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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Der Protonentransport über den humanen Monocarboxylattransporter 1 wird durch das anionische Substrat vermittelt
Full text linkEs ist bekannt, dass Laktat einen universellen Nährstoff für Zellen darstellt. Der Austausch des Anions über Zellmembranen hinweg wird im Menschen zu einem großen Anteil von Vertretern der Monocarboxylattransporter- Familie (MCT-Familie) vermittelt. Daher gelten MCT als Arzneistoff-Target. Ein umfassendes Verständnis der mechanistischen Zusammenhänge innerhalb des Transporters könnte die Entwicklung hoch wirksamer Inhibitoren erleichtern und so den Fortschritt in der Behandlung von Krebserkrankungen beschleunigen. In dieser Arbeit wurden MCT1 und verschiedene Punktmutanten des Transporters heterolog in Saccharomyces cerevisiae exprimiert. In verschiedenen Funktionsassays wurden zum einen Substrate und Nicht-Substrate des Transporters identifiziert, zum anderen wurden Substrataffinität, die pH-Abhängigkeit des Transportes und dessen kinetische Parameter bestimmt. Das gewählte Expressionssystem zeichnet sich durch eine hohe Stabilität gegenüber extrazellulären pH-Werten aus und lässt bekanntermaßen die Expression von MCT1 auch ohne das Begleitprotein Basigin zu. Dies erlaubte in der vorliegenden Arbeit die Charakterisierung des Einflusses von Basigin auf den Transport und die funktionelle Charakterisierung des Transporters ohne diese Interferenzen. Die in dieser Arbeit präsentierten Messwerte resultieren in einem postulierten Transportmechanismus. Dabei wird das Proton vom Lysin 38 über das gebundene Substrat hinweg bis zum Aspartat 309 transportiert. Der präsentierte Mechanismus ist mit dem aktuellen Wissensstand zu MCT1 vereinbar und könnte auch für die Zwitterionen-Transporter der Familie gelten. Damit legt diese Arbeit die Grundlage, um die Familie der MCT vollständig zu charakterisieren und zu verstehen
Variant specific activity of the transcription factor ATF3 and its relation to Nrf2 dependent stress response in pancreatic carcinoma cells
Full text linkDas duktale Pankreasadenokarzinom (PDAC) geht noch immer mit einer infausten Prognose einher. Auch die Pathophysiologie ist bislang noch nicht vollständig geklärt. Ein Risikofaktor stellt die Chronische Pankreatitis dar, bei der persistierende Entzündungsreaktionen z.B. durch oxidativen Stress, genetische und molekulare Alterationen induzieren, die eine Tumorentwicklung begünstigen. Der Transkriptionsfaktor Nrf2 wurde als Schlüsselfaktor im Rahmen der entzündlichen Karzinogenese identifiziert. Interaktionen von Nrf2 mit anderen Transkriptionsfaktoren, darunter ATF3, die ebenfalls zur Tumorentstehung beitragen können, wurden bereits beschrieben.
In der vorliegenden Arbeit wurden die Transkriptionsfaktoren ATF3 und seine Splicing Varianten in Abhängigkeit von Nrf2 in PDAC Zellen Panc1 und T3M4 und prämalignen duktalen Pankreasepithelzellen H6c7 analysiert. Basierend auf den erhobenen Befunden, ist es vorstellbar, dass Nrf2 und ΔZip2 als mögliche Marker in der Früherkennung des PDAC dienen und eine Modulation von Nrf2, ΔZip2 oder ATF3 neue Präventions- oder Therapieansätze gegen PDAC darstellen können.Ductal pancreatic adenocarcinoma (PDAC) is still associated with a poor prognosis. Also the pathophysiology is still not fully understood. A risk factor is chronic pancreatitis, in which persistent inflammation caused by e.g. oxidative stress, induces genetic and molecular alterations that leads to tumor development. The transcription factor Nrf2 was identified as an important key factor for the malignancy of tumor cells by its mediated cell protection against oxidative stress. Interactions of Nrf2 with other transcription factors, including ATF3, which may also contribute to tumorigenesis, have been described.
In the present work, the transcription factor ATF3 and its splicing variants were analyzed in relation to Nrf2 in PDAC cells (Panc1 and T3M4) and premalignant ductal pancreatic cells (H6c7).
