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Role and function of the genes YPO2857 and YPO2371 in the plague
No full textLa peste est une maladie mortelle qui survient le plus souvent après piqûre de puce et, plus rarement après l’inhalation d’aérosol contaminé. Elle est causée par la bactérie Yersinia pestis. Cette dernière a récemment émergé de Yersinia pseudotuberculosis, une bactérie responsable le plus souvent d’une maladie bénigne du tube digestif. Y. pestis et Y. pseutoduberculosis produisent des protéines homologues à Ivy (inhibitor of vertebrate lysozyme) et MliC (membrane bound lysozyme inhibitor of C-type lysozyme) d’Escherichia coli. Il avait été suggéré qu’Ivy et MliC jouent un rôle dans la virulence bactérienne. Mais, aucune preuve expérimentale n’étayait cette hypothèse avant notre travail. De plus, des études suggéraient que le rôle physiologique d’Ivy serait de contrôler les autolysines bactériennes plutôt que de protéger la bactérie contre le lysozyme rencontré au cours d’une infection. Nous avons montré que Y. pestis (mais pas Y. pseudotuberculosis) nécessite Ivy pour résister au lysozyme et aux polynucléaires neutrophiles lors de l’infection. Par contre, Y. pestis n’a pas besoin de MliC pour produire la peste. Nos conclusions sont fondées sur des données provenant (1) de la quantification de la survie bactérienne au contact au contact du lysozyme, du sérum et de phagocytes ; (2) de la mesure de virulence (en utilisant différent modèles de peste, plusieurs souches et espèce de rongeurs et, des souris neutropéniques ou KO pour la production de lysozyme) ; (3) de l’évaluation de la réponse inflammatoire chez la souris. Notre travail a démontré l’importance des inhibiteurs de lysozyme dans la virulence bactérienne et suggère que l’acquisition verticale d’ivy par Y. pestis a joué un rôle important dans l’émergence de la peste.Yersinia pestis (the agent of flea-borne plague) harbors genes encoding putative homologues of the respectively periplasmic and membrane-bound vertebrate lysozyme inhibitors Ivy and MliC. Both inhibitors are thought to control autolytic activity rather than protect bacteria against lysozyme molecules encountered during host infection. Here, we show that MliC was not required for lysozyme resistance and the development of plague. In contrast, Y. pestis required Ivy for lysozyme resistance when grown at 37°C but not at 21°C (the optimal temperature for flea-borne transmission). Deletion of ivy did not affect Y. pestis’ ability to grow in human serum or resist human macrophages but it did decrease resistance to human polymorphonuclear neutrophils. Y. pestis lacking Ivy had attenuated virulence in rodent models of bubonic and pneumonic plague but was fully virulent in lysozyme M-deficient or GR1+ cell-depleted mice. Our results demonstrate the importance of vertebrate lysozyme inhibitors in bacterial pathogenesis and support a scenario in which Y. pestis deposited in the dermis produces Ivy to inhibit the lysozyme released by polymorphonuclear neutrophils. Our results also suggest that once Y. pestis is in the flea gut, it resists lysozyme via an Ivy-independent mechanism. Lastly, Yersinia pseudotuberculosis (Y. pestis’ recent ancestor, which causes self-limited bowel disease in humans) did not require Ivy for lysozyme resistance or virulence. Thus, our study also shows that a gene which is not necessary for the virulence of an ancestral bacterium may become essential in the emergence of a new pathogen
Role of two component regulatory system in plague cycle
No full textLe bacille de la peste, Yersinia pestis, a une vie parasitaire au cours de laquelle il oscille le plus souvent d’un hôte mammifère à l’autre par l’intermédiaire des puces, et plus rarement par voie aéroportée. Comme tel, Yersinia pestis doit rapidement ressentir et répondre aux variations brutales de son environnement afin se maintenir dans la nature. C’est pourquoi, nous avons étudié le rôle des systèmes de régulation à deux composants dans la peste compte tenu que ces systèmes sont connus pour avoir un rôle clef dans l’adaptation des bactéries aux changements environnementaux. En plus du système PhoP-PhoQ dont l’importance chez le mammifère et la puce a été précédemment révélée, nous avons découvert que quatre systèmes sont requis pour le cycle de la peste. Plus particulièrement, l'un d'entre eux permet une colonisation optimale du tube digestif de la puce alors que les 3 autres systèmes sont impliqués dans la production de biofilm, un processus indispensable à une transmission optimale du bacille par les puces. Nous avons aussi découvert que le système OmpR-EnvZ est l’unique système, en plus du système PhoP-PhoQ, requis pour la production de la peste bubonique, septicémique et pulmonaire. Nos travaux, menés in vitro, ex-vivo et in vivo suggèrent que le rôle du système OmpR-EnvZ serait de protéger la bactérie contre les effecteurs toxiques sécrétés par les polynucléaires neutrophiles dans les tissus et, ceci tout au long du processus infectieux.Plague bacillus, Yersinia pestis has a parasitic lifestyle in which it is mainly