1,720,961 research outputs found
Soil carbon sequestration in heathlands: the effects of climate change on fungi
No full textNatural ecosystems store large quantities of carbon in their soils, thereby
preventing it from ending up in the atmosphere and contribute to climate
change. A key question is whether climate change increases or decreases the
capacity of soils to sequester carbon, and hence whether ecosystems will buffer
or accelerate climate change. However, experimentally in situ observed changes
in soil carbon contents under climate change simulations are very variable and
the underlying mechanisms are poorly understood. Heathlands are rare, seminatural ecosystems with soils dominated by fungi and relatively high carbon
sequestration rates. These systems might thus play an important role in our
understanding of the effects of climate change on soil carbon sequestration.
Therefore, in this PhD, we investigate how heathland soil fungi are affected by
climate change, as changes in soil fungal functioning to a large extent drive the
observed changes in heathland soil carbon sequestration.
In Chapter 1, the difficulty to parameterize a simple mechanistic food web
model that simulates the effect of climate change on soil carbon sequestration
indicated that we currently lack basic empirical data on species interactions and
stress tolerances. Therefore, we focused in the thesis on the stress ecology of
and interactions between fungi, as they are the most important group of
organisms with respect to carbon sequestration in heathland soils. But in order
to expose heathland soil fungi to abiotic stressors in laboratory experiments, we
had to isolate as many fungal species as possible. Therefore, in Chapter 2, we
tested four methods and seven growth media for their efficiency in isolating soil
fungi. All four tested isolation methods, that have largely varying methodologies,
showed high taxon specificity and complementarity. Contrary to expectations,
the nutrient composition of the growth medium did not affect cultivation.
However, long incubation times did prove to be useful for the isolation of
additional fungal taxa. Hence, by using various isolation methods combined with
long incubation times, we were able to cultivate a relatively diverse soil fungal
community.
In Chapter 3, we in vitro quantified the tolerance to temperature and water
stress (drought) of the isolated fungal taxa by assessing their growth under
different treatments. Additionally, we measured several functional traits, such as
Summary
melanin content, that are considered to be important direct mechanistic drivers
of their tolerance to these abiotic stressors. We found a large variability in stress
sensitivities among taxa, whereby fungi were in general tolerant to the applied
mild temperature and water stress, but sensitive to high temperature stress.
These heathland soil fungi are thus relatively well-adapted to harsh abiotic
conditions. Contrary to expectations, the measured functional traits did not
explain the variation in abiotic stress tolerance among taxa, which is thus
probably driven by other traits than those that we quantified In Chapter 4, we
investigated how these abiotic stressors affect the capacity of fungi to grow in
presence of a more abundant competitor, which we defined as biotic stress
tolerance. We found that fungal growth rates were positively affected by biotic
stress under benign conditions, but that interactions between fungi become
negative under high warming stress, opposite to the stress gradient hypothesis
(SGH). Tolerance to biotic stress was not driven by tolerance to abiotic stress
nor intrinsic growth rate of the fungus, at any level of abiotic stress.
These results suggest that global change could potentially impact fungal
communities in unpredictable ways. Several perspectives would validate and
further complement the gathered knowledge, by addressing how the observed
changes in fungal growth rates under biotic and abiotic stress propagate into
more complex set-ups and more complex communities and eventually translate
into changes in soil carbon sequestration.Natuurlijke ecosystemen slaan grote hoeveelheden koolstof op in hun bodem,
waardoor deze koolstof niet in de atmosfeer terechtkomt waar het
klimaatverandering veroorzaakt. Een belangrijke vraag is of klimaatverandering
de capaciteit van bodems om koolstof vast te leggen verhoogt of verlaagt, en
dus of ecosystemen klimaatverandering respectievelijk zullen bufferen of
versnellen. Experimenteel in het veld waargenomen veranderingen in
koolstofgehaltes in de bodem onder simulaties van klimaatverandering zijn
echter zeer variabel en de onderliggende mechanismen hiervoor zijn onduidelijk.
Heide is een zeldzaam, half-natuurlijk ecosysteem met bodems die worden
gedomineerd door schimmels en relatief hoge koolstofgehaltes. Deze systemen
kunnen dus een belangrijke rol spelen om de effecten van klimaatverandering op
koolstofvastlegging in bodems beter te begrijpen. Daarom onderzoeken we in dit
doctoraat hoe schimmels van heidebodems worden beïnvloed door
klimaatverandering, omdat veranderingen in de werking van de schimmels in
grote mate de veranderingen in koolstofvastlegging in de bodem bepaald.