Based on our findings, it is possible that Nrf2 and ΔZip2 can serve as markers to detect PDAC in the early stage, and a modulation of Nrf2, ΔZip2 or ATF3 may lead to new prevention or treatment strategies against PDAC
Role of promigratory molecule L1CAM in epithelial-mesenchymal-transition of pancreatic ductal epithelial cells
Full text linkDas Pankreasadenokarzinom (PDAC) stellt mit einer 5-Jahres-Überlebensrate von unter 2 % noch immer einen schlecht therapierbaren Tumor dar. Ursächlich sind hierfür sowohl eine Diagnosestellung im fortgeschrittenen Krankheitsstadium mit einhergehender Metastasierung als auch eine ausgeprägte Chemoresistenz zu nennen. Das pankreatische Gangepithel wird als Ursprung für die Tumorigenese gesehen, welche durch Interaktionen mit dem aus vornehmlich Myofibroblasten (PMF) bestehenden Tumorstroma entscheidend gefördert wird. Einer der epidemiologisch gesicherten Risikofaktoren für die Entstehung eines PDACs stellt die chronische Pankreatitis dar, welche wie das PDAC durch eine ausgeprägte Desmoplasie charakterisiert ist.
Das Adhäsionsmolekül L1CAM wurde in verschiedenen Tumorentitäten, so auch im PDAC detektiert. Seine vermehrte Expression konnte in unterschiedlichen Studien mit einem chemoresistenten Phänotyp der Tumorzellen assoziiert werden.
Da die Mechanismen, über die es zur Hochregulation von L1CAM in tumorösem Gewebe kommt, wenig verstanden sind, war es Ziel dieser Arbeit herauszufinden, ob PMFs bereits in pankreatischen Gangzellen zu einer erhöhten Expression des Adhäsionsmoleküls L1CAM führen und ob diese die maligne Transformation der Epithelzellen fördert.
Während mittels immunhistochemischer Färbungen in normalem Pankreasgewebe L1CAM nur in neuronalen Strukturen nachgewiesen werden konnte, konnte in chronischen Pankreatitiden L1CAM auch in Gangstrukturen detektiert werden.
In einem in vitro Co-Kulturmodell wurden immortalisierte humane pankreatische Gangepithelzellen (HPDE) mit PMFs über mehrere Wochen co-kultiviert. Dabei wurde eine erhöhte, TGF-beta1 abhängige L1CAM Expression in den Epithelzellen nachgewiesen. Ähnliche Ergebnisse wurden durch TGF-beta1 Stimulation der mono-kultivierten HPDE Zellen erzielt. Sowohl die TGF-beta1 abhängige als auch die durch PMF induzierte L1CAM Expression war unabhängig von der Aktivierung von Smad- Proteinen, jedoch abhängig von der Aktivierung der Mitogen aktivierten Proteinkinase (MAPK) c-Jun N-terminalen Kinase (JNK). Über die Aktivierung von JNK kam es zur Induktion des Transkriptionsfaktors Slug, der seinerseits über die Bindung an zwei Bindungsstellen an den L1CAM Promotor zur Induktion der L1CAM Expression führte.
Funktionell konnte die erhöhte Expression des Adhäsionsmoleküls L1CAM in co-kultivierten und TGF-beta1 stimulierten HPDE Zellen mit einer erhöhten Chemoresistenz und Migrationsfähigkeit der Zellen assoziiert werden. Einhergehend mit den funktionellen Veränderungen der co-kultivierten bzw. TGF-beta1 stimulierten Zellen wurden erhöhte Expressionen mesenchymaler Markerproteine (Vimentin, N-Cadherin) sowie ein fibroblastoider Phänotyp festgestellt. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass die Präsenz der PMFs bzw. die Stimulation mit TGF-beta1 in HPDE Zellen zur Epithelialen Mesenchymalen Transition (EMT) führt, was mit einer Hochregulation von L1CAM verbunden ist.
Die Ergebnisse der vorgelegten Arbeit untermauern die Theorie, dass PMFs sowie TGF-beta1 bereits in duktalen Epithelzellen zur malignen Transformation entscheidend beitragen. Sie bieten darüber hinaus einen molekularen Mechanismus, in dem L1CAM eine wesentliche Rolle in der frühen und schnellen Tumorprogression des PDACs einnimmt.The highly malignant pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is characterised by an early metastasis and a pronounced chemoresistance. Tumorgenesis of PDAC is supposed to originate from ductal epithelial cells and is crucially driven by pancreatic myofibroblasts (PMFs), the main compartment of fibrosis in chronic pancreatitis and the tumoral stroma in PDAC.
