1,721,029 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Development of molecular and microbiological tools for the genetic, taxonomic, and epidemiological investigation of human fusariosis agents
No full textObjetivo: Este estudo teve como objetivo desenvolver e aprimorar estratégias metodológicas para a otimização do manuseio de fungos fusarioides de relevância médica. Para isso, foram abordados a formulação de um novo meio de cultura, o desenvolvimento de marcadores moleculares baseados em AFLP e sua aplicação na investigação da diversidade genética e epidemiológica da fusariose e de seus agentes etiológicos. Materiais e Métodos: Foram analisadas 240 amostras pertencentes aos gêneros Neocosmospora, Fusarium e Bisifusarium, reconhecidos como os principais grupos de interesse médico. Para otimização da viabilidade e reatividade dos isolados, foi desenvolvido e validado um novo meio de cultura denominado Milk-Honey Malt Agar (MHM). Além disso, foi implementada uma estratégia de preservação utilizando diferentes métodos, incluindo o meio Amies suplementado com carvão ativado. No desenvolvimento de marcadores moleculares, foi empregada a técnica de AFLP, baseada em um estudo in silico com 5000 simulações e validação in vitro, com o objetivo de maximizar a capacidade informativa dos marcadores gerados. O método de fingerprint AFLP foi integrado à análise de sequenciamento genético para promover uma identificação molecular robusta e o rastreamento da diversidade genética em isolados clínicos de fusariose humana, utilizando os genes TEF1-α e RPB2, além do marcador AFLP selecionado. Resultados: A formulação do meio MHM garantiu a viabilidade e a estabilidade fenotípica dos isolados ao longo do estudo, preservando as características morfológicas essenciais para a manutenção de Fusarium e gêneros relacionados. A combinação dos meios MHM e Amies com carvão ativado demonstrou uma taxa de preservação de 100% após 24 meses. O sistema AFLP desenvolvido apresentou alta eficiência na caracterização de fenômenos evolutivos em populações de fusarioides médicos, inicialmente testado em n = 40 isolados e expandido para um total de 240 amostras. A análise molecular por MLSA permitiu a identificação precisa da diversidade de espécies dentro da amostragem, revelando padrões de dispersão anteriormente desconhecidos. O estudo demonstrou uma ampla diversidade de espécies envolvidas na fusariose humana, com perfis epidemiológicos inéditos. Além disso, a análise da dinâmica populacional revelou distintas estratégias adaptativas entre as espécies, indicando variações nos mecanismos de geração de diversidade genética. Conclusão: Este estudo fornece um conjunto de ferramentas metodológicas inovadoras para a caracterização da diversidade genética e epidemiológica de fusarioides de interesse clínico. A implementação dessas abordagens permitirá investigações mais aprofundadas sobre os mecanismos de disseminação e adaptação desses fungos, contribuindo para um melhor entendimento da epidemiologia da fusariose humana e suas implicações clínicas.Objective: This study aimed to develop and improve methodological strategies for optimizing the handling of fusarioid fungi of medical relevance. To this end, the formulation of a new culture medium, the development of AFLP-based molecular markers, and their application in investigating the genetic and epidemiological diversity of fusariosis and its etiological agents were addressed. Materials and Methods: A total of 240 samples belonging to the genera Neocosmospora, Fusarium, and Bisifusarium, recognized as the main groups of medical interest, were analyzed. To optimize the viability and reactivity of the isolates, a new culture medium called milk-honey-malt agar (MHM) was developed and validated. In addition, a preservation strategy was implemented using different methods, including Amies medium supplemented with activated charcoal. For the development of molecular markers, the AFLP technique was employed, based on an in silico study with 5000 simulations and in vitro validation, with the objective of maximizing the informative capacity of the generated markers. The AFLP fingerprinting method was integrated with genetic sequence analysis to promote robust molecular identification and tracking of genetic diversity in clinical isolates of human fusariosis, using the TEF-1α and RPB2 genes, in addition to the selected AFLP marker. Results: The MHM medium formulation ensured the viability and phenotypic