In hoofdstuk 1 gebruikten we een voedselwebmodel dat de effecten van
klimaatverandering op koolstofvastlegging in de bodem voorspelt. De
moeilijkheid om een eenvoudig voorspelend voedselwebmodel te
parameteriseren duidt op het gebrek aan gegevens over interacties tussen
soorten en de stresstoleranties van soorten. Daarom hebben we ons in het
proefschrift gericht op de stress-sensitiviteit van en de interacties tussen
schimmels, omdat ze de belangrijkste groep organismen zijn met betrekking tot
koolstofvastlegging in heidegebieden.
Maar om bodemschimmels in laboratoriumexperimenten bloot te stellen aan
abiotische stressoren, moesten we zoveel mogelijk schimmelsoorten isoleren.
Daarom hebben we in hoofdstuk 2 vier methoden en zeven
voedingssamenstellingen getest op hun efficiëntie bij het isoleren van
bodemschimmels uit heidegebied. Alle vier geteste isolatiemethoden vertoonden
een hoge specificiteit en complementariteit met betrekking to de geïsoleerde
soorten. In tegenstelling tot de verwachtingen had de voedingssamenstelling
van het groeimedium geen invloed op de isolatie. Lange incubatietijden bleken
echter wel nuttig te zijn voor het isoleren van extra schimmelsoorten. Met behulp van verschillende isolatiemethoden in combinatie met lange
incubatietijden konden we daarom een relatief diverse gemeenschap van
bodemschimmels isolaren en vervolgens gebruiken voor experimenten.
In hoofdstuk 3 hebben we de tolerantie voor temperatuur- en droogtestress
van de geïsoleerde schimmelsoorten gekwantificeerd door hun groei te meten
onder verschillende behandelingen. Bovendien hebben we verschillende
belangrijke eigenschappen gemeten die worden beschouwd als belangrijke
parameters die hun tolerantie voor deze abiotische stressoren bepalen, zoals het
melaninegehalte. We vonden een grote variabiliteit in stress-gevoeligheden
tussen soorten, waarbij schimmels in het algemeen tolerant waren voor mild
verhoogde temperatuur en droogte, maar gevoelig voor een sterk verhoogde
temperatuur. Deze heide-bodemschimmels zijn dus relatief goed aangepast aan
deze veranderende abiotische omstandigheden. In tegenstelling tot de
verwachtingen, verklaarden de gemeten functionele eigenschappen niet de
variatie tussen soorten in hun tolerantie voor de abiotische stressoren. De
sensitiviteit van schimmels voor deze abiotische stressoren gerelateerd aan
klimaatverandering worden dus waarschijnlijk bepaald door andere
eigenschappen dan die we hebben gemeten, zoals osmolieten.
In hoofdstuk 4 hebben we onderzocht hoe de klimaatverandering-gerelateerde
abiotische stressoren het vermogen van schimmels om te groeien in
aanwezigheid van een andere soort beïnvloedt. We vonden dat de groeisnelheid
van schimmels positief werd beïnvloed door de aanwezigheid van een andere
soort onder normale omstandigheden (positieve inetracties), maar dat
interacties tussen schimmels negatief worden onder verhoogde temperaturen.
Dit is volledig omgekeerd aan wat we verwachtten op basis van de stressgradient hypothese. De veranderende effecten van de aanwezigheid van een
andere soort op de groeisnelheden van schimmels onder verschillende condities
was niet afhankelijk van hun tolerantie voor de abiotische stressoren noch
intrinsieke groeisnelheid van de schimmel.