In previous studies it was shown that PMFs essentially contribute to chemoresistance in PDAC cells and that the adhesion molecule L1CAM (CD171), which is highly expressed in PDAC, contributes to the chemoresistant phenotype of PDAC cells. Based on these findings the present thesis aimed to investigate the influence of PMFs on malignant transformation of pancreatic ductal epithelial cells as well as the role of L1CAM in this process.
In order to elucidate whether L1CAM expression is already induced in ductal epithelium in premalignant stages, immunohistochemical stainings of L1CAM were performed with tissues of chronic pancreatitis. Whereas in ductal structures of normal pancreatic tissues no L1CAM expression could be detected, ductal structures surrounded by dense fibrotic tissue in chronic pancreatitis exhibited distinct L1CAM expression.
In line with these findings co-culture with PMFs led to a TGF-beta1 dependent upregulation of L1CAM expression in the immortalised human pancreatic ductal epithelial cell line HPDE being accompanied by an increased expression of mesenchymal marker proteins such as vimentin and N-cadherin, a spindle-like cell morphology as well as a migratory and chemoresistant phenotype. Accordingly, these alterations which are hallmarks of the epithelial-mesenchymal-transition (EMT) could be observed in HPDE cells after stimulation with exogenous TGF-beta1. Induction of L1CAM expression by PMFs or TGF-beta1 was independent of Smad proteins but dependent on the activation of JNK and the JNK-dependent induction of the transcription factor Slug. Thus, knock down of either L1CAM or Slug abrogated the migratory and chemoresistant phenotype of HPDE cells cultured in the presence of PMFs or TGF-beta1. Furthermore, it could be shown that slug induces L1CAM expression by direct binding to the L1CAM promoter thereby activating L1CAM expression.
In summary, these data provide new evidence how an activated microenvironment promote the malignant transformation of ductal epithelial cells and offer a mechanistic explanation for the development and rapid tumor progression of PDAC in which the adhesion molecule L1CAM seems to play an essential role
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Impact of the MCT1-mediated lactate import on the phenotype of pancreatic ductal adenocarcinoma cells
Full text linkOne of the emerging phenotypes during metabolic reprogramming in cancers is the aggressive reverse Warburg phenotype, which correlates with poor prognosis in PDAC. A major metabolic driver of this phenotype is lactate, the highly abundant end product of glycolysis during Warburg metabolism. Lactate can be exported through MCT4 out of Warburg cells that excessively run glycolysis or can be imported through MCT1 by those cells that are able to run oxidative metabolism largely for energy production. Lactate import in these cells results in the development of reverse Warburg phenotype. This study revealed that lactate import under glucose deficiency not only creates a reverse Warburg phenotype but also enriches PDAC cells for a more stem cell-like phenotype along with high self-renewal capacity. This study showed that cells particularly upregulate the reprogramming factor KLF4, on one hand and lower the pluripotent cell marker Sox2, on the other hand. This study also revealed another metabolic pressure leading to the development of the reverse Warburg metabolism in PDAC cells. Here, we showed that the MCT1-mediated lactate import is increased under glutamine deficiency in a NRF2-dependent fashion. In addition, lactate was shown to exhibit growth advantages for PDAC cells, by releasing them from cell cycle arrest they face when glutamine availability is low. This unleashing effect of lactate utilization towards more proliferation depends on a compensatory mechanism by which lactate allows PDAC cells to overcome oxidative stress emerging from glutamine starvation. Indeed, this work provides insights into the potential use of therapeutic strategies to increase the drug therapy as well as to reduce tumor relapse
TNF-Rezeptor-assoziierter Faktor 2 schützt Pankreaskarzinomzellen vor CD95-vermittelter Apoptose und steigert deren Invasivität
Full text linkDie vorliegenden Ergebnisse demonstrieren die Beteiligung von TRAF2 an der Regulation von sowohl invasivitätsfördernden nicht-apoptotischen als auch apopto-tischen Signaltransduktionswegen. TRAF2 kann somit eine wichtige Rolle bei der Ausprägung des malignen Phänotyps des Pankreaskarzinoms zugeschrieben werden
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