1,721,005 research outputs found
Two tools, one t(h)ale: Exploring excess Cu- and Cd-induced responses in Arabidopsis thaliana using two different resources, natural accessions and mutant lines
No full textCommonly known as thale cress, Arabidopsis thaliana is the most
intensively studied species in fundamental research on plant biology. Although
often considered a weed and with little commercial value, its status as a
molecular and genetic model plant is maintained by an active cooperative
research community. It is further supported by a large collection of mutant lines
and genomic resources such as natural accessions, which result from the unique
selective pressures associated to the A. thaliana subcosmopolitan distribution.
Whereas the considerable number of mutant lines makes Arabidopsis a unique
target for functional identification and analysis of genes and gene products,
natural accessions can be important genetic tools in studying adaptation to
adverse environmental conditions. Together, these different genetic tools can
facilitate the study of plant responses to metal stress.
Toxic metal contamination of soils is a worldwide problem primarily
caused by anthropogenic activities. While several metals are fundamental for
normal plant development, high bioavailable metal concentrations in the soil
often induce toxicity responses that ultimately inhibit plant growth. For example,
copper (Cu) is a redox-active micronutrient essential for normal plant
development. In excess, it can interfere with cellular and metabolic processes
and directly induce oxidative stress. Exposure to non-essential phytotoxic
elements, such as cadmium (Cd), also affects several cellular processes, but
indirectly induces oxidative stress e.g. by interfering with antioxidative response
mechanisms. Moreover, exposure to Cd is also known to disturb the homeostasis
of essential elements such as Cu, which in turn enhances the toxic effects of Cd.
The first main objective of the current work was to investigate and
compare the plant growth, metal concentration and translocation, metabolic and
transcriptomic responses in roots (Chapter 4) and leaves (Chapter 5) of two
different natural accessions. More specifically, Columbia (Col-0, the reference genome) and Wassilewskija (Ws) accessions were exposed to toxic sublethal
concentrations of Cu and Cd (respectively 2 µM and 5 µM) for 24 and 72 h.
Accession-specific sensitivities to excess Cu and Cd were observed, confirming
previous reports that Ws plants are less sensitive to excess Cu and Cd than Col0 plants. Moreover, our results indicate that, under control conditions, Col-0 and
Ws plants favor different life strategies (Chapter 5). Whereas Col-0 plants invest
in detoxification responses related to oxidative stress, signaling, and
antioxidative defense mechanisms, Ws plants primarily invest in a constitutively
efficient metal homeostasis (Chapter 5). We propose that the ability of Ws
plants to better counteract alterations to Cu homeostasis culminates in these
plants being less sensitive to excess Cu and Cd than Col-0 plants. This is
supported by a more efficient modulation of Cu uptake and distribution to
minimize Cu toxicity in Ws plants as compared to Col-0 plants (Chapter 4). The
Ws accession is also able to rapidly counteract Cd-induced Cu deficiency-like
responses characterized by increased Cu uptake and reallocation of intracellular
Cu to essential cuproproteins (Chapter 4 and 5). In turn, our results suggest
that Col-0 plants favor the activation of detoxification responses after exposure
to excess Cu and Cd, which involve antioxidative defense mechanisms (Chapter
4 and 5) and oxidative stress signaling (Chapter 5).
The second main objective of the current work was to investigate
oxidative signaling via the OXIDATIVE SIGNAL-INDUCIBLE KINASE 1 (OXI1)