Deze resultaten suggereren dat klimaatverandering schimmelgemeenschappen
mogelijk kan beïnvloeden op onvoorspelbare manieren. Verschillende
perspectieven zouden de verzamelde kennis valideren en aanvullen, door verder te onderzoeken hoe de waargenomen veranderingen in groeisnelheden van
schimmels onder biotische en abiotische stress zich voortzetten in complexere
experimenten en complexere gemeenschappen en zich uiteindelijk vertalen in
veranderingen in koolstofvastlegging in de bodem
Soil carbon sequestration in heathlands: the effects of climate change on fungi
No full textNatural ecosystems store large quantities of carbon in their soils, thereby
preventing it from ending up in the atmosphere and contribute to climate
change. A key question is whether climate change increases or decreases the
capacity of soils to sequester carbon, and hence whether ecosystems will buffer
or accelerate climate change. However, experimentally in situ observed changes
in soil carbon contents under climate change simulations are very variable and
the underlying mechanisms are poorly understood. Heathlands are rare, seminatural ecosystems with soils dominated by fungi and relatively high carbon
sequestration rates. These systems might thus play an important role in our
understanding of the effects of climate change on soil carbon sequestration.
Therefore, in this PhD, we investigate how heathland soil fungi are affected by
climate change, as changes in soil fungal functioning to a large extent drive the
observed changes in heathland soil carbon sequestration.
In Chapter 1, the difficulty to parameterize a simple mechanistic food web
model that simulates the effect of climate change on soil carbon sequestration
indicated that we currently lack basic empirical data on species interactions and
stress tolerances. Therefore, we focused in the thesis on the stress ecology of
and interactions between fungi, as they are the most important group of
organisms with respect to carbon sequestration in heathland soils. But in order
to expose heathland soil fungi to abiotic stressors in laboratory experiments, we
had to isolate as many fungal species as possible. Therefore, in Chapter 2, we
tested four methods and seven growth media for their efficiency in isolating soil
fungi. All four tested isolation methods, that have largely varying methodologies,
showed high taxon specificity and complementarity. Contrary to expectations,
the nutrient composition of the growth medium did not affect cultivation.
However, long incubation times did prove to be useful for the isolation of
additional fungal taxa. Hence, by using various isolation methods combined with
long incubation times, we were able to cultivate a relatively diverse soil fungal
community.
In Chapter 3, we in vitro quantified the tolerance to temperature and water
stress (drought) of the isolated fungal taxa by assessing their growth under
different treatments. Additionally, we measured several functional traits, such as
Summary
melanin content, that are considered to be important direct mechanistic drivers
of their tolerance to these abiotic stressors. We found a large variability in stress
sensitivities among taxa, whereby fungi were in general tolerant to the applied
mild temperature and water stress, but sensitive to high temperature stress.
These heathland soil fungi are thus relatively well-adapted to harsh abiotic
conditions. Contrary to expectations, the measured functional traits did not
explain the variation in abiotic stress tolerance among taxa, which is thus
probably driven by other traits than those that we quantified In Chapter 4, we
investigated how these abiotic stressors affect the capacity of fungi to grow in
presence of a more abundant competitor, which we defined as biotic stress
tolerance. We found that fungal growth rates were positively affected by biotic
stress under benign conditions, but that interactions between fungi become
negative under high warming stress, opposite to the stress gradient hypothesis
(SGH). Tolerance to biotic stress was not driven by tolerance to abiotic stress
nor intrinsic growth rate of the fungus, at any level of abiotic stress.
These results suggest that global change could potentially impact fungal
communities in unpredictable ways. Several perspectives would validate and
further complement the gathered knowledge, by addressing how the observed
changes in fungal growth rates under biotic and abiotic stress propagate into
more complex set-ups and more complex communities and eventually translate
into changes in soil carbon sequestration.Natuurlijke ecosystemen slaan grote hoeveelheden koolstof op in hun bodem,
waardoor deze koolstof niet in de atmosfeer terechtkomt waar het
klimaatverandering veroorzaakt. Een belangrijke vraag is of klimaatverandering
de capaciteit van bodems om koolstof vast te leggen verhoogt of verlaagt, en
dus of ecosystemen klimaatverandering respectievelijk zullen bufferen of
versnellen. Experimenteel in het veld waargenomen veranderingen in
koolstofgehaltes in de bodem onder simulaties van klimaatverandering zijn
echter zeer variabel en de onderliggende mechanismen hiervoor zijn onduidelijk.
Heide is een zeldzaam, half-natuurlijk ecosysteem met bodems die worden
gedomineerd door schimmels en relatief hoge koolstofgehaltes. Deze systemen
kunnen dus een belangrijke rol spelen om de effecten van klimaatverandering op
koolstofvastlegging in bodems beter te begrijpen. Daarom onderzoeken we in dit
doctoraat hoe schimmels van heidebodems worden beïnvloed door
klimaatverandering, omdat veranderingen in de werking van de schimmels in
grote mate de veranderingen in koolstofvastlegging in de bodem bepaald.