stability of the isolates throughout the study, preserving the essential morphological characteristics for the maintenance of Fusarium and related genera. The combination of MHM and Amies media with activated charcoal demonstrated a 100% preservation rate after 24 months. The developed AFLP system showed high efficiency in characterizing evolutionary phenomena in populations of medical fusarioids, initially tested on n = 40 isolates and expanded to a total of 240 samples. Molecular analysis by MLSA allowed the precise identification of species diversity within the sample, revealing previously unknown dispersal patterns. The study demonstrated a wide diversity of species involved in human fusariosis, with unprecedented epidemiological profiles. Furthermore, the analysis of population dynamics revealed distinct adaptive strategies among the species, indicating variations in the mechanisms of genetic diversity generation. Conclusion: This study provides a set of innovative methodological tools for the characterization of the genetic and epidemiological diversity of fusarioids of clinical interest. The implementation of these approaches will enable more in-depth investigations into the mechanisms of dissemination and adaptation of these fungi, contributing to a better understanding of the epidemiology of human fusariosis and its clinical implications.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)FAPESP - 2017/27265-5CNPq - 433276/2018-
Genetic diversity analysis in aspergillosis agents using AFLP (Amplified fragment length polymorphism) and microsatellite markers
No full textOs fungos saprófitos do gênero Aspergillus são amplamente encontrados no ambiente. Embora a inalação diária de esporos seja natural e inofensiva para indivíduos saudáveis, pacientes com fatores de risco, como neutropenia e imunossupressão, têm maior propensão à aspergilose invasiva pulmonar (IPA). Além desses fatores clássicos, novos riscos, como infecções respiratórias prévias, COVID-19 e condições críticas em UTIs, estão emergindo. Há uma lista de espécies patogênicas em Aspergillus, como A. flavus, A. terreus, A. niger e A. nidulans, que estão em ascensão. Contudo, A. fumigatus destaca-se como o fungo mais comumente isolado em infecções humanas. A compreensão dos dados epidemiológicos locais e a exploração da diversidade interespecífica e intraespecífica são cruciais para orientar abordagens clínicas, dada a falta de um teste único para diagnóstico. Nesse contexto, a tipagem molecular destaca-se como um método essencial para aprimorar o controle de infecções. Assim, este trabalho foi desenvolvido com o propósito de avaliar a técnica de AFLP (do inglês Amplified Fragment Length Polymorphism) como uma ferramenta epidemiológica de tipagem molecular. O objetivo é explorar a diversidade genética e a estrutura populacional dos agentes da aspergilose humana, comparando essa técnica com outros métodos, como sequenciamento e microssatélites. Para otimizar custos e tempo, aplicou-se a técnica AFLP in silico para prever os fragmentos gerados, permitindo a escolha de combinações nucleotídicas mais eficientes na diferenciação dos isolados por espécie. Seis combinações destacaram-se nos estudos in silico, sendo padronizadas in vitro, e três foram selecionadas para prosseguir no estudo com 87 isolados de Aspergillus de diferentes regiões geográficas. De maneira geral, a pesquisa introduziu três marcadores inéditos que se revelaram eficazes na distinção entre os isolados de Aspergillus por seção, além de evidenciarem exploração das estruturas genéticas, tanto em níveis mais abrangentes quanto em níveis mais detalhados. Adicionalmente, comparou-se os resultados obtidos pelo AFLP com os marcadores microssatélites, utilizando um conjunto de nove marcadores STRAf. A forte correlação entre os resultados dos dois ensaios confirma a consistência e confiabilidade das abordagens utilizadas. Importante ressaltar que, apesar de o AFLP e o STRAf apresentarem características distintas e vantagens específicas, ambos demonstraram ser excelentes para a avaliação das relações entre as cepas de Aspergillus.Saprophytic fungi of the genus Aspergillus are widely found in the environment. While daily inhalation of spores is natural and harmless for healthy individuals, patients with risk factors such as neutropenia and immunosuppression are more prone to invasive pulmonary aspergillosis (IPA). In addition to these classical factors, new risks such as previous respiratory