downstream targets, functions, and interactions during Cu (Chapter 6) and Cd
stress (Chapter 7). Therefore, plant growth, metal translocation, metabolic and
transcriptomic responses were analyzed in wild-type (WT) and oxi1 knockout
A. thaliana plants after metal exposure (2 µM Cu or 5 µM Cd) for 24 and 72 h.
More than just toxic byproducts of aerobic metabolism, reactive oxygen species
(ROS) are also important secondary messenger molecules and key regulators of
adaptation responses to environmental stimuli. The protein kinase OXI1 plays a
central role in the ROS signal transduction pathway by linking ROS production to
downstream responses under metal stress. Although Col-0 plants favor the
activation of detoxification-related oxidative stress signaling after exposure to
excess Cu and Cd (Chapter 5), the loss of OXI1 function resulted, within this
experimental timeframe, in Col-0 oxi1 mutants being less sensitive to both Cu-
(Chapter 6) and Cd-induced (Chapter 7) oxidative stress than WT plants. Our results validate the transcription factor ZAT12 as a downstream target of OXI1
in Cd-exposed roots. Interestingly, these results also allude to the activation of
OXI1-independent signaling pathways that eventually bypass the absence of
OXI1-regulated ZAT12 expression. Possible roles for OXI1 in the regulation of
Cd-induced SPL7-mediated Cu deficiency-like responses in Col-0 plants and of
metal-induced phytohormone signaling in WT plants are discussed.
Considering that plant responses to metal stress are complex and involve
diverse cellular and molecular processes, this study focused on investigating
aspects and response mechanisms well established in our research group.
Therefore, the timeframe and framework of this study provides only a glimpse
into the responses of two A. thaliana natural accessions and two genotypes to
excess Cu and Cd. Ultimately, long-term exposure and a whole genome
approach are necessary to fully capture the details underlying the accessionand genotype-specific responses to excess Cu and Cd.Arabidopsis thaliana, algemeen gekend als Zandraket, is het best
bestudeerde modelorganisme in het fundamenteel onderzoek bij planten.
Ondanks het feit dat het als onkruid beschouwd wordt en geen commerciële
waarde heeft, is het een moleculaire en genetische modelplant. Dit wordt
ondersteund door een grote beschikbaarheid aan mutanten maar ook aan
natuurlijke accessies die het resultaat zijn van unieke selectiedruk geassocieerd
met de subcosmopolitische distributie van A. thaliana. Terwijl het aanzienlijke
aantal mutanten ervoor zorgt dat Arabidopsis uiterst geschikt is voor functionele
identificatie en analyse van genen en genproducten, kunnen natuurlijke
accessies belangrijke genetische hulpmiddelen zijn bij het bestuderen van
adaptatie aan ongunstige omgevingsomstandigheden. Samen kunnen deze
verschillende genetische instrumenten de studie van reacties van planten op
metaalstress vergemakkelijken.
Toxische metaalverontreiniging van bodems is een wereldwijd probleem
dat hoofdzakelijk wordt veroorzaakt door antropogene activiteiten. Hoewel
verschillende metalen van fundamenteel belang zijn voor de normale
ontwikkeling van planten, induceren verhoogde biologisch-beschikbare
metaalconcentraties in de bodem vaak toxiciteitsreacties die uiteindelijk de groei
van planten remmen. Koper (Cu) is bijvoorbeeld een redox-actief micronutriënt
dat essentieel is voor de normale ontwikkeling van planten. Bij overmaat kan
het echter interfereren met cellulaire en metabole processen en rechtstreeks
oxidatieve stress veroorzaken. Blootstelling aan niet-essentiële fytotoxische
elementen, zoals cadmium (Cd), beïnvloedt ook verschillende cellulaire
processen, maar induceert onrechtstreeks oxidatieve stress, bijvoorbeeld door te
interfereren met het antioxidatief verdedigingssysteem. Bovendien is geweten
dat blootstelling aan Cd de homeostase van essentiële elementen zoals Cu
