalls evolutionäre Aspekte der akzessorischen YidC-Domänen behandelt, die darauf schließen lassen, dass die C-terminale YidC-Domäne in der Gruppe der Planktomyceten eine Art Überbleibsel eines Vorfahren mit primitivem Translokationssystem ohne klassischem SRP-Rezeptor ist.
Der zweite Teil dieser Arbeit behandelt die Interaktion des Signal-Erkennungs-Partikel (SRP) mit SRP-Signalsequenzen. Um die Spezifität der SRP-Erkennung von Proteinen zu bestimmen wurden isolierte Peptide mit verschiedenen Signalsequenzmutationen verwendet. Die Bindungsaffinitäten der in vitro Interaktionsstudien von SRP und den Signalsequenz-peptiden wurden mittels Microscale Thermophorese (MST) bestimmt. Eine Sequenz von 27 Aminosäureresten am Anfang der großen N-terminalen, cytoplasmatischen Domäne des KdpD Proteins wurde als SRP-Signalsequenz identifiziert. Darüber hinaus konnte ein direkter Einfluss der Aminosäurekomposition im Signalpeptid auf die Bindungsaffinität zu SRP in vitro gezeigt werden. Während die Ladungsänderung in der N-terminalen Region des Signalpeptids nur einen geringen Einfluss auf die Interaktion mit SRP hatte, zeigten Mutationen in der hydrophoben Kernregion des Peptids eine deutlich verringerte Bindeaffinität zu SRP. Beide Teilaspekte dieser Arbeit tragen zum Verständnis des molekularen Mechanismus der co-translationalen Biogenese von integralen Membran-proteinen in Bakterien bei
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
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