transmitted between mammilian hosts through the bite of infected fleas, and in rare cases through infected droplets. Thus, Yersinia pestis must rapidly sense and respond to wide and brutal changes of its environment in order to survive. We aimed at decipher the role of two component regulatory systems in plague, as they are known to be key players in bacterial adaptation to the environment. In addition to the already described PhoP-PhoQ system, we found out that four systems are required for plague cycle. We showed that one of these systems is important for an optimal colonization of the flea's digestive tract, while the three others are required for biofilm production, an essential step in the bacillus transmission by the fleas. We also found out that OmpR-EnvZ, in addition to PhoP-PhoQ, is the only one to be important to produce bubonic, septicemic and pulmonary plague. Our in vitro, ex-vivo and in vivo works suggest that the OmpR-EnvZ system would be to protect bacterial against toxic effectors that are produced by polymorphonuclear leukocytes all along the infectious process
The role of phosphorelais systems in the infection of the flea Xenopsylla cheopis by Yersinia pestis
No full textLes systèmes à deux composants sont utilisés par les bactéries afin de percevoir un stimulus environnemental et de s’y adapter, via une modulation de l’expression génétique. Ils sont composés d’une histidine kinase, un capteur, qui transmet le signal perçu à un régulateur de réponse par un mécanisme de phosphotransfert. Y. pestis est un bacille à Gram négatif responsable de la peste, une zoonose, transmis par les puces. La formation d’un biofilm bactérien obstruant le proventricule de la puce infectée, qualifiée alors de bloquée, est un élément essentiel dans le processus de transmission de la bactérie par l’arthropode. Au cours de son cycle de vie, Y. pestis transite via différents environnements auxquels elle doit s’adapter afin de survivre et de disséminer. C’est pourquoi, l’étude des systèmes à deux composants a été pressentie par le laboratoire comme d’intérêt afin de mieux comprendre les mécanismes de pathogénicité de Y. pestis. Nos travaux ont mis au jour que le système OmpR/EnvZ est activé suite à l’entrée des bactéries dans le tractus digestif de la puce. Cette activation n’est pas engendrée par les changements d’osmolarité ni de pH rencontrés chez l’arthropode, mais pourrait être le fruit de la digestion du repas sanguin et du manque de nutriments en résultant. Par ailleurs, l’activation du système OmpR/EnvZ est requis pour le blocage optimal du tube digestif de la puce car il permet la mise en place d’un biofilm dense au niveau du proventricule de l’arthropode ; cet effet repose en partie sur l’activation de ompF. Les travaux de thèse associés aux précédents du laboratoire ont également permis de mettre en évidence qu’un autre système, GlrKR-YfhG et plus précisément la phosphorylation du régulateur de réponse GlrR, est important pour le blocage et la colonisation de la puce. De façon surprenante, le rôle de ce système dans l’insecte est multiple. Au niveau du proventricule, ce système est requis pour la formation d’un biofilm dense permettant le blocage du tube digestif de l’insecte. Il contrôlerait notamment la production de biofilm via la synthèse de c-di-GMP, selon un mécanisme encore inconnu. Dans l’intestin, ce système promeut la survie du pathogène en lui permettant de maintenir son intégrité membranaire via la régulation concomitante des gènes codant les ARN non codants, GlmY et GlmZ. Cependant, cette régulation n’explique que partiellement le rôle du système dans la colonisation de l’estomac. Finalement, le phénotype des mutant du système GlrKR-YfhG illustre que le tractus digestif de la puce est un environnement toxique pour Y. pestis et que le proventricule et l’intestin moyen de la puce sont deux environnements différents.Two-component systems are used by bacteria to sense and respond to environmental cues by modulating genetic expression. They are composed of an histidine kinase, a sensor which transmits the signal to a response regulator by a phosphotransfert mechanism. Yersinia pestis is the causative agent of plague, a zoonotic disease, and is transmitted by fleas. Biofilm formation in the flea proventriculus leads to flea blockage, which is an important step for Y. pestis transmission by its vector. During its life cycle, Y. pestis must sense and adapt to different environments. This is why two-component systems have been considered of interest for Y. pestis pathogenicity studies. Our work provided evidence that OmpR/EnvZ is activated in the flea’s digestive tract. Interestingly, neither osmolarity nor pH variation in the flea gut trigger OmpR-EnvZ. In contrast, nutrient depletion occurring after blood digestion could be responsible for the activation of the system. We further reported that OmpR/EnvZ is needed for flea blockage because it is needed for biofilm formation in the proventriculus, especially by activating ompF. In addition to OmpR-EnvZ, we also provided evidence that the activation of the GlrKR-YfhG regulatory system is also required for flea blockage. Strikingly, this system displays two distinct function. In the proventriculus, it promotes the production of c-di-GMP, a secondary messenger essential for biofilm formation, and thus flea blockage. In the midgut, it activates the transcription of small RNA glmY and glmZ genes to maintain the bacterial morphology. Overall, our data suggest that the flea’s digestive tract is a toxic environment for Y. pestis and that the proventriculus and the midgut are two distinct environments