verstoort, wat op zijn beurt de toxische effecten van Cd versterkt. De eerste hoofddoelstelling van dit werk was het onderzoeken en
vergelijken van de plantengroei, metaalconcentratie en -translocatie, metabole
en transcriptionele responsen in wortels (Hoofdstuk 4) en bladeren (Hoofdstuk
5) van twee verschillende natuurlijke accessies. In het bijzonder werden de
Columbia (Col-0, het referentiegenoom) en Wassilewskija (Ws) accessies
gedurende 24 en 72 uur blootgesteld aan toxische, maar sublethale
concentraties van Cu en Cd (respectievelijk 2 μM en 5 μM). Er werden accessiespecifieke gevoeligheden voor deze verhoogde blootstelling aan Cu en Cd
waargenomen, die overeenstemden met eerdere rapporten waarbij werd
aangetoond dat Ws planten minder gevoelig zijn dan Col-0 planten voor Cu- en
Cd-stress. Bovendien geven onze resultaten aan dat, onder normale
omstandigheden, Col-0 en Ws planten verschillende overlevingsstrategieën
verkiezen (Hoofdstuk 5). Terwijl Col-0 planten investeren in detoxificatiereacties
met betrekking tot oxidatieve stress, signalering en antioxidatieve
verdedigingsmechanismen, investeren Ws planten voornamelijk in een
constitutief efficiënte metaalhomeostase (Hoofdstuk 5). Het vermogen van Ws
planten om veranderingen in Cu-homeostase beter te controleren, resulteert
bovendien in het feit dat deze planten minder gevoelig zijn voor verhoogde Cuen Cd-concentraties dan Col-0 planten. Dit wordt ondersteund door een betere
regulatie van Cu-opname en -verdeling om Cu-toxiciteit te minimaliseren in Ws
planten in vergelijking met Col-0 planten (Hoofdstuk 4). De Ws accessie is ook
in staat om Cd-geïnduceerde Cu-deficiëntie-gerelateerde responsen, gekenmerkt
door verhoogde Cu-opname en reallocatie van intracellulair Cu naar essentiële
cupro-proteïnen, efficiënt te reguleren (Hoofdstuk 4 en 5). Onze resultaten
suggereren op hun beurt dat Col-0 planten detoxificatiereacties met daarbij het
antioxidatief verdedigingssysteem (Hoofdstuk 4 en 5) alsook oxidatieve stress
signalering (Hoofdstuk 5) onmiddellijk activeren na blootstelling aan verhoogde
Cu- en Cd-concentraties.
De tweede hoofddoelstelling van dit werk was om meer inzicht te
verwerven in deze oxidatieve signalering door gebruik te maken van OXIDATIVE
SIGNAL-INDUCIBLE KINASE 1 (OXI1) genmutanten om op die manier specifieke
targets, functies en interacties tijdens Cu- (Hoofdstuk 6) en Cd-stress
(Hoofdstuk 7) te onderzoeken. Hiervoor werden wild-type (WT) en oxi1 knockout A. thaliana planten opgekweekt en blootgesteld aan metalen (2 μM Cu of 5 μM Cd) gedurende 24 en 72 uur. Vervolgens werden de plantengroei,
metaaltranslocatie, metabole en transcriptionele responsen geanalyseerd.
Reactieve zuurstofsoorten (ROS) zijn meer dan alleen toxische bijproducten van
het aëroob metabolisme. Ze zijn ook belangrijke secundaire
boodschappermoleculen en regulatoren voor organismen om zich aan te passen
aan omgevingsstimuli. Het proteïnekinase OXI1 speelt een centrale rol in de
ROS-signaaltransductieroute door de ROS-productie te koppelen aan
stroomafwaartse responsen onder metaalstress. Hoewel Col-0 planten oxidatieve
stress signalering en bijbehorende responsen onmiddellijk activeren na
blootstelling aan verhoogde Cu- en Cd-concentraties (Hoofdstuk 5), resulteerde
het verlies van OXI1-functionaliteit, binnen het experimentele tijdsbestek, in
minder gevoelige Col-0 oxi1 mutanten dan WT planten voor zowel Cu-
(Hoofdstuk 5) als Cd-geïnduceerde (Hoofdstuk 6) oxidatieve stress. Verder
valideren onze resultaten de transcriptiefactor ZAT12 als een stroomafwaarts
doelwit van OXI1 in aan Cd-blootgestelde wortels. Interessant is dat deze
resultaten ook aanwijzingen geven naar de activering van OXI1-onafhankelijke
signaalroutes die uiteindelijk de afwezigheid van OXI1-gereguleerde ZAT12-
expressie omzeilen. Mogelijke rollen voor OXI1 bij de regulatie van door Cdgeïnduceerde SPL7-gemedieerde Cu-deficiëntie-gerelateerde responsen in Col-0
planten alsook van metaalgeïnduceerde fytohormoonsignalering in WT planten
worden in dit kader besproken.