infections, COVID-19, and critical conditions in ICUs are emerging. There is a list of pathogenic species in Aspergillus, such as A. flavus, A. terreus, A. niger, and A. nidulans, on the rise. However, A. fumigatus is the most isolated fungus in human infections. Understanding local epidemiological data and exploring interspecific and intraspecific diversity are crucial for guiding clinical approaches, given the lack of a single diagnostic test. In this context, molecular typing is an essential method to enhance infection control. Thus, this work was developed to evaluate the AFLP technique (Amplified Fragment Length Polymorphism) as a molecular typing epidemiological tool. The goal is to explore the genetic diversity and population structure of agents causing human aspergillosis, comparing this technique with other methods such as sequencing and microsatellites. To optimize costs and time, the AFLP technique was applied in silico to predict generated fragments, allowing the choice of more efficient nucleotide combinations in isolates differentiation by species. Six combinations stood out in silico studies and were standardized in vitro, and three were selected to proceed in the survey with 87 Aspergillus isolates from different geographic regions. Overall, the research introduced three novel markers that effectively distinguished Aspergillus isolates by section, revealing exploration of genetic structures at broader and finer levels. Additionally, AFLP results were compared with microsatellite markers using a set of nine STRAf markers. The strong correlation between the results of both assays confirms the consistency and reliability of the approaches used. It is important to note that, despite AFLP and STRAf having distinct characteristics and specific advantages, both have proven excellent for assessing relationships among Aspergillus strains.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Fundação de Apoio à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoa de Nível Superior (CAPES),2021/02327-3FAPESP: 2017/27265-5CAPES: 88887.159096/2017-0
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Polyphasic taxonomy and proteomic features in the Sporothrix schenckii complex
No full textSporotrichosis is a chronic mycotic infectious disease of man and animals caused by the traumatic implantation of a pathogenic fungus that typically involves the skin and subcutaneous tissue. Since 1898, when the sporotrichosis etiological agent was discovered by Schenck, this disease has been attributed to a single pathogen, Sporothrix schenckii Hektoen & Perkins, a thermo dimorphic fungus that grow as a yeast at 37 ºC and as a mycelium at room temperature. However, isolates identified as S. schenckii showed a great deal of genetic variability, suggesting that this taxon consist in a cryptic species complex. Based on this information our group is interested in the study of the polyphasic taxonomy of this species complex and its implication on its ecoepidemiology in Brazil. We studied 161 strains of Sporothrix spp. provided from environmental and clinical samples obtained from diverse regions of Brazil and other countries. The phenotypic parameters assayed include vegetative growth on PDA media at different temperatures (30, 35, 37 and 40 ºC), the colony colors on CMA media, the assimilation pattern of carbon sources (raffinose, ribitol and sucrose) and morphological microscopic features of in vitro cultivation. The phenotypic data were confirmed by molecular biology using the sequencing information of a fragment of calmodulin locus. Our data show that the S. brasiliensis, S. globosa, S. mexicana and S. schenckii have a widespread geographical distribution in Brazil. To our knowledgement this is the first description of the specie S. mexicana outside of Mexico and causing disease in human host. S. brasiliensis was isolated with high frequency from cats in Rio Grande do Sul and Rio de Janeiro states, suggesting that cats has been an important vector in epidemiology of this specie. A proteomic approach was proposed in this work to compare protein profile of Sporothrix spp. isolates and get a better understanding about the differences in terms of protein expression among the cryptic species. The 2-D profiles were strongly different among the isolates. To elucidate the major antigen of human sporotrichosis, the fungus was cultured in BHI broth, 37 °C, and intracellular proteins were resolved by 2-DE. Proteins were transferred to a