In hoofdstuk 1 gebruikten we een voedselwebmodel dat de effecten van
klimaatverandering op koolstofvastlegging in de bodem voorspelt. De
moeilijkheid om een eenvoudig voorspelend voedselwebmodel te
parameteriseren duidt op het gebrek aan gegevens over interacties tussen
soorten en de stresstoleranties van soorten. Daarom hebben we ons in het
proefschrift gericht op de stress-sensitiviteit van en de interacties tussen
schimmels, omdat ze de belangrijkste groep organismen zijn met betrekking tot
koolstofvastlegging in heidegebieden.
Maar om bodemschimmels in laboratoriumexperimenten bloot te stellen aan
abiotische stressoren, moesten we zoveel mogelijk schimmelsoorten isoleren.
Daarom hebben we in hoofdstuk 2 vier methoden en zeven
voedingssamenstellingen getest op hun efficiëntie bij het isoleren van
bodemschimmels uit heidegebied. Alle vier geteste isolatiemethoden vertoonden
een hoge specificiteit en complementariteit met betrekking to de geïsoleerde
soorten. In tegenstelling tot de verwachtingen had de voedingssamenstelling
van het groeimedium geen invloed op de isolatie. Lange incubatietijden bleken
echter wel nuttig te zijn voor het isoleren van extra schimmelsoorten. Met behulp van verschillende isolatiemethoden in combinatie met lange
incubatietijden konden we daarom een relatief diverse gemeenschap van
bodemschimmels isolaren en vervolgens gebruiken voor experimenten.
In hoofdstuk 3 hebben we de tolerantie voor temperatuur- en droogtestress
van de geïsoleerde schimmelsoorten gekwantificeerd door hun groei te meten
onder verschillende behandelingen. Bovendien hebben we verschillende
belangrijke eigenschappen gemeten die worden beschouwd als belangrijke
parameters die hun tolerantie voor deze abiotische stressoren bepalen, zoals het
melaninegehalte. We vonden een grote variabiliteit in stress-gevoeligheden
tussen soorten, waarbij schimmels in het algemeen tolerant waren voor mild
verhoogde temperatuur en droogte, maar gevoelig voor een sterk verhoogde
temperatuur. Deze heide-bodemschimmels zijn dus relatief goed aangepast aan
deze veranderende abiotische omstandigheden. In tegenstelling tot de
verwachtingen, verklaarden de gemeten functionele eigenschappen niet de
variatie tussen soorten in hun tolerantie voor de abiotische stressoren. De
sensitiviteit van schimmels voor deze abiotische stressoren gerelateerd aan
klimaatverandering worden dus waarschijnlijk bepaald door andere
eigenschappen dan die we hebben gemeten, zoals osmolieten.
In hoofdstuk 4 hebben we onderzocht hoe de klimaatverandering-gerelateerde
abiotische stressoren het vermogen van schimmels om te groeien in
aanwezigheid van een andere soort beïnvloedt. We vonden dat de groeisnelheid
van schimmels positief werd beïnvloed door de aanwezigheid van een andere
soort onder normale omstandigheden (positieve inetracties), maar dat
interacties tussen schimmels negatief worden onder verhoogde temperaturen.
Dit is volledig omgekeerd aan wat we verwachtten op basis van de stressgradient hypothese. De veranderende effecten van de aanwezigheid van een
andere soort op de groeisnelheden van schimmels onder verschillende condities
was niet afhankelijk van hun tolerantie voor de abiotische stressoren noch
intrinsieke groeisnelheid van de schimmel.
Deze resultaten suggereren dat klimaatverandering schimmelgemeenschappen
mogelijk kan beïnvloeden op onvoorspelbare manieren. Verschillende
perspectieven zouden de verzamelde kennis valideren en aanvullen, door verder te onderzoeken hoe de waargenomen veranderingen in groeisnelheden van
schimmels onder biotische en abiotische stress zich voortzetten in complexere
experimenten en complexere gemeenschappen en zich uiteindelijk vertalen in
veranderingen in koolstofvastlegging in de bodem
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
- …