Gezien het feit dat plantenresponsen op metaalstress complex zijn en
diverse cellulaire en moleculaire processen omvatten, richtte deze studie zich op
het meer in de diepte onderzoeken van plantresponsen die reeds bestudeerd zijn
in onze onderzoeksgroep. Daarom geeft het raamwerk van deze studie slechts
een beperkte kijk op de responsen van twee A. thaliana natuurlijke accessies en
twee genotypen na blootstelling aan verhoogde Cu- en Cd-concentraties. In de
toekomst zijn een langetermijnblootstelling en een benadering gebaseerd op het
volledige genoom noodzakelijk om meer details bloot te leggen die ten
grondslag liggen aan de accessie- en genotype-specifieke responsen op Cu- en
Cd-blootstelling
Two tools, one t(h)ale: Exploring excess Cu- and Cd-induced responses in Arabidopsis thaliana using two different resources, natural accessions and mutant lines
No full textCommonly known as thale cress, Arabidopsis thaliana is the most
intensively studied species in fundamental research on plant biology. Although
often considered a weed and with little commercial value, its status as a
molecular and genetic model plant is maintained by an active cooperative
research community. It is further supported by a large collection of mutant lines
and genomic resources such as natural accessions, which result from the unique
selective pressures associated to the A. thaliana subcosmopolitan distribution.
Whereas the considerable number of mutant lines makes Arabidopsis a unique
target for functional identification and analysis of genes and gene products,
natural accessions can be important genetic tools in studying adaptation to
adverse environmental conditions. Together, these different genetic tools can
facilitate the study of plant responses to metal stress.
Toxic metal contamination of soils is a worldwide problem primarily
caused by anthropogenic activities. While several metals are fundamental for
normal plant development, high bioavailable metal concentrations in the soil
often induce toxicity responses that ultimately inhibit plant growth. For example,
copper (Cu) is a redox-active micronutrient essential for normal plant
development. In excess, it can interfere with cellular and metabolic processes
and directly induce oxidative stress. Exposure to non-essential phytotoxic
elements, such as cadmium (Cd), also affects several cellular processes, but
indirectly induces oxidative stress e.g. by interfering with antioxidative response
mechanisms. Moreover, exposure to Cd is also known to disturb the homeostasis
of essential elements such as Cu, which in turn enhances the toxic effects of Cd.
The first main objective of the current work was to investigate and
compare the plant growth, metal concentration and translocation, metabolic and
transcriptomic responses in roots (Chapter 4) and leaves (Chapter 5) of two
different natural accessions. More specifically, Columbia (Col-0, the reference genome) and Wassilewskija (Ws) accessions were exposed to toxic sublethal
concentrations of Cu and Cd (respectively 2 µM and 5 µM) for 24 and 72 h.
Accession-specific sensitivities to excess Cu and Cd were observed, confirming
previous reports that Ws plants are less sensitive to excess Cu and Cd than Col0 plants. Moreover, our results indicate that, under control conditions, Col-0 and
Ws plants favor different life strategies (Chapter 5). Whereas Col-0 plants invest
in detoxification responses related to oxidative stress, signaling, and
antioxidative defense mechanisms, Ws plants primarily invest in a constitutively
efficient metal homeostasis (Chapter 5). We propose that the ability of Ws
plants to better counteract alterations to Cu homeostasis culminates in these
plants being less sensitive to excess Cu and Cd than Col-0 plants. This is
supported by a more efficient modulation of Cu uptake and distribution to
minimize Cu toxicity in Ws plants as compared to Col-0 plants (Chapter 4). The
Ws accession is also able to rapidly counteract Cd-induced Cu deficiency-like
responses characterized by increased Cu uptake and reallocation of intracellular
Cu to essential cuproproteins (Chapter 4 and 5). In turn, our results suggest
that Col-0 plants favor the activation of detoxification responses after exposure
to excess Cu and Cd, which involve antioxidative defense mechanisms (Chapter
4 and 5) and oxidative stress signaling (Chapter 5).