nitrocellulose membrane and then incubated with serum from patients with the two major clinical form of disease (cutaneous fixed and linfocutaneous). Our results show that IgG present in serum from patients react with different antigens from Sporothrix schenckii complex. Immunoblotting showed that the sera of patients had antibodies reacting with a 70 kDa antigen in three isolates (S. brasiliensis, S. globosa and S. schenckii). Profile differences in antigenicity were observed between S. mexicana and the other species studied here.A esporotricose é uma doença micótica, infecciosa e crônica de homem e animais, causada pela implantação traumática do patógeno e que normalmente envolve a derme e o tecido subcutâneo. Desde 1898, quando o agente etiológico esporotricose foi descoberto por Schenck, esta doença tem sido atribuída a um único patógeno, Sporothrix schenckii Hektoen & Perkins, um fungo termodimórfico, que cresce como levedura a 37 º C e como micélio à temperatura ambiente. No entanto, os isolados identificados como S. schenckii demonstraram uma grande variabilidade genética, sugerindo que este táxon consiste em um complexo de espécies crípticas. Com base nesta informação o nosso grupo está interessado no estudo da taxonomia polifásica deste complexo de espécies e suas implicações sobre a eco-epidemiologia da doença no Brasil. Foram estudadas 161 cepas de Sporothrix spp. provenientes de amostras clínicas e ambientais de diversas regiões do Brasil e outros países. Os parâmetros fenotípicos analisados levaram em consideração o crescimento vegetativo em meio PDA sob diferentes temperaturas (30, 35, 37 e 40 º C), a coloração da colônia em meio CMA, o padrão de assimilação de fontes de carbono (glicose, ribitol, rafinose e sacarose) e as características micro morfológicas in vitro. Os dados fenotípicos foram confirmados por biologia molecular utilizando as informações de sequenciamento de DNA de um fragmento do lócus calmodulina. Nossos dados mostram que S. brasiliensis, S. globosa, S. mexicana e S. schenckii tem uma ampla distribuição geográfica no Brasil. Para o nosso conhecimento, esta é a primeira descrição na literatura da espécie S. mexicana fora do México, e provocando doença em hospedeiro humano. S. brasiliensis foi isolado com alta frequência de gatos nos estados do Rio Grande do Sul e Rio de Janeiro, sugerindo que este animal tem sido um importante vetor na epidemiologia desta espécie. Uma abordagem proteômica foi proposta neste trabalho para comparar o perfil protéico de isolados de Sporothrix spp. com o intuito de entendermos as diferenças em termos de expressão de proteína entre as espécies crípticas. Os perfis 2-D foram fortemente diferentes entre os isolados. Para elucidar o principal antígeno da esporotricose humana, o fungo foi cultivado em meio BHI caldo, 37 °C e as proteínas intracelulares foram fracionadas por eletroforese bidimensional. As proteínas foram transferidas para uma membrana e, em seguida, incubadas com soro de pacientes com as duas principais formas clínicas da doença (cutânea fixa e linfocutânea). Nossos resultados demonstram que anticorpos IgG presentes no soro de pacientes reagem com diferentes antígenos dos isolados do complexo Sporothrix schenckii. O imunoblot mostrou que existem imunoglobulinas que reagem com um antígeno de 70 kDa em três isolados (S. brasiliensis, S. globosa e S. schenckii). Diferenças no perfil de antigenicidade foram observadas entre S. mexicana e as demais espécies aqui avaliadas.TEDECoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)FAPESP: 2008/55975-
Emerging pathogens in the genus Sporothrix and the global evolution of pathogenicity
No full textO gênero Sporothrix está frequentemente associado à infecção em mamíferos e inclui diferentes espécies, i.e.: S. brasiliensis, S. schenckii, S. globosa e S. luriei, as quais formam um grupo monofilético denominado complexo S. schenckii. A infecção primária na esporotricose é causada por inoculação traumática do Sporothrix nos tecidos cutâneos e subcutâneos do hospedeiro com disseminação linfocutânea regional e raramente sistêmica. A esporotricose é uma doença emergente devido ao crescente contato entre humanos e felinos com perspectivas de expansão do seu domínio geográfico, gama de hospedeiros e alta virulência para os mamíferos. Um grande surto zoonótico ocorre no Brasil e é difícil estimar a magnitude real desta epidemia (Capítulo 1). Neste estudo, investigamos a emergência da esporotricose no Brasil sobre