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
New insights into the genetic mechanisms used in the spread of plague by fleas through the use of bioluminescence
No full textL'agent de la peste, Yersinia pestis, obstrue le tube digestif de la puce pour augmenter seschances d'être transmise à un hôte mammifère. Ici, nous avons cherché à identifier et à étudier lerôle de nouveaux gènes de Y. pestis impliqués dans la production d'une infection transmissible parles puces. Pour cela, nous avons d'abord développé une méthode (fondée sur la bioluminescence)qui permet d’évaluer des mutants dans l’insecte à un rythme sans précédent. Puis, nous avonsappliqué notre méthode pour cribler une banque de mutants (chacun dépourvu d'un ou plusieursdes gènes précédemment identifiés comme étant surexprimés chez les puces) que nous avonsgénérée. Notre criblage a listé plusieurs nouveaux facteurs potentiellement importants dans latransmission de Y. pestis par les puces. Parmi eux figure LipB qui catalyse la première étape desynthèse du lipoate (un cofacteur greffé de manière covalente à au moins trois enzymes dumétabolisme central). Nos études ultérieures ont également révélé que la deuxième et dernièreenzyme de la voie biosynthèse du lipoate, LipA, mais aussi la lipoate ligase LplA (greffant sur lesapoenzymes le lipoate collecté depuis le milieu extérieur) sont également requis pour produire uneinfection transmissible par les puces. Grâce à des approches bactériologiques, microscopiques etbiochimiques réalisées in vitro, ex-vivo et in vivo, nous avons mis au jour que la voie debiosynthèse et de récupération du lipoate sont impliquées dans la colonisation du proventricule etde l'estomac de l'insecte. De manière intéressante, nous avons également révélé que LplAparticipe, grâce son activité octanoate ligase, à la première étape de la biosynthèse du lipoatependant la colonisation du proventricule, mais pas pendant la colonisation de l’estomac. Enfin,nous avons découvert que, dans la puce, Y. pestis utilise principalement le lipoate fourni par laprotéolyse digestive (vraisemblablement sous forme de peptides de lipoylés) plutôt que le lipoatelibre dans le sang car le lipoate est rapidement épuisé par le vecteur. Ainsi, des facteurs spatiauxet temporels dictent les stratégies de lipoylation de la bactérie lors d'une infection, et leréapprovisionnement en lipoate par protéolyse digestive dans le vecteur pourrait constituer untalon d'Achille exploité par les pathogènes.The agent of the plague, Yersinia pestis, obstructs the flea's digestive tract to be transmitted byfleas. Here, we sought to identify and study the role of new Y. pestis genes involved in theproduction of a transmissible infection in fleas. To this end, we developed a bioluminescencebasedapproach and employed it to investigate the mechanisms of pathogenesis at anunprecedented level of detail. Notably, we used our method to screen a library of mutants (eachlacking one or more of the genes previously identified as over-expressed in fleas) that wegenerated. Our screening listed several new and potentially important factors needed for fleabornetransmission of Y. pestis. Among them is LipB that catalyzes the first step of lipoatesynthesis (a cofactor covalently attached to at least three central metabolism enzymes). Oursubsequent studies have also revealed that the second and last enzyme of the lipoate biosynthesispathway, LipA, but also the lipoate ligase LplA (attaching lipoate scavenged from the environmentto apoenzymes) are also required to produce a transmissible infection in fleas. Thanks tobacteriological, microscopic and biochemical approaches carried out in vitro, ex-vivo and in vivo,we have revealed that bot the lipoate biosynthesis pathway and the lipoate scavenge pathway areinvolved in the colonization of the insect's proventriculus and midgut. Interestingly, we alsorevealed the salvage pathway’s enzyme LplA enhances the first step in lipoate biosynthesis duringforegut colonization but not during midgut colonization thanks to its octanoate activity. Lastly, wefound that Y. pestis primarily uses lipoate provided by digestive proteolysis (presumably as lipoylpeptides) rather than free lipoate in blood, which is quickly depleted by the vector. Thus, spatialand temporal factors dictate the bacterium’s lipoylation strategies during an infection, andreplenishment of lipoate by digestive proteolysis in the vector might constitute an Achilles’ heel thatis exploited by pathogens
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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