The second main objective of the current work was to investigate
oxidative signaling via the OXIDATIVE SIGNAL-INDUCIBLE KINASE 1 (OXI1)
downstream targets, functions, and interactions during Cu (Chapter 6) and Cd
stress (Chapter 7). Therefore, plant growth, metal translocation, metabolic and
transcriptomic responses were analyzed in wild-type (WT) and oxi1 knockout
A. thaliana plants after metal exposure (2 µM Cu or 5 µM Cd) for 24 and 72 h.
More than just toxic byproducts of aerobic metabolism, reactive oxygen species
(ROS) are also important secondary messenger molecules and key regulators of
adaptation responses to environmental stimuli. The protein kinase OXI1 plays a
central role in the ROS signal transduction pathway by linking ROS production to
downstream responses under metal stress. Although Col-0 plants favor the
activation of detoxification-related oxidative stress signaling after exposure to
excess Cu and Cd (Chapter 5), the loss of OXI1 function resulted, within this
experimental timeframe, in Col-0 oxi1 mutants being less sensitive to both Cu-
(Chapter 6) and Cd-induced (Chapter 7) oxidative stress than WT plants. Our results validate the transcription factor ZAT12 as a downstream target of OXI1
in Cd-exposed roots. Interestingly, these results also allude to the activation of
OXI1-independent signaling pathways that eventually bypass the absence of
OXI1-regulated ZAT12 expression. Possible roles for OXI1 in the regulation of
Cd-induced SPL7-mediated Cu deficiency-like responses in Col-0 plants and of
metal-induced phytohormone signaling in WT plants are discussed.
Considering that plant responses to metal stress are complex and involve
diverse cellular and molecular processes, this study focused on investigating
aspects and response mechanisms well established in our research group.
Therefore, the timeframe and framework of this study provides only a glimpse
into the responses of two A. thaliana natural accessions and two genotypes to
excess Cu and Cd. Ultimately, long-term exposure and a whole genome
approach are necessary to fully capture the details underlying the accessionand genotype-specific responses to excess Cu and Cd.Arabidopsis thaliana, algemeen gekend als Zandraket, is het best
bestudeerde modelorganisme in het fundamenteel onderzoek bij planten.
Ondanks het feit dat het als onkruid beschouwd wordt en geen commerciële
waarde heeft, is het een moleculaire en genetische modelplant. Dit wordt
ondersteund door een grote beschikbaarheid aan mutanten maar ook aan
natuurlijke accessies die het resultaat zijn van unieke selectiedruk geassocieerd
met de subcosmopolitische distributie van A. thaliana. Terwijl het aanzienlijke
aantal mutanten ervoor zorgt dat Arabidopsis uiterst geschikt is voor functionele
identificatie en analyse van genen en genproducten, kunnen natuurlijke
accessies belangrijke genetische hulpmiddelen zijn bij het bestuderen van
adaptatie aan ongunstige omgevingsomstandigheden. Samen kunnen deze
verschillende genetische instrumenten de studie van reacties van planten op
metaalstress vergemakkelijken.