diversas perspectivas incluindo o cenário epidemiológico, o diagnóstico molecular e sorológico e a influência da relação parasito-hospedeiro-ambiente na evolução da esporotricose. As diferenças em relação à frequência e distribuição geográfica de isolados brasileiros de Sporothrix estão associadas à diversidade genética do patógeno (Capítulos 2?9). A alta prevalência de S. brasiliensis (~99%) em surtos de esporotricose felina revelou uma estrutura populacional clonal e indicou que a associação S. brasiliensis-gato é necessária para a emergência do patógeno entre seres humanos (Capítulos 3?5). Em contrapartida, S. schenckii e S. globosa dificilmente estão associados à infecção felina e são cosmopolitas com distribuição transoceânica. Análises de genética de populações indicam alta diversidade em S. schenckii, contribuindo para a evolução entre genótipos divergentes. A distribuição dos mating types (MAT) entre os idiomorfos MAT1-1: MAT1-2 é consistente com a existência de reprodução sexuada ocasional em S. schenckii e uma estrutura populacional clonal em S. brasiliensis (Capítulo 7). As diferenças genéticas globais entre os Sporothrix refletem respostas diferenciais aos principais agentes antifúngicos. Neste cenário, S. schenckii apresentou uma diversidade intraespecífica maior entre os perfis de suscetibilidades in vitro ao itraconazol, posaconazol e anfotericina B quando comparado ao S. brasiliensis (Capítulo 8). É discutida a influência da interação parasito-hospedeiro-ambiente sobre a estrutura populacional, as vias de transmissões e os perfis de sensibilidades aos principais antifúngicos utilizados na terapia da esporotricose (Capítulos 2?10). Uma vez que os limites moleculares entre os Sporothrix estão estabelecidos, desenvolvemos e validamos marcadores genéticos altamente específicos e sensíveis para o diagnóstico molecular rápido e barato da esporotricose utilizando a PCR-RFLP (Capítulo 11), a PCR espécie-específica (Capítulo 12) e a amplificação isotérmica em círculo rolante (RCA) (Capítulo 13). Usando a PCR espécie-específica e a RCA, o diagnóstico direto da esporotricose em mamíferos e a detecção específica do DNA do patógeno tornaram-se possíveis, assim como tais métodos têm possíveis aplicações na detecção de Sporothrix a partir de amostras ambientais, passos importantes para estudos epidemiológicos. Quanto ao diagnóstico sorológico aplicamos uma abordagem imunoproteômica com o intuito de compreender a resposta imune humoral e explorar potenciais antígenos diagnósticos e alvos vacinais. Por meio da eletroforese bidimensional, imunoblot e espectrometria de massas identificamos pela primeira vez o antígeno majoritário da esporotricose humana e felina como 3-carboximuconato ciclase (Capítulos 14 e 15). A reposta humoral (IgG) em seres humanos e em felinos são semelhantes e os antígenos de S. brasiliensis e S. schenckii apresentam alta reatividade cruzada. O ensaio de ELISA, independente da preparação antigênica (S. brasiliensis ou S. schenckii) apresentou alto potencial para o diagnóstico precoce e específico da esporotricose em gatos (Capítulo 15). Nossos resultados indicaram uma resposta imune humoral convergente contra as espécies do clado clínico e destacam a molécula 3-carboximucontato ciclase como um antígeno importante para o diagnóstico sorológico assim como um alvo potencial para o desenvolvimento de uma vacina terapêutica. Combinando epidemiologia (Capítulos 2?10), poderosos métodos moleculares na identificação de espécies de Sporothrix (Capítulos 11?13) com uma avaliação global da resposta imune do hospedeiro (Capítulos 14 e 15) fornecemos uma nova compreensão das associações entre agentes etiológicos específicos, da resposta imune humoral dos hospedeiros assim como antígenos soro reativos e das manifestações clínicas da doença, que podem ajudar a combater futuros surtos. Em conclusão, a análise conjunta dos dados compilados neste trabalho contribuiu para o entendimento dos mecanismos de evolução da patogenicidade e expansão das epidemias fúngicas.The genus Sporothrix is often associated with mammal infections and includes different species, i.e: S. brasiliensis, S. schenckii, S. globosa, and S. luriei, which together form a monophyletic group known as S. schenckii complex. Primary infections of sporotrichosis are caused by traumatic inoculation of Sporothrix propagules into the cutaneous and subcutaneous tissues of the host with regional lymphocutaneous spread and rarely systemic