Toxische metaalverontreiniging van bodems is een wereldwijd probleem
dat hoofdzakelijk wordt veroorzaakt door antropogene activiteiten. Hoewel
verschillende metalen van fundamenteel belang zijn voor de normale
ontwikkeling van planten, induceren verhoogde biologisch-beschikbare
metaalconcentraties in de bodem vaak toxiciteitsreacties die uiteindelijk de groei
van planten remmen. Koper (Cu) is bijvoorbeeld een redox-actief micronutriënt
dat essentieel is voor de normale ontwikkeling van planten. Bij overmaat kan
het echter interfereren met cellulaire en metabole processen en rechtstreeks
oxidatieve stress veroorzaken. Blootstelling aan niet-essentiële fytotoxische
elementen, zoals cadmium (Cd), beïnvloedt ook verschillende cellulaire
processen, maar induceert onrechtstreeks oxidatieve stress, bijvoorbeeld door te
interfereren met het antioxidatief verdedigingssysteem. Bovendien is geweten
dat blootstelling aan Cd de homeostase van essentiële elementen zoals Cu
verstoort, wat op zijn beurt de toxische effecten van Cd versterkt. De eerste hoofddoelstelling van dit werk was het onderzoeken en
vergelijken van de plantengroei, metaalconcentratie en -translocatie, metabole
en transcriptionele responsen in wortels (Hoofdstuk 4) en bladeren (Hoofdstuk
5) van twee verschillende natuurlijke accessies. In het bijzonder werden de
Columbia (Col-0, het referentiegenoom) en Wassilewskija (Ws) accessies
gedurende 24 en 72 uur blootgesteld aan toxische, maar sublethale
concentraties van Cu en Cd (respectievelijk 2 μM en 5 μM). Er werden accessiespecifieke gevoeligheden voor deze verhoogde blootstelling aan Cu en Cd
waargenomen, die overeenstemden met eerdere rapporten waarbij werd
aangetoond dat Ws planten minder gevoelig zijn dan Col-0 planten voor Cu- en
Cd-stress. Bovendien geven onze resultaten aan dat, onder normale
omstandigheden, Col-0 en Ws planten verschillende overlevingsstrategieën
verkiezen (Hoofdstuk 5). Terwijl Col-0 planten investeren in detoxificatiereacties
met betrekking tot oxidatieve stress, signalering en antioxidatieve
verdedigingsmechanismen, investeren Ws planten voornamelijk in een
constitutief efficiënte metaalhomeostase (Hoofdstuk 5). Het vermogen van Ws
planten om veranderingen in Cu-homeostase beter te controleren, resulteert
bovendien in het feit dat deze planten minder gevoelig zijn voor verhoogde Cuen Cd-concentraties dan Col-0 planten. Dit wordt ondersteund door een betere
regulatie van Cu-opname en -verdeling om Cu-toxiciteit te minimaliseren in Ws
planten in vergelijking met Col-0 planten (Hoofdstuk 4). De Ws accessie is ook
in staat om Cd-geïnduceerde Cu-deficiëntie-gerelateerde responsen, gekenmerkt
door verhoogde Cu-opname en reallocatie van intracellulair Cu naar essentiële
cupro-proteïnen, efficiënt te reguleren (Hoofdstuk 4 en 5). Onze resultaten
suggereren op hun beurt dat Col-0 planten detoxificatiereacties met daarbij het
antioxidatief verdedigingssysteem (Hoofdstuk 4 en 5) alsook oxidatieve stress
signalering (Hoofdstuk 5) onmiddellijk activeren na blootstelling aan verhoogde
Cu- en Cd-concentraties.
De tweede hoofddoelstelling van dit werk was om meer inzicht te
verwerven in deze oxidatieve signalering door gebruik te maken van OXIDATIVE
SIGNAL-INDUCIBLE KINASE 1 (OXI1) genmutanten om op die manier specifieke
targets, functies en interacties tijdens Cu- (Hoofdstuk 6) en Cd-stress
(Hoofdstuk 7) te onderzoeken. Hiervoor werden wild-type (WT) en oxi1 knockout A. thaliana planten opgekweekt en blootgesteld aan metalen (2 μM Cu of 5 μM Cd) gedurende 24 en 72 uur. Vervolgens werden de plantengroei,
metaaltranslocatie, metabole en transcriptionele responsen geanalyseerd.
Reactieve zuurstofsoorten (ROS) zijn meer dan alleen toxische bijproducten van
het aëroob metabolisme. Ze zijn ook belangrijke secundaire
boodschappermoleculen en regulatoren voor organismen om zich aan te passen
aan omgevingsstimuli. Het proteïnekinase OXI1 speelt een centrale rol in de
ROS-signaaltransductieroute door de ROS-productie te koppelen aan
stroomafwaartse responsen onder metaalstress. Hoewel Col-0 planten oxidatieve
stress signalering en bijbehorende responsen onmiddellijk activeren na
blootstelling aan verhoogde Cu- en Cd-concentraties (Hoofdstuk 5), resulteerde
het verlies van OXI1-functionaliteit, binnen het experimentele tijdsbestek, in
minder gevoelige Col-0 oxi1 mutanten dan WT planten voor zowel Cu-
(Hoofdstuk 5) als Cd-geïnduceerde (Hoofdstuk 6) oxidatieve stress. Verder
valideren onze resultaten de transcriptiefactor ZAT12 als een stroomafwaarts
doelwit van OXI1 in aan Cd-blootgestelde wortels. Interessant is dat deze
resultaten ook aanwijzingen geven naar de activering van OXI1-onafhankelijke
signaalroutes die uiteindelijk de afwezigheid van OXI1-gereguleerde ZAT12-
expressie omzeilen. Mogelijke rollen voor OXI1 bij de regulatie van door Cdgeïnduceerde SPL7-gemedieerde Cu-deficiëntie-gerelateerde responsen in Col-0
planten alsook van metaalgeïnduceerde fytohormoonsignalering in WT planten
worden in dit kader besproken.
Gezien het feit dat plantenresponsen op metaalstress complex zijn en
diverse cellulaire en moleculaire processen omvatten, richtte deze studie zich op
het meer in de diepte onderzoeken van plantresponsen die reeds bestudeerd zijn
in onze onderzoeksgroep. Daarom geeft het raamwerk van deze studie slechts
een beperkte kijk op de responsen van twee A. thaliana natuurlijke accessies en
twee genotypen na blootstelling aan verhoogde Cu- en Cd-concentraties. In de
toekomst zijn een langetermijnblootstelling en een benadering gebaseerd op het
volledige genoom noodzakelijk om meer details bloot te leggen die ten
grondslag liggen aan de accessie- en genotype-specifieke responsen op Cu- en
Cd-blootstelling
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Efficient regulation of copper homeostasis underlies accession-specific sensitivities to excess copper and cadmium in roots of Arabidopsis thaliana
No full textThe commonly used Arabidopsis thaliana natural accessions Columbia (Col-0) and Wassilewskija (Ws) are known to differ in their metal sensitivity, with Col-0 being more sensitive to copper (Cu) and cadmium (Cd) than Ws. As both Cu and Cd are known to affect Cu homeostasis, it was investigated whether this process is part of an accession-specific mechanism underlying their difference in metal sensitivity. As roots are the first contact point during metal exposure, responses were compared between roots of both accessions of hydroponically grown plants exposed to excess Cu or Cd for 24 and 72 h.Root Cu levels increased in both accessions under Cu and Cd exposure. However, under Cu exposure, the downregulation of Cu transporter (COPT) genes in combination with a more pronounced upregulation of metallothionein gene MT2b indicated that Ws plants coped better with the elevated Cu concentrations. The Cdinduced disturbance in Cu homeostasis was more efficiently counteracted in roots of Ws plants than in Col0 plants. This was indicated by a higher upregulation of the SPL7-mediated pathway, crucial in the regulation of the Cu homeostasis response.In conclusion, maintaining the Cu homeostasis response in roots is key to accession-specific differences in Cu and Cd sensitivity.This work was supported by BOF funding from Hasselt University through a PhD grant for Rafaela Amaral dos Reis [grant number BOF12NI28]. Additional funding came from FWO projects [grant numbers G0C7518 N, G0B6716 N]
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
- …