involvement. Sporotrichosis is an emerging disease due to increased contacts between humans and cats with prospects of its expansion in biogeographical domains, host range, and high virulence for mammals. A large zoonotic outbreak is happening in Brazil and it is difficult to estimate the real magnitude of this epidemic (Chapter 1). In this study, we investigated the emergence of sporotrichosis in Brazil considering various perspectives, including the epidemiological scenario, the molecular and serological diagnosis, and the pathogen?host?environment influence on the evolution of sporotrichosis. The differences in frequency and geographic distribution of Brazilian Sporothrix isolates were associated with the genetic diversity of pathogenic strains (Chapters 2?9). The high prevalence of S. brasiliensis (~99%) in feline sporotrichosis outbreaks revealed a clonal population structure and indicated that the S. brasiliensis-cat association is necessary for the emergence of this pathogen among humans (Chapters 3?5). In contrast, S. schenckii and S. globosa are rarely associated with feline infection and are cosmopolitan with transoceanic distribution. Population genetics analyzes indicated a high diversity in S. schenckii, contributing to the evolution among its different genotypes. The distribution pattern of mating types (MAT) idiomorphs MAT1-1: MAT1-2 was consistent with the existence of casual sexual reproduction in S. schenckii and a clonal population structure in S. brasiliensis (Chapter 7). The overall genetic differences among Sporothrix species was reflected in their different responses to the main antifungal agents. In this scenario, S. schenckii had a greater intraspecific diversity in its in vitro susceptibility profiles with itraconazole, posaconazole, and amphotericin B compared to S. brasiliensis (Chapter 8). The influences of the pathogen?host?environment interplay on the population structure, transmission pathways, and sensitivity profiles to the main antifungals used in the therapy of sporotrichosis were discussed (Chapters 2?10). Once the molecular boundaries among Sporothrix accomplished, we developed and validated highly specific and sensitive genetic markers for rapid and low-cost molecular diagnosis of sporotrichosis using PCR-RFLP (Chapter 11), species-specific PCR (Chapter 12), and rolling circle amplification (RCA) (Chapter 13). Using species-specific PCR and RCA, direct diagnosis of sporotrichosis in mammals and specific detection of pathogen DNA became possible, as well, these methods have possible applications in detecting Sporothrix strains from environmental samples, important steps towards epidemiological studies. Regarding the serological diagnosis, we applied an immunoproteomics approach in order to understand the humoral immune response and to explore for potential antigens as diagnostic tools and vaccine targets. Using two-dimensional electrophoresis, immunoblotting, and mass spectrometry, for the first time we identified the major antigen of human and feline sporotrichosis as 3-carboxymuconate cyclase (Chapters 14 and 15). The humoral responses (IgG) in humans and in cats are similar and S. brasiliensis and S. schenckii antigens exhibited high cross reactivity. The ELISA assay, regardless of the antigenic preparation (S. brasiliensis or S. schenckii) showed high potential for early and specific diagnosis of sporotrichosis in cats (Chapter 15). Our results indicated a convergent humoral immune response against species embedded in the clinical clade and highlighted 3-carboxymuconate cyclase as an important antigen for the serological diagnosis as well as a potential target for the development of a therapeutic vaccine. Combining epidemiology (Chapters 2?10), powerful molecular methods in identifying Sporothrix species (Chapters 11?13) with a comprehensive assessment of the host immune response (Chapters 14 and 15) we provided a new understanding of the associations between specific causative agents, the host immune response as well as seroreactive antigens, and the clinical manifestations of the disease, what may help to tackle future outbreaks. In conclusion, the overall analysis of data presented here contributed to our understanding of the mechanisms of evolution and expansion of epidemics driven by fungal pathogens.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)FAPESP: 2011/07350-1FAPESP: 2009/54024-2CNPq: 472600/2011-7CAPES: 2325/11-
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